The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
|
sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A structural basis for streptomycin-induced misreading of the genetic code.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| total genus |
28
|
| structure length |
88
|
| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3O65 A; 2VQF O; 4B3T O; 1KUQ A; 4B3M O; 2DOS A; 4X66 O; 4YY3 O; 4DV5 O; 4KHP O; 4X62 O; 5LL6 Y; 4JI6 O; 1R6T A; 5H5N A; 5BY1 A; 4LF8 O; 4LFC O; 2LW7 A; 4JI4 O; 2JRI A; 1XNQ O; 2UXB O; 1N32 O; 1J5E O; 1X59 A; 2Z0A A; 1AIL A; 4NXN O; 4B3R O; 4OX9 O; 1R1B A; 4B3S O; 4LF9 O; 1FYJ A; 1IBL O; 4DR1 O; 4DR2 O; 1YZB A; 4LF4 O; 4OPA A; 2ZKO A; 5A2Q N; 4DUY O; 2DJV A; 1XNR O; 2F4V O; 5BR8 O; 4DV7 O; 4GKJ O; 3SDL A; 2ZM6 O; 1AB3 A; 4A5U B; 4LF5 O; 4JYA O; 4DV2 O; 2AGA A; 5LMU O; 1D2D A; 4GKK O; 5FLX N; 1N33 O; 4LFB O; 1HNW O; 1IBM O; 2E5L O; 4DR5 O; 4JI1 O; 4DV4 O; 4JI5 O; 1FJG O; 2N74 A; 1IBK O; 5BXZ A; 1XMO O; 4DV3 O; 4DR7 O; 3F5T A; 3J7A U; 4NXM O; 1HR0 O; 4X65 O; 5IT9 N; 4LFA O; 1A32 A; 3T1Y O; 3J80 N; 2UUB O; 4AQY O; 2UU9 O; 1HNZ O; 4DR4 O; 1HNX O; 2UXC O; 1FKA O; 4DV0 O; 3J81 N; 1XEQ A; 4JV5 O; 4JI8 O; 2UXD O; 2UUA O; 5LMN O; 4K0K O; 4DUZ O; 4DR3 O; 1N34 O; 4DV6 O; 2HHH O; 1I94 O; 1F7Y A; 3OTO O; 4JI7 O; 4X64 O; 1NS1 A; 4JI3 O; 3JAM N; 4DV1 O; 2FKX A; 3M8A A; 3T1H O; 2VQE O; 4JI2 O; 4DR6 O; 4LF6 O; 1DK1 A; 3RT3 C; 1XMQ O; 1G1X B; 4YHH O; 4LF7 O; 4JI0 O; 1N36 O; 5IWA O; 3R66 A; 4OPH A; 2UUC O; #chains in the Genus database with same CATH topology 4B3T O; 1BMF G; 3UCS C; 1YDX A; 1XUQ A; 1Y74 B; 4LH6 A; 2AZ2 A; 2X7R B; 3AG4 C; 3ZHR A; 4CH5 A; 2IJI A; 2WA4 A; 2PGG A; 1FFT B; 3AG2 C; 5ITZ B; 4YIP A; 2Y4U A; 1GN2 A; 4I55 A; 4O4I B; 1OCZ B; 3UO3 A; 2RCV A; 3A0B Z; 3KCX A; 1NH2 D; 1XNQ O; 1K4C C; 1ZX3 A; 2YIB D; 3ZS8 C; 3A0R A; 3APQ A; 4X1Y B; 3ZMV A; 2YXH A; 2Q8V A; 5K1X A; 1VF7 A; 3CCJ V; 4DR2 O; 1EZV H; 2P67 A; 2DYR B; 4ZOL A; 1GN6 A; 4DR1 B; 2D2C B; 4P9O A; 1RM1 B; 3C3T A; 5L3B A; 1ZAU A; 2OTJ V; 4C7U A; 3SPH A; 3CXH F; 4CH3 A; 5JH7 A; 3WB0 A; 3OR6 C; 3M7M X; 3ZHS A; 5IE9 A; 2HP8 A; 4N23 A; 2W0X A; 2XUM A; 5LMU B; 3JAL B; 1HR0 O; 1JX9 A; 5IT9 N; 4FM2 A; 2ITC C; 3CME V; 2B5U A; 3ZCC A; 1R3I C; 4AQY B; 3BA8 A; 5LHI A; 5IYC O; 2ZD9 A; 4X1K A; 4LR3 A; 1AP6 A; 4MT8 A; 1SC5 B; 4DV2 B; 2P7T C; 2EIK B; 4OXS A; 3CC4 V; 4DV1 B; 4AHC A; 1I7F A; 4UVB A; 1Z5V A; 2MK3 A; 3K03 A; 4I55 B; 1OCO C; 3KG2 A; 3ZRW A; 1ENV A; 1Y67 A; 1VQO V; 3S3W A; 1PM9 A; 2DOS A; 3EHB B; 1K97 A; 3BRC A; 3T4Z A; 4MVO A; 1QR8 A; 3QVN A; 4PJ0 Z; 2FL4 A; 4W4L A; 2QWN B; 4YJ3 A; 3ZHV A; 1XIL A; 3JD1 A; 4DW0 A; 4WF9 V; 1YTF B; 3SJB C; 2OIE A; 3ZHQ A; 1JQ0 A; 4ZOL B; 1I0H A; 3B2E E; 2HR3 A; 1DLB A; 3AG1 B; 1FS0 G; 4KFM A; 4UCR A; 2QWQ B; 1J5E B; 1R6N A; 2Q73 A; 3BEH A; 3CMA V; 1PL0 A; 4I50 A; 3JAK A; 2OWO A; 1S5L Z; 1AI4 A; 3UT5 A; 1Q6I A; 1UFI A; 1VF5 B; 4EFB A; 5A2Q N; 3CCS V; 2EZP A; 4LF4 B; 3H1I H; 4PA4 A; 2ZM6 O; 1AB3 A; 2GBO A; 5KHG A; 3CRM A; 2M7W A; 4I9W A; 5EIB D; 5B1N A; 2NNU A; 4X1K B; 3T4D A; 1AI7 A; 3G80 A; 2NLJ C; 2L6L A; 4PDL A; 1K7D A; 4HYO A; 2CH7 A; 4FVM A; 1S5H C; 3TXQ A; 3K5O A; 1GRJ A; 2PI4 A; 3SYP A; 3ZN1 A; 1YIT V; 1JJO A; 5DED A; 5IY5 B; 1OCR B; 3ASO B; 1TVK B; 4UVC A; 4DR3 O; 5E1A C; 2HHH O; 2YI8 A; 5EC1 C; 1KMI Z; 4MTO A; 2DQ0 A; 1F4M A; 3ZRW B; 3W7U A; 3ABM C; 2LGW A; 2VQE O; 4EB6 A; 1KBH A; 3QG5 A; 4YJ3 B; 4FMT A; 1H38 A; 4JYB A; 2YID A; 3RFR A; 2BSK A; 4JI2 B; 4DR6 B; 1OCZ C; 2QWR B; 3U11 A; 2LFR A; 4TV8 A; 4K8X A; 3B77 A; 4TT3 G; 3ZMU A; 2UUA B; 4JI0 B; 4E4E A; 1VQ4 V; 1JMK C; 1W0J G; 5LGN A; 3JSL A; 4DV5 B; 4LF8 O; 3Q4H A; 4I50 B; 3JAK B; 4LFC O; 3GWK C; 3EVK A; 3UT5 B; 3N27 A; 1KD1 W; 1IVS A; 2DYR C; 5C8Y A; 3OW2 U; 1AI6 A; 2Z0A A; 1VQM V; 3UM7 A; 3OMI B; 2BTQ A; 1RM1 C; 4PI0 A; 1COW G; 1AJP A; 1Q7Y W; 4DO2 A; 1DTO A; 1N36 B; 1Q5O A; 3F7Y C; 4Z2W A; 4P30 A; 2XTA A; 2CH7 B; 4BW9 A; 1OV9 A; 4FIP C; 4F6R A; 2LFS A; 4BR6 A; 1N32 B; 2DWE C; 4MVZ A; 2GTA A; 4J9Y B; 1DGS A; 2KKW A; 3JYC A; 2FB5 A; 2UU9 O; 1UPG A; 4JTC B; 3ZRV A; 2EIK C; 3AG7 A; 1NVP D; 1IDS A; 4EB6 B; 3IJ4 A; 4IYH A; 3SYQ A; 2A9H A; 2CGO A; 1BCC H; 1QLN A; 2BSK B; 2F23 A; 5LHH A; 4J42 A; 2WSS G; 2R9A A; 1NTM H; 4YIO A; 3JAW A; 2ZR2 A; 3CPW U; 4U3J A; 4TV8 B; 1XMO B; 3M8A A; 5B1A B; 3JD3 A; 4MTG A; 3VQY A; 3T1H B; 3Q4H B; 5EYP A; 4UXN A; 1M9N A; 3O65 A; 3K0D A; 1U96 A; 3SPJ A; 1KUQ A; 4L8J A; 2LJ2 A; 5C8Y B; 1B04 A; 2H94 A; 2MW2 B; 5FNV A; 4R8C A; 2PZS A; 4HAM A; 4B3T B; 3AG1 C; 2BTQ B; 2EJ7 A; 4FLT A; 4J7J A; 2Q0A A; 1PP9 H; 4TOI A; 1GM7 A; 2LW7 A; 2Y0I A; 3OE7 G; 1EZJ A; 3CRC A; 1YJ9 V; 1AIL A; 3SJC C; 1XNQ B; 5LHG A; 5IDJ A; 3K3W A; 4XDJ A; 4F6R B; 4NR1 A; 1PD3 A; 1IX9 A; 4OPA A; 2ZNJ A; 4YY3 B; 1JCH A; 4DR2 B; 1O9G A; 1Q90 D; 3AK3 A; 2B1I A; 4QJF B; 4H37 A; 2YEV A; 3WB2 A; 4PDM A; 2OTL V; 1HNW O; 2E5L O; 4JI1 O; 1Y66 A; 3MD0 A; 4IHJ A; 2OCC B; 1IZ3 A; 2Y48 A; 3E89 A; 5IY5 C; 1OCR C; 2IM9 A; 3ASO C; 5HFL A; 4CS2 A; 1YF2 A; 3AG3 B; 3JAW B; 4U3J B; 1HR0 B; 4JTA B; 1BL8 A; 1OCC B; 4LC1 A; 3ZMS A; 2XAQ A; 1Q82 W; 5L3C A; 3FD9 A; 4MTF A; 1K73 W; 1I08 A; 5EYP B; 3E2E A; 1I94 O; 3HKD A; 4LNU A; 1B3Q A; 1CXZ B; 5DN6 G; 2P4K A; 5CA3 A; 1VQ6 V; 2EIJ B; 4JAV A; 1CPY A; 5FNV B; 1VIB A; 2HVK C; 3BHP A; 2RJZ A; 1G6U A; 4MW3 A; 3RW0 A; 5CA1 A; 4LF6 O; 4K35 A; 3D36 A; 4LWS A; 2Q5Z A; 1P49 A; 4DXW A; 2JS3 A; 2W0F C; 3R66 A; 4MVU A; 2WLJ A; 3QO5 A; 4TV9 A; 3CCL V; 1KP2 A; 1VAR A; 5HFM A; 5AG2 A; 3UQ8 A; 1K4D C; 2IJJ A; 4O2B A; 4FLW A; 2F95 B; 4FJC C; 2N04 A; 3CEI A; 2JRI A; 3D3I A; 4GT1 A; 1W0K G; 3TXS A; 1VMG A; 3OGC C; 4O4J A; 2QWO B; 5CN0 A; 4XDK A; 4RUE A; 4MSW C; 1G4Y B; 1R1B A; 4B3S O; 2YEV B; 2CE4 A; 3HR0 A; 2QTO A; 4IHJ B; 4F4L A; 5GTI Z; 1NT2 B; 4BWA A; 4GCZ A; 4JZG A; 1KEC A; 2V1D A; 2ZM6 B; 5E79 Z; 4NYK A; 1WB8 A; 1VQL V; 3ETQ A; 1XI1 A; 2JS5 A; 4B3R B; 2QA4 V; 4RO2 A; 3T1Y O; 1RP3 B; 4WFA V; 3HKD B; 4LNU B; 4X89 A; 3HKB A; 4NTW A; 5JJN B; 3VBB A; 1QVF U; 3CX5 F; 4DR4 O; 1HNX O; 2UXC O; 3J81 N; 4JAU A; 5B1A C; 1Q3E A; 3OMN B; 4GKJ B; 2XND G; 4TUY A; 5CA1 B; 2ZDI A; 2IH3 C; 4LWS B; 2K9P A; 4DYL A; 2Y0P A; 3DSQ A; 4JI7 O; 4I5S A; 4DR3 B; 3HKC A; 5EZY A; 3GWO A; 4X88 A; 1GK9 A; 2HHH B; 2FKX A; 1FJG B; 5BMV A; 1US6 A; 1VQN V; 4TV9 B; 3R65 A; 1M1K W; 1EM1 A; 5KX5 A; 4DK0 A; 4K8Z A; 3ETE A; 2VQE B; 5J9P C; 4O2B B; 4N21 A; 1N8R W; 3OUF A; 4LP8 A; 1Y6X A; 3STL C; 1IXB A; 5CBF A; 2EBO A; 5CB4 A; 4O4J B; 1FXK A; 4KHP O; 3LDD A; 3LSQ A; 1K34 A; 3CP1 A; 3CCU V; 1S3J A; 3E35 A; 3DXR A; 4ABM A; 4BAY A; 4GX2 A; 4UCU A; 3OGI B; 2YXL A; 3LDE A; 3ICX A; 1K5Q A; 1VP7 A; 3K5M A; 1LUV A; 2R9R B; 4LF8 B; 2IJK A; 1GM9 A; 4LFC B; 4JPR A; 2F1M A; 1X4T A; 1O9H A; 3CYO A; 4LCU C; 1RPR A; 4FK5 C; 5J2U A; 4O4L A; 1F23 A; 1XL6 A; 4LH7 A; 2OYQ A; 3FKS G; 4FPP A; 2OCC C; 4J7K A; 4FFK A; 3WFV A; 1SES A; 3SDL A; 3ABT A; 3HKB B; 2YIC A; 2A06 H; 1AR4 A; 2X6B A; 3AG3 C; 4Q6G A; 5LOV A; 3CSX A; 4JTD B; 4JYC A; 4DV4 O; 1VQK V; 1P4R A; 1WJZ A; 1OCC C; 3AK1 A; 5KHJ A; 2BTO A; 4TUY B; 2E74 B; 3HB3 B; 5LYJ A; 2EIL C; 2LP7 A; 2ETN A; 2YSU B; 3HKC B; 5EZY B; 5BMV B; 3JAR A; 3TCU A; 2UU9 B; 2R9I A; 2ZE7 A; 4UV9 A; 2OIG A; 1H2G A; 4CS4 A; 5LXT A; 4JV5 O; 1NJI W; 2EIJ C; 4PEL A; 5KX5 B; 2Q7H A; 3QNE A; 2Q6A A; 3B40 A; 3OTF A; 3KCY A; 1JVM A; 5LP6 A; 4JI3 O; 2Q4P A; 3JAM N; 2YXY A; 1GH6 A; 1IBK B; 2A79 B; 2R72 A; 5CB4 B; 1FXK B; 5EIB C; 3K79 A; 3C90 A; 4MS2 A; 3DXR B; 4R7C A; 1GO3 F; 4UCT A; 3MHH C; 2EIM B; 4DW1 A; 3IAY A; 1KQS U; 5IWA O; 3K5N A; 2UUC O; 4DV0 B; 1OZ0 A; 3G6E V; 2Y4T A; 4Z1M G; 3QF7 A; 1MSW D; 5J2U B; 2RQ6 A; 3K08 A; 4O4L B; 2O57 A; 2EJR A; 1VQ9 V; 4NTX A; 1K33 A; 1KU9 A; 3F5W C; 4G27 B; 1JPX A; 4I4T A; 4CZZ A; 1NR1 A; 4I0X A; 1XMQ B; 3T2M A; 5LOV B; 2XT9 A; 4O2A A; 3PJS K; 1ORQ C; 2IH1 C; 3DC6 A; 2ZKO A; 2XAS A; 4DUY O; 2DJV A; 5LYJ B; 3E83 A; 5BR8 O; 4DV7 O; 2F93 B; 1HDJ A; 4B7E A; 2UXX A; 3FX7 A; 1ZL8 A; 3ABK B; 2QWP B; 5FLX N; 5CBG A; 2HG5 C; 1IBM O; 4DR5 O; 3JAR B; 3LSS A; 5A9G A; 5H6R A; 5J2T A; 5LXT B; 4DV3 O; 4MVM A; 4FM1 A; 5JH7 B; 2WLK A; 1H2M A; 2E5L B; 5DEC A; 4JI1 B; 1HNW B; 1Y4M A; 4DK1 A; 2ZCE A; 1Q81 W; 2HEP A; 4NVP A; 5JJE B; 4TQD A; 3D36 C; 5LP6 B; 1EN4 A; 4FZ1 A; 1AJN A; 1S76 D; 1GMG A; 2YDE A; 1H2L A; 2DMX A; 1GN4 A; 5H6Q A; 4JI8 O; 3E8F A; 2WLN A; 4GUN A; 5LMN O; 4UUJ C; 4K0K O; 1N34 O; 3NR7 A; 3K04 A; 2QJ1 A; 3ABL B; 2QM8 A; 4PHZ A; 1I94 B; 3CE2 A; 3P3P A; 3I55 V; 3IGA C; 2HLD G; 3P32 A; 3QO8 A; 1R3L C; 3CCE V; 3ZHT A; 4FLY A; 2PTM A; 3H01 A; 1Q8I A; 2WLL A; 2GTS A; 3OEH G; 2WA3 A; 4LF6 B; 1SQX H; 2VQF O; 2IU3 A; 3NXS A; 5TIS Z; 4X62 O; 4DRX A; 4DUZ B; 4I0X B; 3N2K A; 1M5I A; 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4OX9 O; 2ZE8 A; 4WFH A; 4FLZ A; 1IBL O; 5KUK A; 3ABK C; 3I5D A; 2AXT Z; 3APO A; 1G8M A; 2ARH A; 1YZB A; 4U7N A; 1EN5 A; 3VOU A; 2JDI G; 1TGO A; 2AHY A; 2G38 A; 1PKX A; 2FML A; 4ZI7 B; 4JYA O; 3JAS B; 4DV2 O; 5LP6 C; 1Y76 A; 3SGI A; 2W6J G; 3AK2 A; 4IGG A; 3TET A; 1TUB B; 3ZX6 A; 1KYO F; 4E2L A; 1JFF B; 4DV4 B; 3DTU B; 1A32 A; 1PNM A; 2Y69 B; 3J80 N; 2UUB O; 4QPK A; 1WP7 A; 4CS3 A; 1RSO B; 3ABL C; 1ZSP A; 3CS5 A; 1GM8 A; 1L0N H; 1Q6U A; 4X1I B; 1YI2 V; 3T1C A; 3SYA A; 3E86 A; 3CWB H; 4JV5 B; 3JD4 A; 4RQE A; 4JAS A; 4CBC A; 2QKC A; 2CK3 G; 3THO A; 3F7V C; 1M57 B; 3H9V A; 1WAZ A; 3VQV A; 1SET A; 4UFZ A; 2GHY A; 4R6Z A; 1DF5 A; 3W7S A; 5FL7 G; 4B3M O; 1ROP A; 2ZIN A; 5H2F Z; 3RYH A; 2UUC B; 2E75 B; 5K1P A; 1N4C A; 2KB1 A; 4UCV A; 2JGU A; 4H13 B; 1SKV A; 3FB6 C; 3E22 A; 4PV1 B; 4AIL C; 4RUF A; 3RWR D; 2ZXW B; 3STZ C; 4PI2 A; 3S3X A; 1Y76 B; 2P90 A; 3DGE A; 4UCS A; 2ZE5 A; 1SF9 A; 4PDR A; 3X2Q B; 5IJ0 A; 2CTQ A; 1BGY H; 2W6I G; 2XAF A; 1E1R G; 2HJF C; 4MW8 A; 1W59 A; 2AW9 A; 2DN9 A; 2JEU A; 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