The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
|
sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
b'KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A structural basis for streptomycin-induced misreading of the genetic code.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| total genus |
27
|
| structure length |
119
|
| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4LF7 K; 2UU9 K; 4X66 K; 4DR7 K; 4JI0 K; 4X64 K; 4LF8 K; 2VQE K; 4V19 S; 2F4V K; 2UUB K; 4JI2 K; 5LMN K; 4DV3 K; 4DV2 K; 3J80 O; 2ZM6 K; 3J7Y P; 5IWA K; 2UUC K; 4AQY K; 1IBL K; 4DR6 K; 5IT9 O; 1HNX K; 4B3T K; 5BR8 K; 4JYA K; 5LMU K; 1IBM K; 4GKJ K; 2E5L K; 5AJ3 K; 5LL6 Z; 4JI6 K; 2UXC K; 4NXN K; 4JI1 K; 4KHP K; 1FJG K; 5A2Q O; 4B3S K; 4DR1 K; 4LF4 K; 3J7A P; 4LF6 K; 1XMQ K; 4B3M K; 4LFC K; 2UUA K; 2UXB K; 4DUY K; 4OX9 K; 1XNR K; 4DR4 K; 4DR2 K; 4JI4 K; 4DV0 K; 4X65 K; 1XNQ K; 1I94 K; 1XMO K; 4DV4 K; 2UXD K; 4DV6 K; 1N34 K; 4X62 K; 1N36 K; 4JI7 K; 4YY3 K; 1N32 K; 3T1Y K; 1N33 K; 3JAM O; 3J81 O; 4K0K K; 1IBK K; 1HNZ K; 4CVN E; 5FLX O; 4CW7 B; 4NXM K; 4JV5 K; 1HNW K; 4YHH K; 4DR5 K; 4JI8 K; 4GKK K; 3T1H K; 4JI3 K; 4DV5 K; 4JI5 K; 4LF5 K; 4B3R K; 4DV1 K; 2HHH K; 4LFA K; 1J5E K; 2VQF K; 3OTO K; 4DV7 K; 1HR0 K; 4LFB K; 4DUZ K; 4DR3 K; 4LF9 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 2WC9 A; 3LAM A; 4PHT X; 2VG5 A; 4W5Q A; 4FZX C; 5F1X A; 3LZJ A; 4E7J A; 2HVI A; 4IBN A; 3CC7 N; 4JKH A; 1TGO A; 4OGC A; 3KLH A; 3J80 O; 4DTX A; 4FJM A; 2ZM6 K; 3CD6 N; 3MX2 A; 2QM1 A; 1W7A A; 1IBL K; 2QKK A; 3SYZ A; 5FPN A; 3E9O A; 2VG7 A; 3UB5 A; 1KC8 O; 3DXK B; 5DK5 A; 4GNI A; 4FM1 A; 2Z1H A; 3TWH A; 3O9U A; 3EZW A; 4CHY A; 2GWJ A; 1HX1 A; 5GIO A; 1NNE A; 3BZC A; 4B8A B; 4CF0 A; 2P9L A; 3C95 A; 4RCH A; 4FJN A; 3O9Q A; 2ZWH A; 2QXF A; 4GVE A; 1G99 A; 4JLH A; 4QS8 A; 2Q36 A; 3QIO A; 2Q0R A; 1TKX A; 3HST B; 4NCA A; 1ATN A; 3M5R A; 1N34 K; 2E2N A; 4X62 K; 3QBX A; 1VQN N; 1CLQ A; 3K9J A; 4F3T A; 3ZSY A; 3P5J A; 2O8B A; 2ZJQ L; 3WXI A; 3KVG A; 4NO7 A; 2F7T A; 4WF9 L; 3W0L A; 4CGH A; 1OVQ A; 1W97 L; 3HJF A; 4E89 A; 2XY5 A; 4DSL A; 3I0S A; 1RT3 A; 2BDP A; 3F73 A; 3VEO A; 4NLB A; 1SUQ A; 4C8O A; 2XRI A; 3RMC A; 3G10 A; 4BRE A; 4CIF A; 4ISG A; 3TAF A; 4DSJ A; 5JLH A; 1V4S A; 3MN7 A; 3TAN A; 5EOY A; 2YJE A; 3C65 A; 3HM8 A; 2B5J A; 4OO1 J; 5KI6 A; 1HKC A; 1KAZ A; 4CF9 A; 3OTO K; 3HVR A; 4DV7 K; 4CGG A; 4DUZ K; 3O08 A; 2Q2R A; 4FVU A; 2QEX N; 5HP1 A; 3DLL L; 1DT9 A; 3V9Z A; 4JI0 K; 4DF4 A; 2F4V K; 2Q31 A; 4JI2 K; 4B1U B; 1ZBS A; 1VSH A; 3THV A; 4F2R A; 4E19 A; 1ESV A; 1UOC A; 1D9D A; 3SNN A; 3NF7 A; 1KVA A; 2AJQ A; 5AQI A; 3DLE A; 3ULE A; 4DQS A; 1NGA A; 2P9I A; 3DOL A; 3IFR A; 4ILH A; 2NRX A; 3CCJ N; 3DMJ A; 4CGJ A; 4WE1 A; 4M41 A; 2KFN A; 3RRH A; 1IBM K; 3KWG A; 1LW0 A; 1Q81 O; 2Z1J A; 4A57 A; 2GEM A; 3THX A; 1VSI A; 5M1F A; 4FM2 A; 2IAJ A; 1WOQ A; 4CBU A; 4CGF A; 2G8V A; 2UXC K; 4KHP K; 2O8E A; 4C8M A; 1RBV A; 4KHU A; 4C1N I; 1BWF O; 4YDU A; 3BF1 A; 4KHN A; 1JLA A; 2F8S A; 3NFA A; 4C8N A; 1EET A; 3A5N C; 3ZSO A; 2UXB K; 1HNV A; 2YKM A; 1VK0 A; 2VYP A; 5AQT A; 1MDU B; 5BPN A; 3NHG A; 1JCE A; 3VOV A; 2HST A; 4DV4 K; 1KFD A; 1XI1 A; 1ZBH A; 1BIU A; 3ULE B; 2P9I B; 3LWL A; 2PYL A; 4CK1 A; 4QAG A; 3VQE A; 4JK9 A; 4Q0B A; 4M3Z A; 4E1J A; 1IH7 A; 4H5T A; 5GIN A; 4YY3 K; 1TYQ A; 3DJC A; 4BC3 A; 4WQ4 C; 5CZ2 A; 3JAM O; 1FK9 A; 3QEX A; 1J9A A; 4EHU A; 1ZXO A; 3LPU A; 3L3V A; 4YOY A; 2O8E B; 3H45 C; 3RWU A; 1ASU A; 1CXU A; 2RPI A; 4O0I A; 2GUP A; 5EX5 A; 3O4Q A; 1SQK A; 4H0V B; 5E84 A; 3SQ1 A; 4JKC A; 3VEW A; 1HKG A; 1NBW A; 1QSL A; 5CE3 A; 2Y1J A; 1YIT N; 4BDY A; 4YOU A; 4RW8 A; 4HCC A; 3CXC M; 1JLG A; 4DB3 A; 4PUO A; 2YHY A; 4M3X A; 4ILJ A; 1KLM A; 4LC9 B; 3NF9 A; 1BA1 A; 3VN5 A; 1X9M A; 2YHW A; 1VQ7 N; 1K9M O; 4N76 A; 3IRX A; 4YDU C; 1TYQ B; 3VQ4 A; 2ZJP L; 3OYA A; 1BQN A; 2O8D B; 3MEC A; 1K73 O; 1JLB A; 5F2R A; 3CJC A; 4CFB A; 3HZ6 A; 4DKW A; 4H5V A; 5J2Q A; 5LMN K; 4M7Y A; 4AHS A; 2OPP A; 5K14 A; 3ZSQ A; 1JJ2 M; 4FWR A; 5DM7 L; 4DTR A; 3BUZ B; 1WSG A; 4IFY A; 3J7Y P; 4MFB A; 1YVN A; 3VGM A; 5MLC Q; 2V7Z A; 2HB5 A; 1EWQ A; 3HO1 A; 5HRN A; 3C6A A; 3SQ4 A; 4LD0 A; 3AVK A; 4CZI A; 3NVK A; 4BRP A; 4BRF A; 5EY4 A; 4CF8 A; 3D2F A; 3VQD A; 3KD1 E; 3VQQ A; 4DR1 K; 2BTF A; 3VQC A; 3TAG A; 4JK8 A; 2QWN A; 4AHT A; 4JHD B; 3FZH A; 4KHY A; 2NRZ A; 2DFF A; 2CH6 A; 3L3U A; 4JKA A; 3OHR A; 4X65 K; 4F3O A; 3TSQ A; 1GLD G; 2NRW A; 3DRP A; 3PLA A; 3MDQ A; 3VF2 A; 3A0I X; 3U3G A; 3FZM A; 4FLX A; 3O3G A; 5KPT A; 3EEQ A; 2IS3 A; 1Q86 O; 4KH5 A; 1M1K O; 3JS6 A; 3ZEU A; 2PFU A; 5JS1 A; 2KKZ A; 3J81 O; 2EWS A; 1I3A A; 3ISN C; 4CJQ A; 5CZ1 A; 4JV5 K; 4FLY A; 2E4L A; 5KQD A; 3E9P A; 3CFR A; 1XC9 A; 1BI4 B; 3SAG A; 4DTN A; 3LP2 A; 4IJN A; 2W40 A; 3RVC A; 4GKK K; 2HHV A; 1LW2 A; 1X9W A; 1XQS C; 4BQL A; 4DV5 K; 2J4R A; 3LDN A; 3U4L A; 1YI2 N; 3CME N; 1IKV A; 1Z25 A; 5EVZ A; 3CCS N; 3PV8 A; 2P9P A; 2XY8 A; 3CCQ N; 4R5P A; 3OYH A; 2FBY A; 4BE0 A; 3VER A; 3ID8 A; 5AQH A; 3OS1 A; 1P90 A; 5C0Y A; 1YHQ N; 3TSU A; 3F5T A; 4CEZ A; 5HRP A; 4BVO A; 1JCF A; 3J7Z O; 5AZI A; 3CJ1 A; 5IWA K; 4BC5 A; 4CJT A; 2PBD A; 1VSE A; 3L8B A; 4BRG A; 1WSH A; 3QFP A; 3JYT A; 1IKX A; 5M1N A; 1NK8 A; 2OZS A; 3CJB A; 3VA0 A; 5LL6 Z; 5F0X A; 5C15 A; 4KAZ A; 1RDW X; 4H0X B; 3IKM A; 2F8T A; 2P9P B; 4JRP A; 1NK0 A; 4FLZ A; 2KZM A; 1BA0 A; 4BWM A; 4FLT A; 3LPT A; 5C42 A; 4DG1 A; 2WUS A; 1XHZ A; 4F9O A; 4BR4 A; 2HNY A; 4O4G A; 1DEJ A; 4KI4 A; 4IO9 L; 4GV6 A; 3UIQ A; 4O8K A; 1B9D A; 4DV0 K; 5AZI B; 1TUY A; 3LDL A; 3VEN A; 5AZJ B; 3EE8 A; 2VG6 A; 3FR0 A; 3IG1 A; 3KK2 A; 4J2E A; 2P9U B; 2W6K A; 2QTD A; 1RT7 A; 2GWK A; 3CQY A; 3LAL A; 3AO4 A; 3QB0 A; 3OYE A; 2D0B A; 2HVH A; 1NKE A; 4KHS A; 2IC3 A; 3K5N A; 4CJ7 A; 4DQ8 A; 3L2R A; 4BRK A; 3A2F A; 4H03 B; 1V4T A; 4HTU A; 1Z05 A; 3OYD A; 3NGI A; 3VQ6 A; 1ZBL A; 4C23 A; 1Q7Y O; 4AM7 A; 2P9N B; 3R9P A; 1ZBU A; 1KXP A; 5CHI A; 4JI8 K; 1NM1 A; 2GUI A; 4FJ9 A; 1J6Z A; 4R79 A; 3C94 A; 4BRH A; 3CCR N; 5AQL A; 3V9X A; 1J53 A; 4Z0U A; 2F9T A; 3DXM A; 5HRS A; 3BZK A; 1HR0 K; 1X3N A; 3LDO A; 3HM9 A; 3S3M A; 1DTT A; 4WQ5 A; 4Z4H A; 2IVP A; 3G6E N; 1A5V A; 1NK6 A; 3NGZ A; 3HL8 A; 2HHU A; 1RTH A; 2FSJ A; 1NK4 A; 3MED A; 1Q18 A; 1EP4 A; 1K6Y A; 3P31 A; 4FJH A; 1U47 A; 2QK9 A; 4HHT A; 2QWR A; 5AQQ A; 1LCU A; 4JRQ A; 2KLA A; 3JXU A; 1P8Z A; 3LAK A; 3ZET A; 3MAQ A; 4PKG A; 1BUP A; 4KRF A; 1E4F T; 3WNH A; 4FO0 A; 3BP8 A; 4CZG A; 1YXQ A; 3UKR B; 3D7E O; 3ZSV A; 4PQU A; 4AH9 A; 4OKE A; 2D0C A; 4NYF A; 3RMA A; 4FSV A; 3AGR A; 3CQ8 A; 4DF8 A; 1BCM A; 3OYI A; 1I39 A; 1HNI A; 2BAN A; 4CJ4 A; 1W0H A; 4IKF A; 2YHA A; 2GBZ A; 1T7P A; 5HOO A; 3KLI A; 1J54 A; 1NKB A; 1XNQ K; 3H3O B; 4PA1 A; 1J5O A; 1TKD A; 1U6Z A; 1S9E A; 2P5G A; 4YNQ A; 4FLU A; 2NZT A; 4CJK A; 1X9S A; 3L2V A; 2HF3 A; 1IO2 A; 4WQ5 C; 5KRT A; 3AO1 A; 4FWS A; 3ZET B; 3CPW M; 1CZ9 A; 1N32 K; 3HYF A; 2YJF A; 3GL1 A; 2FLO A; 1C1A A; 1QZ6 A; 4JN4 A; 3A5L C; 4FWK A; 4DMN A; 4K43 A; 1UA1 A; 4NXM K; 4JKB A; 1Y64 A; 4KH4 A; 4YHH K; 2ZQB A; 1C1B A; 1SKW A; 3TI0 A; 3HPH A; 3T19 A; 1HQU A; 3ATV A; 3WNG A; 4CJE A; 1OVY A; 4LH4 A; 2FC0 A; 1GLL O; 3H6E A; 5KQ8 A; 3RTV A; 2RHK A; 4Z4E A; 1LAW A; 1KFS A; 4H4O A; 4I9Q A; 1ILY A; 3VQ7 A; 4CF1 A; 2X78 A; 1HYV A; 3P1G A; 3Q7B A; 3VMF B; 4RTF D; 3O4W A; 5AR0 A; 1WAJ A; 3NF6 A; 3CFP A; 3QIN A; 1MWK A; 1OH6 A; 3ZT1 A; 3ZSW A; 1S6Q A; 1T03 A; 4FOE A; 1ITG A; 4FWP A; 4K8X A; 2YNI A; 4KV8 A; 4A2A A; 3AVA A; 4FJK A; 3ZT4 A; 4FK0 A; 3DXK A; 5FPM A; 5BR8 K; 1S1V A; 4AF1 A; 3CER A; 3LWM A; 5AQG A; 4GKJ K; 2KFZ A; 5I42 A; 2X6S A; 1QQO A; 4JI6 K; 4GV3 A; 4CIE A; 1T05 A; 3EKU A; 2GTD A; 3MEE A; 2D0O A; 3BGR A; 3I33 A; 2IVO A; 1U2V A; 1QTM A; 3QLH A; 1SL1 A; 4B1V A; 4FM0 A; 1VQ4 N; 4J8F A; 3SMP A; 4KTQ A; 3CC4 N; 4FJL A; 2KW4 A; 4OLA A; 4A59 A; 4BC2 A; 4CE9 A; 5M1Q A; 4IOA L; 4CJL A; 3CYM A; 1S1X A; 4C1N K; 4FXD A; 3AA2 A; 3GE1 A; 1I94 K; 4XH1 A; 4JKD A; 1YF5 L; 4ZTJ A; 4WFN L; 4Y1D A; 2YHX A; 3KK1 A; 1VQM N; 2A5X A; 1A5W A; 3KIO A; 1C0G A; 1WNS A; 3HOS A; 1HUX A; 1WLJ A; 4ISE A; 3CC2 N; 2B4J A; 1T3V A; 4A5B A; 3RMB A; 3K58 A; 4BVP A; 1R59 O; 2KQ2 A; 3CI5 A; 5TKY A; 4M7X A; 1U2V B; 2P51 A; 1QSY A; 3TTC A; 5JLF A; 3LP0 A; 4N5S A; 3KK3 A; 3OBW A; 1K8K B; 4KB1 A; 2Q1N A; 4CEA A; 2UYT A; 3OBY A; 3VES A; 5HL7 L; 1TKZ A; 4IFV A; 4BY9 C; 5AQO A; 1CZA N; 2HNZ A; 4LF5 K; 3AVL A; 1T8E A; 3CJA A; 5AQM A; 3O9T A; 3O1W A; 3TTD A; 4FWM A; 1U49 A; 4PL7 A; 3MCA B; 4KRE A; 1OH5 A; 3THY A; 5C25 A; 4AHV A; 4V19 S; 1E3M A; 2DFE A; 3FFI A; 1RFQ A; 4RW6 A; 2BUP A; 3SV4 A; 1EX4 A; 4H0Y B; 3V9W A; 4AHU A; 3C6U A; 1LWE A; 2X74 A; 2YKN A; 4FW1 A; 5KTQ A; 4I2P A; 1ZC6 A; 3VQP A; 3HT3 A; 3HI0 A; 1NLV A; 1L3T A; 4JK7 A; 1S1T A; 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1TVR A; 4OPK A; 5LY3 A; 2CGJ A; 1TL3 A; 4PL8 A; 4EP5 A; 1R0A A; 4I7F A; 5AFU A; 1VQ9 N; 2HND A; 3W3D A; 4E0D A; 1FKO A; 3VQB A; 1JLC A; 3WQU A; 3C7N A; 3H08 A; 3MX5 A; 1WBB A; 4JYA K; 3E9L A; 1TK8 A; 2HBK A; 5CYQ A; 1TL1 A; 5JIC A; 1IV0 A; 3HP9 A; 4F8R A; 3A5O C; 1BU6 O; 2O8F B; 1JL1 A; 4CK2 A; 2QWQ A; 5FRN A; 1GOA A; 2V52 B; 5M1P A; 5BRE A; 4H5R A; 4JHD A; 3I55 N; 3ZSX A; 4XIU A; 5I3U A; 4LF4 K; 1WSI A; 2P5O A; 2I7P A; 4PWD A; 1XMQ K; 3SUQ A; 4BC4 A; 5M1K A; 1XC3 A; 3M3Z A; 1E4G T; 3WUH A; 1NJY A; 3TTF A; 1BG3 A; 3ULD A; 3KK7 A; 3AVB A; 3M8R A; 3O6W A; 4NYN A; 1XMO K; 2W6L A; 1MA9 B; 1JLQ A; 3IDH A; 3C7N B; 4B9S A; 3KWI A; 2P1J A; 3NH1 A; 3AA3 A; 1NGB A; 2NRV A; 3GBT A; 4JI7 K; 1GOC A; 3OYM A; 3T1Y K; 2VWJ A; 3OYN A; 1QQC A; 4IO8 A; 4ICL A; 2GV9 A; 3VEV A; 1BI4 A; 1GLF O; 3I0R A; 2WBN A; 1JL2 A; 1BCO A; 3DWL A; 4LSN A; 4DSI A; 4IJA A; 1C1C A; 3VGL A; 3ENO A; 4FJ5 A; 2YX6 A; 4KO0 A; 2NUB A; 4CJS A; 1RGI A; 1LWC A; 3B6O A; 1B92 A; 1HYS A; 2XY7 A; 1TK0 A; 3SMS A; 4CFC A; 4DTS A; 3QML A; 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