The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
|
sequence length |
116
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structure length |
116
|
Chain Sequence |
b'KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A structural basis for streptomycin-induced misreading of the genetic code.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| total genus |
30
|
| structure length |
116
|
| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DV7 K; 2VQE K; 4JI5 K; 4LF6 K; 1N33 K; 4AQY K; 4CW7 B; 4B3S K; 1XMO K; 4YHH K; 1HNX K; 1I94 K; 5IWA K; 4B3R K; 4JI8 K; 1XNR K; 2ZM6 K; 3OTO K; 4K0K K; 4DR2 K; 5LL6 Z; 4DUZ K; 4DR6 K; 5FLX O; 2UUA K; 4DR1 K; 4V19 S; 3J81 O; 4DV4 K; 2UU9 K; 3J80 O; 1HNW K; 4LF5 K; 4LFA K; 3JAM O; 4NXN K; 1IBK K; 1HR0 K; 2UUC K; 4DV3 K; 4DV5 K; 2UXD K; 1XNQ K; 1FJG K; 4DV2 K; 1XMQ K; 2VQF K; 4OX9 K; 2E5L K; 4DV0 K; 1N32 K; 4DV6 K; 4DR5 K; 3J7Y P; 4YY3 K; 5IT9 O; 4CVN E; 4DV1 K; 4KHP K; 1IBL K; 2UXC K; 3T1H K; 4LF9 K; 1N36 K; 4B3M K; 4LFC K; 4DUY K; 2UUB K; 4NXM K; 4X66 K; 2UXB K; 4DR3 K; 1J5E K; 4JI6 K; 5AJ3 K; 4JYA K; 5A2Q O; 4X62 K; 4X64 K; 4LF8 K; 4LF4 K; 1IBM K; 4DR4 K; 3J7A P; 4JI0 K; 2F4V K; 4JI3 K; 4JI1 K; 4LFB K; 3T1Y K; 4JV5 K; 4LF7 K; 4DR7 K; 4JI4 K; 4B3T K; 4JI7 K; 5LMN K; 5BR8 K; 1N34 K; 4JI2 K; 5LMU K; 4GKJ K; 2HHH K; 4X65 K; 4GKK K; 1HNZ K; #chains in the Genus database with same CATH topology 2OCE A; 1DEJ A; 1KAY A; 1FK9 A; 3O3F A; 4C8M A; 1YXQ A; 3VER A; 1IKW A; 3VQE A; 1HNV A; 3H3O B; 5HBM A; 3CJA A; 3THX A; 1K73 O; 5HP1 A; 3V4I A; 4CHY A; 3ZSX A; 3NVK A; 1F21 A; 4DKW A; 1MU2 A; 4CGG A; 3VQP A; 3VF4 A; 2G8K A; 2IS3 A; 3F5T A; 2D1K A; 3M6G A; 2FBT A; 4CZG A; 2NRV A; 4JS5 A; 4DTM A; 2G8V A; 1IG8 A; 2YHY A; 3ZT4 A; 1VQ4 N; 3H3N O; 3T3F A; 2UU9 K; 1EO1 A; 3KVG A; 4CK1 A; 1NGF A; 2HHT A; 2A3Z A; 4EIA A; 3C6T A; 5AQY A; 4BRE A; 3V1R A; 4BRK A; 3OBW A; 1LAW A; 4H5W A; 4WFN L; 1NMD A; 3MEC A; 2I7P A; 1Q9Y A; 4CGD A; 1XQS C; 3DRS A; 5AQV A; 5AQJ A; 2X6S A; 4CJR A; 3DI6 A; 3HRG A; 3TAM A; 5KRS A; 2OPR A; 1VQO N; 2E5L K; 3ULD A; 2Y1J A; 1VQ8 N; 3DRR A; 2ZJR L; 5FDL A; 4DTP A; 4NB4 A; 4EZ9 A; 3DXM B; 1VSH A; 5C0Y A; 4CJW A; 3PO4 A; 2IDO A; 4OPA A; 4AHR A; 2OPP A; 3SV3 A; 4B3M K; 1VSF A; 1TK8 A; 4MDB A; 4L3Q A; 4X66 K; 3IDH A; 3MX2 A; 1KVB A; 3DLH A; 4JYA K; 3CJB A; 1A5W A; 1KCF A; 2ZJQ L; 4H4M A; 4C8O A; 1VAZ A; 3K9J A; 3PV8 A; 3S3M A; 1J6Z A; 3T69 A; 4EP4 A; 4K25 A; 3NGZ A; 4FJG A; 4E7K A; 3WNG A; 4IWV A; 4CZL A; 1YIJ N; 4KPY A; 4ISE A; 4ELT A; 1TGO A; 5FPD A; 4X65 K; 5J2P A; 3ZEU B; 1VSJ A; 4CF9 A; 3CJC A; 3CC4 N; 5C25 A; 4JKC A; 3OYC A; 3OBY A; 4FL9 A; 3AVF A; 4IJN A; 5AR0 A; 1ZC6 A; 4FZZ A; 5GAH P; 4ILG B; 2P9L B; 1Q86 O; 1BUP A; 1NWK A; 3I8B A; 3M1F A; 1RGI A; 3MN6 A; 5DMR A; 3PIO L; 2VYP A; 3NF8 A; 3SBG A; 1XWL A; 1ZBS A; 2Z1G A; 3HM9 A; 3ENH A; 1RDU A; 2O4I A; 3QBW A; 4DR6 K; 3JXU A; 3DOL A; 4KTQ A; 3FZK A; 3K9K A; 5C24 A; 4N56 A; 3RRG A; 3SPZ A; 3LP3 A; 1NGH A; 4GMJ B; 1W0H A; 4DV4 K; 3M8P A; 1MWK A; 4DQI A; 2Z1I A; 1X3M A; 1OKJ A; 3CF5 L; 3TAE A; 4R79 A; 4CES A; 2QWP A; 3CPE A; 3R1X A; 4UY8 O; 3CQ8 A; 1TYQ A; 3L3V A; 1HR0 K; 1HKG A; 5HRS A; 3CXC M; 1HQE A; 3OY9 A; 4BR0 A; 3BZC A; 1VQ6 N; 3ISN C; 3DLK A; 3VEY A; 1C1B A; 4H0X B; 2XY6 A; 1DTQ A; 4CFB A; 2XY5 A; 1RDD A; 3I33 A; 4E19 A; 1O1W A; 2YJE A; 2BGG A; 3O1W A; 4LH4 A; 2VGN A; 3DOK A; 3MWT A; 3ZX0 A; 4AHV A; 1RT1 A; 3KWI A; 2FC0 A; 4JKD A; 1JCE A; 1IBL K; 3S3O A; 2UXC K; 1HUX A; 2DY4 A; 3VQA A; 1P8Z A; 4IDK A; 5BRD A; 1M90 O; 1JLG A; 3QFU A; 2Z1J A; 4PA1 A; 1G15 A; 4FJ5 A; 3VQ8 A; 2UUB K; 2HBJ A; 5JVH L; 1S9G A; 5SWM A; 4WYB A; 4CEF A; 3KK3 A; 1QQO A; 4H5N A; 2Q1N A; 3O6W A; 3HT3 A; 1IBM K; 4FWQ A; 2P9N B; 4EZ6 A; 3HZ6 A; 2YX6 A; 3QIC A; 1WSG A; 3VQD A; 3VTH A; 4NLB A; 3GG4 A; 3K58 A; 2A1R A; 2PZS A; 4J8F A; 3CYM A; 2E1Y A; 3SK3 A; 2A5X A; 3P39 A; 4H0Y B; 5BPN A; 1TL3 A; 2HNZ A; 1HNZ K; 2X74 A; 4DTX A; 1EET A; 4ZTJ A; 4JI5 K; 4LF6 K; 4I6M A; 4KO0 A; 3THW A; 2X6N A; 4DQP A; 1BO5 O; 2FSN A; 5DM6 L; 4YNQ A; 4JK7 A; 5IWA K; 4DTU A; 1XNR K; 4BRG A; 1QQM A; 1NMN A; 3OTO K; 4U67 L; 1D8Y A; 1C0T A; 3LDL A; 3KLH A; 4DTS A; 3OS0 A; 1BA0 A; 4RW7 A; 2YCH A; 3E66 A; 1RNH A; 3H46 O; 1YTU A; 4J2E A; 1X1P A; 4CEA A; 3AVJ A; 3ZSY A; 4OPH A; 3ITH A; 2W41 A; 2HOE A; 4M7Y A; 2NRW A; 3NAE A; 2KFZ A; 2P9P A; 4JKH A; 4CEE A; 4CJK A; 3TAP A; 3MN5 A; 3TU5 A; 3D2F A; 4GV9 A; 4BRA A; 3LAN A; 3LP2 A; 4HWI A; 3WXJ A; 1ATN A; 1NGG A; 2F9W A; 1Q8I A; 4C8L A; 4DV2 K; 2O8B B; 3IUC A; 3QIO A; 3W0L A; 4IFE A; 2PFU A; 2ZGY A; 3H08 A; 1DLO A; 4CI6 A; 3J7Y P; 4CIF A; 2P9U A; 1U49 A; 1JLE A; 3CM6 A; 1YJ9 N; 3FFI A; 4DFP A; 5BPL A; 4BQZ A; 1TL1 A; 3DLG A; 3V1O A; 5TKW A; 3AA3 A; 2QM1 A; 5KTQ A; 4LFC K; 2GV9 A; 1QHT A; 3ZT1 A; 5A2Q O; 1J5O A; 3SAF A; 4QS8 A; 3MED A; 3TPQ A; 4Z4H A; 5EVZ A; 4A59 A; 5KPT A; 1XI1 A; 4FLT A; 3O9T A; 4CJS A; 4B9V A; 4KFB A; 4FJX A; 4LF7 K; 4K8X A; 1WAF A; 2PBD A; 4JI4 K; 4B3T K; 3CHW A; 2RHK A; 1NNE A; 2A41 A; 5E41 A; 2AA4 A; 3KK2 A; 1TKD A; 4WQ4 A; 4PUO A; 3UKU A; 4CGJ A; 3B8A X; 3NE6 A; 3V6D A; 1WSE A; 2YJF A; 3SBT A; 4WFA L; 5EX5 A; 2PYL A; 4KH6 A; 2V7Y A; 2I7N A; 4C1N K; 1RT5 A; 3O4Q A; 3SJJ A; 2IVN A; 1WAJ A; 2HHQ A; 4EP5 A; 5B8H A; 3ALY A; 2WOM A; 5M1N A; 4XH5 A; 1KVA A; 5HRP A; 1K8K B; 1NK9 A; 4BAC A; 5BRF A; 1RDC A; 5AQM A; 2QW9 A; 1NOZ A; 4BDP A; 1VQM N; 4KH4 A; 3T1A A; 2GWK A; 3CQX A; 3C95 A; 1QHA A; 4YOU A; 3SCX A; 1HYZ A; 2VCP A; 3ASM A; 4CF1 A; 4KHW A; 4FJL A; 3KK7 A; 3SYZ A; 4CER A; 4BVP A; 3HOT A; 4YOY A; 1BI4 B; 3ZT0 A; 3DM2 A; 4FZX C; 2A42 A; 3O8M A; 3UIQ A; 1KLN A; 4FPA A; 4E3S A; 1WB9 A; 2NUB A; 3PSI A; 4XH4 A; 3RMC A; 3L4Q A; 1REV A; 1HYV A; 2BH1 A; 3AVK A; 3MN7 A; 1SL0 A; 4B9S A; 1YIT N; 1BCM A; 2HBL A; 4CCH A; 5AQG A; 4CJ4 A; 2WBN A; 4DTJ A; 4FWN A; 3L2Q A; 1HX1 A; 4H5R A; 1CZ9 A; 4AM6 A; 1KAZ A; 3WXK A; 5C2D A; 4CIE A; 3KLE A; 3WQU A; 3KKS A; 3M3Z A; 1XC9 A; 2YKN A; 4I9L A; 3C6A A; 4DR4 K; 3SUP A; 3O80 A; 5C12 A; 1VQK N; 3MWP A; 3TTF A; 4CJE A; 4JI3 K; 1B92 A; 1TK5 A; 4ELU A; 3OYH A; 1JLC A; 2HMI A; 3THX B; 1SQK A; 4IJA A; 1ZBF A; 1N34 K; 1XHZ A; 1VQ7 N; 4MQ3 A; 3UKR A; 3KLG A; 4C8K A; 1U47 A; 3EN9 A; 1SL1 A; 2AP1 A; 4MFB A; 2F96 A; 1HRH A; 2Q36 A; 3MCP A; 1VRT A; 3A5L C; 3ZSV A; 3OYM A; 4Y1C A; 4YDU C; 1BG3 A; 4DHY A; 1L5U A; 1VQ9 N; 2VG7 A; 4YHH K; 2O8D A; 2GTD A; 3G71 N; 4B3R K; 3MEE A; 4BC4 A; 4RW8 A; 3C0B A; 2D0P A; 2OTJ N; 4DFM A; 2ZM6 K; 1UOC A; 4XIU A; 4CZI A; 4DSJ A; 3CD6 N; 1HYS A; 4CK2 A; 3M5R A; 3ATU A; 4H4O A; 2NRX A; 5LJW A; 4BWJ A; 1TUY A; 3NF7 A; 1J54 A; 2Q0U A; 1NJW A; 4CHN A; 2XY8 A; 1C0G A; 3LM2 A; 2ZWH A; 3AAR A; 3O4W A; 2LSN A; 1RT7 A; 3SNN A; 1K9M O; 4KB1 A; 5BN8 A; 3HL8 A; 4CK3 A; 4FOI A; 4CJF A; 1SKW A; 1BWF O; 1T3V A; 3VEZ A; 4CIG A; 3EZ5 A; 1VQN N; 1QQC A; 1L3S A; 4NO7 A; 4CE9 A; 5AFU A; 4CHQ A; 4RW6 A; 4CJ7 A; 5IT9 O; 3O9R A; 1NGE A; 4A5A A; 1SKS A; 4DQ8 A; 3T1H K; 3OYE A; 4LF9 K; 1Y64 A; 5FPM A; 1HKC A; 1NBW A; 4IOA L; 3CCQ N; 3VEV A; 3F2K A; 4ISG A; 4Y1D A; 4CBW A; 2G8F A; 4K43 A; 2BUP A; 4RWT A; 1QVG M; 4B1V A; 1WSJ A; 1NK5 A; 3I56 N; 2FXU A; 4H0O A; 3RMD A; 3MXI A; 3LDP A; 4JKA A; 4DG1 A; 4LFB K; 2GWJ A; 4O8K A; 3DWL A; 2WON A; 1RIL A; 3J8A A; 3VQ4 A; 3RMB A; 4DSF A; 5KPR A; 3F9K A; 4JI2 K; 3NH2 A; 2YNH A; 3VQ7 A; 2GUP A; 3U9Z A; 3PX6 A; 4GKK K; 1ATS A; 3T19 A; 2FBY A; 3IKM A; 2VQE K; 4F2S A; 3VN5 A; 1N33 K; 4H8K A; 1TAU A; 4OJR A; 3EEQ A; 4CGH A; 4O0J A; 3VQ5 A; 2W40 A; 4W5R A; 3O3G A; 4DWI A; 1S3X A; 3MMV A; 3VET A; 2QKK A; 1ZBU A; 4O44 A; 5FRO A; 4M63 C; 4CZM A; 3QER A; 3OJS A; 1C1A A; 5J1E A; 1N5Y A; 1TYQ B; 3C7N A; 4PKG A; 1ASW A; 2KLA A; 1RBR A; 2O8C A; 1YI2 N; 5GIN A; 1KVC A; 2IVO A; 5AQH A; 4CFC A; 3LPT A; 4B1U B; 4F9O A; 3ZSW A; 1JXE A; 4FLW A; 3CJ9 A; 4CD1 A; 3RRH A; 3M8R A; 4PWD A; 4FWR A; 4Z4G A; 4DV3 K; 2VGM A; 5HRR A; 3HOS A; 5SZT A; 2QA4 N; 5F2R A; 1X3N A; 4FLZ A; 4M3R A; 5JLF A; 1DKG D; 3CCE N; 2E6L A; 2ZF5 O; 5AQX A; 2P51 A; 2F8T A; 3G6E N; 4DQS A; 5LJV A; 4YY3 K; 1BA1 A; 3AVM A; 3EYZ A; 4WQ5 C; 1LW0 A; 3HM8 A; 3V9U A; 4FW2 A; 2RPI A; 4XH1 A; 2GBZ A; 4BC2 A; 3PX0 A; 3OYF A; 3OYL A; 3AY9 A; 2A6A A; 2A1S A; 1W9H A; 1QZ5 A; 4FJK A; 5AJ3 K; 1J5E K; 4JI6 K; 5JLH A; 2BDP A; 2ASP A; 4GVM A; 5BRE A; 3LL3 A; 4JS4 A; 4X64 K; 4C23 A; 4FJH A; 4BRH A; 3SI6 A; 4GW6 A; 5BRH A; 5C15 A; 3THW B; 1Q9X A; 4HVJ A; 4M41 A; 5JIC A; 4CHZ A; 3AAQ A; 2VWJ A; 3A5M C; 1QE1 A; 4B9U A; 4IO9 L; 1GLE G; 3CC2 N; 1X9J A; 2P9S A; 1DT9 A; 3F9M A; 3GDQ A; 4DS5 A; 4JI7 K; 5BR8 K; 2VWB A; 4MO5 A; 4QS7 A; 5LY3 A; 4U7B A; 2RE2 A; 3ZSR A; 4C1N I; 1EWQ A; 4ILJ A; 2P5G A; 5KRT A; 3ULE A; 2HB5 A; 4FWM A; 4DSI A; 1C0F A; 3ZSQ A; 2ZGZ A; 4Z94 A; 2KZM A; 4RW4 A; 1U48 A; 4JRQ A; 4CW7 B; 2ASM A; 4N5S A; 1YTA A; 2F9T A; 1RBV A; 3WEE B; 4CF8 A; 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5CE3 A; 5FPE A; 3BZK A; 4LD0 A; 5EXW A; 4QCL A; 1VSI A; 4CD3 A; 1ILY A; 1JLQ A; 2YV0 X; 3A5N C; 3KLF A; 1JCF A; 4JKG B; 1RFQ A; 1TKZ A; 3LAM A; 5KGW A; 3LZJ A; 4KRE A; 3D7E O; 2QWN A; 2YHW A; 1NU0 A; 4FWL A; 2Q2R A; 3ENB A; 4LH5 A; 3AA2 A; 2V51 B; 2HBK A; 2DPN A; 4OGC A; 1TVR A; 4IO8 A; 1HNW K; 3O5B A; 4G1Q A; 1D5A A; 5AQT A; 3C6U A; 2G8H A; 2D0C A; 1UA0 A; 2D4W A; 1LOT B; 2E2N A; 3U8X A; 4B08 A; 5JS1 A; 1L3T A; 1X9W A; 2RF2 A; 3MAQ A; 3AVI A; 1JLF A; 1RBU A; 3B6P A; 3NF9 A; 4B1Y B; 4BRN A; 1RTD A; 3LWL A; 1IV0 A; 3O9Q A; 3SUN A; 2IGI A; 4BRF A; 3DXM A; 1VRU A; 3I0R A; 4OX9 K; 1L3V A; 5F1X A; 1T03 A; 3D2E B; 5K14 A; 3L8B A; 3RVC A; 4CBU A; 3WNF A; 2ETJ A; 1WN7 A; 4AM7 A; 3DAW A; 4BGA A; 2Q97 A; 2HVI A; 3DYA A; 3R6M A; 3GOI A; 3L2W A; 4QS9 A; 2ZQB A; 4KHN A; 5T7B A; 3HPH A; 1HQU A; 3FR0 A; 3H1Q A; 3O08 A; 1S22 A; 4M45 A; 4QAG A; 4X62 K; 5DM7 L; 4CHO A; 4K41 A; 3UKR B; 2ZJP L; 2NRZ A; 4Q0B A; 1B9D A; 3A5O C; 4GVE A; 1ZXO A; 4H0T B; 3CCU N; 1Y97 A; 1KSP A; 5AQI A; 5AQL A; 5CHI A; 1TAQ A; 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