The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
|
sequence length |
57
|
structure length |
54
|
Chain Sequence |
IPAFVFAYVAEREDELSLVGSRVTVMECSDGWWRGSYNGQIGWFPSNYVLEEVD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of a Cytoplasmic protein NCK2 (NCK2) from Homo sapiens at 2.20 A resolution
rcsb |
| molecule keywords |
Cytoplasmic protein NCK2
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule tags |
Sugar binding protein
|
| total genus |
9
|
| structure length |
54
|
| sequence length |
57
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-03-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1NEG A; 1S1N A; 1EFN A; 1X69 A; 3O5Z A; 2KYB A; 2KRM A; 4Y92 A; 4ORZ A; 1W6X A; 1WIE A; 5GJW B; 2JTE A; 1AWJ A; 2FG0 A; 3ULR B; 2DRM A; 2J6K A; 3U23 A; 2L3Q A; 5IHI A; 2W0Z A; 2KYM A; 4HVW A; 2KXC A; 1UDL A; 2K2M A; 4RTZ A; 3I35 A; 3M0P A; 2I0N A; 1T0H A; 2EPD A; 4HVV A; 1PHT A; 3UA6 A; 2BTT A; 1FYN A; 2LX7 A; 3H0I A; 2EGC A; 2EVR A; 2K7A A; 4RTX A; 1K9A A; 1U06 A; 2JMC A; 2D1X A; 2VVK A; 2A37 A; 2KR3 A; 2AKK A; 1WX6 A; 2K3B A; 4ESR A; 2J06 A; 4KRT A; 2RN8 A; 2EYZ A; 3NPF A; 1Y57 A; 4J9H A; 3QWY A; 3VS1 A; 1K0S A; 2LP5 A; 1OPL A; 2L2P A; 1WLP B; 1HSQ A; 1NM7 A; 2CDT A; 1MUZ A; 1X2K A; 1UUE A; 2G6F X; 1GFC A; 2L3S A; 3IQL A; 1WXB A; 1E6G A; 2EQI A; 2KBT A; 4JJB A; 1GCP A; 1NG2 A; 2HBW A; 3EG1 A; 1VYT A; 1HD3 A; 1G83 A; 4CC2 A; 1X6B A; 2CRE A; 1G2B A; 1BB9 A; 2J6O A; 2GTO A; 2P4R A; 3JV3 A; 1OEB A; 1N5Z A; 5FW9 A; 1OPK A; 1YWP A; 2ED0 A; 1NLP C; 1X6G A; 2YUO A; 4HCK A; 2DA9 A; 1X2Q A; 2RQV A; 2LMJ A; 3VS2 A; 1M27 C; 2PZ1 A; 2M51 A; 4LUE A; 1RI9 A; 2RQT A; 1ZUU A; 3EGU A; 3C0C A; 2ED1 A; 4ZNX A; 2O31 A; 2MIO A; 4JPB W; 1E6H A; 4OMO A; 2KEA A; 4OMP A; 1Y0M A; 2CUD A; 4D8D A; 1ZLM A; 2DM1 A; 4J9E A; 2SEM A; 3TSZ A; 1PKS A; 4RTY A; 5IXF A; 4M4Z A; 1AZE A; 3ZL7 C; 4J9D A; 1Z9Z A; 3M0R A; 1WA7 A; 5IXB A; 2CH4 W; 1HJD A; 1FMK A; 2MOX A; 2OI3 A; 1QKX A; 1UJY A; 1GBQ A; 1AEY A; 3H41 A; 2HSP A; 2CT3 A; 2A08 A; 2YUQ A; 3H0H A; 1AWX A; 1SHF A; 4FSS A; 2J6F A; 2DF6 A; 4JJC A; 3REB B; 1ZBJ A; 1B3Q A; 4F17 A; 3VRY A; 2FPD A; 4K11 A; 2NUZ A; 2D8H A; 2AZV A; 1ZX6 A; 2AKL A; 3R6N A; 2NWM A; 4LE9 A; 1PNJ A; 3EHQ A; 4RUG A; 4R0K A; 1Z9Q A; 4CC7 A; 2OAW A; 4RTU A; 1I07 A; 1PWT A; 2RQR A; 2DBM A; 4WCI A; 3I5S A; 1JXM A; 3THK A; 2YSQ A; 2F2X A; 3REA B; 2EYW A; 4J9B A; 2HDA A; 3SHW A; 1RUW A; 4JZ4 A; 1M3C A; 3VS5 A; 2IIM A; 2X3X D; 2CH4 A; 2D8J A; 2CSQ A; 1KFZ A; 2X3W D; 1K0X A; 1UHC A; 2PTK A; 4AFZ C; 2LQW A; 2KT8 A; 4OML A; 2JM9 A; 4J9G A; 1WXU A; 1LCK A; 3CQT A; 1ZSG A; 2MCN A; 1I1J A; 1TG0 A; 1WXT A; 2ECZ A; 5EC7 A; 2DL3 A; 5FWB A; 2EKH A; 2OJ2 A; 4Z8A A; 2JS2 A; 4CC4 B; 3LH5 A; 1ARK A; 3M0Q A; 1JO8 A; 1PRL C; 2DL4 A; 2DMO A; 3A98 A; 1IO6 A; 1CSK A; 1BK2 A; 1YP5 A; 2A28 A; 1CKB A; 1X43 A; 5FWC A; 1BBZ A; 3M0S A; 2W10 A; 2C0T A; 4QT7 A; 2LZ6 B; 3VS7 A; 4DEY A; 2EGA A; 1OV3 A; 2GBQ A; 1ZUK A; 1UEC A; 4GBQ A; 3SEM A; 1RLQ C; 2KGT A; 2DNU A; 1H3H A; 2A36 A; 5I22 A; 2JT4 A; 2VKN A; 1NYG A; 2FEI A; 2EYX A; 3I9Q A; 4OMN A; 2O88 A; 4IIO A; 2JMA A; 2DVJ A; 2ESW A; 2GTJ A; 2RF0 A; 1YN8 A; 2EW3 A; 4Z88 A; 1U5S A; 1AOJ A; 1SRM A; 4AFU C; 2HCK A; 1GL5 A; 3QWX X; 4LNP A; 2YUN A; 2FPF A; 4EIK A; 1ABQ A; 2FPE A; 1JU5 C; 1M8M A; 2KRO A; 2JW4 A; 2J7I A; 2LCS A; 1QKW A; 1T3L A; 5ECA A; 2O9S A; 2KNB B; 2BZY A; 2CT4 A; 5IHN A; 3NMZ C; 1UG1 A; 1NYF A; 3EG3 A; 1VYU A; 2LQN A; 4RTW A; 2PNI A; 2FRW A; 1WFW A; 1T3S A; 4J9F A; 1SSH A; 2M0Y A; 3RNJ A; 2DE0 X; 2HEQ A; 1M3A A; 4LN2 A; 3EG2 A; 2DBK A; 2ENM A; 4OMM A; 3H0F A; 1VA7 A; 3TSW A; 1K4U S; 3PVQ A; 4AFQ C; 4JZ3 A; 3EG0 A; 2KRS A; 2GNC A; 1K76 A; 1H8K A; 2K9G A; 4Z89 A; 1SPK A; 2EBP A; 2E5K A; 1UJ0 A; 2DL8 A; 3NHN A; 2YDL A; 5I11 A; 4X1V A; 2O2O A; 4JJD A; 4RTV A; 3TVT A; 1M30 A; 1PRM C; 2D0N A; 1JXO A; 2K6D A; 1U3O A; 2DRK A; 1SEM A; 2DX1 A; 2DIL A; 2KT1 A; 1GFD A; 2KRN A; 2YT6 A; 5IH2 A; 2LJ1 A; 2RPN A; 3VS4 A; 1YNZ A; 4IIM A; 1GBR A; 1SHG A; 4F16 A; 2KXD A; 1UTI A; 1QCF A; 4HVU A; 2V1Q A; 1AZG B; 1BU1 A; 1QWF A; 2GQI A; 1UHF A; 2DJQ A; 3EHR A; 3FJ5 A; 2XMF A; 2RMO A; 4GLM A; 5GJV B; 2JM8 A; 2CUB A; 1UFF A; 5L23 A; 1WYX A; 2AK5 A; 3GBQ A; 4LUD A; 1AWO A; 4RTT A; 1WDX A; 5IHK A; 2J05 A; 1X27 A; 1AVZ C; 2O9V A; 3VS0 A; 1CKA A; 1KJW A; 1OOT A; 4OMQ A; 1J3T A; 1GCQ A; 1M3B A; 1PKT A; 2C0I A; 3KFV A; 2RQU A; 3UA7 A; 2K79 A; 4D8K A; 2L0A A; 1KSW A; 1AD5 A; 1SRL A; 3NGP A; 1GRI A; 5HCK A; 2LJ0 A; 2RNA A; 3RBB B; 1ZUY A; 2RQW A; 1ABO A; 2F2W A; 3VS6 A; 2ROT A; 1NEB A; 3VS3 A; 3PVL A; 4CC3 A; 1UE9 A; 1MV0 B; 2DL7 A; 4J9C A; 1K1Z A; 2ROL A; 3PE0 A; 4J9I A; 1E7O A; 1I0C A; 2SRC A; 4F14 A; 2KE9 A; 2QDL A; 2DLP A; 2LJ3 A; 1JEG A; 3UF4 A; 4E6R A; 4AG1 C; 2FO0 A; 3UAT A; 1A0N B; 4AG2 C; 2L3P A; 2ABL A; 1W1F A; 2AZS A; 4DEX A; 2F2V A; 4A63 B; 2DL5 A; 1QLY A; 3M0T A; 2GGR A; 1JQQ A; 1RLP C; 2CSI A; 1YCS B; 1TUD A; 2LNH B; 3M0U A; 1WI7 A; 1YWO A; 2H8H A; 4AFS C; 2EGE A; 3I5R A; 1QWE A; 1H92 A; 2FRY A; 1MV3 A; 2BZX A; 2YUP A; 1XOV A; 2BZ8 A; 3VRZ A; 1W70 A; 1T0J A; 1GCQ C; 1UGV A; 2C0O A; 1KIK A; 1NLO C; 1AWW A; 1TUC A; 2V1R A; 1B07 A; 4HXJ A; 1V1C A; 2JS0 A; 2DYB A; 2JXB A; 2B86 A; 1VYV A; 2VWF A; 2EYY A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1NEG A; 3GLX A; 4M7D B; 2HQE A; 4BE2 A; 1YIT A; 1B34 A; 1EFN A; 3O5Z A; 3V8J A; 2KYB A; 2KRM A; 1OI1 A; 2E5Q A; 1WIE A; 2JJ9 A; 3EFS A; 5GJW B; 2XK0 A; 2FG0 A; 2Y4X A; 3ULR B; 3G4S T; 2DRM A; 3U23 A; 4M7A G; 1JJ2 P; 5IHI A; 3NTK A; 1K9M R; 3TRE A; 5D7U A; 1FYN A; 3BFM A; 4M78 A; 3QSU A; 3TQ7 P; 5A0L A; 5AT1 B; 2VC8 A; 2VVK A; 3VUB A; 3G6E Q; 5IT9 E; 4M75 B; 2EYZ A; 4GLK A; 4ZGD B; 2FVU A; 3CCJ A; 1Y57 A; 2LP5 A; 4N4G A; 4FYY B; 2COY A; 2XU8 A; 4XTV A; 4F7U G; 1MUZ A; 5DM7 R; 3FC3 A; 4HCZ A; 4JLG A; 3C12 A; 4M7A D; 1Y71 A; 2KBT A; 2KK4 A; 1NG2 A; 5M9O A; 3GF5 A; 1VYT A; 1VQ8 A; 3VV0 A; 5GAN 4; 2RJC A; 1G2B A; 2GTO A; 1YI2 Q; 1Y96 B; 1MHN A; 1OPK A; 1YWP A; 2YUO A; 3G4S A; 1EX4 A; 3C4S A; 3OYF A; 1M27 C; 1YJW Q; 1TUG B; 2M51 A; 3OYJ A; 3H9N A; 1HXD A; 2RQT A; 1KD1 C; 1ZUU A; 4PJO C; 5DY9 A; 3HFO A; 5LJ5 h; 2JZ2 A; 4OMO A; 5GAO l; 2KEA A; 2CUD A; 2L5Q A; 2XDB A; 9ATC B; 2DM1 A; 2FZG B; 2SEM A; 2EQJ A; 3TSZ A; 4JS5 A; 3MO8 A; 4HT9 A; 1Z9Z A; 2QDY B; 1VQN Q; 1WA7 A; 2DD5 A; 5KCH A; 5IXB A; 4D6W A; 1LJO A; 2V26 A; 1BCO A; 3L2Q A; 2RI3 A; 1QKX A; 1VQK T; 4C0D B; 3SD4 A; 3I56 T; 1UGR B; 4PFZ A; 5GMK h; 4FW2 A; 1RI0 A; 4FSS A; 3CC4 A; 4JJC A; 1TOV A; 5FU6 B; 1JRI A; 2FPD A; 1K8A U; 1OQK A; 1KQ1 A; 3EHQ A; 4CC7 A; 1YHQ Q; 2OAW A; 4ZGE B; 4EPC A; 3CBM A; 4WCI A; 3I5S A; 2BE7 D; 2YHT A; 4N0A A; 3THK A; 5KYU B; 3S3M A; 1YFN A; 3CCM A; 4IUU A; 2DER A; 1EZZ B; 4J9B A; 4PFO A; 4A4E A; 1RUW A; 1SG5 A; 2CH4 A; 1Q86 R; 5DLQ E; 5CCA A; 1KFZ A; 3OMG A; 4FT2 A; 3JB9 I; 3CPW P; 3VYH B; 1MND A; 2LQW A; 2KT8 A; 2JM9 A; 1NJI R; 2RHU A; 2YLB A; 1ZSG A; 2MCN A; 3HSB A; 3GNG A; 1TG0 A; 1WXT A; 4FW1 A; 3GP8 A; 2AIR B; 5EC7 A; 5FWB A; 5GAN 8; 2EKH A; 1OU8 A; 4JLI A; 4M7A B; 3JCM b; 1VQP Q; 3M0Q A; 1JO8 A; 4FIB A; 2DL4 A; 3CPF A; 1IO6 A; 5FU7 B; 2E10 A; 1TU0 B; 4B9W A; 2DD4 A; 2K5L A; 5FWC A; 1BBZ A; 1VQK A; 3S3N A; 4JJN K; 3I56 A; 2C0T A; 2DIQ A; 2RM4 A; 4EMH A; 3VS7 A; 2EGA A; 2GBQ A; 3V7R A; 1UEC A; 3A8M B; 3QJ6 A; 2QQR A; 1H3H A; 4X9D A; 2A36 A; 5I22 A; 4OVA A; 2V8I A; 4R55 A; 1Q7Y U; 2EJ9 A; 1K8A C; 1RAF B; 1M5Q 1; 1YJN Q; 2FEI A; 3I9Q A; 4OMN A; 1BI3 A; 1UEB A; 3MEA A; 1Y7X A; 2A7Y A; 4BE0 A; 3V7C A; 2EW3 A; 1U5S A; 3LGF A; 3MJX A; 1VQ9 T; 4MDX A; 1SRM A; 5GAN e; 4Y91 A; 4JRI A; 4AFU C; 1EIF A; 1IHV A; 4IUQ A; 1YJ9 T; 2KY9 A; 1M1K U; 1U1S A; 4LNP A; 2NLU A; 1ZHI A; 5J39 A; 1WJR A; 1ABQ A; 2FPE A; 1JU5 C; 1D3B A; 1O9S A; 2I2L A; 4C5G A; 2EJF A; 1RAI B; 4LDY A; 2CZ0 B; 3HRU A; 4L5G A; 4WF2 A; 2KNB B; 5D6W A; 1IRE B; 1UG1 A; 2OTJ Q; 4M78 F; 2FZK B; 4LXC A; 2PNI A; 4PK4 A; 1T3S A; 5I21 A; 3CXC S; 3FJP A; 1R8O B; 2DO3 A; 2F1L A; 1WHJ A; 4M78 E; 1XQH A; 3HRS A; 4PJL A; 5FRM A; 1TTH B; 1KD1 R; 4AFQ C; 4JZ3 A; 2KRS A; 2VV5 A; 3DB4 A; 4QW2 A; 2K9G A; 1OX8 A; 1Q81 U; 4MZT A; 1VQ7 Q; 1SPK A; 4RG8 A; 4OMF B; 3CC7 T; 2E5K A; 1UJ0 A; 2DL8 A; 2YDL A; 1D0X A; 5I11 A; 3QHS A; 4X1V A; 2XIC A; 2O2O A; 4RTV A; 3SB2 A; 3TVT A; 1M30 A; 1VQ4 T; 1SEM A; 4C0Z A; 2DX1 A; 3QYG B; 1VQ9 A; 2DEQ A; 5IH2 A; 4JS4 A; 2MI6 A; 1OX9 A; 3I55 T; 3CME T; 4LDX A; 2LJ1 A; 2VUB A; 3VS4 A; 1YJ9 A; 3LGL A; 1M2O A; 1M1K C; 2KXD A; 5GMK l; 1WQW A; 3GOX A; 1UTI A; 4BI8 B; 5GAO q; 1AZG B; 1QWF A; 1QVP A; 4MZP A; 1XNI A; 5GJV B; 2H3E B; 5A0D A; 5GAN j; 4OB2 B; 1AWO A; 4ELY C; 2L8D A; 1MNE A; 5IHK A; 4HT8 A; 1AVZ C; 3BDU A; 3EGD A; 1QVF P; 1G5V A; 1OOT A; 4XU3 A; 4OMQ A; 4FM4 B; 1GCQ A; 4E2F B; 2E4H A; 4BY6 B; 2QA4 Q; 4OGC A; 2RQU A; 3VYG A; 4D8K A; 3LWI A; 1SRL A; 2HKQ B; 3NGP A; 2R5M A; 1RAE B; 4OP0 A; 2YRV A; 3RBB B; 3X20 B; 4JRP A; 2DFU A; 3A1P A; 1BI2 A; 3CC7 A; 3PVL A; 2RI5 A; 1RAH B; 2VGM A; 2E41 A; 1KQ2 A; 4PL6 A; 2WAC A; 3AT1 B; 1VQ4 A; 4A4F A; 2QEX Q; 3M54 A; 1R0C B; 1K1Z A; 2P84 A; 4Y28 E; 4KGV B; 1WHM A; 4C8Q C; 5GAO r; 3I55 A; 3CME A; 4PFP A; 4J9I A; 8AT1 B; 3EGD B; 3OB9 A; 2X4X A; 4PJO F; 5KYY A; 2X4J A; 1H64 1; 3EFO B; 2PVG B; 2ZPI B; 1K73 C; 4M77 A; 3QXE B; 1RAD B; 4PKC C; 5CKD A; 4C92 C; 4O6J A; 3JCM d; 1KK7 A; 4O5V A; 3CCV Q; 4PJO E; 1PD0 A; 3AHU A; 1K8A R; 4XU2 A; 2MF2 A; 3M4Y A; 3PGG A; 3RKX A; 2QTV A; 3G7Z A; 4DEX A; 2F2V A; 3JCM J; 2GGR A; 3JCM W; 1QMC A; 1YCS B; 2YWW A; 1TUD A; 3WVE B; 2BE9 B; 3M0U A; 1YWO A; 5KYY B; 1K9M C; 2FRY A; 4YTL A; 4EMG A; 3VRZ A; 1YI2 T; 1WZO A; 3HPW A; 1ZSZ C; 1KIK A; 2BKD N; 3NFC A; 1NLO C; 1TUC A; 1YJW T; 3URG A; 1PSF A; 2V8K A; 1BIA A; 1YIJ Q; 4HA8 A; 3OS5 A; 1VIE A; 4BE1 A; 3CBP A; 1X69 A; 3DKM A; 1V76 A; 3OY9 A; 4Y92 A; 4ORZ A; 1W6X A; 5KYX B; 1AWJ A; 2BUD A; 2RK2 A; 4HCC A; 2L3Q A; 4XTX A; 3ZBD A; 5LJ3 g; 2CZ1 B; 2K2M A; 1VQN T; 3M0P A; 2I0N A; 4QVD A; 1MGQ A; 5GAN 6; 2BTT A; 2X51 A; 1WQ7 A; 2OTL T; 4RTX A; 1K9A A; 5GAN 3; 2EQU A; 1N8R C; 1ZSZ A; 2E70 A; 4NS5 A; 1N9S A; 1WX6 A; 2AKK A; 3CMA Q; 4ESR A; 4V2S A; 4RKU E; 4DBH A; 3RMQ A; 1M1K R; 3CCQ Q; 2DZ9 A; 4E7H A; 1B7T A; 4R56 A; 1ACM B; 3V7S A; 2MMP A; 2L2P A; 5FRN A; 3JCM X; 2DTH A; 1YI2 A; 1WLP B; 4M7D C; 3ZFJ A; 1X2K A; 5LJ3 d; 2QYZ A; 2G6F X; 3IQL A; 3JB9 D; 1E6G A; 4JJB A; 2XI9 A; 1YJW A; 2COW A; 5GAM g; 2HBW A; 1BYM A; 1VQM T; 5IAY A; 3CCL Q; 1X6B A; 1BB9 A; 4L6V 5; 1GXI E; 5FW9 A; 3MEV A; 1FWZ A; 4A53 A; 2DA9 A; 2RQV A; 4MDW A; 3OW2 A; 1W2B A; 4HCB A; 4KH0 B; 1Q81 R; 2VXE A; 3JCM f; 1RI9 A; 3PNW C; 3C0C A; 4ZNX A; 2O31 A; 2M9U A; 4JPB W; 4XTZ A; 2OTL A; 3E9F A; 2RHZ A; 2RO0 A; 1S72 T; 5GAM d; 1BCM A; 3JCM c; 4II1 A; 4BB7 A; 4IUR A; 4M4Z A; 3LW5 E; 1PCX A; 3M0R A; 3MP1 A; 2JVV A; 2QQA A; 3HP9 A; 3KUF A; 2IG0 A; 2HL5 C; 1GBQ A; 1KC8 U; 1AEY A; 3H41 A; 3H6Z A; 1BI0 A; 4AT1 B; 1Q86 C; 3OYL A; 1AWX A; 2J6F A; 1NJI C; 2RHY A; 3HTR A; 1BIB A; 4M75 A; 1VQM A; 4CRI A; 3RKY A; 3CXC P; 4FCY A; 2AZV A; 2MWP A; 3CBO A; 4ME7 A; 2WSF E; 4B9X A; 2NWM A; 1PNJ A; 2RD1 A; 1Z9Q A; 3A8G B; 1QVF S; 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