4E3UA

Crystal structure of hen egg white lysozyme cryoprotected in proline
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Proline: Mother Nature's cryoprotectant applied to protein crystallography.
pubmed doi rcsb
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-03-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4e3uA00
1GB9A 3B6LA 2WARA 1EL1A 1YIKA 4ML7A 3WPLA 1XGQC 4BAPA 5LVJA 3CQLA 1T3PA 5LIOA 1B5VA 1XSFA 2H9KA 4J1AA 5F9XA 5HNCA 1IC7Y 3OJPA 1UACY 2MEEA 1YKYX 4LZTA 1G7LC 1LAAA 1JIYA 3P65A 1E8LA 4GN3A 1HC0A 1DQJC 2MECA 4NHQA 5LVHA 1XEJA 1PS5A 2W1YA 5I54A 3CSZA 4DYGA 1GE1A 1YANA 4ZEEA 1FLWA 4PPOA 4RDSA 4RLNA 4B49A 4Z41A 5D5FA 1CJ8A 1HHLA 3RU5A 1I56A 1BQLY 1QTKA 3WUMA 4YOPA 5FELA 1KIQC 4H9HA 3EMSA 4KT3A 4LYZA 1JKBA 4NGVA 1JITA 4DT3A 5F14A 5JENB 1I1ZA 4PGJB 2XBSA 2DQCY 1IWTA 2XTHA 3W6FA 1G7MC 4N9RA 3N9CA 1JTPL 3W3EA 4H9CA 1D0LA 3CB7A 1IWVA 1HMLA 4WLYA 1IOTA 2ZYCA 5M1YA 1GBZA 1HFYA 4H92A 3A67Y 1IOCA 1WQRA 1LZYA 1HEQA 2DKVA 1D6PA 2MEGA 2YBLA 1BVXA 4NG1A 4HTKA 2ZIJA 4NEBA 5HMVA 4PRUA 5ILFA 1CKDA 2BQAA 5DN4A 3TXFA 1YAQA 2BQGA 4D9ZA 2Z37A 1D9UA 3LZ2A 4H9BA 1OP9B 3LYZA 1FLQA 4XADA 1LZGA 4NGKA 4NFVA 5FDJA 1NHEA 1WQOA 2DQFC 4NIJA 1IWXA 2BQEA 5KXYA 4XJGA 2BQHA 3ZEKA 5J7CA 3B0IA 4RW1A 4GLVA 3A94A 1IY3A 1GXXA 4N5RA 5KXNA 2LZTA 5APFA 1GBOA 3WXUA 3AZ6A 5L3IA 3LYMA 4OOOA 1OUCA 7LYZA 3CT1A 5B05A 2LYMA 4TSCA 3WPKA 4H93A 4L41A 1NQIA 2BQBA 3WW6A 1LMAA 1LPIA 2NWDX 4RLMA 5KXKA 1LMOA 2VB1A 4WOAA 1B7RA 2FBBA 4N1CC 3G3AB 4TX7A 5DL9A 2HEDA 5KJ9A 5F9UA 4WM5A 1IWYA 2DQDY 1YAOA 2HU1A 1WQNA 2XJWA 2YVBA 2AUBA 1INUA 1IP5A 1OUHA 4YEMA 5HNLA 1OUFA 4IASA 1GBWA 1GFJA 4NHIA 3T36A 1LHJA 4XN6A 4HJYA 3T6UA 2Z18A 1JJ0A 4Z98A 1LZ5A 5DM9A 1LZNA 1TDYA 4H9AA 1WVUA 1YKXX 1LHKA 1LZ4A 4HPEA 1GEZA 4II8A 5HMJA 3ATOA 1GE3A 1LZCA 208LA 4XENA 5I4XA 4FJRA 1GFEA 2YBHA 5E9RA 3A90A 2YBJA 4LYTA 1GE0A 1OQMA 4MCKA 1LSMA 1DPWA 1GE2A 5LVGA 1GFAA 1FLUA 1GE4A 2FYDA 1LJJA 5LVIA 2C8PA 4H8XA 3WVYA 4CGEA 1GB7A 3D9AC 4H91A 5EBHA 1LOZA 1CJ9A 3B0OA 5T3FA 1LZ1A 1IY4A 1GF4A 4PHIA 1B7MA 1UIHA 1AKIA 1YL0X 2D91A 4G4HA 1LZSA 4HTNA 2BQKA 1RFPA 1IEEA 2BQLA 4DC4A 1IOQA 2Z19A 3AW7A 4H1PA 1C45A 1QUTA 4WM4A 5DLAA 1LJIA 1P2CC 4ETCA 4OWCA 4M4OA 1LSPA 1J1PY 1IP4A 5FSTA 4NY5A 2YBNA 153LA 3P64A 1GB5A 1A2YC 1TBYA 1LYSA 1LHMA 2DQGY 4ET9A 1VATA 1BB3A 3EO5A 2G4QA 3WUAA 1IR9A 3WXTA 4ETAA 4Z3MA 3WMKA 2G4PA 1BB6A 4LGKA 1IVMA 1LHHA 1F6RA 1QSWA 1B9OA 4WO6A 5HQ1A 1SQ2L 2HUBA 3CT5A 1IOSA 1GBXA 1HERA 4GCCA 4NGYA 1BWHA 1LZDA 1NKHA 4PRQA 4B0DA 1YQVY 1IO5A 1NDGC 3E3DA 2F30A 5II3A 4OW1A 5LA5A 1RCMA 3A34A 1XFPL 1XGPC 3A6BY 1WVVA 2DBTA 5I4YA 1D6QA 132LA 3ATNA 5KKJA 4LT1A 4OWBA 3WW5A 1GB2A 1GF8A 3LN2A 4NGOA 3HBEX 2Z39A 1KXWA 2Z2EA 1NDMC 3AZ7A 1DPXA 1GBSA 1KIRC 4OWEA 5KXOA 4LYCA 4J7VA 1LHLA 4OOTA 5L3HA 3HFMY 4WL6A 3BKVA 4DDAA 1JTOL 3QY4A 4AXTA 4E3UA 1GB3A 1J1OY 3GXRA 3TXJA 1OUAA 4QEQA 1GFGA 1LYOA 4OWHA 2BQJA 1GWDA 1UICA 4EOFA 1LSNA 1IORA 1IWZA 133LA 1CKHA 1LKRA 1LMPA 1UIEA 1F10A 2W1MA 1VFBC 1XGTC 3AJNA 3AZ4A 3M18B 4NG8A 5APCA 4QY9A 1YILA 1IP1A 1LCNA 1LSAA 4EMNA 5HLLA 1GF0A 1J1XY 1B0DA 4GCEA 1LJNA 1DKJA 4LYOA 1LSGA 1GFRA 1UIAA 4UWNA 1OUBA 1WTMA 5I5QA 3WPJA 2HEFA 5LINA 3TMUA 1C08C 1B5YA 1GAZA 2BQIA 1QIOA 4J1BA 3G3BB 2MEBA 4G49A 4GCDA 1FDLY 1LZEA 1GF9A 1MELL 2YSSC 4NHSA 4BADA 4H9EA 1YKZX 5LYZA 2W1XA 5K7OA 2CGIA 3ZVQA 1KXXA 4I0CA 1LSFA 2F2NA 3RT5X 1LJ3A 1GB6A 5KXLA 3A91A 4O34A 4FDYA 1LJKA 1GF3A 3W6AA 1LZBA 2YBMA 4XYYA 2BQCA 4ANRA 1BWJA 2F4GA 3AGHA 2ZILA 3AB6A 1LJEA 1IX0A 1VEDA 1T6VL 3A95A 4MR1A 1LZTA 194LA 3D3DA 4B1AA 1B7QA 1KIPC 2BPUA 1LSBA 4LT0A 3WU9A 3MGWA 2IFFY 1GB0A 1VAUA 2DQAA 1DI3A 3AGIA 3WVXA 4LYBA 3HBHA 5KXRA 4MSTA 3A6CY 3ZVQB 5KXXA 1AM7A 2I26L 3M3UA 2X0AA 4ZFPA 1LYZA 5LA8A 4WG7A 4X3BA 3WH1A 1YROA 1GFHA 1JTTL 2W1LA 1REYA 3W6DA 3TXEA 3BKHA 5A3EA 3W6BA 2F4AA 4NGWA 4PJ2C 1FLYA 2CJLA 3OK0A 1V7SA 5FCPA 134LA 4WLTA 1GFTA 1JJ1A 1UCOA 4HV1A 3KAMA 2D4JA 3RZ4A 6LYZA 2Z38A 4NSGA 2MEIA 2D6BA 1OUDA 1IR8A 1ZMYL 1JKCA 2LHMA 4GN4A 3A96A 5APDA 1JHLA 2HECA 2XBRA 4NGIA 1LHIA 1REZA 1BGIA 2BQDA 2Z12A 3AGGG 4IATA 5KXSA 4I8SA 1C10A 5FHWA 1C46A 4G4CA 4WM3A 1HF4A 1LKSA 1OUIA 2YBIA 1B5XA 1HSXA 4NGJA 5IDDA 2MEDA 4YF2A 3WL2A 4DD0A 1VDTA 2G4NA 1HELA 4WG1A 5F16A 1OUJA 1IIZA 4XJDA 3W6CA 1IC4Y 1HEMA 1JJ3A 1AT6A 1YAMA 5KXTA 1DI4A 1VDPA 2ZQ4A 3N9AA 1FBIX 1JPOA 8LYZA 4NHPA 3TXIA 4H8YA 2BQFA 4LT3A 1DXJA 1C43A 1HEWA 4HTQA 1RE2A 1IP2A 1LJGA 2Q0MX 2FBDA 3K3TA 4M6DA 1LMTA 1BB7A 1GAYA 5D5CA 1LJFA 1N4FA 1REXA 2ZYPA 1LMNA 3EBAB 3TXGA 1LJ4A 4J0LA 1GXV2 1UIBA 2Y8PA 4H94A 1G7HC 4WLXA 2RSCA 1VDQA 1LTMA 1NF5A 2MEAA 1GFUA 1LMCA 2MEFA 1LZ9A 1YAPA 2DQIY 4HSFA 5KXZA 5B07A 4YM8A 5AMYA 1UBZA 1UUZC 1DZBX 4NGLA 4NWEA 4XJHA 6LYTA 2LZ2A 1FKVA 3CSRA 5APEA 1UC0A 2CWIA 4HJVA 1BVKC 1XEIA 4RW2A 1XGUC 1WTNA 2MEHA 4XJBA 1QTEA 3FE0A 4C3WA 1GFKA 4WLDA 1GEVA 3ULRA 1JKAA 3A3RX 1GPQC 1LMQA 3QE8A 2Z2FA 2C8OA 1RJCB 2ZWBA 1LJHA 4GCBA 3RW8A 1W08A 3WU7A 1B7NA 4TSBA 2LYZA 5F81A 2BLXA 2ZNWY 3F6ZA 1LZAA 4KL7A 2ZIKA 4HP0A 4LFPA 4HJZA 1LSCA 5C6JA 4LYMA 1H87A 135LA 1BWIA 4KXIA 5C6LA 3CT0A 1JKDA 3WULA 4WM6A 2HEEA 3P4ZA 5FEKA 5L9JA 4DD3A 1BB4A 4NWHA 5KXMA 1ALCA 4UWVA 154LA 4OWAA 4W96A 1A4VA 3WUNA 4P2EA 1GDXA 1B7OA 4A7DA 1V7TA 4NSHA 1HEPA 4R0FA 1EQ4A 2BQNA 2B5ZA 3TXBA 1LZ6A 3TXDA 1IP3A 2N5ZA 3A92A 2YDGA 4NHTA 5ILCA 3W6EA 3N9EA 2HU3A 1GBYA 1JSFA 1IWWA 1B2KA 1HMKA 1QSAA 207LA 1TCYA 2EQLA 4YEOA 5LAGA 3AZ5A 2CDSA 1C7PA 1MLCE 4TTDA 4B4EA 3HBDA 4BS7A 1DKKA 1D0KA 2DQJY 1WQMA 1ZVYB 2D4KA 3A8ZA 3P68A 3RNXA 1GD6A 1JSEA 2BLYA 2HEAA 3AYQA 3B0KA 4H9IA 4B4IA 4HV2A 1F6SA 4QDNA 1QUSA 1RI8B 1WQQA 5I4WA 4N1EI 3AW6A 1TEWA 5B1FA 5DN5A 5KKIA 3FI7A 1CJ6A 1UIDA 2EKSC 2BAAA 3TMXA 2ZNXY 1GF6A 4NSIA 5B06A 4KPMA 1B7LA 4CFPA 4DDCA 4NSJA 4NGZA 1LZRA 1AZFA 3J4GA 1XEKA 4WL7A 3B72A 1IWUA 5I53A 1GF5A 2I6ZA 5LYMA 1EQEA 3IJUA 1G7JC 1VDSA 4ETBA 1H6MA 1QQYA 3TXKA 3QNGA 4ETEA 1LSEA 4WM1A 1BHZA 1IR7A 4DDBA 2H9JA 2IHLA 4LT2A 3CSQA 1FN5A 1HNLA 1JUGA 4G9SA 1DI5A 2HEBA 4G4BA 4R6CA 3WU8A 1HFXA 1GF7A 3A3QA 1F0WA 5IELA 1B7SA 1LYYA 1Z55A 4CJ2A 3LZTA 5C6IA 1REMA 5A3ZA 5IHGA 1KXYA 1LZ8A 2D4IA 3IWRA 3SP3A 4TUNA 1NBZC 1CNSA 1EQ5A 4GN5C 1B5ZA 4IJ4A 5LVKA 3TXHA 1HENA 3J6KA 4UWUA 2DQHY 2H5ZA 5LYTA 1PZYA 1XGRC 1LSDA 2A7FA 2DQEY 1HEOA 2FYCA 1TAYA 2ZQ3A 1IP6A 1GDWA 4H90A 4WM2A 4XJFA 1ZV5L 5E4PA 1LSYA 1NBYC 1OUEA 4DD9A 1OUGA 5B1GA 1CKCA 4H9FA 1B7PA 3EXDA 1CKGA 1FKQA 1GB8A 1GHLA 4U3XB 4ZIXA 2I25L 2A7DA 4C5FA 1W6ZA 1CJ7A 1UIFA 3LYOA 4W94A 3GXKA 2LYOA 4YENA 4AGAA 4GLAA 4CHXA 1JEFA 4DWXA 4HPIA 1O23A 4LFXA 1JWRA 2BQMA 1IP7A 1AT5A 1CKFA 2EIZC 3IJVA 3LHMA 3LYTA 3VWOA 3WYHA 1UA6Y 5B59A 3A93A 4BAFA 4B4JA 5LAFA 4ET8A 2BQOA 1QDTA 1SLYA 2EPEA 4TWSA 5LXWA 5KXWA 1WQPA 4ETDA 4WO9A 4DD2A 4Z46A 9LYZA 1BB5A 4WMGA 1G7IC 4CFOA 1YL1X 1B5WA 4N8ZA 2GV0A 1GFVA 4GCFA 1NWGA 1UIGA 2HTXA 3TMVA 193LA 1IC5Y 3TMWA 1NMMA 1ZVHL 4H8ZA 5KY1A 4N0JA 4QGZA 1LSZA 1HSWA 2PC2A 5KXPA 4DD7A 3P66A 1JISA 4DD1A 1HFZA 1QDRA 1D0MA 1B5UA 1I20A 4XJIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C6TA 1GB9A 3WPLA 1EL1A 1YIKA 4BAPA 1B5VA 1XSFA 2H9KA 5F9XA 3OJPA 1YKYX 4LZTA 1L96A 4GN3A 1C60A 1DQJC 5LVHA 1PS5A 2W1YA 2IGCA 4DYGA 2RB0X 4RDSA 1L34A 4Z41A 1CJ8A 1HHLA 3RU5A 1I56A 1L16A 1L48A 1L86A 4KT3A 2LCBA 1P36A 3DN1A 5F14A 189LA 1I1ZA 4PGJB 1G1WA 4H9CA 1PQMA 1WQRA 1LZYA 2DKVA 4HTKA 5ILFA 2BQAA 4D9ZA 1OP9B 2F47A 4NGKA 4NFVA 2NTGA 1NHEA 1WQOA 2DQFC 5KXYA 2BQHA 5J7CA 4ARQB 4RW1A 1GXXA 2LZTA 3UONA 1L20A 3K2RA 5B05A 2LYMA 4L41A 1LPIA 4RLMA 2RB2X 5F9UA 168LA 4I7OA 5HNLA 4XN6A 4Z98A 5DM9A 1LLHA 1WVUA 4HPEA 1GE3A 208LA 3SB5A 5I4XA 4LYTA 1GE0A 4MCKA 1LSMA 1DPWA 188LA 2FYDA 1GB7A 4H91A 5EBHA 4I7JA 3B0OA 1IY4A 1UIHA 1AKIA 2D91A 4G4HA 2BQLA 1L64A 4DC4A 1LWGA 5DLAA 1LJIA 4ETCA 1J1PY 213LA 153LA 4PJZA 2DQGY 2RAYX 4ETAA 1L68A 1L55A 4WO6A 1B9OA 5HQ1A 1SQ2L 2HUBA 3CT5A 1HERA 1XEPA 1LZDA 2F30A 1RCMA 1L70A 258LA 1L90A 256LA 1D6QA 4I7NA 2RH1A 1GB2A 1GF8A 3SB7A 1NDMC 4J7VA 261LA 4WL6A 2O7AA 4E3UA 3TXJA 1GFGA 1L84A 1LYOA 4OWHA 1IORA 1P5CA 3AJNA 1VFBC 3M18B 176LA 1YILA 1IP1A 4I7RA 1LSAA 1B0DA 1LJNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GB9 A;  3B6L A;  2WAR A;  1EL1 A;  1YIK A;  4ML7 A;  3WPL A;  1XGQ C;  4BAP A;  5LVJ A;  3CQL A;  1T3P A;  5LIO A;  1B5V A;  1XSF A;  2H9K A;  4J1A A;  5F9X A;  5HNC A;  1IC7 Y;  3OJP A;  1UAC Y;  2MEE A;  1YKY X;  4LZT A;  1G7L C;  1LAA A;  1JIY A;  3P65 A;  1E8L A;  4GN3 A;  1HC0 A;  1DQJ C;  2MEC A;  4NHQ A;  5LVH A;  1XEJ A;  1PS5 A;  2W1Y A;  5I54 A;  3CSZ A;  4DYG A;  1GE1 A;  1YAN A;  4ZEE A;  1FLW A;  4PPO A;  4RDS A;  4RLN A;  4B49 A;  4Z41 A;  5D5F A;  1CJ8 A;  1HHL A;  3RU5 A;  1I56 A;  1BQL Y;  1QTK A;  3WUM A;  4YOP A;  5FEL A;  1KIQ C;  4H9H A;  3EMS A;  4KT3 A;  4LYZ A;  1JKB A;  4NGV A;  1JIT A;  4DT3 A;  5F14 A;  5JEN B;  1I1Z A;  4PGJ B;  2XBS A;  2DQC Y;  1IWT A;  2XTH A;  3W6F A;  1G7M C;  4N9R A;  3N9C A;  1JTP L;  3W3E A;  4H9C A;  1D0L A;  3CB7 A;  1IWV A;  1HML A;  4WLY A;  1IOT A;  2ZYC A;  5M1Y A;  1GBZ A;  1HFY A;  4H92 A;  3A67 Y;  1IOC A;  1WQR A;  1LZY A;  1HEQ A;  2DKV A;  1D6P A;  2MEG A;  2YBL A;  1BVX A;  4NG1 A;  4HTK A;  2ZIJ A;  4NEB A;  5HMV A;  4PRU A; 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 1B7S A;  1LYY A;  1Z55 A;  4CJ2 A;  3LZT A;  5C6I A;  1REM A;  5A3Z A;  5IHG A;  1KXY A;  1LZ8 A;  2D4I A;  3IWR A;  3SP3 A;  4TUN A;  1NBZ C;  1CNS A;  1EQ5 A;  4GN5 C;  1B5Z A;  4IJ4 A;  5LVK A;  3TXH A;  1HEN A;  3J6K A;  4UWU A;  2DQH Y;  2H5Z A;  5LYT A;  1PZY A;  1XGR C;  1LSD A;  2A7F A;  2DQE Y;  1HEO A;  2FYC A;  1TAY A;  2ZQ3 A;  1IP6 A;  1GDW A;  4H90 A;  4WM2 A;  4XJF A;  1ZV5 L;  5E4P A;  1LSY A;  1NBY C;  1OUE A;  4DD9 A;  1OUG A;  5B1G A;  1CKC A;  4H9F A;  1B7P A;  3EXD A;  1CKG A;  1FKQ A;  1GB8 A;  1GHL A;  4U3X B;  4ZIX A;  2I25 L;  2A7D A;  4C5F A;  1W6Z A;  1CJ7 A;  1UIF A;  3LYO A;  4W94 A;  3GXK A;  2LYO A;  4YEN A;  4AGA A;  4GLA A;  4CHX A;  1JEF A;  4DWX A;  4HPI A;  1O23 A;  4LFX A;  1JWR A;  2BQM A;  1IP7 A;  1AT5 A;  1CKF A;  2EIZ C;  3IJV A;  3LHM A;  3LYT A;  3VWO A;  3WYH A;  1UA6 Y;  5B59 A;  3A93 A;  4BAF A;  4B4J A;  5LAF A;  4ET8 A;  2BQO A;  1QDT A;  1SLY A;  2EPE A;  4TWS A;  5LXW A;  5KXW A;  1WQP A;  4ETD A;  4WO9 A;  4DD2 A;  4Z46 A;  9LYZ A;  1BB5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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