The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
116
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structure length |
116
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A structural basis for streptomycin-induced misreading of the genetic code.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| total genus |
30
|
| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1IBL K; 4LF7 K; 4AQY K; 4JI8 K; 4JI0 K; 1N33 K; 4LFA K; 1I94 K; 2UUC K; 2UUA K; 2HHH K; 5LMU K; 2UXB K; 4X65 K; 5AJ3 K; 3T1Y K; 1N36 K; 2VQF K; 4DR5 K; 4B3S K; 4JV5 K; 5LL6 Z; 4DUY K; 4DV3 K; 4JI2 K; 4JI7 K; 5A2Q O; 2F4V K; 4B3T K; 2VQE K; 2UUB K; 5LMN K; 1IBK K; 4JI3 K; 5FLX O; 1XMO K; 4YY3 K; 4LFC K; 4YHH K; 4V19 S; 1XNR K; 5IWA K; 4LF4 K; 4JI1 K; 2UXC K; 4DR2 K; 1XMQ K; 4B3R K; 4DR7 K; 4JYA K; 3J7A P; 4DR6 K; 4X62 K; 4NXN K; 3OTO K; 4GKK K; 1XNQ K; 4LFB K; 3J81 O; 4DR1 K; 4DR3 K; 4DV5 K; 4CW7 B; 4KHP K; 4DV1 K; 4DR4 K; 4LF8 K; 1IBM K; 4LF6 K; 1HNX K; 4DV7 K; 4DUZ K; 2E5L K; 1N32 K; 4LF5 K; 4B3M K; 4X64 K; 4K0K K; 1HNZ K; 4X66 K; 4DV4 K; 4GKJ K; 5IT9 O; 3T1H K; 5BR8 K; 1HNW K; 1J5E K; 2UU9 K; 4JI4 K; 3J7Y P; 3JAM O; 2ZM6 K; 4JI6 K; 4JI5 K; 3J80 O; 2UXD K; 4LF9 K; 4NXM K; 4CVN E; 1HR0 K; 4OX9 K; 1FJG K; 4DV2 K; 4DV6 K; 1N34 K; 4DV0 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1DTT A; 4CGH A; 4CJP A; 3U3Y A; 1U6Z A; 1WAF A; 3NE6 A; 2FC0 A; 3SQ4 A; 5HRP A; 1QHT A; 4H5R A; 1N33 K; 4GNI A; 2YHB A; 1QTM A; 1NOZ A; 2YNG A; 1Z6R A; 2O8F A; 2W42 A; 1J9A A; 2NRW A; 3IDH A; 4XEI A; 2FF3 B; 3WXM B; 1NLV A; 2CGL A; 3Q7B A; 2A40 A; 4ISF A; 2OA8 A; 4CHP A; 4BR7 A; 4B9Q A; 1A5W A; 4B9M A; 1C0T A; 1U2V B; 4B3T K; 1C6V A; 2UUB K; 4FJM A; 4YOX A; 4CBU A; 2ZWH A; 3MXI A; 4AIL C; 4CGD A; 1VQO N; 2Y1J A; 2XO7 A; 4AM7 A; 4JI3 K; 1S9E A; 1JXB A; 5GIO A; 3DM2 A; 3IKM A; 1KSP A; 4YY3 K; 4IXC A; 1RTD A; 5C10 A; 3LL3 A; 4BRQ A; 4N56 A; 4FWN A; 4O5F A; 1LOT B; 1D4X A; 2DFH A; 3ASM A; 3FE1 A; 2ITM A; 1YJW N; 1GLF O; 3V4I A; 1QZ6 A; 5JLH A; 4B1U B; 3EO3 A; 4DSI A; 3OTO K; 3SAF A; 3S3M A; 1UOC A; 3DLR A; 1EKE A; 4LFB K; 3L4I A; 1BIZ A; 4O44 A; 4CZE A; 5EX5 A; 3I0R A; 1KAX A; 4IOA L; 2DPN A; 2G8K A; 3ZT0 A; 1T7P A; 4F3T A; 3F5T A; 4GV3 A; 1P8Z A; 4IDK A; 3A8Y A; 3L3U A; 3ZX0 A; 2QI2 A; 3OYH A; 3BF1 A; 4NYN A; 5AQY A; 4LF5 K; 5C24 A; 4FWO A; 1S1W A; 4E1N A; 3HRG A; 3SAG A; 2IS3 A; 4AHT A; 4B3O A; 4CZI A; 1NBW A; 1VK0 A; 4E7K A; 1HNW K; 3KKS A; 3LP2 A; 5KPZ A; 2D0B A; 4E89 A; 4FZY A; 1R59 O; 3UKR B; 3ULE A; 3DMJ A; 3KVG A; 3I8B A; 3EE8 A; 1RGI A; 1ZBH A; 1JXE A; 5LJV A; 4B1Z A; 4ELU A; 1HMV A; 2CGK A; 3A5N C; 3T19 A; 3SCX A; 2O8C A; 4BG8 A; 1RBS A; 3OYF A; 3C95 A; 3PUF A; 1DLO A; 4Z4I A; 2JLE A; 2P9L B; 4CJ3 A; 3ZSY A; 2O8D A; 5M1Q A; 4CJ7 A; 4YOU A; 3ZX2 A; 2O8E B; 2YHW A; 4FO0 A; 2E20 A; 1NJX A; 4B8C A; 4EAH D; 3CCJ N; 1NK5 A; 1BIU A; 4JI2 K; 3CXC M; 4JRP A; 2V7Z A; 2HHQ A; 5CR4 A; 1ZXO A; 3G0Z A; 3M8P A; 5LMN K; 5HRR A; 1SV5 A; 1SKW A; 2ZGY A; 3VQE A; 1RDW X; 2PY5 A; 3VF6 A; 1IKY A; 3QLH A; 3U4L A; 3IAY A; 3WNE A; 4XH4 A; 2A5X A; 2EHG A; 4O8K A; 5SZT A; 4J2D A; 4LF4 K; 1NK9 A; 3BZC A; 2D0P A; 4WFB L; 3SPZ A; 2QK9 A; 3AVI A; 1RDD A; 3NF8 A; 4GKK K; 4RG8 A; 3J8A A; 4FLZ A; 3E1Y A; 4DFK A; 2O8B B; 4KI4 A; 1T03 A; 4JLH A; 4IG3 A; 4H5T A; 4OKE A; 3O4Q A; 2IVN A; 3HZ6 A; 2X6S A; 4DFJ A; 4C8O A; 1U4B A; 2NNW A; 3SQ2 A; 3HM9 A; 3JS6 A; 3LP1 A; 2X6N A; 1JLA A; 4CEO A; 3M8Q A; 4BY9 C; 1X1P A; 5K14 A; 1VQ5 N; 4KB0 A; 4CFD A; 1X3M A; 2QEX N; 2W6L A; 1OVQ A; 4EIA A; 2P51 A; 1WSH A; 3WQT A; 3H46 O; 4DB3 A; 1IKV A; 1Z26 A; 3TAF A; 1HNV A; 3LM2 A; 4K42 A; 3KD1 E; 2QWO A; 2BDP A; 3U6F A; 4CZK A; 1IBL K; 2ZD1 A; 3P39 A; 2YNH A; 3DLH A; 4K41 A; 4CEF A; 3QIP A; 1EWR A; 3O80 A; 4BRK A; 3KLG A; 3SZ2 A; 4K43 A; 3TPQ A; 2ZJQ L; 2Q97 A; 5CY4 A; 3LWM A; 2W41 A; 1VSL A; 4DWI A; 2NRX A; 2VWJ A; 2VWB A; 1EP4 A; 2P9P A; 1YVU A; 3UE5 A; 2WON A; 1KRP A; 2KFZ A; 2DY4 A; 1VQP N; 2RE2 A; 1YT3 A; 1N8R O; 4DR5 K; 3EL2 A; 1M90 O; 3MEC A; 1J53 A; 4ID5 A; 4EFH A; 1WSI A; 3FZH A; 3PIP L; 2VG5 A; 1SAZ A; 4M3W A; 3THY B; 3NF9 A; 4RCH A; 1ATS A; 3VQB A; 4ZTJ A; 4KAZ A; 5FRM A; 3NVM A; 5FPE A; 5AQI A; 1REV A; 4DKW A; 1EO1 A; 4FK2 A; 4CJ4 A; 3G25 A; 3AAP A; 4F3O A; 2HHS A; 3MN5 A; 3CG7 A; 4IFE A; 3ENH A; 2F9T A; 3D7E O; 4CZL A; 3WQU A; 4DS5 A; 2E2O A; 4E3S A; 4OKJ A; 4KPY A; 2Z1J A; 4B1Y B; 4IO9 L; 3HK2 A; 5F2R A; 2FLO A; 3OYJ A; 1MWM A; 3L2U A; 2G8U A; 2HHW A; 4DR3 K; 1IO2 A; 2XHB A; 1VSF A; 4KHP K; 3CJ7 A; 4BQL A; 2RN2 A; 4YOT A; 4DV1 K; 4YOY A; 4DTU A; 4ISG A; 2CH5 A; 4HUF A; 4F4K A; 3TWH A; 1TK0 A; 4FJL A; 2Q3S A; 3HOS A; 3LP3 A; 2ZJR L; 2HBL A; 4B3M K; 4BDP A; 4K0K K; 3TSU A; 1V4S A; 4LY7 A; 2OCE A; 2EX3 A; 2B5J A; 1WOQ A; 5CHI A; 1SL1 A; 4B9S A; 1BOT O; 2FBV A; 4IOX A; 2G8I A; 2HMI A; 1NGA A; 1WSF A; 4JHD B; 3LDL A; 1BQN A; 2X78 A; 4FXD A; 3PX6 A; 4JI8 K; 4HHT A; 4DU3 A; 1KVA A; 3TR8 A; 2P5O A; 3EYZ A; 4CZF A; 1JCG A; 4E7J A; 4DTP A; 1XI1 A; 2YV0 X; 1I94 K; 4LSN A; 5AZJ B; 4H0T B; 3CF5 L; 1YIT N; 2HHV A; 3W0L A; 5AQP A; 3KWI A; 3WUH A; 3CPW M; 1YXQ A; 4HWI A; 3BGR A; 3ATU A; 1BA0 A; 3QEW A; 2YKM A; 2KLA A; 1VQ6 N; 1BUP A; 1QQC A; 5GIN A; 2NZT A; 4NLB A; 1IJJ A; 1KTQ A; 3CCU N; 4FK0 A; 1E4F T; 4H0P A; 3OYB A; 3K57 A; 1X9M A; 4BR5 A; 2A1R A; 4R5P A; 1E3M A; 1FW6 A; 3C0B A; 3WXJ A; 4CHO A; 2KZM A; 3U3G A; 3VGL A; 1HUX A; 4M3R A; 4CJL A; 4V19 S; 2HF3 A; 3VTI A; 4JEP A; 1VAZ A; 4PA1 A; 1NMD A; 3FLC O; 3H45 C; 3OYC A; 2ASO A; 3VQ5 A; 4JYA K; 3TAG A; 3J7A P; 5DK5 A; 4A59 A; 3KJV A; 5J2P A; 3QES A; 3HL8 A; 4JAX A; 4N76 A; 1KVB A; 1GLD G; 3O3G A; 1NJW A; 1IKW A; 2I7N A; 1S1T A; 2OZS A; 5AQR A; 1CZB A; 2RF2 A; 1D5A A; 1A5V A; 2P9U A; 3HTV A; 1IV0 A; 4J2A A; 1BIS A; 1W97 L; 2E4L A; 5M1P A; 4ELT A; 3HST B; 4H0V B; 4FL9 A; 4DS4 A; 4I2Q A; 4FVU A; 4HUG A; 1MDU B; 1SS6 A; 4H8K A; 1JL1 A; 3NGY A; 1C0F A; 4O55 A; 3HM8 A; 4A2A A; 5M1F A; 4CES A; 3O1W A; 1CLQ A; 3KD5 E; 4JK7 A; 3ZT1 A; 1QHA A; 4KH6 A; 4RW8 A; 4OX9 K; 2IOC A; 1B9F A; 4YDU C; 4DR6 K; 1LV5 A; 3VES A; 4JKG B; 3EN9 A; 1ZC6 A; 1G99 A; 4LF7 K; 3DXK A; 3IG1 A; 1HPZ A; 2QXF A; 4QS8 A; 4W5Q A; 4F2S A; 3QML A; 5BPL A; 3THY A; 4RW7 A; 1QSY A; 4FPA A; 2RKI A; 4IO8 A; 2D1K A; 1EXQ A; 1XQS C; 3I56 N; 4FJ5 A; 4IDH A; 3AV9 A; 3C65 A; 4WQ4 C; 3CM6 A; 4AHU A; 2Q0U A; 3O9Q A; 3NH1 A; 3RMA A; 3UKU B; 3HPG A; 1KVC A; 3AA2 A; 3ZSW A; 3QEV A; 4KBO A; 3DLE A; 1WSJ A; 2OZM A; 2W40 A; 2GWJ A; 4WCE L; 1Z05 A; 4FJ7 A; 1RT7 A; 4CEZ A; 4LH5 A; 4OO1 J; 1LWE A; 3VQ7 A; 2QWM A; 5JS2 A; 1RT6 A; 3ZSV A; 4CJU A; 4Z0U A; 3JSM A; 3AA3 A; 4LFC K; 5BPM A; 1BQM A; 3OYE A; 4FPB A; 3MCA B; 1XNR K; 4QS7 A; 1TUU A; 5AQG A; 3BP8 A; 2HST A; 3MK6 A; 4MDB A; 3V1O A; 3CJA A; 4I9L A; 4C8N A; 4PKH A; 1XMQ K; 3TAP A; 5BR9 A; 1U45 A; 2KKZ A; 1VSK A; 1VSI A; 3TTF A; 3NF7 A; 1BCM A; 3JXU A; 1DGK N; 3H1V X; 2YJF A; 3BF3 A; 1XNQ K; 2OTJ N; 1BL3 A; 1HJR A; 4OPK A; 3HOT A; 2P9I B; 1GOB A; 2G8W A; 1GLA G; 2W6K A; 3C7N B; 1K6Y A; 5C0Y A; 3K59 A; 1JLF A; 4CBX A; 4JHD A; 1NGE A; 4BG9 A; 3HYF A; 4PQU A; 4QCL A; 4BRC A; 5DMR A; 3ZET B; 3AVA A; 3AO5 A; 3O9S A; 1L3T A; 3RMC A; 4Z4H A; 3V1Q A; 4GKJ K; 1RBT A; 4FWR A; 4CJK A; 4KH4 A; 3H08 A; 2F96 A; 3KK1 A; 3PLA A; 5AQJ A; 2DFE A; 4Z4C A; 3CQX A; 1S72 N; 3M8R A; 3J80 O; 4DTR A; 4FWM A; 3ZSZ A; 1HKG A; 4FLT A; 3KHY A; 5AQF A; 4FJN A; 3MEG A; 2GTD A; 4FJK A; 2DFF A; 3NDK A; 5EOY A; 3ID8 A; 2NUB A; 1F21 A; 4FK4 A; 2Z1I A; 3ISN C; 4FW1 A; 3NAE A; 5HL7 L; 1YHQ N; 1TL1 A; 1NKC A; 4JS5 A; 2D0A A; 1IG9 A; 1T6C A; 5LMU K; 4BE1 A; 4IBN A; 4Q0B A; 3N4Q A; 3AY9 A; 2HNY A; 2NRV A; 4DQQ A; 1TAQ A; 3O5B A; 3S3N A; 4FCY A; 2B6A A; 2JGU A; 4YOW A; 4HUE A; 3FZM A; 3CCQ N; 2Q0R A; 4WFA L; 4DU1 A; 3PSF A; 5GAG P; 3F9M A; 2E2N A; 3GDQ A; 4FOE A; 4Y0W A; 4DTS A; 1B9D A; 1QQO A; 2D0O A; 1U48 A; 1Q9Y A; 3DJC A; 4BWM A; 1ZBI A; 1UA1 A; 3PSI A; 4KHN A; 1A5X A; 5FLX O; 3MEE A; 1W0H A; 3SI6 A; 4KRE A; 2IDO A; 1XC9 A; 4J8F A; 2ATQ A; 3NMU A; 2IIR A; 1RT4 A; 3O3F A; 4FYD A; 3C6H A; 3OYA A; 5HRO A; 3TU5 A; 3WXI A; 4PL8 A; 5KPT A; 3L3V A; 3C6T A; 4DTN A; 4B3R K; 2HVI A; 4DR7 K; 4CFB A; 4NB4 A; 3PIO L; 4O8U A; 3K9K A; 2XY8 A; 1QS4 A; 4CK3 A; 3CM5 A; 4J2B A; 3CD6 N; 3OS1 A; 4BDZ A; 1K8K B; 1RDC A; 4LSL A; 3CCS N; 3QEX A; 1LAW A; 3OBY A; 3H3N O; 1WLJ A; 4AM6 A; 3ZSO A; 2IVO A; 4IFV A; 4H4O A; 3OYL A; 4CCH A; 4GW6 A; 1VHX A; 4C1N I; 4CZG A; 2CGJ A; 3ZCM A; 1HYS A; 3K5N A; 1NK8 A; 3T1H K; 4FJG A; 2NRT A; 4PUO A; 1FKO A; 2UU9 K; 4JN4 A; 4FWQ A; 3MX2 A; 4JD2 A; 4M3U A; 5E41 A; 3QER A; 1XHZ A; 3LDN A; 1HYZ A; 4CED A; 4LH4 A; 1TKT A; 5C2F A; 1QVG M; 5E84 A; 4CF9 A; 4DV2 K; 1JLQ A; 3DYA A; 4DV0 K; 4KFB A; 2E2Q A; 1QZ5 A; 3U9Z A; 2E1Z A; 1J5O A; 4BGB A; 3MXJ A; 4F9O A; 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3L2Q A; 4E7L A; 1FK9 A; 3S3O A; 5JVH L; 4JI4 K; 2QWL A; 3VMF B; 4WYB A; 3OYK A; 4ELV A; 1BHL A; 4TSX A; 4JI6 K; 3OYI A; 3GBT A; 3QEI A; 3G10 A; 4M45 A; 1FJG K; 3OJU A; 3E9P A; 4BVO A; 1RIL A; 3TAQ A; 3DI6 A; 3TI0 A; 3AVM A; 3DRP A; 2P9N B; 3IFR A; 3W3D A; 3D45 A; 2F9W A; 4FVM A; 1YI2 N; 2UUA K; 4AHV A; 4CHQ A; 2Y1I A; 1U47 A; 1VQ8 N; 4RW4 A; 3CFR A; 3RSE B; 3ZX3 A; 5ADX A; 3ZT3 A; 3S41 A; 4DTM A; 3CPE A; 3NCI A; 1NGG A; 1KFS A; 1U2V A; 3LPU A; 2GEL A; 1KCF A; 5FRO A; 4E7I A; 2WC9 A; 1WUA A; 1RDA A; 1EWQ A; 2FF6 A; 5E26 A; 2OAN A; 4BR4 A; 3LAK A; 2VGM A; 1WSG A; 3C94 A; 3P4I A; 4WQ5 A; 1GOA A; 3LAL A; 1KFD A; 4FJX A; 3R1X A; 4DSE A; 3SNN A; 4X62 K; 2GUI A; 3H3O B; 3MDQ A; 4M3X A; 5HRS A; 3RVC A; 1ZBL A; 4FZX C; 1BU6 O; 4N47 A; 4BRM A; 2GBZ A; 4DV5 K; 3TTD A; 2QWP A; 3V9U A; 4DFP A; 3P31 A; 3D6R A; 4YNQ A; 3OA9 A; 4DTJ A; 3B8A X; 4H0Y B; 1M1K O; 3M6G A; 4DV4 K; 1DKG D; 3TAR A; 3MCP A; 4DLE A; 1T8E A; 4IEE A; 3TAM A; 5C15 A; 3FR0 A; 2V7Y A; 3QFP A; 1NWK A; 1LAV A; 2UXD K; 4AF1 A; 3UKR A; 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