4E3SA

Rb69 dna polymerase ternary complex with dqtp opposite dt
Total Genus 323
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
323
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Probing minor groove hydrogen bonding interactions between RB69 DNA polymerase and DNA.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
total genus 323
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-03-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4e3sA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 4e3sA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4e3sA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 4e3sA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 4e3sA03
4AH9A 3NCIA 4M3XA 4CJ5A 4M3RA 1XWLA 3RWUA 2IGIA 1B9DA 4J2AA 3ZT0A 3V9SA 4EP5A 3VQBA 1ZBFA 4FM0A 3C6TA 3PX0A 2YV0X 4CEAA 2PZSA 3U3YA 2OYQA 3SQ0A 3AVMA 4KHSA 1SUQA 2RPIA 3QNOA 3C6UA 3DM2A 3HPHA 1JXBA 3ISNC 3C95A 1RT3A 4BDPA 2HHWA 1KSPA 2NUBA 4H8KA 1JL1A 1VSDA 4CFBA 4TSXA 3VQ8A 4BDZA 2JGUA 2YNFA 3ASMA 3VQPA 2VG5A 1FKPA 5C42A 3L2RA 4ELTA 4FJXA 1NJXA 3C94A 2IOCA 3LP3A 1TKDA 2G8KA 1SL2A 2FBXA 3RTVA 4FJIA 4KTQA 4CJSA 2GBZA 3JYTA 3THVA 3NGZA 3SV4A 4DSJA 3KJVA 1VSEA 4CHOA 4CEBA 4DSEA 1Q9XA 4CGJA 4RW9A 1VK0A 4FJNA 3IS9A 3OYCA 4CHQA 3V9WA 3WNEA 1UA1A 3SUNA 1U4BA 1X9MA 3AV9A 4IKFA 2HHSA 1D5AA 1RT7A 3L2VA 3CFPA 4AHTA 1JLAA 4YNQA 4OLBA 4DTRA 4K8ZA 1YTUA 1BI4A 4HUEA 4BWMA 4DU4A 4CIEA 3LWMA 4CJFA 4KB0A 4AHUA 4FZYA 3NDKA 1BCMA 1S6QA 5CY4A 3V9UA 4JLHA 4FVMA 3M8RA 5HRRA 4Z4FA 4MQ3A 4ICLA 4RW8A 1KFDA 4DQQA 2HB5A 4B9UA 1S1XA 3OS0A 3PX6A 2B5JA 4DFKA 4KHYA 2A1RA 3S3OA 2ATQA 3NHGA 1KVAA 4DS4A 1ASWA 3ZT3A 3MXIA 1IKXA 4NYFA 1QHTA 4DTOA 2ZD1A 4DQRA 3TANA 5J2PA 1L3UA 4BE2A 3P83D 3NF7A 4N76A 3M8QA 1JLEA 3SQ2A 3I8DA 2KZMA 4W5OA 3FFIA 3AA5X 4DTPA 2ZE2A 3PUFA 4B9TA 4RW7A 4HCBA 1RT6A 3OYFA 1Z26A 3TAQA 3HJFA 2OPSA 3MEDA 4ID5A 3KLIA 3PO5A 1RDCA 3TAPA 1NOYA 4HVJA 1RTDA 1I39A 1C6VA 1WSIA 4FLZA 5HBMA 3QESA 3LAMA 3T1AA 2HNZA 4O0IA 3QEPA 3QIOA 4KV8A 3OVNA 3NH0A 3QEWA 1CXQA 4RG8A 4ID1A 1XHZA 2R7YA 4FJ9A 3HXMA 1XC9A 3H08A 2F8TA 4FYDA 1SKSA 1EKEA 1LAWA 1KLNA 1JKHA 3SUQA 4CJ4A 3NGYA 3QERA 3K5NA 1O1WA 2HHVA 1WSFA 5HRPA 1WSJA 1ZYQA 4I9LA 3K59A 4B3OA 1JXEA 4CJKA 1HQEA 3QIPA 5KGXA 2XY7A 2O4IA 3LALA 2HNYA 4NYNA 4C8NA 4Z4HA 4DLGA 4BWJA 3AVLA 1TK8A 4KI6A 4IFVA 1S5JA 1VSFA 1IG9A 2KQ2A 1LWFA 5FROA 3MAQA 3S3NA 2HW3A 3ALYA 1VSKA 1TKZA 2GUIA 3VQCA 2Z1JA 4B9MA 2RN2A 4FLXA 4J2BA 2E4LA 3B6PA 3VQQA 1SL0A 1A5WA 3KD1E 2YNIA 1L3TA 4FM2A 1T05A 3ZSYA 3KK1A 4E19A 1X9SA 2LSNA 1RBSA 3V4IA 1HJRA 3LP2A 3HVTA 1ITGA 1TVRA 2YKNA 4W5TA 2DTUA 3KLEA 1J54A 4E89A 4DF8A 2ZQBA 1NK0A 1X9WA 3OYEA 3LPTA 2JLEA 3KIOA 1WN7A 4FJGA 4DU1A 2KW4A 5EU7A 4Z4CA 3VQ6A 4JS4A 1BQNA 4CESA 3AO3A 4Z4GA 4GW6A 4FLWA 1KTQA 1RBTA 4DTNA 4KHUA 1MU2A 4W5NA 1RT2A 1ASVA 4Y1DA 1RDBA 3TABA 4CF2A 3KTQA 3LANA 4FLTA 4QAGA 3WNFA 3OYAA 4FW1A 4DMNA 2VWJA 1LWEA 4CF9A 3K57A 2QKBA 4CJVA 3HK2A 4IBNA 4DTJA 4G1QA 3RMAA 1JLCA 3LZIA 3VQ5A 4KTWA 3ULDA 1UOCA 1IKYA 3O3GA 1SV5A 4F3TA 1UA0A 3AVFA 2PY5A 2XY6A 5I42A 1HNVA 4F8RA 3OYMA 4E3SA 4KFBA 1QSLA 4IFYA 1KCFA 4OVLA 4AHSA 1NK6A 2HMIA 4KPYA 2PYLA 1TL1A 3CG7A 3V9ZA 1BL3A 4E7LA 2DY4A 5CZ2A 4DFJA 3OYBA 1A5XA 1NKBA 5FRNA 3HPGA 3OYNA 4B9VA 4N41A 2OZSA 3L2WA 4E1NA 4CEEA 2QKKA 3OYGA 2HHXA 2A1SA 4CEFA 2QK9A 4NCBA 1RCHA 1S1WA 1FKOA 4KI4A 3ZT2A 3DLBA 2HNDA 4PY5A 4N56A 1VSHA 2B6AA 4PA1A 3DLHA 4RW4A 4CEQA 1QE1A 3LP0A 4CGHA 3KD5E 2D0CA 5FDLA 4PQUA 2X6SA 4E7JA 4CHZA 4CF1A 1HMVA 1ASUA 1VSMA 1IKVA 1JLFA 4CF0A 4CFAA 1CXUA 3ZSXA 4KHQA 2VG6A 4CJUA 1KRPA 2BANA 1HRHA 4JS5A 3QEIA 4FJLA 1B92A 4DSFA 4IDKA 4B9SA 1RBRA 5HROA 1C0TA 1FXXA 3AVKA 1EETA 4CERA 4CJQA 3KLHA 4M3YA 3QLHA 2X6NA 3EYZA 2OA8A 5SWMA 2WONA 3OYIA 3E01A 4I9QA 2ITGA 3OYHA 4AHVA 3SV3A 2OPPA 1JLQA 3TAMA 3L2UA 4I2QA 1IH7A 3O4QA 4E1MA 4HUGA 4HTUA 3TR8A 3V6DA 3VA3A 2VWKA 1TKXA 1S9EA 1LAVA 4C8OA 4CJEA 3K5LA 2KFNA 4M45A 1DTQA 4LD0A 3SNNA 4DFMA 1ZBLA 1GOBA 3DLKA 1HYVA 5J2MA 1RNHA 4CF8A 2E6LA 3OYDA 4DFPA 2RKIA 4FLYA 4M41A 4CE9A 4DTUA 3OJUA 3JSMA 1VRTA 1EXQA 2HVHA 3CYMA 4CJLA 2W42A 3DLRA 4DQSA 3TARA 1BCOA 3AA3A 5CYMA 2KTQA 4DU3A 2XO7A 3AO1A 3D45A 1NKEA 2P5OA 4FLVA 1JLGA 1NK9A 1RILA 3KKRA 3F73A 5J1EA 3T3FA 4DTSA 1WAJA 3MXMA 1JLBA 1D9DA 2Z1IA 3CM6A 4EZ9A 4NCGA 1N5YA 3OS1A 4CCHA 4FXDA 4K8XA 4LH5A 3V1RA 1D9FA 1WNSA 4CJWA 4FLUA 2X74A 4DQIA 2YHBA 4CEOA 4FCYA 1BQMA 4CIFA 2Z1GA 5DK5A 4FJ8A 3ZT4A 1BGXT 2IS3A 4CK2A 1NK8A 4E0DA 5CZ1A 1BIZA 2QXFA 4I7FA 4OLAA 1K6YA 2FBYA 2EX3A 3I0RA 3TAGA 3DRPA 3LAKA 3SPZA 1EX4A 2DFFA 3DRRA 1UAXA 4IG3A 3TWHA 3EZ5A 3RRGA 4AHCA 4ELUA 4DWIA 3L3UA 4JRQA 1RBUA 4DG1A 1SKWA 4M3WA 1HNIA 1LW2A 3DOLA 1NJYA 3VQ7A 4I2PA 4YFUA 3AVNA 1KVCA 1RBVA 4E7HA 3F9KA 5C24A 4OPJA 3M8SA 1YT3A 1J53A 4B9NA 4FZXC 3AVBA 3K5OA 1WSEA 2XY8A 5JS2A 4KREA 4UQGA 2G8WA 3CFRA 3KK2A 4DTMA 3DI6A 3SQ4A 3ZCMA 1JL2A 1CZBA 1RTJA 2FC0A 1T7PA 4CGDA 4KHNA 3AO4A 4F4KA 4Q0BA 4ZTFA 1S9GA 3AVHA 3QEXA 2IDOA 1U49A 1EP4A 2P1JA 3SUPA 1G15A 4HUFA 3I0SA 2BDPA 1TL3A 4FK4A 4OKJA 1YVUA 5CYQA 5E41A 4Q5VA 3M8PA 5J2NA 3L2QA 5JS1A 3S9HA 1A5VA 3V1QA 1RTIA 1L3SA 3RR7A 2DFHA 4DTXA 4M42A 2G8UA 3CM5A 4XIUA 4M3ZA 2D0BA 3S3MA 2YNHA 3TAFA 3ITHA 3ZSVA 4DSIA 1TK5A 5HP1A 1J9AA 3NFAA 1U48A 3DRSA 3RMDA 1B9FA 3DYAA 4CGIA 2AJQA 5K14A 3NH2A 4FJ5A 2HHTA 2VG7A 4CJRA 1C1AA 4CIGA 3HPOA 1SL1A 3AA2A 4F2RA 4FJMA 4GVMA 4F2SA 4BE1A 1QSYA 1C1CA 4CECA 3HO1A 1GOCA 1QSSA 4FM1A 4AILC 1T8EA 1BIUA 2XY5A 3WNHA 3DLGA 4W5RA 3OY9A 2G8IA 3NGIA 4M3UA 3NF6A 3U3GA 2F8SA 3L3VA 2Q3SA 1Z25A 4BACA 1DTTA 3QNNA 1QQCA 1T03A 2DFEA 4CHNA 1CLQA 5KRTA 4F3OA 3P5JA 3SJJA 4MFBA 1NJWA 3ZSZA 2B4JA 4KTZA 3NF8A 2O4GA 3K2PA 4FW2A 4HHTA 3D0PA 1GOAA 3RR8A 4Z4IA 3MEEA 4OKKA 4CK1A 1NKCA 2OPRA 4DSLA 2D5RA 3SPYA 3ZSQA 4GMJB 2KFZA 1TGOA 1UWBA 3RMCA 1J5OA 1QS4A 4FJ7A 3NE6A 1IO2A 2BE2A 1KVBA 1VSIA 3VQDA 2F96A 3OS2A 4JRPA 2KZZA 3ZSOA 4CEZA 3HYFA 5HRSA 3SZ2A 3QEVA 4PUOA 4FZZA 4E7IA 3WNGA 1RDDA 1L5UA 1U45A 4OKEA 2YNGA 3LWLA 3V1OA 4QCLA 4LSNA 3HM9A 3CQ8A 3VQEA 4ZHRA 4H4OA 3PV8A 1YTAA 3LZJA 3AVGA 4KO0A 1QTMA 1Q9YA 4LH4A 4O44A 3K58A 4LY7A 3HVRA 3PX4A 4O5BA 4ZTJA 4FJJA 3AVIA 3TI0A 4C8LA 4OGCA 4KKOA 4CEDA 1TAQA 1W0HA 4AHRA 1X1PA 3SYZA 4QOZB 1DLOA 1S6PA 3O3FA 3A2FA 3QETA 4KAZA 3VQ9A 3TAEA 1S1UA 2E6MA 3LPUA 4DS5A 1C1BA 5I3UA 4O55A 5KI6A 5KRSA 3VA0A 3OYKA 3BGRA 3P1GA 1XI1A 1S1VA 4J2DA 1RDAA 1VSJA 3B6OA 1ZBHA 2P51A 3SUOA 3AA4A 3MXJA 2WOMA 1VRUA 4OJRA 4OGEA 2FBTA 2OPQA 2XRIA 5KGWA 4CJTA 4FK2A 5SZTA 1C0MA 3HP6A 3VQ4A 3KK3A 1TAUA 3ZSWA 3AVCA 2HVIA 4J2EA 5T7BA 3AVAA 4O0JA 1NOZA 3KLGA 1WLJA 1IKWA 2OZMA 1W9HA 4CHYA 3DMJA 3HP9A 3OJSA 2PYJA 3QO9A 4CGGA 3V9XA 4M3TA 1N6QA 4B9LA 1ZBIA 1HQUA 2G8HA 3RMBA 3OYLA 2HHQA 4C8KA 1RTHA 5FRMA 1NK5A 3IG1A 2G8VA 3HT3A 4E7KA 1BISA 3DLEA 3PY8A 2P5GA 1WSGA 4CJ3A 4NCAA 2G8FA 3SCXA 3K5MA 2Y1IA 1KLMA 3DOKA 1NK7A 1HPZA 1HYZA 3ZT1A 4DF4A 1WAFA 3VN5A 2GV9A 2Z1HA 4W5QA 3AO2A 4N47A 1LV5A 4FJKA 3ZSRA 4KRFA 4CFDA 3KLFA 2XHBA 1NJZA 1SKRA 4KB1A 3MECA 4O4GA 1I3AA 1RT5A 3NBPA 2Y1JA 3PO4A 1WSHA 1F21A 1BI4B 3G0ZA 5DMRA 4L8RB 2BGGA 4DQPA 1U47A 3AO5A 3O4NA 3IAYA 2D0AA 3QINA 2YKMA 1RT4A 3G10A 1C0UA 3HSTB 4B08A 3LDSA 3SI6A 4EP4A 4IG0A 2FBVA 3U6FA 4HCCA 3RRHA 5D3GA 4LSLA 5J2QA 3UIQA 5HLFA 4FK0A 3SQ1A 3NAEA 3T19A 2IAJA 3HL8A 2X78A 4WE1A 4CGFA 5KTQA 1L3VA 3AVJA 1XHXA 1R0AA 4CK3A 3O3HA 4EZ6A 2ETJA 4CHPA 4BE0A 4OPKA 2IC3A 3EY1A 1RT1A 3MEGA 2EHGA 1LWCA 3NH1A 4BDYA 1D8YA 4CFCA 1TV6A 2RF2A 5C25A 1S1TA 4B8AB 4B8CA 1LW0A 1TK0A 4FJHA 4Y1CA 1HYSA 1KFSA 3OYJA 1VSLA 4KHWA 2HHUA 3BDPA 3NF9A 1ZBUA 3VQAA 1NK4A 4R5PA 2YHAA 3KKSA 4Z0UA 1Y97A 1Q8IA 3V81A 1U04A 1BHLA 4PWDA 1REVA 1TKTA 4H4MA 4CJPA 4ELVA 1FK9A 1CZ9A 4DLEA 2I5JA 3IRXA 4RW6A 3CFOA 5HRNA 4C8MA 4N5SA 4Z4EA 3L8BA 4DSKA 3LP1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3EN9A 4GKJK 2RN2A 1GLDG 2E4LA 3J81O 1SL0A 4Z94A 4XH5A 5BR8K 4E19A 1RBSA 1YI2N 1E3MA 3LP2A 3HVTA 3MDQA 4W5TA 2DTUA 3KLEA 4U67L 5CHIA 1NK0A 1X9WA 5AR0A 5EU7A 3TL8B 2GTDA 4Z4GA 3T1HK 1KTQA 1RBTA 4KHUA 4FWMA 1ASVA 4A57A 3LANA 3WNFA 3J7AP 2JHAA 4IEEA 4CF9A 5CE3A 2JWLA 1YUWA 2QKBA 4CJVA 4IBNA 4DTJA 1JLCA 3LZIA 4IZ9A 4KH6A 4MLHA 3D2FA 1SV5A 2FLOA 3OGLB 1FZ1E 2PY5A 2XY6A 4JKAA 3MKSB 4E3SA 2VQEK 1KCFA 4PHTX 2HMIA 1TL1A 3CG7A 1ZXOA 1FZ8E 4JK8A 4E7LA 4DFJA 3OYNA 4B9VA 3FE1A 3L2WA 4CEFA 3O5BA 1VQ8N 3ZT2A 4N56A 3DLHA 4A61A 3HI0A 3HSCA 1OH6A 4CEQA 3C6AA 3E4YA 2D0CA 5FDLA 4PQUA 2X6SA 1XC3A 1RDUA 2JH9A 1CXUA 4KHQA 2BANA 4FJLA 1B92A 4IDKA 1NMNA 1C0TA 3AVKA 3WXKA 5A2QO 1Q82O 4PKIA 4BREA 4DHYA 3OYIA 2ITGA 4BC4A 5M1NA 2D1KA 3TAMA 3THYB 3E66A 2Q97A 1FZ6E 3R6MA 4DR2K 3SAFA 4C8OA 1ATSA 1XMOK 2KFNA 1GOBA 3DLKA 1RNHA 2E6LA 2RKIA 4DTUA 1NGCA 2JWKA 3JSMA 2HVHA 4CJLA 3DLRA 2P5OA 5FPEA 4AF1A 4JKGA 2UUCK 3MWPA 5J1EA 1KD1O 3D2FB 4E1JA 2Z1IA 3CM6A 1KC8O 1D9DA 4CD3A 4NCGA 4NO7A 2HBKA 4WYBA 1D9FA 4B1VA 4CVNE 3EKUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4LF4 K;  3CF5 L;  3RWU A;  3ZT0 A;  3ID6 A;  4H5V A;  3U3Y A;  2OYQ A;  3AVM A;  3DM2 A;  4HUF A;  4BDP A;  3HPH A;  1JXB A;  2HHW A;  4JYA K;  3BY5 A;  2J4R A;  4BDZ A;  3G6E N;  4LF5 K;  2VG5 A;  4DV6 K;  2HBJ A;  4ELT A;  4FJX A;  4FPB A;  1GLL O;  2G8K A;  2GBZ A;  3E9P A;  3WUH A;  4DSJ A;  4IFE A;  4DR7 K;  5M1F A;  3IS9 A;  3OYC A;  4CHQ A;  2HST A;  4FSV A;  1U4B A;  3MN7 A;  4JKB A;  4IKF A;  1RT7 A;  3L2V A;  2E2P A;  4BWM A;  4CIE A;  4BRN A;  4AHU A;  4FZY A;  3V9U A;  2ITM A;  1BOT O;  4FVM A;  1VHX A;  3BEX A;  3N4Q A;  4Z4F A;  3AGK A;  3BZC A;  3WEE A;  4RW8 A;  1S1X A;  5JLF A;  4DFK A;  2A1R A;  5AQU A;  4FWO A;  3LDO A;  5E84 A;  1XVD E;  1IKX A;  3J8A A;  4RWT A;  2V7Z A;  2V51 B;  4DTO A;  4JKF A;  2ZGY A;  4DQR A;  1VQK N;  5J2P A;  3LM2 A;  5AQO A;  3P83 D;  3NF7 A;  5FPM A;  3I8D A;  2KZM A;  3HTV A;  4DQ8 A;  4W5O A;  3M6G A;  4DTP A;  4DV5 K;  4B9T A;  4HCB A;  1RT6 A;  1XVE E;  3TAQ A;  5AQF A;  2VGM A;  3KLI A;  3DAW A;  3PO5 A;  2VCP A;  3TAP A;  1NGD A;  1NOY A; 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