4DYGA

Crystal structure of a family gh-19 chitinase from rye seeds in complex with (glcnac)4
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
242
structure length
242
Chain Sequence
SVSSIISHAQFDRMLLHRNDGACQAKGFYTYDAFVAAANAFPGFGATGSTDARKRDVAAFLAQTSHETTGGWATAPDGAFAWGYCFKQERGAAADYCTPSAQWPCAPGKRYYGRGPIQLSHNYNYGPAGRAIGVDLLRNPDLVATDPTVSFKTALWFWMTAQAPKPSSHAVITGKWSPSGADRAAGRAPGFGVITNIINGGLECGHGQDSRVADRIGFYKRYCDILGVGYGDNLDCYNQRPF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Basic endochitinase C
publication title Crystal structure and chitin oligosaccharide-binding mode of a 'loopful' family GH19 chitinase from rye, Secale cereale, seeds
pubmed doi rcsb
source organism Secale cereale
total genus 90
structure length 242
sequence length 242
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date 2012-02-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00182 Glyco_hydro_19 Chitinase class I
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4dygA01
3.30.20.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Endochitinase; domain 2 Endochitinase, domain 2 4dygA02
4PPOA 1NDGC 4H94A 1HEPA 1GWDA 3N9CA 3CB7A 5F14A 4H93A 4B4IA 3WVXA 1GFEA 4H90A 1IR9A 1O23A 2MECA 1QSAA 1IWZA 1LZRA 4IASA 4XYYA 5KY1A 4NGZA 4OOTA 4E3UA 4WLTA 5LA8A 1INUA 1QUTA 4H92A 1NBZC 1LYOA 4RLMA 1DZBX 1OUGA 1LJ4A 2LYOA 3RW8A 1XSFA 3HBHA 1HERA 2D4KA 4WM3A 3WXUA 1IR8A 1UIDA 2H9KA 1FN5A 3CSQA 1OUFA 3AZ7A 5KXRA 4G9SA 4ML7A 1IWVA 4HPEA 4LYBA 5F81A 1HEMA 1LZ4A 3A93A 4LYZA 1NF5A 3CT0A 5LVGA 2MEEA 4HSFA 4WL6A 4GCEA 1IP7A 2NWDX 4G4BA 134LA 1CKHA 2BQEA 2YBHA 1B5UA 3LYOA 1UA6Y 1XGRC 3WL2A 4ETBA 5FHWA 1WQMA 1LZTA 1I20A 1YILA 4NGOA 5LXWA 2D6BA 1AKIA 1GFUA 2Z12A 3J6KA 1CJ9A 1KIPC 4UWUA 1LYYA 1UIEA 2LZ2A 1KXWA 2YBIA 1FLUA 1HF4A 1UIBA 2BQJA 1LZYA 3SP3A 1JKDA 4HV1A 2BQHA 1KXXA 3W3EA 1C43A 3A94A 3QNGA 4LYOA 4OW1A 2F30A 1GF5A 5C6JA 1KIRC 3W6EA 5KXNA 1H6MA 1F0WA 1ZVHL 4X3BA 4HTQA 1IP4A 3WULA 1IOCA 1OUBA 2G4PA 2ZIKA 1LJIA 4RW1A 3TXIA 1EL1A 4RDSA 1NWGA 4HPIA 4NHSA 2LZTA 1GE2A 4YENA 1HENA 1KXYA 2Z39A 1RCMA 2MEAA 4WLYA 4WG7A 2CWIA 1GE0A 4ETEA 4HV2A 4YF2A 133LA 1D9UA 1XGTC 2HEDA 4H91A 1HELA 3WH1A 1ZV5L 1D0MA 1JKCA 2YBLA 1GFVA 5I5QA 3N9EA 4DYGA 2DKVA 4LT2A 1IC7Y 1JWRA 1DKKA 4LT1A 5FEKA 4XJIA 1GF4A 3WU8A 1IP5A 3W6BA 1ALCA 5I4XA 1BQLY 1LZ9A 2HECA 1RI8B 5KXMA 5A3ZA 4CHXA 4BAFA 2W1XA 3A90A 3EO5A 1UUZC 5IELA 2ZYPA 1IX0A 1BWIA 1F10A 2MEHA 4NFVA 5DM9A 1NBYC 4N0JA 1QUSA 1F6RA 1OUDA 9LYZA 4G4CA 1IP6A 3LN2A 5HLLA 5F16A 4H9HA 1D6QA 1IWWA 7LYZA 3A92A 1GXV2 1OP9B 1JKBA 1LHIA 1JSEA 1YAOA 1LSZA 3FE0A 3VWOA 5II3A 2C8PA 2CDSA 2ZNWY 1YQVY 4LYMA 4I8SA 1JISA 4W96A 5EBHA 4IJ4A 5KXSA 1OUEA 1RFPA 153LA 1FBIX 4OWBA 2MEDA 2YBMA 2ZQ4A 4LZTA 3P4ZA 1B7OA 1LHHA 1YROA 5KKJA 3WXTA 3TXJA 4AGAA 3M3UA 1GB9A 1DKJA 1GAYA 1LZ5A 2ZNXY 4WLDA 4PGJB 1CNSA 3WYHA 4J1AA 4H9IA 4HJZA 5C6LA 5I4WA 1GFGA 1XEJA 3EXDA 2Z19A 3B0IA 4NSJA 1BVXA 5HMVA 3T36A 3D3DA 4D9ZA 1GF8A 3A95A 3G3BB 4NSHA 5KXKA 1HEWA 2C8OA 4N1CC 1LJJA 1OQMA 2MEBA 1GDWA 1HMLA 1GPQC 1JIYA 4GN5C 4WL7A 3TMXA 8LYZA 1GB0A 4OOOA 2FYCA 5LVKA 4TWSA 3ZVQB 1LHJA 1B7SA 1G7HC 1LPIA 2BQCA 2Z2FA 4ETDA 4KPMA 3RZ4A 4WM4A 4WG1A 4IATA 3RT5X 4KL7A 4WOAA 1LYZA 1B5XA 1UIGA 4J1BA 4QDNA 3EBAB 1HEOA 2ZYCA 3HFMY 5D5CA 5LYZA 1GB7A 1YKXX 1VFBC 4ZFPA 1B7NA 4NWEA 3ULRA 4NGVA 3A3QA 1LTMA 5K7OA 2DBTA 3OJPA 5IHGA 1SQ2L 1LZAA 2HTXA 1GBSA 1LHKA 3LYTA 1LOZA 2ZWBA 1JTTL 1XGUC 4UWNA 2DQJY 3QE8A 1EQ4A 4L41A 1REYA 2DQIY 4XJGA 4NG8A 3WUMA 3EMSA 4NHTA 1GB3A 1MLCE 2RSCA 2YDGA 3WU9A 4ETCA 1HSWA 1LMQA 1B7PA 4NIJA 1LZSA 2HEAA 4Z3MA 1F6SA 1QQYA 4PJ2C 2LYMA 4LFPA 4QGZA 1E8LA 1REXA 3WUAA 1UIFA 3RNXA 2Z2EA 2D4JA 4CFPA 1G7LC 1IP2A 4UWVA 1GF9A 1GFJA 1MELL 4ZEEA 4CGEA 5F9XA 1T3PA 5F9UA 1NHEA 5A3EA 2N5ZA 4H9AA 2I25L 1BB4A 4XENA 5L3HA 5FSTA 3W6AA 5J7CA 4H9CA 1QDTA 4NGYA 1RJCB 4G4HA 4MSTA 3ATOA 1IC5Y 1UACY 1IP3A 1GBWA 4DD2A 1BVKC 4ZIXA 1GB5A 1LJGA 4DDAA 6LYZA 1LHLA 1IC4Y 4DT3A 1B7LA 4LYCA 1LSMA 5JENB 3F6ZA 3MGWA 5KXOA 1ZVYB 1D0KA 2MEFA 2H5ZA 4OWCA 1VEDA 4H9BA 4TUNA 2ZILA 1J1PY 4GN4A 1GHLA 2GV0A 1LSBA 3TXEA 2A7FA 1B5VA 1REZA 3IJVA 1IWUA 5HNCA 5I4YA 135LA 1FKQA 1B9OA 2IHLA 3A6CY 3FI7A 1CKFA 1DXJA 4NY5A 2DQAA 1LJ3A 2MEGA 2I26L 2LYZA 1LSGA 4XJFA 4N9RA 1HEQA 1DPXA 2YSSC 1GXXA 1UIAA 1V7TA 132LA 1IVMA 1XEIA 4XN6A 5B1GA 3AGGG 4M6DA 5APFA 4MCKA 1UC0A 4FDYA 5KXPA 3B0OA 1IOQA 4EMNA 1DI3A 5IDDA 3TMWA 2XBRA 4C5FA 5M1YA 3QY4A 4C3WA 5LA5A 1IO5A 1YL0X 1OUIA 1LJEA 3T6UA 4NWHA 3WVYA 4AXTA 4U3XB 1FLYA 5KXZA 1HC0A 1LCNA 1I56A 1GDXA 1GBOA 2MEIA 1DI4A 1NMMA 3TMVA 1BWJA 5LYMA 4WM2A 3RU5A 4Z98A 3HBDA 2BQIA 2BQDA 4DD9A 1WQPA 5FELA 1LSAA 1XGPC 3IWRA 4HP0A 4NG1A 4ET8A 3TXFA 1A4VA 1IY4A 2LHMA 4OWHA 1XGQC 4NHIA 1HSXA 2EQLA 3ZEKA 5B1FA 3WPLA 3AGIA 2FYDA 4BADA 2H9JA 3A3RX 1W6ZA 3WW5A 4CJ2A 1CKGA 2BQKA 5KXYA 5ILCA 2DQFC 4NSIA 1OUAA 1JKAA 2W1MA 5HNLA 3GXRA 1IWYA 3AZ5A 1BGIA 1LMCA 4WO6A 5KJ9A 1T6VL 4YM8A 1C45A 3G3AB 4B1AA 3A8ZA 4NGIA 3ZVQA 4MR1A 193LA 5ILFA 4NGLA 1BB5A 3BKVA 1IIZA 1WTMA 1NKHA 2VB1A 2XTHA 1RE2A 4XJBA 5B07A 1LZ8A 1LZCA 1UICA 2Y8PA 2Z38A 1GFHA 4BAPA 1FKVA 1DI5A 1QTEA 2BLXA 2HEFA 3WMKA 3OK0A 1DPWA 194LA 1GF6A 2BQGA 4WO9A 3WPKA 1YAQA 5LVHA 4NGJA 1GB2A 1UBZA 4HTNA 4I0CA 3TXBA 5FCPA 1C10A 1B7MA 3M18B 3HBEX 1TAYA 2HEEA 1LSDA 1IOSA 1QDRA 2YVBA 1JPOA 1C08C 1I1ZA 1LZEA 1JTOL 5LINA 1LMTA 1VDQA 1HFXA 2W1YA 5LIOA 5LVIA 2A7DA 1B7RA 1LZ6A 4DD1A 4GCCA 2BQOA 1LYSA 5APDA 1JJ1A 1JUGA 3B0KA 2G4NA 5KXLA 1SLYA 5DN5A 2BQLA 2HU1A 3LHMA 1BB7A 1JSFA 5L9JA 4GN3A 3B72A 2D91A 3AGHA 4TSCA 4DC4A 2AUBA 1IEEA 2G4QA 4LT3A 4LYTA 3TXDA 1PS5A 3WU7A 1LHMA 3A96A 3N9AA 1HHLA 1IP1A 2YBNA 3W6FA 4Z46A 1VATA 4PHIA 1J1OY 3CT5A 1IWXA 3GXKA 3TMUA 1GFRA 3WPJA 1HFZA 1JTPL 2BQFA 3WUNA 5HQ1A 1HMKA 1FLWA 1B5ZA 2CGIA 1V7SA 3P68A 1VAUA 1YANA 5KKIA 4R0FA 5FDJA 4CFOA 1FLQA 5L3IA 2EKSC 1B0DA 1P2CC 4BS7A 1TDYA 1LMAA 1LJFA 3A67Y 5LAGA 3TXHA 1B2KA 4GCBA 3LYZA 2Z37A 1D6PA 1LSNA 1WVUA 1XEKA 1Z55A 2YBJA 4FJRA 1ZMYL 2Q0MX 1VDPA 4WMGA 5T3FA 4M4OA 1QTKA 1VDSA 1LJHA 2DQEY 5D5FA 1G7MC 3CSRA 2HU3A 2ZIJA 4NGKA 1OUHA 1GE3A 4TSBA 1GAZA 4QY9A 1UCOA 4DD3A 1GB6A 2FBBA 3KAMA 3LZ2A 3WW6A 1JJ0A 1WTNA 1IY3A 4N1EI 1PZYA 4R6CA 1TBYA 1GF7A 1GBZA 4KT3A 4N5RA 1HFYA 1WQOA 3TXKA 4ET9A 5APCA 4NSGA 1GEZA 1CJ8A 4WM6A 1LJNA 1LSCA 4QEQA 2ZQ3A 1LZ1A 2BQNA 2EPEA 1EQEA 2F4GA 2HEBA 1TCYA 5LVJA 5I54A 1LMNA 1LSPA 1YAMA 3AB6A 1YKYX 5DN4A 4RW2A 3LZTA 3P64A 4J7VA 1GE1A 2F2NA 4GLVA 5E4PA 1GBXA 1GD6A 1B7QA 5DLAA 5E9RA 1DQJC 1G7JC 4NGWA 5B05A 1BB6A 5APEA 4GCDA 3TXGA 1XFPL 1C46A 1AT5A 1IWTA 1LSEA 4H8XA 1IORA 4J0LA 3P65A 1NQIA 1BHZA 1CJ7A 1AM7A 1YKZX 1LKRA 3IJUA 1OUJA 1LKSA 4TTDA 2FBDA 4HJYA 1LZDA 4ETAA 4G49A 1GFTA 1LSFA 3B6LA 1UIHA 4XJHA 1D0LA 3CT1A 4GCFA 1KIQC 2BLYA 1B5YA 3E3DA 4XJDA 1IOTA 4NHQA 1REMA 2BQAA 207LA 2EIZC 4GLAA 1QIOA 1QSWA 3A34A 4LT0A 4WLXA 1C7PA 3AYQA 1GB8A 154LA 1BB3A 1LZGA 1LZBA 1WQQA 2F4AA 5KXWA 4II8A 4PRQA 4HJVA 1GFAA 1LJKA 1W08A 2XJWA 4H8YA 6LYTA 4NHPA 4LGKA 4WM5A 2BAAA 1AT6A 1GE4A 4B0DA 5I53A 1YIKA 4DDCA 1OUCA 4H1PA 3K3TA 2W1LA 2X0AA 4YEOA 5DL9A 4A7DA 2XBSA 1EQ5A 1HNLA 1WVVA 3AJNA 3P66A 4W94A 5KXXA 1YAPA 1JITA 2WARA 1IR7A 4ANRA 1VDTA 2CJLA 3W6CA 5LAFA 2DQCY 4RLNA 3ATNA 1JHLA 4LFXA 4WM1A 1GF3A 2BQMA 3AW7A 3AZ4A 4H9FA 4B49A 1GFKA 3LYMA 2B5ZA 1J1XY 5B06A 1JEFA 1LMOA 5LYTA 2I6ZA 1CJ6A 1YL1X 3CSZA 1BWHA 1JJ3A 3A6BY 4DD7A 1LSYA 1WQRA 3W6DA 4HTKA 1A2YC 4KXIA 4YOPA 1GBYA 4OWAA 2Z18A 1AZFA 3D9AC 3J4GA 1LAAA 1CKDA 4EOFA 4PRUA 4B4EA 2BPUA 4Z41A 5B59A 1GF0A 2HUBA 4P2EA 4OWEA 1N4FA 1G7IC 4DDBA 5C6IA 4YEMA 4B4JA 1FDLY 1LMPA 2BQBA 3CQLA 3A91A 2D4IA 4O34A 1GEVA 4N8ZA 1LZNA 3BKHA 4NEBA 2DQDY 4H8ZA 4DD0A 4XADA 1B5WA 5KXTA 3AZ6A 2DQGY 3AW6A 2PC2A 2IFFY 1NDMC 1WQNA 2DQHY 5AMYA 5HMJA 4DWXA 1H87A 1CKCA 1TEWA 208LA 4TX7A 4H9EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PDSA 210LA 1O23A 1QSAA 1IWZA 246LA 1C6QA 4XYYA 1ZWNA 4E3UA 3CDRA 4WLTA 4H92A 1DZBX 2LYOA 4WM3A 1UIDA 5KXRA 1IWVA 3HH3A 4LYZA 113LA 145LA 3CT0A 1C68A 3FADA 2MEEA 1C65A 115LA 1L49A 1LYHA 4GCEA 198LA 1B5UA 1XGRC 1G0KA 1YILA 3GUOA 3SB8A 3J6KA 1KW7A 4EPFA 221LA 2YBIA 1FLUA 1LWGA 2BQJA 1C6KA 1KXXA 2BQHA 1L28A 4YX7C 3DN3A 4OW1A 1H6MA 3GUJA 4X3BA 162LA 1IP4A 1IOCA 1C6JA 1L68A 1P2RA 1G07A 2B70A 2ZIKA 3TXIA 2O7AA 1LPYA 1GE2A 1HENA 2Z39A 1RCMA 3V2WA 2HEDA 1KNIA 1HELA 3WH1A 1D0MA 1KS3A 2YBLA 5I5QA 4LT2A 165LA 5ILFA 1DKKA 1OVKA 1GF4A 4XJIA 1RI8B 4BAFA 3A90A 2MEHA 1NBYC 4N0JA 2Q9EA 5HLLA 4I7LA 7LYZA 1OP9B 1JSEA 1YAOA 1LSZA 147LA 5II3A 2CDSA 4W96A 1D9WA 5EBHA 4I8SA 1L08A 253LA 186LA 1RFPA 5KKJA 1D2WA 4AGAA 1LZ5A 4WLDA 2HUMA 5I4WA 3T36A 1QSQA 1L19A 206LA 151LA 1L44A 4N1CC 1LJJA 3HH6A 4DAJA 1LI3A 4GN5C 4WL7A 3TMXA 3HT7A 1L83A 4TWSA 3ZVQB 249LA 1B7SA 255LA 2BQCA 4K5YA 4KPMA 1UIGA 1B5XA 3C8RA 4QDNA 5LYZA 1G0JA 4NWEA 232LA 3A3QA 1QUDA 1L12A 1LZAA 1LOZA 1JTTL 3QE8A 4L41A 3EMSA 3WU9A 1B7PA 4NIJA 2HEAA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4PPO A;  1NDG C;  4H94 A;  1HEP A;  1GWD A;  3N9C A;  3CB7 A;  5F14 A;  4H93 A;  4B4I A;  3WVX A;  1GFE A;  4H90 A;  1IR9 A;  1O23 A;  2MEC A;  1QSA A;  1IWZ A;  1LZR A;  4IAS A;  4XYY A;  5KY1 A;  4NGZ A;  4OOT A;  4E3U A;  4WLT A;  5LA8 A;  1INU A;  1QUT A;  4H92 A;  1NBZ C;  1LYO A;  4RLM A;  1DZB X;  1OUG A;  1LJ4 A;  2LYO A;  3RW8 A;  1XSF A;  3HBH A;  1HER A;  2D4K A;  4WM3 A;  3WXU A;  1IR8 A;  1UID A;  2H9K A;  1FN5 A;  3CSQ A;  1OUF A;  3AZ7 A;  5KXR A;  4G9S A;  4ML7 A;  1IWV A;  4HPE A;  4LYB A;  5F81 A;  1HEM A;  1LZ4 A;  3A93 A;  4LYZ A;  1NF5 A;  3CT0 A;  5LVG A;  2MEE A;  4HSF A;  4WL6 A;  4GCE A;  1IP7 A;  2NWD X;  4G4B A;  134L A;  1CKH A;  2BQE A;  2YBH A;  1B5U A;  3LYO A;  1UA6 Y;  1XGR C;  3WL2 A;  4ETB A;  5FHW A;  1WQM A;  1LZT A;  1I20 A;  1YIL A;  4NGO A;  5LXW A;  2D6B A;  1AKI A;  1GFU A;  2Z12 A;  3J6K A;  1CJ9 A;  1KIP C;  4UWU A;  1LYY A;  1UIE A;  2LZ2 A;  1KXW A;  2YBI A;  1FLU A;  1HF4 A;  1UIB A;  2BQJ A;  1LZY A;  3SP3 A;  1JKD A;  4HV1 A;  2BQH A;  1KXX A; 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 1C7P A;  3AYQ A;  1GB8 A;  154L A;  1BB3 A;  1LZG A;  1LZB A;  1WQQ A;  2F4A A;  5KXW A;  4II8 A;  4PRQ A;  4HJV A;  1GFA A;  1LJK A;  1W08 A;  2XJW A;  4H8Y A;  6LYT A;  4NHP A;  4LGK A;  4WM5 A;  2BAA A;  1AT6 A;  1GE4 A;  4B0D A;  5I53 A;  1YIK A;  4DDC A;  1OUC A;  4H1P A;  3K3T A;  2W1L A;  2X0A A;  4YEO A;  5DL9 A;  4A7D A;  2XBS A;  1EQ5 A;  1HNL A;  1WVV A;  3AJN A;  3P66 A;  4W94 A;  5KXX A;  1YAP A;  1JIT A;  2WAR A;  1IR7 A;  4ANR A;  1VDT A;  2CJL A;  3W6C A;  5LAF A;  2DQC Y;  4RLN A;  3ATN A;  1JHL A;  4LFX A;  4WM1 A;  1GF3 A;  2BQM A;  3AW7 A;  3AZ4 A;  4H9F A;  4B49 A;  1GFK A;  3LYM A;  2B5Z A;  1J1X Y;  5B06 A;  1JEF A;  1LMO A;  5LYT A;  2I6Z A;  1CJ6 A;  1YL1 X;  3CSZ A;  1BWH A;  1JJ3 A;  3A6B Y;  4DD7 A;  1LSY A;  1WQR A;  3W6D A;  4HTK A;  1A2Y C;  4KXI A;  4YOP A;  1GBY A;  4OWA A;  2Z18 A;  1AZF A;  3D9A C;  3J4G A;  1LAA A;  1CKD A;  4EOF A;  4PRU A;  4B4E A;  2BPU A;  4Z41 A;  5B59 A;  1GF0 A;  2HUB A;  4P2E A;  4OWE A;  1N4F A;  1G7I C;  4DDB A;  5C6I A;  4YEM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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