4DTJA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dttp opposite an abasic site and ddt/da as the penultimate base-pair
Total Genus 326
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
326
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
publication title Contribution of Partial Charge Interactions and Base Stacking to the Efficiency of Primer Extension at and beyond Abasic Sites in DNA.
pubmed doi rcsb
total genus 326
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4dtjA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4dtjA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4dtjA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4dtjA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4dtjA03
3VQ6A 2HHWA 1S1VA 3DLEA 4FJHA 3K5OA 1JLCA 1JLBA 4KHWA 4AILC 2ZD1A 4F2RA 4CHZA 1F21A 4E1NA 4FJ7A 3KTQA 3RRHA 1KLMA 1Z25A 1VK0A 3VQEA 2DTUA 4E7KA 4DQIA 2G8IA 3V9ZA 5JS1A 4CEBA 5J1EA 4DF8A 4DSLA 3F73A 5HRSA 1BIUA 3SUQA 2JGUA 4O5BA 4O4GA 2JLEA 5FROA 5HROA 2D0BA 4IFVA 3NCIA 4PUOA 3QEWA 4C8MA 4JRQA 4B9LA 2LSNA 2YNFA 4DMNA 1TK8A 3QNNA 3QLHA 1K6YA 3VQ7A 4F4KA 4PY5A 3L8BA 4O55A 4KRFA 3QNOA 4FK4A 5HBMA 4N76A 3O3FA 1X9MA 4CFAA 5I3UA 3SUPA 4KI4A 2GV9A 1RT3A 4DLEA 1W0HA 1U4BA 3AVKA 2YNGA 3B6OA 1U49A 3V9WA 4N41A 2VWJA 3CYMA 1YTUA 1IG9A 4LH4A 1QS4A 5KTQA 4B9MA 3AVGA 1RTHA 4ELUA 1VSJA 3P83D 3ASMA 4CK2A 3NF7A 1Q9XA 4QAGA 4N5SA 1J54A 2XY5A 3PO5A 3O4QA 4HCCA 3DMJA 4CF0A 3H08A 2FC0A 2XO7A 4CGHA 2BGGA 4BDYA 4E3SA 3DLHA 1JXBA 3M8RA 4IG0A 2HHTA 3WNHA 4KHQA 4CJ5A 3KK3A 5C24A 4E1MA 2P51A 4BDPA 4ELTA 4KKOA 1KCFA 4H8KA 4FXDA 2FBVA 4CEZA 3HP6A 3V1OA 2Q3SA 3SUNA 4O0IA 1BHLA 4F3OA 1JL1A 4CIEA 3ZSYA 4CF2A 1LW0A 4DQPA 4OVLA 1S1XA 1SL1A 3RR8A 1WLJA 3OY9A 4E7LA 4B9SA 3TAEA 3DOLA 1UA1A 4CFDA 3SQ0A 3PX6A 1T8EA 4KI6A 1KLNA 3TAGA 2G8VA 5D3GA 4OGEA 4BWMA 1QSYA 4KTQA 4DQRA 3LANA 4AHSA 4CGFA 4CE9A 3VQ4A 3TAFA 2G8UA 4DTRA 4DSFA 2X78A 1HMVA 3LWLA 4IFYA 4DSKA 3ZT1A 5KGXA 4CK3A 1UA0A 1JLQA 1RCHA 3O3HA 4R5PA 1A5VA 4J2DA 4M3ZA 4RW6A 2XY6A 1NKCA 3HJFA 1Q8IA 2P5GA 4H4MA 3RR7A 1U48A 1N6QA 5T7BA 1KVAA 1CLQA 4RG8A 3NGIA 3BGRA 3OVNA 2E6MA 4IG3A 4ID1A 2YNIA 4LSNA 3OS1A 3V4IA 3KLFA 4DU3A 4M3RA 4FM0A 1VSMA 3MECA 4HUGA 1RDAA 1U45A 2OPQA 1HNVA 2YV0X 3AVAA 3C95A 5SZTA 1RDCA 2HMIA 3K57A 3TABA 4CJLA 1S5JA 1RT1A 4H4OA 4CGJA 1RT5A 1B9DA 1HQUA 2IDOA 4NYNA 4DTJA 1CZBA 1S1UA 1TAQA 4BWJA 2O4IA 2KZMA 3CFOA 3KK1A 1Y97A 3ISNC 4W5RA 1NK4A 4K8XA 3RMDA 2D0CA 1L3SA 3NH1A 4CEDA 1UWBA 4E7IA 4WE1A 4CEOA 4DTSA 3KKRA 4FLTA 2HNYA 2A1RA 4LH5A 3SQ1A 1B92A 1ITGA 1L3UA 4FJKA 3AA4A 3OYLA 1TK0A 3AVNA 1GOAA 4CJQA 3SQ4A 3AVFA 3DLGA 1Z26A 5JS2A 1BL3A 4CGIA 4OJRA 1D8YA 1FXXA 3L2WA 3MXJA 3WNGA 4CIFA 2KQ2A 2B4JA 3SUOA 4CECA 4FK2A 1BCMA 1HPZA 4PQUA 3SQ2A 2ITGA 1BQNA 2B6AA 2ZE2A 4FZXC 3ITHA 3B6PA 4FJ8A 3QINA 3ZT3A 4CF9A 4FJLA 1WNSA 3ZSQA 4CIGA 3TARA 1T05A 4F3TA 4ID5A 4FM1A 4W5NA 2FBXA 1HYSA 3MXIA 1LW2A 4GMJB 1O1WA 2E6LA 1FKPA 2OPSA 3S3NA 2HHQA 3AO2A 1ASUA 1WSJA 1LWEA 3DRRA 4I2QA 3I0SA 5KI6A 3NH0A 2R7YA 4CJVA 2DFHA 2OA8A 1R0AA 4I7FA 2G8WA 1IO2A 3M8QA 4NCAA 1RT7A 4LSLA 4DU1A 2D5RA 3O3GA 2YHAA 2KFZA 4OKEA 3IRXA 4EP4A 3AVJA 4QOZB 3HVRA 3LAMA 3VQAA 4KTWA 4RW7A 1C6VA 4OKJA 1CXQA 1NOZA 3DYAA 3I8DA 4DTOA 4M3YA 1SKWA 3LPUA 1JXEA 3FFIA 1KFSA 3P1GA 1NOYA 2D0AA 4OLBA 4B9TA 1QTMA 1W9HA 3QEIA 3OYBA 4MFBA 3VN5A 1HYZA 3OYCA 3OS2A 1RBSA 1FK9A 1C1CA 1S9EA 3OYGA 2IGIA 4KPYA 3C6TA 4KHYA 1VRTA 3CM6A 4C8KA 3A2FA 3LP3A 4Q5VA 3KLEA 3ZSRA 2KZZA 5C25A 3TR8A 1EP4A 3VA3A 2PYLA 4FK0A 4FLZA 3RTVA 4LD0A 1IKVA 3NF8A 3RRGA 2OPPA 1SKRA 2Z1IA 3HO1A 4M41A 3HK2A 1C1BA 3ALYA 4KV8A 4JS5A 5CYMA 1S1TA 2HHUA 4KO0A 4BE2A 1S1WA 3NGYA 5CZ1A 3LZJA 4IKFA 1TKDA 3E01A 3QIPA 3V1QA 4FJJA 4CK1A 4DWIA 3AA5X 4DTNA 1NK0A 3LAKA 3SCXA 5J2NA 1B9FA 1EXQA 3NF9A 3V1RA 4RW8A 4DQQA 1LV5A 4FYDA 2HHSA 2YNHA 3D0PA 3QIOA 1L3TA 2HB5A 1U04A 4YFUA 5FRNA 4HCBA 1ZBUA 1JLGA 3AVIA 1WSGA 3DOKA 3SI6A 2DY4A 4CF8A 4QCLA 2AJQA 2HNZA 4N47A 3L2UA 4BACA 4KAZA 4CJ4A 1C1AA 1SV5A 4JLHA 2RN2A 3AO3A 4JS4A 1ASVA 1WSHA 2IS3A 2QXFA 4DSJA 3CFRA 3NE6A 3KD5E 3VQCA 4CERA 4DFJA 2X6SA 2G8HA 1VSLA 3HL8A 3T19A 1RTDA 1KSPA 2OZMA 4J2EA 3KLGA 3SZ2A 4DS4A 4GW6A 5HRNA 4W5TA 1X9WA 3AA2A 3KK2A 1ZBIA 1S6PA 1RTJA 2RF2A 3QEXA 3VQ9A 4ICLA 3IAYA 1TKXA 4FVMA 4G1QA 3DM2A 5CY4A 3MXMA 3K5NA 1XI1A 3M8PA 3G0ZA 3HT3A 4BE0A 1BQMA 4CEAA 5HP1A 1NK5A 1T7PA 3BDPA 4Z4IA 4FM2A 3HPOA 4M3XA 4W5QA 1ZBLA 5KGWA 4W5OA 3HYFA 3ZSZA 4CJTA 1TKTA 4IDKA 2QKKA 4I2PA 4AHUA 5FRMA 4M3UA 1DTTA 3L3VA 1TGOA 3KLIA 4OPJA 3T3FA 2ZQBA 1TK5A 3NGZA 3SPZA 3ZSXA 2P5OA 1IKXA 1KVCA 4UQGA 3D45A 3P5JA 1RILA 1EKEA 1U47A 1XHZA 4ZTJA 1LAVA 4KHUA 3PO4A 1WSIA 4FJ5A 3C94A 4AH9A 4EP5A 1T03A 3PX4A 1QSSA 4DTMA 4DSEA 4KB0A 4KFBA 1SKSA 3I0RA 1L3VA 4BDZA 2OPRA 3TI0A 4F2SA 1HNIA 3K2PA 1IKWA 4F8RA 4OGCA 1XWLA 4Q0BA 3NHGA 1NJWA 3HP9A 4Z4GA 3VQPA 1WN7A 4FJMA 1RDBA 2WONA 3SYZA 1KRPA 3ZSOA 4FLYA 1BIZA 1RBVA 2F8TA 4C8NA 4DSIA 3THVA 2F8SA 1D5AA 1J53A 3PV8A 4C8LA 4KREA 3KKSA 3DLRA 1TL3A 2IAJA 3EZ5A 1VSIA 3ZT4A 1VSEA 3LWMA 3HPGA 2NUBA 3RMBA 1UOCA 3HVTA 3QERA 3QEPA 3AVBA 2Y1IA 4CHPA 4DTPA 3SPYA 4E0DA 4FJGA 4HHTA 2Z1JA 4FW1A 1LWCA 3V9SA 1NKEA 2OYQA 1NK8A 1X9SA 1EX4A 2EX3A 3OYKA 4HUFA 4E19A 2O4GA 3NF6A 4O0JA 1SL0A 3PY8A 1TVRA 4BE1A 4CHYA 4FCYA 4DTXA 3OYEA 1NK9A 4E7HA 1JLFA 1NKBA 3LP0A 4KHSA 3IG1A 1JL2A 3DLBA 3CM5A 3V9XA 2XRIA 4CESA 1NJYA 1RBUA 1VSHA 4RW4A 1GOCA 3VQ5A 4CEQA 2HHXA 3JYTA 1MU2A 1RT6A 1YVUA 2IC3A 4CEEA 4AHTA 4FLXA 4CGDA 3OYJA 4CJPA 2HHVA 3AVHA 5KRSA 3NDKA 4FLUA 4PA1A 3AO5A 1ASWA 1L5UA 1REVA 1G15A 1C0UA 4AHCA 3RMCA 1BISA 3ZT2A 3K58A 4CHQA 3L2VA 1NK7A 4NCBA 4CJFA 3WNEA 3KIOA 2KTQA 2FBTA 3U3YA 4KB1A 4RW9A 4CJRA 2YHBA 1RT4A 2A1SA 3MAQA 3VQ8A 4K8ZA 5E41A 5KRTA 3M8SA 3ULDA 4M3TA 3OYDA 1HQEA 5J2PA 4KTZA 1KVBA 1TL1A 4OLAA 1KFDA 1J5OA 3HSTB 3VQQA 4FLVA 3QETA 4DF4A 4AHVA 1RTIA 1RBTA 3DRSA 2ETJA 5J2MA 1BGXT 4OPKA 4CCHA 2KW4A 3NH2A 3MEGA 4L8RB 2VG7A 1A5XA 4O44A 3LALA 3OS0A 1SL2A 4CJUA 1TAUA 5DK5A 4ZHRA 1D9FA 5C42A 1HJRA 3LPTA 3RMAA 4DG1A 1HRHA 3TAMA 2BDPA 4B9UA 3LP1A 2B5JA 3WNFA 3OYMA 3EYZA 3TAQA 2BANA 2FBYA 2HVIA 4E89A 5EU7A 1CXUA 3EY1A 1YTAA 3AO1A 3SV3A 2X6NA 3SV4A 2HW3A 3S3OA 3KJVA 1QSLA 1QE1A 1KTQA 3MEEA 3SJJA 3HM9A 2G8FA 4C8OA 3RWUA 4CJSA 4AHRA 4FLWA 3AV9A 3KLHA 1RNHA 3PX0A 2E4LA 1QHTA 2GBZA 3NBPA 2QKBA 5CZ2A 5HRRA 1CZ9A 3OJUA 2BE2A 2PY5A 3ZSVA 3QEVA 1D9DA 4B3OA 4XIUA 2IOCA 4Y1CA 4CHNA 3DI6A 3V81A 3SNNA 1C0TA 4GVMA 4CGGA 3V6DA 2Y1JA 1XC9A 2XHBA 2Z1GA 1RT2A 5SWMA 3NFAA 2EHGA 2F96A 5DMRA 4NYFA 3VQBA 1QQCA 3CG7A 2XY7A 4PWDA 3OYNA 4CHOA 3OJSA 4E7JA 1YT3A 3S9HA 1VSFA 5FDLA 3L2RA 1WAFA 3AVMA 3HXMA 4FZZA 5CYQA 1DTQA 4N56A 3AA3A 4LY7A 4IBNA 1XHXA 4ELVA 4DS5A 4Z4EA 1ZBFA 1IH7A 1JKHA 4TSXA 4Z4HA 1I39A 5J2QA 1S6QA 1SUQA 4CJEA 1RBRA 3IS9A 2GUIA 4FJNA 2VG6A 2Z1HA 3AVCA 3VQDA 3QESA 4J2BA 4Y1DA 2DFFA 4CJKA 4DQSA 1LWFA 4DU4A 3K5MA 3G10A 4HTUA 3TANA 1NJZA 1X1PA 4CFBA 3KD1E 3VA0A 2VG5A 4DFMA 1N5YA 3LP2A 1WSFA 4HUEA 1BI4A 2ATQA 3OYAA 4YNQA 1NK6A 3O4NA 3V9UA 2QK9A 2P1JA 3JSMA 3UIQA 2G8KA 3OYIA 1FKOA 4CJWA 1TKZA 1JLEA 3L3UA 3AO4A 4HVJA 4JRPA 3MEDA 4Z0UA 1WAJA 1GOBA 3AVLA 2HNDA 2VWKA 1VSDA 1DLOA 3LZIA 1VRUA 4EZ6A 4OKKA 1JLAA 2X74A 3PUFA 4B8CA 1S9GA 2YKMA 4DFPA 5I42A 1ZYQA 4M42A 1IKYA 4CFCA 4EZ9A 2HVHA 4FW2A 4M45A 3TWHA 2PYJA 2KFNA 3CFPA 4DTUA 3DRPA 3K59A 2RKIA 3T1AA 4DLGA 4FJXA 1BI4B 2I5JA 5HRPA 2W42A 2XY8A 3ZCMA 1HYVA 3DLKA 3L2QA 4B9NA 1I3AA 2DFEA 4MQ3A 4NCGA 3F9KA 3LDSA 4B8AB 1EETA 5K14A 4I9LA 3U6FA 4DFKA 5HLFA 2RPIA 3TAPA 1A5WA 1Q9YA 1LAWA 3C6UA 3OYHA 4ZTFA 2PZSA 4KHNA 3K5LA 4M3WA 4I9QA 3ZT0A 1WSEA 1UAXA 2YKNA 4FJIA 1BCOA 4CEFA 4Z4FA 4B9VA 4FZYA 1ZBHA 3QO9A 3ZSWA 3U3GA 1C0MA 2OZSA 4J2AA 2WOMA 3OYFA 1VSKA 3CQ8A 1NJXA 4CJ3A 1TV6A 1J9AA 4B08A 4CF1A 1RDDA 3NAEA 3S3MA 3HPHA 4FJ9A 4Z4CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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