The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
|
sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A structural basis for streptomycin-induced misreading of the genetic code.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
27
|
| structure length |
119
|
| sequence length |
119
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1XMQ K; 5A2Q O; 4JI1 K; 4DV7 K; 4LF5 K; 4JV5 K; 3T1H K; 1HNW K; 4JI0 K; 4YHH K; 5LMN K; 4NXM K; 4CW7 B; 4JYA K; 4X62 K; 3J81 O; 2ZM6 K; 4DR5 K; 2VQE K; 5BR8 K; 5IT9 O; 4DR2 K; 4JI8 K; 2UXD K; 4LF7 K; 2UUB K; 4DR1 K; 1N36 K; 4OX9 K; 4B3S K; 4LF6 K; 4YY3 K; 4K0K K; 4X66 K; 4DV6 K; 4JI5 K; 4JI4 K; 4AQY K; 1N33 K; 2VQF K; 3J7Y P; 3T1Y K; 4B3M K; 1IBK K; 5AJ3 K; 4GKJ K; 4JI3 K; 4B3T K; 4DR7 K; 4X64 K; 5LMU K; 4CVN E; 4LF9 K; 3J7A P; 4DV5 K; 1IBM K; 4X65 K; 3OTO K; 4B3R K; 5IWA K; 1HR0 K; 2HHH K; 2UUC K; 1N32 K; 4DV0 K; 1I94 K; 4LFB K; 1XMO K; 1N34 K; 4KHP K; 4DUY K; 3JAM O; 4DV3 K; 1XNQ K; 4LF4 K; 1J5E K; 5FLX O; 4LFA K; 2UXB K; 4DUZ K; 4JI2 K; 4DR3 K; 2UXC K; 1HNX K; 4DR6 K; 1FJG K; 4JI6 K; 4NXN K; 4LF8 K; 4DV4 K; 2F4V K; 1XNR K; 4DR4 K; 2E5L K; 4JI7 K; 4GKK K; 4LFC K; 3J80 O; 4DV2 K; 2UU9 K; 2UUA K; 4V19 S; 1HNZ K; 1IBL K; 4DV1 K; 5LL6 Z; #chains in the Genus database with same CATH topology 1BOT O; 5HRO A; 2PYJ A; 1R59 O; 4CZG A; 3AGR A; 1YJ9 N; 4HCC A; 2I7N A; 4JKG B; 1IH7 A; 1JKH A; 5ADX A; 4FJH A; 4ZHR A; 1GLL O; 2G8V A; 4NYF A; 4FLZ A; 3NFA A; 1O1W A; 4IEI A; 3KWG A; 3IDH A; 3BF3 A; 3E9O A; 1S1X A; 2KLA A; 4CF9 A; 2HVH A; 4OGC A; 5JVH L; 3THY A; 5J2P A; 4NXM K; 4CW7 B; 4UY8 O; 3VTH A; 4GW6 A; 3NGY A; 4H0Y B; 2GWJ A; 3K2P A; 1JCG A; 5EX5 A; 3AVA A; 3C6A A; 5HRR A; 4XH5 A; 1U47 A; 2Q1N A; 3QIC A; 1SL0 A; 4F8R A; 2HBJ A; 1JL2 A; 1Y97 A; 3VPZ A; 4W5R A; 4YY3 K; 3CG7 A; 3HOS A; 1JLG A; 4B9L A; 3RR7 A; 3TTC A; 2ZJR L; 2KTQ A; 3J7Y P; 3T1Y K; 1NOZ A; 2ASP A; 2ITM A; 1YIJ N; 3V9U A; 1IBK K; 1T6C A; 2VCP A; 4B1Y B; 4Z4G A; 4MFB A; 3D7E O; 3HST B; 3JSM A; 5KPT A; 1QHT A; 4JKC A; 4IOX A; 3V1O A; 4PKI A; 3TI0 A; 3QEP A; 3HBT A; 2Q0R A; 1ASU A; 5JLH A; 4XIU A; 1C0M A; 5ADX H; 3TTD A; 2Z1H A; 5ELZ A; 1EX4 A; 2QWN A; 4Y1D A; 4MLE A; 1L3T A; 4FZX C; 1SS6 A; 3IG1 A; 4JKD A; 1BIZ A; 3VQB A; 1VSL A; 3K59 A; 3MXI A; 4CEA A; 4DFP A; 4B9U A; 1MA9 B; 2HST A; 3FFK B; 1YJN N; 3KVG A; 4E7H A; 1VRT A; 4KO0 A; 2HNY A; 3QET A; 4WF9 L; 4NXN K; 1DTQ A; 4EFH A; 4ZTJ A; 1W2B M; 1XNR K; 4QS8 A; 1B9F A; 3J8A A; 4YOV A; 2IGI A; 2QM1 A; 3OS1 A; 3RRH A; 4F2R A; 1RBR A; 3LPT A; 5JMV A; 4OKE A; 4GV3 A; 3E9P A; 4B1X B; 3OYF A; 3HT3 A; 1A5V A; 4JI0 K; 3S9H A; 4DQR A; 3ZX0 A; 1P8Z A; 1UWB A; 4X62 K; 3QO9 A; 4CK1 A; 3J81 O; 1WSG A; 1Z25 A; 3H1V X; 3VQ6 A; 1T7P A; 1SL1 A; 3V9W A; 1NK7 A; 1BQN A; 4Z4F A; 4MO5 A; 3TSP A; 4FJJ A; 3OJS A; 1S1T A; 2DTU A; 4KHS A; 4JKH A; 4L3Q A; 4AQY K; 4ELT A; 4CIF A; 5JVG L; 4BRG A; 4CGJ A; 3U4L A; 2ATQ A; 3ID8 A; 2QA4 N; 1Y64 A; 4DQS A; 3AGK A; 2VWK A; 3P5J A; 4QAG A; 3LZI A; 4CF8 A; 4K8Z A; 4HTL A; 3QIO A; 3KIO A; 1BIU A; 3THY B; 3LP1 A; 2Q0U A; 5AZI B; 3F73 A; 3PO5 A; 2ASM A; 3ZSO A; 4I9L A; 3QFU A; 2W6L A; 3MN7 A; 3N4Q A; 4QOZ B; 3ULE A; 4MLH A; 2O8F B; 4FJX A; 4M63 C; 1OVY A; 2PAV A; 3IMX A; 1WUA A; 1XQS C; 1D5A A; 2E8A A; 2QEX N; 2A40 A; 3AVN A; 4L8R B; 4DB3 A; 5H1S Q; 5GIO A; 1KFD A; 4C8K A; 2EX3 A; 3EKU A; 4F4K A; 3I0S A; 3ZT0 A; 1S22 A; 4CHO A; 1KXP A; 3CJ1 A; 1NGB A; 4MDB A; 4OGE A; 3OS0 A; 3CER A; 3OYL A; 3LP2 A; 2E2P A; 1L3U A; 2YKN A; 3SJH A; 4HUE A; 1R0A A; 1YVU A; 3THW B; 4LC9 B; 3VQC A; 4EIA A; 4DV7 K; 4EZ9 A; 3TAN A; 1WAF A; 4C23 A; 1Q18 A; 3LAL A; 3NCI A; 4RW4 A; 4N41 A; 5J1E A; 1YHQ N; 3A5O C; 3DLK A; 4FWN A; 4N56 A; 5BN8 A; 3QEV A; 4PUO A; 1ZBS A; 3KK3 A; 4PQU A; 1BHL A; 1WN7 A; 1VQN N; 3NAE A; 4CFC A; 1VSJ A; 2YHA A; 1YJW N; 1ASV A; 1HJO A; 3PV8 A; 3OYB A; 3I8D A; 1BL3 A; 3WXJ A; 1TKD A; 1ZBI A; 3AAQ A; 3UKU B; 3OYI A; 3AVB A; 5GIP A; 3PLA A; 4DQP A; 2Y1I A; 1K9M O; 2E88 A; 4FZZ A; 4BE1 A; 4EHT A; 4BE2 A; 2E6L A; 3P39 A; 5HRP A; 4BRF A; 2X6S A; 5C10 A; 4KHW A; 1IBL K; 3PSI A; 3CIP A; 3WNF A; 3NH0 A; 4E7I A; 4BQZ A; 3HL8 A; 4E0D A; 4HCB A; 1GOA A; 3O8M A; 4AHS A; 4DHY A; 1KFS A; 4FLW A; 4A57 A; 2G8F A; 4IDH A; 1QQM A; 4DTP A; 3V9Z A; 4E3S A; 4JHD A; 4BGB A; 4A2A A; 5HP1 A; 1VSH A; 3BGR A; 3D2F A; 3N4P A; 4K41 A; 2WUS A; 3VQ5 A; 3L2W A; 3KLE A; 2NRT A; 1JLE A; 3NDK A; 2HVI A; 1J5O A; 3TAM A; 4J2B A; 3GDQ A; 4OKK A; 3DLE A; 5FDL A; 3PX6 A; 4YOT A; 2IVN A; 4WFB L; 3UKR B; 4FL9 A; 1X9J A; 1OH6 A; 3LZJ A; 4WFA L; 5DK5 A; 2F9T A; 2YJE A; 4OJR A; 4DF4 A; 4H4M A; 3ID6 A; 4JRP A; 4CIG A; 5BR9 A; 4FO0 A; 4GVM A; 3RMB A; 1TKZ A; 3SI6 A; 3IKM A; 3O3G A; 2CGJ A; 3HK2 A; 1IJJ A; 3U9D A; 3ULE B; 3BUZ B; 3VQQ A; 2D0C A; 1ATR A; 5FRO A; 2I7P A; 4PL7 A; 5JLF A; 4IG0 A; 4AHV A; 1HNV A; 3AVH A; 5BPM A; 4BG8 A; 1JLB A; 4KV8 A; 1T44 A; 1KD1 O; 1RT7 A; 2NNW A; 5AFU A; 1T6D A; 2P9N A; 3SQ1 A; 5KRT A; 2P51 A; 4F3T A; 3ITH A; 2WTU A; 1UA0 A; 1Q82 O; 4FJN A; 4EP5 A; 2OTJ N; 3CPW M; 3DWL A; 4BR0 A; 1YVN A; 1KC8 O; 2P9L A; 1U45 A; 1NK0 A; 1NBW A; 1QSS A; 4AHU A; 3QB0 A; 4O44 A; 4NLC A; 3NF9 A; 3DJC A; 3LP3 A; 3WXI A; 5FRN A; 3CJ9 A; 4B3M K; 4RTF D; 2OYQ A; 2DFF A; 3QML A; 3VF6 A; 3H6E A; 1JL1 A; 2QXL A; 3CCR N; 3D6R A; 4W5Q A; 1LWF A; 2P9S B; 5AQL A; 5M1P A; 4N5S A; 4KI6 A; 5AQK A; 3QBW A; 1T3V A; 4FOI A; 4Z4H A; 3SPZ A; 3LDQ A; 1U2V B; 4CJ5 A; 2E1Y A; 2BTF A; 1YI2 N; 1WB9 A; 4IDK A; 3CQ8 A; 4CZJ A; 5T7B A; 1RTH A; 4H5W A; 3VQD A; 1KVA A; 3HP9 A; 3VQ8 A; 1S5J A; 3OYN A; 2GX9 A; 4H0X B; 2BUP A; 4LF4 K; 2OCE A; 4FWM A; 2B6A A; 5I42 A; 1NNE A; 2G8W A; 5GAG P; 2DFH A; 5AQN A; 3C6H A; 1IKX A; 4JI2 K; 1LW2 A; 4Z4E A; 4B3O A; 3CCM N; 3DYA A; 3AAR A; 2NRR A; 3TAE A; 1IKW A; 2RPI A; 3SBT A; 2FLO A; 5I9E B; 2O8B A; 1LCU A; 1X3M A; 1RGI A; 2E5L K; 1OVQ A; 4JKG A; 2A1S A; 1QTM A; 3O80 A; 2X74 A; 3GL1 A; 4DV2 K; 4KPY A; 1QQC A; 5AQT A; 4CJW A; 4KH5 A; 2XO7 A; 2FBT A; 3L4Q A; 2XY8 A; 3NH2 A; 3CYM A; 3Q7C A; 3VER A; 1XMQ K; 1M1K O; 1TL1 A; 2IAJ A; 3OYJ A; 3FGU A; 2ZQB A; 3NH1 A; 4ID1 A; 2A6A A; 3KK2 A; 4KRE A; 3AO5 A; 4M3W A; 4FJM A; 5D3G A; 1J9A A; 3FR0 A; 4M3X A; 2IS3 A; 5C2D A; 4DTX A; 1D9F A; 3BZC A; 4B3S K; 3BEX A; 3V1Q A; 3VEY A; 1HJR A; 1KQS M; 3LDS A; 1ATS A; 4BRE A; 3O1B A; 4DFM A; 3CQY A; 1E4F T; 1VQL N; 4DTM A; 5CY4 A; 4BRA A; 3M1F A; 3VEO A; 4JI3 K; 4JKA A; 2BDP A; 4XH4 A; 4E1N A; 1QSY A; 1RT1 A; 3HVT A; 4CZE A; 1NU0 A; 3CPE A; 4FM0 A; 5AQW A; 1N5Y A; 3BP8 A; 3K58 A; 1IG8 A; 4DLG A; 4H5R A; 5AQG A; 4CJ3 A; 3HJF A; 4GNI A; 4KTW A; 4M41 A; 2OPQ A; 3O4W A; 4CI6 A; 1Q81 O; 5E84 A; 3MDQ A; 4BQL A; 2VGN A; 3VF2 A; 2Q97 A; 2F8T A; 5AQP A; 3QLH A; 3T1A A; 2W42 A; 2QKK A; 1TAU A; 5C0Y A; 3MED A; 3MXJ A; 4OLA A; 2CGL A; 4QS7 A; 3CME N; 3S3N A; 2OPP A; 1GLE G; 4DTO A; 1HMV A; 2HHT A; 1VSK A; 2AP1 A; 2Y1J A; 1HPZ A; 4Q0B A; 1VQ7 N; 5BPN A; 3MAQ A; 3B8A X; 5FPN A; 1Z6R A; 2F4V K; 3PO4 A; 4A5B A; 3V9S A; 1S6P A; 5C15 A; 3AA2 A; 5M1Q A; 1JLF A; 4JK9 A; 3CFO A; 1C0G A; 1C0U A; 1OH5 A; 3ZET B; 4B08 A; 4PKG A; 2BAN A; 3SZ2 A; 4IO9 L; 3V1R A; 1RTD A; 3F9M A; 2NZT A; 4DKW A; 2HHV A; 1Z05 A; 3ZSZ A; 4CZL A; 2XY5 A; 3SV4 A; 3AVM A; 4DTN A; 4GVE A; 3AVF A; 2JWK A; 3H46 O; 1GLD G; 4FLV A; 3VES A; 2Q2R A; 1NGA A; 1S1U A; 1IKY A; 3R1X A; 4CF2 A; 1X9M A; 1NK8 A; 1ILY A; 4FJK A; 1NGI A; 3C0B A; 3A5N C; 5AQU A; 3AVI A; 2AA4 A; 5TKY A; 1N33 K; 1CXU A; 3DXK B; 4CZH A; 5FPD A; 1CXQ A; 5AZI A; 1HX1 A; 4BRQ A; 4DQQ A; 4X64 K; 5LMU K; 1ASW A; 4KTZ A; 3VQ4 A; 1TK8 A; 2O8F A; 2KFZ A; 4R79 A; 3VTI A; 3OTO K; 4BR2 A; 5IWA K; 3L0Q A; 4BC2 A; 2RF2 A; 5C42 A; 3TSU A; 3TAQ A; 1HLU A; 3MCA B; 4IWV A; 3CCS N; 2D5R A; 3LL3 A; 2HMI A; 2G8I A; 4K25 A; 3A5L C; 4I2P A; 1BG3 A; 3UB5 A; 3S3O A; 1GLJ O; 4LFA K; 2YV0 X; 3O1W A; 4JK8 A; 1RTJ A; 3OA9 A; 3MMV A; 2XY6 A; 4DQI A; 3PIO L; 3SBG A; 4I6M B; 1SQK A; 3WQT A; 3MEC A; 1OH8 A; 1KAY A; 4BRO A; 4FCY A; 4FVU A; 4RW7 A; 2HMP A; 4YOU A; 1JCE A; 4JI6 K; 4HVJ A; 4CK3 A; 2Z1I A; 1ZBF A; 4B1W B; 3MX5 A; 1HQE A; 3K5O A; 4CGD A; 4DV4 K; 4RG8 A; 1TL3 A; 3THW A; 3P83 D; 2HW3 A; 3RMC A; 4O8U A; 1B92 A; 2WC9 A; 2FBV A; 1CZ9 A; 4IBN A; 2OZS A; 4MO4 A; 1S1V A; 4M7X A; 2V7Y A; 1JXB A; 5FPE A; 4KB1 A; 3AAP A; 3HPH A; 1I3A A; 3MWT A; 4IEE A; 5GAH P; 2G8U A; 1P90 A; 2JLE A; 2E4L A; 3VA3 A; 2A41 A; 1BA1 A; 3UKU A; 4KRF A; 4DQ8 A; 2OZM A; 2ZWH A; 4FWQ A; 4N76 A; 2VQE K; 3DLB A; 1U04 A; 4ILG B; 3NGI A; 2HB5 A; 2YCH A; 1U4B A; 2UUB K; 4CGI A; 1X9S A; 1BU6 O; 2FBX A; 3SPY A; 3L2Q A; 2PY5 A; 1ITG A; 4CD1 A; 1RTI A; 2FSN A; 3EO3 A; 4M3U A; 3CQX A; 3JXU A; 4YOR A; 3D45 A; 4KI4 A; 4KAZ A; 2E6M A; 2VG6 A; 4AHT A; 4NCB A; 3OYK A; 3FE1 A; 4QCL A; 3VEW A; 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2HBM A; 2P9S A; 3ZCM A; 1GLB G; 1TK0 A; 4CF1 A; 3CC7 N; 4FLT A; 3C94 A; 2YHY A; 1JLQ A; 3L4I A; 4ILJ A; 1LV5 A; 4RCH A; 1U2V A; 4OLB A; 4OO1 J; 4YNQ A; 3DRS A; 4CCH A; 1WOQ A; 1VQ5 N; 1BCM A; 2QXF A; 2P1J A; 1RCH A; 4A62 A; 3H08 A; 2E20 A; 1HR0 K; 3QIN A; 2UUC K; 3Q7B A; 4FK4 A; 1J6Z A; 4HHT A; 4LFB K; 4CJP A; 4FJL A; 2P9I A; 1N34 K; 2WFB A; 3VN5 A; 4GV6 A; 1NK9 A; 3JAM O; 3LM2 A; 1K73 O; 1XHZ A; 1X3N A; 4LD0 A; 2UXB K; 1HPM A; 3RRG A; 5SWM A; 4EZ6 A; 3E66 A; 2FF3 B; 3AA5 X; 1Q9Y A; 1ZC6 A; 4IOA L; 1MU2 A; 1H1V A; 4FWL A; 4DTU A; 4NO7 A; 3HOT A; 1W97 L; 3D2E B; 4CGF A; 5M1K A; 1JJ2 M; 3H45 C; 4IOC L; 1GOB A; 3BDP A; 3ALY A; 3DRR A; 3QEI A; 4J2A A; 1C1C A; 4WQ5 C; 3NBP A; 2W6K A; 5AZJ B; 3WXL A; 3PIP L; 3TAP A; 1SZ2 A; 1Q86 O; 2O8D A; 4JD2 B; 1WSF A; 3O9R A; 2QWQ A; 2YHX A; 2UUA K; 3LAM A; 3GOI A; 3OBW A; 4J8F A; 4JS5 A; 4JYA K; 4TSX A; 4ZTF A; 1HYS A; 5JS1 A; 4R5P A; 3CXC M; 3R3L A; 3SQ0 A; 3L8B A; 3MWP A; 2X78 A; 2DY4 A; 4CZF A; 3BF1 A; 2GTD A; 1N6Q A; 1YF5 L; 2F9W A; 4AF1 A; 3FLC O; 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