4E3UA

Crystal structure of hen egg white lysozyme cryoprotected in proline
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Proline: Mother Nature's cryoprotectant applied to protein crystallography.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-03-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4e3uA00
2G4QA 4GN5C 1GBZA 4HJZA 4WM6A 1FBIX 1YKYX 2W1XA 5KKJA 4GCEA 1B7MA 1I56A 1JTPL 1EQEA 4XJDA 1GDWA 1LSBA 2HECA 2Q0MX 2W1LA 1FKVA 1HEPA 3A34A 1LMQA 2I6ZA 1B7RA 4NIJA 2EQLA 3A6BY 4PRUA 3OK0A 5F16A 1IWZA 5LVIA 1TAYA 2F30A 4HTNA 1LZTA 4HSFA 1D0LA 1GFUA 1TDYA 4CJ2A 4HJYA 2MEEA 4NSIA 3VWOA 1HEQA 4H9BA 4OWCA 1LZRA 2Z19A 2N5ZA 4MCKA 2LYMA 3TMUA 2ZNXY 1JHLA 1OUEA 2Z2EA 4PJ2C 3IJVA 4G4HA 1BB7A 3QNGA 3TXIA 4ZIXA 3WU8A 1CKDA 1JSFA 1FLUA 2BQOA 1IOSA 2GV0A 2YBIA 194LA 5I5QA 4H9EA 2FBBA 3MGWA 133LA 1KIPC 4TSCA 2CJLA 1GFVA 4U3XB 1UIDA 4NGVA 1GF4A 1LZ4A 1YL1X 2LYOA 1ZV5L 3A94A 3G3AB 1JJ0A 4LT2A 1NWGA 5T3FA 3TMWA 2YBJA 4WLTA 4W96A 4XJIA 3W6FA 4FJRA 4J1BA 4NFVA 4XJBA 1Z55A 1WQOA 4UWVA 1IWXA 1G7LC 1VDPA 3TXJA 5KXLA 3RZ4A 1IP7A 1OUBA 2BQFA 1VDTA 2RSCA 3ATOA 3W6BA 2BLYA 3F6ZA 3WU9A 2BQLA 2MEAA 4CFPA 1IOQA 1G7MC 4NHPA 1GDXA 3KAMA 3TMXA 4AXTA 1LZNA 2LZ2A 1DI4A 1MLCE 1LJ4A 1OQMA 1BB5A 4ETDA 2DQCY 4NGJA 4H9CA 3WVYA 3WUMA 4DD3A 2MEGA 1HSWA 1SQ2L 1LHMA 2I25L 1IVMA 1IORA 2YBLA 3CSZA 4ETCA 1C08C 1AT6A 4NGWA 1NQIA 1G7IC 1T3PA 2DQDY 4Z3MA 5LAGA 1IP3A 1OUIA 1BB3A 3A91A 2YBNA 3CB7A 1RE2A 3TXFA 2H9JA 1EQ4A 3WMKA 1LYOA 1IC5Y 1DKJA 3BKVA 4PGJB 1N4FA 5KXNA 1UA6Y 4ML7A 4ET9A 5L9JA 4G49A 3HBDA 1GE0A 2MECA 1XEKA 1JIYA 4LT1A 4DD1A 5FEKA 1YAOA 4Z98A 3RT5X 4DWXA 1B5WA 2BQJA 4XJFA 4DD7A 1VDSA 2DQAA 1LHLA 4DD9A 2LHMA 5D5CA 5HMJA 4GLAA 4H8YA 1INUA 1BWJA 1CJ9A 1GFTA 2H9KA 2CGIA 2HTXA 2ZNWY 1AT5A 1GAZA 2B5ZA 1LSAA 3B0KA 2BLXA 1JEFA 4NHQA 1CKCA 4BAPA 4G4BA 4P2EA 4WM1A 1LJHA 1YQVY 3IWRA 1UIBA 1JSEA 2C8OA 2YBHA 4NSGA 1GFRA 4RDSA 4J1AA 1VDQA 5IDDA 4N1CC 4PRQA 1WQPA 1IWVA 2YDGA 1GB5A 3B0IA 1FN5A 1LKSA 3LZTA 4HJVA 4R0FA 5APCA 1WQNA 3LZ2A 4DD2A 5LVKA 1J1XY 5LVGA 1GB2A 4RW2A 3GXKA 1IC4Y 1DPXA 4H94A 5KXZA 4C3WA 1XGPC 4CGEA 1JTOL 2BQEA 2ZQ3A 1LMAA 1B7NA 4TWSA 5FELA 1DQJC 3LYOA 1LZ9A 2MEBA 4LFPA 4OWBA 1WTMA 4A7DA 6LYTA 1EQ5A 3AJNA 3RNXA 1IP2A 1GFGA 2LZTA 3RW8A 1LJEA 1RCMA 5KJ9A 1HELA 4ETAA 2XTHA 1JUGA 1UACY 2IHLA 193LA 4EMNA 3BKHA 1OP9B 4IASA 1OUJA 1JJ3A 1AZFA 1REMA 3W3EA 3WU7A 1CNSA 1GAYA 4ET8A 2XBRA 4IJ4A 4NHIA 2MEIA 3T36A 4H90A 3WUAA 2Z37A 1C45A 1LTMA 2D4KA 4GCCA 4WLYA 4XADA 1GPQC 1GB3A 5C6IA 5M1YA 4LZTA 1BWHA 3HBHA 1GE3A 1B0DA 1W08A 4G4CA 4AGAA 4Z41A 4WM4A 5LYMA 1IOTA 4PHIA 1B5UA 4H1PA 3AZ5A 2BQHA 1B5YA 3CQLA 4OWEA 3TXDA 1LJ3A 1LZ8A 1XEIA 1NDGC 5FCPA 3HFMY 2Z12A 1GB9A 1FLQA 3AGIA 4CHXA 1B9OA 3WW5A 5DN5A 3CSRA 3A96A 2FBDA 3P68A 1LHJA 3WL2A 4LYTA 5LYZA 4C5FA 1LPIA 1C43A 5KXSA 4OWHA 4RLNA 1UIGA 5HNCA 2A7DA 2HU3A 4N5RA 3WXUA 1DXJA 5KY1A 1HC0A 4UWUA 2BQAA 1GXV2 3CT1A 4DT3A 1IR8A 1QDRA 3QE8A 1LSCA 4WO6A 1IX0A 1REXA 1XGTC 4NG8A 1IP6A 4LYMA 2Y8PA 1B7SA 1C46A 1LJGA 1UIEA 1LZBA 4CFOA 1V7SA 3D9AC 1F0WA 5II3A 1WQRA 2BPUA 1JITA 1GF6A 1WQQA 3K3TA 1PZYA 3M18B 1VAUA 2W1YA 4XJGA 1OUHA 3ULRA 1DZBX 2F4AA 1CJ6A 4OWAA 2CDSA 1GBYA 2FYDA 2Z39A 3WW6A 1HMLA 4H8XA 1FDLY 4HP0A 5A3ZA 1XGUC 1GFKA 1HSXA 7LYZA 4N1EI 3ZEKA 1D9UA 5KXMA 4PPOA 1REYA 5DL9A 3AW7A 1AKIA 1GBSA 2DQFC 4B49A 4LT3A 1A4VA 4LFXA 1HF4A 4GN3A 4L41A 4QEQA 4XN6A 5HNLA 1JKAA 4IATA 4YF2A 4TX7A 5KXXA 1QTKA 2F2NA 5IELA 1GHLA 3SP3A 5B59A 1WTNA 1BQLY 4NGOA 1BVXA 3EBAB 4H9HA 1GBWA 1BHZA 2Z2FA 4GN4A 4I0CA 4H9AA 4MR1A 1GE1A 4II8A 1BB4A 1LSMA 3WULA 1NMMA 3WVXA 5LXWA 1JKBA 1IWWA 4J7VA 1WVVA 2F4GA 3N9CA 2X0AA 1GFEA 1AM7A 1D0MA 1IWUA 1NBYC 4NWEA 1GE4A 1QIOA 3J6KA 4TSBA 5KXRA 1F6RA 1H87A 4HTKA 2IFFY 1LZ5A 1XSFA 1H6MA 1UUZC 1LSGA 4NGLA 1IC7Y 4HTQA 1XGQC 2D91A 1SLYA 1I20A 3AGHA 1LZEA 1KIRC 1BVKC 3J4GA 5L3HA 4B0DA 1QUTA 3B0OA 1KXWA 4OOOA 4H92A 2BQCA 2EPEA 1QTEA 1LMTA 1LZCA 1JISA 1QSAA 3A90A 3P64A 9LYZA 5LVJA 2DQIY 3CSQA 4NGZA 1IP5A 1RI8B 1IR7A 2Z38A 1LMNA 1B5XA 1GFHA 3TXKA 4ETBA 2BQMA 207LA 4WLDA 3TXHA 2HUBA 4KPMA 1LZSA 4R6CA 1CJ8A 2DQJY 4LT0A 4TUNA 1LJNA 3LYZA 1DPWA 2EKSC 4N9RA 1ZVYB 1D6PA 4MSTA 4RLMA 1EL1A 3AW6A 1HENA 4LYZA 1DKKA 3CT0A 4FDYA 5FSTA 1A2YC 1UIHA 1KXXA 3B72A 4ZEEA 1LZGA 5KXOA 1B7LA 208LA 4HV1A 3A93A 5DN4A 1JKDA 1I1ZA 4W94A 5I53A 1GF5A 1W6ZA 154LA 5APFA 1HFZA 1OUDA 1LJIA 4NHTA 5B1FA 4QY9A 3P66A 1ZVHL 3A3QA 3RU5A 1J1OY 2W1MA 3FE0A 4WMGA 4B1AA 4B4EA 3WYHA 1WVUA 4KL7A 3W6DA 3WUNA 4H93A 1LMCA 135LA 1LHHA 8LYZA 4NGYA 3LN2A 1LZ6A 1B7QA 1MELL 1LSNA 4WOAA 1NF5A 5B1GA 4ANRA 5K7OA 4QDNA 1HMKA 2BQDA 5APEA 5I4YA 4BAFA 5LIOA 5APDA 3TXEA 1DI3A 1NBZC 4I8SA 1YIKA 4BADA 2G4NA 4YM8A 2NWDX 2EIZC 1KIQC 1FLWA 1IY4A 4B4JA 4KT3A 3A67Y 1ALCA 1CJ7A 3A95A 2ZWBA 5ILFA 1OUGA 1GBOA 1GBXA 1UBZA 4ETEA 1IY3A 4WG7A 4YEMA 4NGKA 5ILCA 1BGIA 1LJFA 2D4JA 2ZYCA 134LA 1P2CC 4LGKA 2PC2A 1IEEA 1IOCA 2DKVA 1LMPA 1OUAA 4NWHA 2BAAA 4UWNA 1V7TA 2C8PA 5F9XA 4D9ZA 3EO5A 1GD6A 4YENA 2HEEA 5JENB 2ZYPA 4NSJA 1QDTA 2BQGA 2ZIJA 1B7PA 1HEOA 2HEAA 4WO9A 5E4PA 1C7PA 1HHLA 3M3UA 4DD0A 1HEWA 5LAFA 1NDMC 1G7HC 3QY4A 1B2KA 2BQBA 1PS5A 3N9AA 5C6LA 3EMSA 4N0JA 2MEDA 1F6SA 3TXBA 1YANA 3AZ4A 4HV2A 1UICA 4J0LA 1B5ZA 1C10A 5LVHA 2A7FA 4OW1A 1GEVA 2YVBA 5E9RA 5B07A 1LSFA 1KXYA 4EOFA 1YKZX 4GCFA 3W6AA 1IWTA 1UCOA 5F9UA 1OUFA 3OJPA 1GB7A 1LSYA 5I54A 1D6QA 1LKRA 1JPOA 1JTTL 1LZ1A 2WARA 2BQKA 1HEMA 3A3RX 1LSZA 153LA 2BQIA 4WG1A 1GF0A 2DBTA 1YL0X 3A92A 3P4ZA 1JWRA 4Z46A 5KXWA 1HFYA 1LMOA 1LYYA 4NEBA 5J7CA 2D4IA 4LYCA 1BWIA 4WM5A 2ZQ4A 4WLXA 4TTDA 4O34A 3WXTA 3ATNA 2MEHA 5LA5A 1LZAA 1IO5A 5LINA 4BS7A 2G4PA 2HU1A 2DQEY 1IWYA 5IHGA 3TMVA 1JKCA 2XBSA 1GWDA 4N8ZA 2FYCA 3CT5A 1YROA 1FKQA 1JJ1A 2HEFA 4WM2A 1XEJA 5HLLA 1WQMA 1YAMA 4LYBA 1LOZA 1TBYA 5B06A 3IJUA 4DDAA 1GF7A 1LYSA 4G9SA 1HNLA 4M6DA 4WL7A 1GEZA 4H9IA 3AZ7A 1GE2A 2CWIA 1LSPA 2XJWA 1GB0A 4X3BA 4DYGA 3AGGG 3G3BB 3W6CA 3W6EA 1IIZA 4GCDA 1XFPL 2HEBA 5I4WA 1UIAA 1LYZA 4H8ZA 3A8ZA 1IP1A 4WM3A 132LA 1RFPA 4NHSA 4XYYA 1O23A 1VATA 1YAQA 4RW1A 3LYMA 1GFAA 3B6LA 1XGRC 1B5VA 5EBHA 5FDJA 2ZIKA 5LA8A 5F14A 5KXYA 1UC0A 4YEOA 3AB6A 5D5FA 5DM9A 3TXGA 5LYTA 3P65A 1G7JC 4HPEA 3AYQA 1BB6A 5HQ1A 6LYZA 1YKXX 3WPJA 4DDBA 5I4XA 3ZVQB 4XJHA 2I26L 1NKHA 4LYOA 5C6JA 1LZYA 4H91A 5KXPA 2H5ZA 1GXXA 4KXIA 1LHIA 1ZMYL 1VFBC 5KKIA 1J1PY 3ZVQA 5KXTA 2Z18A 3LHMA 5AMYA 1GF3A 3FI7A 5L3IA 1UIFA 4E3UA 1NHEA 2HEDA 1D0KA 1OUCA 1QQYA 3A6CY 3WPLA 1GB6A 3LYTA 4B4IA 3E3DA 1QUSA 1HFXA 3HBEX 4GLVA 3EXDA 5FHWA 1CKGA 2DQHY 1LSDA 1QSWA 3GXRA 5KXKA 3D3DA 1F10A 1GB8A 1E8LA 4NGIA 1LJJA 4OOTA 4HPIA 3T6UA 1LSEA 3N9EA 1YILA 1LHKA 1TCYA 4DDCA 1HERA 4NY5A 4NSHA 1CKHA 5HMVA 2AUBA 1CKFA 1DI5A 1LCNA 3AZ6A 4NG1A 2VB1A 3WH1A 5B05A 4ZFPA 1FLYA 1GF8A 1GFJA 1T6VL 2YBMA 1VEDA 4WL6A 4YOPA 1TEWA 2D6BA 2LYZA 2YSSC 4GCBA 3WPKA 1RJCB 1YAPA 2MEFA 2BQNA 1LAAA 1IP4A 1REZA 5DLAA 1LZDA 5F81A 1LJKA 1GF9A 4XENA 4M4OA 4QGZA 4H9FA 2DQGY 1B7OA 5A3EA 4DC4A 2ZILA 1IR9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
253LA 1I56A 2Q0MX 2W1LA 1C69A 1CV4A 1TAYA 4HTNA 170LA 1L50A 4HSFA 190LA 231LA 1LZRA 3TMUA 1L52A 1JHLA 1OUEA 2Z2EA 1L01A 4PJ2C 3TXIA 1BB7A 1FLUA 194LA 1D9WA 1L03A 3SB7A 3SB8A 1GFVA 4NGVA 1QT3A 1YL1X 5T3FA 1Z55A 1IWXA 1OUBA 2RSCA 3W6BA 3WU9A 1QSQA 4CFPA 3KAMA 3TMXA 2LZ2A 102LA 1OQMA 262LA 2DQCY 4DD3A 4EPIA 4LZMA 1SQ2L 4ARPA 1LHMA 1IVMA 4NGWA 244LA 1IP3A 2A4TA 2YBNA 3WMKA 1DKJA 3PDSA 1N4FA 1OV5A 1UA6Y 4G49A 5I14A 1L34A 4EKSA 1XEKA 191LA 5FEKA 2NTGA 2BQJA 211LA 169LA 4DD9A 185LA 4LDLA 5D5CA 3HU8A 4DQ5A 4DQ7A 1INUA 1BWJA 2H9KA 2HTXA 1LSAA 1JEFA 4WM1A 3IWRA 175LA 4J1AA 5IDDA 4N1CC 3B0IA 3LZTA 1L0KA 4HJVA 1FN5A 4R0FA 3DMXA 3C7YA 4DD2A 3GUOA 1CVKA 1DPXA 2BQEA 1B7NA 2MEBA 3QAKA 1WTMA 2RB1X 4A7DA 6LYTA 1EQ5A 1GFGA 3V2YA 1P2RA 1QUOA 1P46A 1HELA 2XTHA 4E97A 1L84A 4IASA 1L23A 2ANVA 1QUHA 4H90A 1LTMA 3DKEX 137LA 2BQHA 1FLQA 3AGIA 5DN5A 1LI2A 2FBDA 3WL2A 1LPIA 4OWHA 261LA 4N5RA 4I7PA 1HC0A 152LA 4WO6A 1XGTC 4LYMA 2Y8PA 1C46A 1DYGA 1LJGA 1LZBA 3ODUA 4CFOA 1WQRA 2BPUA 1WQQA 3K3TA 1VAUA 3ULRA 1OUHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2G4Q A;  4GN5 C;  1GBZ A;  4HJZ A;  4WM6 A;  1FBI X;  1YKY X;  2W1X A;  5KKJ A;  4GCE A;  1B7M A;  1I56 A;  1JTP L;  1EQE A;  4XJD A;  1GDW A;  1LSB A;  2HEC A;  2Q0M X;  2W1L A;  1FKV A;  1HEP A;  3A34 A;  1LMQ A;  2I6Z A;  1B7R A;  4NIJ A;  2EQL A;  3A6B Y;  4PRU A;  3OK0 A;  5F16 A;  1IWZ A;  5LVI A;  1TAY A;  2F30 A;  4HTN A;  1LZT A;  4HSF A;  1D0L A;  1GFU A;  1TDY A;  4CJ2 A;  4HJY A;  2MEE A;  4NSI A;  3VWO A;  1HEQ A;  4H9B A;  4OWC A;  1LZR A;  2Z19 A;  2N5Z A;  4MCK A;  2LYM A;  3TMU A;  2ZNX Y;  1JHL A;  1OUE A;  2Z2E A;  4PJ2 C;  3IJV A;  4G4H A;  1BB7 A;  3QNG A;  3TXI A;  4ZIX A;  3WU8 A;  1CKD A;  1JSF A;  1FLU A;  2BQO A;  1IOS A;  2GV0 A;  2YBI A;  194L A;  5I5Q A;  4H9E A;  2FBB A;  3MGW A;  133L A;  1KIP C;  4TSC A;  2CJL A;  1GFV A;  4U3X B;  1UID A;  4NGV A;  1GF4 A;  1LZ4 A;  1YL1 X;  2LYO A;  1ZV5 L;  3A94 A;  3G3A B;  1JJ0 A;  4LT2 A;  1NWG A;  5T3F A;  3TMW A;  2YBJ A;  4WLT A;  4W96 A;  4XJI A;  3W6F A;  4FJR A;  4J1B A;  4NFV A;  4XJB A;  1Z55 A;  1WQO A;  4UWV A; 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 1VAT A;  1YAQ A;  4RW1 A;  3LYM A;  1GFA A;  3B6L A;  1XGR C;  1B5V A;  5EBH A;  5FDJ A;  2ZIK A;  5LA8 A;  5F14 A;  5KXY A;  1UC0 A;  4YEO A;  3AB6 A;  5D5F A;  5DM9 A;  3TXG A;  5LYT A;  3P65 A;  1G7J C;  4HPE A;  3AYQ A;  1BB6 A;  5HQ1 A;  6LYZ A;  1YKX X;  3WPJ A;  4DDB A;  5I4X A;  3ZVQ B;  4XJH A;  2I26 L;  1NKH A;  4LYO A;  5C6J A;  1LZY A;  4H91 A;  5KXP A;  2H5Z A;  1GXX A;  4KXI A;  1LHI A;  1ZMY L;  1VFB C;  5KKI A;  1J1P Y;  3ZVQ A;  5KXT A;  2Z18 A;  3LHM A;  5AMY A;  1GF3 A;  3FI7 A;  5L3I A;  1UIF A;  4E3U A;  1NHE A;  2HED A;  1D0K A;  1OUC A;  1QQY A;  3A6C Y;  3WPL A;  1GB6 A;  3LYT A;  4B4I A;  3E3D A;  1QUS A;  1HFX A;  3HBE X;  4GLV A;  3EXD A;  5FHW A;  1CKG A;  2DQH Y;  1LSD A;  1QSW A;  3GXR A;  5KXK A;  3D3D A;  1F10 A;  1GB8 A;  1E8L A;  4NGI A;  1LJJ A;  4OOT A;  4HPI A;  3T6U A;  1LSE A;  3N9E A;  1YIL A;  1LHK A;  1TCY A;  4DDC A;  1HER A;  4NY5 A;  4NSH A;  1CKH A;  5HMV A;  2AUB A;  1CKF A;  1DI5 A;  1LCN A;  3AZ6 A;  4NG1 A;  2VB1 A;  3WH1 A;  5B05 A;  4ZFP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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