4DV9A

Crystal structure of bace1 with its inhibitor
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
391
structure length
379
Chain Sequence
RRGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Cyanobacterial Peptides as a Prototype for the Design of Potent beta-Secretase Inhibitors and the Development of Selective Chemical Probes for Other Aspartic Proteases
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 94
structure length 379
sequence length 391
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-02-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dv9A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dv9A02
2QD7A 2FNSA 5P0RA 4NJTA 4TVGA 3NYGA 3KF0A 3TOHA 5TOLA 1HIVA 3LINA 5HVPA 1ZTZA 2OHQA 5OZPA 4LBTA 1LYBB 1PSAA 4Y4JA 5P0IA 3L5CA 5P36A 3T11A 5P6MA 4HEGA 1YM4A 4I0IA 3O9IA 1A8GA 5B18A 2AZBA 5P0BA 4Y4AA 3LZYA 3LZSA 3EKXA 3PWWA 3QI1A 4FAFA 4KUPA 2QI3A 3OOTA 2HIZA 5OYRA 5P4YA 3F9QA 1FQ5A 1HIHA 2WEAA 2Q15A 3JVWA 4F73A 5IVRA 4DJXA 2QI1A 4Y56A 5P2HA 2I0DA 4NPUA 4J55A 3OADA 3NWQA 5JG1A 4GB2A 3ZKIA 1FFIC 4Y5AA 1BV9A 2I1AA 1IZDA 1W5XA 4EXGA 5OZRA 1SMEA 2I4XA 2HS1A 3K5CA 3R2FA 1TW7A 1W5WA 3SA6A 3I2LA 3MXEA 9HVPA 2FGUA 3PSUA 4Y50A 5DR1A 3ZKNA 4Y36A 1YTIA 2VKMA 1DP5A 5P4UA 2Q3KA 5P4OA 4L7HA 4NJSA 3TPPA 3EL4A 5P0CA 1B6JA 4YCTA 1WBMA 4FL8A 2QP8A 5P2TA 5P88A 4OD9B 5P0UA 1EC1A 2ZHUA 2ER6E 5P0XA 1B6LA 5SY3A 3DK1A 3IGBA 3SAAA 2AVVA 3UFLA 2QZLA 3TKWA 1K6TA 3QBFA 4ZPGA 5DQ2A 3GGAA 3CIBA 5P30A 1HVLA 2EWYA 4DQEA 5JODA 3D20A 1RV7A 3IXJA 3INDA 1BV7A 4OC6B 4RVJA 3ECGA 5P0ZA 5P7SA 4Y3QA 3U7SA 1M0BA 4K8SA 3KFRA 3L3AA 5P7LA 3SKGA 1C6YA 5HCOA 5P5DA 2O4NA 4Y58A 3TOFA 5KR8A 1NH0A 1YTJA 5P75A 1ENTE 4Y3AA 5P6ZA 5C9BA 3FV3A 4HVPA 3ZOVA 4JECA 4ZEAA 3IN3A 3D91A 3BXRA 3DV5A 1VIJA 5P6NA 5P51A 5P1FA 5HE4A 5P4FA 3G72A 2VIZA 4DH6A 4YD5A 5P7AA 4YE3A 2QI0A 3I25A 1U8GA 5P12A 4D83A 1D4IA 5P39A 2PYMA 4IVTA 3PEPA 1HSHA 5JFUA 5P3PA 1ME6A 2OHLA 1HIIA 1AAQA 5P0YA 4I1CA 3QPJA 3SM2A 3TPLA 5P09A 4Y3SA 5P55A 1HEFE 5HDXA 1MESA 4Y3GA 1J71A 4TRWA 1FG6C 5P6EA 2WF3A 2PK5A 5P08A 2BKSA 3R1GB 3NDTA 2QD8A 3NR6A 5AHAA 1SGUA 3O9DA 4I10A 5P3CA 4R95A 4ZPFA 2OHNA 2ZYEA 1EPME 5P4SA 3QS1A 5P48A 5P6LA 4RLDA 3LIVA 5KR0A 1K2CA 4Y4XA 5DQCA 4Q1NA 2G21A 2QNQA 3VG1A 5P3DA 3T3CA 1HEGE 1D4KA 4OBGA 3SQFA 5P2IA 4GJDA 5T4SA 5DQ5A 2NPHA 1FEJC 2QMGA 4I0HA 5OYXA 5CLMA 5OZ1A 3QBHA 5P0OA 1G0VA 5P4ZA 2IL2A 1EBYA 4FRSA 4Z4XA 5KQXA 3OOZA 2UY0A 5EZZA 5P3ZA 2Z4OA 3INFA 4LP9A 4QLHA 1BILA 3PM4A 3HVPA 4M8YA 5P2XA 5P69A 1XE6A 5P76A 3LNKA 4B00A 3KA2A 4K4RA 2HPFA 2FGVA 4ACUA 1TZSA 3HBOA 3VYEA 4Z50A 3K5GA 4J1HA 3HW1A 5P7IA 5P2NA 3I8WA 1MEUA 5P5RA 4RCFA 1KJ7A 3EKWA 4F74A 2G69A 5P8IA 1XN2A 1A9MA 4YBFA 4APRE 3K5FA 5P4DA 2WECA 5P6FA 3INEA 3ZMGA 3ZKGA 5P3BA 4QJ6A 4BEKA 4Y54A 1PROA 1BBSA 4Y5BA 1W50A 3KFSA 3OQDA 1HPVA 3OUCA 4Y3MA 4U7QA 2JJJA 1EBZA 2QU2A 4D8CA 2I4QA 4Y3DA 5ENMA 5P17A 6UPJA 1QBTA 5P7OA 4J1KA 2F3KA 5ER1E 5P5SA 2F80A 3A2OA 5P1WA 1G2KA 1RNEA 2G27A 3ZKMA 3LIXA 1KZKA 3CIDA 5P60A 3O9GA 5P26A 5P7WA 1TSUA 1LYAB 2VNNA 2BPYA 1IVPA 1FF0C 1LYBA 2VA6A 1D4LA 1C70A 1G35A 3PWMA 3O9AA 4AUCA 2PC0A 5OYSA 5P13A 5P2AA 2PMAA 3KT2A 2QU3A 1T7IA 4B1DA 4HDPA 8HVPA 1AZ5A 5I70A 3UF3A 4B0QA 5P5LA 2AZ9A 4HLAA 4Y3WA 4X2LA 3S53A 2RENA 4K4QA 4B05A 5P6SA 5P35A 5P4CA 5P1EA 4RCEA 3PMYA 1D4HA 5OZKA 4GYEA 1FFFC 1WKRA 1XN3A 1M43A 5P3IA 3H0BA 1GVWA 3OTYA 4A6CA 2QZXA 3CKRA 4Y57A 3PJ6A 5P7YA 5APRE 4ZSMA 3VFBA 4TRYA 2R38A 4U7VA 4Y41A 1YG9A 3OGPA 3OUAA 5P7EA 1ER8E 5AH7A 5DR4A 5KR2A 5P0FA 3URLA 1APWE 1ODXA 3UDNA 1C6ZA 4FAEA 3FNSA 2F3FA 3RTHA 3L5EA 5P25A 5P6UA 1FG8C 3IA9A 2PYNA 2ER7E 4PZWA 2WHHA 5P2ZA 1KJHA 1EAGA 3UDYA 4EWOA 4CPWA 2OHRA 3GGVA 5JFPA 4JPCA 4DJYA 5HDUA 1EBKC 4Y35A 3IN4A 3VFAA 5P4LA 4RGHA 2FXDA 3L59A 2QAKA 5P2MA 1TQFA 3QRMA 3GW5A 3OWNA 2ZE1A 2IKOA 3SA5A 2JE4A 5P3KA 5OYVA 4LC7A 2JXRA 2G26A 3R0YA 2G1NA 3NSHA 4Y3JA 4GJ5A 5P7HA 2ZHVA 5HD0A 5P8MA 5P7CA 2O4PA 3H5BA 1BIMA 3HLOA 4OC6A 4B72A 5P8UA 1AIDA 3OY4A 5P0TA 1UH9A 3PVKA 1QBSA 4Y3YA 2FIVA 4YD7A 3OUBA 1ZPAA 4UPJA 4K9HA 1MT9A 5P44A 4Y3RA 3QVCA 5P8NA 5P2JA 2AVQA 5E5JA 3SFCA 4Y4EA 5P00A 2XYFA 4R93A 3QVIA 7UPJA 3TOGA 1D4YA 5P27A 3BRAA 4RVXA 5P1PA 1WBKA 5ER2E 5P5XA 3G70A 4J5JA 4J0PA 1E81E 5P2UA 5AH9A 4Y3NA 2AVOA 4DQCA 2HPEA 4Y48A 5P14A 3JW2A 3PMUA 5OZLA 1BWAA 1HTGA 2ZJJA 1UH8A 3Q70A 1W5YA 4LXKA 2OHMA 5P8PA 4JPEA 4WY1A 2I4VA 2VNMA 5P2KA 2PSVA 2ZJKA 3APPA 5P3MA 4JOOA 4OBJA 4J1IA 3T7XA 2O4SA 2BPVA 1MIQA 2G94A 3SABA 2AOCA 1Z1RA 2PSUA 1HVRA 4QJ8A 3AIDA 5P86A 4GJ8A 2HB3A 4D88A 4FCOA 3M9FA 2ASIA 1K6VA 5P8AA 1BVGA 5KR1A 1CZIE 4I0DA 3QN8A 3ZPSA 3BGCA 5ENKA 1APUE 3QIHA 4AMTA 5KQFA 5P2EA 5P3VA 2WF2A 3DJKA 3R0WA 3KDDA 3LIZA 4RZ1A 3SA7A 1ZPKA 5P3QA 3EKTA 1F7AA 5OZCA 5P06A 5P6TA 5P7UA 1FQ7A 4F76A 2QZKA 5P49A 3RTNA 3OXVA 5P4NA 4Y38A 7HVPA 3GGXA 3NUOA 5P6QA 3MSKA 2Q11A 5P41A 2RMPA 3LPKA 3OQFA 5P7KA 3LPIA 3K1WA 4Y3ZA 1FQXA 5P3UA 2PH8A 5OZHA 5IVTA 5P8LA 5P1XA 3D1YA 2ZHSA 4LAPA 4J54A 1YT9A 3O9LB 4RVIA 4DPFA 1AXAA 5P6RA 3MXDA 5P5EA 4YA8A 3K5DA 1IDBA 4I8ZA 4KE0A 4L6BA 5P3OA 5DR0A 5P0KA 2WKZA 2HB2A 3D1ZA 5P4HA 3EM3A 3SA9A 4H3GA 1D4JA 4CPXA 4Y53A 5P0JA 5P3TA 4CPRA 1SGZA 2P8HA 4KB9A 4AZYA 5P6XA 5P1VA 2RKFA 4LHHA 4Q1WA 4HZTA 1B6PA 5P5BA 1EPQE 5P5UA 5OZ9A 5P2DA 4ER4E 2UPJA 5P1KA 4YOBA 4Y4BA 3NDWA 2OAHA 4DQGA 2PK6A 4EJKA 4CPQA 4DQBA 1HSIA 4PZXA 1SBGA 3SO9A 2NNKA 1HOSA 1XDHA 5P1BA 2WEDA 3GI6A 2VJ7A 3TH9A 3KFNA 1LYAA 4XX4A 3EM4A 1BWBA 3K4VC 2B7ZA 3HAWA 5P72A 1IDAA 3TTPA 1EPOE 3OXCA 4R92A 4PYVA 5OZUA 5P73A 2BJUA 3SKFA 1NPVA 2G20A 4GJBA 5P2RA 2P3DA 2PQZA 2AQUA 4COEA 2J9JB 4FE6A 5P8CA 2P83A 3BGBA 5AH6A 1FMUA 2OHSA 4Q5MA 5P67A 4LL3A 2R5PA 5P3NA 4Y43A 2IRZA 3WB4A 4K4PA 2NR6A 4AA9A 1B11A 2XFIA 3PBZA 2QI6A 3BVAA 4EQ0A 3LZVA 1TCWA 1K6PA 3UFNA 3FNUA 4FLGA 5P46A 1XL5A 1EPRE 3WZ6A 2OHKA 1TCXA 2QNPA 3CKPA 5P8QA 5P1OA 5KQYA 1MERA 3EKVA 1FKNA 1EC0A 5P1HA 5P50A 5OYZA 1HTFA 2AOFA 4DJOA 5P1UA 3C9XA 3NWXA 5P2SA 1QS8A 1SMRA 2XFJA 2O40A 5P6KA 5HTZA 5P4EA 5IVSA 3UDJA 2I4DA 1T3RA 3BUHA 4CPSA 5P8RA 2H6SA 3BUGA 2F8GA 5OZNA 5P54A 1RQ9A 2BKTA 3UDKA 3WSJA 4TRZA 5IS4A 5HE5A 2RSPA 1ODYA 4CPTA 4Y5LA 5P1TA 2HB4A 4EJ8A 5P61A 5OZ4A 5P15A 5P6PA 4GJAA 5P1GA 1SDTA 3T7QA 1A30A 4NJUA 1IBQA 2I4WA 3VEUA 4Y5GA 3K4VA 4YDGA 1BDRA 1HSGA 5P28A 1UH7A 3O9CA 1OHRA 3KFPA 2QMDA 4OBDA 4ACXA 1TSQA 2QHYA 2QZWA 5P1CA 4WY6A 5P6GA 2QD6A 5P5VA 5P7JA 5P03A 5P7FA 3EL1A 5P4IA 2NXDA 4EQJA 3CICA 5P7TA 5C9FA 1OEXA 5P6IA 2P3AA 2ZHTA 1SIPA 3QRSA 1DMPA 1LF3A 4S1GA 3HAUA 4D89A 3SM1A 3UQRA 1EBWA 3SPKA 4Y51A 5UPJA 5KOQA 3FX5A 2ZGAA 3OK9A 4B78A 5OZGA 3EMYA 4WTUA 1HRNA 4FSLA 5P8TA 5COPA 5EZXA 4QJ7A 1MSNA 2QHCA 2ZJIA 1LV1A 5P0WA 4LXAA 2WF0A 4YCKA 5P66A 3UCBA 3L5DA 3OUDB 1QDMA 2I0AA 3N3IA 1E5OE 1EC3A 5P1IA 5P07A 5P3LA 3ZKSA 1ZAPA 1HVHA 5P01A 3KMXA 2A4FA 5OZMA 3UPJA 1HVCA 2AOIA 1K2BA 5P3XA 4J0VA 2XFKA 5DR7A 1MSMA 4OBHA 1MTBA 1AM5A 5BWYA 5P16A 5OZSA 3UQXA 4L7GA 1NSOA 3RSXA 1OD1A 5P8OA 4Y6MA 2Q54A 3L5BA 4E43A 1SIVA 1BDQA 1HVIA 5P6WA 5P4AA 4A4QA 5P20A 5CONA 2QI4A 1HXWA 3ZL7A 4EP2A 2PWCA 2BQVA 3SLZA 3OU3A 2ZJMA 3S43B 2FDDA 4BFDA 5IVQA 1NPAA 5P1AA 5BRYA 1OEWA 2ZJNA 3DOXA 3D1XA 4EJLA 5HE7A 3PHVA 3EC0A 1K6CA 3QROA 5P8DA 5P89A 4TVHA 3IVIA 4YOAA 2V12C 1A8KA 2F3EA 1EC2A 1FIVA 4ZSPA 3MWSA 3S7LA 5OZYA 1SDVA 2HS2A 5P77A 4NJVA 5P3FA 5P33A 4DV9A 4Y45A 3EL5A 3KN0A 5IE1A 4OBFA 3BXSA 4Y5PA 3NLSA 2ER0E 5P8KA 1AVFA 3O9LA 3B80A 2IENA 2NMZA 2OHTA 1LZQA 5P81A 5OZ3A 1HTEA 5E5KA 5OZJA 5KOSA 4I0ZA 1N49A 4Y3LA 4EYRA 1AJVA 5P79A 2WF4A 4D85A 3NUJA 5OYWA 1FMXA 4YBIA 4R91A 2O4LA 5SY2A 5OZZA 5OZXA 1B6MA 3RSVA 3ZPTA 5P29A 5P78A 2Q63A 5P7DA 5P2YA 2CENA 3NU3A 1B6KA 2Q55A 5P68A 3Q5HA 5P3AA 3IVHA 5AH8A 5P4VA 5P5CA 3TLHA 3O9BA 3PI0A 3WZ8A 2B8LA 2G22A 3L38A 5P5OA 1KJFA 5OZ8A 3RU1A 2V11C 2ER9E 2B60A 3VF7A 4YD4A 3LZUA 1SDUA 4J17A 1FQ4A 4Y5EA 2O4KA 3VLBA 4Y3EA 5DR8A 3LIYA 3OAGA 1GNNA 1B5FB 2AVSA 2HAHA 4Y4GA 4FGXA 5COKA 5P2CA 2P3CA 1HXBA 1ODWA 5ISJA 2IEOA 2J9JA 4QGIA 5OZQA 1T6GA 5P1SA 4I0JA 5P6HA 2F81A 5P58A 5P1RA 4CKUA 5P4QA 5OYQA 5P5JA 4XKXA 4J0TA 4APEA 5P3WA 4DFGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QD7 A;  2FNS A;  5P0R A;  4NJT A;  4TVG A;  3NYG A;  3KF0 A;  3TOH A;  5TOL A;  1HIV A;  3LIN A;  5HVP A;  1ZTZ A;  2OHQ A;  5OZP A;  4LBT A;  1LYB B;  1PSA A;  4Y4J A;  5P0I A;  3L5C A;  5P36 A;  3T11 A;  5P6M A;  4HEG A;  1YM4 A;  4I0I A;  3O9I A;  1A8G A;  5B18 A;  2AZB A;  5P0B A;  4Y4A A;  3LZY A;  3LZS A;  3EKX A;  3PWW A;  3QI1 A;  4FAF A;  4KUP A;  2QI3 A;  3OOT A;  2HIZ A;  5OYR A;  5P4Y A;  3F9Q A;  1FQ5 A;  1HIH A;  2WEA A;  2Q15 A;  3JVW A;  4F73 A;  5IVR A;  4DJX A;  2QI1 A;  4Y56 A;  5P2H A;  2I0D A;  4NPU A;  4J55 A;  3OAD A;  3NWQ A;  5JG1 A;  4GB2 A;  3ZKI A;  1FFI C;  4Y5A A;  1BV9 A;  2I1A A;  1IZD A;  1W5X A;  4EXG A;  5OZR A;  1SME A;  2I4X A;  2HS1 A;  3K5C A;  3R2F A;  1TW7 A;  1W5W A;  3SA6 A;  3I2L A;  3MXE A;  9HVP A;  2FGU A;  3PSU A;  4Y50 A;  5DR1 A;  3ZKN A;  4Y36 A;  1YTI A;  2VKM A;  1DP5 A;  5P4U A;  2Q3K A;  5P4O A;  4L7H A;  4NJS A;  3TPP A;  3EL4 A;  5P0C A;  1B6J A;  4YCT A;  1WBM A;  4FL8 A;  2QP8 A;  5P2T A;  5P88 A;  4OD9 B;  5P0U A;  1EC1 A;  2ZHU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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