4DTXA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dttp opposite an abasic site and ddc/dg as the penultimate base-pair
Total Genus 328
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
328
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Contribution of Partial Charge Interactions and Base Stacking to the Efficiency of Primer Extension at and beyond Abasic Sites in DNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 328
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4dtxA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4dtxA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4dtxA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4dtxA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4dtxA03
3O3FA 3S3OA 4CJPA 2PY5A 3AO2A 4FM2A 4J2DA 1ASVA 1CXUA 1WSEA 2LSNA 4BWMA 3PX6A 3DLGA 3AA2A 3M8QA 2G8UA 3RMDA 4CJRA 4LY7A 1D9DA 1VSHA 4BDYA 1D8YA 4BE1A 4I2PA 2G8WA 1I3AA 3CFRA 1Z26A 2RKIA 4DFJA 1NKBA 1KLNA 1TK8A 1S1XA 3LP3A 4C8KA 4KAZA 4FJ5A 4DS4A 3IAYA 3CFOA 1JLFA 4E7HA 2HHQA 1L3SA 2IS3A 3SPYA 1FKPA 3RRHA 4FYDA 2RPIA 1VSEA 3LAKA 1QSSA 4KREA 4FJ7A 3DLHA 3SJJA 1RNHA 2OZMA 4DSFA 3LWLA 3LWMA 1UOCA 2KZZA 4FM1A 3G0ZA 5FDLA 3VN5A 3K59A 4HUEA 3PUFA 3O3GA 4KPYA 1JLGA 1TGOA 4C8MA 4HUFA 3RTVA 4F3TA 3CM6A 4CGDA 1NOYA 1X9SA 3AVLA 3IS9A 2Z1GA 3V1QA 3DOKA 3QIOA 3MEEA 1RCHA 4CJLA 1T8EA 4KHNA 2GV9A 4PY5A 4KTWA 3TABA 2HHSA 1JXEA 2E6LA 1TKDA 1F21A 4B9VA 3K5MA 3OYFA 4N5SA 3SV3A 1JLAA 3V1RA 2DY4A 3C6UA 4CF8A 3IG1A 2KZMA 1IH7A 3AVHA 3DLEA 1U45A 1NKEA 3KJVA 2VG6A 1WSGA 4DU4A 5K14A 4DU1A 1WSIA 3HPHA 4CHZA 2DFEA 3OYMA 3BDPA 4KHYA 4JS5A 4CJSA 3K57A 3RWUA 2FC0A 4KHSA 1K6YA 3SQ2A 4Y1DA 2OA8A 1KCFA 4O5BA 1WSFA 4GW6A 2PYJA 1C0MA 1BI4B 4M3XA 3ASMA 4ZHRA 5J2MA 3QEXA 4FK0A 2FBXA 1RTDA 1HYVA 3DOLA 1C6VA 1J5OA 4J2BA 1IKXA 2XY5A 4DQQA 1VK0A 2YHBA 2Y1JA 4WE1A 3M8SA 4RW6A 4KHUA 4EP4A 3OY9A 3JSMA 2OPRA 1U4BA 3NH1A 3DRPA 4JRQA 3TWHA 1T05A 4B8CA 2EHGA 2RN2A 3LPUA 1C0TA 4CEDA 1QTMA 3UIQA 1JLEA 4CK3A 1RDAA 3OYBA 3L2QA 1BL3A 4AHCA 3PX4A 2F96A 4B08A 4KKOA 4W5QA 3V4IA 5HRRA 1T03A 4FVMA 4F2SA 4CJKA 4N76A 3T1AA 4FZZA 3DLKA 3MEDA 4OJRA 3SNNA 4FM0A 4BE0A 2O4GA 5J2QA 2HHWA 2HNDA 5SZTA 3KLHA 2BANA 4JLHA 3ZSOA 3THVA 5D3GA 3SUQA 3SPZA 1IG9A 1NK5A 4W5RA 4DSJA 3VQ7A 3HP6A 4EZ9A 2IDOA 2HNYA 2OPSA 4CHQA 4IBNA 2YKNA 1GOBA 3L2WA 4H4MA 1S6PA 2VG7A 3NF9A 3K2PA 3P83D 1VSLA 2IC3A 3AVIA 1C1CA 3OYKA 3HT3A 1MU2A 1NJXA 3MECA 4KB0A 4Z4EA 4RW8A 1X9MA 2IAJA 1RDDA 1JL2A 1L3UA 3V1OA 1HNVA 4CCHA 1SKRA 3CYMA 4N47A 4AILC 1LAWA 3AO4A 4CEEA 2RF2A 2YNFA 2OYQA 3QEVA 2YNIA 4FZXC 3TR8A 1VSKA 3K5LA 5CYQA 4B9NA 4FJXA 3OYIA 1BQMA 2O4IA 3KLGA 2IOCA 1IKYA 2B6AA 1NK9A 3QNOA 1WNSA 4NCGA 3HVRA 4M3RA 4OLBA 2HHVA 4DTMA 1L5UA 2QXFA 2YKMA 1VSIA 3AVFA 4EP5A 4CK1A 1NK6A 3NCIA 1YTUA 1UAXA 2KQ2A 2R7YA 3ZSRA 1C0UA 1KVCA 3ZT0A 4CFCA 4ZTJA 1ZBHA 3DI6A 4FJHA 3QEIA 1DTTA 2XRIA 2Z1JA 3VQBA 3I8DA 1NOZA 5I3UA 1J9AA 1SV5A 4W5OA 1I39A 3I0RA 4LSLA 3LP0A 1NJYA 2HMIA 3AVNA 4F4KA 5KRSA 4ZTFA 3QNNA 1KFSA 4DQPA 1BIZA 5DK5A 1NK7A 3AVJA 2G8FA 3S9HA 1JLCA 1RBVA 1RBRA 3VQ4A 4FLXA 3SQ4A 2HVIA 5KGWA 3TAMA 1S9GA 2DTUA 2VG5A 3TAQA 2DFFA 4M3ZA 4DWIA 1HQEA 3M8RA 4ID1A 4R5PA 1TL1A 4I9LA 3V9UA 1TV6A 2VWKA 1SKWA 2GBZA 3TAFA 1RT2A 4DQIA 1LW0A 4DS5A 5C42A 4B9MA 4B9LA 2IGIA 2WONA 3B6PA 1C1BA 1REVA 2G8KA 4FXDA 1C1AA 5CY4A 2W42A 4FJJA 1YTAA 3V81A 4DMNA 4M3YA 4CJ4A 4E1MA 2B5JA 3T19A 1TK5A 1VRUA 1ZBUA 1ITGA 2ETJA 4OKJA 3ZSZA 4EZ6A 4ELUA 3D45A 3VQ6A 4AHRA 4CERA 4CFAA 1D5AA 1ASUA 2D0CA 4DLGA 1KLMA 2DFHA 4K8XA 5HRSA 3NH2A 3LAMA 3V9XA 1ZBFA 4FW2A 5EU7A 4HVJA 1S6QA 3RR7A 1HNIA 1DLOA 3QEPA 2JGUA 1A5VA 1LWFA 4KFBA 2QKKA 2P51A 1ZBIA 4BACA 4FLVA 3KLEA 1UA1A 4QOZB 4F8RA 4FW1A 2OPQA 4KRFA 4FK2A 4H8KA 4Z0UA 4CJQA 4Q5VA 3K58A 3NHGA 2E6MA 1U48A 1RT6A 2YV0X 3NGIA 3G10A 4OGCA 4CJTA 4IG3A 5HBMA 4CJUA 2HW3A 2OZSA 2X78A 4DTOA 4LSNA 1BGXT 4M3TA 4I2QA 2HNZA 2XO7A 1BQNA 3QIPA 3HPGA 1SL1A 3KTQA 1WN7A 2D0BA 1IKVA 4NYFA 4Z4GA 4FZYA 3PO5A 3RR8A 3O4QA 4DSIA 4CJEA 3SUOA 3OJSA 3WNGA 3ZT4A 4CEOA 3HJFA 3L3VA 5KRTA 3M8PA 3AVMA 2F8TA 5T7BA 4CK2A 1RT1A 1BI4A 4DFMA 3CQ8A 4DF4A 3KLIA 3VQ8A 1KTQA 4YFUA 1HMVA 4DU3A 2P5OA 3ZT2A 3A2FA 3D0PA 3TARA 4O0JA 3SV4A 3KK1A 2BGGA 3NAEA 5C24A 3KD1E 3HM9A 3HP9A 3PO4A 1JLBA 3NDKA 2A1RA 2HHTA 4QCLA 2OPPA 4CHOA 4Z4CA 2XHBA 3LALA 3AA3A 5FRMA 4QAGA 4Z4IA 3DLRA 3ISNC 1Q8IA 2P5GA 5CYMA 1ASWA 3KKSA 3VA3A 3OYAA 1LV5A 3LANA 2I5JA 3SUPA 2HHXA 1L3VA 1RT5A 4FLZA 2ZD1A 4HHTA 1TKZA 1HJRA 1X9WA 1BCMA 1BHLA 3NE6A 4I7FA 1XHXA 5KI6A 4CGJA 4CJ5A 4B3OA 3RMCA 5C25A 3OS2A 1ZBLA 3RMBA 4M42A 4DTXA 3DLBA 1HYZA 2Q3SA 4RW9A 3VQAA 1DTQA 3V9WA 3MXMA 3CM5A 3MAQA 4M3UA 1BISA 1N5YA 4CE9A 1JKHA 1RBTA 4PQUA 2Y1IA 4FLTA 4NCAA 3KLFA 3WNHA 5KGXA 3TAEA 3SQ0A 1VRTA 4AHUA 2PZSA 3VQQA 4TSXA 3DYAA 4DQSA 3AVKA 2HVHA 3AA5X 2BE2A 3P1GA 1TK0A 4J2AA 4OLAA 2E4LA 3C95A 2WOMA 3ZCMA 4UQGA 4E7IA 4FLYA 2ITGA 2ZQBA 4Z4HA 1LW2A 4CFDA 1XWLA 3FFIA 4DLEA 3H08A 1G15A 1W0HA 3WNEA 3V9ZA 3AO3A 4OKEA 4CFBA 3VA0A 4DSLA 3NF8A 3PY8A 3KK3A 1EETA 1TL3A 2HB5A 3HXMA 3QETA 4FJMA 1RDBA 4W5TA 3AO1A 4HCBA 3TI0A 4CJ3A 4FCYA 4E7JA 3LZIA 3OYJA 4IFVA 3K5NA 3TAPA 1BIUA 3NF6A 4CHNA 1UA0A 1NK0A 4AHVA 4CF1A 3TAGA 4G1QA 4CEQA 4OVLA 3HYFA 4CIGA 1FK9A 1RT3A 4KV8A 4E7LA 4HCCA 4XIUA 4KO0A 4BDZA 1X1PA 2GUIA 4LH4A 3AVCA 3EZ5A 4CGFA 3SQ1A 1A5XA 1B9DA 2XY7A 1CZ9A 3AA4A 1Z25A 3IRXA 1QQCA 3KD5E 3AV9A 4K8ZA 1VSFA 1YT3A 3QINA 3VQPA 3OYEA 1IO2A 1XI1A 4DFPA 1FXXA 1FKOA 4LD0A 4CHPA 3U3GA 4DF8A 3S3NA 1IKWA 1EX4A 1ZYQA 1Q9YA 1B92A 4IG0A 4OKKA 2FBVA 1U04A 5J2PA 1JLQA 4F2RA 2ATQA 1S1TA 3L2UA 3QO9A 3SZ2A 4CEBA 1QSYA 4RW7A 4KI4A 2JLEA 3VQCA 4E7KA 1T7PA 2D0AA 3ZSYA 4DTPA 5HLFA 3C94A 4C8NA 1GOCA 1TVRA 3DRRA 1A5WA 2VWJA 1R0AA 2QKBA 1LWCA 2BDPA 4CECA 1HRHA 4DTSA 1RTJA 2YNHA 4DQRA 2NUBA 3LP2A 1VSMA 4CEZA 4FK4A 1W9HA 4M41A 3DRSA 3KK2A 3U3YA 3HO1A 1RDCA 1CLQA 3E01A 3NGZA 3ITHA 3ZSWA 3JYTA 3RRGA 3ZSQA 3L2VA 3QERA 4DG1A 4N41A 4OPJA 1TAQA 3MXJA 2X74A 1N6QA 4L8RB 4KTZA 4C8LA 3B6OA 1D9FA 3SUNA 4JS4A 4B9SA 3DMJA 4JRPA 4FJKA 1KFDA 3KIOA 4O55A 2QK9A 1QS4A 4CJWA 3OYGA 4MQ3A 1NK4A 3L8BA 4CIEA 4FJ8A 4CIFA 5J2NA 4FJGA 4CF9A 1LWEA 1VSDA 3NGYA 1HQUA 3TANA 1VSJA 4E0DA 1RTHA 3ZT3A 4I9QA 4AHSA 5I42A 4ELTA 2EX3A 4LH5A 4OGEA 4ELVA 1O1WA 4CF2A 1S1WA 2G8IA 4E1NA 4E19A 4KHQA 4IFYA 1KSPA 1U49A 4ICLA 4O4GA 5CZ1A 4CESA 3LPTA 2YNGA 5KTQA 1SL0A 3ULDA 2ZE2A 4RW4A 4CGIA 2YHAA 3HPOA 3S3MA 1S5JA 3U6FA 1EKEA 5FROA 4CJVA 3AVGA 3CG7A 5HROA 4B9TA 3C6TA 5DMRA 3EYZA 4AHTA 1QSLA 1WAJA 3AVBA 5JS1A 1L3TA 4PA1A 3KKRA 1U47A 1QHTA 3F73A 3LZJA 3VQ5A 1JL1A 1S9EA 2PYLA 1HPZA 3ZSXA 1YVUA 3AVAA 1WSHA 4DTNA 3BGRA 1SL2A 1QE1A 3RMAA 3QESA 1WLJA 4O44A 1SUQA 1HYSA 4KB1A 1KVAA 5SWMA 3V9SA 4DSKA 2G8HA 3EY1A 4Z4FA 4FLUA 4B8AB 4KTQA 3VQDA 2AJQA 3OJUA 4GVMA 3V6DA 4NYNA 4KI6A 3OYHA 2F8SA 3OYNA 3LDSA 4BDPA 1NJWA 4W5NA 2X6NA 1S1VA 4CJFA 3HK2A 3O3HA 4DTJA 1B9FA 4DTRA 2B4JA 4FJ9A 1BCOA 4Q0BA 4CEAA 3SYZA 3NH0A 1XHZA 4CGGA 1TKTA 1J54A 1NK8A 3SCXA 1KRPA 4FJIA 4M45A 1J53A 1GOAA 2D5RA 1Q9XA 3QLHA 3OVNA 4CEFA 5E41A 5HRPA 1RT7A 3OS1A 2Z1HA 3HL8A 3SI6A 3F9KA 3O4NA 4O0IA 1XC9A 1EXQA 4E3SA 3K5OA 1SKSA 3HSTB 4MFBA 4E89A 3QEWA 3L3UA 3LP1A 4N56A 3OYCA 2A1SA 4M3WA 4DFKA 4YNQA 2KW4A 1LAVA 4OPKA 3OYDA 4BE2A 3ZT1A 1NKCA 1S1UA 4PWDA 4IKFA 5HRNA 3ALYA 3MXIA 2KFNA 2HHUA 4IDKA 3P5JA 3WNFA 2FBTA 2FBYA 4ID5A 1RILA 3PV8A 4CHYA 4H4OA 3CFPA 1UWBA 4FJNA 2XY6A 3NBPA 3NFAA 1Y97A 3HVTA 4KHWA 4CGHA 1RTIA 1RBUA 3T3FA 3ZSVA 5JS2A 3DM2A 1CZBA 1RT4A 1EP4A 4NCBA 2P1JA 4PUOA 5FRNA 4C8OA 4F3OA 3PX0A 5HP1A 4Y1CA 3MEGA 5J1EA 3OS0A 3AO5A 2Z1IA 2KTQA 5CZ2A 2KFZA 2G8VA 3L2RA 4HUGA 4HTUA 3I0SA 1CXQA 1RBSA 1KVBA 2XY8A 3OYLA 4B9UA 1NJZA 1WAFA 4DTUA 4FLWA 1JXBA 4RG8A 4FJLA 4BWJA 3VQEA 2X6SA 4GMJB 4CF0A 1TKXA 3VQ9A 1WSJA 1TAUA 4DSEA 4J2EA 3NF7A 4AH9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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