4E1JA

Crystal structure of glycerol kinase in complex with glycerol from sinorhizobium meliloti 1021
Total Genus 161
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
161
sequence length
508
structure length
498
Chain Sequence
DLGTENLYFQSMMGGYILAIDQGTTSTRAIVFDGNQKIAGVGQKEFKQHFPKSGWVEHDPEEIWQTVVSTVKEAIEKSGITANDIAAIGITNQRETVVVWDRETGKPIHNAIVWQDRRTAAFCDKLKKKGLEKTFVKKTGLLLDPYFSGTKLNWLLSNVKGAQVRAAKGELCFGTIDTFLIWRLTGGECFCTDATNASRTLLYNIAENAWDDELTEVLRVPKEMLPEVKDCAADFGVTDPSLFGAAIPILGVAGDQQAATIGQACFKPGMLKSTYGTGCFALLNTGKDMVRSKNRLLTTIAYRLDGETTYALEGSIFVAGAAVQWLRDGLKVITGSLAESADPSQEVYLVPAFTGLGAPHWDPDARGAIFGMTRNTGPAEFARAALEAVCYQTRDLLEAMHKDWRTVLRVDGGMVASDWTMQRLSDLLDAPVDRPVILETTALGVAWLAGSRAGVWPNQEAFAKSWARDRRFEPHMDEATRKVKLKGWRSAVKRTLIA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of glycerol kinase in complex with glycerol from Sinorhizobium meliloti 1021
rcsb
molecule tags Transferase
source organism Sinorhizobium meliloti
molecule keywords Glycerol kinase
total genus 161
structure length 498
sequence length 508
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2012-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4e1jA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4e1jA01
1NGCA 1Z6RA 4XH5A 4B1YB 4B9QA 1T6DA 2GTDA 5AQXA 1MDUB 3HBTA 3UE5A 2BTFA 2P9NA 4Y0WA 4O5FA 4BVOA 2VCPA 3WEEB 5JLHA 3VGKA 1H1VA 3O8MA 1KAXA 3RSEA 4CZKA 3VESA 2F9WA 3H1QA 3QFPA 4HTLA 4J8FA 4ISFA 4M7YA 4H03B 2FSJA 2Q36A 1ATSA 3BF3A 1NGHA 3GG4A 1NGFA 1R59O 1NLVA 2QWQA 3DAWA 4GNIA 2Q2RA 4FWRA 3U9ZA 4K41A 4XH1A 3VERA 3CIPA 5AQMA 4JN4A 2HF4A 1LOTB 3A5NC 2A6AA 1HKGA 4B1XB 1BA1A 3VEYA 1K8KA 2PBDA 5B8HA 1WOQA 3D2FA 4BRDA 5AQOA 2A42A 4KBOA 5AQSA 4CJ7A 3U4LA 4BREA 2P9IB 3L6QA 4H0OA 2ITMA 3R8EA 3WXJA 4BRGA 5AQVA 1IG8A 4H5WA 2V51B 2GWJA 4FWSA 4H5RA 4EFHA 2ASOA 4ISEA 3CI5A 4H5VA 4MO4A 5AZIB 3ENOA 2YJEA 2AA4A 3SJHA 5EX5A 1U2VB 4FPBA 4BC4A 4BRPA 3C7NA 1HKBA 2IVNA 3ZX0A 2Q97A 2YJFA 4IZ9A 1QHAA 4B1WB 2ZWHA 5JICA 1NWKA 5AQRA 3FLCO 1DEJA 1NGJA 5BPLA 5LY3A 5E26A 3WEEA 1HUXA 3O08A 1X3MA 1XUPO 1BG3A 3FGUA 3ATUA 4BR9A 1NGGA 1TUYA 1DKGD 2P9UB 4XH4A 2Q31A 4K42A 3W3DA 3H1VX 1WUAA 4LC9B 3M3ZA 2W40A 2ZF5O 5AQKA 5LJWA 4FL9A 3U8XA 3R9PA 3LDNA 3QB0A 2E1YA 1NGBA 4IXCA 4EHUA 1MWMA 3DWLA 3J8AA 5LJVA 3FZFA 5E84A 5I9EB 2D1KA 3IDHA 3IUCA 4Z94A 1G99A 3FE1A 3ATVA 5JMVA 5AQPA 3DXMB 1TUUA 3O1BA 2P9IA 2GUPA 3CERA 4A2AA 5AQZA 3C0BA 3HSCA 4JAXA 5AZIA 3SMSA 1T44A 4RCHA 4BROA 3ZX2A 5AZJB 2V7YA 3GDQA 5KQDA 4L3QA 1U2VA 2GELA 3O5BA 2NZTA 3CJBA 2PAVA 4DQ8A 4IJAA 2FSNA 4FWNA 5BPNA 1GLLO 1YUWA 1BA0A 2IVOA 3AARA 3QICA 1YXQA 2I7NA 3CETA 5AQIA 2Q0UA 5AQQA 2CGLA 4WQ4A 2P9LA 4WQ5A 3IMXA 3FR0A 4MLHA 3UKUA 3EKSA 4JD2A 5AQGA 2E2PA 4QS8A 3CQYA 2IVPA 3WXLA 4FPAA 2E2NA 1MWKA 3KHYA 3UKRB 2H3GX 1HPMA 2A40A 3GBTA 4BRMA 1NGIA 3R6MA 5EY4A 3U9DA 4CZEA 4DCHA 4CBWA 1XC3A 2NLXA 3LM2A 3EKUA 1OKJA 3O4WA 1GLDG 3WUHA 4BR7A 3GL1A 4PKIA 4WQ4C 4MLEA 4WQ5C 1V4TA 4BQZA 4BR5A 5EXWA 3DXMA 3EN9A 3ID8A 3W0LA 2FXUA 2E8AA 3EZWA 5AQUA 5AFUH 1S22A 5AFUA 5AQWA 5BRDA 5AQTA 5CE3A 4H0PA 5AZJA 2CH6A 4B1VA 3CJ1A 4CI6A 3WQTA 4K25A 2P9KB 3B8AX 2E2OA 5BR9A 3JS6A 4WYBA 4H0VB 5ADXH 2ZGZA 5EVZA 5ADXA 5BRHA 2FLOA 3TPQA 3LM9A 4CZGA 3DXKB 2EWSA 3M6GA 3SLCA 3L4IA 1X3NA 3MDQA 1QQMA 1Z05A 2I7PA 4QS7A 1BDGA 4NO7A 1LCUA 2ASMA 2FSKA 3MMVA 2QM1A 5BN8A 2CGJA 2HOEA 3VEOA 1QQOA 2IIRA 4BRQA 3SMPA 4JHDB 4CZJA 1QZ6A 4BG9A 1RDWX 3FZKA 1BWFO 1ZBSA 4A61A 1T6CA 2V52B 2GEMA 3ZX3A 2AP1A 1YVNA 1C0FA 3D2EB 3QMLA 1ATNA 1GLBG 1U6ZA 3LDOA 1GLJO 3MK6A 1IJJA 5TKYA 1GLFO 2D4WA 1NBWA 5BPMA 3I8BA 1KXPA 4FOIA 4BG8A 3MN5A 3ENHA 3VEXA 1P8ZA 3A5LC 3TU5A 3S41A 2E1ZA 1GLCG 3VETA 4EIAA 3CJCA 1HLUA 3H6EA 1QZ5A 2OANA 4I6MB 5FPMA 1JCFA 2P9SB 1X9JA 3M1FA 3A5OC 3QBWA 4EHTA 4CZIA 4CBXA 2QW9A 1SQKA 4NB4A 4H5NA 3P4IA 1E4GT 3EL2A 2E2QA 3GOIA 4JNEA 3VGMA 3WXIA 3H3NO 2YCHA 3LL3A 1HJOA 4FWOA 3ZEUB 3QDKA 4BRHA 3CJ7A 4H0YB 2FF3B 2QWNA 1BO5O 2WUSA 3WXKA 1TYQB 3A8YA 3AY9A 4JHDA 3G25A 1Q18A 2A3ZA 2QWRA 3BEXA 3D2FB 3HZ6A 4BR4A 2J4RA 1D4XA 1EQYA 4A62A 4BC5A 3FZMA 2P9UA 2YHXA 3D2EA 1S3XA 4BRNA 4E1JA 3IFRA 4H0XB 5F1XA 2FF6A 3JXUA 3MCPA 4H0TB 3SK3A 5FPEA 4IJNA 2P9PB 2Q0RA 4PL7A 3H3OB 5KPZA 1E4FT 2V7ZA 3CJ9A 3LDPA 1ESVA 2D0PA 3CQXA 4FO0A 5AR0A 3C7NB 1GLEG 1V4SA 5JLFA 4FWLA 2E20A 1KAYA 1KAZA 4XEIA 2NRHA 5AQLA 4I6MA 3VF6A 4CZFA 3HI0A 1J6ZA 1Y64A 2P9SA 4IWVA 2UYTA 3O6WA 1ATRA 3BP8A 1GLAG 4FWMA 3L0QA 1NGEA 2ZGYA 4BGAA 1NGAA 5EOYA 4YDUA 1RFQA 2YI1A 4ISGA 4M7XA 4H5TA 4FWKA 1NGDA 4CZLA 4RTFD 3ULEB 3FZLA 3FFKB 3ZEUA 1ZXOA 3FZHA 5F2RA 4QS9A 1ZC6A 4BR0A 3ZETB 1TYQA 2E88A 5AQHA 5KPTA 3BUZB 5AQYA 4C23A 4B1UB 1CZAN 1HKCA 5BN9A 5KPRA 4CD1A 2VYPA 4BR2A 1HX1A 3OHRA 1NM1A 2YHWA 3BF1A 5AQNA 4BRKA 3WT0A 2GWKA 3QFUA 3UKRA 3KZBA 2P9PA 4YDUC 3H46O 2QWLA 1JCEA 3VENA 4DHYA 3A5MC 3VEWA 4BGBA 5F0XA 4AM6A 4CBUA 2YHYA 3H45C 3I33A 4FOEA 3GE1A 4DB3A 1QQNA 4PKGA 2QXLA 4BRIA 2QWMA 2VWBA 3A0IX 1DGKN 3VPZA 4MO5A 3AAQA 3VF2A 2W41A 4A2BA 2CH5A 2P9LB 5BRFA 3LDLA 5FPDA 5FPNA 2A5XA 4BVPA 1BOTO 3UKUB 5BREA 4JD2B 4FWPA 3KVGA 4EAHD 1RGIA 2P9NB 4BRLA 1NMDA 2BUPA 4BC2A 3CHWA 4AM7A 3RSEB 4FWQA 3O1WA 4HWIA 2P9KA 1BU6O 2DPNA 3DJCA 5AQJA 3VOVA 3ULEA 2A41A 3CJAA 3O80A 3D7EO 1YAGA 3DXKA 4IO8A 4BRAA 4BRFA 3ZETA 3UB5A 3VF4A 3VGLA 4BRCA 2KHOA 3HTVA 3EO3A 4B1ZA 4K43A 4O8KA 2CGKA 3WQUA 1SAZA 4GY2B 2F9TA 1BUPA 4F9OA 2D0OA 1K8KB 2HF3A 1XQSC 3F9MA 5AQFA 4BQLA 3MN6A 4CZHA 4RWTA 4FSVA 2QWOA 2ASPA 2QWPA 3LDQA 1C0GA 3QBXA 4CD3A 4PKHA 4M63C 1MA9B 3MN7A 3VEVA 1SZ2A 3AAPA 5KQ8A 5ELZA 4PL8A 3MN9A 1JCGA 3VEZA 4CZMA 2HMPA 2Q1NA 4BC3A 3HM8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1XNRK 4GV3A 1QHTA 4B9QA 1T6DA 4FJJA 2GTDA 3HBTA 3MWTA 4BVOA 2WOMA 3RMBA 3KJVA 5JLHA 2QKKA 2OPPA 3VGKA 2P1JA 2YNHA 4CZKA 3MEGA 4FJ8A 4H4MA 5GINA 4J8FA 4ELUA 3NF9A 4H03B 2RPIA 4IEEA 3E9PA 4B9SA 2IC3A 1ZBFA 1QE1A 3HRGA 1WSHA 1NGHA 1NLVA 3DAWA 4GNIA 1VRTA 3DLBA 1A5VA 1S1TA 3K0SA 3V9UA 4HCBA 4CJVA 3MX2A 4E7HA 2HF4A 2WC9A 2HBLA 3VEYA 1K8KA 1WSIA 5B8HA 2ZQBA 4BRDA 2VG7A 3U4LA 4BREA 3JAMO 3VQCA 2G8VA 3OY9A 2Y1IA 1BIUA 1IG8A 4H5WA 3CCJN 1J9AA 2B4JA 4EFHA 3CCQN 3L3UA 3VN5A 4MO4A 3V1OA 2AA4A 3HK2A 5EX5A 4FPBA 4BRPA 3C7NA 2IVNA 1NK4A 2G8FA 2PYJA 2HW3A 2YJFA 1RTJA 1QHAA 4NCAA 2X78A 1TK0A 4I2PA 3TTFA 3SBTA 3M8QA 3CCEN 3VTHA 3FLCO 5BPLA 1YF5L 4B3MK 2HVHA 1C1BA 1HUXA 4B8CA 4FJ5A 2W6KA 1X3MA 1XUPO 1LWFA 2BH1A 1NKCA 2KFNA 2QK9A 3E1YA 3O3FA 3AVJA 2Q31A 4K42A 3H1VX 1LAVA 4Z4IA 3SAHA 4FLXA 2ZF5O 3NH1A 2IDOA 1VQPN 3R9PA 3O9UA 2KTQA 4I9QA 2NUBA 5J2NA 3AO2A 3LDNA 4J2BA 4FJKA 3ULDA 4EZ9A 2HHWA 1RT4A 3D6RA 3CCRN 3FZFA 1I94K 4OLBA 5E84A 5I9EB 3IUCA 1HNZK 1UA1A 5D3GA 3DXMB 3ZSYA 2P9IA 5C2FA 1SV5A 3EYZA 3CERA 4IO9L 2BE2A 4A2AA 3HSCA 3VQPA 4JAXA 4DSJA 4FJ7A 5AZIA 3HT3A 4Q0BA 5AZJB 2V7YA 2Z1HA 3GDQA 2GELA 2X6NA 3B6OA 3O5BA 2PAVA 4DQ8A 2E4LA 4CJRA 1YITN 1YUWA 3AVHA 1RTDA 4FK0A 4IKFA 2O4IA 1HR0K 2Q0UA 5AQQA 2UUCK 2CGLA 3C6TA 2P9LA 4DTOA 4WQ5A 3FR0A 3UKUA 2DTUA 4ZTFA 1YJ9N 1MWKA 2H3GX 4M3XA 4MQ3A 2A40A 3MXIA 4W5NA 1NGIA 1T05A 4DR5K 3DLKA 2HB5A 1G15A 4DCHA 4DR2K 1KLNA 1XC3A 4C8KA 3QEWA 3DRPA 4CEOA 3PLAA 5CZ1A 4HCCA 4FZYA 4QOZB 4CHOA 4O55A 3WUHA 4JYAK 4LF5K 3NAEA 1QVFM 4ID1A 4BQZA 3PY8A 1IG9A 1C0MA 5AFUH 3EZWA 5BRDA 3MXJA 3OYMA 5CE3A 3VA0A 4H0PA 2G8KA 4CI6A 3L2QA 3DOLA 2P9KB 2E2OA 3JS6A 4H0VB 5ADXH 2NRVA 2YHAA 1C0TA 1RBRA 4TSXA 2D0CA 3TPQA 3LM9A 1EKEA 1VSDA 3MDQA 1QQMA 4QS7A 1OH6A 2XO7A 4NO7A 4CGDA 3MMVA 3PX6A 1XWLA 3BZCA 3VEOA 1QQOA 5HRSA 2IIRA 4LSLA 3DLLL 3SMPA 4CZJA 1HNIA 1T6CA 2V52B 2GEMA 3A2FA 2HSTA 3AO3A 1YVNA 3D2EB 3C6UA 1U6ZA 3KWIA 5GADP 1GLFO 1U4BA 3LP0A 3I8BA 4E89A 3SUNA 3AVLA 3ENHA 3VEXA 3O3GA 1P8ZA 1BI4A 1X1PA 3NGYA 4CJEA 3U3GA 4EIAA 2QKBA 4DMNA 1L3SA 1U48A 1HYSA 1QZ5A 4I6MB 5FPMA 1QSSA 3DOKA 2WTUA 5CYQA 4B3OA 4JEPA 1X9JA 4NLCA 3A5OC 4EHTA 5IT9O 3RRHA 4CBXA 1WLJA 4G1QA 5HL7L 3AVMA 2YX6A 4C8OA 3G0ZA 4O4GA 1VSMA 3VQ4A 5C15A 1E4GT 3WXIA 1DT9A 4JI6K 1RT2A 4W5TA 4DSFA 1QSYA 2RKIA 3WXKA 1BO5O 2E5LK 3AY9A 1Q18A 2A3ZA 3MECA 3M8RA 1U45A 1KFDA 3WNGA 1YJNN 3HZ6A 1K8AO 5M1FA 1ZBIA 1D4XA 4A62A 4DTUA 1Q82O 2P9UA 4BRNA 4E1JA 3IFRA 3TAPA 4H0XB 5F1XA 4H0TB 3SK3A 3V1RA 3OYAA 3TAEA 2P9PB 1S1UA 3MX5A 1E4FT 4MDAA 2V7ZA 3LDPA 2D0PA 1S6PA 5AR0A 3C7NB 3RR8A 4FWLA 1VHXA 5BR8K 1RT7A 5T7BA 5AQLA 2NRHA 2HHSA 3VF6A 2FBYA 3HI0A 1J6ZA 3QIPA 2UYTA 1OVYA 5EU7A 1IH7A 1A5XA 1VQNN 2ZGYA 3LAMA 3G71N 1JLBA 4QAGA 5EOYA 3P31A 4YDUA 1WSGA 3C94A 4ISGA 2IAJA 4M7XA 4OPJA 3OS0A 4H5TA 1VQLN 5DK5A 4CZLA 4M3UA 3KLHA 1VQKN 1LW0A 4RTFD 1ZXOA 1NOZA 3TAGA 1NU0A 4HTUA 1VSFA 1TYQA 1TGOA 4I2QA 2KW4A 4JK7A 5AQHA 3VQ9A 3SAGA 5AJ3K 1TKZA 5BN9A 4CD1A 1HX1A 3I0RA 2YKNA 4JKEA 4EZ6A 4M3TA 1NM1A 2YHWA 3WT0A 3VMFB 3IRXA 5HRRA 3OYCA 5C2DA 2HBJA 3RMDA 4DLEA 3VENA 4CEDA 1SS6A 3VEWA 5KGWA 1VQON 1IV0A 2KZZA 5F0XA 4AM6A 4CBUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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