The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
117
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structure length |
117
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
A structural basis for streptomycin-induced misreading of the genetic code.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
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| total genus |
28
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| structure length |
117
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| sequence length |
117
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JI0 K; 4CVN E; 4LF9 K; 4DR2 K; 4JI5 K; 5LL6 Z; 4DV7 K; 1XMO K; 4DR6 K; 4JI3 K; 2UXB K; 4LF7 K; 2UUB K; 1IBM K; 4JYA K; 4YHH K; 5BR8 K; 4DV4 K; 1IBL K; 1N32 K; 2UXC K; 4DV6 K; 4LF5 K; 4DR4 K; 3J80 O; 1N34 K; 4DR3 K; 1N33 K; 2HHH K; 4DV3 K; 4X62 K; 4JI7 K; 2UUC K; 4LFB K; 4X65 K; 4OX9 K; 4JV5 K; 4NXM K; 4JI4 K; 2E5L K; 4GKK K; 4NXN K; 3T1H K; 1IBK K; 4YY3 K; 5IT9 O; 4DUZ K; 1XNQ K; 2UUA K; 1HNX K; 5AJ3 K; 4JI1 K; 4CW7 B; 4DV0 K; 4B3R K; 4B3S K; 4DR5 K; 4LF6 K; 1XNR K; 4KHP K; 1J5E K; 4DV5 K; 4DR1 K; 1FJG K; 4X64 K; 1XMQ K; 2VQE K; 2F4V K; 3T1Y K; 4DUY K; 4LFA K; 4JI2 K; 3J7A P; 4LFC K; 4DV2 K; 4LF8 K; 5LMN K; 4GKJ K; 5FLX O; 4B3T K; 1HNZ K; 1HR0 K; 4JI8 K; 4JI6 K; 4X66 K; 3JAM O; 4LF4 K; 2UU9 K; 3J81 O; 4AQY K; 4DV1 K; 5A2Q O; 5IWA K; 5LMU K; 4DR7 K; 2ZM6 K; 1I94 K; 2VQF K; 4K0K K; 2UXD K; 3J7Y P; 3OTO K; 1HNW K; 4V19 S; 4B3M K; 1N36 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4LC9 B; 3O5B A; 1OH8 A; 3C6T A; 2HHQ A; 4BRL A; 3HP6 A; 3KVG A; 3DLL L; 4YOX A; 3OYL A; 2KQ2 A; 3MEC A; 3NGI A; 1VQ7 N; 1YIJ N; 4DR6 K; 3NCI A; 1W97 L; 1IKW A; 3QIC A; 1Q82 O; 4DSE A; 1XC9 A; 2HB5 A; 4ELV A; 4IFE A; 4JKB A; 2YKM A; 4PA1 A; 2Z1I A; 1IJJ A; 3VQB A; 1BO5 O; 3AVJ A; 2F7T A; 1NGE A; 5AQW A; 5KGX A; 4I9Q A; 3CPW M; 1SV5 A; 4BRH A; 4CI6 A; 4F3O A; 3JYT A; 2ZJP L; 3N4Q A; 3O9S A; 3IS9 A; 4HCB A; 2E2O A; 1NGJ A; 1BI4 B; 1NOY A; 4CF0 A; 3OJS A; 4X65 K; 4LFB K; 1QQO A; 3LWL A; 3SV4 A; 1BU6 O; 4CF2 A; 2G8F A; 1WUA A; 1VSL A; 2E5L K; 2FF6 A; 4C8L A; 2G8V A; 3O1B A; 3T1H K; 4CJ7 A; 3VTH A; 1RT7 A; 1RTJ A; 4W5O A; 4W5N A; 3EZW A; 1BWF O; 3ZT1 A; 3FZH A; 3TI0 A; 4ID1 A; 3HOS A; 1LW0 A; 3ZX3 A; 4NLB A; 2D4W A; 5FPD A; 2P9N B; 1I3A A; 1HQU A; 1KFD A; 4OJR A; 3F5T A; 3AO5 A; 1QQC A; 4LFA K; 4YOU A; 4JI2 K; 4DV2 K; 1QTM A; 2DFH A; 3TR8 A; 2YHB A; 2KZZ A; 4NCA A; 3RSE B; 1K6Y A; 2D0C A; 1ZBS A; 2GEL A; 3OA9 A; 4JI6 K; 3ASM A; 3V9X A; 2HF3 A; 2NRH A; 4BVP A; 2YNI A; 1RT1 A; 4OPK A; 3VES A; 1Z26 A; 1EWR A; 2E2P A; 4CZL A; 1C6V A; 3GDQ A; 5KRT A; 3WQU A; 2GUI A; 1IKX A; 4M3U A; 2ZQB A; 4FWS A; 3G10 A; 1NKE A; 1EWQ A; 4RW4 A; 5J2Q A; 3DRP A; 4DLE A; 4B8C A; 1GLC G; 2A5X A; 1NJX A; 2IVO A; 2O8E B; 3BP8 A; 3K5M A; 2DPN A; 3QO9 A; 1HQE A; 3V9Z A; 1QQN A; 4GVE A; 3OYD A; 3D2E B; 4Y1D A; 5HL7 L; 3TAM A; 1IBM K; 3I8D A; 1RDB A; 1TV6 A; 1YXQ A; 4JKG A; 4YFU A; 2AP1 A; 4DFJ A; 2KFZ A; 4M3Y A; 4BRK A; 1QHA A; 1S22 A; 1IKV A; 5MLC Q; 4PUO A; 4CIE A; 3ID8 A; 1ZBH A; 5FRM A; 3R8E A; 4CHZ A; 4DV3 K; 4KI6 A; 1JCE A; 5C25 A; 3B8A X; 4CZG A; 5EU7 A; 3O3H A; 4E7L A; 4WQ5 C; 3RSE A; 3WNG A; 3TAB A; 1DGK N; 4A62 A; 3H3N O; 1I39 A; 2JGU A; 5AQG A; 1LOT B; 3P38 A; 4WYB A; 4JKA A; 3K5O A; 1NGI A; 2XY5 A; 1S1X A; 3QML A; 5AZI B; 2EX3 A; 5FPM A; 4DUZ K; 3FZK A; 1HNX K; 3NH1 A; 3PIO L; 2XY7 A; 5EOY A; 1VQ5 N; 1HJO A; 1HKG A; 3CC7 N; 3BY5 A; 4FLV A; 3D2F B; 3QNO A; 1K8K B; 1QS4 A; 3ZSW A; 3DLR A; 1XMQ K; 4FJX A; 2OZM A; 1Z25 A; 3IKM A; 4H5T A; 4B1V A; 1REV A; 3A5N C; 3T19 A; 1YJN N; 2DFF A; 4H5R A; 3WXI A; 4CED A; 5JLF A; 2UYT A; 1VSI A; 3U3Y A; 4F4K A; 2XY8 A; 4FLY A; 3CJA A; 3HT3 A; 4FWP A; 1OVQ A; 3R1X A; 5FRN A; 4I2Q A; 4DTR A; 4FVM A; 5DM7 L; 3G4S N; 1WSF A; 3AA4 A; 1B9D A; 3DYA A; 4NYF A; 3MED A; 3HVR A; 5KQ8 A; 1B9F A; 3KWI A; 3RRH A; 4FJI A; 4B9N A; 4B1W B; 1A5X A; 4DFM A; 3V9W A; 4OVL A; 4H0O A; 4I2P A; 4BRD A; 1RDD A; 3U8X A; 2E8A A; 4CZH A; 3GL1 A; 2E1Y A; 1C0M A; 4JS4 A; 4DR2 K; 3CCU N; 3AVI A; 3AO1 A; 3P4I A; 2ZJR L; 3OYG A; 4FSV A; 3VN5 A; 3CJ1 A; 5AZI A; 3SPZ A; 1ILY A; 2OPQ A; 4IDH A; 4CFD A; 1NGB A; 5GAG P; 3MEG A; 4K8X A; 4B1Z A; 3D2F A; 1M1K O; 1K8K A; 3L6Q A; 3WNF A; 3FFK B; 4DLG A; 3V1O A; 3VEV A; 3CCV N; 3OVN A; 4H0P A; 3ZX0 A; 1SZ2 A; 3O4W A; 3VGK A; 1KLN A; 3OYF A; 3E9P A; 1HNV A; 4WCE L; 4KTZ A; 2KLA A; 4NXM K; 4JI4 K; 4BE0 A; 1FKP A; 4A2A A; 4H8K A; 2P9K B; 3KLI A; 3PV8 A; 2QWL A; 2HND A; 1HYZ A; 3VQ8 A; 3VQ6 A; 2X6S A; 4FJM A; 3H1Q A; 5IT9 O; 3LDQ A; 1C1C A; 3FZL A; 4FJH A; 4XIU A; 1LWE A; 4UY8 O; 3SV3 A; 3O8M A; 3L0Q A; 4JI1 K; 4JS5 A; 3P39 A; 1HMV A; 5AZJ B; 1WSE A; 5F2R A; 3VQ7 A; 3ZT4 A; 4CF8 A; 3ZT0 A; 3T1Y K; 3HYF A; 1GLD G; 2HBK A; 4BWM A; 1SAZ A; 2Q31 A; 4F2S A; 3ULD A; 2VYP A; 3ATV A; 3CM6 A; 1K73 O; 4H0X B; 2IC3 A; 4CJV A; 4U67 L; 1U2V A; 2O8D B; 4RW8 A; 2P5G A; 4DQP A; 4N76 A; 1V4S A; 4M3Z A; 3AGK A; 1BOT O; 4CES A; 2BTF A; 5CZ2 A; 1W7A A; 3SAG A; 4ID5 A; 3SUN A; 1CLQ A; 3SMS A; 5GAD P; 2E6M A; 4DV5 K; 1IH7 A; 3L2Q A; 3TAP A; 3H08 A; 1ASW A; 4R79 A; 2O8F B; 5HRO A; 4E0D A; 4E1J A; 3DM2 A; 3THY B; 1BIU A; 3OYH A; 3CFO A; 1U6Z A; 3L2R A; 4IXC A; 5AQF A; 2O8C B; 2Q97 A; 4YDU C; 3E9L A; 4JI3 K; 4CK2 A; 4ZTF A; 4DCH A; 3CCQ N; 1NGC A; 3RR8 A; 3DMJ A; 2NRR A; 2NNW A; 3UE5 A; 1RBT A; 3NF6 A; 1YT3 A; 3EKS A; 4BR4 A; 4HVJ A; 1QSY A; 4UQG A; 4KBO A; 1NGA A; 4BRN A; 2DTU A; 2HNZ A; 4DSJ A; 4CJQ A; 3MMV A; 3PX4 A; 3K5L A; 1WAF A; 4LSN A; 4RW7 A; 4IFV A; 5TKW A; 2NRX A; 2P9U B; 4HUG A; 2B5J A; 5FRO A; 3QEP A; 4JV5 K; 4PY5 A; 5EVZ A; 5ELZ A; 1WBD A; 4DQ8 A; 3LP0 A; 2VG6 A; 4G1Q A; 2O8D A; 1EXQ A; 1W0H A; 2WBN A; 3AVL A; 5AQY A; 3ALY A; 4CEO A; 3MXJ A; 2VG5 A; 3QIN A; 3MWP A; 3AA3 A; 2O4I A; 3CCM N; 3DXK B; 4BQL A; 4Q5V A; 2PY5 A; 3BF3 A; 1R0A A; 3HM9 A; 3NVM A; 5ADX A; 1RTD A; 3OYI A; 4DU3 A; 2HBL A; 3TU5 A; 3K59 A; 1KVB A; 5LMN K; 2V7Y A; 4BR5 A; 3QBX A; 3WXM B; 4B3O A; 2IIR A; 3D0P A; 3THY A; 3PUF A; 2FSK A; 1RGI A; 3AAQ A; 3HZ6 A; 5AQO A; 4CGF A; 4YOY A; 1NMD A; 3SPY A; 2O8C A; 4CZJ A; 1VHX A; 3OYC A; 1ESV A; 4B1U B; 2FF3 B; 1DTT A; 4AHS A; 5AQI A; 4CBW A; 4Z4E A; 5KQD A; 3MN7 A; 3JXU A; 5FPE A; 3HBT A; 4QS9 A; 4Z4H A; 2ZM6 K; 1TVR A; 1VSH A; 1Q81 O; 2NRT A; 1LWF A; 5BRF A; 3AVM A; 4DQR A; 3T1A A; 3CJB A; 2P9U A; 4BRA A; 3LDL A; 3U9D A; 1N36 K; 4KHN A; 5C15 A; 2VWJ A; 2GTD A; 3ZSX A; 3CF5 L; 2RPI A; 1QSS A; 2QA4 N; 3EO3 A; 1L3V A; 1C0U A; 5GAE P; 2D0A A; 3DXK A; 4DV4 K; 1IBL K; 3RVC A; 3OYE A; 4ILG B; 4NO7 A; 4CBU A; 4CZE A; 4DV6 K; 2E2N A; 1ZBI A; 3AVC A; 1JL1 A; 4DTP A; 1NJW A; 4FWR A; 3MWT A; 3ZT2 A; 4CCH A; 3CJ9 A; 4O0I A; 3VER A; 3NH2 A; 3LWM A; 4LH4 A; 4A2B A; 4O5F A; 1Q8I A; 1C0T A; 3G71 N; 1IBK K; 4PQU A; 3SYZ A; 1RDW X; 1S6Q A; 5DM6 L; 4AHV A; 1QHT A; 3S3N A; 3ENB A; 3NE6 A; 3NGZ A; 4IG0 A; 3VOV A; 3I56 N; 2QM1 A; 1JLC A; 2NLX A; 5AJ3 K; 1YJW N; 1DLO A; 1NK7 A; 2QWP A; 1TK5 A; 1KSP A; 4JKD A; 1OH7 A; 4EAH D; 3G25 A; 4FZY A; 5D3G A; 3IUC A; 3RMC A; 4OKK A; 3ZEU A; 1H1V A; 3DOL A; 4A5B A; 5KGW A; 3ZSQ A; 4FWO A; 1X9W A; 2LSN A; 1Q9X A; 5J1E A; 3P31 A; 4QCL A; 1HNI A; 4EHU A; 3SAF A; 3DLG A; 3KK2 A; 1SKR A; 4JI8 K; 1OKJ A; 2VGM A; 4LF4 K; 3B6P A; 4CEZ A; 3OS2 A; 1YI2 N; 1M90 O; 3TTD A; 1BIS A; 4KHY A; 1TUU A; 2WOM A; 3QIO A; 1D9D A; 1HLU A; 3QB0 A; 2JWL A; 3QFU A; 4BRC A; 4FZX C; 3C65 A; 3I33 A; 4B9U A; 4JNE A; 3I8B A; 1CZB A; 3ZYY X; 3SZ2 A; 1U45 A; 4N41 A; 4CJT A; 4CJR A; 1S6P A; 3CYM A; 3LAK A; 4C8K A; 3C0B A; 2AA4 A; 3O6W A; 2WC9 A; 5BPM A; 4CZK A; 2F9W A; 3KJV A; 4LF7 K; 4DQI A; 1MWM A; 4O5B A; 5HBM A; 3BUZ B; 4KPY A; 4EIA A; 1HPM A; 4OO1 J; 1VQ9 N; 4W5R A; 4BDZ A; 2FSN A; 2FSJ A; 1NK0 A; 1E3M A; 1S1U A; 1N6Q A; 1YF5 L; 4NYN A; 2HMI A; 3AAP A; 3G6E N; 5AQV A; 4BGA A; 1KAY A; 1HPZ A; 5JIC A; 3THV A; 3O4N A; 3PX0 A; 3O3G A; 3WNH A; 1YUW A; 4WQ5 A; 5CYM A; 3ENO A; 3IFR A; 4I6M A; 4NXN K; 4W5T A; 4CJL A; 2O8B B; 5CYQ A; 1NJY A; 3RWU A; 3CJC A; 1UA0 A; 5BRE A; 1SUQ A; 2HOE A; 1WN7 A; 1C0F A; 3AVG A; 3DLE A; 4E89 A; 3HO1 A; 2IVN A; 4WE1 A; 4M41 A; 1XHZ A; 2ZJQ L; 3T3F A; 1JCG A; 1FJG K; 1NK5 A; 4FYD A; 2Z1G A; 4CER A; 4O55 A; 5I3U A; 1Q18 A; 3EE9 A; 4CF1 A; 4CIF A; 1A5W A; 1YAG A; 4KB0 A; 4JEP A; 1RT3 A; 2HBJ A; 3B6O A; 3J7A P; 2IOC A; 1XQS C; 4WFB L; 4FJL A; 5BRD A; 3AV9 A; 5AQU A; 4XH5 A; 5BN8 A; 4KV8 A; 3LPU A; 4FPB A; 3E66 A; 3DOK A; 2HW3 A; 4CHO A; 4LY7 A; 1T8E A; 5KPZ A; 4A5A A; 1NJZ A; 2YJF A; 1T3V A; 3CCS N; 4BE2 A; 3OYN A; 4FWN A; 4BR0 A; 2VQF K; 4GVM A; 3CG7 A; 1HJR A; 5EX5 A; 4DTN A; 3MK6 A; 3RTV A; 3EE8 A; 3CER A; 1HUX A; 4FJ9 A; 2QWO A; 3QBW A; 4E19 A; 5F1X A; 3BZK A; 2YHX A; 3ZT3 A; 4CJF A; 4AHC A; 4JKF A; 1KD1 O; 2WTU A; 3AVF A; 1NK9 A; 3HSC A; 4CEC A; 4DG1 A; 3G0Z A; 1WB9 A; 5KPT A; 3D45 A; 3KKS A; 4XEI A; 4CEF A; 3NBP A; 3BDP A; 2O8B A; 3H45 C; 4DV7 K; 4H0T B; 3J7Z O; 1NJI O; 4E7J A; 3VGL A; 1JLA A; 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4IZ9 A; 3D2E A; 4CVN E; 2Q2R A; 3K5N A; 1ZBU A; 3OBW A; 3EKU A; 2VWK A; 3HI0 A; 5AFU H; 3W3D A; 3NHG A; 1SQK A; 1VRT A; 5BRH A; 4TSX A; 1BL3 A; 5HP1 A; 3KHY A; 4YDU A; 3VMF B; 5BR8 K; 3VEX A; 2DY4 A; 3KD1 E; 4JHD B; 3QEW A; 3OS1 A; 2KFN A; 3SNN A; 1N34 K; 1YVN A; 3JSM A; 1S3X A; 3EL2 A; 4Z4I A; 4Z4G A; 1JKH A; 4PHT X; 2ETJ A; 3LP3 A; 4DKW A; 3NH0 A; 3M5R A; 4RCH A; 2OPP A; 1WAJ A; 3UB5 A; 4O8U A; 4B9S A; 4E1M A; 1JLB A; 3E01 A; 1KAZ A; 4E7I A; 3MXM A; 3CQX A; 4F2R A; 3QNN A; 4ELU A; 1ZXO A; 3OYM A; 3MEE A; 1ATS A; 1U04 A; 3NFA A; 3O9U A; 1HKB A; 3KLE A; 4DR1 K; 3SUO A; 3ZSY A; 4JRQ A; 3VF6 A; 2P9L B; 5K14 A; 4MLH A; 4O44 A; 3C7N B; 1J53 A; 2HMP A; 2YNF A; 4RW9 A; 2QXF A; 3CCJ N; 1UWB A; 3P83 D; 1WSH A; 3THX B; 3C6H A; 2E6L A; 3DXM B; 3MCP A; 2W6L A; 3FE1 A; 4KHS A; 2JLE A; 3ENH A; 4AHU A; 4BRG A; 2UU9 K; 2Q1N A; 4Z94 A; 3M3Z A; 2YHY A; 2OA8 A; 4DR7 K; 3TAQ A; 4CEQ A; 3ID6 A; 3LDO A; 4QS7 A; 3QLH A; 4CJP A; 5J2P A; 3V6D A; 4BR9 A; 5FPN A; 3K9K A; 2KTQ A; 3PSF A; 3OTO K; 3VEN A; 2V7Z A; 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