The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
|
sequence length |
87
|
structure length |
87
|
Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
30
|
| structure length |
87
|
| sequence length |
87
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3F5T A; 4OPH A; 4LF9 O; 4GKK O; 4JV5 O; 2UXC O; 5LMN O; 1DK1 A; 2DJV A; 1FKA O; 3JAM N; 1J5E O; 2JRI A; 4YHH O; 4DV0 O; 4LF5 O; 4DR5 O; 4DUZ O; 1IBM O; 2E5L O; 4DV3 O; 1I94 O; 4JI5 O; 2DOS A; 4DR2 O; 1HNW O; 5BR8 O; 4B3T O; 3J80 N; 4LFB O; 4LF4 O; 4B3S O; 4YY3 O; 5FLX N; 4K0K O; 4LFA O; 4DV5 O; 1R6T A; 5LL6 Y; 2UUA O; 4LF7 O; 1A32 A; 1X59 A; 3RT3 C; 1NS1 A; 4GKJ O; 5BY1 A; 4LFC O; 2ZM6 O; 4DV1 O; 1XNQ O; 3J7A U; 1N34 O; 4AQY O; 4JI4 O; 4B3M O; 3T1Y O; 1FYJ A; 1AB3 A; 5H5N A; 4JI3 O; 4JI0 O; 1HNX O; 1IBL O; 1KUQ A; 2ZKO A; 1FJG O; 2AGA A; 1XEQ A; 4A5U B; 4JI8 O; 4DR6 O; 4B3R O; 1HNZ O; 4JI2 O; 1YZB A; 1F7Y A; 1N33 O; 4NXM O; 5IWA O; 2VQF O; 3R66 A; 4DR3 O; 4OX9 O; 4X65 O; 4X66 O; 5BXZ A; 3M8A A; 1G1X B; 1AIL A; 4KHP O; 4LF6 O; 1XMQ O; 4JI1 O; 3SDL A; 3OTO O; 4OPA A; 2LW7 A; 1R1B A; 1XMO O; 1N32 O; 5IT9 N; 3J81 N; 4LF8 O; 2UUC O; 1N36 O; 4JYA O; 4DUY O; 4JI6 O; 3O65 A; 2F4V O; 5A2Q N; 4X64 O; 2HHH O; 3T1H O; 1XNR O; 4NXN O; 4DR7 O; 2FKX A; 2Z0A A; 4DV2 O; 2UUB O; 2VQE O; 1HR0 O; 2UU9 O; 4DR4 O; 5LMU O; 4DR1 O; 4DV6 O; 2UXD O; 1IBK O; 2N74 A; 4JI7 O; 4DV7 O; 1D2D A; 4DV4 O; 4X62 O; 2UXB O; #chains in the Genus database with same CATH topology 3F5T A; 5KAF Z; 4JYA B; 1YEW A; 1SKV A; 1AI6 A; 3APQ A; 2ZNI A; 2IJI A; 1I5X A; 1KKC A; 2EZO A; 2JS3 A; 1IBM O; 3D36 A; 4JI5 O; 1JVM A; 2FL4 A; 4LF6 B; 1BMF G; 4YY3 O; 2EIM C; 3Q4H A; 1LUW A; 1XDC A; 4NVP A; 4UCS A; 2CTW A; 2UUA O; 4LF7 O; 4FFB A; 4DV7 B; 3ZMT A; 3T4D A; 4DV1 O; 1Y76 A; 4H0L B; 5KHI A; 1FXV A; 1Q3E A; 4YHH B; 3VQV A; 3W7W A; 2LGW A; 2ZIN A; 4JI3 O; 2YIA A; 1VQM V; 1VQK V; 2PYJ A; 4FPP A; 2OCH A; 2R72 A; 3BEH A; 5B3S B; 1AP6 A; 1U97 A; 2GSM B; 2VQF O; 3RVZ A; 3ETQ A; 3ZS8 C; 3QO8 A; 1SQQ H; 5GTH Z; 3SPG A; 3A0B Z; 1BT8 A; 2YI8 A; 1M56 B; 2ZR3 A; 2YIB A; 5LP6 C; 3BY6 A; 4JI1 O; 3P32 A; 1NT2 B; 1QR8 A; 1IBL B; 3OT7 A; 1O9G A; 4JTC B; 4LP8 A; 5EC2 C; 1Z5V A; 1NVP B; 4L87 A; 4PDM A; 4X64 O; 3T1H O; 1NTM H; 4KXR A; 3L74 H; 3HKB A; 2Q5Z A; 3CCU V; 2JGU A; 2P4K A; 4K3A A; 3CXH F; 3ZJZ A; 1IXM A; 1FXK A; 1D5N A; 1PNK A; 2F1M A; 3L75 H; 3DSQ A; 1YVW A; 1KP2 A; 2YXH A; 3H1K H; 1V9P A; 2EIK B; 2BSK B; 4ICG A; 4WCE V; 3G6E V; 4LF8 B; 4FK5 C; 1SF9 A; 5CB4 A; 1YIT V; 1WP7 A; 4DV3 O; 3JD2 A; 4KHP B; 3E8G A; 2NLJ C; 2XUM A; 2UUB B; 1JCH A; 1HR0 B; 4YJ3 A; 4U3J B; 4JYY A; 4WFE A; 3WB0 A; 2HVJ C; 1KMI Z; 1GK9 A; 3NXS A; 5JH7 A; 3FFQ A; 1AR4 A; 4IGG A; 1P7B A; 4AQY O; 1J5E B; 4X1K B; 3RWR D; 4O4H A; 2ZE7 A; 3FAV B; 4JI8 O; 1L8D A; 4B3T B; 4PDL A; 1X4T A; 2VWK A; 1ARO P; 1SQB H; 4C7U A; 3JSL A; 2XAQ A; 3UT5 B; 4HZ3 A; 3DXR A; 2JGD A; 3UCS C; 4WF9 V; 1KYO F; 1NBM G; 1BZK A; 4PDV A; 1TUB A; 1H2L A; 5D5Q A; 4RO2 A; 3M99 B; 4UCR A; 1NVP D; 4LF6 O; 4P30 A; 3ABL B; 5KHH A; 3RW0 A; 3ASN B; 1M57 C; 3AK2 A; 3RYF A; 4DR5 B; 1WNS A; 3NR7 A; 3CCS V; 2ZIM A; 1EBO A; 4WBN B; 5IT9 N; 3J81 N; 3SYC A; 2XT9 A; 3BAA A; 1SQP H; 2IJH A; 2IU0 A; 4IYH A; 2ZXW C; 3FB5 C; 2LW1 A; 2BTQ A; 5IJ9 B; 4WFA V; 2Z0A A; 4X20 A; 1AI4 A; 5CA1 B; 4GX5 A; 2QE7 G; 4MVM A; 1HP8 A; 4FM0 A; 1EN5 A; 1K97 A; 4G2K A; 4GKK O; 2CE4 A; 1KU9 A; 5AG2 A; 4KL1 A; 4JTA B; 4RQF A; 4JZG A; 4F4L A; 5J2T B; 2GTA A; 4DR7 B; 3ZRW B; 3F5W C; 5KUM A; 1JJO A; 4CH4 A; 1NJI W; 3JAR A; 3AG2 B; 5FPO A; 2VQE B; 3G71 V; 4DV6 B; 2UXD B; 1VQ9 V; 3KCY A; 2EUL A; 2FB5 A; 4GKJ O; 4LF9 B; 1P7G A; 3D36 C; 5BMV B; 2ITD C; 4XBF A; 2M6Y A; 3AG3 B; 2P06 A; 3E22 A; 3E8F A; 2FML A; 1Q6I A; 3TK1 A; 2QM4 A; 1Y66 A; 3TXQ A; 1TUE B; 3WG7 B; 4P2Z A; 3A8T A; 3KCX A; 4PHZ A; 4RUF A; 5IJ0 A; 4I5S A; 4LFA B; 2IJK A; 1SRY A; 1ZTE A; 1WP8 A; 2PF4 E; 1AIL A; 5LXT B; 1ZL8 B; 2XHB A; 1XHX A; 2AW9 A; 1YHQ V; 3K06 A; 4KHP O; 4Z1V A; 4JGS A; 2XAS A; 1FXH A; 5CB4 B; 1K5S A; 4MVR A; 4TV8 A; 1H2S B; 1RPR A; 1QCE A; 1SES A; 4HNA B; 3OMI B; 3STZ C; 1PD3 A; 1N36 O; 3ZN1 A; 1DF4 A; 1BQZ A; 4NXM B; 5IWA B; 4O2A B; 3K03 A; 2VRZ A; 4NXN O; 1FFX B; 5JH7 B; 4I0X A; 5BZB A; 3AG4 C; 5GON B; 4GT1 A; 2JVD A; 1MAB G; 2WLL B; 3CMA V; 5KUK A; 5LMU O; 2YUA A; 4CS2 A; 1MOF A; 2EIN B; 4P9O A; 4OPH A; 2F95 B; 3JAS A; 2DYS C; 4UCT A; 4J11 A; 4L8J A; 1HDJ A; 4DR5 O; 1VQL V; 4O4J A; 3L71 H; 2E5L O; 1TUB B; 4X1Y B; 3OGC C; 2LJ2 A; 1RM1 C; 3WB2 A; 2GHY A; 3B8N A; 1B6Q A; 4LR3 A; 1MMM A; 1R3L C; 4X1I A; 1A32 A; 3CJH A; 4DXW A; 2UXB B; 3O9O A; 2R9I A; 4DW1 A; 1VQO V; 4B3M O; 4ZI7 A; 2VWJ A; 1EM1 A; 2EIJ C; 2QJ1 A; 5H5N A; 3UQ8 A; 1SA0 B; 4MVQ A; 4JAV A; 4A5U B; 1HNZ O; 3CME V; 1YZB A; 2KSD A; 5KA5 A; 3CC2 V; 4AHC A; 2HG5 C; 4H37 A; 3CC7 V; 1FS0 G; 4ZOL A; 3T2M A; 2ITC C; 1ROP A; 2ZM6 B; 4JI4 B; 5CBH A; 2HEP A; 3CRR A; 3ICX A; 1RFY A; 1EN4 A; 2JEU A; 4BR6 A; 1XMO O; 2LP7 A; 3QF7 A; 2Z3Y A; 2Q68 A; 1GM8 A; 1SZT A; 3APO A; 4CS3 A; 1WB8 A; 4UUJ C; 5B1N A; 4FVM A; 5IY5 C; 1N33 B; 4UV8 A; 1V55 B; 1QLE B; 1VIB A; 1I7F A; 5KMG B; 3QO7 A; 1THZ A; 1VQ5 V; 4CH3 A; 2FKX A; 4YJ2 B; 4TUY A; 5JQG B; 1AJQ A; 2EX3 A; 4AI8 A; 3OW2 U; 4DR1 O; 1NH2 B; 4FLY A; 2Q0O C; 5JJE B; 3CC4 V; 3ETG A; 1GKF A; 2UUC B; 2GTS A; 2WLI A; 3H1J H; 3OFN G; 3FX7 A; 3SYO A; 2F4V B; 3STL C; 1M5I A; 4D7T A; 1JFF B; 2HP8 A; 5HFM A; 2IM9 A; 1K9M W; 3OAA G; 4K0K O; 4TV8 B; 2JDI G; 3CD6 V; 4LH6 A; 1W2B U; 2RQ6 A; 3ZHS A; 1BL8 A; 1IBK B; 1K5Q A; 2HJF C; 2QM8 A; 1MZF A; 1SS3 A; 2KB1 A; 5B1B C; 3RT3 C; 4OGQ B; 5DED A; 5DM6 V; 4R8C A; 1XNQ O; 3X2Q B; 3ZMV A; 5JWP A; 4I9W A; 1M93 A; 3JYC A; 3RFR A; 2EIL B; 4MVO A; 1ZUQ A; 3AK1 A; 1JA8 A; 1HNX O; 3TXS A; 1R6N A; 4DR2 B; 2Q6A A; 3EHB B; 4Q20 A; 1Q5O A; 5ITZ B; 2P6J A; 3CHX A; 1Z5W A; 3TET A; 5LMN B; 2F66 C; 4F6R B; 3VQX A; 1ZAU A; 1KKD A; 1J95 A; 1YDX A; 2B1I A; 1XMQ O; 3WU2 Z; 4O4J B; 2LW7 A; 4JI0 B; 4J7K A; 2Q7H A; 3ABK B; 4NTY A; 2AXT Z; 2XAH A; 4I50 A; 1ZX3 A; 2E3C A; 1NH2 D; 3C3S A; 4BIZ A; 4D7S A; 4FLX A; 2OTJ V; 3LNM B; 3RYI A; 2H94 A; 2GBO A; 1I08 A; 4FM1 A; 4U3J A; 3SJA C; 3OM3 B; 2OCC B; 4JI7 O; 1LUV A; 4X62 O; 1JMK C; 2XND G; 4QPK A; 3IGA C; 2BOB C; 3HKE B; 4X1K A; 1JQ0 A; 1JJ2 U; 1QR9 A; 4K35 A; 2A06 H; 4U3F H; 3ZMZ A; 2QWP B; 4DK0 A; 5TIS Z; 4KP4 A; 5L3C A; 3FAV A; 3A0R A; 4X9Q A; 2FTK A; 5KX5 B; 1AR1 B; 2V7Q G; 1OCC C; 4AIL C; 2X6B A; 3UT5 A; 4DK1 A; 4G27 B; 3SYA A; 1S72 V; 1K7D A; 2ZCE A; 3UO2 A; 2CH7 B; 1B06 A; 1F51 A; 2OYQ A; 4H13 B; 3L73 H; 4JZ2 A; 1AP5 A; 1VAR A; 4BIU A; 1N34 O; 2IJJ A; 1N0J A; 2PZS A; 3ZHT A; 3K04 A; 2CGO A; 2JIZ G; 4O4L B; 4PA3 A; 1YI2 V; 4FLV A; 4WBN A; 1KUQ A; 3PN1 A; 1HNW B; 2Y48 A; 4TUY B; 2Y0P A; 1K73 W; 5JJJ B; 2FYU H; 3LSQ A; 5IJ9 A; 1QQC A; 1KD1 W; 4X8A A; 5CA1 A; 2WLI B; 4ZHQ A; 2Q7G A; 2ATK C; 2GUZ B; 3N2G B; 4HBN A; 4R6Z A; 3CRA A; 3H01 A; 4U7O A; 3WFV A; 2H8P C; 1SC5 B; 3OUS A; 4JI6 O; 1XBL A; 5A2Q N; 5J2T A; 2HHH O; 1DF5 A; 2W0X A; 3ZRW A; 4NTX A; 2ETN A; 3HKC B; 3BAB A; 2XOK G; 3FB8 C; 1UJW B; 2BE3 A; 3CCV V; 2P5O A; 2ZT9 B; 2CTR A; 3JCZ A; 1N32 B; 5JCO A; 2WLN A; 1R3J C; 2PGG A; 5BMV A; 5LMN O; 3FD9 A; 1VQ7 V; 2P22 C; 5EBM C; 1SQF A; 2M7W A; 3W7S A; 1XNR B; 1KQS U; 2OT5 A; 4G28 B; 1PP9 H; 1IX9 A; 4I4T A; 4UFZ A; 3D3I A; 4LFB O; 4LF4 O; 3ZIA G; 2Q4P A; 5FLX N; 1FPO A; 4MS2 A; 3ZRX A; 3B40 A; 5LXT A; 1ZL8 A; 1R3K C; 4JTD B; 5BY1 A; 2A9H A; 4F6E A; 2UXC B; 4MVZ A; 3E8B A; 4GYC B; 4I50 B; 2P4V A; 3H1I H; 1I0H A; 5B3S C; 4HNA A; 3E83 A; 3RYI B; 2D3O W; 2Y4U A; 5BR8 B; 4HAM A; 1CEZ A; 3F7V C; 1M56 C; 4O2A A; 2PI4 A; 3R66 A; 3ZMS A; 1FFX A; 4TT3 G; 4DYL A; 1US6 A; 3B09 A; 3JD3 A; 4J41 A; 2H3O A; 3CRQ A; 1TAE A; 2HFE C; 1SZX A; 4LFC B; 1YXB A; 5GON A; 2IBZ H; 3K9S A; 1WA8 B; 2WLL A; 4UXN A; 1S3J A; 4LF5 B; 4DUZ B; 4PDR A; 1I94 B; 1MNG A; 4I7Z B; 3ASO B; 2HJD A; 4XDK A; 1FJG B; 1Q90 D; 2ADP A; 4HYO A; 1YF2 A; 1M90 W; 4JYA O; 3K5O A; 3MD0 A; 2RCV A; 1N8R W; 1K4C C; 4R7C A; 4MW3 A; 2QM7 A; 1S0V A; 2R70 A; 2PI5 A; 5JVD A; 4X1Y A; 2EIK C; 1M9N A; 3ZX6 A; 4JYB A; 5IE9 A; 3K3W A; 3CRC A; 3MAQ A; 2YEV A; 3HKD B; 4PV1 B; 3ZCC A; 2OIG A; 5LGN A; 2CTQ A; 4FJC C; 1XOU A; 3SJB C; 4DV7 O; 3G67 A; 4UB6 Z; 2E76 B; 4UVC A; 2IH1 C; 4PI0 A; 4LH7 A; 3JAM N; 4YHH O; 4MSW C; 4WFF A; 1G6U A; 3ZHQ A; 1SA0 A; 2ILM A; 1GH6 A; 1COW G; 4B08 A; 4BWA A; 3FB7 C; 4O2B B; 2ADQ B; 3JAT A; 2QWQ B; 3D3Q A; 2LQT A; 4ZHQ B; 1YIJ V; 4ZKI A; 2LGQ A; 2QTS A; 3JD0 A; 3SPI A; 1EN6 A; 3UO3 A; 4N23 A; 1Q86 W; 4PA4 A; 2K1E A; 1K34 A; 2ZQM A; 2KQX A; 1S5L Z; 3SPH A; 5EIB D; 2EJR A; 5FNV B; 4J10 A; 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2WLM A; 3J7A U; 3WG7 C; 1F23 A; 2P90 A; 2A0L A; 2Q8V A; 2CUG A; 1FXK C; 3QG5 A; 3P30 A; 1R6K A; 1ZSP A; 3BHP A; 2IH3 C; 4TQD A; 5LHI A; 5JVD B; 1HW7 A; 3G4S V; 1N0N A; 4W4K A; 3U11 A; 1OV9 A; 4B3S B; 1OJH A; 1SQX H; 2YEV B; 2W6I G; 3ZN0 A; 5KA6 A; 4J7Z A; 4DV5 B; 3UM7 A; 2A3Q A; 2WAM A; 3K5M A; 1AI5 A; 1QLN A; 3IC9 A; 2X6A A; 2QA4 V; 4CH6 A; 4PEL A; 5H6Q A; 4WFG A; 1MSD A; 5LOV B; 1BQ0 A; 3U0Z A; 3P3P A; 1R3I C; 4OPA A; 2HKO A; 4H33 A; 5LGU A; 1R1B A; 5IDJ A; 3K9A A; 2ZE5 A; 1O9H A; 4MTF A; 4DR6 B; 3HKE A; 3JAT B; 1JOY A; 1AJN A; 1RPO A; 3CCE V; 2Y0I A; 4YIO A; 3BA9 A; 5KX5 A; 1EFR G; 4FLT A; 2ZD9 A; 4DR7 O; 4IYI A; 2HLD G; 1MZE A; 2EIN C; 1P4R A; 1URF A; 5K1X A; 2CH7 A; 2QKA A; 2VQE O; 4JPR A; 4DV6 O; 2UXD O; 1VQP V; 2DW4 A; 1D2D A; 4LF9 O; 1K3E A; 4B3R B; 1R73 A; 4NB5 A; 1VQ6 V; 3H1H H; 2JRI A; 5KHK A; 1VF5 B; 2PY5 A; 1KP3 A; 4O4L A; 5K1P A; 2YIC A; 4UVB A; 5B1A B; 4DV2 B; 2MW2 B; 3JAW B; 1OCR B; 4LFA O; 2ODM A; 2ZIO A; 3F7Y C; 1GN3 A; 2YI9 A; 1P49 A; 2UU9 B; 4Z1M G; 3K08 A; 3CRM A; 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