4DTXA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dttp opposite an abasic site and ddc/dg as the penultimate base-pair
Total Genus 328
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
328
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Contribution of Partial Charge Interactions and Base Stacking to the Efficiency of Primer Extension at and beyond Abasic Sites in DNA.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
total genus 328
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4dtxA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4dtxA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4dtxA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4dtxA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4dtxA03
1J54A 4KHUA 4BDZA 3KLIA 4DQPA 1WNSA 3AVKA 1NJWA 4F4KA 4Z4GA 3T19A 4FW1A 4CJEA 4N5SA 3AVFA 3KLEA 5HP1A 3DLHA 3KLHA 1XC9A 1L3UA 1RT3A 5JS2A 1LWFA 1NOZA 4CF2A 3EYZA 3V4IA 1SL1A 4B9NA 4H4OA 4HCCA 4OLAA 2G8KA 4FJ8A 3VA3A 4DU4A 1RTHA 1L3VA 1LAVA 1VSEA 1F21A 4JS4A 3I0SA 4HCBA 1RTIA 3E01A 3LALA 4FLZA 1EKEA 4I2QA 3LWMA 4AHCA 3TARA 4LSLA 1UA0A 1U47A 3RRGA 2HHVA 2VWKA 2FBTA 2HB5A 4ELVA 3RR8A 3VQDA 1WSEA 4LH5A 5HROA 2G8HA 3OYBA 2OPRA 4FK4A 4CEEA 1HJRA 4K8XA 3NF6A 4CF8A 4BDPA 4C8OA 1TKXA 4AILC 4CHZA 4FJ7A 3QIPA 4BWMA 1TK0A 3HPOA 4GMJB 3HSTB 4O4GA 3OS0A 1ASWA 4CK2A 1T7PA 1TV6A 2YNFA 4M3UA 3ZSRA 1LW0A 2Z1GA 1ZBIA 4YFUA 1HNVA 4E7IA 1CZBA 3ZSVA 1NKCA 2W42A 3SUQA 3RR7A 3K5OA 4DTNA 2DTUA 1VSMA 3U6FA 4Z4IA 1GOCA 1S1WA 1BIUA 3ZSQA 4ZTFA 4CJWA 4CGJA 1NK0A 1CXQA 2G8FA 4C8KA 4OJRA 4W5RA 1A5WA 1DLOA 3VQ7A 1U04A 4M42A 1RT1A 2DFFA 4FJ9A 1JXEA 1RBSA 3SQ1A 3KK3A 3NH2A 3LPUA 3L8BA 1BI4B 1TGOA 1HQEA 4FJNA 3LAMA 2QK9A 2P5GA 4Q0BA 1I39A 3T3FA 3QEXA 3AVMA 3ISNC 4KB1A 2HMIA 4KFBA 2D0AA 4OGCA 3SPZA 1VSHA 1B92A 3QIOA 3V81A 1FKPA 4CERA 4I2PA 4C8NA 4DTSA 3F73A 4E7HA 2R7YA 3SI6A 4CEOA 1VSIA 1Q9XA 3NH0A 5CZ2A 3B6OA 1HNIA 2B4JA 1W0HA 5DK5A 4OGEA 2F8TA 4K8ZA 1J53A 3OYAA 3MEDA 2YNHA 4B9TA 3WNGA 1TAUA 5DMRA 3RWUA 1NKBA 3NE6A 3CFOA 1KCFA 1RT5A 2D5RA 3AVBA 4CEQA 4CJTA 2ZE2A 4TSXA 3V9SA 3WNHA 1ZBLA 4W5QA 4B9MA 2HW3A 4KREA 1LAWA 2Z1JA 4PY5A 2X78A 1L5UA 1NK4A 4E1NA 4EP4A 1JXBA 1TAQA 4CGGA 4CJSA 3TR8A 4DF4A 5HRRA 3SYZA 1WAFA 2GBZA 3I0RA 4KV8A 3DI6A 4FJXA 3NF7A 4O55A 3ZSYA 5KTQA 1R0AA 5JS1A 3M8PA 1S1XA 1NK5A 4B8AB 1C0TA 2P5OA 3MEGA 3SQ0A 1GOBA 2VG6A 4KB0A 4CEBA 4DTXA 2BDPA 1WSIA 4CJQA 3ZSOA 3KTQA 1WN7A 1B9FA 3NCIA 1BGXT 4W5TA 4HTUA 4DFJA 4CCHA 3VQ6A 4DSEA 1RDAA 3WNEA 1T03A 1RT6A 3A2FA 3HP6A 4FZXC 4DWIA 2FC0A 5KI6A 4NCAA 4CIGA 3IRXA 3O3GA 3QNOA 4CFAA 4FLUA 3S9HA 2KW4A 1RBTA 4KHQA 4IFVA 4AH9A 1J5OA 1QSSA 2EHGA 3KJVA 2YHAA 5SZTA 4W5OA 2QKKA 4CHPA 1Q8IA 3ZSWA 3ZSZA 3V1RA 1QSYA 4E3SA 1BCMA 3ZSXA 2PYJA 1D8YA 1Q9YA 4CJPA 4KI4A 4O44A 4QAGA 3NFAA 3QETA 3M8SA 3NGYA 1HYZA 3TWHA 1SL0A 2HVIA 1ZBHA 1HQUA 1IG9A 1EETA 1FKOA 2XY8A 4FLYA 3IS9A 1KTQA 4N47A 3MXIA 3SUPA 4J2BA 1JLFA 2EX3A 3L2VA 3VQAA 1J9AA 1RT2A 2ZD1A 4CIFA 4FJGA 3OYDA 1X9MA 1LWEA 3DLEA 3VQ4A 5HRPA 4DF8A 2HHWA 1TL3A 4PWDA 1VRUA 2KTQA 4OKJA 3PX6A 2HNZA 1REVA 3QLHA 3HO1A 4NCGA 3HP9A 1BHLA 2LSNA 4CGIA 4CJFA 4DTOA 3K2PA 4CGDA 4EP5A 4N41A 3VQ9A 1QS4A 1TKDA 2YV0X 3THVA 4M3WA 2BE2A 3OVNA 5J2NA 3V9WA 3TAFA 3TAQA 3SUOA 1JLAA 4CJ5A 3L2RA 3AO5A 1UWBA 1S9EA 3VQ8A 2X6NA 3VQEA 3ULDA 1C6VA 4BE0A 1LV5A 1QSLA 4XIUA 1YT3A 4Q5VA 1Y97A 2OYQA 4CEDA 3DRSA 3I8DA 3JSMA 3TAMA 2XY7A 4J2EA 4B8CA 3AA5X 2G8WA 3OYEA 1SKRA 4QOZB 3BGRA 2PY5A 1NJZA 1X9WA 4ZHRA 5KRSA 4BACA 1SKWA 1SUQA 3DOKA 4FJLA 1I3AA 4HUEA 1TL1A 3C95A 1WAJA 4FVMA 4ELUA 3B6PA 4OKKA 4CJ4A 1EX4A 4CJUA 2RKIA 3TI0A 3HT3A 4F2RA 1QTMA 3RMCA 1CXUA 4I7FA 1U45A 4KAZA 3TABA 1VK0A 4AHRA 3D45A 2ZQBA 5FRNA 3V9XA 4E1MA 5K14A 3ZCMA 3KD1E 1TKTA 2YHBA 2VWJA 2QXFA 3K5MA 4QCLA 2G8VA 2DFEA 3LAKA 4M45A 4AHSA 3OYFA 3L2UA 2P51A 4OPJA 4FLXA 3O4NA 3KKRA 3RTVA 4M3XA 1GOAA 3HVRA 3LP3A 4H8KA 3QEPA 4O0JA 1SL2A 2P1JA 4CJ3A 4DSKA 4Z4HA 4FW2A 4CGFA 2RPIA 3OYLA 3C6TA 3DLGA 3K5NA 3G10A 1VSKA 4CHOA 2HHTA 4JS5A 4DFKA 3DM2A 2IOCA 2IAJA 1K6YA 4CJRA 4JLHA 1S9GA 3EY1A 4CEAA 3AO4A 4R5PA 3M8QA 4NYFA 4FLTA 4H4MA 4HVJA 1L3TA 1JLGA 1RNHA 4DTPA 1IKXA 3NF9A 3LPTA 1YTAA 2RF2A 4IG3A 5CYMA 4FLWA 2ITGA 5FRMA 4E19A 3OY9A 4J2DA 3K5LA 1RILA 3V9ZA 2ATQA 2YNIA 3CG7A 3LP1A 4C8MA 4CHQA 1ZYQA 2PZSA 1JKHA 4CJVA 2F8SA 5EU7A 2KFZA 3VQQA 3M8RA 2E6MA 3AVLA 3S3NA 1KLNA 5FDLA 3K59A 1RBVA 2YKMA 1NK7A 3AVNA 4W5NA 3RRHA 4FM2A 4FM1A 1LWCA 2QKBA 5CYQA 3F9KA 4CESA 4DQRA 3ASMA 1S6QA 1UOCA 5J1EA 3AVAA 1VSFA 4FM0A 4B9UA 3LDSA 1IO2A 1JL2A 1W9HA 1XHXA 3OS2A 4CECA 4G1QA 4KO0A 3QEVA 4OVLA 4ELTA 3VQPA 1RT7A 1MU2A 2Q3SA 4CK3A 2GV9A 3OYKA 4Y1DA 3KLGA 3L2QA 4DQIA 3KK1A 3MXJA 2BANA 1ZBFA 2XRIA 4CGHA 4DFMA 1KSPA 4CF9A 5T7BA 4FJKA 3CM6A 2OPSA 3ALYA 2Z1IA 3HL8A 3AO1A 1BCOA 3LP2A 2OPQA 4ID5A 4RW6A 3IG1A 1BQMA 4Z0UA 4F3OA 4PUOA 4FJ5A 4WE1A 3V9UA 5J2QA 2A1RA 1RT4A 1XHZA 3FFIA 3EZ5A 4RW4A 1HMVA 5I42A 5I3UA 4DFPA 1EP4A 3V6DA 3PY8A 2F96A 4F2SA 1XWLA 1NOYA 1BL3A 1SV5A 1NJXA 1BI4A 3U3GA 3RMBA 3DRPA 3PX4A 3OJSA 4DSFA 3HPHA 4F8RA 1DTQA 2JLEA 3MEEA 3O3FA 4KRFA 1NJYA 4RW9A 1S6PA 2X6SA 3CQ8A 4CJKA 3ZT4A 5SWMA 4OPKA 1TVRA 1WSJA 1C0UA 3OYJA 4E7JA 5CY4A 3S3MA 3T1AA 1RDCA 2IC3A 4BWJA 1VSDA 2HVHA 1A5VA 5HLFA 1WSHA 3DLBA 2YNGA 1ASVA 1YVUA 1U4BA 3L3VA 4CHYA 4AHTA 4CEFA 4E89A 3QERA 2VG7A 3O4QA 2FBXA 2HNDA 3ZT0A 4GW6A 5FROA 3AO3A 3TAPA 4DSLA 4AHVA 4C8LA 3NH1A 4I9QA 3RMDA 1LW2A 4FZZA 3OS1A 1D9FA 5HRSA 1HRHA 2D0CA 3AA3A 4LSNA 1G15A 4DTRA 4MQ3A 3JYTA 1RTDA 1Z26A 1A5XA 4I9LA 2BGGA 4Z4CA 2Z1HA 3OYIA 2DY4A 4B9VA 4M3TA 2OPPA 4CE9A 4N56A 3CFPA 4UQGA 4DLEA 4ZTJA 2WONA 4PA1A 3VQ5A 3LZJA 3ZT2A 5KRTA 3KLFA 1BISA 1KFSA 4FZYA 1NKEA 1NK8A 1RCHA 3P1GA 4HUGA 4FCYA 2B5JA 4FJHA 1N6QA 1X9SA 4B9LA 4EZ6A 3WNFA 3OYHA 1D5AA 4KHWA 1KVBA 3HVTA 3H08A 1WLJA 3ZT1A 2Y1JA 1TK5A 4Z4FA 1VSLA 4LY7A 4MFBA 3NGZA 4DTMA 3DYAA 3ZT3A 2G8UA 3CFRA 1EXQA 1RTJA 3C94A 4JRQA 1HYSA 2O4IA 1UA1A 3SUNA 1JLCA 4KHSA 1KFDA 1IKVA 3TAEA 3NF8A 2HNYA 2WOMA 3AA2A 4M3RA 1JLBA 1VSJA 4O5BA 3LZIA 5C42A 3BDPA 2A1SA 3DOLA 4B9SA 3SV4A 3ITHA 1QE1A 1S1UA 3LANA 3NAEA 2JGUA 1ASUA 4BDYA 3HK2A 3V1QA 3SV3A 4M3YA 3IAYA 4DQSA 4E0DA 4CFDA 4NCBA 4FK2A 4IFYA 2RN2A 5E41A 1RBUA 3SJJA 4CHNA 3K58A 4F3TA 4DU1A 4OKEA 1SKSA 2I5JA 1WSGA 1U49A 1IH7A 3SQ2A 3OYCA 4DS5A 3SZ2A 4PQUA 3P5JA 4CJLA 1UAXA 4FJIA 2X74A 1BIZA 3SCXA 3LP0A 2HHSA 3PX0A 4NYNA 3D0PA 4O0IA 2DFHA 4DTJA 4RW7A 4FLVA 2FBVA 4YNQA 4N76A 1HPZA 3AVGA 4M3ZA 2IGIA 5HBMA 3NHGA 4DLGA 3TANA 3QNNA 4FXDA 3VQCA 1YTUA 5C25A 3QEIA 2E4LA 5KGXA 3O3HA 1DTTA 3DRRA 4DSIA 3AVCA 5HRNA 4LH4A 3HXMA 1KVAA 4KPYA 2OZMA 4ID1A 3MXMA 3OYGA 2IDOA 4FJMA 1IKYA 4KTWA 4KHYA 1S1VA 3LWLA 4Z4EA 1HYVA 4DMNA 1TK8A 2IS3A 1KLMA 3K57A 3QESA 3QO9A 3KKSA 1RDBA 2B6AA 4CK1A 4JRPA 3V1OA 3MAQA 5D3GA 4DQQA 4CEZA 3AVHA 5CZ1A 4LD0A 1S5JA 3CM5A 4M41A 3HPGA 4KHNA 4Y1CA 1JLQA 4RG8A 2VG5A 3DLKA 1CZ9A 3SPYA 1C0MA 2KQ2A 3OYMA 4B3OA 1Z25A 3DMJA 4AHUA 2XHBA 3PO5A 3SQ4A 3AO2A 4IG0A 1WSFA 5KGWA 1TKZA 4ICLA 2E6LA 1X1PA 1BQNA 3AVJA 2OA8A 1RBRA 2YKNA 4FYDA 1B9DA 1O1WA 4BE2A 4CFCA 1T8EA 1U48A 1IKWA 3RMAA 3KIOA 4J2AA 4DG1A 3NGIA 1XI1A 2NUBA 3AV9A 2HHXA 4GVMA 2O4GA 4IBNA 3PV8A 3OYNA 4RW8A 1T05A 5J2PA 4KTQA 1JL1A 3L3UA 3NDKA 3DLRA 4CIEA 2OZSA 3NBPA 4KKOA 3HJFA 1S1TA 4BE1A 3AVIA 3QEWA 2ETJA 3QINA 4CF1A 2G8IA 3TAGA 1RDDA 3C6UA 2KFNA 1N5YA 4E7LA 3S3OA 3VN5A 1D9DA 1KVCA 3KK2A 2GUIA 3PUFA 1FK9A 2FBYA 4B08A 3L2WA 4FK0A 1C1BA 4CF0A 2Y1IA 4IKFA 2XY5A 4L8RB 2AJQA 4IDKA 3MECA 3AA4A 1QQCA 3KD5E 1ITGA 4DSJA 1JLEA 2HHQA 3HM9A 2PYLA 4OLBA 3SNNA 1KRPA 3VA0A 4HHTA 2KZZA 3UIQA 4DU3A 2D0BA 2XO7A 2HHUA 3CYMA 3P83D 1NK6A 4CFBA 1FXXA 3U3YA 3VQBA 4HUFA 1CLQA 4DTUA 3G0ZA 4E7KA 4KTZA 3PO4A 2KZMA 5C24A 5J2MA 1C1AA 1NK9A 2XY6A 1ZBUA 4KI6A 4DS4A 1QHTA 1VRTA 1L3SA 3OJUA 4FJJA 3HYFA 1C1CA 4EZ9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4KTQ A;  1JL1 A;  3L3U A;  3NDK A;  3DLR A;  4CIE A;  2OZS A;  3NBP A;  4KKO A;  3HJF A;  1S1T A;  4BE1 A;  3AVI A;  3QEW A;  2ETJ A;  3QIN A;  4CF1 A;  2G8I A;  3TAG A;  1RDD A;  3C6U A;  2KFN A;  1N5Y A;  4E7L A;  3S3O A;  3VN5 A;  1D9D A;  1KVC A;  3KK2 A;  2GUI A;  3PUF A;  1FK9 A;  2FBY A;  4B08 A;  3L2W A;  4FK0 A;  1C1B A;  4CF0 A;  2Y1I A;  4IKF A;  2XY5 A;  4L8R B;  2AJQ A;  4IDK A;  3MEC A;  3AA4 A;  1QQC A;  3KD5 E;  1ITG A;  4DSJ A;  1JLE A;  2HHQ A;  3HM9 A;  2PYL A;  4OLB A;  3SNN A;  1KRP A;  3VA0 A;  4HHT A;  2KZZ A;  3UIQ A;  4DU3 A;  2D0B A;  2XO7 A;  2HHU A;  3CYM A;  3P83 D;  1NK6 A;  4CFB A;  1FXX A;  3U3Y A;  3VQB A;  4HUF A;  1CLQ A;  4DTU A;  3G0Z A;  4E7K A;  4KTZ A;  3PO4 A;  2KZM A;  5C24 A;  5J2M A;  1C1A A;  1NK9 A;  2XY6 A;  1ZBU A;  4KI6 A;  4DS4 A;  1QHT A;  1VRT A;  1L3S A;  3OJU A;  4FJJ A;  3HYF A;  1C1C A;  4EZ9 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4BDZ A;  4KHU A;  3SK3 A;  4DQP A;  1HR0 K;  3AVK A;  4FWN A;  4Z4G A;  3O9R A;  3P39 A;  2O8E B;  3DLH A;  2QWL A;  5FLX O;  5M1N A;  3KLH A;  1XC9 A;  5JS2 A;  3V4I A;  1L3U A;  4CF2 A;  1SL1 A;  3C6P B;  4B9N A;  5IWA K;  3E9O A;  1VSE A;  3A5N C;  4JS4 A;  4OO1 J;  1RTI A;  3JXU A;  1IBM K;  1UA0 A;  2I7N A;  3RR8 A;  3KWI A;  5HRO A;  4UY8 O;  4CEE A;  4K8X A;  4CF8 A;  4BWM A;  2P9S B;  3HPO A;  3HST B;  1ASW A;  3TJY A;  2YNF A;  4B9Q A;  4M3U A;  2QI2 A;  3ZSR A;  5AQM A;  1NKC A;  3SUQ A;  4Z4I A;  1V4S A;  1S1W A;  3ZSQ A;  2H4T A;  4CJW A;  3A5L C;  4W5R A;  3VQ7 A;  3CJC A;  5FPD A;  2DFF A;  4BG8 A;  4NXM K;  2HBK A;  3NH2 A;  1FZ6 E;  3HGK E;  1RGI A;  3GG4 A;  4Q0B A;  2P5G A;  3T3F A;  3SAH A;  4OGC A;  3TSP A;  3CF5 L;  5LMU K;  3QIO A;  4C8N A;  1VHX A;  2R7Y A;  1VQM N;  4CEO A;  3B6O A;  3UB5 A;  1XNQ K;  1HNI A;  1W0H A;  4LFA K;  3OYA A;  1NMD A;  3MED A;  1TAU A;  3KZB A;  3RWU A;  3NE6 A;  3BZC A;  1KCF A;  2D5R A;  2IVO A;  4BRO A;  1FZ3 E;  4W5Q A;  4EAH D;  5BRD A; 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