4DVFA

Crystal structure of bace1 with its inhibitor
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
388
structure length
374
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVESQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Cyanobacterial Peptides as a Prototype for the Design of Potent beta-Secretase Inhibitors and the Development of Selective Chemical Probes for Other Aspartic Proteases
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 94
structure length 374
sequence length 388
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-02-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dvfA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4dvfA02
4Y3HA 4Y44A 5DQ2A 2QD8A 2Q64A 5OYRA 4J1CA 2BJUA 4Q1NA 2AZ9A 2QP8A 5P4SA 3T6IA 5OYWA 1C6YA 1HVIA 1HHPA 2BPYA 2OHLA 5KAOA 3UTLA 2B7FA 4B1CA 3NU9A 5P6SA 3DCRA 5P3WA 3SO9A 4E43A 2V16C 3TPJA 4A4QA 1HTRB 4EHCA 1VIJA 2VA7A 5P7YA 3EKYA 5P4VA 1KJHA 5P5BA 5P2JA 1MT8A 5P80A 2PQZA 1ZAPA 5P5VA 4J0PA 2WHHA 5P5RA 3C9XA 1SDUA 2V13A 4Q1YA 1APWE 1EPPE 4RROA 5IS4A 3I25A 1C6ZA 3H5BA 3CKRA 4U7VA 2HB3A 5P04A 2JJIA 5P6KA 5P4ZA 5OZUA 2QI7A 2H6TA 2AVVA 2R8NA 4FSLA 2ZJKA 5OZKA 4FAFA 5P0DA 5OZ9A 5P41A 2WF2A 3U71A 1GVVA 1TCXA 1HPXA 2NMZA 5P2WA 5P3RA 2PH8A 4GMIA 3GGVA 1HPVA 1FFIC 5P2SA 3B7VA 3RU1A 4Y3JA 3OAGA 2FGUA 2VA5A 5P20A 1FQ7A 2QMPA 3OTYA 1SMEA 4EQ0A 5TOLA 4MC6A 4CPXA 5HU1A 3PLLA 5P4YA 3PSYA 2Q15A 5P60A 3CMSA 3FNSA 3O9LA 3SA8A 3DV1A 3IN4A 5P6QA 2P3DA 4FIVA 1UH8A 2NXDA 4DJPA 5P1AA 1A8KA 5DR0A 1LF4A 1B5FA 1FEJC 5P7HA 4B77A 3TKWA 2ZJLA 3IVIA 3NXNA 5DR7A 2JE4A 1HIIA 5P1PA 2G22A 4R5NA 1EEDP 1C6XA 4I0EA 4J17A 5I3WA 3CKTA 2PK6A 3QVIA 2UY0A 2ZHRA 5P8AA 3QS1A 3AUPA 4JOOA 5AH6A 5P77A 3VV7A 4Q1WA 5P0LA 2VJ7A 5P1BA 3KA2A 1MESA 3DUYA 5P87A 3VLAA 2OHNA 4I0FA 5OZ0A 4DVFA 1XE6A 5P1ZA 5P1SA 1KJFA 4XKXA 4L7HA 4FL8A 3NU6A 2PSUA 5OZWA 2QHCA 1D4LA 5ISKA 2FNSA 5P2GA 3LNKA 5P6PA 5SXNA 4Y37A 2I4DA 3N3IA 2PYMA 2PH6A 4GJ7A 1LYWA 5P7FA 2R38A 5OZXA 3GI0A 5P4IA 3PHVA 3IXKA 3RSXA 4Y48A 2QI0A 4ACUA 3RTHA 3I8WA 3Q70A 4LXMA 5P8VA 2F3EA 5P3KA 1ENTE 3VYDA 3T7QA 3BUFA 4Z4XA 4Y5AA 4HE9A 5P12A 4RVXA 4D83A 3B80A 4Y39A 5DQCA 5P5LA 5P15A 2JYSA 3R2FA 2QHYA 4Y54A 5P37A 1XS7D 5OZYA 3VEUA 2AQUA 1MEUA 1NH0A 1NPAA 1HXBA 5OZIA 3HAWA 1IZIA 5JFPA 3QBFA 5AHBA 5P7NA 5P17A 1QBTA 1XN2A 5P4RA 1G2KA 4Y4XA 3IXOA 3BGCA 4DJRA 2ZJJA 3LPJA 1PFZA 2P83A 3OXCA 3UQUA 4NJSA 5P2TA 3GW5A 2NNPA 4JPCA 1M0BA 5P4FA 2HC0A 5OZ4A 1CPIA 3A2OA 2AOFA 4Y5EA 5P5WA 3L38A 5P42A 4FCOA 1BV9A 4CPSA 3PMYA 5P7QA 4RCEA 3O9AA 1K6VA 2IKOA 5P1GA 5P7RA 3UDRA 4APEA 3QROA 4Y5NA 4Y35A 5P7PA 5P49A 5KR1A 4Y50A 4Y3EA 5P1DA 1HVKA 5P1OA 5ENKA 3UDQA 5P54A 1FMUA 3SPKA 3NU5A 4DI2A 2G69A 2QI6A 4YDGA 4HA5A 3PLDA 3SKGA 5P22A 3G6ZA 1DIFA 2OF0A 1LZQA 4QJAA 5OYTA 3KF0A 1OEXA 5P3QA 3NWXA 3VCMA 5IVQA 2WEAA 1YX9A 1ODXA 1FQXA 2BQVA 2I0DA 3UDHA 5P7EA 1YG9A 4ZPFA 1MTBA 1WBKA 3OQKA 3UHLA 2FLEA 2HS2A 5P2RA 5P8DA 3PSUA 4RVIA 3ZKSA 3VF3A 1QBRA 4J1IA 4Y3SA 4DFGA 1FG6C 1HVSA 2WEDA 1B6PA 1FQ4A 2F3FA 2HB2A 4DQGA 5P31A 1W6IA 3TKGA 2P3AA 5P4OA 3FNUA 1T6EX 5P61A 1GVTA 5P4UA 4Y5GA 4NJVA 2XYFA 5AH7A 4YE3A 3SQFA 6APRE 1N49A 4R95A 3ER3E 1GNNA 1CZIE 5P2AA 3SA4A 3DJKA 5P89A 2ER0E 5P8JA 2XFJA 4J5JA 3VSXA 4Y43A 5P05A 1NPVA 3NWQA 4EQJA 3D20A 3HW1A 2F8GA 5P44A 3OAGB 3TH9A 1HEFE 4Y3GA 2PSGA 5P8HA 2HS1A 5DR1A 5P4XA 3URJA 2IENA 4TVGA 2AZBA 3WSJA 5P3PA 2AOHA 2ZHUA 1GNOA 2QD6A 1HTFA 3O9LB 3DV5A 3EM4A 5P40A 3ZKNA 5P3NA 1EC2A 1MPPA 1RQ9A 4OBKA 1NPWA 1HVLA 5P43A 5P24A 5HVPA 5P82A 3LPIA 1B5FB 1FMXA 4R92A 4Y3MA 4Y5PA 5P6IA 5P8RA 5P81A 3LZYA 4RLDA 5B18A 4OBDA 3FNTA 1AAQA 4ZSQA 3BHEA 4L7GA 4FGXA 3S43A 5P5PA 4YD4A 5P09A 4AUCA 4S1GA 4YD7A 2JXRA 1M43A 3SFCA 5P0EA 2I4XA 1AJXA 4H3FA 5P8TA 4J1EA 4Z22A 5P06A 4Y41A 3O9IA 3QN8A 4ER1E 2R5PA 3O9GA 5KQFA 3SABA 3OUBA 3Q6YA 3ZL7A 3EL0A 1ZPAA 2QD7A 4Y4TA 1OEWA 1LYWB 3NUOA 2NMYA 4LXKA 4TRZA 5P76A 5KOQA 5P2OA 4YOBA 4PZWA 3CKPA 4DQCA 5OZ1A 4R91A 5P0OA 5P3XA 2G1NA 1Z1RA 2PWRA 3VV8A 5AH9A 3S85A 1OD1A 2Q54A 5P33A 3INDA 2QZKA 3VFAA 2RSPA 5P51A 4Y56A 3RTNA 5P83A 3PI5A 2BBBA 3DK1A 5ER1E 5P1UA 1QBSA 3TLHA 2G1RA 4EJLA 4NPUA 3HZCA 3EL4A 5DQ1A 5P4BA 4FM8A 3FSMA 1APTE 5HU0A 2APRA 3ZLQA 3TOFA 2G20A 5P5KA 4Y47A 4F73A 3GI4A 2I0AA 3ZPSA 3SA5A 1SBGA 3L59A 5P39A 4Y3AA 6FIVA 5OZDA 2RENA 5P5EA 2AZ8A 3U7SA 5P1RA 1IDAA 5P4AA 3QPJA 4CP7A 4PHVA 2G1SA 5P25A 2ZGAA 1IVPA 1ME6A 3KYRA 3VYFA 5C9FA 4U8WA 5P45A 2G24A 4YD5A 2B8LA 2QK5A 4RRNA 5P3YA 4J1KA 4GJAA 2VJ6A 5P3CA 4OBGA 5P6JA 4Y5MA 4YCTA 5P6MA 3NU4A 3OU4A 3SM1A 1MUIA 3NXEA 3APRE 5IVRA 3PCZA 3L58A 1HVHA 4I0HA 4J1HA 7UPJA 5SZ9A 2R9BA 2F80A 3EC0A 1RL8A 3Q5HA 1HWRA 3VYEA 3QRMA 2ASIA 5P5QA 3EBZA 2Q11A 4TRWA 3VG1A 2AVQA 2V0ZC 1HTEA 1A8GA 5P0SA 3L5DA 4L7JA 5P6LA 1UH9A 4R93A 4J0TA 4D88A 1LYAA 2NXLA 3I2LA 5EZXA 3BC4A 1M4HA 5P64A 3KN0A 5P4DA 2IGXA 3TNEA 3PCWA 3MWSA 4QGIA 5I70A 3K4VC 5OYXA 5P6YA 3KFNA 5HDUA 1SIVA 2VNMA 2OAHA 2QZXA 5P08A 4X7IA 4A6CA 2P4JA 1EPOE 1ZLFA 1T7IA 4Y51A 2XFIA 1SDVA 2F3KA 1F34A 3S54A 1TSUA 3KFSA 5P5UA 5P8LA 3BXSA 3INEA 4H3IA 2QI1A 4IVSA 5P3FA 1YM2A 4B1DA 5P0RA 1D4YA 5OZQA 5P46A 4FRSA 2ZJIA 2SAMA 4L6BA 1PPME 4U7QA 4KE0A 3SA3A 2J9JB 3D1YA 4KB9A 5P5NA 5OZ8A 3KMXA 1B6LA 3QVCA 4B05A 3LIZA 1PPLE 5P5MA 3O9FA 3OXWA 2IEOA 5P4KA 1SGZA 5P2HA 5E5JA 1SDTA 3L5FA 5P8IA 4LHHA 4M8XA 5ENMA 2BKSA 2H6SA 2ZYEA 5ER2E 4EPJA 3EL1A 5JG1A 5P3BA 4RGHA 3Q3TA 4WY6A 5OZRA 2P3CA 2HPEA 4DJOA 4J1FA 3S56A 3WB5A 1EBYA 3OHFA 5COKA 5HDZA 5P4WA 5P5TA 2I4UA 3VF7A 4NJUA 5DPZA 3INFA 5P6XA 3T7PA 5OZ3A 3OGPA 3KFRA 5AGZA 2VS2A 3OXVA 4ER4E 5P55A 3S43B 5P0PA 3O9CA 3CIDA 5J25A 3BVAA 2B7ZA 4QJ8A 3PBZA 1HIHA 1NSOA 1W50A 1XL2A 2IQGA 2OHQA 1XN3A 4GJDA 3UDYA 3VFBA 2WF1A 2AVOA 2UPJA 2QHZA 5OZBA 5HCOA 3ZKMA 1MT7A 4Q1XA 5P7CA 4CMSA 1LF2A 1LS5A 5P6CA 5DR3A 3OQAA 4I1CA 4XX4A 2BB9A 3AIDA 4I0GA 1TCWA 3PVKA 5P2ZA 2I1AA 2AZCA 1K6CA 5P6NA 3I7EA 1W5VA 2ZE1A 3FV3A 1DMPA 3KFPA 5P7WA 3QRVA 4HEGA 2Q3KA 2NPHA 4EYRA 1LYBA 4CPWA 1BILA 1W51A 5P7LA 2O4NA 1LV1A 5HDXA 3LZVA 4YCYA 5SY3A 2QZLA 3TOGA 1T3RA 5P2DA 4I0ZA 4I8WA 4COEA 1K1TA 1BIMA 5P85A 3OXXA 3NUJA 5P1JA 3UCBA 3MXEA 3O9DA 2QI5A 1TZSA 2ZJNA 2NTRA 1FGCC 4EXHA 3IXJA 5P34A 3HAUA 1ER8E 3QI1A 4Y4UA 5OYSA 5P3HA 5P5FA 4DQEA 1KJ4A 3ZKQA 1IVQA 4Y5BA 5OZ2A 3ZKGA 4EP2A 5P0AA 2ZHSA 5P6TA 1G6LA 1HPOA 4FM7A 3R4BA 4CPUA 5P8SA 1SMRA 3KDBA 5OZJA 3G72A 4FLGA 3UPJA 5KQZA 4FRJA 5P5AA 5P6UA 3SA7A 5P8FA 1MTRA 5P75A 2J9KA 3QBHA 6UPJA 1SGUA 2IS0A 4PYVA 2WEZA 1BAIA 3OU4B 5FIVA 4AA8A 3O9BA 2OHMA 1ZTZA 3EKXA 5P72A 5P7VA 1APUE 2WL0A 4Y38A 1HBVA 3EMYA 1CMSA 2CEMA 4NJTA 3OUDA 5P2CA 5P0MA 1FG8C 1RNEA 5KR8A 4DJXA 4DJVA 4R8YA 4ZEAA 3RVIA 4OD9A 1HPSA 4F75A 3GI6A 3PWWA 1LYAB 3LZSA 3HVGA 5P6FA 4GZFA 4CPQA 5OYYA 1T6GA 2AOCA 5P7AA 3SA9A 4HZTA 4J54A 2FS4A 5C9BA 4GJ9A 3OWNA 2P8HA 2UXZA 2V10C 4Y3LA 5P71A 1D4HA 5P0QA 5P5JA 5P4GA 4DPFA 3EKQA 4K9HA 3OY4A 1BDQA 5P26A 5AHCA 5OZLA 2R43A 3PEPA 5P6EA 2FXDA 4QJ6A 3WB4A 5OZOA 5P47A 2J9JA 4YHQA 3OU1A 1D4IA 1E82E 3K5GA 3MSJA 5P14A 3VLBA 5P3TA 3BGBA 1Z1HA 3PWRA 1EC0A 4B00A 2IRZA 3UFLA 4B78A 3KDCA 4Y3RA 3OQFA 5P8MA 2ER7E 5E5KA 2FDPA 4A6BA 5P3OA 2AOEA 5T4SA 2ANLA 5P8CA 3O9EA 2P3BA 3L5EA 4DH6A 1DPJA 3NYGA 4I0DA 3K1WA 4MC2A 3VF5A 4YD3A 1FKNA 5P6WA 4RZ1A 5I3YA 3S2OA 5P59A 3SAAA 5P0HA 3BVBA 5P03A 1BVEA 3SA6A 3LIYA 2HIZA 4Y4WA 2FIVA 5P6HA 3S7MA 5P3VA 3PSGA 1RV7A 3JVWA 3ZKXA 1Z8CA 3BRAA 1W6HA 5P4CA 1QBUA 3HBOA 1G0VA 5P32A 2B60A 1A30A 1YTJA 5P7OA 4YBFA 2G27A 3INHA 1GVUA 2QMDA 2O40A 1W5XA 4RYCA 4I10A 4K8SA 5P7IA 4BFBA 5JFUA 4DQHA 3NDUA 3MSKA 3R1GB 4L1AA 2ZJMA 5P0KA 5OZPA 5P13A 4Y3XA 4ZSRA 4Y4AA 3GGXA 1TQFA 1F7AA 5P7UA 5P0FA 3FIVA 1FLHA 4B70A 1RPIA 4FE6A 3OUAA 5P0TA 3MXDA 1D4KA 2FGVA 2AODA 2QU3A 1HEGE 5P4JA 2VA6A 5OYQA 2G26A 4RYGA 4EP3A 5P01A 4Y3FA 5P1YA 5P38A 5APRE 3PWMA 2FMBA 3T3CA 3OOTA 5OZNA 3ZPUA 3MSLA 5OZEA 5P36A 5SY2A 4Y4BA 3VV6A 5HDVA 4NKKA 1VIKA 2PSVA 3LINA 3VSWA 2VJ9A 1LYBB 4Y5CA 2G1OA 5P8KA 1EC1A 1ZP8A 3R0YA 4DV9A 5OYZA 3URLA 5EZZA 1PROA 4Y3QA 4YBIA 5P2MA 3M9FA 4APRE 5P1WA 2AOGA 2FNTA 2RKFA 5P74A 5P1LA 3CICA 1BXQA 5P3DA 1FFFC 1QRPE 4B1EA 3EL9A 5P8UA 1TSQA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y3H A;  4Y44 A;  5DQ2 A;  2QD8 A;  2Q64 A;  5OYR A;  4J1C A;  2BJU A;  4Q1N A;  2AZ9 A;  2QP8 A;  5P4S A;  3T6I A;  5OYW A;  1C6Y A;  1HVI A;  1HHP A;  2BPY A;  2OHL A;  5KAO A;  3UTL A;  2B7F A;  4B1C A;  3NU9 A;  5P6S A;  3DCR A;  5P3W A;  3SO9 A;  4E43 A;  2V16 C;  3TPJ A;  4A4Q A;  1HTR B;  4EHC A;  1VIJ A;  2VA7 A;  5P7Y A;  3EKY A;  5P4V A;  1KJH A;  5P5B A;  5P2J A;  1MT8 A;  5P80 A;  2PQZ A;  1ZAP A;  5P5V A;  4J0P A;  2WHH A;  5P5R A;  3C9X A;  1SDU A;  2V13 A;  4Q1Y A;  1APW E;  1EPP E;  4RRO A;  5IS4 A;  3I25 A;  1C6Z A;  3H5B A;  3CKR A;  4U7V A;  2HB3 A;  5P04 A;  2JJI A;  5P6K A;  5P4Z A;  5OZU A;  2QI7 A;  2H6T A;  2AVV A;  2R8N A;  4FSL A;  2ZJK A;  5OZK A;  4FAF A;  5P0D A;  5OZ9 A;  5P41 A;  2WF2 A;  3U71 A;  1GVV A;  1TCX A;  1HPX A;  2NMZ A;  5P2W A;  5P3R A;  2PH8 A;  4GMI A;  3GGV A;  1HPV A;  1FFI C;  5P2S A;  3B7V A;  3RU1 A;  4Y3J A;  3OAG A;  2FGU A;  2VA5 A;  5P20 A;  1FQ7 A;  2QMP A;  3OTY A;  1SME A;  4EQ0 A;  5TOL A;  4MC6 A;  4CPX A;  5HU1 A;  3PLL A;  5P4Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2I4Q A;  1PSN A;  3NLS A;  5P2Q A;  4HLA A;  1HOS A;  4GID A;  2FXE A;  1LF3 A;  5P52 A;  5P2V A;  2VIZ A;  3K5C A;  4ZSP A;  4D8C A;  4BEK A;  1B11 A;  3SLZ A;  5KR0 A;  1FQ8 A;  1SH9 A;  4NPT A;  1QS8 A;  5JOD A;  2PMA A;  2I4W A;  3Q4B A;  1E5O E;  1A94 A;  5P0B A;  1AM5 A;  4XX3 A;  2B8V A;  2V11 C;  4K4P A;  5P6R A;  5P79 A;  4J55 A;  5P4H A;  2HAH A;  4Z2Z A;  3UQR A;  1KJ7 A;  3TPP A;  1EPN E;  5P2N A;  3KDD A;  5P0X A;  5P8P A;  3JW2 A;  2G1Y A;  4H1E A;  5HCT A;  4OBZ A;  5P3I A;  3LIV A;  1OHR A;  4BFD A;  5OZC A;  4Y6M A;  1FQ6 A;  4YDF A;  2ZJH A;  4K4R A;  4JEC A;  5P2E A;  3BUH A;  4TVH A;  4FSE A;  5OYU A;  3WZ7 A;  5P1T A;  5P7J A;  4D89 A;  5I3V A;  3TTP A;  4GJB A;  5P3S A;  4OC6 A;  1GKT A;  1IIQ A;  5P3L A;  3VUC A;  3U6A A;  1MER A;  5P6Z A;  5OZS A;  5P68 A;  5P1I A;  5P6A A;  5P7D A;  5OZF A;  1YTI A;  1GVX A;  2CEN A;  3K4V A;  4CPR A;  5P11 A;  4MC9 A;  4Y5K A;  5P16 A;  1B6M A;  4WY1 A;  1MRW A;  2IGY A;  1HSH A;  2A1E A;  4Y4G A;  5P10 A;  1WKR A;  1D4S A;  1ODY A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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