4DQFA

Crystal structure of (g16a/l38a) hiv-1 protease in complex with drv
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
97
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIAGQLKEALLDTGADDTVIEEAPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Aspartyl protease
publication title Hydrophobic core flexibility modulates enzyme activity in HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 97
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dqfA00
3HZCA 4TRYA 2F3KA 2HB4A 5P45A 5HCOA 5P3SA 5P23A 3KF0A 2NNKA 4X7IA 5P30A 3CKRA 3LIXA 5P03A 3RSXA 4Y4AA 1FGCC 1SIVA 1EBZA 5P6GA 4NJUA 2FDPA 3EXOA 4OBFA 1SBGA 1XE6A 5P76A 5P6KA 2R38A 4R5NA 5P8OA 2PH8A 2R8NA 1J71A 5P3BA 1FMXA 3FV3A 3BGBA 4TRZA 5P8SA 5P6FA 5P6TA 4DJUA 5KR8A 3SA4A 3LINA 4ZPGA 1APWE 1KJGA 2V00A 2RMPA 4DJQA 1HSGA 2I4DA 3CYWA 5P69A 5P0DA 4CPSA 2H6SA 2AZ8A 5P1UA 3K5DA 1U8GA 5EZXA 3WZ8A 5P49A 5P7KA 1HTGA 2G27A 2XYEA 5P00A 4BFBA 1E80E 4DJPA 1ODXA 5P3HA 2OF0A 4FAFA 3OXWA 4L1AB 3DOXA 3UQUA 4ZSMA 6APRE 3TPRA 5IE1A 3D1ZA 5P1KA 5P3XA 4AUCA 1PSNA 1XL2A 4YBFA 2B42A 5P43A 5P5MA 4Y6MA 3DCKA 5P8EA 5OZYA 3JVWA 1G6LA 5P2LA 3SKGA 1K6VA 4WY1A 3QN8A 5OZNA 1GVVA 5P5EA 4MC6A 5DQ2A 2RSPA 3FNTA 4APEA 4J1KA 4J0YA 2G1NA 2V13A 5OZ5A 1LYWB 3BHEA 1ZP8A 1A8KA 3PI5A 4DI2A 1GNOA 3Q6YA 5SY2A 4LC7A 5OYYA 2QI4A 2B7ZA 3U71A 3I8WA 3PWMA 4CPTA 2WECA 3ZOVA 2AOEA 1EC1A 3PSYA 7UPJA 3IN4A 4D88A 2WEBA 2FIVA 3BUGA 5P8AA 3OXXA 3FX5A 2QZXA 2WKZA 3SA7A 2H6TA 2BQVA 1D4SA 5TOLA 1ZTZA 3D1XA 3IN3A 4CMSA 5P1JA 5P2OA 5IVTA 1D4IA 5P09A 3VV7A 3TLHA 2JJJA 4DQBA 3F9QA 5P2JA 5P6MA 5KR1A 4Y3PA 3DK1A 3KT2A 1BVGA 1IDBA 5P01A 5P1GA 4YD7A 5IVRA 2PWRA 3VFBA 1LV1A 4OBGA 2ZHTA 5P0YA 4FM8A 2IS0A 1E5OE 2FS4A 4Y5LA 4TRWA 5OYZA 3QVIA 1EPPE 1YTIA 1YM4A 2PH6A 2PSUA 1SH9A 5P1OA 1K6PA 3VYFA 3MSJA 1LF4A 4Z2ZA 2ER6E 1FQ7A 5P34A 5P0MA 5P4EA 4Y3DA 4IVTA 5P6QA 4ZIPA 4FRIA 4I0EA 3OTSA 3FKTA 3BC4A 5DQ1A 5P57A 5P5FA 4F74A 1TQFA 3DJKA 5P5LA 2NMYA 1M0BA 4B1DA 4ZE6A 4EP2A 1ZPKA 4YBIA 2B8LA 5P4DA 1APVE 4Y5NA 3OAGB 4HDPA 1B5FB 4Y48A 4GJ6A 3TPJA 1HVHA 4GJ5A 3SO9A 4BEKA 5P2IA 5UPJA 3VSXA 5P4HA 3KMYA 5P2SA 4AA9A 2AOFA 4RYGA 4Y3FA 2JE4A 3QRMA 3WZ6A 2VIZA 1T6EX 2SAMA 3INHA 2IGXA 4FE6A 4ER1E 4D8CA 3R0YA 5P3RA 4OC6B 5OZJA 2BPXA 4FIVA 3S2OA 2AZBA 3APPA 1W51A 1APTE 5P27A 5P5BA 2AOJA 3EKYA 2IKOA 2NPHA 5BS4A 4GJCA 2Q15A 3BGCA 5ISJA 2QAKA 1SDUA 1E82E 3GI0A 3EM4A 5P7AA 4Q5MA 3VLAA 2V10C 3NUJA 5P2DA 4A4QA 3L59A 3T3CA 5P3KA 1LYWA 2XFJA 4I0IA 5JODA 2PMAA 4GJAA 5T4SA 4YE3A 1MT7A 4NPTA 4PZWA 5HDUA 4ZPEA 4AMTA 2QNQA 5P87A 1UPJA 4J1FA 3OXVA 3NR6A 1FQ4A 3NYGA 3HW1A 5P6SA 5P4XA 4B72A 2ANLA 5P0ZA 5P3EA 1OD1A 5P05A 5P88A 4RROA 5F00A 5P0JA 2ZHSA 4OBDA 3PHVA 5P7RA 4CPUA 4I10A 4NJVA 4M8XA 3PVKA 4I12A 5P6OA 4Y3WA 5P1CA 3ZPUA 2IL2A 5P11A 5P6IA 3HLOA 4DPIA 5CLMA 5P3ZA 3VLBA 3KN0A 4R92A 3D20A 5OZFA 3OOTA 3NWQA 3KFNA 3INDA 1GVWA 3UDPA 5P3NA 1A8GA 5I3XA 3GI5A 3LIQA 2FMBA 5P3GA 4UPJA 4Y4GA 3L3AA 2BPWA 4Y51A 3VFAA 4Y3MA 5P6CA 3C9XA 2QHZA 4Q1NA 3SM1A 5P7OA 3BUFA 5P37A 4J5JA 5P7NA 5IVSA 1BXOA 5P2EA 1K1TA 1W50A 3K4VA 5HD0A 1HVIA 3I7EA 5P8UA 5P3JA 4Y54A 4JP9A 5P6VA 5P4RA 3UDMA 3O9AA 5P56A 4GZFA 1C6YA 3S85A 2RKGA 4YDGA 2OHSA 5OYQA 1MTBA 3MXEA 2G20A 4Y5EA 5P0BA 1IDAA 1EPME 5P53A 3EMYA 3GI6A 3QI1A 5SZ9A 4Y3XA 4A6BA 2I0AA 4BFDA 5C9BA 4I1CA 1D4HA 5P89A 5P1HA 2B60A 3NU3A 5KQYA 3S8IA 5KOQA 2BKTA 3QROA 5P4NA 3SABA 1B5FA 4LXMA 5SXNA 5HU1A 3B7VA 4NPUA 3OU1A 3ZPSA 5P5YA 1T6GA 3HVGA 5OZKA 4B05A 4J17A 3SA3A 2F81A 1AAQA 4J54A 3O9CA 4RVXA 4Y3SA 1HRNA 1MSMA 2WJOA 1HXBA 5P8QA 1K6TA 4I0ZA 2ZJLA 4Y4TA 1LF2A 5P19A 1EPRE 3QBFA 5P8MA 5P42A 2AVOA 2ZJKA 1IZDA 2I4WA 4CPRA 2VS2A 5P59A 1BDLA 1EEDP 5P8NA 1C6ZA 4XXSA 1W5XA 4LL3A 1AZ5A 2A4FA 4Q1WA 3TKWA 2AOIA 2BB9A 4PHVA 2P3BA 3LITA 1C6XA 3IXKA 1ZAPA 3WZ7A 3IVHA 2WHHA 5OZUA 4FM7A 3PBZA 2Q63A 2P3CA 5P7LA 5P1MA 3R4BA 4FLGA 2ZGAA 2AIDA 2ASIA 5P2GA 1XS7D 2BKSA 1RNEA 1SDVA 5P55A 3QAAA 5OZBA 2OHLA 4J1HA 2PC0A 4Y3HA 1MRWA 3ST5A 4QJAA 4FRJA 2OHNA 1ZLFA 5I3VA 2G26A 2OHUA 2IQGA 1HSHA 4RVJA 5P35A 1SP5A 4Y4ZA 5OZMA 5APRE 1EC2A 2VJ9A 2QMDA 5KAOA 3N3IA 2WF1A 5P0OA 5P51A 2QZLA 2HB2A 1D4KA 5P5NA 2VIEA 1F7AA 2Q55A 4DQFA 2OHQA 5DQCA 5JFPA 3CIBA 5AH6A 2WF2A 5P71A 4TVGA 1FQXA 3URLA 3UCBA 3ZKMA 3G72A 3KM4A 3WB4A 3EL1A 4CPXA 5P08A 3EM6A 2QP8A 2WF0A 5P78A 4Y39A 1HVKA 5P17A 5P82A 5P33A 5DPZA 3OQ7A 3G6ZA 1TSUA 2VA5A 2AVMA 5P8HA 3EC0A 3ER3E 2ZHUA 2QU3A 1BBSA 3SFCA 4KE1A 5P2HA 4YD5A 5P0FA 4DPFA 1UH8A 4Q1YA 4QJ2A 3LZSA 4L7GA 5ENMA 3G70A 4U7QA 5P1QA 3OADB 3LZUA 5P0VA 5P5UA 5P6AA 5HVPA 3ZKQA 5PEPA 5P0TA 1KZKA 5P4FA 5OYRA 3GI4A 1YG9A 4PZXA 5P62A 5P2TA 2O4KA 4Y35A 3QPJA 5P8JA 4Y37A 5P1FA 4I8WA 5P6BA 3HVPA 3SM2A 3Q70A 3D3TA 4Y5CA 2FNSA 2ZJIA 5C9FA 3NU9A 4ZLSA 1FMBA 1UH7A 5F01A 1A9MA 5OZSA 5P5KA 3FIVA 4N00A 1BXQA 3K5CA 3T6IA 2F3FA 1HIHA 4DUSA 3L5EA 5P4WA 5P0GA 3KDBA 5DR8A 2APRA 2HPEA 3TNEA 3LZYA 3EKTA 4RRSA 5P0NA 2WF4A 3OUBA 5P7XA 1NSOA 1GNMA 2QI7A 3NSHA 4Y9WA 3VYDA 5P7IA 5P3WA 3DUYA 5P10A 1KJFA 2AOCA 1JLDA 2XFIA 3EL5A 3INEA 3LPKA 3S7MA 2F80A 3ECGA 5P85A 2ZDZA 4Y4WA 1T3RA 1HTEA 3O99A 4IVSA 3CICA 4DQCA 4NJTA 4J55A 4FM6A 4APRE 5P0HA 5P4TA 3VUCA 1EPQE 5P02A 1GNNA 5P48A 1LZQA 5OZ4A 2I0DA 3QIHA 5P24A 2AVQA 3LIVA 5JFUA 2G22A 2AOHA 4L6BA 5COPA 5P1RA 2ZE1A 1TCWA 1HTRB 2IGYA 5P1NA 2ZJNA 3H0BA 4HLAA 1DIFA 4HZTA 5P0XA 5P1LA 4FL8A 1PPLE 1HXWA 1K2BA 5P2UA 4FSEA 1TSQA 1FG8C 1XL5A 5OYWA 4Z50A 1NPWA 5P2AA 3PCWA 1BIMA 5P4VA 5P60A 3OK9A 4Z4XA 4JPEA 4Y58A 5P22A 5P67A 1YX9A 4GJBA 5P8KA 4KUPA 3L5DA 1A94A 1Q9PA 3OADA 4RGHA 3RTHA 4FRKA 5P1AA 1YTJA 4XX3A 5IS4A 1W6IA 2B7FA 2AQUA 1LEEA 1BDQA 5ER2E 2FNTA 1ZBGA 2P4JA 3MSKA 4B00A 2G21A 5P41A 5P0CA 3RSVA 3QRSA 5P54A 1OEWA 4XKXA 3TKGA 3L58A 4CP7A 3QBHA 1C70A 5P2ZA 1EBKC 5P2RA 4PPHA 5P7PA 5P5PA 5P83A 2G1SA 3LPIA 2IDWA 2V12C 4ZSRA 5P5SA 1KJ4A 5OZAA 3LZVA 5P5GA 1MSNA 5P6RA 1HPVA 2FXEA 1AIDA 1B6MA 5P4AA 2NNPA 3IXOA 4ZEAA 4GIDA 5P0WA 1MEUA 5OZ3A 3O9LB 3UDNA 3RU1A 4B78A 1SIPA 1ODWA 1ZJ7A 5OZ6A 5OZEA 3L5CA 3QP0A 2ZHRA 3K5GA 1BV9A 3SAAA 4H3GA 1QBTA 4Y3ZA 1RPIA 3T7QA 3VF7A 2I4XA 3BRAA 2Q5KA 2HC0A 2AODA 2VNMA 3OUCA 5P2FA 3RTNA 1N49A 4YCYA 5OZHA 5P7VA 3OU1B 1K6CA 4YOBA 4ER4E 1HWRA 5SY3A 5OZ2A 3EKWA 2G24A 1HPSA 5P7QA 3PB5A 1HHPA 1HVCA 1SGUA 2Q54A 4Q1XA 5P6NA 4AA8A 5P4QA 5P6YA 1META 2MIPA 4B1CA 5P4BA 3WSJA 4OD9A 4Y47A 5P4SA 1W5VA 5P0SA 1W5YA 5P3CA 3L5FA 4COEA 3S43B 4TVHA 2WEAA 1YTHA 3NXEA 3OU3A 2Q3KA 4DJVA 2P3BB 3MXDA 4GMIA 5IVQA 2O4LA 2NTRA 4Y3RA 5P8LA 3AIDA 4ZPFA 5C9DA 3PGIA 2QMPA 4D89A 3SA5A 1CZIE 3SACA 4LXAA 2AVSA 5P5TA 5P70A 1HVRA 2QI0A 2R43A 5P1PA 1LF3A 2F8GA 2J9KA 5P8CA 5P38A 5P3LA 2I4QA 5HDZA 1RQ9A 4Y57A 4F75A 1CMSA 1XDHA 4K8SA 2NXDA 1HOSA 1FFFC 1VIKA 3UQPA 4HDBA 3T7XA 3U7SA 2AZ9A 4CPWA 4Y4JA 2JJIA 5OYUA 5P2NA 1PSOE 2BPYA 5P1YA 3HD8A 3URIA 5P0UA 4OBKA 4L7HA 4MC2A 1PROA 5OZ1A 5BWYA 4NKKA 5P6XA 3VEUA 4U8WA 4Y5KA 3Q3TA 1IZHA 1MERA 5P6DA 3UQRA 3M9FA 3OTYA 5P1ZA 2FLEA 3TOFA 4YD4A 1W5WA 1B6PA 3CYXA 5DR0A 3SPKA 4EQJA 3U6AA 5P66A 3HAUA 5P4CA 2V0ZC 5KQXA 5P5XA 3HBOA 1RL8A 5P2YA 5COOA 3TTPA 5E5JA 3OWNA 1NH0A 3O9LA 3O9DA 3QS1A 3UPJA 3SA9A 3VG1A 5P7HA 4FGXA 4Y3AA 5KOSA 5P8DA 1HEFE 1FG6C 1HPOA 4EPJA 5P7CA 4I8ZA 1ZPAA 4Y38A 3UF3A 5P68A 3FNUA 1WBKA 5P25A 3LNKA 3KDDA 5DR1A 3PI0A 5P3FA 5P2MA 2VJ6A 2QHYA 1D4LA 4JECA 1DP5A 4YD3A 5P4PA 1EPLE 2AVVA 3NDWA 5I3YA 5OZTA 3TOGA 4DJWA 3R2FA 3PEPA 3ZPTA 3LHGA 5P7WA 2O4NA 3EL0A 3Q4BA 5ER1E 5P79A 4DV9A 5DGWA 3OUAA 5P28A 4Y41A 1B6JA 3VSWA 5DR4A 3D1YA 5P72A 3S43A 2VJ7A 4Y4DA 3K5FA 3HAWA 4I0HA 5DR3A 4H3FA 2G1RA 3MWSA 1HSIA 5P0PA 4EHCA 5OYVA 3OQKA 3OXCA 5P4JA 1IBQA 1W6HA 2BPVA 4Y4EA 4DH6A 4J0PA 4KE0A 1BILA 5P15A 1PPKE 3KYRA 5P26A 1SDTA 2P3AA 1PFZA 5OZ7A 4OBJA 4QJ8A 2HIZA 1IZEA 1MTRA 2PSGA 4WY6A 5P3MA 5P5IA 1ME6A 1D4JA 1MUIA 5P6HA 3S7LA 2FDEA 4QGIA 5P4IA 4QLHA 1HVLA 5P2XA 3IA9A 5OZWA 3R1GB 4EQ0A 1BWAA 5P6WA 4PYVA 3ZKIA 2R3WA 5OZZA 1ODYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3HZC A;  4TRY A;  2F3K A;  2HB4 A;  5P45 A;  5HCO A;  5P3S A;  5P23 A;  3KF0 A;  2NNK A;  4X7I A;  5P30 A;  3CKR A;  3LIX A;  5P03 A;  3RSX A;  4Y4A A;  1FGC C;  1SIV A;  1EBZ A;  5P6G A;  4NJU A;  2FDP A;  3EXO A;  4OBF A;  1SBG A;  1XE6 A;  5P76 A;  5P6K A;  2R38 A;  4R5N A;  5P8O A;  2PH8 A;  2R8N A;  1J71 A;  5P3B A;  1FMX A;  3FV3 A;  3BGB A;  4TRZ A;  5P8S A;  5P6F A;  5P6T A;  4DJU A;  5KR8 A;  3SA4 A;  3LIN A;  4ZPG A;  1APW E;  1KJG A;  2V00 A;  2RMP A;  4DJQ A;  1HSG A;  2I4D A;  3CYW A;  5P69 A;  5P0D A;  4CPS A;  2H6S A;  2AZ8 A;  5P1U A;  3K5D A;  1U8G A;  5EZX A;  3WZ8 A;  5P49 A;  5P7K A;  1HTG A;  2G27 A;  2XYE A;  5P00 A;  4BFB A;  1E80 E;  4DJP A;  1ODX A;  5P3H A;  2OF0 A;  4FAF A;  3OXW A;  4L1A B;  3DOX A;  3UQU A;  4ZSM A;  6APR E;  3TPR A;  5IE1 A;  3D1Z A;  5P1K A;  5P3X A;  4AUC A;  1PSN A;  1XL2 A;  4YBF A;  2B42 A;  5P43 A;  5P5M A;  4Y6M A;  3DCK A;  5P8E A;  5OZY A;  3JVW A;  1G6L A;  5P2L A;  3SKG A;  1K6V A;  4WY1 A;  3QN8 A;  5OZN A;  1GVV A;  5P5E A;  4MC6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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