The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
87
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structure length |
87
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Chain Sequence |
b'PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIR'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
30
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| structure length |
87
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| sequence length |
87
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4X62 O; 1IBL O; 1XMQ O; 4LF5 O; 3R66 A; 5BXZ A; 4YHH O; 3J7A U; 1R6T A; 1N33 O; 4JI4 O; 2VQE O; 4JI7 O; 1N34 O; 4DUY O; 1G1X B; 1XEQ A; 2JRI A; 4DV3 O; 4DR1 O; 2Z0A A; 4LF8 O; 2F4V O; 1X59 A; 2ZM6 O; 4GKK O; 4DR4 O; 5BY1 A; 4B3M O; 1F7Y A; 4JI6 O; 4B3R O; 2N74 A; 1I94 O; 3T1Y O; 4JI5 O; 2UXD O; 1A32 A; 2DOS A; 4DV5 O; 4DUZ O; 1N36 O; 4DV7 O; 4B3S O; 4LF4 O; 2UU9 O; 4DV6 O; 4NXN O; 4GKJ O; 3J81 N; 1AB3 A; 2UUB O; 4DV2 O; 5IT9 N; 3SDL A; 4JI2 O; 1HNZ O; 4NXM O; 1IBM O; 2DJV A; 2UUC O; 2HHH O; 4X66 O; 4B3T O; 4JI1 O; 3JAM N; 4JI0 O; 4AQY O; 1HNX O; 3J80 N; 4LF7 O; 1XMO O; 4DV1 O; 4OPA A; 2AGA A; 2LW7 A; 2ZKO A; 5IWA O; 1NS1 A; 5FLX N; 1IBK O; 3T1H O; 4K0K O; 4JYA O; 2UXC O; 1YZB A; 2E5L O; 5LL6 Y; 4X64 O; 4JV5 O; 4DV4 O; 4LF6 O; 2FKX A; 1XNR O; 3F5T A; 1DK1 A; 4YY3 O; 3RT3 C; 5A2Q N; 2UUA O; 1KUQ A; 4OPH A; 4JI8 O; 1FJG O; 1J5E O; 1FYJ A; 1HNW O; 2UXB O; 4DR6 O; 1HR0 O; 1FKA O; 3OTO O; 1D2D A; 1XNQ O; 1AIL A; 5LMN O; 4LFB O; 4DR3 O; 4OX9 O; 4JI3 O; 3M8A A; 4LF9 O; 1R1B A; 2VQF O; 4KHP O; 1N32 O; 3O65 A; 4DR2 O; 5LMU O; 5H5N A; 4DR5 O; 4X65 O; 4A5U B; 4DV0 O; 4DR7 O; 5BR8 O; 4LFC O; 4LFA O; #chains in the Genus database with same CATH topology 5LP6 C; 1TA8 A; 1YJW V; 4FFB B; 2DQ3 A; 4D7S A; 2XND G; 1S77 D; 1SC5 B; 3JAR B; 2OCC C; 2Q7G A; 3JD3 A; 4Z1V A; 2R70 A; 4XDJ A; 1KD1 W; 4NXN B; 1H2N A; 1V9P A; 3AG7 A; 1OCC C; 3C90 A; 2EZP A; 3JD2 A; 2QWN B; 3N2G B; 1VQL V; 1Y76 A; 1N8R W; 3K03 A; 3W7S A; 2MW2 B; 4DUY B; 5CA1 B; 2QKA A; 3HPL C; 1XQ8 A; 2QSA A; 2L35 A; 5B1B C; 1FFT B; 4EEQ A; 1B06 A; 1KEC A; 1NVP B; 2QM8 A; 2UUC O; 5KHK A; 4FM1 A; 5CMU A; 2HHH O; 5J2U B; 2AZ2 A; 2NN4 A; 3T2M A; 2PI5 A; 2ITD C; 3HB3 B; 4JYA B; 1BZK A; 2A06 H; 1VP7 A; 4U3J B; 2ZQM A; 2YI9 A; 2JEU A; 2LFR A; 5K1P A; 1WNS A; 3QG5 A; 3I56 V; 1K7D A; 2PTM A; 5LHG A; 2BOB C; 3W7W A; 4BR6 A; 1M1K W; 3SPG A; 4D6T H; 1XMO B; 1L8D A; 5CA0 A; 5B1A B; 3F5T A; 3LSS A; 1EFR G; 2B1G A; 3BAA A; 2QM4 A; 1OCR C; 4I0X B; 5JCO A; 2AW9 A; 2XAH A; 4TT3 G; 3F7Y C; 4J41 A; 2GUZ B; 4K3A A; 4IT5 A; 2KQX A; 1SER A; 3SPC A; 2WAM A; 1AIL A; 5L3F A; 2EIM C; 5IDJ A; 1BSM A; 4MS2 A; 1M57 C; 5EBL C; 3BAB A; 2YDE A; 1IVS A; 4LFC O; 2KG7 B; 4X62 O; 3DGE A; 2Q8V A; 1AP6 A; 1XMQ O; 4I50 A; 5LXT A; 4HNA A; 1SZT A; 2VQE O; 2ZDI A; 5IJ9 A; 1N32 B; 3CRQ A; 5KA5 A; 3LDC A; 5IYD O; 1GN2 A; 3RYF A; 4LCU C; 4LF8 O; 4MW3 A; 3B40 A; 2QJ1 A; 3OT7 A; 5HFL A; 3H01 A; 5KX5 B; 4WBN B; 3RVY A; 2ZDI C; 4MTF A; 2F93 B; 1A32 A; 2P4K A; 4NKG B; 2FL4 A; 4KP4 A; 2EIL B; 1IXB A; 2QGN A; 3D3I A; 2A9H A; 1YVW A; 4GKJ O; 2YXH A; 1FS0 G; 1CPY A; 1P4R A; 4O4I B; 5FPO A; 3TXQ A; 1W2B U; 3ZRS A; 3STL C; 4GX5 A; 3VQV A; 2HJD A; 1K34 A; 3RBZ A; 5CN0 A; 3JAM N; 2F66 C; 2F43 G; 2WLI B; 4J9Z B; 3DTU B; 4DV1 O; 2QWP B; 3ZS8 C; 5J9P C; 1UFI A; 4LNU A; 4YJ2 A; 4E4E A; 1ZL8 A; 2UUC B; 2HHH B; 1IBK O; 1GO3 F; 4P9P A; 2UXC O; 4QPJ A; 1F23 A; 3N2K B; 4X1K B; 5IY5 B; 1HW7 A; 4RQE A; 4JI8 B; 1EN5 A; 2QKC A; 4MTG A; 1JOY A; 3K79 A; 1VF7 A; 2ADP A; 3LSU A; 3K5N A; 5KMG A; 1NR1 A; 5EBW C; 1THZ A; 1D2D A; 3E2E A; 3CCE V; 2EIN C; 1K5S A; 3LUT B; 4LF9 O; 5CA3 A; 1M56 B; 3JAW A; 3M99 B; 4ZHQ B; 4ZKI A; 3SJB C; 5L3G A; 3LSQ A; 1M5I A; 2OT5 A; 3RW0 A; 2YIB D; 3QO8 A; 5D5P A; 1G1X B; 4QIW F; 3F5W C; 1MAB G; 1NZ6 A; 4LFC B; 3AG3 B; 3CCU V; 4DV3 O; 1XMQ B; 2LGW A; 2P4V A; 4FZ0 A; 2ITC C; 1FXK A; 4PJ0 Z; 3UT5 B; 1UJW B; 3D8C A; 3RYC B; 2VQE B; 4UCV A; 3GB7 C; 4N23 A; 4U7O A; 3AK1 A; 1OCO B; 5IE9 A; 4LF8 B; 3ZED A; 3K0G A; 2UXX A; 2K1E A; 4DK1 A; 2RMK B; 3VQX A; 1FXK C; 3Q4H A; 4K35 A; 4UUJ C; 4FM2 A; 1IZ3 A; 1Q90 D; 4Q6G A; 1IBM O; 2YIC A; 3JSL A; 5KHG A; 2OCC B; 2BOC C; 1VMG A; 3E22 B; 4GKJ B; 4JV5 B; 1OCC B; 1JQ0 A; 2CTQ A; 1NU1 H; 1XHZ A; 2P67 A; 1YJN V; 4K8X A; 1GMG A; 4EB6 B; 3FB7 C; 4FJC C; 3RYH B; 3MHS C; 4JYB A; 3ZN1 A; 3CC4 V; 4DV1 B; 2Q9L A; 2ZIN A; 4FK5 C; 3JAR A; 1K8A W; 5B1B B; 1IBK B; 4YIP A; 2UXC B; 5L3C A; 4LP8 A; 2PGG A; 4GZR B; 5F2V O; 4PDM A; 2CK3 G; 3N2G A; 3H1K H; 4DR6 O; 4MVU A; 1BMF G; 1Q6U A; 2JVD A; 3UQ8 A; 5LMN O; 2QWR B; 3K59 A; 3OUF A; 5CA1 A; 1RSO B; 2Q6A A; 2OIG A; 1MOF A; 1DGS A; 1R6N A; 1PNL A; 3ETQ A; 3BFR A; 3PN1 A; 1VQP V; 4X65 O; 1ZX3 A; 3FFQ A; 3J7A U; 1PL0 A; 1EN4 A; 4YHH O; 4W4K A; 1N33 O; 1VF6 A; 2JJ1 G; 4LF9 B; 2F4V B; 5CBF A; 1Q6I A; 4ICG A; 2GV9 A; 2BTO A; 2Q67 A; 5FPR A; 3JAK B; 2ETN A; 4LWS B; 5E79 Z; 2CE4 A; 4B7E A; 2ZM6 O; 1WJZ A; 4U3J A; 4J9Y B; 5J2T B; 4QPK A; 1VF6 C; 1KB9 F; 2V7Q G; 3VQY A; 2HJF C; 2CTP A; 4JI5 O; 1Q3E A; 4O4H B; 2EIM B; 1KKC A; 2HEP A; 4DV3 B; 4XDL A; 1JR9 A; 2FML A; 1AB3 A; 3SR2 C; 4OXS A; 4I0X A; 3G67 A; 5H6Q A; 5LA6 B; 4NXM O; 1URF A; 3CRC A; 1XBL A; 4F6R A; 4UVB A; 1XIL A; 3HR0 A; 3CCM V; 5LGT A; 4EKW A; 3HKD B; 2P6J A; 4DW1 A; 4JI0 O; 3ETG A; 4WCE V; 3QVN A; 3FB6 C; 4TUY B; 5B1A C; 1BQZ A; 3H1J H; 1IBM B; 1US6 A; 2QWO B; 3AEI A; 4PD4 F; 3I5D A; 2KG7 A; 3THO A; 3R65 A; 1IX9 A; 3K0D A; 4JAS A; 4WFF A; 3E8F A; 1GN3 A; 5EZY A; 1SET A; 2WWW A; 3QNE A; 3OEE G; 1P49 A; 2E74 B; 4KFM A; 1K4C C; 2A7W A; 2EJR A; 2Q69 A; 3JD0 A; 4JGS A; 2Q73 A; 1EBO A; 2UXB O; 3U11 A; 1Q7Y W; 2VS0 A; 2YSU B; 5IJ0 B; 1F4M A; 4LFA B; 5KX5 A; 1B3Q A; 3E86 A; 2JS3 A; 4LFB O; 4WBN A; 1TAE A; 1KU9 A; 2D2C B; 3M8A A; 1ZWI C; 4WFH A; 1Q86 W; 3B77 A; 3E8G A; 1AI6 A; 4OGQ B; 4J11 A; 3OFN G; 5CBH A; 5LMN B; 2XUM A; 1VEW A; 3EVK A; 4O4I A; 4NTX A; 1AVM A; 2IH1 C; 3EXA A; 4TV9 B; 2F95 B; 1QLN A; 1YTF B; 2EIL C; 3OR7 C; 4YHH B; 1VQ7 V; 1N33 B; 1RM1 C; 4DR4 O; 4B3M O; 3B8M A; 2H8P C; 2PYJ A; 3N2K A; 2D3O W; 2B1I A; 4X1K A; 2EIN B; 2LFS A; 3ZBH A; 1EM1 A; 4IYI A; 2ZM6 B; 1MZE A; 1Q43 A; 2CDY A; 5IT9 N; 1R3K C; 3SJC C; 4XBF A; 2JIZ G; 5E1A C; 4JI5 B; 4MT8 A; 1SZX A; 3L74 H; 5GW7 A; 1I5Y A; 4TOI A; 5B5E Z; 4PI0 A; 1VQ5 V; 2LW7 A; 4NXM B; 3ABL B; 4IIJ B; 1M90 W; 1ENV A; 2AXT Z; 1JPX A; 5TIS Z; 5KUK A; 1VQ6 V; 4JYA O; 4LH7 A; 4ZHQ A; 4TQD A; 4JI0 B; 2DE0 X; 2FKX A; 2QTS A; 1Y74 B; 1FJG B; 2X7R B; 4G2K A; 3UO3 A; 2OCH A; 4X1I B; 1BQ0 A; 2YIA A; 3K08 A; 2UUA O; 1NH2 B; 3WU2 Z; 1M56 C; 4LBE C; 3VQW A; 4H0L B; 2BE3 A; 3UT5 A; 3OTO O; 4UV8 A; 3RYC A; 2GHY A; 1XNQ O; 2WPD G; 5JVD B; 2DMX A; 4DK0 A; 2H3O A; 3EHB B; 2O57 A; 4DR2 O; 4PHZ A; 2UXB B; 1JA8 A; 1IBL O; 3U10 A; 1EZJ A; 3P30 A; 3TET A; 4LFB B; 2L6L A; 4DO2 A; 4FVM A; 5B66 Z; 3QTC A; 1YIT V; 2EBO A; 1OCO C; 3CCQ V; 3UO2 A; 4DR1 O; 3E22 A; 4TV8 B; 3W7X A; 5B3S C; 5EYP A; 4X89 A; 2DYR B; 3D36 C; 1YI2 V; 4B3R O; 1AI4 A; 3K58 A; 1AR4 A; 3ZRW B; 1IXM A; 4UFZ A; 4EB6 A; 1NTK H; 1ARO P; 3RYH A; 3AK3 A; 2VRZ A; 2E76 B; 3JCZ A; 1L0L H; 4O2A B; 4DV6 O; 4DR4 B; 2AHZ A; 2UUB O; 4YIO A; 4B3M B; 3BA8 A; 2HR3 A; 1M93 A; 1SKV A; 1RPO A; 2RCV A; 4PV1 B; 2A3Q A; 2A0L A; 2HP8 A; 2YID A; 1V55 B; 5C8Y B; 1K97 A; 5LOV B; 2DYS C; 4I7Z B; 1RSO A; 1S72 V; 5JJJ B; 1R3I C; 3ETD A; 4FLX A; 4H44 B; 3VBB A; 3K9S A; 3FX7 A; 3SGI A; 1WLE A; 3LNN A; 1K73 W; 1ZUQ A; 1SS3 A; 1BL8 A; 1YHQ V; 2QM7 A; 2IM9 A; 2QA4 V; 4P9O A; 3CRR A; 1QCE A; 4JI8 O; 3JAK A; 1FYJ A; 4LWS A; 4F4L A; 5L3D A; 3OE7 G; 3RYI A; 4DR7 B; 2G38 A; 5J2T A; 4IL6 Z; 4ASU G; 2UUA B; 3CCR V; 4O4H A; 3O65 A; 1DLB A; 2P5O A; 5LMU O; 5GON B; 1TVK B; 5CBG A; 3A0H Z; 1ROP A; 2LO1 A; 4DW0 A; 3OTO B; 4JYY A; 2IW5 A; 5C93 A; 3HKB B; 1XNQ B; 2WLK A; 4Q20 A; 4DXW A; 3IAY A; 3H9V A; 3ZRV A; 1KBH A; 4DR2 B; 3FB8 C; 4FLY A; 3X2Q B; 1IBL B; 1R3J C; 3AG4 C; 2Q5Z A; 3SYA A; 4UVC A; 3IJ4 A; 4GKK O; 5LHH A; 1I94 O; 4X88 A; 1QVG U; 1P7G A; 4DR1 B; 3ZMT A; 3U0Z A; 1EZV H; 3CWB H; 3MHH C; 4DV2 O; 4AQY B; 4HZ3 A; 4B3R B; 2DJV A; 3ABM C; 4UCR A; 1AJN A; 3LDD A; 3D3Q A; 2Y4T A; 1NTZ H; 2PZS A; 3CS5 A; 5IYZ B; 4B3T O; 2VWJ A; 5IJ0 A; 4F6E A; 1GTO A; 3APQ A; 4DV6 B; 2Y69 B; 1JJ2 U; 4BIU A; 2UUB B; 3SPH A; 3DC5 A; 1AR5 A; 3A8T A; 1NQT A; 4PA7 A; 1YZB A; 3JCU Z; 1RM1 B; 2V4D A; 4JV5 O; 3KCX A; 4DV4 O; 3TCU A; 2AZ0 A; 5JJE B; 1Y6X A; 2PUS A; 4PA6 A; 2XAF A; 5A2Q N; 1PPJ H; 1M4U A; 2XT9 A; 4TV9 A; 5A9G A; 4X20 A; 3ZHR A; 4ZBM A; 1HWY A; 2WLN A; 2CTW A; 4J10 A; 1H2S B; 4UVA A; 1ZAU A; 2JGD B; 3K9A A; 3HKE B; 4JZG A; 3F7V C; 4JI7 B; 1ORQ C; 1NBM G; 2HKO A; 2E75 B; 2JGU A; 3CRA A; 3PJS K; 5KHH A; 2LP7 A; 3MAQ A; 5DM6 V; 1WPX A; 2ARH A; 5H6R A; 1S5J A; 5LMU B; 1AJQ A; 1UPG A; 3IFX A; 4FZ1 A; 1Q5O A; 1XOU A; 1YDX A; 2F4V O; 1I5X A; 3VOU A; 5IYC O; 4IIJ A; 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4O4L B; 2ZIO A; 2IU3 A; 1G4Y B; 1QLE B; 3SJQ C; 4FMT A; 3WB0 A; 3FYI B; 3JAS B; 1VIB A; 2VWK A; 4DV7 O; 1G8M A; 5J2U A; 3APO A; 3J81 N; 1SQP H; 1V55 C; 2WA4 A; 3OR6 C; 5LBQ A; 4KL1 A; 5L3B A; 3G80 A; 2H94 A; 1FXV A; 2X6B A; 2R9A A; 2IJK A; 2EZO A; 2BCC H; 1TUB B; 1N36 B; 1H2M A; 4DYL A; 3RN4 A; 2WLL B; 5DED A; 3H1I H; 1K33 A; 2ZT9 B; 3AG4 B; 5IWA O; 1XNR B; 1V54 C; 5GON A; 3CCV V; 2NLJ C; 2ZCE A; 3SPJ A; 1QVF U; 4N21 A; 3HKB A; 1WP8 A; 4X1Y B; 1YF2 A; 2GUZ A; 2N04 A; 1U96 A; 3ZJZ A; 1FAF A; 3NXS A; 1Z5W A; 4CH6 A; 4X9Q A; 4OPH A; 1FJG O; 4X64 B; 3CC7 V; 1WN7 A; 2ZE7 A; 4AIL C; 1X4T A; 3ABM B; 4BW9 A; 5HFM A; 4DRX B; 3CME V; 4GCZ A; 2YC0 A; 5B1N A; 5LGU A; 2LJ2 A; 3O9O A; 3T4Z A; 1H2G A; 2DW4 A; 3JYC A; 3CCS V; 4DV0 O; 2Z5U A; 4MVZ A; 1OJH A; 3CHX A; 2A79 B; 3X2Q C; 3ZHU A; 2IH3 C; 2ZR2 A; 1GH6 A; 1KKD A; 3BRC A; 3EFF K; 4JI4 O; 4DR3 B; 4OX9 B; 3L71 H; 1S5H C; 2GDS A; 2QKS A; 4J7Z A; 2C2A A; 3CCJ V; 4DR5 B; 5IYZ A; 1XHX A; 4GUN A; 2JK5 C; 5LXT B; 4IHJ B; 3OD4 A; 4LF5 B; 5D5Q A; 3L72 H; 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