4DXCA

Crystal structure of the engineered mbp tem-1 fusion protein rg13, c2 space group
Total Genus 202
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
202
sequence length
637
structure length
624
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRRGSRGIIAALGPDGKPSRIVVIYTTGSQATMDERNRQIAEIGASLIKHWGSGGGHPETLVKVKDAEDQLGARVGYIELDLNSGKILESFRPEERFPMMSTFKVLLCGAVLSRIDAGQEQLGRRIHYSQNDLVEYSPVTEKHLTDGMTVRELCSAAITMSDNTAANLLLTTIGGPKELTAFLHNMGDHVTRLDRWEPELNEAIPNDERDTTMPVAMATTLRKLLTGELLTLASRQQLIDWMEADKVAGPLLRSALPSATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Sugar binding protein, hydrolase
source organism Escherichia coli
publication title Structure of an Engineered beta-Lactamase Maltose Binding Protein Fusion Protein: Insights into Heterotropic Allosteric Regulation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein, Beta-lactamase TEM chim
total genus 202
structure length 624
sequence length 637
ec nomenclature ec 3.5.2.6: Beta-lactamase.
pdb deposition date 2012-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
A PF13354 Beta-lactamase2 Beta-lactamase enzyme family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4dxcA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4dxcA01
3.40.710.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Beta-lactamase DD-peptidase/beta-lactamase superfamily 4dxcA03
3VP0A 3HUOA 2F34A 2OSUA 2RCXA 2ZC4B 5CTMA 2P9VA 4BDMA 3FASA 1LL9A 3QXMA 2QS2A 2RCAA 3G2YA 1EZ9A 4EXLA 1BLPA 4QFNA 4S2IA 1M5DA 3S9LC 3PUWE 3VE1B 5H8NA 4IGRA 4WZ4A 1ESUA 4YB7A 1D9VA 3S4UA 3TFLA 3FVOA 3G3FA 4HS7A 4ZEFA 4HTGA 3BRMA 3B7DA 3RJUA 3NDEA 1EI5A 1BP5A 4P0GA 3UE3A 1MY8A 3OMBA 2IWBA 3GQZA 2WAFA 1CI9A 5M19A 3R6UA 4OEUA 3T93B 5EE8A 5IKBA 1YMXA 1XP4A 4YKPA 4E3KA 2VD2A 3ONMA 3PUVE 3N8RA 4R23A 3VMAA 1HD8A 3KGCA 3K6VA 3SS4A 3K4UA 2C5WB 3G4PA 1LI9A 3OXNA 3PMXA 1IELA 2PYYA 4UA9A 1FQEA 1NFTA 1LB8A 5BWJA 2X7PA 4RA7A 3PPRA 4ZZEA 5KSCA 1E4DA 3OSQA 1RYOA 1YAEA 5GLAA 3PBSA 4YFMA 5B7DA 4K3FA 3OCNA 3VP4A 3PGFA 4LUBA 4F18A 4PETA 3AGDA 2DOJA 2P1SA 1HZOA 3FJ7A 3IB0A 4ZECA 3TMGA 2EX2A 3G35A 2Y2LA 3H7MA 3Q7VA 1IYPA 1HSLA 5A91A 3CIJA 4NWCA 2O51A 5I56B 1O07A 5CI5A 2YJPA 1M5EA 2QL3A 3RN8A 1DSNA 3QNBA 5AQ7A 2ZQ8A 3WWXA 1IXGA 2HP9A 4LV0A 3KSJA 1MPLA 4P11A 3MAMA 4GIZA 4U4SA 2P2AA 3ZHHA 3ZSFA 5FAQA 1WYBA 1MM7A 2I0BA 5EVIA 2ZQCA 4OP5A 1ESIA 5EECA 1UTBA 3IAZA 2Z2LB 1GHMA 1SW5A 4RX3A 3SH7A 5CMCA 3MW0A 1P1WA 2HDSA 4KZ6A 5E2HA 5FQQA 1US5A 2OBGA 5BUUA 3UN7A 3IF6C 5ITPA 3PPQA 1NH7A 1SW1A 4XXUA 1PW8A 3ILUB 3TTMA 3OCLA 2V20A 1O63A 4QFOA 1I5QA 4EDPA 1JVXA 2NVUB 3UPOA 1VR5A 2A3UA 3QIMA 4DE3A 2ESNA 3BLSA 1B3LA 5E43A 4JXGA 1ZG6A 1ZMGA 4R9FA 2ZXTA 4GL0A 2HEUA 1IYSA 3IX1A 3SETA 4GL8A 1K56A 1OVBA 3UE1A 4QSCA 1MKIA 2Y7WA 2HCAA 2V3UA 3TDJA 3DW0A 3MZBA 1CI8A 1ATGA 4G77A 3PPOA 3RGYA 1B7HA 2I4BA 4MLQA 4F1YA 3WS1A 3ZKLA 3WS0A 1IIWA 4G68C 3OO6A 1XC1A 3MKFA 1VSOA 2G2UA 1ES4A 1TVFA 2I72A 5F7VA 1MXVA 1KE0A 1FQCA 1A7LA 3QYTA 1IYQA 3LR1A 1K54A 1AL3A 4KQPA 4KFQA 3OSRA 4XKRA 5CRYA 2VD3A 4JWYA 1SI0A 1IUDA 1PB8A 3GRJA 3D4CA 2XX8A 3VLVA 3ODBA 3K0VA 4OERA 5CBSA 3W4OA 1NNPA 1PI4A 3GTCA 4N9LA 4FJPA 4OESA 4G8HA 4NEDA 2R9JA 2BLSA 3UDFA 3U92A 1M5BA 3GV9A 3IORA 1NNFA 2ZQAA 3I3VA 1L2SA 1A8FA 3CMZA 3KJTA 2HZLA 2WGWB 1U60A 3MVZA 3LUYA 1SDNA 3MBPA 4RK2A 5FQ9A 4F3PA 2ZM2A 1B4HA 3JZJA 4KZAA 3RT8A 3KG2A 4NF6A 5CMKA 3LSWA 2DE4A 2RKMA 4F3BA 1YLYA 1PB7A 3SH9A 1NRFA 3A3UA 3S9NC 3Q25A 3U8QA 1FSWA 4S2PA 2ZNSA 3TPAA 4KPTA 2ZQ7A 1VM1A 3N8LA 5TPAB 2XD2A 5EOEA 4OP8A 2ZM8A 3FWLA 1IITA 1YLJA 4RK9A 4FIMA 3UIFA 4OPQA 4ID4A 3M8UA 4OOYA 4S2NA 2PVUA 2PU2A 2A5TA 2PT2A 4LENA 1JWZA 1B1HA 2Y7KA 2HP6A 2IWCA 1Y3NA 4K0XA 1Y20A 2UVGA 3FYZA 1CEGA 4AQ4A 3IF5A 1MY0A 2DQVA 2ZC6B 1M5CA 2PMSA 5KSHA 2DE3A 1MY4A 3CFZA 3PV0E 4X56A 4YKKA 3IXHA 2F97A 3PUYE 3L6HA 1NMUA 3FXRA 1GHIA 5CHMA 1NNTA 1ES5A 4JBZA 4NMYA 3F11A 1XPBA 4S2OA 4KG6A 4JB7A 4OOMA 2OLBA 5CXWA 5L9SA 1W7FA 3G3KA 4HCWA 4DCYA 5HAPA 2WKEA 1FQDA 1PWDA 4PFYA 4KQQA 2DCFA 5F1FA 4C1UA 1YTVA 3RY3A 4MLVA 3NBLA 1QJMA 4RY1A 3FKWA 4OVJA 4OLGA 1LB9A 1I2WA 1J9MA 4GQOA 5I58B 2G93A 1JW4A 3T22A 2XFTA 1B51A 1PI5A 2Y2QA 3LY3A 1O64A 1MQHA 4NF8B 3RTFB 4GOTA 2F7CA 5IHVA 1FW0A 3OPHA 4IO7A 1P1OA 2PU4A 2ONSA 1GCEA 2EFUA 1RYXA 2O69A 2Z8EA 5EVID 4UACA 4ZE8A 4C6YA 5H8HA 2F7BA 5DF8A 1OMPA 4Z9QA 4RA1A 3IF6B 1AMFA 4ZE9A 4RXLA 1ZBMA 1G68A 2XGNA 1BULA 3MPKA 4WZ5C 2QS4A 4F29A 4GXSB 1LCTA 4JXIA 1OQHA 4U0TA 4OZ9A 1FOFA 4N1HA 3MVWA 3MFDA 2Q9NA 4KI0E 1XKZA 3GMWA 3RQTA 2D21A 5I57B 5I2NA 4WKMA 2DWIA 1N0TA 4IO4A 1L0EA 2Y7RA 3MVXA 4DXBA 1PYYA 2GRVA 4JPMA 5L8DA 3CJMA 3S1YA 2D3IA 4U21A 4ZEIA 5FAOA 2Z22A 5TU0A 1K6SA 1JNFA 1G6AA 4XKNA 3O87A 2I58A 1IKGA 3QHYA 3SEYA 4O3BA 1K56D 1RP5A 2Y2JA 3G2ZA 4OMBA 5AA4A 5CMMA 3S9MC 1K25A 3N6TA 2THIA 3BYDA 5JYOA 3O6IA 4YU0A 3IXDA 4H67A 4BD1A 4KZ8A 5HAQA 3WAEA 4Q5TA 3I5OA 3NDGA 4FATA 4QU3A 3E2KA 2XXHA 2XR0A 5CRFA 5FI2A 4Y7PA 3ZG5A 4HCYA 4MFIA 2NWJA 3WRTA 4O3CA 3EHTA 4FEBA 1A99A 4ISUA 4F2QA 1NKXA 1AXBA 4NF5A 1YCJA 5M18A 4HESA 5DYHA 4UA7A 3W9VA 2H10A 1ERMA 2F6GA 4YICA 3CI8A 1N7WA 4ESXA 4IB2A 1K55C 5FI7A 1VFEA 3PBRA 2VHAA 4QF9A 1LHYA 4LV3A 1JVYA 4OEVA 2HP5A 4N9KA 4X53A 3N6IA 2RCBA 4U2RA 5I59A 3K01A 3JV9A 2AL5A 5M2VA 1N9BA 5TFQA 3OEMA 5BOHA 3CVGA 3BEBA 5CEBA 1BLCA 3FUZA 3IK6B 3GXAA 1B52A 1QVSA 4UAAA 4B88A 1FR6A 1GA0A 1UTHB 3MJNA 4WEJA 3IHBA 1TFAA 5AQ9A 2XXYA 5FQMA 3N5LA 1FTMA 3TTRA 3W8KA 1PBQA 1BSGA 5H8QA 4E3LA 3FVGA 2VP1A 1NZUA 3KFMA 4EXKA 1W5DA 3OC2A 3P7IA 2I3VA 3ZG7B 1BLHA 1FQAA 3O66A 4OQOA 1MG1A 4N92A 2GHBA 3LSLA 2V93A 4Z7EA 2D5WA 3WS4A 3K1PA 1W79A 5EOOA 5GLDA 3KEIA 3IO6A 4OPYA 1ZC2A 3P09A 1QMFA 3TCHA 1LFIA 2O6AA 5TP9A 4ELPA 1MY3A 1SD3A 3QK6A 1YPNA 3FJGA 1NZOA 1SW4A 4E6WA 4QSDA 2J9PA 3TTNA 3LY4A 3FD3A 4IY5A 1PWGA 3SEUA 5DEXB 5CECA 5GHYA 2NXOA 1GR2A 3M6BA 1MXYA 2EFXA 1KWHA 5FQKA 4KCCA 4BENA 1I6BA 4WEDA 3IT9A 1FTOA 3UO9A 3RPWA 3DELB 4DXUA 5HAIA 1USYH 3V5MA 4ELQA 1ZU0A 3N7WA 2IWDA 5FTHA 1TXFA 2Q9TA 2P74A 4BDLA 3UK4A 4EQ9A 4ZEDA 1KDSA 3H4ZA 3M2JA 3MZ9A 4F1UA 1YT4A 3K00A 5ISUA 2WGIA 3S2VA 3FXUA 1B46A 5AA2A 4XXRA 4U22A 3VLWA 4WMCA 3V50A 1B3HA 5H8FB 4KQRA 3ZCZA 1MXUA 3VVFA 3T9UA 4G2ZA 5HX9A 4YMBA 5JTYB 2UVIA 4E0WA 1Y1ZA 1N7XA 3NY4A 4LVQA 1DTZA 1TDGA 3O2AA 3U1OA 2XD3A 3TCFA 1ZIUA 1SI1A 3ZG0A 3IH9A 5GLBA 3U94A 5KCJA 4OQGA 4U3TA 1LLSA 2OLVA 3D4FA 1Y3PA 4OQIA 3VP1A 1KE3A 2I48A 1MY1A 3BLMA 1II5A 4RYEA 3LO7A 1QKBA 2H0YA 4TLMB 3PUXE 4LCLA 3H3GA 4QFLA 1NXYA 2KLFA 1PW1A 5E2EA 4E3OA 3FVKA 4MLLA 1XGJA 5FQJA 3V3RA 1YM1A 2XEPA 3LBSA 2V3TA 2OLUA 2HDUA 3IWOA 4R2FA 2E8IA 3OOAA 3SOIA 3O6GA 4DE1A 4E0XA 4JBFA 3VDFA 1PB9A 2HAVA 3CG5A 4X69A 2H98A 4JKTA 3K1MA 3TTLA 3W4PA 4R0QA 2AYSA 1IQ7A 2Q89A 3GVBA 3C34A 4KR5A 3GLBA 1SQYA 2OCUA 5EVIC 5ELVA 4OVDA 4DE0A 1Y3QA 3C4MA 2ZM0A 4OKPA 3FXQA 3H03A 3ZG9B 1WODA 3A3DA 3GZGA 2QS1A 4B4XA 1HTZA 4BJPA 4PQJA 1WVJA 4FECA 1SCWA 1PBPA 3QUJA 3VSLA 4QHCA 1VQQA 3UA8A 2O1LA 2WUQA 3HVFA 4X6TA 2F78A 3WS5A 1PDAA 4GWOA 1ZLQA 3KN8A 1SYHA 4K91A 3JYRA 2Z2MB 5EUAA 4EV4A 1LAFE 4MH5A 1PEBA 4M4GA 4QSEA 4ZAMA 1MH3A 5JK4A 1LBCA 3RXXA 3HBRA 3AGEA 3N4IA 1RCJA 2XLNA 3PBQA 1D4NA 3A3FA 4R3BA 2ZNUA 2XXRA 1JTDA 4PPRA 4WELA 4PFWA 4P6BA 3FATA 1S6RA 4R6KA 1Y4TA 3UE0A 2ZYMA 3HLCA 3JYIA 3G30A 3PAGA 3E2LA 4HEFA 3K02A 1USYE 1S0WA 1K54C 3HREA 1IKIA 4UA8A 1MWSA 1XXMA 4P85A 4S2JA 2JE5A 4KG2A 2DVCA 3IH8A 4U1ZA 5CTNA 4ZJ3A 3UPPA 1SYIA 3H06B 2DYXA 1F9BA 5A92A 3KN7A 3IXBA 3LC8A 2H5SA 3M6HA 1B32A 5L2FA 4R75A 2DXYA 3B6WA 3PU5A 3TELA 2Y59A 1TEMA 2IA4A 4B4ZA 3HSTA 4H8IA 4N07A 2E1SA 3EQVA 3ZNTA 4GF8A 5KZTA 3MWBA 3HCQA 1JVJA 1PIOA 5AE4A 2HDRA 2Y7PA 4X55A 1CB6A 2UXAA 4BDNA 3IHAA 1TFDA 3FKVA 2P9VB 4G68A 1B5JA 4DDYA 3FJMA 3IJXB 2HDQA 1MQDA 4XKQA 3CSBA 2XK1A 5H8NB 5ITOA 3RLFE 5EHMA 4BL3A 3KBRA 3FV2A 1K6RA 5HPQA 3T9XB 1O7EA 4DDDA 2UVHA 4U1OA 4ZBEA 1MPCA 4KG5A 4F31B 3KOSA 4C0RA 5H8SA 1B7ZA 1ZJLA 3O3VA 2OK2A 4NF4A 2F36A 2JC7A 5AA2D 2WKHA 2PBWA 4S2NC 5HW3A 4WMCD 3A3JA 2VGQA 2WK0A 2Y2OA 2ZC3B 4KCDA 1DJBA 3V5AA 1ANFA 3UPNA 4ZDMA 4LQ5A 3C35A 4NE4A 4G8MA 3ZDJA 3FV7A 1OQGA 4EQBA 1BLSA 4PP0A 1MWRA 4IO3A 3NI9A 4GD5A 2C6WB 3OPLA 1P1NA 4GKUA 4PM6A 3MKEA 2HAUA 4P0MA 2O7IA 5D3OA 2CZLA 4JF6A 1UIUA 3D4GA 4YB6A 4U23A 3L6GA 3GBAA 3MZDA 1DJCA 2Y2GA 4OENA 4H5GA 2GH9A 4IO2A 3GSGA 2J7VA 3IB1A 4Q8IA 1N76A 1S50A 3Q7VB 4EBLA 1LFHA 3VVDA 3T9HB 3C32A 1Z7ME 4ZJ2A 1K4FA 5DTSA 5KDTA 1BIYA 4ND9A 5I2KA 1MXXA 1LL5A 2F6PA 1XT8A 4ZZAA 4DIGA 1PC3A 1JWPA 1NL5A 3EF7A 1K38A 4BDRA 3LSXA 4ZJ1A 1K57A 1GGGA 4Q0CA 1LBBA 4QFPA 1H8YA 4F39A 5EVIB 4R9GA 2QJEA 1UTBB 5EPHA 2FFYA 4IO5A 2WADA 4M3KA 5F83A 3VOZA 2XD5A 4LCMA 2Y2KA 3DP8A 3FV1A 4KZ9A 1GVCA 1I2SA 2GHAA 4LATA 5A5XA 3PPNA 2REJA 4YKIA 2CMOA 4GFRA 4XKPA 5K2XA 2DS9A 1BLFA 1WDNA 3ILTB 1B0LA 2Y7IA 1EZOA 4DE8A 3MUQA 4QY6A 5LOMA 2BJJX 1IYOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IMC A;  3VP0 A;  3HUO A;  1ZHH B;  2F34 A;  2OSU A;  2RCX A;  3U4L P;  2ZC4 B;  5CTM A;  2P9V A;  4BDM A;  2VT5 A;  3FAS A;  3RPL A;  1LL9 A;  3QXM A;  2QS2 A;  4PDH A;  1IFQ A;  2RCA A;  3G2Y A;  1EZ9 A;  4EXL A;  1BLP A;  4QFN A;  3DBA A;  4S2I A;  4YNR A;  1M5D A;  2XRO A;  3S9L C;  3PUW E;  1NV5 A;  5H8N A;  3VE1 B;  2JKT M;  4IGR A;  4WZ4 A;  1ESU A;  4YB7 A;  3BIG A;  3A0S A;  1D9V A;  3S4U A;  2V1A A;  3TFL A;  3FVO A;  3G3F A;  3OBF A;  4HS7 A;  1LBY A;  4ZEF A;  4HTG A;  3BRM A;  3B7D A;  2PD8 A;  3RJU A;  3NDE A;  1EI5 A;  1BP5 A;  4P0G A;  3UE3 A;  1MY8 A;  3OMB A;  5I3S A;  2IWB A;  2QVR A;  3GQZ A;  2ZZW A;  3B50 A;  2WAF A;  3JVU A;  1CI9 A;  5M19 A;  3R6U A;  4OEU A;  3T93 B;  5EE8 A;  5IKB A;  1YMX A;  1XP4 A;  4JVD A;  4YKP A;  1NLY A;  4E3K A;  4Y5F A;  1ACF A;  5G4Y A;  2VD2 A;  3ONM A;  3PUV E;  3N8R A;  4R23 A;  3VMA A;  1HD8 A;  3KGC A;  3K6V A;  3SS4 A;  3K4U A;  2C5W B;  4YOF A;  3G4P A;  1LI9 A;  3OXN A;  3PMX A;  4HJ6 A;  1IEL A;  2MKZ A;  2PYY A;  3E0Y A;  4UA9 A; 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