The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A structural basis for streptomycin-induced misreading of the genetic code.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
28
|
| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2UUB K; 4OX9 K; 4AQY K; 2HHH K; 4DR7 K; 4YHH K; 4DV2 K; 4LF4 K; 4DV3 K; 3T1Y K; 4JI6 K; 4JI8 K; 2UUA K; 4JI7 K; 4JI0 K; 4JI4 K; 4NXN K; 4LFC K; 1N36 K; 1J5E K; 4DR2 K; 4CW7 B; 3J81 O; 1XNR K; 1HNW K; 4K0K K; 4LF5 K; 4X66 K; 4LF7 K; 4V19 S; 4LF9 K; 3OTO K; 4JI5 K; 4DR3 K; 5IWA K; 4LFA K; 2UXD K; 4KHP K; 2UUC K; 2UXC K; 1IBK K; 2VQE K; 2F4V K; 4X65 K; 4DUZ K; 3JAM O; 3J80 O; 4B3T K; 4X64 K; 1IBL K; 2VQF K; 4GKJ K; 4X62 K; 4YY3 K; 5IT9 O; 4JYA K; 4LF6 K; 1FJG K; 3T1H K; 2ZM6 K; 4DV0 K; 1XMO K; 4DUY K; 4CVN E; 4DV1 K; 2UXB K; 1XNQ K; 2E5L K; 4DR4 K; 1N32 K; 4DV5 K; 1HNX K; 1N33 K; 4GKK K; 1I94 K; 5FLX O; 1XMQ K; 4NXM K; 5BR8 K; 5LMU K; 4B3S K; 4JV5 K; 5LL6 Z; 4LFB K; 4JI3 K; 1HNZ K; 4DV6 K; 4DR5 K; 3J7A P; 4DR1 K; 4DV7 K; 4JI1 K; 3J7Y P; 1HR0 K; 1IBM K; 2UU9 K; 4JI2 K; 5AJ3 K; 5A2Q O; 4DR6 K; 4B3M K; 5LMN K; 4DV4 K; 4B3R K; 1N34 K; 4LF8 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3NDK A; 3JXU A; 2E4L A; 2HST A; 1RDC A; 4O0J A; 4ELV A; 5DMR A; 3LZJ A; 4DTJ A; 1KAY A; 5AQY A; 4OJR A; 3CFP A; 5HRO A; 3GDQ A; 4FWR A; 5AQO A; 3KD1 E; 4H5N A; 4IEI A; 1Q7Y O; 1JCG A; 3ISN C; 3A5N C; 3O9R A; 5JMV A; 2A5X A; 3CCV N; 4RG8 A; 4E7J A; 4FVM A; 1VK0 A; 2O8D B; 4DS4 A; 3H46 O; 5AQS A; 3KK3 A; 3RVC A; 3SUQ A; 1NKE A; 4DLG A; 3UE5 A; 3G25 A; 4B08 A; 4RW8 A; 2E2N A; 1NK4 A; 4CGJ A; 3V81 A; 1QHA A; 3KLF A; 2Z1J A; 1EX4 A; 3ZET A; 2RKI A; 2ZJR L; 1D5A A; 4FJ7 A; 3MXJ A; 1RT6 A; 3SCX A; 3WNE A; 1RDD A; 2P9S B; 1JLA A; 3K5N A; 4DV1 K; 5GIO A; 3EZW A; 2O8E B; 2E5L K; 2ZGY A; 4DR4 K; 2NUB A; 4GKK K; 3M8P A; 1LWE A; 4HTL A; 1VSK A; 4H0Y B; 3NH0 A; 3AVN A; 4KFB A; 4XH4 A; 3VPZ A; 4AHV A; 4EHT A; 4LD0 A; 3ITH A; 4DG1 A; 5LJW A; 3SJH A; 4A5B A; 1NK6 A; 2ASO A; 2FSJ A; 4PL8 A; 5AQK A; 5BPL A; 3S3O A; 3KD5 E; 4PWD A; 3JYT A; 2OTL N; 2Z1I A; 4I6M A; 4Z4E A; 1KFD A; 3MXM A; 2Q3S A; 2YNI A; 3CF5 L; 3LZI A; 3EE9 A; 3PX6 A; 3EEQ A; 4E1M A; 5C2D A; 4WQ4 A; 2XY7 A; 4GY2 B; 3O3F A; 3V9Z A; 1DGK N; 4BRG A; 1NMD A; 1N34 K; 1RT4 A; 2J4R A; 3VA3 A; 1NGC A; 4CJW A; 4BGB A; 3V9X A; 3GE1 A; 4OGE A; 3B6O A; 3KWG A; 3O4N A; 4DFP A; 2OPS A; 1SL2 A; 1RT7 A; 4ISE A; 1J5E K; 3NBP A; 1U47 A; 1IJJ A; 3B6P A; 2OZS A; 1S6Q A; 4W5R A; 3V1O A; 4AM6 A; 4IO9 L; 1BGX T; 1ATS A; 4KHN A; 1NNE A; 2F8T A; 3HZ6 A; 3A5M C; 5GAE P; 3H08 A; 3ZT2 A; 2Q0U A; 1S72 N; 4O55 A; 4FK4 A; 2HHV A; 5AQI A; 5AQM A; 4CGH A; 4ELT A; 1TKZ A; 3MEE A; 3P83 D; 1N5Y A; 2VG7 A; 4CK1 A; 2HMP A; 4JK8 A; 5M1Q A; 1C0M A; 2YHB A; 4FLU A; 4FSV A; 3R8E A; 4B9N A; 4M41 A; 2GEL A; 5KQD A; 3SPZ A; 2XY6 A; 1FKP A; 3THY B; 4PL7 A; 1Q8I A; 2E1Y A; 1TAQ A; 3QIO A; 3TAG A; 1IG9 A; 1IV0 A; 1NGG A; 1GLA G; 4FJH A; 1B9F A; 4CHP A; 4CCH A; 3V9S A; 2IVP A; 1Z26 A; 3DM2 A; 5BN9 A; 2PYJ A; 3HRG A; 4BR0 A; 2QWO A; 2V51 B; 5KRT A; 4CF0 A; 3E9P A; 4GW6 A; 3EKS A; 4LFB K; 1RGI A; 3CG7 A; 2IGI A; 1HNZ K; 4M3W A; 3L4I A; 1JXB A; 2VG6 A; 4KH6 A; 3KKS A; 5AQT A; 2P5O A; 1VRU A; 3LM2 A; 3UKU A; 1V4T A; 2F9W A; 3QET A; 3VQB A; 1RBS A; 1ASV A; 2GUI A; 3KLI A; 4CEF A; 3MAQ A; 4LSL A; 1S1U A; 3ZSX A; 3VEX A; 4B1V A; 4JKE A; 2UUB K; 1FKO A; 4C8M A; 5AQR A; 4JN4 A; 4E1N A; 1KLM A; 4LF4 K; 1LW0 A; 1UAX A; 2JLE A; 3TSP A; 3NF7 A; 4HUE A; 3HP9 A; 4JI6 K; 3SQ4 A; 3MMV A; 1VQ5 N; 1WLJ A; 4O0I A; 4JI0 K; 4FWP A; 4E7K A; 3ZT0 A; 3O1B A; 3NF9 A; 2HNY A; 4CGI A; 2FBT A; 3K5M A; 1Q9X A; 3L2W A; 2QKK A; 4Z4C A; 3AY9 A; 3H1Q A; 2A6A A; 2OPQ A; 4CD1 A; 3VOV A; 4DFK A; 2EWS A; 2WUS A; 1YIJ N; 5BR9 A; 2V7Z A; 1NGB A; 4KI6 A; 3D2F B; 4W5T A; 3C7N A; 2W42 A; 1IBK K; 4DSK A; 4FZZ A; 3QBW A; 2NRV A; 4H0O A; 2ATQ A; 3VF4 A; 3ENB A; 3FLC O; 3CPW M; 3TI0 A; 1KLN A; 3V9U A; 3NVK A; 2HF3 A; 1LW2 A; 4C23 A; 3D45 A; 4OPA A; 5F2R A; 3FE1 A; 1TKX A; 3T69 A; 4DHY A; 4JYA K; 5C42 A; 1FJG K; 3M5R A; 4N41 A; 3F2K A; 4DU1 A; 4H0T B; 1XQS C; 3HPH A; 2P9I A; 4BVO A; 1NJX A; 3AV9 A; 3E01 A; 3LL3 A; 1XUP O; 1X3N A; 3O3G A; 3WQU A; 2A1S A; 4MDB A; 2P9P A; 2GX9 A; 4RCH A; 3ZX2 A; 4GV6 A; 1SL1 A; 2P9U B; 1XC3 A; 2O8E A; 3SK3 A; 3WXI A; 3NGI A; 2FBX A; 5SZT A; 3K59 A; 3M8R A; 4YDU C; 3DAW A; 4B9L A; 4HHT A; 4CK3 A; 1NK9 A; 3UB5 A; 4LSN A; 3C0B A; 2XRI A; 2OA8 A; 2AA4 A; 4HUG A; 5A2Q O; 1U04 A; 4IZ9 A; 4Z94 A; 4CJ5 A; 1BIZ A; 4CFB A; 2E2O A; 4DV4 K; 4FO0 A; 3LAK A; 1X1P A; 2Y1J A; 1JLB A; 1LAW A; 1HQE A; 3R1X A; 2P9K A; 3LDN A; 3AA4 A; 2Q2R A; 2HHQ A; 3SMS A; 4DSE A; 5M1O A; 1J53 A; 4IFY A; 4G9Z A; 2NRH A; 3Q7B A; 1S1T A; 1ATN A; 1ZXO A; 4L3Q A; 2FLO A; 1BOT O; 2AJQ A; 1VQ4 N; 3QEI A; 1JL2 A; 4I7F A; 4MQ3 A; 3MEC A; 4FLV A; 2HHW A; 2IS3 A; 1ZBL A; 3LP2 A; 1MU2 A; 1WN7 A; 1BI4 B; 3L8B A; 4DTS A; 4CJL A; 5CZ2 A; 5LJV A; 5I3U A; 1KSP A; 1TUY A; 2V52 B; 1KVC A; 3K0S A; 4NYF A; 3AGK A; 4CGD A; 4NCA A; 2DY4 A; 4IOC L; 1V4S A; 4X64 K; 2YV0 X; 3DXK A; 2FSN A; 3H3N O; 1XHX A; 5AQV A; 1BO5 O; 1Z6R A; 1QVG M; 2D0O A; 3AO1 A; 3BZC A; 1M1K O; 5CHI A; 2QA4 N; 4M7X A; 4F2S A; 4WQ5 C; 3V9W A; 3IKM A; 1HPZ A; 4IFE A; 2VWJ A; 2QWR A; 2FF3 B; 4H5T A; 3KLH A; 4PA1 A; 4CJT A; 5JLF A; 4DKW A; 3SAG A; 2UXB K; 3KWI A; 1DLO A; 5TKW A; 4J2D A; 3CC7 N; 4DCH A; 1N32 K; 3DWL A; 1HNX K; 3LPT A; 1I94 K; 2QW9 A; 3LP1 A; 3CCS N; 1VSM A; 1SKW A; 4W5O A; 1T3V A; 1TYQ A; 3I8B A; 1I39 A; 2Q31 A; 3AAP A; 4PKH A; 2Q36 A; 1ESV A; 4DV6 K; 3OA9 A; 4MLE A; 4DR5 K; 2A1R A; 2VWK A; 2ETJ A; 4LC9 B; 4IJA A; 5AQQ A; 4IFV A; 4BR2 A; 5AR0 A; 5AQN A; 3VTI A; 2UYT A; 3UKR B; 5AQU A; 4KAZ A; 1ZBF A; 3HYF A; 1NBW A; 2XY5 A; 3TTF A; 4M3T A; 3HO1 A; 1K6Y A; 3UIQ A; 4H03 B; 3FFI A; 3OYB A; 1J5O A; 2HB5 A; 1EWQ A; 3DLE A; 3P5J A; 2KLA A; 4CJ7 A; 4B1Z A; 1WAF A; 4IG0 A; 4O44 A; 3VEO A; 1TV6 A; 4F9O A; 2O8B A; 3VQE A; 4BRC A; 1X9J A; 2GEM A; 3CC4 N; 1VQ8 N; 1Q18 A; 1MA9 B; 1YXQ A; 5M1N A; 2HNZ A; 3CCQ N; 4FK2 A; 3EZ5 A; 1BCO A; 2DTU A; 4X66 K; 3SPY A; 2B6A A; 1U4B A; 5M1P A; 3CMA N; 5HBM A; 3HSC A; 4FJ5 A; 1ZYQ A; 1T8E A; 1Q81 O; 4CHN A; 4JS5 A; 4Z0U A; 2VQE K; 3CHW A; 1VQK N; 3M8S A; 4DQI A; 4KHS A; 2ASM A; 4X65 K; 3J80 O; 4NCB A; 4OVL A; 3ZSZ A; 4KV8 A; 2VQF K; 2HHX A; 4ICL A; 4IJN A; 4M42 A; 4LF6 K; 5J2N A; 5AQG A; 3RWU A; 4JKD A; 2ZE2 A; 4BRI A; 1RT5 A; 3RSE B; 1E4G T; 1YTU A; 4H4O A; 5M1K A; 5TKY A; 3O3H A; 3HJF A; 1E4F T; 3CFR A; 1EXQ A; 1IKV A; 3BZK A; 3D7E O; 3QIN A; 3BY5 A; 3RMD A; 3DI6 A; 3LDL A; 3AO4 A; 3KHY A; 2QTD A; 2HBK A; 3OYI A; 4H0X B; 5KTQ A; 1WBB A; 3SJJ A; 4Z4G A; 2LSN A; 4JV5 K; 1UOC A; 4Z4H A; 4DSL A; 4FZX C; 4DFM A; 4A5A A; 4CEE A; 4CBW A; 4CJP A; 3U4L A; 3LAN A; 3ENO A; 1A5V A; 3AVH A; 4N47 A; 5D3G A; 1YJW N; 2F9T A; 4J8F A; 1VQM N; 1B9D A; 3KZB A; 5HLF A; 4B9T A; 2KQ2 A; 1WNS A; 4CEC A; 1YT3 A; 3CFO A; 3QEW A; 2A40 A; 4K8X A; 1TUU A; 2ZWH A; 4WCE L; 1T03 A; 3PSF A; 4CEO A; 1BA1 A; 4DR7 K; 4AHR A; 3SAF A; 3P38 A; 3AA2 A; 3TTC A; 1CLQ A; 4KI4 A; 3D2E B; 5FDL A; 2ZQB A; 3SUP A; 4NYN A; 3HK2 A; 4OGC A; 3O1W A; 4K0K K; 2DPN A; 2QK9 A; 1F21 A; 1QSY A; 2D0B A; 3S9H A; 2Q0R A; 4IG3 A; 3FZK A; 1TAU A; 1RT3 A; 1X3M A; 4JI5 K; 4LFA K; 3DLG A; 4NCG A; 2XHB A; 2W40 A; 4R5P A; 4F3T A; 3AO3 A; 4H8K A; 4CZH A; 1XI1 A; 2A42 A; 2F4V K; 3DRP A; 1QTM A; 4CFC A; 4OPK A; 4YOU A; 4K43 A; 3WQT A; 3VN5 A; 2D0C A; 1HRH A; 2JWK A; 4QS9 A; 1K8K B; 4K42 A; 2JWL A; 1D4X A; 4CK2 A; 4CZG A; 5CYQ A; 4YOW A; 2IDO A; 4A57 A; 4DV0 K; 3CJC A; 4CVN E; 1D9D A; 3K5O A; 2HND A; 4AHT A; 4DSI A; 5CY4 A; 1YAG A; 1MWM A; 1HYV A; 3MX5 A; 1K73 O; 1GLB G; 4FJG A; 5BR8 K; 4B3S K; 3MX2 A; 3OBW A; 3G71 N; 3CQ8 A; 4OLA A; 2WON A; 4EZ6 A; 3AVM A; 3P4I A; 2CGJ A; 4BRL A; 4FK0 A; 1EQY A; 1VQO N; 3ENH A; 1U2V A; 2Q1N A; 3TAR A; 1Y64 A; 4AHC A; 4F8R A; 4FPB A; 3ZYY X; 4FVU A; 3D6R A; 3NVM A; 2ZJP L; 2QXL A; 2F96 A; 4CJF A; 5LMN K; 2R7Y A; 2GBZ A; 1RDB A; 3RMB A; 5BPM A; 2D1K A; 2HVH A; 1NJZ A; 3HST B; 3OHR A; 3O80 A; 1D8Y A; 4FOE A; 4OX9 K; 3S41 A; 4ZTF A; 5KI6 A; 3LAL A; 1RNH A; 4F3O A; 2P9L B; 1KCF A; 4DV3 K; 4IDK A; 2ZGZ A; 3T1Y K; 2P9N B; 1JLE A; 4JI8 K; 1W97 L; 2UUA K; 3TWH A; 4H0V B; 4NXN K; 1BL3 A; 4FWL A; 3E1Y A; 1YJN N; 4JHD B; 4AHU A; 3AVK A; 1KAZ A; 2I7P A; 1W9H A; 3DYA A; 2EX3 A; 3WEE B; 4BGA A; 3THX B; 2FXU A; 2IVO A; 4JKB A; 4KHP K; 1A5X A; 2A41 A; 1C1B A; 3LM9 A; 3CET A; 3LP3 A; 1XHZ A; 3HVT A; 2GV9 A; 2ITG A; 3CQY A; 2NNW A; 2NRT A; 1J9A A; 1GLF O; 3WNH A; 3OW2 M; 4NLB A; 3MXI A; 2NRZ A; 3R3L A; 4B3T K; 3TSU A; 4KH5 A; 2G8U A; 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1T6D A; 4DR3 K; 4FWQ A; 1Q82 O; 3L0Q A; 5JS1 A; 5HP1 A; 4DSJ A; 4M7Y A; 3ZEU B; 4B8C A; 4UY8 O; 4MDA A; 3JAM O; 3K2P A; 3VQ5 A; 4E3S A; 4QCL A; 1W2B M; 4Q0B A; 3EO3 A; 1GLD G; 1C0T A; 4XEI A; 3BDP A; 5GAG P; 3SYZ A; 2OTJ N; 3PO4 A; 1QQO A; 4FCY A; 5AZJ B; 2OCE A; 1WUA A; 4CEQ A; 4GMJ B; 3L3U A; 2E2Q A; 1S5J A; 3P1G A; 4ELU A; 1NKB A; 4FM0 A; 1HLU A; 1BCM A; 3KTQ A; 1GLL O; 5C10 A; 3CER A; 1BIS A; 2G8K A; 2KFZ A; 3ASM A; 4KH4 A; 4DLE A; 4CER A; 1VQL N; 3QDK A; 4CJU A; 1VSD A; 2O8D A; 4OPJ A; 1CXU A; 1L3T A; 2XY8 A; 3DMJ A; 3ZT3 A; 5FRN A; 4IEE A; 2WBN A; 2HOE A; 1DTQ A; 2FBY A; 3PV8 A; 3AVI A; 4DWI A; 4DR6 K; 2FC0 A; 3M1F A; 3DOK A; 1MDU B; 2P9S A; 1IH7 A; 1CXQ A; 3C6A A; 3SV4 A; 4KTW A; 3HTV A; 1ATR A; 4F4K A; 1NK8 A; 3QLH A; 4KTZ A; 1H1V A; 3OS1 A; 4QOZ B; 3O4Q A; 2VYP A; 3NGZ A; 3QEX A; 2O8F B; 3TAF A; 1WB9 A; 3OYK A; 1L3V A; 1WBD A; 3E9O A; 4BC3 A; 3MCA B; 4AHS A; 4GVE A; 4A2A A; 4CW7 B; 3J81 O; 3VQP A; 4OLB A; 1Y97 A; 1KC8 O; 4R79 A; 3QFU A; 4CZM A; 4V19 S; 3ZT1 A; 2E6L A; 3AAR A; 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