The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
117
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structure length |
117
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A structural basis for streptomycin-induced misreading of the genetic code.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
28
|
| structure length |
117
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| sequence length |
117
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DV3 K; 1XNR K; 3T1H K; 1IBM K; 5IWA K; 4GKK K; 4DR3 K; 5AJ3 K; 4JI6 K; 1IBL K; 4DR5 K; 4OX9 K; 4JV5 K; 2VQE K; 2UXC K; 2VQF K; 4NXM K; 4GKJ K; 3OTO K; 4DR7 K; 1HNW K; 3J80 O; 1HNZ K; 4X62 K; 1N34 K; 4X65 K; 4JI4 K; 1XMO K; 4DV4 K; 5LL6 Z; 4JI2 K; 4CW7 B; 4LF4 K; 2UU9 K; 1XNQ K; 4LFC K; 2UUB K; 2ZM6 K; 2HHH K; 4LFB K; 5BR8 K; 2UUC K; 5FLX O; 4X64 K; 1IBK K; 4KHP K; 5IT9 O; 3T1Y K; 4LF8 K; 4K0K K; 4LF7 K; 4JI8 K; 1HR0 K; 4LF6 K; 4DR4 K; 4B3M K; 1I94 K; 4DV6 K; 4CVN E; 4DV7 K; 2UXB K; 5LMU K; 4LF9 K; 4DV0 K; 1N33 K; 4DV1 K; 2E5L K; 4NXN K; 1N32 K; 4JI7 K; 1XMQ K; 3JAM O; 4X66 K; 4DUZ K; 4DR6 K; 5LMN K; 1N36 K; 4LF5 K; 1HNX K; 1FJG K; 2F4V K; 4YY3 K; 4DV5 K; 4B3R K; 4DR2 K; 4JI0 K; 1J5E K; 2UXD K; 5A2Q O; 4AQY K; 4JI5 K; 4JYA K; 2UUA K; 4JI1 K; 4LFA K; 4B3T K; 3J7A P; 4DV2 K; 4DR1 K; 4JI3 K; 4V19 S; 4YHH K; 3J81 O; 4B3S K; 3J7Y P; 4DUY K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1KXP A; 4CGG A; 2IVN A; 1A5W A; 3I8D A; 2KLA A; 3SAG A; 4KB0 A; 1VQ9 N; 1P90 A; 3KK7 A; 1QVG M; 2P9N B; 4JI6 K; 4DS5 A; 1FKP A; 1S3X A; 4NYN A; 3NF9 A; 4DSK A; 3OTO K; 3MWP A; 2QA4 N; 3AVK A; 4BRM A; 3O4Q A; 4CZH A; 5DMR A; 4IFY A; 1SQK A; 3R8E A; 4K8X A; 3VPZ A; 3VF6 A; 3DLB A; 3EZ5 A; 2UU9 K; 5EU7 A; 3SAH A; 3VEY A; 4FK2 A; 1JL1 A; 1RT6 A; 4FJM A; 4ISF A; 3VTH A; 1TKD A; 5GIN A; 4DF4 A; 1DKG D; 3PSI A; 1A5X A; 1SV5 A; 4QOZ B; 4M3W A; 2WC9 A; 3ITH A; 4RW9 A; 1ILY A; 2E2N A; 4JKG B; 1C0M A; 3EKU A; 2YHB A; 5H1S Q; 2H3G X; 3SCX A; 3QET A; 4CGD A; 3UIQ A; 1ZXO A; 1JLC A; 2WUS A; 4KTW A; 4EP5 A; 3CCV N; 2GEM A; 1OVY A; 2HBJ A; 4NXN K; 2BAN A; 1LV5 A; 4E89 A; 4WFA L; 3AA3 A; 1N6Q A; 2OPR A; 1S1X A; 4QCL A; 4X66 K; 1NGH A; 3QFP A; 2OYQ A; 4W5N A; 3L2V A; 3EYZ A; 5FPM A; 4JKD A; 2WTU A; 1C6V A; 1NK6 A; 1JLE A; 3F2K A; 1IJJ A; 1E4F T; 1KD1 O; 1WSE A; 3TI0 A; 1XHZ A; 4OGC A; 2HMI A; 4AHR A; 3LL3 A; 3K58 A; 4CD1 A; 3O9T A; 1T05 A; 3OYG A; 3P1G A; 3WNG A; 1VQ4 N; 2OPS A; 3KK2 A; 2DPN A; 4PKH A; 5KPZ A; 2WFB A; 4KHN A; 2P9U A; 4HUG A; 4B1U B; 3OYM A; 1HKC A; 4GVE A; 4HCC A; 4AHC A; 2P9I A; 3GG4 A; 4Z4H A; 1CXQ A; 4CEZ A; 3AVN A; 4O8K A; 1KSP A; 1FXX A; 4RW8 A; 4IWV A; 3GOI A; 2KFN A; 2A5X A; 2GWJ A; 1YTU A; 1WAJ A; 1OH8 A; 2NZT A; 3HOT A; 1ITG A; 2VGM A; 1HUX A; 1XI1 A; 3THY A; 5AZJ B; 2Z1H A; 1VSD A; 5EX5 A; 4KHU A; 4H5T A; 1OKJ A; 3LZJ A; 2QTD A; 1GLJ O; 4CFB A; 4X62 K; 3EKS A; 3O3H A; 4JI4 K; 4DV4 K; 2Z1G A; 4E1M A; 1T44 A; 1JLQ A; 2JWK A; 2ATQ A; 2FSK A; 3VQC A; 2RHK A; 1WBD A; 1Z25 A; 3RRH A; 1NNE A; 4Z4F A; 1JL2 A; 1W7A A; 4X64 K; 1EWQ A; 1LAV A; 3ATU A; 1GLL O; 4WQ5 C; 2YJF A; 4KV8 A; 4AIL C; 4MFB A; 4YFU A; 4I9Q A; 1DTT A; 1BO5 O; 3TTF A; 1N33 K; 1ATS A; 4M3Z A; 1RDA A; 4NLB A; 5FPE A; 4ZTF A; 1WOQ A; 4HHT A; 4W5Q A; 2AP1 A; 5BRD A; 3RMB A; 4ILG B; 3NHG A; 4NCB A; 3E9P A; 4KH6 A; 4Z4E A; 3VEO A; 3EO3 A; 1T3V A; 1OVQ A; 5KGW A; 1NU0 A; 4JKG A; 5JLH A; 1MWM A; 4FW1 A; 4H4O A; 1YHQ N; 4DU1 A; 5KGX A; 4CHP A; 5AQJ A; 4F2R A; 4DMN A; 4DV5 K; 3IRX A; 4PL7 A; 4CZF A; 1GOB A; 2UUA K; 3O9R A; 2F8T A; 3AV9 A; 3B8A X; 1NGG A; 3DWL A; 2CH5 A; 1KVC A; 1DTQ A; 2XY5 A; 4LY7 A; 2Q97 A; 1IKW A; 1ZBS A; 3LP2 A; 2E20 A; 3OYN A; 4ZHR A; 2J4R A; 4PL8 A; 3DLK A; 1GLE G; 4AHV A; 3AVF A; 1U45 A; 3IG1 A; 4DU3 A; 4DV3 K; 3HSC A; 4RW7 A; 1UWB A; 2P51 A; 4JKH A; 3HP6 A; 1OH5 A; 3CJC A; 4JLH A; 4XIU A; 3EY1 A; 2FF6 A; 3L2U A; 1SL1 A; 1YTA A; 1IKY A; 3L2R A; 4OX9 K; 4JV5 K; 2JLE A; 2HHS A; 3CQY A; 3O80 A; 4WYB A; 1J6Z A; 3LDQ A; 4CJ7 A; 3L2Q A; 4PHT X; 4DR7 K; 4OPH A; 4CFC A; 3S3M A; 2Q31 A; 4HCB A; 1B9D A; 1U49 A; 2KW4 A; 5I9E B; 1RDD A; 4CZJ A; 4DSF A; 2NRV A; 2YKM A; 2D0C A; 1NLV A; 4DFK A; 5M1K A; 3MWT A; 2F96 A; 4EAH D; 2I5J A; 4FLW A; 3C6H A; 1KTQ A; 2GEL A; 4Q0B A; 1NKC A; 3CJ1 A; 3CJ7 A; 4CER A; 4F3O A; 3IKM A; 3RSE B; 4OKE A; 1WAF A; 5AZJ A; 4LF7 K; 4BQL A; 1NMN A; 4KHW A; 5C24 A; 2ZE2 A; 3D7E O; 3DXK B; 1RTI A; 5DM6 L; 3QB0 A; 1VHX A; 4DV6 K; 3FZM A; 3ZSO A; 2P9L B; 1VSK A; 4DB3 A; 4B9L A; 5M1P A; 2HVI A; 2YJE A; 1KFS A; 3VA0 A; 4BR0 A; 1KLN A; 4UQG A; 2VYP A; 5GAG P; 4KBO A; 3ZSZ A; 4CJS A; 5BPL A; 3NAE A; 1SAZ A; 4BRN A; 3AGR A; 3O08 A; 5HL7 L; 4BWJ A; 2VWK A; 3O5B A; 3TAM A; 2O8D B; 2O4G A; 4DF8 A; 1Z26 A; 4BC3 A; 5BN8 A; 4Q5V A; 1BOT O; 3VER A; 3SAF A; 4DFP A; 3PX0 A; 4KH4 A; 1NM1 A; 3ZT1 A; 3OS1 A; 3M8S A; 1HPM A; 1VQ6 N; 3KZB A; 3MDQ A; 3EL2 A; 1DT9 A; 3GDQ A; 3U6F A; 4WCE L; 3PLA A; 1RBV A; 1KVA A; 1RT1 A; 2P9K B; 3VQ9 A; 4FOI A; 3OJS A; 3IUC A; 1FKO A; 3MEE A; 3O9Q A; 1Q9Y A; 3CCR N; 3HI0 A; 4FJ5 A; 4K42 A; 4FJ8 A; 5FRN A; 2IAJ A; 3IS9 A; 4E7H A; 1X9S A; 4AH9 A; 1Q81 O; 2GTD A; 3I0R A; 4MQ3 A; 5C2F A; 3NFA A; 1Q18 A; 5AJ3 K; 2GWK A; 2ZGZ A; 3NF6 A; 5M1N A; 3DRR A; 3QIP A; 3K59 A; 5CYQ A; 4NLC A; 4CGH A; 4FM1 A; 2GBZ A; 4IJN A; 1IV0 A; 1YVN A; 4QS7 A; 4CJP A; 2B6A A; 3OYB A; 2ZF5 O; 5LL6 Z; 1XNQ K; 4HVJ A; 4KO0 A; 4O0I A; 4FLU A; 4DTS A; 4B9M A; 4KRF A; 3BEX A; 3VEZ A; 3EE8 A; 1LWE A; 3OHR A; 1HRH A; 2DFE A; 3QEX A; 2QWM A; 1TAU A; 1IBK K; 2HHV A; 4YOW A; 1NGD A; 3BZC A; 4CF1 A; 4BRP A; 1BA1 A; 4YOT A; 3J7Z O; 4DG1 A; 4B08 A; 2PY5 A; 1BCM A; 4CCH A; 1WSI A; 3R9P A; 5CY4 A; 1EP4 A; 1XHX A; 3HXM A; 3TTC A; 1ATN A; 3DXM B; 4DQI A; 1VQP N; 1VSF A; 4O4G A; 3IFR A; 3AVI A; 4FW2 A; 3NH0 A; 2IOC A; 4H0P A; 3FGU A; 4C8O A; 1C0G A; 4U67 L; 3SQ2 A; 3OW2 M; 3DRS A; 4BR9 A; 5KQD A; 3LDO A; 4F9O A; 3BGR A; 4DQQ A; 4DSL A; 1CZ9 A; 3N4P A; 4DSJ A; 3DXK A; 1NOY A; 1VAZ A; 4CZE A; 3T19 A; 2Q2R A; 3SQ0 A; 2XO7 A; 3AO5 A; 2E4L A; 2UXD K; 3VQ7 A; 2P9L A; 4BE1 A; 4NO7 A; 3QER A; 4MLE A; 4LFA K; 1LWC A; 3KWI A; 4LH5 A; 2QEX N; 4PA1 A; 2QXL A; 3ZSX A; 4UY8 O; 4EP4 A; 2CGK A; 4F8R A; 3DLG A; 1QZ5 A; 4KFB A; 4H0T B; 3LM2 A; 3D2E B; 2O8D A; 3VTI A; 3HYF A; 3RMC A; 4HUE A; 1Q7Y O; 4OPK A; 3OYF A; 1SL2 A; 4J2D A; 2DFF A; 2YX6 A; 4ID1 A; 3WXI A; 4J2B A; 3HBT A; 1RT7 A; 4BRK A; 4CF9 A; 3ZEU B; 4A2B A; 2JWL A; 4DQP A; 3J80 O; 4E0D A; 3DI6 A; 4ILJ A; 3WUH A; 4E3S A; 4I2P A; 5J2M A; 2OTL N; 1XMO K; 4G1Q A; 5BRH A; 3TAN A; 4KH5 A; 4LFC K; 4N47 A; 3AVL A; 3KLI A; 1B92 A; 5AQP A; 3L8B A; 4LC9 B; 4M3U A; 2OZM A; 1NGA A; 3S3O A; 1L3T A; 3EEQ A; 4I2Q A; 4KHY A; 1SZ2 A; 5FLX O; 5E84 A; 1HQE A; 3SK3 A; 3CER A; 4EZ9 A; 3LDS A; 2GUI A; 1BIU A; 1LWF A; 1WSJ A; 4JI8 K; 2FSJ A; 3WQT A; 4A61 A; 4JS4 A; 3OBW A; 3ENO A; 1SS6 A; 4M3R A; 3ISN C; 3ID6 A; 1SKS A; 4DCH A; 4JK8 A; 3FZL A; 1G99 A; 3VES A; 1UOC A; 1JLB A; 3SYZ A; 5AQL A; 3OJU A; 2G8U A; 2ZJP L; 2HMP A; 3R1X A; 3OS2 A; 4E7K A; 4A62 A; 3MN7 A; 3HP9 A; 1GOA A; 1VRT A; 1Q9X A; 3A5O C; 3V81 A; 3VGL A; 4BR5 A; 2DFH A; 4WQ4 C; 2KKZ A; 3AVA A; 4QAG A; 5I42 A; 1NK9 A; 3PX6 A; 2G8I A; 3ZSR A; 3VEN A; 1YJ9 N; 3SV3 A; 2XY8 A; 4FK4 A; 3ZSY A; 3DXM A; 4C23 A; 1U2V B; 1NJW A; 3GL1 A; 1ZBH A; 5D3G A; 1S9E A; 3CM5 A; 5AQN A; 4CGF A; 1GLA G; 2BGG A; 4V19 S; 4JNE A; 4O55 A; 1N8R O; 1BUP A; 1EX4 A; 4IFE A; 1REV A; 4B9S A; 1R0A A; 4CJE A; 1NK4 A; 2P9I B; 4BRG A; 4ELT A; 2E2O A; 3P31 A; 1RBT A; 3ZX0 A; 4I9L A; 1DGK N; 1T6D A; 5IWA K; 4CBX A; 3DLL L; 4C8K A; 1T03 A; 3FE1 A; 3P5J A; 4B9Q A; 4XH5 A; 2VQE K; 1S1W A; 3SBG A; 1U47 A; 4GVM A; 2Q1N A; 2QK9 A; 1CZA N; 1BDG A; 2QWN A; 4CZG A; 4M7X A; 3VGK A; 3BF3 A; 3ENH A; 1O13 A; 1ASV A; 4BRE A; 4H8K A; 1N34 K; 1RDB A; 5KRS A; 4E7I A; 3QIO A; 4CIE A; 3UKU B; 1NGE A; 2HF4 A; 4JRP A; 4OPJ A; 3E66 A; 3D2E A; 2W6K A; 1ZYQ A; 4FOE A; 2FBY A; 5DM7 L; 3K9K A; 1X3M A; 3CC7 N; 4DWI A; 1U48 A; 3M8R A; 4CIG A; 2UUC K; 4CHZ A; 5IT9 O; 1EKE A; 2FBV A; 4OPA A; 4B1Y B; 2KQ2 A; 4CJ5 A; 3ZEU A; 5BRE A; 5JVG L; 3THW A; 3HTV A; 4JRQ A; 3HT3 A; 4A59 A; 3UB5 A; 1MU2 A; 2P9S B; 4DV7 K; 1M90 O; 1EO1 A; 2NRW A; 5JIC A; 3HO1 A; 2UXB K; 4FJJ A; 4RCH A; 1JKH A; 1RNH A; 4EHT A; 3H1V X; 2WOM A; 1T7P A; 1K8A O; 2A3Z A; 3CJA A; 3ZSW A; 1X1P A; 3SV4 A; 3PIP L; 5K14 A; 3JYT A; 4YNQ A; 1C0U A; 1ZBU A; 3IAY A; 3E01 A; 4CEC A; 1GLF O; 4HTU A; 1Y97 A; 4CFA A; 3K2P A; 5HLF A; 3C6T A; 1W9H A; 1TL3 A; 2BE2 A; 2RKI A; 3CHW A; 2NUB A; 3TSP A; 3BZK A; 3UE5 A; 1F21 A; 3RR7 A; 1JLF A; 3DM2 A; 2IC3 A; 3GE1 A; 1YXQ A; 3CIP A; 1S1U A; 4IXC A; 4FWR A; 1HNV A; 4CF8 A; 1TL1 A; 2CGJ A; 3CI5 A; 3CF5 L; 2KTQ A; 2PFU A; 3L6Q A; 4DUY K; 4MDB A; 5AQZ A; 4IKF A; 5BN9 A; 4FPA A; 4IJA A; 2YNG A; 1NK8 A; 4FWS A; 3NMU A; 3VA3 A; 4PKG A; 3OA9 A; 1ZC6 A; 1IBM K; 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3E9O A; 4NB4 A; 4DR1 K; 3QBW A; 1RDU A; 4E1N A; 2GUP A; 3KD5 E; 1ESV A; 1QZ6 A; 4IOX A; 3J7Y P; 4BWM A; 1D9D A; 2QWR A; 4YDU A; 5ADX A; 1Q82 O; 3LAL A; 3RWU A; 4CJW A; 1Z05 A; 3LZI A; 4GV9 A; 4M42 A; 3D45 A; 3T1H K; 3CCJ N; 3KWG A; 1K73 O; 5FRO A; 5HRP A; 1BWF O; 1KCF A; 4DR5 K; 2YCH A; 1K8K B; 4B1X B; 3G6E N; 1RT2 A; 2HB5 A; 4KHQ A; 3HJF A; 3C6U A; 3V9W A; 3H08 A; 4KHS A; 4X65 K; 4CJK A; 2R7Y A; 4XEI A; 4CFD A; 4GV6 A; 2BDP A; 2NLX A; 1RTD A; 3TAR A; 5C10 A; 3FFK B; 2QWL A; 1QE1 A; 3SMP A; 4PQU A; 2HHH K; 4GW6 A; 2PYL A; 3L3V A; 3QML A; 4CJL A; 2FF3 B; 4H5V A; 3NF7 A; 1QQO A; 1RBR A; 3CJ9 A; 4FVM A; 1KRP A; 2HBK A; 5EVZ A; 4CZM A; 2XHB A; 4FJK A; 4CIF A; 5AQW A; 1NJI O; 5TKW A; 4EIA A; 2A40 A; 5BR9 A; 1UAX A; 2AJQ A; 1RFQ A; 3T1A A; 2VG7 A; 4PY5 A; 4CBU A; 2XRI A; 2D1K A; 1HYV A; 4CED A; 4KRE A; 2NRR A; 3F5T A; 4KI4 A; 4FWP A; 4YOV A; 1BI4 A; 4RW4 A; 3A8Y A; 2F4V K; 3J8A A; 4DU4 A; 5J1E A; 1K9M O; 3K0S A; 3HK2 A; 3TPQ A; 3CCQ N; 3WEE A; 1ASW A; 1RDW X; 2GV9 A; 4AQY K; 2I7N A; 3K5M A; 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