4DTSA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dctp opposite an abasic site and ddc/dg as the penultimate base-pair
Total Genus 326
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
326
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Contribution of Partial Charge Interactions and Base Stacking to the Efficiency of Primer Extension at and beyond Abasic Sites in DNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 326
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4dtsA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4dtsA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4dtsA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4dtsA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4dtsA03
1RT1A 3KKSA 5JS2A 2PZSA 3NH2A 4JLHA 4OGCA 1SKSA 4I2PA 3PV8A 2G8UA 4DG1A 2VWKA 2PYLA 3LP1A 3RTVA 3E01A 1FKOA 1WSEA 3ZT0A 4MFBA 4CHNA 4LD0A 4CJTA 1KFDA 3QESA 3V1RA 1BQNA 2D0AA 5KGWA 4FJ8A 1Y97A 4E1MA 5C42A 1NK9A 1C1BA 1LV5A 3I0SA 2PY5A 2Z1GA 2OPPA 1TL1A 4LH5A 1HNIA 3LP0A 4N41A 4I9QA 4KV8A 4CEEA 3MEEA 4FLXA 1RCHA 4KB1A 4B9LA 3WNFA 4BDZA 4FCYA 4FK4A 3NGYA 1UWBA 2XY8A 1TKTA 4FVMA 5T7BA 3CFRA 4W5OA 4QAGA 1DTQA 1Z25A 4CF8A 5J2PA 5HRNA 2OYQA 1REVA 1C0MA 3ZSYA 4ID1A 2RKIA 4JS5A 4CEQA 3OS1A 3V9WA 5FRNA 4IG0A 4CHYA 1KCFA 4CJ4A 3OYCA 1KVBA 4KHQA 1RNHA 4FJ5A 4CF9A 4KI6A 4AHRA 3CM6A 1X9SA 4DSKA 1VRTA 4I7FA 3VQ5A 1EKEA 3RMCA 3SQ1A 3HXMA 3SZ2A 4FLYA 4DF8A 3O4QA 3RRGA 4CEAA 2KZZA 4EZ9A 1CXUA 4OPJA 2O4IA 4ZTFA 1TAUA 1B9DA 4DTSA 1J54A 2FBTA 3OYIA 3BDPA 1LWEA 4LY7A 3VQ4A 4E7HA 1JLQA 3AA2A 2HHSA 2E6LA 4BWMA 1RT7A 5I3UA 3LAKA 1FXXA 3KK3A 5CZ1A 1ZBFA 3QIPA 3V9XA 4N47A 2DFHA 3D45A 4CGIA 4FJXA 1BGXT 1QSSA 4FZYA 1BI4B 3DYAA 1D9DA 1WSGA 4FLUA 3C6TA 1XHZA 4CJKA 4FW2A 3TARA 1TL3A 4E7KA 1RILA 4CCHA 3HK2A 4IKFA 4J2DA 2GUIA 3F73A 3HT3A 4Z0UA 1RT2A 2NUBA 3PO4A 4LSNA 1XI1A 2HHQA 4CJPA 1LAVA 3CG7A 3OYMA 4B9VA 4PWDA 3O3GA 4OLBA 3TI0A 3K2PA 3CFPA 4CFDA 1JLCA 4HCCA 2G8VA 2P5OA 1KLNA 2QKBA 3G0ZA 3JYTA 3VQPA 3DLKA 3KTQA 4B9NA 3NFAA 1I39A 1BHLA 4AHCA 2BGGA 3SI6A 4C8MA 4KHYA 3AVBA 5J2MA 4H4MA 2HW3A 1LWFA 1HYVA 3V1OA 4FXDA 4FLWA 4IDKA 1B92A 3NH0A 1U4BA 2HHWA 1HYSA 4YNQA 4FM1A 3FFIA 1SKWA 4B3OA 1ITGA 3H08A 3HPGA 3NF8A 2ATQA 2BE2A 5HROA 4CFAA 4AILC 2B6AA 1ASUA 3IAYA 2VG5A 4R5PA 4FJMA 3TAQA 4CHOA 2A1SA 2XY5A 1U04A 3OYJA 4DLEA 1NJYA 2HVIA 4FM2A 4Y1DA 4W5NA 1S9EA 4OKEA 4DSJA 2FBXA 5E41A 5C24A 1ZBLA 3TR8A 1VSFA 4M41A 4DTXA 3MEGA 4RW9A 3LWLA 4KB0A 3AA4A 4CEBA 2P5GA 2IDOA 1F21A 4KKOA 3VQDA 3AO3A 4J2BA 5J2NA 4CF0A 3PUFA 4DU1A 3KD5E 3SUPA 3EZ5A 3AVHA 4LH4A 3NGZA 2OA8A 1TGOA 5CYQA 4F3TA 2EX3A 2IOCA 3AVNA 3ZT1A 1QE1A 1TV6A 5HBMA 4CFCA 4FZZA 1A5XA 3OS2A 4GVMA 3U3YA 2Q3SA 3T19A 2Y1JA 3S3OA 1TK5A 1Q9XA 1VSLA 2YNGA 4RW8A 3SV4A 3LALA 1D9FA 3NBPA 3AVKA 1G15A 3K57A 3ASMA 4FJKA 1YT3A 5C25A 1T8EA 4M42A 4DTRA 3RR8A 5CYMA 4B9TA 4PQUA 2YNIA 3LZIA 4HUEA 1RT4A 4B9UA 2D5RA 1WSIA 1WN7A 1W9HA 1HPZA 3HVTA 1LW2A 3OS0A 4GW6A 3L3VA 1NK0A 1W0HA 3AVMA 3L2RA 1JLFA 3SCXA 4M3YA 3L8BA 4ELVA 4CF1A 3QERA 4NYNA 3NE6A 1DLOA 4DMNA 3UIQA 2HNZA 3SQ0A 1NJWA 2F8TA 2F8SA 1HMVA 3HJFA 4KAZA 3QEVA 3NCIA 4FZXC 3L2QA 2YKNA 1IO2A 1FK9A 1ASVA 3KLIA 4AHSA 5J1EA 4CIFA 4BE2A 3EYZA 1JKHA 4OKJA 5SZTA 2HHXA 2RN2A 3NGIA 3LDSA 3BGRA 2P51A 3CM5A 1TKDA 1RTHA 1JLGA 4DWIA 2HVHA 3AVAA 1VRUA 3NAEA 4ICLA 4M3WA 2ZD1A 1Q9YA 3AO2A 4C8NA 4HTUA 1Z26A 3PX6A 1ZYQA 1VSHA 3IS9A 1NK4A 3ZCMA 3SJJA 1C6VA 3KLGA 1HQEA 3C6UA 3C94A 4DLGA 3U6FA 1QSYA 3M8PA 4H4OA 1SKRA 4CJ5A 4O0JA 4DS4A 1LWCA 1NOZA 4GMJB 4BWJA 3TAFA 4DTPA 1VSIA 3I8DA 2DFEA 3V4IA 2PYJA 3ZT3A 1GOCA 4Z4EA 5HRSA 4E1NA 4IBNA 3PY8A 4Q0BA 1JL2A 4Y1CA 1NK6A 5HLFA 4FJ7A 1TAQA 3OJSA 2HHTA 1NOYA 3KIOA 2KW4A 4DQPA 5K14A 1WLJA 4DF4A 2HNYA 3WNGA 4CJ3A 3LAMA 3SYZA 3DLHA 3ITHA 3AVGA 1KLMA 4CF2A 1RBVA 4ID5A 2KQ2A 3M8QA 2D0BA 3WNEA 4BDPA 3QEWA 1NKEA 3O3HA 4NCAA 3B6OA 1BCOA 4FK0A 4DQQA 1RTDA 4KREA 2G8WA 4M3UA 3O3FA 1S5JA 3OJUA 3KLHA 4DFJA 1N5YA 3QO9A 3PO5A 3HVRA 1LW0A 1Q8IA 3OYGA 3HP6A 4J2AA 3S3MA 4WE1A 4CJUA 1I3AA 5CY4A 3K5LA 2ZQBA 3NF9A 3K5NA 4KTWA 3TWHA 4F2SA 3AO4A 4FJNA 3SPZA 4EP5A 4E89A 1X9WA 2D0CA 4CHZA 3HPOA 4FLVA 2HB5A 3QEIA 4I9LA 3TAGA 1RDCA 4BE1A 1SUQA 3V9SA 1BL3A 3HM9A 1L3SA 3NHGA 2VG7A 5J2QA 5HP1A 4M3TA 3P83D 1C1AA 2HHVA 1J53A 4CE9A 4F8RA 4CIGA 2BDPA 4DU4A 2AJQA 2IC3A 3HYFA 1IG9A 3IG1A 4O5BA 3LP2A 4KHWA 3QNNA 3I0RA 1U45A 4CEZA 4Q5VA 4FK2A 3AA5X 4IG3A 4L8RB 4CJRA 2GBZA 2Z1HA 4DQIA 3AVCA 4Z4CA 4DSFA 1NKCA 2OZMA 3DLGA 4FYDA 2YHBA 1WNSA 1NKBA 4KI4A 2RF2A 1S9GA 4CJQA 3EY1A 3TANA 1WAFA 4F2RA 4PUOA 4DFMA 4CECA 4I2QA 1S1VA 1S6QA 4HVJA 1ASWA 4CFBA 1ZBIA 1TK8A 3V9ZA 3SUQA 3DOLA 4FJJA 1GOAA 5FROA 3ZSVA 5KI6A 1NK7A 4F3OA 1A5WA 3VQ8A 3K58A 2DTUA 3B6PA 3ISNC 1RDDA 4E7LA 2KZMA 1KFSA 4KRFA 1CLQA 1RTIA 4N56A 1RTJA 1EP4A 4JS4A 1IKVA 2X78A 4DTNA 1BIZA 1X9MA 3SQ4A 3SPYA 3DOKA 3SUNA 1BQMA 4DS5A 3VQCA 3ZSWA 4CJEA 1RBUA 3AVIA 4CJWA 4O44A 2G8KA 4QCLA 1RDBA 3S3NA 4OLAA 3V81A 3OYKA 3NDKA 2P1JA 2VWJA 4KHSA 3RWUA 4AHVA 5SWMA 1WSHA 2YKMA 3PX4A 1RBRA 3LPUA 3V6DA 3WNHA 4M3XA 3NF6A 5DMRA 3CFOA 1NK5A 4ELTA 3SQ2A 1C0TA 4CESA 4M45A 1DTTA 4Z4IA 3TAMA 2KFZA 3ULDA 1N6QA 2HMIA 3RMAA 3DRRA 3P1GA 2B4JA 1HJRA 1JXBA 1XC9A 5D3GA 5CZ2A 1O1WA 2IS3A 1ZBHA 2WONA 2DY4A 2QXFA 3MXIA 3K59A 1YTUA 1CXQA 2OZSA 1VSEA 1RBSA 1L3TA 1XWLA 4CJLA 4W5TA 4B8AB 4FW1A 1RBTA 5HRPA 4C8KA 1KTQA 3AO1A 4IFYA 2ZE2A 2A1RA 4J2EA 1BI4A 3IRXA 2IAJA 5KGXA 5KRSA 3OYAA 1J9AA 1U49A 1SL1A 1X1PA 1T05A 1L3UA 3VQ7A 1C0UA 3DLEA 5FDLA 3LANA 4AH9A 2XRIA 2ETJA 2RPIA 1LAWA 4AHUA 4CEDA 2Z1JA 3QEPA 4B9SA 4FJ9A 4FJLA 2W42A 1EETA 4CEOA 4K8ZA 3KJVA 1BIUA 4FM0A 4CK1A 1IH7A 2YNFA 3D0PA 1ZBUA 3CYMA 3KK1A 4O0IA 1KVCA 2ITGA 1SL2A 4CJVA 4G1QA 1JL1A 3ZT4A 4OPKA 4BE0A 3VA0A 1R0AA 2OPQA 4HCBA 1BCMA 4CGDA 4N5SA 3HSTB 3G10A 3ZSOA 1SL0A 3ZSRA 4CHQA 2HHUA 1C1CA 3VA3A 3A2FA 1S1XA 2JGUA 3K5MA 4K8XA 1JXEA 3QIOA 2LSNA 5KTQA 3QEXA 3SUOA 3MECA 3OYDA 2XO7A 3VQ9A 2G8HA 4KTQA 2G8IA 4BACA 1NJZA 3O4NA 3VQAA 4CERA 3P5JA 2XHBA 4UQGA 3OY9A 1L5UA 1T7PA 4DSIA 4KHUA 3HO1A 3KK2A 4TSXA 3AVJA 1WSJA 3OYLA 1FKPA 3ZSZA 3KLFA 3AVFA 4ZHRA 4E3SA 2F96A 4DU3A 1VSJA 3LPTA 3QETA 1J5OA 4B9MA 5JS1A 2OPRA 4RW6A 4DQRA 3ZT2A 1YVUA 5EU7A 1IKYA 4W5RA 4C8LA 4PA1A 3T1AA 1UOCA 1VK0A 4AHTA 4DFPA 3VN5A 3HL8A 1RT3A 1TVRA 1U48A 1HRHA 3RMBA 3ZSQA 4CJSA 1D8YA 4E7JA 3JSMA 3OYNA 1JLBA 1K6YA 1RDAA 2EHGA 3V1QA 3U3GA 2OPSA 3L2VA 2O4GA 1EX4A 2R7YA 4NCBA 3DRSA 1B9FA 1MU2A 3OYEA 4OGEA 4N76A 1JLAA 3HPHA 3ALYA 2FC0A 1KSPA 4KPYA 1RT5A 5HRRA 3VQEA 4RG8A 3LZJA 4O55A 3L2UA 4OJRA 5FRMA 3QINA 1L3VA 1BISA 4YFUA 4CJFA 1YTAA 1S1TA 4LSLA 3LP3A 1UA0A 3K5OA 3DLBA 4PY5A 2KTQA 3QLHA 3SV3A 3S9HA 3L2WA 4M3ZA 2E4LA 3AO5A 1HQUA 2FBYA 2QKKA 3KKRA 1VSKA 4QOZB 2JLEA 1TKZA 2GV9A 3L3UA 3MXJA 4CHPA 3RR7A 3MEDA 3KD1E 4DTMA 4KHNA 4CGFA 3OYBA 3F9KA 3MXMA 2E6MA 2I5JA 4HUFA 2YNHA 3RRHA 3LWMA 4FJHA 3THVA 4E19A 2QK9A 1QQCA 1CZBA 4NYFA 3AVLA 3VQ6A 4DSEA 1EXQA 1TK0A 4W5QA 4Z4HA 3C95A 4CGGA 5DK5A 2XY7A 4EZ6A 2DFFA 2WOMA 3NH1A 2BANA 4DSLA 1XHXA 4OKKA 3KLEA 4E7IA 1A5VA 4DTOA 1QTMA 3VQQA 2XY6A 3DRPA 3T3FA 3VQBA 4O4GA 4CGJA 3DLRA 3MAQA 1UA1A 1RT6A 2KFNA 4Z4GA 3DM2A 4MQ3A 4CGHA 1HNVA 3PX0A 4EP4A 1QS4A 3V9UA 1QHTA 3TAEA 4C8OA 3OVNA 1U47A 2Z1IA 3CQ8A 1IKXA 2X6SA 2YHAA 4KTZA 4KO0A 4E0DA 3RMDA 4FJIA 1HYZA 1S1WA 4FLTA 4DTJA 1SV5A 1D5AA 3DI6A 4H8KA 4B8CA 1CZ9A 4XIUA 1NK8A 1T03A 3M8RA 4JRPA 1KRPA 1GOBA 2VG6A 3AA3A 4FJGA 4ZTJA 1NJXA 2HNDA 4Z4FA 3DMJA 5I42A 4RW7A 3OYFA 2Y1IA 1KVAA 3SNNA 4CK2A 3TABA 3NF7A 5KRTA 3TAPA 1QSLA 3M8SA 4JRQA 3OYHA 1TKXA 1S1UA 4FLZA 3ZSXA 1JLEA 4NCGA 3AV9A 4CEFA 1VSMA 4HHTA 4F4KA 2B5JA 4OVLA 4KFBA 4B08A 4HUGA 2YV0X 4CK3A 3QNOA 1WSFA 4DQSA 2G8FA 1WAJA 1S6PA 1UAXA 4DFKA 4ELUA 1VSDA 2IGIA 4RW4A 4BDYA 4DTUA 4M3RA 2FBVA 3HP9A 1IKWA 2X74A 2X6NA 4CIEA 4IFVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5JS2A 4OGCA 1T6DA 1FYZE 1OH8A 1WSEA 3ZT0A 4QS9A 5BRDA 3JAMO 1KFDA 3OW2M 3GDQA 3FZKA 1BQNA 5KGWA 4ISFA 3ZLJA 4CEEA 3MEEA 4FLXA 4B9LA 4FCYA 4FK4A 3M6GA 1DGKN 2XY8A 4CBXA 3ZETB 2W6LA 1EO1A 4A59A 1REVA 3V9WA 5FRNA 2F9WA 5FPNA 4AKIA 1E3MA 4BRCA 4JYAK 4NLCA 3W3DA 1Q18A 3SQ1A 4ISEA 4K42A 4FLYA 2J4RA 4DF8A 3RRGA 3ZX0A 4GY2B 1SAZA 4BRAA 1J54A 3BDPA 1KAXA 2EWSA 4A2AA 2HHSA 1JCEA 3LDBA 5KQ8A 4BWMA 5I3UA 2WTUA 1EWQA 4CZEA 4FZYA 5M1NA 2O8EB 2JWLA 2YHXA 1E4GT 1MMOG 4JI6K 1NGIA 5GAGP 3EZWA 4CCHA 3NVKA 3HK2A 4IKFA 4J2DA 4LSNA 1LAVA 4B9VA 3TI0A 3CFPA 4FVUA 2O8CA 1JLCA 2QW9A 3VQPA 2CH6A 3DLKA 3KTQA 5H37A 4KHYA 3H1VX 5BPLA 1HYVA 3CCRN 1P90A 3A0IX 4B3OA 1YIJN 3H08A 3HPGA 4YOXA 2ATQA 2BE2A 5HROA 2JHCA 1NMDA 1XVCE 3TAQA 4RTFD 3OYJA 1NJYA 4Y1DA 2FBXA 3MCAB 4DTXA 3CJCA 3L2OB 4KKOA 1ZXOA 1NGJA 4J2BA 3PUFA 3C6PB 4JK8A 3AVHA 4BGBA 3ZT1A 1QE1A 4DV7K 4JEPA 1ATSA 4BRQA 3K9JA 2WFBA 1NNEA 3HGKE 1LCUA 1TUYA 5M1KA 3K57A 1NWKA 4FJKA 3ASMA 4BC3A 4CJ7A 4B9TA 2YNIA 1WN7A 2CGKA 4GW6A 4B3RK 2HD0A 2HBLA 4IT5A 1VQ4N 3L8BA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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