4E1JA

Crystal structure of glycerol kinase in complex with glycerol from sinorhizobium meliloti 1021
Total Genus 161
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
161
sequence length
508
structure length
498
Chain Sequence
DLGTENLYFQSMMGGYILAIDQGTTSTRAIVFDGNQKIAGVGQKEFKQHFPKSGWVEHDPEEIWQTVVSTVKEAIEKSGITANDIAAIGITNQRETVVVWDRETGKPIHNAIVWQDRRTAAFCDKLKKKGLEKTFVKKTGLLLDPYFSGTKLNWLLSNVKGAQVRAAKGELCFGTIDTFLIWRLTGGECFCTDATNASRTLLYNIAENAWDDELTEVLRVPKEMLPEVKDCAADFGVTDPSLFGAAIPILGVAGDQQAATIGQACFKPGMLKSTYGTGCFALLNTGKDMVRSKNRLLTTIAYRLDGETTYALEGSIFVAGAAVQWLRDGLKVITGSLAESADPSQEVYLVPAFTGLGAPHWDPDARGAIFGMTRNTGPAEFARAALEAVCYQTRDLLEAMHKDWRTVLRVDGGMVASDWTMQRLSDLLDAPVDRPVILETTALGVAWLAGSRAGVWPNQEAFAKSWARDRRFEPHMDEATRKVKLKGWRSAVKRTLIA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Glycerol kinase
publication title Crystal structure of glycerol kinase in complex with glycerol from Sinorhizobium meliloti 1021
rcsb
source organism Sinorhizobium meliloti
molecule tags Transferase
total genus 161
structure length 498
sequence length 508
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2012-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4e1jA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4e1jA01
2IVPA 3VETA 3MN9A 4FWPA 3UB5A 2E1ZA 4F9OA 4A62A 1U2VA 2Q31A 5AFUH 3BP8A 5AR0A 3F9MA 4PL7A 2GWKA 3RSEA 1K8KB 1DEJA 3KZBA 3LDPA 4XH5A 1KAYA 1YXQA 5FPEA 4BREA 1BDGA 4O8KA 3ZX0A 1YUWA 2W40A 3L6QA 1HLUA 2UYTA 5EOYA 3WEEB 4B1YB 4WYBA 2P9UB 5BRDA 3ID8A 1X3MA 4H5VA 3UKUB 2P9PA 1SAZA 2I7NA 2VYPA 3FE1A 4M7XA 3MK6A 1T6DA 5AQLA 2ITMA 3SJHA 4RWTA 4H5RA 4H5NA 2YHXA 4IWVA 2W41A 5AZJB 3GL1A 3BUZB 2E88A 2HOEA 1X3NA 4BR4A 4MO4A 4FPAA 4IO8A 4FOEA 2Q1NA 2OANA 1LOTB 1BA1A 1GLEG 1DKGD 2P9SB 2P9LA 5E26A 2AA4A 3QBXA 2YI1A 2CH5A 4H0PA 5BPNA 3ZEUB 1GLFO 4L3QA 5I9EB 1EQYA 3WXKA 5AQMA 3J8AA 3OHRA 3AAPA 4Z94A 3KHYA 4FOIA 1QHAA 1SZ2A 3QDKA 1K8KA 2A40A 5JMVA 2CH6A 1E4FT 3C7NB 4C23A 4AM6A 3SK3A 3FR0A 3H1QA 3WEEA 1U6ZA 2P9UA 3UKUA 1KXPA 2YCHA 2ZF5O 1IJJA 3U8XA 5AZJA 3VPZA 4H0XB 1HKGA 3TPQA 4CJ7A 1KAZA 3BEXA 1R59O 3LM9A 1JCGA 1QQNA 3CQYA 5BPMA 4BC3A 3G25A 3U9DA 4CZEA 5AQWA 4CI6A 1NGIA 5AQKA 2QWLA 1NGDA 2P9SA 3QB0A 3QFUA 4BRGA 4BG9A 2E2QA 3CJ9A 2YJFA 3ZEUA 3CJAA 1NMDA 3WQUA 1DGKN 1HJOA 1RGIA 1ATSA 2QM1A 2A42A 2A41A 4FWSA 3VF4A 4YDUA 1BG3A 4IZ9A 2FF6A 3O5BA 4FWQA 3R8EA 5LY3A 1T44A 4FWLA 3DJCA 3CQXA 3C7NA 4DB3A 4HTLA 4XEIA 4MLHA 1P8ZA 4BR5A 3EKSA 5AQZA 5CE3A 2D0PA 3LL3A 1IG8A 1TYQB 1HUXA 5JICA 4QS9A 1Z05A 2YHYA 3SLCA 5AQPA 3O4WA 2P9IB 3DXKB 4BR0A 1NLVA 1E4GT 4H0VB 4PKHA 1J6ZA 3CJ7A 4EAHD 5BRHA 4ISGA 3UKRB 4MO5A 4BRQA 4WQ4C 4FWNA 2QWQA 3IDHA 4GY2B 1HX1A 2E8AA 5EVZA 1Y64A 3MCPA 1H1VA 3D2FB 5TKYA 4H03B 2V51B 3P4IA 3L4IA 5AQXA 4BGBA 4FWRA 3HZ6A 1S22A 3VF2A 4BQLA 3UE5A 1YAGA 4B1UB 3TU5A 2IVNA 5LJWA 5ADXH 2FF3B 2E1YA 3H3NO 3MN6A 4FO0A 4BRFA 5FPNA 3WXIA 3CIPA 4JD2B 3CERA 3U9ZA 3ENOA 1X9JA 3BF1A 2GTDA 3DAWA 3CETA 1S3XA 3C0BA 4RCHA 3ATUA 5EXWA 2QXLA 4M63C 3SMPA 1NGBA 4DHYA 1MDUB 4FPBA 2Q97A 4WQ4A 2KHOA 4BRPA 1OKJA 4BRKA 3HTVA 3QMLA 1WOQA 1TYQA 1BUPA 4JN4A 4BROA 3VESA 4BRDA 5KQ8A 1Q18A 1QQMA 3O1WA 3CJBA 2P9IA 3DXKA 4EIAA 2YJEA 2IVOA 4IJAA 5ADXA 3O6WA 3SMSA 1ESVA 1NGHA 2AP1A 2Q0RA 3UKRA 4BC4A 1V4TA 2I7PA 4WQ5C 3FZMA 1RDWX 4PL8A 2E20A 4CD1A 3DWLA 3A5MC 5F0XA 3D2FA 1JCEA 1BU6O 1HKBA 5EY4A 4PKGA 4CD3A 5E84A 4JAXA 4BRNA 4BRHA 4J8FA 3CI5A 3VEYA 2A5XA 2D0OA 3VEWA 3VGLA 4JD2A 1NBWA 1XQSC 5AQJA 3WUHA 2FSKA 2HF3A 3VEVA 1KAXA 1HKCA 3HSCA 3CJCA 4BC5A 4CZFA 4RTFD 4B1WB 3EZWA 4ISEA 3LDLA 4WQ5A 4BR7A 4FWMA 4K42A 4EHTA 3H1VX 4XH4A 1MWKA 4HWIA 3M6GA 2P9NB 4BRLA 3L0QA 4IXCA 3EL2A 2A6AA 1T6CA 4MLEA 3HBTA 3D2EB 5F1XA 3A0IX 1GLCG 3VGKA 3QBWA 1NGEA 4I6MB 4DCHA 1NWKA 2QWRA 3M3ZA 1ZBSA 4GNIA 4CBUA 2GEMA 2HMPA 1GLBG 2F9WA 4BRMA 4BR2A 2E2PA 3MN5A 4Y0WA 3VGMA 5BR9A 3VF6A 1XUPO 1ATNA 1RFQA 2Q0UA 3M1FA 3ATVA 4K43A 3VOVA 4BGAA 1NGCA 1G99A 2GUPA 1NGFA 5AQOA 3IMXA 4DQ8A 4CZHA 3R9PA 1C0FA 4CZKA 3JS6A 5B8HA 2VWBA 2H3GX 5BREA 1TUUA 4H0OA 1QZ5A 5BPLA 3LM2A 3WQTA 3A8YA 3H46O 3A5NC 3FZHA 2CGJA 2QW9A 5AQYA 2P9NA 2CGLA 4JHDB 2A3ZA 3I8BA 3EO3A 5AQVA 5AZIB 4BRCA 3VEXA 3ZETB 3ZX2A 4B9QA 4CZMA 3H45C 1ATRA 2Q2RA 3B8AX 3IUCA 3D2EA 3LDOA 1Z6RA 5KPZA 3WT0A 5AQRA 1SQKA 4CBXA 4I6MA 4B1VA 2GELA 3W3DA 3O08A 5BN8A 2DPNA 3AAQA 2BTFA 4A2BA 3H3OB 4EFHA 3VEOA 3DXMB 2D4WA 2F9TA 2ASPA 4EHUA 1BA0A 3GG4A 4NO7A 2ASOA 4QS8A 3W0LA 3AY9A 3QICA 2EWSA 5AQNA 4E1JA 1XC3A 3WXJA 4B1XB 3GE1A 4KBOA 1ZXOA 2NRHA 1HPMA 2FSJA 5AQGA 3IFRA 3GBTA 4BR9A 5AQFA 1GLDG 3MN7A 4H0YB 2Q36A 4O5FA 1GLLO 2QWPA 3CJ1A 1LCUA 2P9KB 5AQTA 4CZIA 4CZLA 2QWOA 5AQQA 5KPTA 5AFUA 2PBDA 3I33A 4H5WA 1CZAN 2E2OA 4QS7A 1C0GA 5BRFA 4JHDA 1BWFO 3VEZA 3A5OC 5AZIA 2PAVA 4XH1A 3ZETA 2QWNA 3MDQA 4BQZA 2FLOA 1NGJA 4PKIA 3HI0A 5ELZA 4LC9B 4BRIA 4BC2A 3ZX3A 3R6MA 3FFKB 5EX5A 5FPMA 3A5LC 2E2NA 1GLJO 4CZGA 2CGKA 3DXMA 3ULEB 3CHWA 5F2RA 2NZTA 3FZFA 4IJNA 4M7YA 4FL9A 2V7YA 4FWKA 4JNEA 4K41A 1NGAA 3KVGA 3VERA 1MA9B 3S41A 5AQUA 5JLHA 5AQHA 1GLAG 5KQDA 3EKUA 4YDUC 4FWOA 1ZC6A 2D1KA 2ZGZA 4H0TB 1YVNA 2ZWHA 3FLCO 4BVPA 2P9KA 3O1BA 4CBWA 1U2VB 2FXUA 5FPDA 2BUPA 4BRAA 5AQSA 2ZGYA 4NB4A 2V52B 2VCPA 3O8MA 3RSEB 1MWMA 2ASMA 4AM7A 3D7EO 4K25A 4B1ZA 3EN9A 1D4XA 1NGGA 3QFPA 3BF3A 1BO5O 3WXLA 2J4RA 2IIRA 1QQOA 3LDNA 3FZKA 3FGUA 1TUYA 4BVOA 3GOIA 2YHWA 3HM8A 2P9PB 3O80A 1QZ6A 4ISFA 1NM1A 5BN9A 4CZJA 1JCFA 2QWMA 3H6EA 5KPRA 2HF4A 2FSNA 2NLXA 4A61A 3JXUA 3ULEA 3AARA 4H5TA 4BG8A 5AQIA 3LDQA 3MMVA 1BOTO 2WUSA 3VENA 2P9LB 3ENHA 5JLFA 2GWJA 3U4LA 3GDQA 5LJVA 4FSVA 4A2AA 2V7ZA 3FZLA 1V4SA 1WUAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4B9UA 4DTJA 3MN9A 3UB5A 2Q31A 4CFCA 3OS2A 3CCUN 1EETA 5J2NA 2GWKA 3SAHA 1LAWA 3LDPA 2HNYA 1G15A 4BREA 4FZYA 1BDGA 4DV0K 2WONA 2W40A 3KK3A 1HLUA 4JK7A 5EOYA 3WEEB 3KTQA 2P5OA 3UKUB 2P9PA 2VYPA 3FE1A 3ZCMA 1HYZA 3MK6A 5AQLA 2P1JA 3IRXA 1TV6A 3T3FA 3K5MA 3BY5A 3GL1A 3TSUA 4J2EA 3CQ8A 3VQEA 1X3NA 4E3SA 4FOEA 4JI2K 3HOSA 1LOTB 5H1SQ 1L3UA 1GOBA 2KFZA 3THVA 1R0AA 2D5RA 2KZMA 2YI1A 1J9AA 4H0PA 3AVLA 5I9EB 3WXKA 3RVCA 3O9TA 3ZLJA 1T3VA 5AQMA 4JYAK 4FOIA 4JKGB 1QHAA 1N33K 3QDKA 5GINA 2A40A 2CH6A 1E4FT 4MDBA 5C0YA 1QTMA 4KHNA 4AQYK 4FJJA 4GV6A 3BDPA 3K0SA 1KXPA 3OY9A 5HRRA 3ZSVA 3CFOA 2QXFA 1KAZA 3BEXA 1R59O 1VSDA 3TABA 3IAYA 3LM9A 3O9SA 4FJMA 1YVUA 5BPMA 3O9RA 2O4GA 4LY7A 4CJVA 4Z4IA 3S3MA 4CZEA 3SV3A 4LF4K 5AQWA 1NGDA 4BRGA 1T03A 2E6LA 4JI3K 3KK7A 3HYFA 4EZ9A 4KI4A 2HSTA 4LF7K 3CCEN 1BGXT 3VMFB 1FJGK 2F96A 2I5JA 1M90O 1KTQA 3QIPA 1EO1A 2DFHA 3O5BA 4DTPA 4H4MA 4FWLA 1IO2A 3VQQA 3DJCA 1LAVA 2DFEA 2VG7A 4XEIA 4MLHA 4G1QA 2D0PA 5J2PA 1IG8A 3THWB 5HP1A 4DR7K 1ASVA 4C8OA 2ZJRL 1JL2A 4BR0A 4H0VB 3CJ7A 4GV9A 3V1RA 5KRSA 4YORA 4MO5A 4C1NI 2YHAA 4E7KA 4FWNA 4B9LA 5LL6Z 4HCBA 2QEXN 2F4VK 3IDHA 1UA1A 5GAGP 4WE1A 1WSHA 2V51B 3C6HA 4FWRA 3V9XA 4BQLA 2Z1IA 3TU5A 4CGFA 2AJQA 4JD2B 3CERA 1RT4A 1X9JA 4W5NA 2JWKA 3BF1A 3CETA 4CGGA 2HBLA 1NJZA 4RCHA 1KVBA 3ATUA 4F4KA 1EKEA 3SMPA 4DWIA 4IKFA 1SKWA 1NGBA 5GAEP 1NK6A 2G8HA 4FPBA 4FLWA 3MEGA 4GVEA 3SJJA 3QMLA 1BUPA 2Q3SA 3F9KA 1Q18A 3M8QA 3DXKA 4EIAA 4IJAA 2NRTA 4JI5K 1ESVA 3QEWA 4DR3K 3F2KA 3UKRA 4JI4K 1V4TA 2I7PA 2E6MA 4WQ5C 3PX6A 4G9ZA 3FZMA 4DMNA 1WAJA 3CCJN 3SV4A 4CD1A 3HO1A 4BE1A 3A5MC 3P83D 5JS1A 1NOYA 5CR4A 4M3RA 1HKBA 2XY7A 4OKKA 2QK9A 3C95A 4DU3A 3P38A 3SPZA 4BRHA 2YNGA 3P39A 4PY5A 3VEWA 1XQSC 3J7AP 4J2DA 4OPJA 2HF3A 1J5EK 1KAXA 4FLTA 3V9UA 3HSCA 3VQBA 1HQEA 2YNHA 2UXCK 1IBLK 3LDLA 3NHGA 2ZE2A 1D5AA 4FWMA 4IO9L 4DR5K 3OVNA 1Y97A 1DTTA 1RTHA 1MWKA 4K0KK 2NRZA 3L0QA 3RRHA 1B92A 2A6AA 1T6CA 1N5YA 3D2EB 4Y1CA 1IBMK 1QSYA 3RRGA 4I6MB 4DCHA 2JLEA 3E9OA 1UWBA 1Z25A 3V6DA 3PO5A 1HYVA 3DM2A 2GEMA 4DV4K 3MX5A 1A5WA 4JKDA 4KAZA 3JSMA 2W6LA 4DQSA 3IS9A 3MN5A 5BR9A 3K9JA 4DKWA 4JKHA 3TTFA 4JI1K 3OBYA 4OKEA 4KO0A 3ATVA 3SQ4A 4ILGB 2WOMA 2DY4A 3IMXA 4B8CA 3WNGA 5B8HA 2YHBA 4H0OA 3ZSZA 4RW8A 1TKTA 1SS6A 4W5RA 3FZHA 1BI4B 2VWKA 1VSHA 2NRXA 1JXBA 1L3SA 1RDBA 3RMBA 4JHDB 3NGIA 4DU1A 1GOCA 4FJXA 1DT9A 4CZMA 1ATRA 3VQ4A 3B8AX 3LDOA 2QTDA 2GV9A 3L4QA 1N6QA 4LFAK 4M3UA 4BE0A 4CK3A 4DSIA 3VEOA 3DXMB 1S1UA 2E5LK 5IWAK 2F9TA 4NO7A 3TARA 1TKXA 1KVCA 3KD1E 4JI0K 3QERA 5GAHP 3QICA 4F8RA 1TL1A 3TTDA 4M3WA 4B1XB 5AQGA 3VQDA 1BHLA 1GLDG 3MN7A 1FK9A 3RR8A 2QWPA 3CJ1A 4KB1A 3VQCA 3LP3A 4KKOA 3DLKA 4FJHA 3CG7A 2OPPA 5KPTA 3BZKA 4FJKA 1REVA 2ETJA 1NK8A 4LF6K 3C65A 4KV8A 1WBDA 4LF5K 3MEEA 5BRFA 2Z1HA 1RTDA 3SBGA 1BWFO 3DLLL 3HPHA 3J7ZO 3ZETA 5CZ1A 4I2PA 1NGJA 3K5NA 3HI0A 3MWPA 2XRIA 4BRIA 3R6MA 4DF8A 4I9QA 2E2NA 4CZGA 3RR7A 4IFYA 2OTJN 4OVLA 4FL9A 4BY9C 1NGAA 1NK7A 1YTUA 4K8ZA 5AQHA 1GLAG 1ZYQA 4KREA 3PO4A 4ZTJA 3MWTA 4CEQA 2ZWHA 3LZJA 4RG8A 2Y1IA 1D9FA 3OYMA 2P9KA 3KLGA 3O1BA 1EX4A 3L2RA 3E01A 4KH5A 1KD1O 3O8MA 4AHTA 2ASMA 3D7EO 3OBWA 4B1ZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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