The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
73
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sequence length |
262
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structure length |
240
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Chain Sequence |
WTSAAVVTPPEPVQWQELEKTFTKLRVLDLDIKIDRTEAFNLFIKKFQSVSLLEEYLRSSPYVMDQLDLHRAIVALSEKMKAVDDSLYTSWTLSFTAPTSEEAQTVLSGYIDYISALVVKESIENVRNKLEIKTQFEKEKLAQDRIKMKNQLDANIQRLNYSLDIANAAGIKKPVDPDFSISLGADGIERKLEIEKAVTDVAELNGELRNRQYLVEQLTKANINDVNFTPFKYQLSPSLP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Characterization of Closely Related O-antigen Lipopolysaccharide (LPS) Chain Length Regulators.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Membrane protein
|
| source organism |
Escherichia coli
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| molecule keywords |
Ferric enterobactin (Enterochelin) transport
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| total genus |
73
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| structure length |
240
|
| sequence length |
262
|
| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H, I
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-03-08 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Bacterial polysaccharide co-polymerase-like | FepE-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5CN0 A; 1K33 A; 4E2L A; 3B77 A; 1DF5 A; 1JPX A; 4FK5 C; 5CMU A; 2M7W A; 1MG1 A; 1EBO A; 3CYO A; 4E2C A; 1ENV A; 2X7R B; 1SZT A; 4N23 A; 1DF4 A; 4ZM1 A; 5KA5 A; 1QCE A; 1F23 A; 2OT5 A; 5HFM A; 4JPR A; 3H01 A; 3B8N A; 2EBO A; 1Y4M A; 3MHH C; 4FIP C; 5KA6 A; 1MOF A; 4N21 A; 2MK3 A; 3B8P A; 3K9A A; 1I5X A; 1K34 A; 3P30 A; 4E2H A; 4ZM5 A; 1QBZ A; 2EZP A; 3CP1 A; 1I5Y A; 3MHS C; 3WFV A; 4E29 A; 4FJC C; 2EZO A; 4JGS A; 3B8M A; 1DLB A; 1JQ0 A; 4G2K A; 4JF3 A; 2LP7 A; 5H9C A; 5HFL A; 1QR9 A; 3M99 B; 1QR8 A; 3B8O A; 1Y66 A; 2P6J A; 3GWO A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3TXQ A; 1ZL8 A; 3TJT A; 4JAS A; 2ZNJ A; 5LP6 B; 4OX9 B; 3RYC A; 5GON B; 3JSN A; 5KHG A; 5CB4 B; 2ZT9 B; 5A9G A; 1S3J A; 2B1G A; 5KX5 B; 2ZIN A; 5JH7 A; 3G67 A; 5IJ9 A; 2F4V O; 5FL7 G; 2YS8 A; 3E8B A; 2P67 A; 3THO A; 1YDX A; 4B3M B; 4DXW A; 2ZDI C; 5TIS Z; 2EIJ B; 4LH7 A; 3HR0 A; 5KMG B; 2QE7 G; 5DM6 V; 1J5E B; 3SR2 C; 2YUA A; 3RVY A; 5BXZ A; 4FIP C; 1OCR C; 5J2U A; 4DW1 A; 1K8A W; 4JI5 O; 3ZIA G; 1ZUQ A; 3GWO A; 3OTO O; 3ZS8 C; 1YCI A; 2FML A; 2O57 A; 2UUA B; 4D7T A; 2YIC A; 4RUF A; 2OTJ V; 2JDI G; 4GLX A; 1MNG A; 3HKC A; 4JAV A; 3A0H Z; 3K9S A; 5JVD A; 4H37 A; 4X1Y A; 1K5Q A; 1M4U A; 1VF7 A; 1Q6U A; 2ZM6 B; 4DR3 O; 4DV2 B; 2EIL C; 4JZG A; 1YSC A; 3APO A; 3JAK A; 1N36 B; 4UUJ C; 2R9R B; 1K7D A; 2OCC B; 1QLE B; 4ZBM A; 1JCH A; 3K06 A; 4IYI A; 1UFI A; 4E4E A; 3CCV V; 1XNQ B; 1V55 C; 2EUL A; 1OCC C; 3RYI A; 2ODM A; 2F95 B; 4TOI A; 2DN9 A; 1XL6 A; 5LMU O; 2KQX A; 2HHH O; 4G28 B; 2QM8 A; 3SDL A; 1BZK A; 1NVP B; 4ZKI A; 1JA8 A; 4DUZ B; 4O4L A; 1GN2 A; 2WLL A; 3CCU V; 2CH7 B; 3L70 H; 1HW7 A; 1BE3 H; 1TUB A; 3P3P A; 2DWE C; 3ZJZ A; 2CGN A; 3I55 V; 1ZLZ A; 3H1J H; 1ENV A; 4Z1M G; 2WWW A; 2JS5 A; 3WU2 Z; 3HKB B; 5BY1 A; 3SYO A; 1TUE B; 1QNM A; 4N21 A; 1N32 O; 2IH1 C; 3ABK B; 1KBH A; 5FLX N; 2E3C A; 1R3J C; 2IJH A; 3KCX A; 1RPR A; 1GN3 A; 4P9O A; 5KUK A; 3QVN A; 4I55 B; 1WA8 A; 3RYC B; 4DR5 O; 1YIT V; 3CC4 V; 1DF4 A; 3JAR B; 3CJH A; 3K5N A; 1XMQ B; 1EFR G; 2JGD A; 2EBO A; 5IJ9 B; 5JH7 B; 3QF7 A; 4TSF G; 1Z5W A; 1WLE A; 1M57 B; 3AG1 B; 1D5A A; 4RAI A; 2HJD A; 1ARO P; 3FD9 A; 2FTK A; 4W4L A; 1YEW A; 4FLW A; 2GUZ A; 4ZI7 A; 3K3W A; 2UXX A; 3RGB A; 1FFX A; 4TV8 B; 1HNZ O; 1FKA O; 3SJA C; 5KA5 A; 1ZWI C; 3CS5 A; 1AJP A; 4DR1 B; 3DC6 A; 2NR5 A; 5ITZ B; 5BR8 B; 3SGI A; 4NXM B; 1QQC A; 2RJZ A; 3SYC A; 5GTI Z; 1Q3E A; 2DOS A; 2JK5 C; 1SQG A; 3T4D A; 2Q69 A; 2QKS A; 2PYL A; 3SYA A; 1NS1 A; 4J7J A; 2DQ0 A; 5CMU A; 5JJE B; 1TGO A; 4LF7 B; 4L87 A; 3G71 V; 2KSD A; 3A0B Z; 3RYH A; 1AB3 A; 4X1Y B; 1Q8I A; 4LF4 O; 4OGQ B; 4MW3 A; 3F5W C; 1GM9 A; 3K9A A; 3LSU A; 3ZHS A; 4DV6 B; 4FLX A; 2Y69 C; 4AI8 A; 5JCO A; 2WA4 A; 4O2A A; 3JAK B; 4YIP A; 1IXB A; 1PP9 H; 1MSD A; 4O2B A; 2YXH A; 3AG7 A; 4GKK O; 2K9P A; 1OCR B; 1H2G A; 3F5T A; 4WF9 V; 4GX1 A; 3CCE V; 3SJC C; 4Q6G A; 4B3T B; 5C8Y A; 2E5L O; 1GKF A; 5J2T B; 3EHB B; 5AG2 A; 5EBW C; 2V4D A; 1SES A; 4LBE C; 3RYF A; 4KHP O; 4PI0 A; 1F7Y A; 2KKW A; 2Q0A A; 1NR7 A; 3JAW A; 4HNA A; 4X64 O; 4KP4 A; 4FK5 C; 1E1Q G; 3OGI B; 4RUE A; 3SPJ A; 4JI2 O; 4UVA A; 4JYA O; 1FD9 A; 5IT9 N; 3J81 N; 1U97 A; 2BOC C; 4XDJ A; 2C2A A; 2EIL B; 4DK1 A; 4O4L B; 4TQF A; 2DYR C; 1FAF A; 2BSK A; 3KG2 A; 4JI7 O; 4LFC B; 1KQS U; 4WFG A; 3ZMS A; 3UKM A; 1QU7 A; 3J80 N; 4LH6 A; 5KAI Z; 5H5N A; 4W4K A; 4J9Z B; 2DMX A; 2Q7E A; 4J80 A; 4LNU A; 2ILM A; 5L3D A; 4JI5 B; 1V55 B; 3CXC U; 2CK3 G; 3SPC A; 4FLT A; 1OCC B; 4CH6 A; 5IY5 C; 4B3R O; 3K03 A; 1HNW O; 1RSO B; 4AIL C; 3FB7 C; 3DSQ A; 3WG7 C; 1NBM G; 2UUC O; 2F1M A; 4GZR B; 4O4J B; 5B3S C; 1ORQ C; 2OIG A; 3D36 C; 5LL6 Y; 4PDR A; 5LGT A; 3OTF A; 1VF5 B; 5L3F A; 1P7G A; 5KAF Z; 2F93 B; 1W0K G; 1EN4 A; 3D3Q A; 2IJJ A; 4JI8 O; 4QGP A; 3BVO A; 4DV0 O; 1HP8 A; 1WN7 A; 1K4C C; 1IBK O; 2HVK C; 2GUZ B; 3SPI A; 4X62 B; 4B7E A; 4LR3 A; 1FFX B; 3L72 H; 4KXR A; 4I9W A; 1J5E O; 2EIK C; 2M7W A; 3ZRS A; 1EN6 A; 4BAY A; 1Q6I A; 4N23 A; 4B3S O; 4QE7 A; 2ETN A; 2DE0 X; 3K5O A; 3D36 A; 5IYZ A; 5LXT B; 2ZE7 A; 2ITC C; 4FPP A; 5LMU B; 4MVM A; 4I9Q A; 3KCY A; 3OAA G; 2HHH B; 1MA1 A; 1T5E A; 5H9C A; 1N0N A; 3WB2 A; 5LP6 C; 4K0K B; 4P30 A; 1Y67 A; 1NU1 H; 2JJ1 G; 3LSQ A; 3MAQ A; 4Q20 A; 4QNH B; 1Y76 A; 4NR1 A; 3E83 A; 4X20 B; 5JJN B; 4WFA V; 4WCE V; 3G6B A; 3WB1 A; 1R3K C; 4MS2 A; 5EIB C; 3HKE B; 1BL8 A; 2ZXW C; 1RP3 B; 3K04 A; 2E76 B; 1R3I C; 2PYJ A; 1MMM A; 1AP6 A; 3QO5 A; 1N36 O; 3R66 A; 3OUS A; 4QE9 A; 1DLB A; 3RVZ A; 1I94 B; 4X1I B; 1N32 B; 3B77 A; 5KHJ A; 1YJ9 V; 4FVM A; 3BA8 A; 3LUT B; 2IU3 A; 3F7V C; 1HR0 B; 1XNQ O; 1G8M A; 1BQZ A; 4D6T H; 1FXK C; 5EBM C; 4PDM A; 3L75 H; 1WPB A; 3L73 H; 1YHQ V; 4DR5 B; 3ZHU A; 3O65 A; 4DR7 O; 4U3F H; 3L9D A; 2IJI A; 4ZIB A; 1VQ5 V; 3OMA B; 4LFB B; 2Y69 B; 1MG1 A; 2CE4 A; 3JD4 A; 1YVW A; 4ZM1 A; 2KG7 A; 3SYQ A; 2BSK B; 2BTQ A; 2Y48 A; 3TET A; 4C7U A; 2GDS A; 1JFF A; 1KU9 A; 2GBO A; 4RQF A; 2Q8V A; 3DTU B; 4CH5 A; 4E2H A; 3OGC C; 4LF9 B; 4O4H A; 3ZMU A; 1D2D A; 2H3O A; 5J9P C; 1P7B A; 2B1I A; 1NR1 A; 1K9M W; 3CMA V; 2X7R B; 4WFF A; 2WAM A; 2RDC A; 1F23 A; 3IJ4 A; 4HZ3 A; 3BFR A; 3RWR D; 1IDS A; 1RFY A; 1SKV A; 1YZB A; 1SA0 B; 3CRC A; 2XAH A; 4PD4 F; 5HFL A; 3T2M A; 5A2Q N; 1QR8 A; 4LF4 B; 2DYR B; 2DW4 A; 4H33 A; 4YJ3 A; 1XMQ O; 1V9P A; 2N04 A; 3UM7 A; 3STL C; 1SQB H; 1R73 A; 3E22 A; 3W7W A; 2IW5 A; 2YIA A; 3X2Q C; 2OT5 A; 4GKK B; 4JYC A; 2YXY A; 4DK0 A; 3OMN B; 3PN1 A; 3WFV A; 2GV9 A; 5IY5 B; 1SS3 A; 2UXC O; 3CCL V; 1LUW A; 2P6J A; 1AR5 A; 3UCS C; 4I0X A; 3WG7 B; 4EKW A; 3CCS V; 2YC0 A; 3VBB A; 3K59 A; 5D5P A; 4MSW C; 4F6E A; 4NXM O; 4J41 A; 1XIL A; 5E79 Z; 5JJJ B; 4U7N A; 2OCH A; 4X1K B; 1XL4 A; 4CH4 A; 1QHT A; 4WFB V; 1F4N A; 4X89 A; 4IIJ A; 2JRI A; 2YI8 A; 4CZZ A; 2ZCE A; 4JI7 B; 4GCZ A; 3JAS B; 1FPO A; 1SQP H; 5FNV B; 1AI6 A; 4RQE A; 5EYP A; 4ICG A; 4JI4 B; 2PY5 A; 3FX7 A; 2XT9 A; 2EIK B; 4LWS A; 3VQX A; 2X6B A; 1O9G A; 4FJC C; 1KP3 A; 4JAA A; 1US6 A; 2X6C A; 3NXS A; 1NH2 D; 4UCT A; 2QWN B; 1QR9 A; 3H1L H; 2HR3 A; 3ZRW B; 4PI2 A; 4B3T O; 5B1N A; 3CB2 A; 2H94 A; 4R50 A; 2NLJ C; 3WB0 A; 3DXR B; 4GX0 A; 1LR1 A; 4CC6 A; 1ZSP A; 2RCV A; 4WBN B; 4JV5 O; 2Q7G A; 4NYK A; 5K1X A; 3B8M A; 4L8J A; 4JI8 B; 4DV0 B; 4DV3 B; 2ZXW B; 2BCC H; 2YEV A; 3K5M A; 1IBK B; 2UXD B; 4DV1 O; 1PV0 A; 4XBF A; 1WAZ A; 4OPH A; 2ZIM A; 4LFC O; 2A79 B; 4YXW G; 1SRY A; 1YTF B; 1MOF A; 1H8E G; 3A2F A; 2P4V A; 1IXM A; 3T4Z A; 3E35 A; 4B3S B; 4G2K A; 2ZE6 A; 4LF8 B; 4KFM A; 1EZV H; 4BIU A; 3B8O A; 1FXK B; 3FYE B; 3TGU H; 3K0D A; 3C3S A; 4A5U B; 2BTO A; 2LGW A; 5H6Q A; 4MVO A; 1CP9 A; 4FMT A; 4FZ0 A; 3T1H O; 2RMK B; 3EVK A; 3MHH C; 4FLY A; 1VF6 A; 2QM7 A; 1SQV H; 1SET A; 4JI1 O; 2IJK A; 4YJ3 B; 3ZMT A; 2VS0 A; 2WPD G; 4ZOL A; 3E22 B; 3OMI B; 2Q73 A; 1AJN A; 1H8H G; 3FB5 C; 1IZ3 A; 2XHB A; 4U3J A; 1VAR A; 4K3A A; 2PZS A; 5LHG A; 4X62 O; 1VQK V; 3QO8 A; 1R3L C; 3GB7 C; 3ZN1 A; 3SYP A; 5H2F Z; 3AK2 A; 3BCC H; 5KHI A; 4JI6 B; 4PDV A; 2IH3 C; 1FYJ A; 3CCQ V; 1K33 A; 5CA1 A; 4UB8 Z; 4DR7 B; 3VQW A; 1VMG A; 1CPY A; 2ZNI A; 2YDE A; 3CPW U; 3AEI A; 4K0K O; 2P22 C; 2Z0A A; 1D5N A; 4X65 O; 1KB9 F; 3BA9 A; 4GYC B; 1TAE A; 1XEQ A; 4IIJ B; 4I50 A; 3R65 A; 3X2Q B; 1DTO A; 1Q81 W; 5FPO A; 2QSA A; 1GO3 F; 2OTL V; 3Q4H B; 4TUY A; 4DV7 O; 4LWS B; 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