4DU1A

Rb69 dna polymerase ternary complex with datp opposite dt
Total Genus 320
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
320
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Probing minor groove hydrogen bonding interactions between RB69 DNA polymerase and DNA.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
total genus 320
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4du1A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4du1A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4du1A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4du1A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4du1A03
1KVBA 2GUIA 1C1BA 3WNEA 1RTDA 4UQGA 1IO2A 1T8EA 2DTUA 3V9UA 1BQMA 4CEQA 1WSEA 2LSNA 4HUFA 3NCIA 3VA3A 3AVFA 3F73A 1JLEA 3AA5X 4J2DA 4E19A 2BGGA 3L3UA 4GW6A 3OJSA 1SL1A 3V9ZA 1RBRA 4KB1A 4CJSA 2IGIA 1T03A 3O3GA 1NOYA 2ATQA 4QOZB 1X9SA 1RTHA 2Y1JA 3K58A 4CHPA 4DFMA 3UIQA 1UA1A 3PO5A 4DQIA 3V1RA 2JLEA 1KVCA 4IDKA 3G10A 3LP2A 1KFSA 3SQ0A 1RTIA 2X74A 4CFBA 4DSKA 4Z4FA 2P5OA 1TVRA 2QKKA 4N5SA 3DRRA 2G8UA 4DLEA 4FLUA 2BE2A 3IS9A 4NCGA 1VRTA 3VQ4A 1HJRA 4CGJA 3SJJA 2G8FA 4CJTA 4DU4A 3ZT4A 3RTVA 3VQQA 1JKHA 4CGFA 4BDZA 4YNQA 1UA0A 3K2PA 1EX4A 1WSFA 3EZ5A 2GBZA 3NGYA 4MQ3A 2Q3SA 1A5XA 3D0PA 5J2PA 1QE1A 4OKJA 4DTPA 1C0MA 1VSIA 3NFAA 4C8LA 4DSJA 4DTRA 3RRHA 1EKEA 3I0RA 1EETA 1VSDA 2O4IA 3HPOA 3MECA 1X1PA 1FK9A 1D5AA 1ZBFA 4RW7A 3M8QA 4CJ5A 4CJ4A 3VA0A 4FVMA 4CCHA 4KV8A 4FJ8A 4M41A 2HNZA 4DS4A 1L3VA 4KPYA 4CJVA 3L2WA 4ELVA 1RDBA 2Z1JA 3LWMA 4L8RB 2HB5A 4BDYA 3AVNA 4B9UA 3KLEA 1QSSA 3WNFA 2GV9A 3OVNA 5D3GA 2KZZA 5CZ1A 1S6PA 5HRPA 4C8OA 5DMRA 3ZT3A 1C1CA 3ZSRA 1L3TA 1ITGA 1SUQA 1CZ9A 3VQAA 3PX6A 2G8IA 1VK0A 1HYZA 1Q8IA 5HRSA 1F21A 2YKNA 3M8SA 3QO9A 4IFYA 4CK1A 3T3FA 4M3WA 2KFZA 1FKOA 4OKEA 4CK3A 3SQ4A 3KK2A 4CF9A 4DS5A 5FRNA 2HHQA 3TAFA 3S3NA 4LD0A 4DLGA 4AHSA 3TR8A 1X9MA 1KSPA 3LANA 2XRIA 3LAMA 4E89A 3K59A 2R7YA 4B9NA 4DTMA 1LWCA 2IS3A 1LAWA 2RKIA 1W9HA 2Z1GA 3B6PA 1S1XA 2XO7A 1J9AA 4CEFA 3MXIA 4E7IA 2KQ2A 1RILA 4FLTA 3AA3A 4DFPA 1I3AA 1HMVA 4AHCA 3NF7A 5J1EA 4M3XA 3VQPA 4DSLA 1RDDA 2VG5A 3HXMA 4B9SA 3NBPA 4YFUA 4AHUA 4KRFA 3QEPA 1RBTA 3OYGA 2HNDA 1JLFA 1RT4A 3NF9A 4CF0A 3TAPA 4GMJB 3V9WA 1HYSA 4F3TA 4DMNA 4KTWA 1BCOA 3V9XA 4FJGA 3QESA 2ZD1A 3HSTB 4KI6A 3CYMA 4N56A 4XIUA 2B4JA 3LPTA 3ZT0A 3SI6A 4FJ9A 4R5PA 5EU7A 2AJQA 3M8PA 5C42A 2W42A 4DTXA 3V6DA 2OPQA 4LY7A 4QAGA 4DSEA 1S6QA 4AHVA 3RMDA 2HVHA 4NYFA 3SV4A 3CFPA 2WONA 4CGIA 4KFBA 3QERA 2HW3A 2VG6A 2HHWA 2OPSA 1MU2A 1JLCA 3KLFA 1A5WA 3DOLA 1NK7A 4ELTA 4I9LA 3DLRA 4M3TA 3IRXA 3PY8A 4HCBA 4K8XA 1VRUA 1RT5A 4M3ZA 4ID5A 1ZYQA 1XI1A 1JLGA 4CEEA 3C94A 3O4NA 3OS2A 4KHNA 3HP9A 3VQCA 3HYFA 4B3OA 1IKXA 3VQBA 4KTQA 3F9KA 1NOZA 1K6YA 1QHTA 3OYAA 4CJEA 1TK8A 1J54A 1N6QA 4Z4IA 2QXFA 5HBMA 2DFHA 4AHTA 1NKEA 4FJXA 3PX0A 4EZ6A 3WNHA 2ZQBA 3SUNA 1JXBA 1WSGA 4BACA 3O3FA 3QEIA 1C0TA 3S3MA 4ZTJA 4FLXA 3CG7A 1TAQA 3HM9A 1SV5A 3VN5A 3OYNA 3DOKA 4F2SA 4B8AB 4CFDA 3K5NA 4GVMA 1JLAA 3LZJA 3DLKA 2YKMA 5E41A 3NH0A 3SPYA 4FJHA 1RT7A 1NJWA 2F8TA 3AV9A 3O4QA 5KGXA 4HUEA 4B9LA 3NDKA 2G8HA 2PYJA 4RW6A 3L2VA 2Z1IA 2YV0X 4KB0A 1NK9A 2E4LA 5C25A 3PX4A 2HHXA 4PWDA 1TKTA 4FJJA 4OGEA 1KCFA 3LZIA 4EP4A 4FW2A 4IBNA 4CF1A 3QIOA 3OYMA 4CJKA 1S9EA 3ZSVA 1SKWA 1JXEA 3DLBA 5SWMA 3M8RA 3V1OA 4CGDA 4E7LA 2IC3A 2RN2A 1HQUA 4CFAA 1C1AA 3AO2A 3AVHA 1DTTA 1YT3A 2P1JA 4LH4A 4B9MA 4M3YA 1IKWA 3DM2A 3QEVA 1LWFA 4ZHRA 4F8RA 3TAGA 2ZE2A 3V4IA 1HQEA 1RT2A 4FJMA 1BL3A 3C6UA 3ISNC 3LP0A 4CFCA 1HNVA 4IFVA 1NK8A 5CY4A 4IG3A 1RDAA 2YHBA 5CYMA 3OYIA 2KW4A 3S3OA 4DSIA 1ZBUA 4ID1A 1S1WA 4FCYA 2D0BA 3QINA 4F2RA 1GOCA 1TGOA 4PQUA 4RW4A 4CJRA 3U3YA 4N47A 3TAEA 3SCXA 1Q9XA 1WAJA 1J53A 3AVLA 3SQ2A 4NYNA 1U48A 1WN7A 4O0IA 4FLYA 3QEWA 1CLQA 1RBSA 4DQQA 4HTUA 1QSLA 3LP3A 2FBYA 3DLEA 2O4GA 5HP1A 3ZSXA 1L5UA 3QETA 1U04A 1U47A 3U6FA 3OYHA 2G8VA 3NGIA 2OYQA 2G8WA 4HCCA 4EZ9A 3ASMA 3AVGA 3QIPA 2D0AA 1ASUA 4B8CA 1XHZA 3L2QA 3RR7A 1LV5A 3OYFA 4E7KA 4ELUA 4Z4CA 1O1WA 2A1RA 1KLNA 1RT6A 1QQCA 1U4BA 4BWMA 5I42A 2PY5A 1KFDA 2ITGA 4E3SA 1GOBA 4K8ZA 4LH5A 5J2NA 1S1VA 4KKOA 5KGWA 4EP5A 1Q9YA 2OZMA 3HL8A 3NE6A 4HUGA 1REVA 4FK4A 4Y1DA 4E1MA 4KHWA 3CM6A 4E1NA 3QEXA 3AVAA 3KLHA 3TWHA 3OS0A 1NK6A 4CJQA 3VQEA 3RMCA 4RW8A 4E7JA 3A2FA 2Z1HA 2P5GA 1CZBA 3SQ1A 1YVUA 3HVRA 4CEDA 1WSJA 4Z4EA 3V1QA 3KD1E 2A1SA 3HP6A 3AVKA 2Y1IA 2VG7A 4E0DA 4KHSA 4AILC 1A5VA 1WSHA 4JS5A 5K14A 1TK0A 1S1TA 3CQ8A 4M3RA 5HLFA 4OPKA 3SYZA 3P83D 4DQSA 4DU3A 5CZ2A 4DTUA 3AO1A 5J2QA 3MEGA 3TAMA 2PYLA 2OZSA 4CJUA 3L2UA 4CEAA 1Z26A 3L8BA 4CE9A 2X6SA 4CEZA 3TANA 1SKSA 2VWJA 4FJIA 1N5YA 4M3UA 3ALYA 3NAEA 2B6AA 1ZBLA 4FXDA 4CGGA 4CF8A 1BHLA 4RW9A 4CJWA 5HRRA 1WSIA 4OLAA 4DQPA 1FXXA 4JLHA 4LSNA 3AVMA 2X78A 4C8MA 3RR8A 1BI4B 2DFFA 4CIFA 3LDSA 2YNIA 4CERA 4Z4GA 2E6LA 1B9FA 1TL3A 2F96A 4CIEA 1L3SA 1WNSA 1JLBA 3H08A 3ZCMA 3VQDA 4DFKA 3HJFA 4ICLA 5JS2A 4CGHA 2XY7A 4LSLA 3ZSQA 4N76A 3WNGA 2IOCA 2OPRA 1RNHA 4J2AA 2DFEA 3EYZA 1BCMA 1VSLA 4I2QA 3D45A 4CJ3A 3PUFA 2X6NA 4JRQA 3K5OA 4FK0A 1DLOA 1QS4A 5SZTA 2WOMA 1WLJA 4CF2A 5HROA 2HNYA 1W0HA 2HHUA 4Z4HA 4KHUA 4CEOA 1NJXA 4FW1A 4DTJA 3NH2A 3KLIA 1RCHA 3AVBA 3SZ2A 4JRPA 3TAQA 1CXUA 3AVCA 1VSHA 4G1QA 4IG0A 1NKCA 4W5TA 3SUPA 2EHGA 4J2BA 5J2MA 3SUOA 1BI4A 1ASVA 4O55A 1SL0A 1KVAA 4JS4A 3ZSOA 1G15A 4DQRA 3DYAA 1IKVA 4BE0A 1QTMA 4AHRA 4ZTFA 3LWLA 3PO4A 4QCLA 2KTQA 4FJLA 4PY5A 4J2EA 3P5JA 2HHSA 3KTQA 3DLGA 3OJUA 1C0UA 4FLWA 1JL1A 3LALA 1EP4A 3KK1A 3MXJA 4KHYA 4H4OA 1D9DA 2KZMA 3ZSYA 4F3OA 5FDLA 4FM1A 2YNGA 3MAQA 4M42A 2B5JA 1IKYA 1VSKA 3IG1A 4CJPA 4DG1A 1XWLA 2I5JA 3OYCA 3KK3A 3NGZA 1BISA 1ZBHA 4FM2A 1TL1A 1X9WA 3SNNA 3CFOA 4MFBA 4DTOA 3AVIA 4NCBA 3MEEA 4PA1A 4DF4A 4Y1CA 4I7FA 2XHBA 1IH7A 4OVLA 3HK2A 1LW2A 4OPJA 1VSMA 2FBVA 3AVJA 3AO5A 3T19A 4O0JA 3SV3A 4DTNA 4PUOA 4IKFA 4FK2A 3KKRA 3NF8A 1B9DA 3HT3A 3DLHA 4FM0A 3NH1A 4CHQA 4I9QA 3KJVA 1BGXT 4O4GA 3JYTA 3U3GA 3KKSA 1NJYA 1NJZA 3KIOA 2HMIA 4M45A 4FJ7A 1IG9A 4O44A 4DU1A 4W5QA 3VQ6A 1I39A 1KTQA 2QK9A 4I2PA 3OYEA 1SKRA 1ZBIA 2VWKA 3ULDA 2EX3A 3G0ZA 1T7PA 4Q5VA 4FZZA 1BIUA 4FJNA 2ETJA 3KLGA 4N41A 4NCAA 2QKBA 1TKXA 5C24A 3OYKA 1LW0A 3BDPA 3QLHA 3OYLA 1TAUA 3T1AA 1VSEA 3B6OA 2YNFA 1NK4A 3HO1A 2HHTA 2FBXA 2YHAA 5HRNA 1VSJA 1XHXA 1LAVA 2XY5A 1GOAA 1EXQA 1D8YA 4B9VA 3V9SA 3DI6A 4OKKA 3K57A 1C6VA 3AA4A 1NKBA 1BIZA 4TSXA 3VQ8A 4OJRA 3NHGA 4KI4A 3VQ9A 4WE1A 4RG8A 1B92A 1RT1A 1S5JA 3HPGA 3CM5A 4KTZA 1TK5A 1L3UA 4FZXC 4OLBA 4DTSA 3TI0A 4BWJA 4C8KA 3TABA 3DRSA 1Y97A 4OGCA 4F4KA 3SPZA 3KD5E 3MXMA 3DRPA 3I0SA 2BDPA 3ZT2A 2KFNA 2OPPA 3QNOA 4W5NA 4W5OA 3C6TA 5KRSA 3AO3A 2D0CA 4BE2A 1J5OA 4FLVA 4CHZA 3ZT1A 5KRTA 2E6MA 4BE1A 5JS1A 4KHQA 3OY9A 1KLMA 3RMAA 3LP1A 4O5BA 3LAKA 1RTJA 1JLQA 4AH9A 1JL2A 3FFIA 4CHYA 3OYBA 3I8DA 5FRMA 4FYDA 1S9GA 3VQ5A 3VQ7A 5I3UA 1KRPA 3EY1A 2RPIA 2F8SA 1FKPA 4FLZA 1WAFA 4DFJA 1UAXA 1DTQA 1BQNA 4FJ5A 2G8KA 1U45A 2IAJA 4FZYA 1XC9A 1T05A 2JGUA 3E01A 3DMJA 3HPHA 4CHNA 2YNHA 3K5MA 1YTUA 1SL2A 4H8KA 1QSYA 3OS1A 1CXQA 1RDCA 4Z0UA 1LWEA 3ZSZA 1UWBA 1U49A 4CJLA 3S9HA 4DF8A 1NK5A 3L3VA 2XY8A 2HHVA 3CFRA 3P1GA 1UOCA 4CHOA 3ITHA 4H4MA 3K5LA 3V81A 3C95A 1HNIA 2DY4A 1D9FA 3OYJA 4KREA 1RT3A 1HYVA 2FC0A 2IDOA 2RF2A 3LPUA 4HHTA 1R0AA 4B9TA 1S1UA 5KTQA 5DK5A 2D5RA 5CYQA 1RBUA 1RBVA 3SUQA 1TV6A 3PV8A 4Q0BA 4CECA 3RMBA 5T7BA 4B08A 1Z25A 1TKDA 3QNNA 3BGRA 3ZSWA 4KO0A 4KAZA 5FROA 4CIGA 3NF6A 3JSMA 1YTAA 1HPZA 3TARA 4W5RA 2HVIA 3OYDA 1VSFA 4BDPA 4HVJA 1NK0A 3MEDA 2OA8A 4CJFA 3O3HA 4C8NA 2XY6A 3HVTA 2NUBA 2P51A 4DSFA 4CK2A 2FBTA 3AA2A 2BANA 1TKZA 4E7HA 5KI6A 1ASWA 3THVA 4CESA 4DWIA 1HRHA 3RWUA 4FJKA 3IAYA 3AO4A 3L2RA 3RRGA 2PZSA 4CEBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3C6HA 3LDBA 4BROA 1BOTO 3O8MA 3S3MA 3VPZA 5KQ8A 2EWSA 4F2SA 4B8AB 4CFDA 3OHRA 5A2QO 2F8TA 3AV9A 4B9LA 3NDKA 1FPOA 5JICA 4RW6A 2JWKA 4KB0A 3CD6N 5C25A 3PX4A 3ZX3A 2A3ZA 4IBNA 4CF1A 3OYMA 4E1JA 3M8RA 3V1OA 2RN2A 1YT3A 3O9TA 4LH4A 4B9MA 1YAGA 2O8DA 2KHOA 1HQEA 2O8FA 4LFAK 4FJMA 4CFCA 3LP0A 4DHYA 1NK8A 5CYMA 4IG3A 1S1WA 3QINA 1TGOA 4FOEA 3C6AA 4N47A 1Q9XA 1J53A 3AVLA 1WN7A 4FLYA 4DR7K 3SMPA 4JV5K 1L5UA 3NGIA 4EZ9A 1GLAG 3AVGA 3EO3A 2HMPA 4ELUA 3N1EA 1HNWK 1O1WA 1QQCA 2ASMA 4BWMA 3ENBA 5AR0A 1HNZK 1NG9A 4LH5A 5J2NA 4KKOA 4DV2K 1Q9YA 3ZX2A 3OW2M 4E1MA 2UUCK 3CM6A 4E1NA 3AVAA 1MHZG 3ID8A 3VQEA 4B1VA 4RW8A 5IBKB 4BRHA 2HBLA 1WSJA 4Z4EA 3V1QA 2A1SA 3AVKA 2VG7A 3CPWM 4BRKA 1FZ4E 2JPNA 3EEQA 5DM7L 4M3RA 2Q1NA 3SYZA 4DQSA 3ATUA 3L2UA 2WC9A 2JWLA 4X66K 2E2OA 1SKSA 2VWJA 1N5YA 3NAEA 2B6AA 1W2BM 1VAZA 4JYAK 5HRRA 2OVPB 4OLAA 4DQPA 3DJCA 4JLHA 4C8MA 3AVMA 4PL8A 3RR8A 2A41A 2UYTA 4Z4GA 4WQ5C 4LC9B 1XMGE 3OA9A 4CIEA 5AQNA 1JLBA 3H08A 2XY7A 4LSLA 3E1YA 4KH5A 1MMOG 4GVEA 2OPRA 1N1CA 1BCMA 4I2QA 1HNXK 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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