4E3SA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dqtp opposite dt
Total Genus 323
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
323
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
publication title Probing minor groove hydrogen bonding interactions between RB69 DNA polymerase and DNA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
total genus 323
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-03-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4e3sA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4e3sA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4e3sA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4e3sA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4e3sA03
3QEPA 3V9ZA 4KI4A 2HB5A 5D3GA 3SQ1A 3AA4A 4CHPA 4Z4HA 1C0TA 4OKEA 4FLTA 1RBVA 3DLKA 3SNNA 3RMDA 3V9UA 1D9DA 4M3XA 3HP9A 3DLBA 5FRMA 3TAQA 3E01A 3NF8A 3ZSZA 2YV0X 3OJUA 3TAFA 1HJRA 5DK5A 3TANA 5CY4A 4HCCA 1B9FA 1KTQA 2ZQBA 3KLFA 4DSKA 4B3OA 3HYFA 4N5SA 3NGZA 2VG6A 3ALYA 2HHXA 4W5OA 3HVRA 3SUOA 4Y1CA 4CF0A 4E7JA 4DU1A 2OPSA 4OGEA 5I3UA 3A2FA 1QSLA 2R7YA 4DTPA 4O44A 3NF7A 1BCOA 2D5RA 3M8QA 4CJLA 5C25A 4CESA 1EETA 4HHTA 3NDKA 1BI4A 2GBZA 1GOAA 3NH2A 3ZSXA 3T3FA 1U49A 2G8VA 1W0HA 3NGYA 3VQ9A 4Q5VA 1RTJA 3C6UA 1LAWA 4CJTA 1SL1A 4FZZA 3OVNA 1X9WA 1WAJA 1GOBA 3KLIA 1RBTA 5EU7A 3O3FA 3HJFA 2HW3A 4E89A 3KJVA 3DOLA 4E7KA 3S3OA 4O0JA 1Q9XA 3HL8A 1UOCA 1WSIA 1S5JA 1Z26A 3CFPA 3ZSWA 3O3GA 3P83D 1S9GA 2W42A 1TK5A 1RBUA 2RPIA 1U4BA 4DTNA 4I9LA 4C8OA 2B6AA 4DU3A 4R5PA 1TKZA 3V9XA 1TGOA 4DFMA 1NOYA 4YFUA 4L8RB 3HPOA 4FVMA 1L3TA 4ICLA 2B5JA 2VG5A 2OZMA 3PX0A 2EHGA 4KV8A 4RW8A 3F73A 1JLFA 4DF4A 1HNIA 4DTMA 1Q9YA 1VRUA 3PX4A 1NKBA 1RTHA 3B6OA 5JS2A 3TABA 4CJKA 1RT1A 2DTUA 4CK1A 4RG8A 5KRSA 4FJ5A 3TARA 1X9SA 1QSYA 1T8EA 4AHVA 3O4QA 1NK7A 3M8RA 2HMIA 5HP1A 2PY5A 4ID1A 4DFPA 1LW2A 5I42A 5HRRA 3PUFA 4ELVA 3L2WA 1SL0A 1X1PA 3RRHA 3CM5A 2XRIA 4AHRA 3BDPA 4M3ZA 3VQAA 4CJVA 3DRSA 4CHQA 1KVBA 3CYMA 2YHBA 1RTDA 4E7HA 1JLGA 1HNVA 1WSFA 4CIFA 4KPYA 3C95A 3L2QA 1NJXA 3PV8A 3T19A 3K5LA 4ZTFA 1HYSA 1A5WA 4FJ7A 5HLFA 3OS0A 4EP4A 1YTUA 1CZ9A 3VA0A 2Y1IA 2ZE2A 1IG9A 2BE2A 3LP0A 2E6MA 3AA2A 4BDPA 4CFAA 4Y1DA 4CJSA 4HUGA 4HCBA 3ISNC 3ITHA 3SV4A 3C6TA 3DM2A 1HQEA 3RWUA 3I0SA 3OYBA 4B9SA 4E7LA 1FKPA 4CGJA 5KI6A 4FLZA 1YT3A 4DFJA 1WSGA 3ZSYA 1NJZA 4QOZB 4K8XA 2YNIA 4IBNA 4CERA 3HXMA 3DI6A 1XWLA 3IAYA 4MQ3A 2HVIA 1KLMA 3HVTA 4KHQA 3ZSVA 3JYTA 3QIOA 5K14A 3KTQA 1C1AA 2XY6A 2LSNA 4EZ6A 3NFAA 4DQSA 4KHSA 3LP3A 4CECA 2JGUA 4CJPA 1L3SA 1TAUA 3EY1A 4M3YA 1NKCA 4CEZA 3OYGA 1BL3A 3K5OA 4JRPA 4FW1A 3KK2A 1HQUA 4IDKA 1T7PA 1DTQA 1U04A 1S6PA 3SUNA 3V9WA 3AO5A 4BE0A 3ZCMA 1BI4B 2E6LA 3V1QA 3AA5X 3HPHA 4CHNA 1GOCA 1S1XA 4GMJB 1WSJA 4KTZA 4PA1A 1U48A 3VQ7A 4CGFA 1BIUA 1CXQA 2I5JA 3VQEA 3OYNA 3LWLA 4ELUA 3SCXA 4PQUA 3SYZA 1VSJA 2YNHA 4CGIA 4J2DA 4OJRA 2KZMA 3IRXA 1T03A 2GUIA 2O4IA 4FJKA 3DRPA 4BE2A 3MXIA 3KD1E 3AVBA 2FBYA 2P5GA 1HYVA 4GVMA 2HHSA 5HRSA 4KKOA 4F4KA 1QS4A 4FLXA 1KVAA 3QNOA 3DLGA 3S3NA 2Z1IA 2VG7A 3KK3A 3ASMA 4NYFA 1SKWA 4FK2A 2Z1JA 3AVNA 4H8KA 2G8WA 3DYAA 4FW2A 3U3YA 4FZYA 4Z4IA 3LALA 5J2MA 3K57A 3U3GA 4CEAA 4EP5A 3LWMA 1ASWA 4DF8A 1SKSA 1B9DA 1EP4A 3AVJA 4PY5A 4J2AA 4IKFA 1RT6A 2FBVA 4DTJA 3K5MA 3H08A 3NAEA 4QAGA 1HMVA 2Y1JA 3SV3A 2AJQA 3CQ8A 1EKEA 4ID5A 1JLCA 4NCBA 3LZIA 4DFKA 2VWJA 5KTQA 2FBXA 4BE1A 3UIQA 3QO9A 3MEDA 1LV5A 2E4LA 3HSTB 4DLEA 4PUOA 3LANA 2BANA 1NK5A 2HHTA 4JS5A 1QE1A 3L2VA 1WN7A 3MAQA 3K5NA 3CFOA 3QINA 5JS1A 1FKOA 3VQPA 1RT3A 3MXMA 4DQRA 2IC3A 4ELTA 4ZHRA 1U47A 1Y97A 3AVMA 3P5JA 1LAVA 3SUQA 1VSKA 3DLRA 4FJ8A 4KFBA 3MECA 3AVKA 3DLEA 1RDBA 2QXFA 3V1RA 5KRTA 3V4IA 1NK8A 1A5XA 4FK4A 4B9NA 4KB0A 4CGGA 1NK6A 4EZ9A 3QIPA 1CZBA 4OPKA 3KD5E 2G8FA 1Z25A 5HRPA 1ZBHA 2HVHA 4KTWA 4RW7A 4XIUA 3EZ5A 3DMJA 3OYHA 4OLAA 2D0CA 4AHTA 4CF9A 4E19A 1JLBA 1KRPA 2HHQA 3ZT1A 2F96A 4FLUA 1LW0A 3MEEA 4CEBA 1FXXA 2OPQA 2NUBA 4F8RA 1BIZA 4CK2A 1KFSA 1VK0A 5J2PA 3ZSQA 3VN5A 3QESA 3L8BA 1KVCA 2P51A 4DLGA 2D0BA 4N76A 4FLYA 4O55A 1L3UA 3QEWA 3SZ2A 4W5TA 1RDDA 3AVLA 3PY8A 3QETA 1TKDA 2RKIA 1QHTA 3L3VA 1MU2A 2F8TA 5J2QA 1L5UA 3HP6A 1NK0A 1C6VA 4OVLA 1J54A 1TVRA 1JL1A 4CJ5A 4E7IA 2ATQA 4CJFA 1SL2A 3B6PA 4M42A 3SPYA 2QKBA 1HPZA 3IG1A 2Q3SA 4BDYA 3V81A 4KREA 4CJEA 3LZJA 2YNFA 4CHYA 3HM9A 4TSXA 1ITGA 1I3AA 1JXEA 4KHYA 3BGRA 4LSNA 3LP2A 4CEQA 3DLHA 1BCMA 4DSFA 4CFBA 4RW9A 4CJUA 4E1NA 2OA8A 5FROA 3OYKA 4KRFA 1WNSA 4ZTJA 4JRQA 1JXBA 5C42A 1SUQA 2RF2A 1WAFA 4C8NA 3VQ8A 3TI0A 1J53A 1C1BA 4B9TA 1Q8IA 1IH7A 1S9EA 3CM6A 4M3TA 3TAMA 3SQ4A 2VWKA 4HVJA 2KW4A 4JS4A 1N5YA 4FJLA 5KGXA 5KGWA 2HHUA 5FDLA 1ZBIA 4MFBA 4CJQA 3V6DA 2A1RA 4LH4A 1D5AA 3G10A 3NH1A 4B9VA 4AHUA 2G8IA 5CYQA 3PO5A 2Z1HA 1RDAA 4KAZA 1ASUA 4B9LA 1RBRA 4CGDA 3SUPA 4FK0A 4N56A 1J9AA 1D8YA 3ZT4A 3OYMA 4W5NA 3EYZA 3KLGA 4KHWA 2IGIA 4PWDA 1NKEA 2A1SA 3OYJA 3AVHA 4W5QA 5CZ1A 5C24A 4DS4A 1DLOA 3AO1A 2XY7A 4CJRA 3OYDA 3QLHA 2HNDA 3OS2A 3SPZA 2PZSA 1TKXA 3OYLA 3VQ4A 2ZD1A 4FZXC 4KB1A 1UAXA 4Z4CA 1EX4A 4CEEA 4HTUA 1J5OA 2KFNA 3HO1A 4CIEA 4UQGA 4DTSA 3KIOA 3SI6A 1LWEA 2WOMA 1NK4A 2KZZA 2KQ2A 4KHNA 4J2BA 3JSMA 1RCHA 2YHAA 3M8PA 4OKJA 4DTXA 4DTRA 4FJNA 1VSLA 2JLEA 3ZSRA 1N6QA 4LSLA 3PX6A 2IOCA 3AO4A 3OYEA 3V9SA 4CJ4A 1TK8A 4OGCA 1C0MA 1JLEA 4GW6A 1KSPA 3FFIA 4DS5A 3ZT3A 5SZTA 4DMNA 1JLAA 1SKRA 3RMAA 1YVUA 3I8DA 1S1UA 4CE9A 1KLNA 3KK1A 4CHOA 4CF1A 4DG1A 4FJXA 3TAGA 1QQCA 1C0UA 2B4JA 3AVAA 4WE1A 4I9QA 1S6QA 4HUFA 4CEOA 1IKYA 5HROA 3TAPA 4AILC 2IS3A 4O5BA 4N47A 4W5RA 1ZBLA 4B8AB 1WSEA 1U45A 4FLWA 2F8SA 1TV6A 1DTTA 1REVA 4M41A 3VQBA 4B8CA 4DQPA 3VQCA 1CXUA 3HPGA 1WLJA 2P5OA 4FJ9A 1RT5A 4M45A 2KTQA 3AO3A 1VSDA 3AO2A 2OPRA 4G1QA 3QNNA 1RTIA 4FYDA 3ZSOA 3MEGA 3C94A 4IG0A 5DMRA 3ZT2A 5HRNA 4FJMA 1A5VA 3DOKA 3TAEA 1NJWA 4B9UA 4DU4A 4OPJA 4E1MA 4F3OA 4NCGA 2X6NA 1RNHA 1NJYA 4Z4GA 4IFVA 4FM0A 3RRGA 2YKMA 3I0RA 4CFCA 3KKRA 3SJJA 4FJJA 3IS9A 4CIGA 2GV9A 1L3VA 1TL3A 4Z4FA 4BWMA 3AVCA 3AVGA 3VQDA 3L2RA 3O4NA 3D45A 1QSSA 2PYLA 2HNZA 1SV5A 3ZT0A 3U6FA 2X6SA 1S1VA 3OYFA 1BISA 3AV9A 3K2PA 4M3UA 1YTAA 1TKTA 3TWHA 3NF6A 3PO4A 4E3SA 3K58A 4AHCA 4DQQA 2BDPA 4CJ3A 1TL1A 4C8MA 3NCIA 3G0ZA 4DSLA 4CEFA 3LAKA 3QEIA 1RBSA 3NHGA 2DFEA 3F9KA 2HNYA 4M3WA 4C8LA 3KLEA 2IAJA 3SQ2A 1W9HA 3AA3A 2YNGA 4FXDA 4OKKA 2RN2A 1R0AA 1ZYQA 2X78A 3V1OA 2FBTA 3LPTA 2O4GA 4RW4A 4FJGA 4CF2A 5CZ2A 4NYNA 1XI1A 3NGIA 4B9MA 4E0DA 2DFFA 4FLVA 3VQQA 2XO7A 5J2NA 1VSHA 4DSJA 2PYJA 5J1EA 4YNQA 4CF8A 4AH9A 4F2RA 1T05A 2YKNA 3TR8A 5HBMA 2G8HA 3VA3A 1KFDA 2KFZA 1BQNA 3WNEA 1BQMA 3NH0A 3O3HA 1UA1A 1C1CA 2OPPA 3LP1A 4LY7A 4K8ZA 4FM2A 1RT7A 1RT2A 2Z1GA 4DSIA 3HT3A 3NF9A 3K59A 4FCYA 1JLQA 3LPUA 3AVIA 3LAMA 4DQIA 1F21A 3CFRA 4BWJA 3T1AA 3OJSA 3RMBA 1VSMA 3OS1A 3OYIA 2WONA 3DRRA 3ULDA 1FK9A 3P1GA 4OLBA 2XHBA 1UA0A 2OYQA 2OZSA 1VRTA 2DFHA 5E41A 3L2UA 4JLHA 4DTUA 3CG7A 4Z0UA 5T7BA 2XY5A 1B92A 2DY4A 1CLQA 1XC9A 3HK2A 2FC0A 1G15A 2D0AA 3AVFA 4CCHA 3S9HA 1RT4A 4C8KA 1NOZA 3OY9A 4N41A 1BGXT 1RILA 4AHSA 4F2SA 4CK3A 3NBPA 4B08A 4H4MA 4IG3A 4QCLA 4IFYA 2X74A 4CEDA 4F3TA 3LDSA 1EXQA 1HYZA 4H4OA 3RR7A 3KKSA 2HHVA 4M3RA 1IKXA 2P1JA 3VQ6A 1ZBFA 1ZBUA 3KLHA 4NCAA 1S1TA 4CHZA 1I39A 4Q0BA 2IDOA 1NK9A 2BGGA 1JKHA 4I2QA 3OYCA 1QTMA 3VQ5A 3RR8A 1IKWA 4DWIA 1IKVA 3WNGA 3L3UA 1K6YA 1LWCA 3QERA 3WNFA 1O1WA 4BDZA 2QKKA 2QK9A 1D9FA 1KCFA 1RDCA 1X9MA 4HUEA 1VSFA 1ASVA 3OYAA 3QEXA 4FJIA 4KO0A 3RTVA 4O4GA 3S3MA 4I2PA 4LH5A 4FJHA 3NE6A 4O0IA 2HHWA 1JL2A 4KHUA 4CJWA 1XHXA 1LWFA 1WSHA 2ITGA 5SWMA 4DTOA 3MXJA 1TK0A 4Z4EA 5CYMA 3D0PA 3WNHA 3SQ0A 3QEVA 4J2EA 1XHZA 2G8KA 1UWBA 4CFDA 1TAQA 4RW6A 3THVA 4KI6A 4KTQA 5FRNA 3RMCA 1HRHA 1S1WA 1VSIA 2XY8A 3M8SA 4DSEA 2EX3A 4LD0A 2G8UA 1VSEA 1IO2A 4I7FA 1BHLA 4BACA 4FM1A 4CGHA 2ETJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3V9WA 3V1QA 1C0FA 5H1SQ 3IUCA 3AA5X 4X64K 1GOCA 1WSJA 4PA1A 3MK6A 3VGMA 3L2OB 4WQ5A 1Q86O 3VQ7A 1X3NA 5GIPA 1BIUA 2I5JA 4ELUA 5B8HA 1WBDA 1T03A 1FZ3E 3RSEB 1HLUA 5M1PA 2GELA 5BN8A 3MCPA 3BUZB 4GVMA 2HHSA 5HRSA 3WT0A 4F4KA 1QS4A 3UKUA 4FLXA 4FWNA 3KK3A 4MDAA 3CERA 3P39A 2G8WA 3MCAB 4BGBA 4FW2A 2A40A 2ITMA 1QHAA 4RWTA 4FZYA 3CETA 3AAPA 4CEAA 5AQZA 3H08A 3NAEA 4QAGA 4BR2A 4GV6A 4ID5A 5AQIA 4DFKA 4JI5K 4DR6K 2O8FB 2NRTA 3I8BA 2FBXA 3LANA 4LC9B 3TSQA 1QE1A 2CGLA 2ZJRL 1NGIA 2E1ZA 4BC4A 4X66K 2NZTA 3QINA 4H5RA 2D4WA 3VQPA 1QQNA 3CCSN 1Y97A 4Z94A 4EP9A 3AVMA 2QM1A 1GLBG 4KFBA 5GAEP 3DLEA 3V1RA 1RDBA 3V4IA 1A5XA 4EHTA 4XH5A 3J7AP 1XNRK 3O5BA 4CGGA 3CJ7A 4OPKA 4BQLA 5BPNA 5HRPA 4IO8A 4KTWA 1ZC6A 4AHTA 4E19A 1JLBA 4JKHA 2HHQA 4KH6A 3SK3A 4C23A 1T44A 1VK0A 5J2PA 4H5WA 3L8BA 5DM7L 4QS9A 1L3UA 3QEWA 4RL5A 1MU2A 2F8TA 3ZETA 4OVLA 1ESVA 3EN9A 2A3ZA 1XMFE 1Y64A 2YNFA 3BGRA 3LP2A 1BCMA 4DSFA 4BRFA 4X62K 5FROA 3O4WA 2OA8A 3S41A 4FWSA 3U4LA 4ZTJA 1JXBA 4B9TA 4NLCA 1C1BA 1Q8IA 1IH7A 4M3TA 1NGAA 2VWKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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