The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
87
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structure length |
87
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| molecule keywords |
16S rRNA
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| total genus |
31
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| structure length |
87
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| sequence length |
87
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-02-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3SDL A; 3J80 N; 1J5E O; 1D2D A; 3F5T A; 4LFA O; 3J7A U; 4LFB O; 5LMN O; 4JI1 O; 4B3S O; 5FLX N; 1I94 O; 4JI2 O; 1XMQ O; 4YY3 O; 4OX9 O; 4DR6 O; 2UXB O; 4DR7 O; 4JI8 O; 1HNZ O; 4JI0 O; 2UU9 O; 2UXC O; 4DR2 O; 2LW7 A; 1IBL O; 2DOS A; 1N33 O; 3M8A A; 4GKK O; 4LF7 O; 4JI5 O; 1XEQ A; 4X65 O; 4A5U B; 1F7Y A; 1N32 O; 4NXM O; 3JAM N; 4X62 O; 4DR1 O; 2F4V O; 5LL6 Y; 1HNW O; 4X66 O; 4DV6 O; 3T1H O; 1HR0 O; 1DK1 A; 4OPA A; 4KHP O; 4DUY O; 4JI4 O; 2JRI A; 4GKJ O; 4DR3 O; 2ZM6 O; 4LF8 O; 1NS1 A; 1FJG O; 4JI6 O; 4LF4 O; 2AGA A; 4DV2 O; 4DV4 O; 1XNQ O; 4DUZ O; 3J81 N; 1N34 O; 1IBK O; 4DR4 O; 2HHH O; 4NXN O; 1N36 O; 1XNR O; 4LF6 O; 3O65 A; 1XMO O; 2UUA O; 4YHH O; 2FKX A; 3RT3 C; 4B3T O; 2E5L O; 5BY1 A; 5BXZ A; 4LF5 O; 4DR5 O; 4DV1 O; 4OPH A; 4LFC O; 4JV5 O; 4DV0 O; 5BR8 O; 4LF9 O; 2UUB O; 1R6T A; 1IBM O; 1YZB A; 1FYJ A; 5A2Q N; 4JI3 O; 3T1Y O; 5H5N A; 2N74 A; 3OTO O; 4B3M O; 4X64 O; 4DV5 O; 4JYA O; 1G1X B; 4B3R O; 5IT9 N; 4JI7 O; 3R66 A; 4DV3 O; 1R1B A; 4K0K O; 1FKA O; 2UXD O; 1KUQ A; 2DJV A; 1AB3 A; 1X59 A; 5IWA O; 2UUC O; 2VQE O; 5LMU O; 2ZKO A; 2Z0A A; 4AQY O; 1HNX O; 1AIL A; 2VQF O; 4DV7 O; 1A32 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1S5L Z; 4NKG B; 1ZUQ A; 1NBM G; 1J95 A; 2JIZ G; 2VQE B; 3ABL C; 3K3W A; 4EFB A; 4AQY B; 3A8T A; 3WG7 B; 2HG5 C; 1PV0 A; 2GBO A; 1AJP A; 3K03 A; 3CE2 A; 3AG4 C; 3N2G B; 3JAR A; 3CCJ V; 1Y4M A; 1SKV A; 2Z3Y A; 4YY3 B; 3E89 A; 4JZG A; 1XEQ A; 3LDE A; 4B7E A; 4WBN A; 1VQ9 V; 5IJ9 A; 3T4D A; 4TWK A; 3S3X A; 5L3C A; 1VQL V; 2AW9 A; 4BAY A; 4DUZ B; 1XBL A; 4JAU A; 3DGE A; 1CP9 A; 4Z1V A; 4O4L B; 2CTW A; 1XQ8 A; 3CCL V; 2PYL A; 3RN4 A; 1PL4 A; 3E8H A; 2EUL A; 2EIK B; 4DV2 O; 3SJB C; 1FXK C; 1VF6 A; 4U3F H; 3NR7 A; 4PI0 A; 3MAQ A; 3ZN0 A; 1S77 D; 1NKD A; 3W7T A; 4LF8 B; 2ADP A; 3L71 H; 2G38 A; 3LNM B; 2A06 H; 3T1C A; 2R9I A; 1DLB A; 2F95 B; 5BY1 A; 2F66 C; 5H2F Z; 5BR8 O; 1N36 B; 1IBM O; 2A0L A; 1AVM A; 1O9H A; 2YXL A; 3E8B A; 4I50 B; 4B3M O; 4X64 O; 4TT3 G; 4NTX A; 2QKA A; 3OM3 B; 5E79 Z; 3H1I H; 1VQN V; 4JF3 A; 2JS3 A; 2LJ2 A; 2EIN C; 3K08 A; 5KHI A; 5KX5 A; 1FPO A; 2P7T C; 1JA8 A; 2Q7E A; 5B5E Z; 5LMU O; 2YIA A; 3ABU A; 4KL1 A; 2KKW A; 3STL C; 2GSM B; 1KBH A; 3A0R A; 3WG7 C; 3JAS B; 4TUY A; 3LSS A; 4G2K A; 1AI4 A; 1J5E O; 5IYD O; 2WLK A; 5EBL C; 2YID A; 2WLJ A; 1VP7 A; 1SET A; 3HKC B; 3G6E V; 2BSK B; 1Q81 W; 3OR6 C; 4FLZ A; 4UCT A; 3ZRS A; 2X7R B; 1WB7 A; 5LA6 B; 3BVO A; 1MOF A; 1I7F A; 2Q5Z A; 2QR4 A; 4DR2 O; 3K57 A; 5IE9 A; 3K5L A; 1XL4 A; 3SR2 C; 1GM7 A; 3ETG A; 1Y74 B; 3DTU B; 3RYC B; 2XUM A; 4PHZ A; 2IJH A; 3W7W A; 3K9A A; 4ZI7 A; 2EIK C; 2JGD A; 2DQ3 A; 3OUS A; 4C7U A; 3FD9 A; 4CC6 A; 5CA1 B; 4JI4 O; 2FTK A; 5L3E A; 4PA3 A; 3QO7 A; 2JK5 C; 2P67 A; 1MZF A; 2BE3 A; 2UXN A; 2DWD C; 5KA6 A; 2ZE7 A; 2V7Q G; 3RFR A; 1GAX A; 1W0K G; 4O2A B; 4DV2 B; 3G67 A; 3JD2 A; 2EIL B; 4N21 A; 2X0L A; 2EIJ B; 4X89 A; 2D2C B; 2ITC C; 1W59 A; 2EBO A; 2JJ1 G; 2Q8V A; 1ARO P; 3CXH F; 2H3O A; 1L8D A; 1BS3 A; 1SER A; 3RYI A; 3JD4 A; 5BR8 B; 1YIT V; 1IBM B; 2ZQM A; 2JEX A; 4DO2 A; 2VRZ A; 3AK3 A; 1R3I C; 4FLX A; 1M56 C; 3U11 A; 3K59 A; 2HEP A; 1B06 A; 4FFK A; 3SPJ A; 1YHQ V; 1K4D C; 4H44 B; 1P7G A; 5LYJ A; 2HKO A; 3SDL A; 3AG7 A; 3SPC A; 3RW0 A; 3VQV A; 3CC2 V; 1Y67 A; 3OD4 A; 1VQM V; 1GM9 A; 4ABM A; 4EB6 A; 1QQC A; 2QA4 V; 2UU9 O; 1ORQ C; 1MSD A; 5CA0 A; 1KB9 F; 3H1H H; 1RSO B; 3DC6 A; 5C8Y A; 3DXR A; 3BA8 A; 3AK1 A; 3I56 V; 5JH7 A; 1VQO V; 4ZHQ B; 4PA6 A; 4TSF G; 3CB2 A; 3ZIA G; 1HNW O; 3W7X A; 1MZE A; 4B08 A; 1AJQ A; 4DR4 B; 4JYB A; 2FL4 A; 1ZWI C; 1OHH G; 3U10 A; 4I55 A; 2AGA A; 2KG7 B; 1QR9 A; 3UO2 A; 4RO2 A; 2EIL C; 5D5Q A; 2AXT Z; 3CJH A; 1GN3 A; 3JAW A; 4UCV A; 2WLL A; 5DED A; 4W4K A; 2X6A A; 5TIS Z; 3JAK A; 5BXZ A; 5J9P C; 1O9G A; 4UB8 Z; 2Q0A A; 2XHB A; 3MHH C; 5HFL A; 2RMK B; 2X6B A; 4ICG A; 3RYF B; 2W6I G; 4JZ2 A; 4KUM A; 5ITZ B; 1D5A A; 4BR6 A; 3B8M A; 3BAB A; 1K97 A; 5CN0 A; 1YJW V; 2P5O A; 3IFX A; 4QE7 A; 5K1X A; 5LXT A; 2WWW A; 1VQ6 V; 2BTO A; 1IXM A; 1RP3 B; 4EKW A; 1AI5 A; 2GUZ B; 1EM1 A; 3J80 N; 2CAZ C; 4LFB O; 1NZ6 A; 1EN5 A; 3KCY A; 1I94 O; 2Q4P A; 1L0N H; 3ZMS A; 1BSM A; 1YJ9 V; 4JI8 O; 4X1Y A; 5LP6 B; 4TV8 B; 5IY5 B; 2XAQ A; 1Q5O A; 4I4T A; 3GWK C; 5KUM A; 5KMG B; 3MD0 A; 1PL0 A; 3M8A A; 3OEE G; 3BAA A; 2JJ2 G; 3HKE B; 4ZKI A; 3JAL A; 1TVK B; 3CHX A; 4CC5 A; 2A3Q A; 5EIB C; 2IU3 A; 4X66 O; 5EZY A; 4DV6 O; 4MTO A; 4UFZ A; 4X8A A; 3CCS V; 1G6U A; 4YJ2 A; 4DR3 O; 3ZED A; 1FJG O; 2W6J G; 3HKB A; 3ZMZ A; 3FAV B; 1BZK A; 1JJO A; 4LFC B; 4RUE A; 1E1R G; 3JCZ A; 3THO A; 2AZ2 A; 4YHH O; 5JWP A; 1YTF B; 3QG5 A; 2Y0I A; 1JPX A; 1WLE A; 4GCZ A; 3QO8 A; 4DRX A; 3ETQ A; 2BTQ A; 2Q9L A; 4NB5 A; 1K3E A; 4JI3 O; 2N74 A; 2P90 A; 4FZ0 A; 2ADQ B; 1OV9 A; 4JYA O; 2NLJ C; 4B7K A; 2LFS A; 1X4T A; 2Y69 B; 3PJS K; 1Q6I A; 4CBC A; 2WAM A; 3OGI B; 4LFA B; 3WFV A; 3VQW A; 4JI2 B; 1H2N A; 5J2U B; 1HNX O; 1Y6X A; 2PTM A; 4O4I B; 3RBZ A; 4DR7 B; 5LP6 C; 1N8R W; 2MK3 A; 1JCH A; 1RPR A; 1FXK A; 4B3S O; 2LGQ A; 3RVY A; 2LO1 A; 1P84 F; 2YUA A; 3LNN A; 4J7K A; 3ICX A; 4LF7 B; 1NR1 A; 4FFB A; 3CC4 V; 1WPX A; 3TXS A; 2V4D A; 1OCZ B; 1I94 B; 3N27 A; 4X20 A; 3ZCC A; 5JVD B; 1W2B U; 2QWQ B; 1NVP D; 2ZM6 B; 3UO3 A; 1ZLZ A; 1AR4 A; 4HZ3 A; 1LUW A; 1HR0 O; 1N0N A; 2X6C A; 1WN7 A; 2N04 A; 1M57 C; 4P2Z A; 2ARH A; 4X1K B; 4PV1 B; 3HKD A; 4TV9 A; 1ROP A; 5B3S C; 2QWR B; 4LF4 O; 4DUZ O; 2JEU A; 1Y76 A; 4X66 B; 3ABK C; 3E8F A; 2JS5 A; 4FLT A; 3ZRV A; 3JYC A; 4K3A A; 3OMA B; 1XNR O; 1MA1 A; 1FJG B; 5B1B C; 1HW7 A; 1E1Q G; 5CBH A; 3BCC H; 3BY6 A; 4PD4 F; 1IUR A; 2DE0 X; 1CPY A; 4UCU A; 5H6R A; 5IYC O; 4PDR A; 1XHX A; 2XAG A; 1YZB A; 4KP4 A; 5H6Q A; 1TA8 A; 4QGP A; 5EYP A; 5A2Q N; 1AJN A; 4MTF A; 4BIU A; 3C3S A; 3B4S A; 1SQP H; 1FD9 A; 4X1I B; 1SA0 B; 2YXH A; 2HP8 A; 3ZMU A; 1YEW A; 3IGA C; 5GTH Z; 3CMA V; 4JYA B; 5KHJ A; 1KKC A; 5FPO A; 2Z0A A; 4LNU B; 2VQF O; 3OE7 G; 1JFF A; 3ZRX A; 4FM0 A; 4CH4 A; 4JYC A; 2QWN B; 1D2D A; 3ZMT A; 1I5X A; 1OCZ C; 1YF2 A; 1XMQ O; 1IBL B; 1JOY A; 3STZ C; 4DW0 A; 1G8M A; 2UXB O; 3UCS C; 4JI0 O; 4K8X A; 1VF7 A; 2P4V A; 2K1E A; 3TET A; 1Z5V A; 2CH7 B; 1V9P A; 1H2G A; 3A2F A; 3FB7 C; 4O2B B; 3T1H B; 1S3J A; 4GKK O; 1K34 A; 2JVD A; 1IVS A; 3AG2 B; 1P7B A; 1F7Y A; 5J2T B; 5B66 Z; 3HB3 B; 4IT5 A; 3OW2 U; 5IYZ A; 1FAF A; 3B8N A; 3K04 A; 4O4H B; 5B1A B; 5IDJ A; 4UCO A; 3CRA A; 4ZIB A; 3CD6 V; 3OFN G; 5L3D A; 3TCU A; 1Q90 D; 3HKC A; 2BCC H; 2YSU B; 3F7V C; 5CB4 B; 1HR0 B; 3E2E A; 1OCC B; 4FM1 A; 3PN1 A; 1U97 A; 2HHH O; 2VWJ A; 5BMV A; 3K5M A; 3LSQ A; 3CCE V; 4LF4 B; 1LNQ A; 3C3T A; 3OMI B; 1NH2 D; 4QNH B; 2PY5 A; 2EJ7 A; 2AHY A; 2ZDI C; 2YEV A; 1XNR B; 1NI8 A; 3ASO C; 5KHK A; 1Y74 A; 4I9Q A; 3F5W C; 1PNK A; 3A0B Z; 5H5N A; 1DF5 A; 4IHJ A; 5LHH A; 4QIW F; 2IBZ H; 2ZXW C; 3SYQ A; 1H38 A; 1RFY A; 3R66 A; 4G28 B; 2XOK G; 4FPP A; 5A9G A; 2W0F C; 4PA7 A; 4JI1 B; 4AIL C; 1TAE A; 1JJ2 U; 4F6R A; 1KYO F; 2CDY A; 2ZIM A; 2EIM C; 4UB6 Z; 3E22 A; 3ABM C; 4GLX A; 3Q4H B; 1B3Q A; 1YSC A; 4O4J B; 3M99 B; 2VQF B; 4OX9 O; 2PF4 E; 5K1P A; 1FFX B; 3JSL A; 3AG2 C; 4WFE A; 2OCC B; 4Q6G A; 2YI9 A; 5LGN A; 3L9D A; 3D36 C; 4R6Z A; 1XMQ B; 1YI2 V; 1F4M A; 4GX1 A; 4IIJ B; 2WLM A; 2CGO A; 2UXB B; 1ZL8 B; 2Q68 A; 4JI0 B; 3LDC A; 1VEW A; 2HR3 A; 2H8P C; 5F2V O; 4Z1M G; 4GKK B; 1EN6 A; 3ZHU A; 3IAY A; 3DC5 A; 5KHH A; 1WP7 A; 2JRI A; 4DUY O; 4ZBM A; 4UUJ C; 4H33 A; 5KHG A; 3W7U A; 3JAR B; 3OTF A; 4DR4 O; 1H2K A; 2E76 B; 4HYO A; 4MS2 A; 4DR5 B; 2NNU A; 3SYO A; 4WBN B; 5IJ9 B; 4LBE C; 3RT3 C; 2OTJ V; 2E75 B; 4CH6 A; 3P3P A; 3MHS C; 4H0L B; 2FB5 A; 2HHH B; 4B3R B; 4Z2W A; 4KFM A; 1SQF A; 3EHB B; 2PI4 A; 2N05 A; 1HDJ A; 5C93 A; 2ZR3 A; 5DM6 V; 4ASU G; 3B77 A; 5CBG A; 1M9N A; 1K5Q A; 1PNM A; 4DV7 B; 1FKA O; 1R3J C; 4UCR A; 2C2A A; 5KA5 A; 1OCO B; 1AP5 A; 4JPR A; 3H1L H; 2YXY A; 2CE4 A; 3CX5 F; 3UQ8 A; 2QE7 G; 2R72 A; 3H9V A; 4AI8 A; 4P9P A; 3R65 A; 4J10 A; 1T5E A; 3CPW U; 2PUS A; 3ZN1 A; 1WNS A; 3FYI B; 2E74 B; 1FXH A; 1S5H C; 2FYU H; 5KX5 B; 1TUB A; 3CCR V; 5GON A; 4TOI A; 1QLE B; 1Z5W A; 2Y0P A; 4P9O A; 1SQV H; 1BGY H; 4OX9 B; 3JAT A; 3L74 H; 2D3O W; 4HNA A; 1GRJ A; 4TUY B; 4MW8 A; 4WFF A; 4U3J A; 4FLU A; 3P32 A; 2DWE C; 4LWS A; 1WAZ A; 2R9R B; 1E79 G; 2QKS A; 4I9W A; 3P3N A; 2GDS A; 2DQ0 A; 4B3T B; 2M7W A; 3APO A; 4DUY B; 2ZCE A; 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1SC5 B; 5DEC A; 2UXD B; 4I55 B; 2F1M A; 4NTY A; 1KKD A; 3ABT A; 5IWA B; 4JYY A; 1GK9 A; 2QTS A; 3CJH B; 4MTG A; 4MTX A; 2LFR A; 3JAW B; 2WLL B; 2DJV A; 1RM1 B; 4WFB V; 5EIB D; 5AG2 A; 1HWY A; 4UXN A; 1X59 A; 3JAK B; 1ENV A; 2IW5 A; 1SQQ H; 1AIL A; 1K4C C; 4MVR A; 4DR6 B; 2XAJ A; 3UT5 A; 3BFR A; 2WA4 A; 4ZOL A; 3ZRW A; 1JMK C; 5FLX N; 3K79 A; 2UUC B; 1V54 B; 5EBM C; 3GWO A; 3EFF K; 1I08 A; 1H2M A; 4X65 B; 4K35 A; 4CZZ A; 2P6J A; 1TUE B; 2CTP A; 2HVK C; 1IZ3 A; 4X62 B; 2WLI A; 4UCS A; 2UXC O; 1IBL O; 1H8E G; 1DTO A; 2Q69 A; 5LXT B; 4PDL A; 5IY5 C; 4XDK A; 1K7D A; 2B1I A; 4FK5 C; 2RN9 A; 4X88 A; 1MSW D; 2LGW A; 4UVC A; 3T1H O; 4W4L A; 1DK1 A; 3CCU V; 5CBF A; 5FNV A; 4X1Y B; 2GV9 A; 4CS3 A; 1OJH A; 4I4T B; 5JQG A; 1N34 O; 1U96 A; 2H94 A; 1D5N A; 1V55 B; 5BZB A; 1IBK O; 2R9A A; 3SPI A; 2RJZ A; 1LUV A; 1KP2 A; 4UV8 A; 3JAL B; 1SS3 A; 2EZO A; 3G71 V; 1UFI A; 3N2K A; 3OTO B; 2ZIO A; 3BEH A; 5EZY B; 1M1K W; 4O2B A; 1UPG A; 3SYA A; 1GTO A; 1XI1 A; 4YJ2 B; 3K0D A; 2O57 A; 3D36 A; 3S3W A; 3HKB B; 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