The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
87
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structure length |
87
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Chain Sequence |
b'PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIR'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
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| total genus |
31
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| structure length |
87
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| sequence length |
87
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4OPA A; 4LF5 O; 1HR0 O; 2UUB O; 1G1X B; 4X62 O; 3M8A A; 3F5T A; 4JV5 O; 4AQY O; 4GKK O; 4KHP O; 1N36 O; 4X64 O; 5A2Q N; 4DR7 O; 4DV6 O; 4X65 O; 4DV5 O; 2UXD O; 3SDL A; 4JI5 O; 1R6T A; 2F4V O; 4JI0 O; 2UXB O; 4JYA O; 4B3S O; 1X59 A; 4LF9 O; 1N32 O; 4LF7 O; 2HHH O; 4DV0 O; 4DV1 O; 4NXM O; 4B3R O; 2UUC O; 2AGA A; 1J5E O; 5LMN O; 4GKJ O; 4DR3 O; 1FYJ A; 1NS1 A; 3T1H O; 4JI8 O; 5IT9 N; 5BR8 O; 1AB3 A; 1R1B A; 1XEQ A; 1IBL O; 1FKA O; 2E5L O; 3J7A U; 2VQF O; 2VQE O; 2UXC O; 4YY3 O; 1N33 O; 4DR6 O; 4JI4 O; 4DV3 O; 1D2D A; 1IBK O; 5LMU O; 4DR5 O; 1HNX O; 2UUA O; 3J80 N; 4A5U B; 4OPH A; 3T1Y O; 5H5N A; 1IBM O; 4NXN O; 4LF6 O; 2JRI A; 4DR4 O; 4DV7 O; 4DV4 O; 4B3T O; 1XMQ O; 2UU9 O; 4DUZ O; 1F7Y A; 2LW7 A; 4OX9 O; 1FJG O; 5LL6 Y; 4DR2 O; 1KUQ A; 4DV2 O; 4JI3 O; 1YZB A; 4K0K O; 4JI7 O; 1A32 A; 4DR1 O; 2N74 A; 2ZM6 O; 4JI1 O; 4X66 O; 1I94 O; 1XNR O; 1XMO O; 1DK1 A; 2DOS A; 1HNW O; 3JAM N; 4LF4 O; 3RT3 C; 5IWA O; 3R66 A; 5BXZ A; 1N34 O; 4JI2 O; 4LFB O; 2FKX A; 4LFA O; 5BY1 A; 5FLX N; 3O65 A; 2Z0A A; 4B3M O; 3J81 N; 1HNZ O; 1XNQ O; 4JI6 O; 1AIL A; 3OTO O; 4LFC O; 2DJV A; 2ZKO A; 4LF8 O; 4DUY O; 4YHH O; #chains in the Genus database with same CATH topology 1V9P A; 2IJH A; 5LXT B; 1NR7 A; 3B8N A; 2RQ6 A; 3IFX A; 2Q7G A; 1JR9 A; 5KA6 A; 4P2Z A; 4JV5 O; 3E22 A; 5DN6 G; 3CCV V; 1SC5 B; 5B1O A; 2Q0O C; 1VQM V; 1FAF A; 4Q6G A; 3K9S A; 2UXD O; 2EIK C; 5FPR A; 3S3W A; 2Y69 C; 1ORQ C; 5IWA B; 3ZHS A; 2X6A A; 4RQF A; 4LFA B; 2JVD A; 4BWA A; 1FXK C; 4DV0 O; 4X89 A; 3ZCC A; 4WFH A; 2UUC O; 1M93 A; 4ASU G; 3VQW A; 1MZF A; 3E8F A; 2HR3 A; 2EIL B; 1FJG B; 2ZNI A; 1NVP D; 1UPG A; 2YI8 A; 3P3N A; 4CBC A; 3UO2 A; 1R1B A; 1SZT A; 3ZN1 A; 1K4D C; 5FPO A; 2GUZ B; 4FFK A; 1B3Q A; 4GX0 A; 4LH7 A; 5JH7 B; 5JJN B; 3AK3 A; 4WFA V; 2C2A A; 4LNU A; 4JTA B; 1NBM G; 3GWK C; 2OTL V; 4NXN O; 4B3M B; 3THO A; 3LSU A; 2WLH A; 3A0R A; 3CME V; 2HEP A; 4LF7 B; 2ODM A; 4RO2 A; 3SPG A; 1N8R W; 3OD4 A; 2AZ0 A; 2WLL B; 4DR1 O; 1VQO V; 2HVK C; 4DR7 B; 5KAF Z; 3AG4 B; 1XOU A; 2FTK A; 1GN4 A; 4BIU A; 4UVC A; 3ASO B; 3CPW U; 2EUL A; 2GHY A; 2QA4 V; 1QCE A; 2JJ2 G; 5DED A; 2NNU A; 5LMU B; 3BA8 A; 4FFB B; 1AIL A; 5LHG A; 4LF8 O; 4LF6 B; 4YHH O; 2WLI B; 3K03 A; 4TOI A; 4DV4 B; 2WLN A; 4JPR A; 1XMQ B; 2BTQ A; 1PL4 A; 5LGN A; 1DF5 A; 1HWY A; 2A06 H; 2W0F C; 2OCC B; 3CXC U; 5EBW C; 5FNV B; 4FLV A; 2DWD C; 3CRQ A; 4D6T H; 5B1N A; 4EB6 B; 2HKO A; 1N32 O; 3AG1 C; 1LUV A; 1AI5 A; 5CMU A; 3RYH B; 5L3D A; 5KHJ A; 1FFT B; 3KG2 A; 1OCZ B; 2CAZ C; 4H13 B; 2ZR3 A; 5IT9 N; 1AB3 A; 2H94 A; 5EZY B; 2QM7 A; 3JD2 A; 2YSU B; 4O2A A; 3CJH A; 1BZK A; 1IBK O; 1K33 A; 2AHY A; 2Q69 A; 4ZIB A; 4MT8 A; 3ABT A; 3AG3 C; 2RJZ A; 3ZRV A; 4LFC B; 1ZX3 A; 1TVK B; 2CE4 A; 1EN5 A; 3RGB A; 3TXQ A; 1OCC C; 4GX1 A; 4WBN B; 3CCR V; 4UV9 A; 1J95 A; 4GKJ B; 3UT5 A; 3CC2 V; 2ZIN A; 1HNW O; 5CA0 B; 2Y69 B; 4DW1 A; 1NR1 A; 1DGS A; 3H1I H; 1OHH G; 4TV9 B; 1VQL V; 5JVD B; 1SA0 A; 4DR6 B; 5IYZ B; 2W6J G; 1FXK B; 5L3B A; 1HNZ O; 3ETG A; 2YC0 A; 1H8H G; 2R9I A; 5LOV A; 4LF9 B; 4HAM A; 5EBM C; 5H2F Z; 3UM7 A; 4X88 A; 2Q7E A; 4JYC A; 5B1A C; 3CRC A; 1LUW A; 3F7V C; 4BAY A; 2X6B A; 1EFR G; 3ZIA G; 1BQZ A; 5EC1 C; 2Z5U A; 1F4N A; 1VIB A; 1IBL B; 1I7F A; 1L1F A; 5CA1 B; 1K73 W; 3B40 A; 2Q6A A; 1XI1 A; 3FFQ A; 5EK0 A; 2OTJ V; 1ENV A; 2PGG A; 3D3Q A; 3JAL A; 3W7W A; 3BAB A; 4LFB B; 2YEV A; 2ZCE A; 2L35 A; 3JAW B; 2KB1 A; 3TGU H; 3OR6 C; 3U10 A; 2XAQ A; 4H44 B; 4CS2 A; 1AP5 A; 2ITD C; 4KL1 A; 1NS1 A; 1WLE A; 4JZG A; 4I7Z B; 2JEX A; 3FYI B; 4CZZ A; 3Q4H A; 1KB9 F; 1N0N A; 3EVK A; 4LF5 B; 1VF6 A; 4GLX A; 3E89 A; 3ZN0 A; 1WA8 B; 1SS3 A; 4ZI7 A; 3F5W C; 2P5O A; 4FPP A; 5IY5 C; 2UUA O; 1O9G A; 4QE9 A; 2ZE7 A; 3L71 H; 3RYF A; 1IBM O; 2PZS A; 4R8C A; 1VEW A; 4RUF A; 4B3T O; 2BSK B; 3FKS G; 3SPC A; 3KCX A; 1SZX A; 4LWS A; 3EFF K; 2X0L A; 2IH1 C; 2WLJ A; 4TV8 A; 5J2T A; 1D5N A; 2IU0 A; 2HG5 C; 4DR2 O; 2QKS A; 3FX7 A; 4UVA A; 2Y0P A; 2JK5 C; 1R3J C; 4EEQ A; 1WP7 A; 4I0X A; 1E1Q G; 2HP8 A; 1ZLZ A; 3T4D A; 2CH7 B; 2VS0 A; 3HB3 B; 5KMG A; 4DV6 B; 4J7J A; 1B04 A; 4JGS A; 5C8Y B; 4LBE C; 1VQK V; 5EBL C; 1MSD A; 1H2N A; 4PI0 A; 3AG1 B; 1EN4 A; 4CH5 A; 2Y0I A; 4B3S B; 2YXL A; 2P6J A; 3CX5 F; 5LMN B; 3OAA G; 4WCE V; 5L3F A; 2P22 C; 3AG7 A; 3JSN A; 5CBG A; 4O4I B; 3STL C; 4DUZ B; 3MHH C; 3RVY A; 4ZKI A; 3K79 A; 4OGQ B; 3CC4 V; 4FLT A; 4E4E A; 1N4C A; 2LGQ A; 1OJH A; 4DV2 B; 3JAT B; 4DV5 O; 2Q7H A; 2ZNJ A; 1OZ0 A; 2NN4 A; 3ML0 A; 1KEC A; 3E35 A; 1FS0 G; 3CRA A; 3T4Z A; 1MAB G; 1N34 B; 3AG3 B; 4QE7 A; 4LNU B; 2ILM A; 5B1B C; 4CC5 A; 1EBO A; 4DO2 A; 3CE2 A; 4OX9 B; 1IVS A; 1OCC B; 4DR3 O; 3VQX A; 2CTW A; 2F1M A; 4UB6 Z; 4KP4 A; 3QTC A; 5JJE B; 4LR3 A; 4BW9 A; 1K97 A; 1XNR B; 5C93 A; 3H9V A; 4DV3 O; 3U11 A; 2Y4U A; 5IJ9 A; 2WA3 A; 4DR5 O; 4PDL A; 3P30 A; 3NR7 A; 3E2E A; 4MS2 A; 3QO5 A; 5H5N A; 4DR4 O; 3L70 H; 1YDX A; 3SJB C; 2UU9 O; 5B1A B; 1PNM A; 3WG7 C; 2UUB B; 4TUY B; 2A0L A; 1W2B U; 3OR7 C; 1HP8 A; 3CP1 A; 2A9H A; 4K0K O; 4O2B A; 1A32 A; 3F7Y C; 2ZM6 O; 4JI1 O; 1X4T A; 4X66 O; 3ZBH A; 1XL6 A; 2Q0A A; 1SKV A; 2EIM C; 4NTY A; 1M56 C; 4AIL C; 3UCS C; 2X6C A; 4HNA A; 4JI6 O; 3T2M A; 2Q9L A; 5HFM A; 3T1Y B; 3EXA A; 2D3O W; 4X1Y B; 4DV7 B; 3ASN C; 3CHX A; 4J7Z A; 4X1I A; 4AQY O; 2P06 A; 3SYP A; 4ZOL A; 1EZJ A; 5CBF A; 1Q86 W; 3JAK A; 1GAX A; 4YY3 B; 1Y67 A; 4DK0 A; 4PA6 A; 4PEL A; 3X2Q C; 3K0D A; 2RCV A; 4GT1 A; 5GTH Z; 1R73 A; 1ROP A; 1RFY A; 4QGP A; 5ITZ B; 2FL4 A; 3SYQ A; 2ZDI C; 4B3R O; 1VQ4 V; 1E1R G; 3K5N A; 4P30 A; 2DQ3 A; 1FYJ A; 1RSO A; 4QPJ A; 4JI8 O; 1AJP A; 2KKW A; 3H1K H; 1NH2 D; 1Q6I A; 1QR8 A; 2LGW A; 4MW3 A; 5KAI Z; 1BQ0 A; 3IC9 A; 1PV0 A; 1GO3 F; 4GKK B; 4RQE A; 1H2S B; 4F6E A; 4BIO A; 1AI6 A; 3JSL A; 4PA3 A; 2A3Q A; 1NVP B; 4OPH A; 2IM9 A; 4FLY A; 1QNM A; 1SQB H; 4UCS A; 2YIC A; 4H0L B; 4PI2 A; 1M4U A; 4GYC B; 1Z5W A; 1SA0 B; 3RFR A; 3ZRW B; 3M99 B; 1JJ2 U; 4Z1M G; 1FJG O; 3ABL C; 3OMI B; 4UCV A; 2V4D A; 1Q8I A; 3KKY A; 1QLN A; 4LC1 A; 3STZ C; 2N74 A; 1CP9 A; 2F66 C; 4IT5 A; 4R7C A; 4X20 A; 4JYY A; 4TQF A; 2UXC B; 1I5X A; 4G28 B; 4B3M O; 4O4J A; 3CCM V; 1ZAU A; 3DSQ A; 3JAL B; 1Y76 A; 4I4T B; 2OYQ A; 4EKW A; 3N2G A; 5LYJ B; 1XL4 A; 3HKC A; 3M8A A; 3JAR A; 4TWK A; 5JWP A; 4DR7 O; 2JJ1 G; 4B7K A; 4JI3 B; 3Q4H B; 5LP6 C; 3A2F A; 1Q6H A; 3SJA C; 3H01 A; 2DQ0 A; 1NKD A; 1SQF A; 5LGT A; 4EFE A; 4LF4 B; 1DF4 A; 3ABK C; 2QR4 A; 4WFF A; 2N04 A; 2KG7 A; 4F6R A; 2AHZ A; 2CTP A; 3WG7 B; 3N27 A; 1GM9 A; 1J5E O; 2RMK B; 1NQT A; 1K3E A; 2JS3 A; 3OUS A; 5J2T B; 5EC2 C; 4PA7 A; 3ICX A; 5LA6 B; 1VAR A; 1G6U A; 1XMO B; 2WA4 A; 2EIM B; 3W7X A; 5B3S C; 1JCH A; 4J9Y B; 4IYH A; 4X64 B; 1NJI W; 1M56 B; 1H2G A; 4A5U B; 5L3E A; 5L3C A; 3HKD A; 3WB1 A; 4X9Q A; 4JYA B; 4O4H B; 1KC8 W; 2X7R B; 3ASN B; 1PKX A; 2QM4 A; 2E76 B; 2WWW A; 1KUQ A; 3D36 A; 2H8P C; 3K06 A; 4FJC C; 2AZ2 A; 3I55 V; 4O4L A; 1M1K W; 1P4R A; 3JCU Z; 1LNQ A; 4DYL A; 3X2Q B; 4NTW A; 4U3J B; 3CRM A; 4B08 A; 1QQC A; 1BSM A; 3UQ8 A; 2AXT Z; 4B7E A; 3OTO O; 4LFC O; 1YIT V; 2YIA A; 2YDE A; 4K8Z A; 1RM1 C; 4IL6 Z; 4IIJ A; 4DRX A; 3ZMT A; 4RWU A; 3K5L A; 3T1H B; 3HKB A; 2HFE C; 3E8B A; 1GM8 A; 3G67 A; 1JX9 A; 4EFB A; 5JJJ B; 1NT2 B; 1FFX B; 2PUS A; 3G6B A; 4JI4 B; 3G71 V; 1H38 A; 4YJ3 B; 5IE9 A; 1ZL8 B; 5KX5 A; 4LF9 O; 4FM1 A; 2P67 A; 3EHB B; 2XAG A; 1PPJ H; 2HJD A; 1MOF A; 2QE7 G; 1QLE C; 2FML A; 5BR8 O; 1N0J A; 3FB7 C; 1IBL O; 2E5L O; 3LUT B; 1N33 O; 4JV5 B; 1T5E A; 4YIP A; 3TXS A; 3G4S V; 4FLZ A; 2JGU A; 2PI4 A; 5J2U A; 4UXN A; 1TUE B; 1IXB A; 2XAH A; 2EX3 A; 5EYP B; 2YS8 A; 1XQ8 A; 3NXS A; 2L6L A; 1YEW A; 2OIE A; 5A9G A; 3BRC A; 1G8M A; 1L8D A; 4DV0 B; 2UUC B; 1GTO A; 2RNB A; 2OIG A; 2QKA A; 1K5S A; 4UCO A; 1N36 B; 3L72 H; 1AR4 A; 2GDS A; 5E1A C; 4IHJ B; 5LP6 B; 2EZO A; 2G38 A; 2Q73 A; 2JIZ G; 3SJQ C; 3ABK B; 3TK1 A; 5JCO A; 1S5J A; 3AK2 A; 3IJ4 A; 3DXR B; 3CYO A; 3L73 H; 2WPD G; 2DJV A; 1GM7 A; 2YI9 A; 4F4L A; 1UJW B; 5GTI Z; 4D7S A; 1JFF A; 5IYC O; 3CCL V; 4MTF A; 3MDS A; 2QDO A; 2EIK B; 2NR5 A; 3ETQ A; 4DV6 O; 2A79 B; 1M90 W; 2VQE B; 5B3S B; 4X1K A; 1HDJ A; 3FAV A; 4BW5 A; 2R72 A; 4GX2 A; 4DR1 B; 4YJ2 B; 3P3P A; 1IX9 A; 2UXB O; 4B3S O; 4ZHQ A; 2HHH O; 5CA3 A; 2W6I G; 1YVW A; 5IJ0 A; 1CEZ A; 5LMN O; 2QJ1 A; 4MVS A; 3ZX6 A; 1RPR A; 4LF8 B; 2CTR A; 4L8J A; 2QM8 A; 4PJ0 Z; 4YHH B; 5BMV A; 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1Q5O A; 2GUZ A; 5D5P A; 3WB2 A; 3CCQ V; 4QPK A; 5JH7 A; 1KYO F; 3E8G A; 4FZ0 A; 2AW9 A; 1V55 C; 1NH2 B; 3A0H Z; 3UKM A; 1K92 A; 1PM9 A; 4FK5 C; 3JD0 A; 1VQ9 V; 1YHQ V; 2ADQ B; 1L0N H; 2P4K A; 3ZED A; 4I5S A; 1YTF D; 5KA5 A; 4QIW F; 1R3L C; 5LGU A; 1Q7Y W; 2WLL A; 2GBO A; 1BL8 A; 3SYA A; 2CUG A; 1I94 O; 1VF6 C; 2DOS A; 3OEH G; 4X65 B; 2UXN A; 4JI2 O; 4UCR A; 2XTA A; 1MG1 A; 4Q20 A; 2O57 A; 3J81 N; 2UUA B; 3U0Z A; 1GMG A; 4E2L A; 1SET A; 3AK1 A; 1IBM B; 4DUY O; 2WLI A; 5EIB D; 1NI8 A; 2EBO A; 3OM3 B; 1VQ8 V; 4UV8 A; 2BTQ B; 1H2M A; 4C7U A; 1XDC A; 1KD1 W; 3W7T A; 2B5U A; 5FNV A; 4NTX A; 2IH3 C; 3CCS V; 1HNX B; 5KLV H; 3RWR D; 1Y4M A; 3AEI A; 4JI0 O; 2XAS A; 1M9N A; 1K5Q A; 4EB6 A; 3FYE B; 3ABM C; 2KQX A; 1VP7 A; 3RYH A; 4OXS A; 2RN9 A; 4MVQ A; 4IYI A; 4CH4 A; 2ZD9 A; 1K4C C; 2IBZ H; 1SER A; 1OV9 A; 3PJS K; 2DMX A; 3C3S A; 4UFZ A; 4JAS A; 5DM6 V; 5EZY A; 1FXH A; 2ZE6 A; 5IY5 B; 1VQ6 V; 5L3G A; 3K59 A; 1WB7 A; 2Y4T A; 1EN6 A; 4K35 A; 2IJJ A; 3QNE A; 4O2A B; 3ZMS A; 3CJH B; 5KHH A; 4PD4 F; 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