The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
|
sequence length |
87
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structure length |
87
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Chain Sequence |
b'PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIR'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| total genus |
30
|
| structure length |
87
|
| sequence length |
87
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2UXD O; 3JAM N; 4LF9 O; 4X66 O; 2DOS A; 4DV0 O; 4B3R O; 4OPA A; 2E5L O; 4DR2 O; 4LF5 O; 4LFC O; 4DV6 O; 3T1Y O; 4DV5 O; 5LMU O; 4GKK O; 1F7Y A; 2UU9 O; 5H5N A; 2UXC O; 3R66 A; 3OTO O; 1N34 O; 4DV4 O; 3J80 N; 1G1X B; 3RT3 C; 4NXM O; 5IWA O; 4NXN O; 2ZKO A; 4DR6 O; 4LFA O; 4OX9 O; 1XNQ O; 4X64 O; 4KHP O; 4DR7 O; 1R1B A; 4LF8 O; 2FKX A; 3F5T A; 4LF6 O; 3SDL A; 4LF7 O; 5IT9 N; 1A32 A; 2VQF O; 4DUY O; 2UUC O; 4X65 O; 3J81 N; 3J7A U; 1FJG O; 1IBM O; 4JI1 O; 4JI8 O; 2F4V O; 5BR8 O; 4YHH O; 1HNW O; 1IBK O; 1R6T A; 3O65 A; 1NS1 A; 3M8A A; 4DR1 O; 4DR3 O; 1HNZ O; 4AQY O; 2HHH O; 1XMQ O; 5FLX N; 2DJV A; 4DR5 O; 1XEQ A; 4JI4 O; 4X62 O; 4JI6 O; 2UUA O; 2LW7 A; 4DUZ O; 4A5U B; 2UUB O; 4DR4 O; 4GKJ O; 4JI7 O; 1AB3 A; 4DV7 O; 1J5E O; 4B3T O; 4JI5 O; 5BXZ A; 4LF4 O; 1X59 A; 1FYJ A; 1I94 O; 4K0K O; 1YZB A; 1HNX O; 2VQE O; 1KUQ A; 2Z0A A; 4DV3 O; 1HR0 O; 4B3S O; 2JRI A; 4B3M O; 4OPH A; 5LMN O; 4JI2 O; 4DV2 O; 2N74 A; 1AIL A; 5BY1 A; 2ZM6 O; 1XNR O; 4JV5 O; 1IBL O; 4JI0 O; 2AGA A; 1DK1 A; 4LFB O; 1N33 O; 5A2Q N; 4JYA O; 1XMO O; 1N32 O; 4JI3 O; 4DV1 O; 1D2D A; 5LL6 Y; 1N36 O; 3T1H O; 2UXB O; 4YY3 O; 1FKA O; #chains in the Genus database with same CATH topology 3E35 A; 3KKY A; 4X66 O; 2UUC B; 3B8M A; 2E5L O; 1Q43 A; 3JAS B; 2IU3 A; 2DQ3 A; 1SS3 A; 5LP6 B; 1QLN A; 1YCI A; 1JOY A; 2DWE C; 1R3L C; 5CA1 A; 4LFA O; 4DV4 B; 1AJP A; 3K79 A; 2P4V A; 5DED A; 5EC1 C; 3QTC A; 4DR7 O; 3ICX A; 5LMN B; 3CX5 F; 3VQX A; 4JYC A; 4IIJ B; 4NKG B; 2OCC B; 2EIN C; 4RAI A; 4PJ0 Z; 1LUV A; 2VQF O; 4DV6 B; 1L0N H; 2XND G; 4UVA A; 4UUJ C; 4GKJ B; 2ILM A; 4H37 A; 2UXN A; 3PJS K; 4GT1 A; 4BAY A; 4K8Z A; 1OCR B; 2X6A A; 2WLN A; 1IBM B; 3OAA G; 1J95 A; 5FLX N; 1HNW B; 4ICG A; 1WPB A; 4JI4 O; 1Q90 D; 1GH6 A; 1U97 A; 3STZ C; 4BR6 A; 3P30 A; 2P7T C; 5LBQ A; 4UCU A; 1H2S B; 4JAA A; 4C7U A; 2EIM B; 4G28 B; 2JGD B; 4MVR A; 3U10 A; 3THO A; 2V4D A; 1GN3 A; 1TA8 A; 4OX9 B; 1F23 A; 4B3S O; 5FNV A; 4R50 A; 1XQ8 A; 1FS0 G; 2CTQ A; 4PI0 A; 1SET A; 3CB2 A; 1N34 B; 5IJ0 B; 1DF5 A; 2DYS B; 1NU1 H; 2WPD G; 2ZE8 A; 2ZXW C; 3ETG A; 4ZHQ B; 3G6B A; 3OE7 G; 3W7T A; 3CC4 V; 4RWU A; 4ZOL B; 4NXM B; 3QNE A; 5B3S C; 4G27 B; 4XBF A; 2XTA A; 1NH2 D; 4AHC A; 3H9V A; 4YJ3 A; 1JFF B; 2JJ2 G; 1PNL A; 2PYL A; 3L75 H; 4OPA A; 4LH6 A; 1Z2G A; 4LNU A; 1OZ0 A; 2UXC O; 5JWP A; 2PTM A; 1G1X B; 1GAX A; 5LOV B; 3R65 A; 2RN9 A; 3LSS A; 1WA8 B; 2ZT9 B; 3B40 A; 2YS8 A; 1SQV H; 5LGN A; 4MS2 A; 1JMK C; 3W7X A; 2GSM B; 4B08 A; 2WWW A; 5LMU B; 2FYU H; 1IDS A; 3JAK A; 3OEH G; 4J7J A; 5LHG A; 4B3R B; 4U3J A; 1IBM O; 2UUB B; 4RQE A; 2EIK C; 4JI0 B; 3G80 A; 1XNR B; 1TUB A; 2OCH A; 4MVU A; 3RN4 A; 5GON B; 1HNZ B; 3BHP A; 2E74 B; 1R3K C; 5B1A B; 3AK3 A; 1EBO A; 1BT8 A; 4QE7 A; 1K4D C; 5J2T B; 4U3F H; 1SQG A; 1ZUQ A; 2VQF B; 1E1R G; 4IYI A; 2W6J G; 2ZNI A; 4B3T O; 4F6R B; 3JSL A; 1R3I C; 3CJH A; 1XRE A; 4K0K O; 4NTW A; 4E4E A; 5LP6 A; 5EBM C; 1FXK B; 4B3M O; 4JI2 O; 3BPZ A; 4F4L A; 4HBN A; 2QR4 A; 5FL7 G; 2E76 B; 2B1I A; 2W0X A; 2QGN A; 1VQL V; 1XMQ B; 3DXR A; 4Z2W A; 4TV9 A; 3SJQ C; 3OFN G; 3APO A; 3CRM A; 2UXD B; 1H8H G; 2JJ1 G; 2BTQ A; 2F23 A; 4GX2 A; 5B1O A; 1ORQ C; 1F4N A; 1YTF D; 1KKD A; 2R9R B; 3E8F A; 1IBL B; 2AHY A; 3S3X A; 1F7Y A; 1NZ6 A; 4DV2 B; 4LFB B; 4GZR B; 1H2K A; 4CS2 A; 2N05 A; 4WFG A; 3CRA A; 3GB7 C; 4BWA A; 3CMA V; 4X88 A; 4J7Z A; 1R1B A; 1Q81 W; 4LF6 O; 2YXL A; 3UKM A; 1VQ5 V; 2Q7G A; 4EEQ A; 1R3J C; 4DV7 B; 3E8G A; 1TVK B; 3FB8 C; 1SC5 B; 4WF9 V; 4N23 A; 4GX5 A; 2Q69 A; 2A06 H; 4TUY A; 1L0L H; 1QCE A; 4UV8 A; 1K97 A; 5L3B A; 1AP6 A; 3JAL A; 4X1I A; 3KG2 A; 4I5S A; 2EIM C; 3A0R A; 3RWR D; 4FMT A; 1XEQ A; 3RYH B; 3KCY A; 4FFB A; 4DV7 O; 3LSQ A; 1SES A; 1Q6U A; 5H6Q A; 5JCO C; 3CYO A; 2OIG A; 4O4H A; 2M7W A; 3JAK B; 4PEL A; 1VQ7 V; 3RVZ A; 4MVO A; 4QE9 A; 1OCC B; 4LH7 A; 3WFV A; 4HZ3 A; 2RDC A; 5B1A C; 2RJZ A; 2QM7 A; 4I9Q A; 3G4S V; 3HPL C; 4DV2 O; 1WP8 A; 2BSK B; 5KMG A; 1IBL O; 1SER A; 3AG7 A; 4LFB O; 3BVO A; 4X65 B; 3OR7 C; 3VOU A; 5CB4 B; 3MDS A; 1MNG A; 4ZI7 A; 3JAW A; 2Z3Y A; 1M57 C; 3DSQ A; 1FKA O; 3E22 A; 4ABM A; 5JQG A; 2IW5 A; 3GWK C; 5LGT A; 4LF6 B; 3OM3 B; 3JAR A; 1W0J G; 4O2A A; 4UV9 A; 3RYI B; 3T1Y O; 1RFY A; 1I5Y A; 1QR9 A; 4B3M B; 3K5O A; 4P2Z A; 3N2K B; 3UM7 A; 3I5D A; 2CTR A; 2XAJ A; 4LF8 O; 4LFA B; 3LDD A; 3OW2 U; 3FAV B; 1Q8I A; 3Q4H B; 1Y76 B; 1W59 A; 4NR1 A; 4B3T B; 2P4K A; 1YIT V; 2MW2 B; 3TK1 A; 3ZMV A; 3WB2 A; 2B1G A; 4RQF A; 1YHQ V; 2GUZ A; 4FZ1 A; 3HKC B; 4J10 A; 4X66 B; 4YY3 B; 2ZDI A; 4ZHQ A; 2BOB C; 3GWO A; 3ABK B; 4KL1 A; 1QU7 A; 1XDC A; 4DR1 O; 4DR3 O; 4X20 B; 1MZF A; 4JV5 B; 5LHH A; 2AW9 A; 1BL8 A; 1VQ4 V; 3ABL C; 3N2G B; 2WLI B; 1M9N A; 3CSX A; 4CC6 A; 4DR4 O; 1GO3 F; 4JAU A; 3K04 A; 1WLE A; 5IJ0 A; 4PI2 A; 1JVM A; 2HJF C; 5GW7 A; 3FFQ A; 1I94 O; 5LOV A; 3KCX A; 4LWS B; 2QWQ B; 2XAG A; 4DV3 O; 3CPW U; 4LWS A; 3OUS A; 3CRC A; 4O4J A; 4O4I A; 2LJ2 A; 4YJ3 B; 1NTZ H; 1IX9 A; 5KAI Z; 1VIB A; 4JI0 O; 3ZHQ A; 3SR2 C; 1LNQ A; 4EB6 B; 1Y67 A; 2OTJ V; 2GUZ B; 2ZNJ A; 1P84 F; 1N4C A; 1URF A; 2VRZ A; 3ZS8 C; 1WB7 A; 1YXB A; 5HFL A; 3K9S A; 2ITD C; 4CBC A; 4LF9 O; 1O9H A; 3K5N A; 5LA6 B; 5EIB D; 5L3F A; 5CMU A; 1P4R A; 3T1H B; 1VQM V; 5IY5 B; 2KKW A; 2ZDI C; 2GTA A; 3FX7 A; 3OUF A; 1Z5W A; 3AG1 B; 2AXT Z; 3OTO O; 1EN4 A; 2EJ7 A; 4NXM O; 5J9P C; 3ASO B; 1FXK C; 2ZE7 A; 4ASU G; 4DRX A; 4IT5 A; 1Y4M A; 5JVD B; 5BMV A; 3LDC A; 1XHZ A; 3LSU A; 4B3S B; 1SF9 A; 3OEE G; 2EUL A; 1F4M A; 1NR1 A; 3CCE V; 2Q68 A; 1GKF A; 3B09 A; 3HKE B; 1RM1 C; 3JAS A; 1NBM G; 2QWO B; 3VQY A; 2R72 A; 1XHX A; 1ZL8 B; 2QM4 A; 2WSS G; 4QJF B; 1V55 C; 2F4V O; 5BR8 O; 5KHG A; 4UXN A; 4DR3 B; 5GTH Z; 2BTQ B; 1FAF A; 1UJW B; 3L72 H; 1Y6X A; 4FLX A; 5CBF A; 4FM0 A; 3SJB C; 4JTC B; 1I94 B; 5BXZ A; 4B7K A; 5EC2 C; 1KC8 W; 1GMG A; 1FYJ A; 2WLH A; 4FFB B; 1YTF B; 3ASN B; 4I7Z B; 4L87 A; 2PF4 E; 3ZRW A; 4GLX A; 3CXC U; 3ABK C; 3ZX6 A; 4KUM A; 3H1J H; 3FAV A; 1I0H A; 4LF8 B; 4ZBM A; 3CEI A; 1PV0 A; 2ZR2 A; 4IHJ B; 1IVS A; 1BQZ A; 1DK1 A; 3CXH F; 1VQK V; 3EVK A; 3ABM B; 2UXB B; 2UXB O; 4YY3 O; 4ZKI A; 5LP6 C; 1XL6 A; 3CRR A; 4GKK O; 2UU9 O; 2ARH A; 1GM9 A; 3D3I A; 2NN4 A; 2LGW A; 1VQN V; 1PP9 H; 3SYO A; 2EZO A; 1TVK A; 1FFT B; 2B5U A; 1EN5 A; 2DWD C; 2QKC A; 1XIL A; 1VF5 B; 3CCQ V; 5KX5 A; 1CEZ A; 1EZJ A; 1B06 A; 2FKX A; 4F6E A; 3CRQ A; 1SQB H; 1XI1 A; 1H2N A; 1A32 A; 2Q4P A; 4X1I B; 1JJO A; 3L73 H; 4UCV A; 4JI6 B; 3T2M A; 3CCM V; 4DR2 B; 4TWK A; 3K08 A; 3ZN0 A; 3SYQ A; 2IM9 A; 3ZJZ A; 3FB5 C; 4O2B A; 4JF3 A; 1Q7Y W; 4JTA B; 1M57 B; 3I56 V; 2O57 A; 1PPJ H; 3O65 A; 5IJ9 B; 1SA0 A; 3RYC A; 1NTK H; 2GV9 A; 4PDR A; 1TUB B; 1MZE A; 1NR7 A; 2K9P A; 4FLZ A; 3RFR A; 4ZIB A; 3RYF B; 1X59 A; 4X8A A; 1YZB A; 2EIL C; 2Q5Z A; 2HG5 C; 4E2L A; 1VP7 A; 4FLV A; 3LUT B; 2DYR C; 1BQ0 A; 4GCZ A; 4JYY A; 4TV8 A; 3QF7 A; 2WA4 A; 4CC5 A; 2IU0 A; 2LQT A; 1VEW A; 2KQX A; 3HKB B; 1AI7 A; 1VQ6 V; 2GHY A; 2GDS A; 3DC5 A; 3GVM A; 2X6B A; 2EIN B; 4I50 B; 3N2G A; 1NVP D; 3RGB A; 2Y69 B; 4FM2 A; 1MAB G; 2JK5 C; 3QG5 A; 1MSW D; 5KHK A; 2DOS A; 4DR2 O; 4LF5 O; 3OMN B; 1ZSP A; 1TGO A; 4FZ0 A; 2YXH A; 4DV3 B; 2QTO A; 3ETQ A; 1GN4 A; 4KFM A; 4NVP A; 4Q20 A; 4I0X A; 4H0L B; 1H2L A; 2IJI A; 5CA0 A; 2ADP A; 3A0H Z; 4J41 A; 1T5E A; 5L3D A; 3DGE A; 5L3G A; 3L70 H; 3SYC A; 1BMF G; 3U0Z A; 4QGP A; 3RW0 A; 1THZ A; 2HEP A; 3HKE A; 1OCO B; 4I4T B; 4DW0 A; 3M8A A; 1HNZ O; 3JSN A; 4ZI7 B; 2WA3 A; 1NI8 A; 2F95 B; 1N0N A; 1NT2 B; 3JAT B; 2YIB D; 2LW7 A; 2UUB O; 4ZOL A; 3ASN C; 4JI2 B; 1FJG B; 2JGD A; 1YF2 A; 2W0F C; 4UB8 Z; 3SPC A; 4WFF A; 5TIS Z; 4I55 A; 2OWO A; 3WB1 A; 1P7B A; 4TSF G; 1HR0 O; 1I08 A; 1S5L Z; 3AG4 C; 3TCU A; 4TT3 G; 2N74 A; 1WB8 A; 4GX0 A; 5LA6 A; 1RM1 B; 5KAF Z; 2XAH A; 3EFF K; 4X1K B; 2EIL B; 4K35 A; 3NXS A; 2DYR B; 1E79 G; 4JI3 O; 2EIK B; 1K92 A; 1FPO A; 2AZ0 A; 2QKS A; 5EZY B; 1K4C C; 5LMU O; 4PA9 A; 2EIJ C; 4J7K A; 1K7D A; 1YEW A; 2EIJ B; 2Y69 C; 4O4L B; 5KHJ A; 1K3E A; 2ZKO A; 2XHB A; 4MW8 A; 2Q0O C; 2YEV B; 2DMX A; 4MTF A; 3BRC A; 3BY6 A; 5KHH A; 5IWA B; 2WLI A; 1WPX A; 2QM8 A; 1L8D A; 4LF7 O; 2YI8 A; 1AI4 A; 1MOF A; 2NNU A; 1Q86 W; 1G6U A; 1KQS U; 1VF7 A; 2HVJ C; 4IL6 Z; 4JI1 O; 1D5N A; 2ZR3 A; 1BCC H; 5LXT A; 2HFE C; 4GX1 A; 3K5M A; 4UFZ A; 2Z5U A; 5HFM A; 2P5O A; 1RPO A; 4GKJ O; 1AVM A; 2HLD G; 2FB5 A; 4LF4 O; 4J42 A; 3CWB H; 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4PDV A; 3K3W A; 4FIP C; 3CCV V; 1JX9 A; 2KG7 B; 3QO5 A; 1FXH A; 1AJQ A; 1N8R W; 2CE4 A; 1KP2 A; 1WN7 A; 2KB1 A; 3ZRX A; 4D7S A; 2PI4 A; 5IYB O; 4DUZ B; 2UXC B; 2EX3 A; 5CB4 A; 1ZX3 A; 1N32 O; 1XMO O; 2DE0 X; 5IY5 C; 4DK0 A; 5E1A C; 4MW3 A; 3BCC H; 2CTP A; 3M99 B; 3UT5 B; 4DV0 O; 1K5S A; 3X2Q C; 1XOU A; 3ZMS A; 5H5N A; 3BA8 A; 5B1N A; 5DM6 V; 3RT3 C; 2PUS A; 1YIJ V; 4DR6 O; 4OX9 O; 4U7N A; 3ZMZ A; 1MG1 A; 3OGC C; 1MA1 A; 3LDE A; 4W4L A; 4WFB V; 3C3T A; 2X6C A; 2YEV A; 3BA9 A; 3LNN A; 1B6Q A; 3ABM C; 4LF9 B; 2LGQ A; 4K3A A; 2IH1 C; 2FL4 A; 1QVF U; 4DUY O; 1SQQ H; 4QNH B; 1FJG O; 5JJE B; 5EK0 A; 1XL4 A; 4UCR A; 1P7G A; 4PA4 A; 3SGI A; 5EIB C; 1WNS A; 3SJC C; 3VBB A; 4DW1 A; 3ABT A; 4JI8 B; 5KHI A; 2P6J A; 1AI5 A; 1AR1 B; 1XMQ O; 2P22 C; 3ZRS A; 3E8B A; 1KKC A; 2GTS A; 5KA6 A; 2WLK A; 2R9A A; 3ZIA G; 3CCL V; 1KBH A; 4DRX B; 1YJW V; 5EBW C; 4P9P A; 2Q7E A; 3RBZ A; 1VMG A; 5IYZ A; 4DXW A; 1BHA A; 1FXV A; 4NXN B; 4G2K A; 3ZCC A; 4FK5 C; 3IC9 A; 4DR1 B; 1YVW A; 2ZIO A; 1GTO A; 2Y48 A; 2X7R B; 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