4DTJA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dttp opposite an abasic site and ddt/da as the penultimate base-pair
Total Genus 326
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
326
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Contribution of Partial Charge Interactions and Base Stacking to the Efficiency of Primer Extension at and beyond Abasic Sites in DNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 326
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4dtjA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4dtjA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4dtjA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4dtjA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4dtjA03
3DMJA 3QESA 1BISA 5DK5A 4NCBA 1A5VA 1RNHA 4JRQA 3SI6A 4HHTA 4DTJA 3TABA 4DQPA 3HT3A 4DS5A 4FM2A 3AVGA 4CGGA 3TAEA 3O3HA 1IG9A 3PO5A 3LZIA 1S5JA 2E4LA 4E1MA 1SKSA 2G8KA 3LALA 3DLGA 3NH2A 3TAFA 4BE1A 3MEDA 4DWIA 4Q5VA 4LSNA 3QNNA 3SUPA 2XY7A 4UQGA 1L3UA 3VQ8A 1MU2A 1W0HA 4I7FA 4XIUA 5SWMA 1RBTA 2D0AA 3RWUA 2Q3SA 1XI1A 4Q0BA 4KO0A 4JLHA 1RTIA 1TK0A 1SKWA 1J53A 3G0ZA 1RBRA 2ITGA 2FBVA 3OS2A 4I9QA 2HNDA 4DU3A 4FYDA 3OYLA 3NF8A 4E1NA 2OZSA 4BDPA 4H8KA 2I5JA 4CF8A 3MEEA 1Y97A 4CHOA 3OY9A 3KTQA 2GUIA 2P5GA 3NFAA 3DOKA 4RW9A 4OKKA 1HPZA 3ZSRA 5C42A 4CJRA 3KLEA 1NK0A 4M3YA 3DRSA 1DTQA 5J2MA 1VSFA 4CERA 1VRUA 1QTMA 5HBMA 1GOCA 4Z0UA 3S3OA 4O5BA 3OYBA 1S6QA 2P1JA 4IKFA 2ATQA 4F2RA 4M45A 2FBTA 3AVMA 1WSGA 3ITHA 1WSHA 1EX4A 3MXJA 4BWMA 4CJKA 4C8KA 4OGEA 5CZ1A 5CYQA 3HXMA 5HRRA 4FM0A 3LP3A 1NKEA 4IDKA 1UWBA 2DTUA 4B9LA 1TKXA 3KLIA 3QEWA 3KD1E 3NGZA 1BCOA 3C6TA 1WAFA 3LDSA 3VQ6A 2VWJA 5KRSA 3P5JA 4DQSA 3ULDA 3HSTB 3VQ7A 1I3AA 2YHBA 3I8DA 1RDDA 1N6QA 1BI4B 1JLGA 4H4MA 3VN5A 3DLKA 4DTRA 1HYVA 4RG8A 3HPHA 4AH9A 4DF4A 2F96A 5T7BA 5KGWA 2B4JA 3LP2A 2XRIA 3E01A 3OS0A 4DFPA 4KB0A 1K6YA 2PY5A 1TV6A 1QS4A 3DLEA 3KKRA 1HJRA 4CHNA 3M8RA 4DSEA 3UIQA 4CJ3A 3QEVA 4JS5A 3SV3A 1FKPA 1C0MA 3SPYA 4E7IA 1ASUA 1KCFA 2YKNA 1L3SA 4E19A 3TWHA 2KTQA 4Z4CA 2D0BA 2QKBA 3RR7A 3HK2A 4DSJA 2D5RA 4W5TA 2RKIA 4DTPA 4BDZA 4F3TA 4FVMA 2KZMA 1CLQA 1YTAA 3IAYA 3HPGA 3NHGA 3L3UA 1RILA 1C6VA 4FJXA 3VQAA 2QXFA 4KKOA 4QOZB 4KI6A 1WNSA 1LWFA 4CJWA 2GV9A 2OPQA 3ZT3A 2X6SA 4FW1A 4PA1A 4O0JA 4M3TA 3HYFA 3NH1A 2D0CA 4OKJA 1BIUA 4DTNA 1JLBA 2KZZA 1TKDA 2G8IA 3TARA 1RTHA 4M3RA 3LPTA 4CGHA 4E0DA 2EHGA 3VQDA 4KHNA 3QIPA 1KSPA 2YKMA 3NGIA 3AA3A 4FZYA 2G8HA 4Z4GA 4O0IA 3BDPA 1B9DA 2FBXA 5HROA 4B9UA 2YNFA 1YT3A 2ZE2A 1J54A 3WNEA 1IKXA 5HLFA 2G8FA 1TKTA 3ZSOA 3TAPA 4CEZA 3NBPA 2VG6A 4DU1A 1KVBA 3OYAA 1ZBFA 4CEOA 1LAWA 3RRHA 5HP1A 3TAQA 1R0AA 3PX4A 4O55A 3OYFA 1NKCA 4OKEA 3LAKA 4FW2A 3SV4A 4FLZA 3RMDA 4CFCA 3S3NA 3ZCMA 4B9VA 4FLXA 4DF8A 4ZTJA 4B3OA 2Z1IA 3TANA 2HHTA 4QCLA 2E6LA 4IG3A 1SKRA 4OVLA 1N5YA 3NCIA 1RTDA 1KTQA 2F8SA 1CXQA 1RBSA 1VSMA 1QQCA 3CFOA 1Z26A 2BANA 2ZD1A 3TR8A 3RRGA 1T7PA 3HJFA 2IGIA 4CIGA 1WLJA 4K8ZA 3LWMA 1BGXT 4E7JA 4RW6A 2OYQA 3ZSYA 1T05A 3CQ8A 1FKOA 4IG0A 3F73A 3HP9A 4HCCA 4RW4A 1WSEA 1B92A 4FM1A 3KLHA 1NOYA 3VQQA 3HPOA 3THVA 3DLBA 4ELTA 1RBVA 4LSLA 1F21A 1I39A 2JLEA 4ZHRA 1KLNA 4M41A 4J2DA 3VQEA 3RR8A 2HHSA 4J2EA 4KHUA 4Z4IA 4BE2A 1UOCA 4F3OA 2IC3A 3SQ4A 3LAMA 4KTZA 2WOMA 3SQ1A 1NK5A 3AVCA 4CF9A 4M42A 2IDOA 5KRTA 3L2VA 3OYJA 3V6DA 2YNHA 3NE6A 1NOZA 4I2PA 4DSFA 2A1RA 1ZBLA 3O4NA 1QHTA 3A2FA 3DRRA 1HNIA 3VA0A 4FZXC 1Z25A 4KREA 4W5QA 1O1WA 1BQMA 1ASWA 3P1GA 3MECA 2HHXA 1HQUA 1L3VA 4DTUA 4DTOA 4AILC 5EU7A 1NK4A 4AHUA 4ZTFA 2VG7A 3CYMA 4N76A 4RW7A 4KPYA 4FLYA 3LPUA 2R7YA 3SNNA 1D5AA 1G15A 4CEBA 1U4BA 1HQEA 3NF7A 5FROA 3KKSA 3KK1A 3QEIA 1U45A 4CCHA 4WE1A 3ZSVA 1GOBA 5I3UA 1X9SA 4EZ9A 1VK0A 4KTWA 4C8LA 1CXUA 5K14A 1S9GA 4N47A 3JSMA 3AVAA 4DQQA 3L2QA 4DFJA 2IOCA 4CK3A 4HUFA 2P5OA 4DMNA 4LH5A 4OPJA 4FJNA 4CHZA 2BGGA 4M3UA 3K5LA 2A1SA 4FJ7A 4FK0A 1TK8A 3SYZA 1VRTA 4B9SA 4EP4A 1RTJA 1IKWA 4CJFA 1NK8A 2P51A 4CJUA 3SUNA 3NF9A 4KB1A 4CF0A 4AHCA 3AO4A 3K5OA 4GMJB 4C8NA 4M3ZA 2KFZA 1LWCA 4L8RB 4ELVA 3MXIA 3DLHA 2AJQA 5KI6A 3V81A 1A5WA 1LWEA 1REVA 2DFFA 2B5JA 3DI6A 2OZMA 1ASVA 1HNVA 3V9WA 4N5SA 3LZJA 2QK9A 5CZ2A 3BGRA 4N56A 3S9HA 4FXDA 1QSYA 2HVIA 4CJ5A 1QSSA 2ETJA 3L2WA 4OLAA 3U3YA 3DLRA 4EZ6A 4CEFA 1JLFA 1RT6A 1BCMA 3M8SA 2JGUA 1LAVA 3K57A 1JKHA 3ZT1A 1FK9A 3OS1A 1X9WA 4CF1A 5KGXA 1BQNA 1IKYA 3NAEA 4K8XA 2F8TA 4DTXA 4B08A 4CGIA 4B9MA 5FRMA 2LSNA 3ZSZA 3CG7A 4F8RA 1EKEA 4E89A 3SQ2A 4I2QA 4ICLA 4HTUA 3CM6A 1RDCA 2HNYA 4DSIA 2HHUA 3AV9A 4Y1DA 4CGJA 1SV5A 3KK2A 1EXQA 2HW3A 3EYZA 5CY4A 4FLTA 1D9DA 2O4GA 4CGDA 3EZ5A 4ID1A 3QEPA 2IAJA 4IFVA 4KV8A 4FJ9A 4MFBA 4CJLA 4DQRA 2E6MA 3IRXA 1VSIA 1IH7A 3RMAA 4FCYA 4F4KA 1TK5A 4AHVA 1IKVA 4CEEA 5J1EA 2Y1JA 2YNIA 1RT2A 1FXXA 3O4QA 1UAXA 2HHWA 4FLVA 4OLBA 2XY8A 3K5MA 4HUEA 1EP4A 2ZQBA 4FJKA 1WN7A 3MXMA 1NJYA 4GVMA 4DSLA 4FJGA 1LW2A 3SJJA 1C0UA 3CFRA 4DLGA 1NKBA 2FC0A 3AVIA 4R5PA 3AVLA 4F2SA 3HM9A 1JLEA 2HHQA 3C6UA 3RMBA 2HHVA 4KAZA 1L5UA 3ASMA 2Z1HA 3D45A 3D0PA 2BDPA 2OPSA 3V9XA 1XHZA 4RW8A 1Q8IA 1Q9YA 2W42A 2Y1IA 3NDKA 2Z1JA 4FLWA 3S3MA 3ZT0A 1U49A 2VG5A 4OPKA 2PYJA 2X78A 4FJMA 1LW0A 2XHBA 4QAGA 3WNGA 2OPRA 3V4IA 4FJ5A 3V9UA 1TL1A 3ZT4A 3LP0A 4FLUA 3PV8A 1BHLA 3KLGA 5E41A 4KRFA 1XC9A 2PZSA 1BI4A 1S6PA 4KFBA 3OYHA 4CESA 4M3WA 3DOLA 3QO9A 1BL3A 4HUGA 4CJTA 4E7LA 4KHQA 3PX0A 4CIEA 1KLMA 3B6PA 4C8MA 3NH0A 4JRPA 2RN2A 2XO7A 1LV5A 2G8VA 1HYZA 4LY7A 4PQUA 2RPIA 3P83D 3ZSQA 3OYNA 3QEXA 2PYLA 2YV0X 4CFBA 1RT7A 4B9NA 3HO1A 3QETA 3QINA 4Z4HA 4YNQA 4E7KA 3MAQA 3LANA 3OJSA 3SPZA 4PUOA 4NYFA 3LP1A 4HVJA 5HRPA 3OYCA 4FZZA 1WAJA 4DU4A 1TGOA 4O4GA 1KRPA 1D9FA 3PO4A 4OGCA 3H08A 1KVAA 4J2AA 3DRPA 4B9TA 1ZBHA 4FJJA 3VQ9A 4CEDA 3WNHA 4AHSA 1UA0A 4YFUA 4O44A 1C0TA 3VQCA 3OYDA 4Z4FA 3V1QA 3TI0A 1YVUA 3HP6A 3KLFA 1ITGA 1VSLA 2EX3A 1C1AA 1WSJA 3OYMA 4CEAA 3AVHA 4CE9A 3SQ0A 3VQPA 4JS4A 3L8BA 3QERA 1A5XA 3IG1A 4W5NA 4CECA 1WSIA 5FDLA 4DFMA 3V9ZA 3CFPA 1XHXA 1SL1A 4FK2A 4N41A 3DM2A 3L3VA 1U04A 4Z4EA 2QKKA 1TAQA 3SCXA 2HNZA 4E3SA 3K2PA 1T8EA 2OA8A 3OJUA 1SL2A 3OYEA 1ZBIA 3T1AA 4G1QA 3NF6A 4CFDA 2WONA 1UA1A 3OYGA 1U48A 4FJLA 4CJPA 2YHAA 3ALYA 4KHSA 2YNGA 3QLHA 3VQBA 1GOAA 4CF2A 5SZTA 3V1RA 3K58A 5J2QA 2OPPA 2BE2A 3VQ4A 4M3XA 4W5OA 1JLAA 1S1VA 1SUQA 3AVBA 3QIOA 3AO5A 3KK3A 4DFKA 4BACA 1WSFA 4H4OA 1XWLA 3C95A 4EP5A 2Z1GA 3G10A 3IS9A 4AHRA 1KFSA 3SUOA 1B9FA 2KW4A 4CEQA 3U3GA 1C1CA 5KTQA 4PWDA 4AHTA 3AA4A 1CZBA 3LWLA 1EETA 1RT5A 4DG1A 3RMCA 3MEGA 2XY6A 1VSJA 3AA5X 4FJIA 3ZSXA 4W5RA 1JXBA 2DY4A 4LH4A 4HCBA 4E7HA 1NJXA 1YTUA 1TAUA 4KHWA 1SL0A 1RDAA 3F9KA 1KFDA 1TVRA 1HYSA 2KQ2A 3B6OA 1VSDA 3FFIA 3AVKA 3I0SA 3M8PA 4CHPA 1JL1A 4CGFA 2DFEA 4CJ4A 2RF2A 3NGYA 4CHYA 1Q9XA 1TKZA 3L2UA 1S1WA 2HB5A 4C8OA 2KFNA 3JYTA 4KI4A 3HVTA 1T03A 5D3GA 1JL2A 3AO2A 1S9EA 1RCHA 3T19A 3WNFA 4CJEA 4TSXA 3PX6A 2X6NA 3KD5E 4DTMA 3HL8A 2DFHA 5C24A 4CHQA 1RT4A 1NK9A 1NJWA 3AO1A 4BE0A 3K5NA 3OVNA 1S1UA 3V1OA 4CK1A 3U6FA 3HVRA 1NK6A 1U47A 1QE1A 2B6AA 4NYNA 4ID5A 3AVJA 1W9HA 3SZ2A 3TAMA 3QNOA 4DLEA 4IFYA 3AA2A 3CM5A 1VSEA 3ISNC 3OYKA 1J5OA 4FJ8A 1C1BA 1X1PA 5J2PA 3I0RA 1X9MA 1CZ9A 1DLOA 3C94A 3V9SA 3KIOA 2G8WA 4CFAA 4NCGA 4DSKA 3T3FA 1RDBA 5C25A 4PY5A 2O4IA 4DTSA 2VWKA 3RTVA 2IS3A 2G8UA 3SUQA 1J9AA 1TL3A 4CJSA 3AVNA 4CJVA 4IBNA 4I9LA 3AO3A 2FBYA 4B8AB 3TAGA 4CK2A 2HMIA 4Y1CA 5JS1A 2GBZA 5HRSA 5CYMA 3OYIA 1ZBUA 3EY1A 1IO2A 1VSHA 4CJQA 1RBUA 1S1XA 4J2BA 4OJRA 3VQ5A 1RT3A 3KJVA 1QSLA 2HVHA 1BIZA 5J2NA 3VA3A 4KTQA 3O3GA 3L2RA 3AVFA 3PY8A 1JLQA 4BWJA 1JLCA 3ZSWA 3M8QA 1D8YA 4CIFA 1JXEA 1KVCA 4LD0A 1HRHA 3PUFA 4NCAA 4BDYA 4DQIA 5JS2A 4MQ3A 4DS4A 5HRNA 3K59A 5DMRA 2X74A 2XY5A 1NK7A 4FJHA 4KHYA 1S1TA 1VSKA 4B8CA 3O3FA 5I42A 5FRNA 4GW6A 1RT1A 3ZT2A 1HMVA 4ELUA 2NUBA 1NJZA 1L3TA 4FK4A 1ZYQA 1DTTA 3DYAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3TR8A 2BANA 4LF7K 3HJFA 2IIRA 2IGIA 3HSCA 3CCSN 4E7JA 2OYQA 3WXMB 2P9KB 4RW4A 1WSEA 1B92A 3VQQA 3THVA 5FPNA 4ELTA 3C0BA 4LSLA 1F21A 2JLEA 4JKCA 4M41A 4J2DA 3R1XA 1Z6RA 1GLAG 1UOCA 5EVZA 3SQ4A 4BQLA 3HRGA 3THWA 2A41A 4M42A 1DKGD 3BF3A 4BRAA 3GBTA 3OYJA 3CCLN 3UKUB 1ZBLA 2A1RA 3VA0A 4FZXC 4IDHA 3MECA 1K8AO 4DTOA 2VYPA 4B3TK 4XH1A 2HF3A 4AHUA 2R7YA 4CEBA 3E1YA 1U4BA 3ZETB 3KK1A 1U45A 5I3UA 1X9SA 4NB4A 1VK0A 2IVOA 4H5NA 2WUSA 1CXUA 4N47A 3JSMA 3AVAA 4DQQA 3L2QA 2KKZA 4DFJA 4CK3A 5BRHA 2P5OA 2O8FB 3CHWA 4V19S 2BGGA 4M3UA 3E4WA 1TK8A 3SYZA 1IKWA 3HGLA 2W6KA 5BPLA 2ZJQL 4CF0A 4C8NA 4GMJB 4JI7K 2KFZA 4ELVA 3DLHA 2A6AA 4I6MA 1ASVA 2VGNA 4CBWA 3DJCA 2OCEA 4FXDA 4CD1A 3MN7A 3OA9A 1K9MO 3VEWA 4CEFA 4B1YB 3M8SA 1NGBA 5GIPA 3OS1A 4CF1A 5KGXA 3WQTA 4K8XA 1WBDA 3ZSZA 2BTFA 4ICLA 3TU5A 4E89A 1RDCA 3DWLA 4KH5A 1N33K 2HHUA 5AR0A 5LMNK 3LDNA 4B1ZA 3VEZA 1SV5A 2FYOA 5KPTA 4LF6K 3MX5A 4FWLA 2O4GA 5AQUA 3QEPA 2IAJA 3IDHA 4MFBA 4CJLA 4DQRA 4CZKA 2E2PA 3T1YK 4AHVA 5J1EA 2YNIA 1FXXA 3O4QA 4OLBA 2O8BA 3R9PA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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