4DU1A

Rb69 dna polymerase ternary complex with datp opposite dt
Total Genus 320
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
320
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Probing minor groove hydrogen bonding interactions between RB69 DNA polymerase and DNA.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 320
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4du1A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4du1A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4du1A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4du1A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4du1A03
2HNYA 2ZQBA 3L3VA 4KTQA 3AVGA 3HYFA 5CZ2A 2ETJA 3AO4A 4KI6A 3O3GA 3AVCA 1D9FA 3HP6A 4M41A 4J2AA 4J2DA 4CJEA 4IBNA 4RW7A 1REVA 4HTUA 1NOZA 4FJLA 4G1QA 2A1RA 1ITGA 1RT5A 3MECA 2QXFA 1DTTA 1NJWA 3RR7A 3VQ4A 1BIUA 3O3HA 3OS2A 3SUPA 3TAEA 3OYBA 3NH2A 4CGJA 1LWCA 3LP3A 1RILA 3L8BA 1HNIA 1S1UA 4F4KA 4JLHA 2FBVA 1NK7A 5HLFA 1NK4A 3MAQA 4CEFA 3O4QA 3ZSRA 1J54A 2G8UA 1J53A 4FJ7A 1BISA 1TAQA 3DLKA 3SQ2A 4FJXA 2VG5A 2IGIA 4KPYA 1QQCA 3PV8A 3C6UA 3SNNA 3MEDA 4FJ9A 5KGXA 2JLEA 2HW3A 4CJWA 2KTQA 5FRMA 1VSDA 1RTDA 1RTIA 1VSHA 3TAPA 3OYDA 1JLBA 3OYCA 1VRUA 4CGGA 3L2QA 3SYZA 2PYJA 3VQBA 4AHSA 4ELVA 2XY7A 1CXQA 4B9TA 1TGOA 1Q8IA 4BE1A 1WSEA 2OZSA 3NHGA 1MU2A 3K57A 4H4MA 3G10A 3DYAA 3KK2A 4DWIA 3TR8A 4DS5A 2IAJA 1X9WA 4Q0BA 2EX3A 4AHRA 1SUQA 1VSMA 3AVKA 1HRHA 4CGIA 1U48A 2F8SA 5KI6A 3DM2A 4OKKA 1NK5A 1S9EA 5I3UA 1LV5A 4HCCA 2BGGA 1ASUA 3OYIA 1QSLA 4B9NA 1JKHA 3KLHA 3NCIA 1JLFA 4FLXA 4FK4A 2QK9A 3CFPA 3F73A 4CJLA 1XC9A 4Z0UA 3V9XA 4N41A 3S3MA 3NAEA 1ASVA 1TK5A 1Q9YA 4DSIA 3C94A 4PY5A 3LZJA 3IG1A 5J1EA 4H4OA 1DLOA 5KGWA 1KRPA 3VQ9A 4CFDA 3M8PA 1RT2A 3QEVA 3AVLA 5FROA 4KRFA 2HVIA 2XO7A 2KW4A 1WSFA 3TAQA 2IS3A 3I0RA 3B6PA 5DMRA 1JLEA 4M3RA 1A5VA 3MXIA 4I9LA 3CM5A 1W0HA 3T3FA 3KK1A 2ZE2A 3K5LA 3PX4A 1NJYA 3S3OA 2GBZA 3LALA 3LP1A 4E1MA 3BDPA 3DOKA 1BQMA 1QSYA 1YT3A 4IDKA 1ASWA 3OYJA 1CXUA 4CF0A 1G15A 1IKYA 3VQQA 4CEDA 3L2UA 4E7IA 4F8RA 3AA2A 3ZSWA 3L2WA 3SQ1A 1LWEA 3S9HA 4CJPA 5CYQA 4FJKA 4BWMA 1GOCA 3M8SA 5KRTA 3P1GA 3T19A 3CFOA 4JRQA 2OA8A 3DMJA 4CEOA 2F8TA 5CYMA 4W5QA 2GV9A 1SL1A 3QNNA 4CFAA 4OPJA 4N5SA 1NKBA 3VQ5A 2WONA 4EZ9A 1N6QA 1WAJA 3V9UA 1GOAA 3P5JA 4PA1A 4E7KA 2DFFA 4B8CA 3AVFA 4MQ3A 1A5XA 4MFBA 3ZCMA 4CGHA 3MEGA 4CGFA 3NH0A 1TK8A 4FJIA 5E41A 3AVJA 3V9ZA 3QEIA 4CJSA 2HHWA 1RDCA 3VN5A 1VSEA 4DF4A 5K14A 1X9SA 1QS4A 5I42A 3RMAA 4CHNA 2VWKA 3KK3A 3RMDA 1RBUA 2YKNA 1WLJA 4CFCA 4E7LA 4CHQA 4CJFA 3THVA 5JS1A 1FK9A 1BCMA 4LSLA 3U3GA 4Z4FA 3TAGA 4I2PA 1HNVA 4DLGA 2XY6A 1T8EA 3AA5X 4FVMA 4Z4GA 2D5RA 5J2PA 2Q3SA 1SKSA 4KO0A 4DFKA 5HRRA 4NYFA 4M3YA 3OYNA 4C8OA 4E1NA 4O0IA 3KJVA 3U3YA 4N76A 3NF8A 4AHUA 3SQ0A 2HHSA 2IOCA 4ELUA 1CLQA 2QKBA 4FLVA 1J9AA 4OLAA 4CK1A 1ZBLA 3DRSA 2DY4A 1R0AA 1TKTA 1XHZA 1W9HA 4OJRA 2KZMA 1J5OA 3CM6A 2IDOA 3HO1A 5CZ1A 3I0SA 3OYMA 4BDYA 2PY5A 4XIUA 3TAMA 3V4IA 1TVRA 2RN2A 3PUFA 4FW2A 4CJ3A 2O4IA 4Y1CA 3SI6A 3HPOA 1O1WA 4CJ5A 3SPZA 2YNIA 5J2NA 3PO4A 4FJHA 4ELTA 3NDKA 3V1OA 3HT3A 3L2RA 4HCBA 3DRPA 3DOLA 4E89A 3JSMA 5SZTA 4RW8A 3OYLA 1WAFA 3DRRA 4B8AB 1SKWA 1YVUA 4DTPA 3F9KA 1RT4A 1TAUA 3LWMA 3JYTA 3KKRA 1A5WA 2HNDA 3M8RA 1BGXT 4GMJB 3MXMA 1Y97A 4PQUA 4E7HA 4F3OA 3NGZA 4DLEA 4CHOA 1IG9A 5KRSA 1TK0A 4NCBA 4Z4IA 1EX4A 1NKCA 2Z1JA 3HVTA 3ZSYA 4JS5A 3V9SA 1S6QA 4M3UA 4AHTA 2OPRA 4NCGA 3LPTA 5SWMA 3I8DA 1XI1A 1RNHA 3TAFA 2HHQA 3ZT4A 5JS2A 1L3UA 2E4LA 3TWHA 1T7PA 4CHZA 3NH1A 1FKOA 3KLEA 2OZMA 2I5JA 1EXQA 5DK5A 4DQSA 4KHNA 3VA3A 2W42A 2Z1HA 3WNGA 2X6NA 4CFBA 2ITGA 2G8FA 4DMNA 4DFMA 2NUBA 1HMVA 3AVBA 3LAMA 1C1BA 4ID5A 1BHLA 1SL2A 3OYEA 3K2PA 3LPUA 1C6VA 1HJRA 5HRPA 4KREA 1HQUA 3TABA 4AHVA 5HROA 1RT1A 1X9MA 1KLMA 2HMIA 3QNOA 4CECA 1T03A 1T05A 4ZTFA 4KHUA 1U49A 1RBTA 2WOMA 2RPIA 3NBPA 1C1CA 3ISNC 1S1XA 1SV5A 4KV8A 2O4GA 4UQGA 1IKXA 1IH7A 3G0ZA 4ZTJA 2P5GA 1I39A 4FM0A 4B08A 4CEEA 3NGIA 4DTRA 3DLEA 2XY8A 4J2BA 2P1JA 2YNHA 4DSKA 4ZHRA 3RRHA 3K59A 3HSTB 3DLHA 1U04A 1QTMA 4DSLA 1KVAA 1VSJA 2FBXA 2XHBA 3QETA 1RT6A 1VK0A 3ZT3A 2D0AA 4ICLA 3ZT0A 4BDZA 4F2RA 4DU3A 3ZT1A 2X74A 2P5OA 4FJGA 1S6PA 3OY9A 1VSLA 4FYDA 3AVMA 4CEBA 4KHSA 2G8IA 4N56A 3SJJA 4O5BA 4PUOA 4F3TA 5HRNA 1S1TA 1VRTA 3RWUA 3HXMA 1FXXA 1UA1A 3RMCA 1GOBA 2VG6A 4C8NA 3QEWA 4DS4A 3NF7A 3V1RA 2FC0A 3RRGA 1YTUA 4DTNA 3OJUA 4DFJA 1RTJA 1S1WA 1X1PA 2EHGA 3ASMA 3DI6A 4LY7A 4O0JA 1SKRA 4CHPA 3KLIA 1D5AA 3A2FA 4AHCA 4CF2A 1S1VA 3LAKA 1Z26A 4TSXA 4HVJA 3PX6A 3OYKA 4GW6A 4DQIA 4KTZA 3VQ7A 4I2QA 3K5OA 4HUGA 4E3SA 1WN7A 4CK2A 3P83D 1N5YA 3TI0A 1BIZA 4L8RB 3RMBA 4DU4A 4CJUA 4FM2A 1C0MA 2R7YA 2Y1JA 2Z1IA 3SPYA 3PY8A 2DTUA 1K6YA 2YHAA 3FFIA 3AV9A 4O4GA 4GVMA 4KB1A 4LH4A 4KHQA 3AO1A 3SUQA 4DSEA 4CJTA 4QOZB 4H8KA 1CZBA 4KKOA 4B9LA 2X6SA 2Z1GA 2B6AA 4AILC 5CY4A 4LD0A 4HUFA 4WE1A 4K8XA 3CG7A 4EZ6A 2VWJA 4K8ZA 2Y1IA 1RTHA 3LANA 4OVLA 4DU1A 3QESA 4W5RA 4Z4EA 2BANA 1EETA 3TANA 3AVIA 4FXDA 4OGCA 1ZBUA 1ZYQA 1D8YA 4IG3A 2G8KA 4CGDA 3HPHA 1JL2A 3TARA 4NCAA 3SUNA 3V6DA 3QO9A 4OGEA 4DG1A 1HPZA 3L3UA 3HVRA 3ALYA 2HNZA 1LW2A 3WNEA 4DQRA 1NJZA 4F2SA 1BL3A 3ZSVA 1KVCA 4N47A 4CIFA 3AA3A 4EP4A 3ZSQA 4KAZA 2HHVA 1Q9XA 2OPPA 2OPQA 3WNFA 3O4NA 1U45A 5KTQA 1U47A 1L5UA 1NJXA 4FCYA 4FK2A 3HM9A 1EP4A 3LDSA 3SUOA 3WNHA 3KIOA 1LWFA 3AVHA 4CE9A 4BE2A 5HP1A 4DQQA 3V81A 1WSIA 3ZSXA 4RW9A 1TKZA 4FJMA 1RBSA 1Z25A 4B9VA 1RBVA 1JLQA 3HK2A 2HHTA 2YHBA 1U4BA 3DLBA 4E0DA 1XWLA 2YKMA 4CEZA 2ATQA 1EKEA 4B9SA 3ZT2A 3VQAA 4Z4HA 4QAGA 3BGRA 4FLTA 1WSHA 3QINA 4DQPA 3L2VA 3EYZA 4YNQA 1TV6A 2PZSA 5J2MA 2KFNA 1FKPA 3C95A 1RDDA 4JRPA 1KTQA 2D0BA 1L3VA 4ID1A 3AA4A 4BACA 4NYNA 2F96A 3VQPA 1BQNA 4YFUA 4EP5A 3QEXA 4FJ8A 2RF2A 1WNSA 4E19A 1QSSA 2BDPA 3D0PA 4DTXA 3VA0A 1NKEA 2RKIA 2G8WA 4DTJA 2HVHA 1HYVA 3KLFA 3C6TA 1HYSA 4W5OA 1JLGA 4CHYA 2OYQA 3AO3A 3LP2A 3AVAA 4FZXC 2D0CA 1QHTA 3NF9A 2BE2A 5C24A 2B4JA 4OKEA 5HRSA 1WSJA 3V9WA 4PWDA 4QCLA 3LWLA 1RT7A 1BI4A 2VG7A 4IKFA 4CERA 4KFBA 2P51A 4AH9A 4W5TA 4DTOA 4FLYA 4IFYA 3HJFA 4I9QA 3QEPA 2G8HA 3OYGA 1NK9A 1S9GA 4FLUA 1IKVA 1BI4B 1IO2A 1TKDA 5HBMA 2YV0X 3ULDA 3AO5A 5C42A 3IRXA 2LSNA 3KTQA 3AO2A 4LSNA 1JLCA 3NFAA 4IFVA 1DTQA 1JLAA 2X78A 3OS0A 3IAYA 3AVNA 4CEAA 1SL0A 1ZBHA 1C1AA 4KTWA 1UAXA 4CF8A 3M8QA 4CJRA 1RT3A 4RW4A 1TKXA 1TL3A 3OYHA 3CFRA 2G8VA 3UIQA 4M3XA 3VQ8A 3QERA 1JXBA 3CYMA 2IC3A 1NK0A 3OYFA 3EY1A 1KFSA 2QKKA 3NGYA 4E7JA 1KSPA 2YNGA 5EU7A 4CJVA 2JGUA 1TL1A 1JXEA 3T1AA 4CF9A 1I3AA 4M45A 4BE0A 1KVBA 2XRIA 3QIOA 1NK8A 5J2QA 2HHXA 4KI4A 4OPKA 1VSKA 1LAWA 3B6OA 2ZD1A 4CCHA 3K58A 4KB0A 2E6MA 4J2EA 2KFZA 3IS9A 3QIPA 2DFHA 4FM1A 4DSJA 4FJNA 3PO5A 3LZIA 2YNFA 4B3OA 1UWBA 2E6LA 4B9UA 3DLRA 4Q5VA 1C0UA 3VQDA 4C8KA 3VQCA 4C8MA 3NE6A 3CQ8A 2PYLA 3D45A 2KQ2A 1B9FA 4FLWA 2FBTA 4FK0A 3HL8A 3KKSA 4RW6A 3ZSOA 4CF1A 4FZYA 2HHUA 1NOYA 2GUIA 1HQEA 2DFEA 1QE1A 4Z4CA 2OPSA 1D9DA 1ZBIA 3LP0A 4FJ5A 4DTMA 4Y1DA 1KCFA 3V1QA 4CEQA 3SCXA 3KD1E 3O3FA 1KLNA 4BWJA 1WSGA 1BCOA 3NF6A 4HHTA 1B9DA 1UOCA 4CK3A 4CJKA 4CIEA 2HB5A 3HPGA 4O44A 4FLZA 3SV4A 5D3GA 3E01A 4M42A 4HUEA 4M3WA 1LW0A 4RG8A 3PX0A 3HP9A 4FJJA 3VQ6A 4O55A 3KD5E 3MEEA 3U6FA 5FRNA 4BDPA 3VQEA 3K5MA 4DTSA 3DLGA 1VSIA 4OKJA 1UA0A 4FZZA 4R5PA 4KHYA 4B9MA 1F21A 4CIGA 3SV3A 1RDAA 3K5NA 3H08A 5C25A 1L3TA 2XY5A 4KHWA 3OYAA 2KZZA 1S5JA 4C8LA 3EZ5A 3S3NA 2A1SA 3OVNA 4DFPA 4LH5A 3RR8A 4OLBA 3ITHA 3SQ4A 4IG0A 1L3SA 3MXJA 1LAVA 1ZBFA 2FBYA 3SZ2A 1NK6A 3OJSA 1B92A 3ZSZA 1KFDA 4I7FA 2B5JA 4M3ZA 4CESA 3OS1A 1HYZA 5T7BA 3KLGA 4JS4A 4W5NA 4DSFA 1CZ9A 3RTVA 1YTAA 1C0TA 1RCHA 4CJQA 5FDLA 1RBRA 4FW1A 4DTUA 1JL1A 1IKWA 1RDBA 3QLHA 1VSFA 4CJ4A 4M3TA 4DF8A 1XHXA 2AJQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1SKSA 3C6HA 4AKHA 5HRRA 4M3YA 3OYNA 3PIOL 4N76A 4ILGB 2HHSA 4ELUA 4LFCK 2QKBA 4FLVA 1QZ5A 1TKTA 2KZMA 4OJRA 5ADXH 3BZKA 5CZ1A 4BDYA 2PY5A 3V4IA 1TVRA 4CJ3A 5IREA 4A5BA 1BDGA 3FZFA 4BRAA 4E89A 5SZTA 2Q0UA 4RW8A 3OYLA 4GY2B 1WAFA 2E2NA 3DRRA 3C6PB 1YVUA 1J6ZA 2O8FA 4DTPA 1VQ5N 3F9KA 4EAHD 4BRHA 1DEJA 2KLAA 5KPZA 1IG9A 3NGZA 1TK0A 2Z1JA 3V9SA 2OPRA 3FZKA 1XI1A 5JS2A 4DR3K 3QDKA 2E4LA 5KPRA 3MDQA 3B8AX 4MDAA 2LF6A 1YI2N 4X5NA 3WXLA 4LF4K 1YJWN 3WNGA 3ZX0A 2X6NA 2ITGA 4DMNA 4DFMA 5EXWA 1HMVA 3LAMA 3J7ZO 1R59O 4R79A 2WBNA 3LPUA 3O08A 3HZ6A 4AHVA 5HROA 1RT1A 3H1QA 4DR7K 1T05A 4KHUA 4M7XA 4OO1J 4JI5K 2WOMA 4HWIA 2YHXA 4KV8A 3K9JA 3IMXA 2E32A 3CD6N 1IH7A 2B7MA 2QM1A 2P5GA 4FM0A 1RDUA 3NGIA 4DTRA 3TJYA 4J2BA 2Q0RA 1FYZE 3WXIA 3HSTB 3K59A 5F2RA 3QETA 1VK0A 3D2EB 1FZHE 4FJGA 1BO5O 3AVMA 4CEBA 4BRPA 2E8AA 2HBJA 3G25A 4DS4A 4FWNA 4DTNA 3OJUA 4LY7A 1VQ4N 2O8CA 3KLIA 1VQNN 4CZFA 4X64K 5IWAK 4AHCA 1M1KO 1Z26A 1YHQN 2QTDA 3VQ7A 4I2QA 4E3SA 3MWPA 1LCUA 1BIZA 3RVCA 3O80A 4JI4K 1IG8A 5AQJA 3OBYA 5IBKB 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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