The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
|
sequence length |
87
|
structure length |
87
|
Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| total genus |
30
|
| structure length |
87
|
| sequence length |
87
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DV7 O; 1KUQ A; 4LF9 O; 1N34 O; 2DOS A; 4OX9 O; 2VQE O; 4K0K O; 2UXB O; 2UUA O; 4B3R O; 4DR3 O; 4DR1 O; 3J81 N; 4JI1 O; 4LF6 O; 1IBM O; 1F7Y A; 4JI8 O; 4DV4 O; 4X62 O; 3T1H O; 1R6T A; 4NXN O; 5BR8 O; 1XEQ A; 5FLX N; 2E5L O; 1N33 O; 4DR6 O; 1G1X B; 1NS1 A; 2ZKO A; 3JAM N; 1HNX O; 4AQY O; 3RT3 C; 1D2D A; 4DR5 O; 1AB3 A; 5IWA O; 1IBK O; 3SDL A; 1FKA O; 5BY1 A; 3T1Y O; 1XMO O; 5LMU O; 5H5N A; 4DV3 O; 4JV5 O; 2F4V O; 3O65 A; 4JYA O; 3J7A U; 4LF7 O; 4LFB O; 2UUC O; 4JI5 O; 2JRI A; 3F5T A; 1I94 O; 4DR7 O; 4X65 O; 1A32 A; 4DV5 O; 1N32 O; 4LF4 O; 5A2Q N; 4OPH A; 2HHH O; 4X64 O; 1HR0 O; 1XMQ O; 2LW7 A; 1R1B A; 3OTO O; 4DUY O; 4NXM O; 5LMN O; 4JI7 O; 5IT9 N; 4OPA A; 2DJV A; 5BXZ A; 1AIL A; 2FKX A; 3M8A A; 4DR4 O; 4B3M O; 1HNW O; 1YZB A; 2AGA A; 4DR2 O; 4DV6 O; 4A5U B; 1XNR O; 4JI3 O; 3J80 N; 4LFC O; 1N36 O; 1FJG O; 1J5E O; 4LFA O; 2VQF O; 4JI4 O; 4JI6 O; 4DV0 O; 2N74 A; 2UUB O; 4B3T O; 4JI0 O; 4LF8 O; 1FYJ A; 4JI2 O; 1IBL O; 4B3S O; 2UXC O; 4X66 O; 4KHP O; 4GKK O; 5LL6 Y; 4DV1 O; 4YY3 O; 1HNZ O; 1XNQ O; 3R66 A; 2UXD O; 2ZM6 O; 1DK1 A; 4YHH O; 2UU9 O; 1X59 A; 4GKJ O; 4DV2 O; 4LF5 O; 2Z0A A; 4DUZ O; #chains in the Genus database with same CATH topology 2JDI G; 1U97 A; 3JCZ A; 2Y69 B; 5JCO C; 4NXN B; 1M1K W; 3P3N A; 2JVD A; 3E86 A; 2NLJ C; 2F23 A; 2QKS A; 1IXB A; 2CUG A; 3CRC A; 3K0G A; 3UM7 A; 2YIB D; 4HZ3 A; 1KP3 A; 1HW7 A; 2IH1 C; 3ZN0 A; 2VS0 A; 2IU0 A; 1I08 A; 2P06 A; 3FYE B; 4GCZ A; 4LFB O; 3U10 A; 4DXW A; 4DR7 O; 2WLM A; 3HKC A; 1B04 A; 1FXV A; 2K9P A; 1BS3 A; 1H2N A; 2HHH O; 3K03 A; 2XHB A; 1K34 A; 3BY6 A; 3JSN A; 3OTO O; 1GM7 A; 2DQ3 A; 2Y48 A; 2PYJ A; 3CB2 A; 3TGU H; 1GN3 A; 3HKE B; 1NVP D; 3M8A A; 3ZJZ A; 3U0Z A; 1W2B U; 3E35 A; 3E8G A; 1NR7 A; 2YS8 A; 1FFT B; 2BTQ A; 4XDK A; 3J80 N; 3FB5 C; 1B6Q A; 4JI2 B; 1JFF A; 1FAF A; 4FJC C; 5J2U A; 2RMK B; 2UXC B; 4Z1V A; 1OV9 A; 2JK5 C; 1AR4 A; 4LH6 A; 4JF3 A; 3I5D A; 1QBZ A; 2XUM A; 3RYH B; 4UVC A; 1VQP V; 1R3L C; 2QA4 V; 2FL4 A; 4FM2 A; 2EZP A; 3STL C; 1Q6H A; 2N04 A; 2ZIO A; 5CBH A; 4LF6 B; 4TUY A; 4JI8 B; 4DV4 B; 2DOS A; 1QR8 A; 2CTW A; 1R3K C; 2F66 C; 1XL4 A; 1MNG A; 2ZXW C; 2P4V A; 3D36 A; 3E22 B; 4DR5 B; 2F1M A; 2PI5 A; 4UV8 A; 2F43 G; 3T1H O; 5JJJ B; 1M56 B; 1GN6 A; 3D3Q A; 5JVD B; 4O4L B; 1WP8 A; 2CTQ A; 5JH7 B; 1AB3 A; 5FNV A; 1FKA O; 5H9C A; 4AI8 A; 2ZE8 A; 1YDX A; 3RYI A; 1XHZ A; 4I50 B; 4X64 B; 4K35 A; 3CHX A; 1Y74 B; 2P22 C; 3WG7 B; 1Q7Y W; 3H01 A; 4J7J A; 3B8N A; 4XDJ A; 3B2E E; 5HFM A; 1KKD A; 4ZI7 B; 1PP9 H; 2JEU A; 4PA6 A; 3D36 C; 4CH3 A; 1Q86 W; 5DED A; 3JAR B; 1AP6 A; 1VQ9 V; 3RN4 A; 5CA3 A; 2OYQ A; 3I55 V; 3E8F A; 4IGG A; 4DR2 O; 4DV6 O; 5D5Q A; 2EIL B; 4DRX B; 4O2B B; 4JI3 O; 5CB4 B; 4B3S B; 5J2T A; 4PDM A; 2GV9 A; 1Q8I A; 3HKD B; 2QTS A; 1YTF B; 1EN5 A; 2YIA A; 1T5E A; 2WAM A; 4GKJ B; 2X7R B; 2EJR A; 2QWR B; 1MOF A; 3G6E V; 2VQE B; 2CH7 B; 1XQ8 A; 1YIJ V; 2CK3 G; 2A79 B; 3PJS K; 1OCO C; 2ADQ B; 4LF5 O; 4LF9 O; 1YTF D; 2DQ0 A; 5DM6 V; 2DMX A; 4YJ3 A; 2RN9 A; 2WPD G; 5C8Y B; 4JI1 O; 1JQ0 A; 5BZB A; 3ZMZ A; 3CYO A; 4OGQ B; 4WFG A; 3OMI B; 1Q82 W; 4JGS A; 4YJ2 B; 4CS4 A; 3G80 A; 5L3C A; 1WA8 B; 5EC2 C; 2EIM B; 2AZ2 A; 1ZX3 A; 3DC6 A; 2KKW A; 3CD6 V; 5IWA O; 3AK2 A; 4JAS A; 1YEW A; 2Q4P A; 2RJZ A; 3LDC A; 3C3T A; 5LMU O; 4MVQ A; 4DV3 O; 3CCS V; 2ZE6 A; 5KX5 A; 2PZS A; 3EVK A; 2YIC A; 3K9A A; 3ABK B; 3S3X A; 3ABL C; 4E2L A; 4P9O A; 4MTO A; 2XAH A; 4LNU B; 1K7D A; 2ITC C; 1R1B A; 4X1K A; 1GRJ A; 1OHH G; 3QG5 A; 2D2C B; 1SS3 A; 2R9R B; 4U3J B; 5EIB C; 1G4Y B; 1D5N A; 1CXZ B; 3C3S A; 2HVJ C; 3ZRW A; 4PDL A; 2BSK B; 3OGI B; 3BAB A; 2UXX A; 5E79 Z; 1XI1 A; 5B3S B; 1GMG A; 1G8M A; 1NR1 A; 1FYJ A; 2ZE7 A; 1NTK H; 4IHJ B; 4GKK O; 4I55 B; 1VQ8 V; 1VMG A; 4NR1 A; 1S5L Z; 4BIO A; 3E8H A; 1PV0 A; 5EBL C; 1VQK V; 5GW7 A; 3ZHU A; 5H6Q A; 4HNA B; 1N34 O; 1BGY H; 4DV1 B; 1NJI W; 2UXB O; 3H1L H; 3KZI Z; 2R9I A; 5LYJ A; 3IC7 A; 1K5S A; 1Z5V A; 2JIZ G; 5D5P A; 4X62 O; 2Q0O C; 3SPH A; 3MHH C; 4NYK A; 1QR9 A; 2E5L O; 4UB6 Z; 1NS1 A; 3JAW B; 2B9Z A; 1HNX O; 4JI5 B; 1D2D A; 1IBK O; 1WLE A; 2O57 A; 3JYC A; 3ASN B; 3JCU Z; 2IH3 C; 1YHQ V; 5CA1 A; 3ZMV A; 5IJ0 B; 2W0F C; 4P9P A; 3F5T A; 5L3E A; 1YVW A; 4FMT A; 1HR0 O; 2R70 A; 2WLI A; 1IZ3 A; 3KKY A; 2EUL A; 1US6 A; 5L3D A; 1RM1 C; 2EIJ C; 2ZR3 A; 3SJC C; 2XAG A; 4UCT A; 3JAS A; 1FJG B; 3N2G A; 4LFA B; 2WLK A; 3OUS A; 4X1I A; 2A9H A; 2H8P C; 4UV9 A; 2X6C A; 3W7T A; 3CCJ V; 3CCQ V; 2OTL V; 4NTX A; 4YY3 B; 2PY5 A; 2HJD A; 1XNQ B; 1JA8 A; 1PM9 A; 4DV2 B; 4MVO A; 3JAL A; 1URF A; 3ABM B; 4DV1 O; 4C7U A; 5J9P C; 2B1I A; 4UB8 Z; 4X20 A; 1FPO A; 3BHP A; 3ZMS A; 1FXK B; 3OD4 A; 4G28 B; 3ZHQ A; 2YDE A; 3SYC A; 3OR6 C; 2PGG A; 3CRR A; 1ZWI C; 1Y6X A; 4LCU C; 3Q4H B; 3ZHR A; 3J81 N; 1FXH A; 2OWO A; 4EFE A; 4MVZ A; 4BW5 A; 4FLZ A; 4NKG B; 3TET A; 1YSC A; 1L1F A; 1V54 C; 3K3W A; 1N33 O; 5FLX N; 4DR6 O; 3FFQ A; 1F4N A; 3E89 A; 4J9Z B; 4PDR A; 4ZOL B; 4AQY O; 3IC9 A; 5KHI A; 1RPO A; 1WB7 A; 4O4J B; 4PA9 A; 4LF4 B; 4TWK A; 3AG1 C; 4IIJ B; 3LDD A; 2QWN B; 3RYF B; 5KA5 A; 2F4V O; 3DTU B; 1QLE C; 4MVS A; 1SQV H; 4P2Z A; 1VQO V; 2NNU A; 3QNE A; 3SGI A; 1QLN A; 4TV9 A; 2CGO A; 5A2Q N; 3E83 A; 3ICX A; 4KUM A; 4FK5 C; 1K9M W; 4KL1 A; 4I4T A; 4B3M B; 2NN4 A; 2IM9 A; 4RUE A; 1JPX A; 5L3B A; 3ETD A; 1DF4 A; 4JYC A; 3APQ A; 3AG4 C; 4GLX A; 1J5E B; 1NTZ H; 3OEE G; 4EB6 B; 4L87 A; 1S72 V; 3H1I H; 3WB2 A; 1NU1 H; 2GTS A; 2HKO A; 2AZ0 A; 3AG2 B; 1N36 O; 5LP6 A; 3G4S V; 1QCE A; 1F23 A; 2RNB A; 4KP4 A; 4FVM A; 2V1D A; 1Q43 A; 2JGD B; 2BOC C; 2XAF A; 2XT9 A; 2UUB O; 1CP9 A; 2IBZ H; 2LJ2 A; 4JI0 O; 4YHH B; 1H2G A; 5B1A C; 3A0R A; 3CRM A; 4KHP O; 3N27 A; 4RQE A; 2YEV A; 1RSO B; 4L8J A; 4MSW C; 4X1Y B; 3RFR A; 5GTI Z; 4P30 A; 1BSM A; 5KHJ A; 4QE7 A; 3R66 A; 1VQN V; 2UXD O; 3CXH F; 2YIB A; 2ZCE A; 3LNM B; 3A0B Z; 1D5A A; 2QM7 A; 5AG2 A; 4CBC A; 4F6R B; 4K0K O; 5LP6 C; 1MA1 A; 1QU7 A; 4DR1 O; 4JZ2 A; 2QWP B; 2ZR2 A; 4UCU A; 2C2A A; 1I5X A; 1RFY A; 2X0L A; 3LSU A; 1XEQ A; 3EFF K; 4Z1M G; 1YI2 V; 1UPG A; 2EZO A; 4UFZ A; 4DK1 A; 1I94 B; 1R3I C; 1GN2 A; 5KLV H; 3AK1 A; 4GYC B; 3NXS A; 2YXH A; 2UUC O; 3CCR V; 1YF2 A; 5KHH A; 1MG1 A; 4NXM B; 1GAX A; 2IU3 A; 4O4H B; 1PNL A; 1BE3 H; 2LO1 A; 3AK3 A; 1XMQ O; 3ZS8 C; 1HNW B; 1SQG A; 1M9N A; 2WA3 A; 4BIZ A; 4J42 A; 3LSS A; 2UXN A; 3WB0 A; 3HKE A; 2EIK C; 2VRZ A; 4WFH A; 4G27 B; 1I5Y A; 3ZIA G; 4A5U B; 2OCC C; 2E76 B; 2YXL A; 2K1E A; 3A2F A; 1SQP H; 2E74 B; 4K8X A; 1KBH A; 1ZTE A; 1YIT V; 3TK1 A; 2ZM6 B; 4RQF A; 1BL8 A; 4DUZ B; 1ORQ C; 4OX9 B; 2BE3 A; 1KKC A; 4JYB A; 4R8C A; 5FPR A; 2GUZ A; 3RBZ A; 5CN0 A; 3UCS C; 1SA0 A; 3GWO A; 1IBL B; 1BZK A; 4TQF A; 2DYS C; 2FYU H; 1OCR C; 3UQ8 A; 3QF7 A; 4MT8 A; 1YJW V; 4QJF B; 1NBM G; 1GKF A; 2YSU B; 3HKC B; 2P7T C; 3SJQ C; 4NXN O; 4J11 A; 4U7O A; 3TXQ A; 1XMO B; 2F93 B; 3BCC H; 2GHY A; 5JVD A; 4JYA B; 3SJB C; 2G38 A; 4LF7 B; 1EZV H; 4BAY A; 4JTC B; 3BAA A; 1TUE B; 4X65 B; 2QDO A; 4I50 A; 2V4D A; 4O4I A; 1F51 A; 5B1B C; 4BW9 A; 1Q6I A; 4ZI7 A; 1JFF B; 3RVY A; 2BCC H; 3BVO A; 1AJP A; 3FKS G; 3DXR A; 4CH6 A; 2HVK C; 3P30 A; 1XNR B; 4DO2 A; 1M56 C; 2LFS A; 1OJH A; 4GT1 A; 3CME V; 1MZE A; 1SES A; 2QJ1 A; 2FKX A; 2LP7 A; 1NT2 B; 5ITZ A; 4AHC A; 4DRX A; 4B3T B; 4TUY B; 2XOK G; 4I9W A; 3WG7 C; 5CB4 A; 5IYZ B; 4X66 B; 3K5O A; 4FM1 A; 1NZ6 A; 3CJH A; 1HNZ B; 2N74 A; 4FFB B; 4FLU A; 2L6L A; 4JI2 O; 1IBL O; 2PUS A; 3K06 A; 3SPG A; 2QEX V; 3IJ4 A; 2UXC O; 1EFR G; 1P7B A; 3H1J H; 1ZL8 A; 2Z5U A; 3GWK C; 3TCU A; 4KXR A; 4I0X A; 2EIL C; 5GON A; 4LR3 A; 1W0K G; 3RYI B; 2JJ1 G; 4DW1 A; 1EM1 A; 3L73 H; 1JJ2 U; 2JS3 A; 3APO A; 1SER A; 1VEW A; 4LF6 O; 5C8Y A; 2JJ2 G; 1K33 A; 4CH4 A; 5KAF Z; 4FM0 A; 1ARO P; 4JPR A; 3BFR A; 1VQ7 V; 4DV4 O; 4JI8 O; 4PDV A; 4PI2 A; 5DN6 G; 2YUA A; 4JTA B; 1P49 A; 3IFX A; 2D3O W; 1SF9 A; 5EBW C; 1E1R G; 4RUF A; 4DR5 O; 3OUF A; 4DV5 B; 2HLD G; 4TT3 G; 1VQM V; 4JAV A; 3RGB A; 4IYH A; 1EBO A; 1OCO B; 4JTD B; 3SPC A; 3M7M X; 2X6A A; 2EJ7 A; 5CA0 B; 4DUY B; 4O2A B; 1Z2G A; 1A32 A; 4W4L A; 5BMV A; 4X64 O; 4WFA V; 5KHK A; 5LA6 A; 2PF4 E; 1OCC C; 2FB5 A; 4GX5 A; 4LNU A; 3H1H H; 4NVP A; 1AI4 A; 5H2F Z; 2VQF B; 1VQ4 V; 2RQ6 A; 2AGA A; 4JI6 B; 4U3J A; 5F2V O; 3R65 A; 5CMU A; 3RYC A; 2Q7E A; 1TGO A; 3FB6 C; 1UFI A; 1DTO A; 5LOV B; 1EN6 A; 2DYR C; 2ZNI A; 3ABL B; 1ROP A; 4ICG A; 1H8E G; 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2EIJ B; 2HJF C; 4PA7 A; 2KG7 A; 3FYI B; 2MK3 A; 2GBO A; 1FXK A; 4WFF A; 5CBF A; 1QQC A; 1XDC A; 3PN1 A; 4X88 A; 2YXY A; 5A9G A; 1UJW B; 5CA1 B; 3P32 A; 2Q7G A; 4U3F H; 2HG5 C; 4YIP A; 1KB9 F; 2WSS G; 3QO7 A; 2YI9 A; 3JAK B; 1SKV A; 4J7K A; 3FAV A; 3K57 A; 1JX9 A; 2LGW A; 2N05 A; 1K97 A; 1RP3 B; 4ABM A; 1QHT A; 3ABM C; 3HKB A; 2QM4 A; 1HDJ A; 2B5U A; 4JAU A; 2Y4T A; 4O4J A; 3SDL A; 2GDS A; 3T4Z A; 3CMA V; 1N32 B; 1R3J C; 5IYB O; 1K8A W; 4ZKI A; 3N2G B; 1FXK C; 1WN7 A; 4LWS A; 3RVZ A; 3O65 A; 3THO A; 4X1I B; 1SZT A; 3CC4 V; 4JI5 O; 1X4T A; 2JRI A; 5LMN B; 1PL0 A; 1Y4M A; 3STZ C; 1LUV A; 3HB3 B; 4LP8 A; 3A0H Z; 2GSM B; 3L72 H; 1FFX A; 2DJV A; 1V54 B; 1JMK C; 1AIL A; 4WBN B; 3ML0 A; 3JAL B; 4JI4 B; 3FB7 C; 4X20 B; 3ZED A; 4FZ1 A; 2HEP A; 1M93 A; 4X8A A; 5TIS Z; 3AG1 B; 3D3I A; 2BOB C; 1FJG O; 1GO3 F; 1QLE B; 3I56 V; 2ZIN A; 3QVN A; 4LFA O; 3LUT B; 3CCL V; 1NH2 B; 3VQX A; 4U7N A; 1XHX A; 2UU9 B; 5IJ9 A; 3MD0 A; 1ZLZ A; 1V9P A; 4BIU A; 4YY3 O; 1PKX A; 4H13 B; 3AEI A; 5JWP A; 1XNQ O; 4R50 A; 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