4E97A

T4 lysozyme l99a/m102h with 2-mercaptoethanol bound
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Engineering a model protein cavity to catalyze the Kemp elimination.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 64
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4e97A00
220LA 110LA 1KS3A 1QT8A 103LA 1L01A 181LA 4LDLA 1L48A 2NTHA 1OWZA 1KNIA 1D3NA 1C6JA 4PJZA 5I14A 1L63A 2B6YA 1C69A 3HH6A 1OWYA 4ARJA 186LA 2RBPA 1QTDA 1QT7A 1ZWNA 2B74A 1LYHA 1LI6A 1DYFA 1CV5A 3HUQA 4I7QA 1PQJA 120LA 4ARMB 2RB1X 1L03A 3CDTA 3DN1A 1PQOA 2RBRA 4LDEA 125LA 1L43A 137LA 4I7NA 3NY9A 1KY1A 3DKEX 1L77A 1QTZA 254LA 3GUJA 3GUKA 3HT9A 2RB2X 4EPIA 1SX2A 1QT5A 4W54A 1C6GA 1OVJA 3HH5A 1LI2A 1PQMA 2L78A 2QARC 1L97A 128LA 1CU3A 1C6DA 244LA 158LA 1LGUA 1L45A 1L80A 1L57A 2HUMA 1LWGA 1T6HA 2B75A 189LA 243LA 3FA0A 1L95A 160LA 142LA 1P46A 1C62A 1L44A 2Z6BA 4OO9A 3CDOA 3C83A 1DYCA 240LA 1L66A 1L18A 3EMLA 1QTVA 1P2LA 115LA 1TLAA 1D9WA 2B6WA 1DYAA 1L42A 2IGCA 1SWZA 3HUKA 248LA 2OTYX 1CU6A 190LA 5LZMA 1L52A 167LA 1L56A 1C6IA 1L87A 1L64A 256LA 3HU8A 1CTWA 1CUPA 3LZMA 1K28A 130LA 1LPYA 229LA 1C6QA 1CV3A 112LA 156LA 1JQUA 1L34A 1SWYA 185LA 3F8VA 1CV1A 109LA 1L30A 162LA 3HTBA 1L14A 4W59A 184LA 1L86A 1L76A 1L98A 1LI3A 4I7SA 1L46A 3GUIA 4IAPA 3JR6A 191LA 1XJTA 113LA 3C81A 1P7SA 4EKQA 1L37A 1QTCA 3V2WA 1L65A 1QS5A 3F9LA 1L23A 1JTNA 4EXMA 1L33A 226LA 1L02A 1DYGA 1DYDA 1L71A 3VW7A 3G3VA 1OVHA 1L0KA 242LA 4S0WA 199LA 1QUOA 2B70A 1LGXA 1L04A 4ZPUA 1C61A 1C6FA 1L50A 2HULA 3CDRA 2Q9EA 2OTZX 262LA 4DKLA 231LA 2A4TA 1P37A 127LA 2F47A 2QB0B 2ANXA 1OV7A 3C82A 4I7RA 4YX7C 3DN8A 1D3FA 257LA 3OE9A 211LA 1L24A 218LA 1QT6A 1QS9A 224LA 1L25A 3SB8A 4GBRB 3CDQA 2OU0X 1LLHA 3HTDA 2B72A 1L61A 111LA 2F32A 1C67A 1CX7A 172LA 141LA 1LW9A 1L70A 3HT8A 166LA 1L20A 107LA 7LZMA 1L51A 1KW7A 169LA 104LA 4ARQA 1C6PA 1KY0A 1C6KA 3DN4A 3DNAA 183LA 1D2YA 3OE6A 3SN6R 1QSQA 1LYGA 3DMVA 174LA 3GULA 4I7PA 3HWLA 4GRVA 1L83A 1C6NA 1P6YA 1L93A 102LA 3HU9A 209LA 176LA 252LA 4DJHA 4I7LA 2LZMA 152LA 1I6SA 1C6CA 1C6HA 261LA 3SB5A 4ARPA 2RB0X 1D3JA 2OU9A 1LGWA 4LZMA 3C8QA 4EPFA 4ARQB 123LA 245LA 201LA 1L38A 1P3NA 2RAYX 3RUNA 1L06A 4ARLA 1L68A 2OEAX 157LA 1L27A 1G1WA 1CV4A 129LA 2RBSA 1L53A 3HUAA 1C6BA 2RAZX 3C80A 2CUUA 187LA 1CU0A 1CVKA 2OE7X 255LA 239LA 3PDSA 1PQIA 3FI5A 1OYUA 2RBNA 1C68A 1L26A 232LA 1L11A 2B6XA 4W56A 3HDEA 1L84A 1B6IA 1L15A 1L59A 2OE9X 3L64A 1L05A 139LA 1L91A 148LE 1L74A 3C7WA 1L22A 3OE8A 1QTHA 217LA 1QT3A 1T8AA 144LA 221LA 3ODUA 3PBLA 168LA 108LA 143LA 165LA 1C65A 3DN2A 3G3WA 3SB9A 2NTGA 3K2RA 1PQKA 3NY8A 4EKPA 2RBOA 3L2XA 2O79A 3HDFA 1L32A 238LA 2HUKA 1WTHA 159LA 1G0QA 1L00A 1L0JA 1L28A 4E97A 1P56A 1ZYTA 2O7AA 6LZMA 2ANVA 3GUPA 1L47A 1T8FA 1DYEA 1L62A 1L13A 2LC9A 214LA 3UONA 1L60A 1C6EA 197LA 3QAKA 1C64A 1C6MA 1ZURA 4W51A 260LA 3CDVA 1L58A 1L89A 2LCBA 1L82A 196LA 1L21A 146LA 1L67A 1CUQA 2Q9DA 225LA 1LYEA 1L88A 1QUGA 215LA 4DAJA 219LA 1L31A 1LWKA 223LA 4I7JA 1L55A 171LA 4W55A 2RBQA 3DN6A 3HT6A 140LA 188LA 251LA 1L29A 4I7TA 3DMZA 3DN3A 3HH4A 114LA 1T8GA 1SSWA 1LYDA 3C7YA 1C6LA 4I7KA 198LA 2B6TA 247LA 1L10A 206LA 234LA 1SSYA 1L73A 126LA 3OE0A 150LA 4LDOA 3NYAA 1LYFA 1OV5A 4AQNA 155LA 227LA 1L94A 138LA 250LA 3SBAA 192LA 213LA 2B73A 249LA 1L36A 1L16A 1SX7A 3C8RA 1L92A 1C6TA 1QSBA 258LA 241LA 2F2QA 4K5YA 182LA 3RZEA 1D2WA 173LA 1CV6A 3C8SA 122LA 2B7XA 1L39A 1CV0A 236LA 145LA 4W53A 118LA 1LYJA 4YXCA 3V2YA 1NHBA 4W52A 3D4SA 4EJ4A 228LA 4I7OA 1C6AA 2OU8A 1L49A 1JTMA 1C66A 1L07A 1CX6A 1L96A 1EPYA 1L99A 1G0JA 210LA 1CU2A 4I7MA 235LA 3SBBC 1P64A 259LA 1L75A 1QUDA 161LA 1L54A 119LA 1L72A 1L90A 1L41A 1T97A 246LA 170LA 1CU5A 1LYIA 4YXAC 1L19A 1P2RA 3DN0A 1G06A 3SB7A 1D3MA 1XJUA 1KW5A 3HH3A 1G0LA 4W58A 4W57A 1L81A 230LA 3SB6A 1L79A 3HTFA 1QT4A 180LA 1PQDA 2RH1A 1L09A 3GUMA 3FADA 1L08A 2O4WA 164LA 1C60A 2B6ZA 1G0PA 1L17A 222LA 3C7ZA 131LA 3HT7A 1C63A 1P36A 1OVKA 200LA 216LA 163LA 3GUOA 1G07A 1L69A 233LA 4EKRA 151LA 1G0GA 195LA 1QTBA 253LA 1G0MA 1P5CA 175LA 3HTGA 1G1VA 1G0KA 3GUNA 237LA 1L35A 2OE4X 1DYBA 177LA 149LA 4ARMA 1QUHA 1XEPA 178LA 212LA 147LA 4PK0A 3G3XA 1L12A 3DMXA 1L40A 1L85A 4EKSA 205LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BWHA 2BQAA 1KS3A 4OWHA 181LA 4LDLA 1L48A 1D6QA 1LSFA 3WXUA 1C6JA 2B6YA 4BS7A 186LA 1QT7A 1HEPA 4NGZA 1CV5A 5D5CA 4I7QA 5LYZA 4MR1A 1GAZA 120LA 1B9OA 2HEDA 4ARMB 1B7NA 1L03A 3DN1A 1PQOA 2RBRA 1GEVA 3AW7A 1JKAA 1ZVHL 4I7NA 1KY1A 2BQCA 1L77A 3GUJA 1AM7A 5AMYA 4EPIA 4W54A 1C6GA 1OVJA 1VDTA 2LYZA 1PQMA 2L78A 1VFBC 1CU3A 1GPQC 158LA 1DKKA 1L57A 1T6HA 189LA 3WUAA 160LA 1GF3A 3C83A 1L66A 3A6BY 1TLAA 115LA 2H9KA 2IGCA 4IASA 4N8ZA 5B05A 167LA 1HEWA 1L87A 1L64A 1LZNA 3A93A 256LA 1UCOA 1IOSA 229LA 4J1BA 4M4OA 112LA 156LA 1JQUA 1LHIA 1IWZA 5LYMA 1LZEA 4WM1A 1CV1A 1HEQA 2LHMA 1L30A 1GF0A 4WL7A 1L86A 1L98A 2Z2FA 4WMGA 5APDA 4DDBA 1L46A 1GXV2 1OUBA 3C81A 3EBAB 1P7SA 1L37A 1QTCA 2YVBA 3F9LA 1IY3A 5HQ1A 2XJWA 1OUEA 4EXMA 1DYGA 1DYDA 1LZGA 242LA 199LA 3W6FA 4XJHA 4ZPUA 1C6FA 4HJVA 2HULA 1WQNA 2Q9EA 5T3FA 1T6VL 1B7OA 1LHLA 231LA 2QB0B 1OV7A 4B4JA 1JTPL 3C82A 3DN8A 257LA 4WOAA 1ZVYB 5C6LA 4OWEA 1LLHA 4LT3A 3HTDA 1LMNA 1BHZA 5HNLA 1GE2A 3AGGG 5KXSA 7LZMA 2ZIJA 169LA 4GN3A 133LA 2YSSC 4WLYA 2I25L 1C6KA 3DN4A 3DNAA 4HP0A 1D9UA 1FKQA 3SN6R 4GCCA 3AB6A 1DI4A 5FEKA 1LYGA 1GB0A 2AUBA 1KXWA 4DT3A 1P6YA 4H9IA 1L93A 102LA 1LMOA 209LA 4I7LA 4B4EA 1UA6Y 1C6CA 1DQJC 4HSFA 2HEBA 1ZV5L 3EMSA 123LA 245LA 201LA 1L38A 2RAYX 2BQEA 5ILFA 3RUNA 1L68A 2OEAX 5KXYA 1PS5A 1G1WA 3B72A 1CV4A 3HUAA 4XJIA 1L53A 1IEEA 1NBZC 1C6BA 2CWIA 2ZYPA 1B5UA 2BPUA 1GE4A 3CSRA 1CJ7A 1B7LA 4R6CA 232LA 3KAMA 1EL1A 1C08C 4NG1A 1XGUC 2B6XA 1NDGC 1HMKA 3P64A 3HFMY 2BQDA 2CJLA 1L59A 2OE9X 1G7JC 3L64A 3WU8A 1LSPA 1NQIA 3P4ZA 1GDWA 1T8AA 3PBLA 165LA 4GLAA 2NTGA 1UUZC 2HEEA 1IP2A 8LYZA 1KIPC 4EOFA 1YANA 5LVKA 4XJFA 3AYQA 4UWUA 4E97A 1JSEA 5IHGA 1JWRA 3GUPA 1DYEA 1INUA 3A95A 1L13A 4PJ2C 197LA 4N5RA 2DQAA 2BQKA 4DDCA 1C6MA 1ZURA 4H91A 4W51A 260LA 1L82A 196LA 4H90A 5LA5A 1GE1A 1CUQA 1L67A 193LA 2HEFA 5APFA 2MEHA 3LYTA 1TBYA 1XGPC 2RBQA 3DN6A 5KKIA 4WG1A 1L29A 4I7TA 3WH1A 1FKVA 1YAMA 2ZIKA 1YL1X 3M3UA 3CSZA 3TXGA 1C43A 3A3RX 4I7KA 2C8OA 234LA 3OE0A 150LA 3RW8A 4LDOA 1OV5A 5L3IA 1JKDA 4EMNA 4TWSA 5HLLA 3TXJA 192LA 249LA 4I0CA 3WYHA 1SX7A 3C8RA 1C6TA 4HTNA 1FN5A 3RZEA 1CV6A 3C8SA 2BQFA 1GF9A 1NF5A 3D3DA 1LYJA 1IOCA 1LSDA 5DN4A 2YBNA 2IHLA 3D4SA 228LA 4I7OA 1HERA 4N0JA 1L96A 210LA 3TXFA 1CU2A 4I7MA 1LCNA 4NHPA 1BB6A 3AZ4A 5I53A 4HPEA 161LA 1L54A 4HJYA 1L41A 2BLYA 2F2NA 246LA 5I4WA 1CU5A 1L19A 4B49A 1BQLY 2F4AA 2I26L 3DN0A 1C46A 3SB7A 1IC4Y 4OWAA 1D3MA 1XJUA 1GFTA 3HH3A 3K3TA 1G0LA 3LYMA 1L81A 230LA 3SB6A 3HTFA 1PQDA 3FADA 1GF7A 1GB3A 164LA 5JENB 4GCDA 4X3BA 4NSHA 1L17A 131LA 2YBHA 3N9CA 1GDXA 1ALCA 4H8ZA 4N1CC 3GUOA 3GXKA 3VWOA 233LA 4EKRA 1WTMA 195LA 1CKCA 5DN5A 2YBJA 1P5CA 2G4PA 5B07A 1OUIA 1AKIA 1JKCA 1G0KA 1QDRA 1LJ4A 4B0DA 4ET8A 1XEPA 5FHWA 212LA 1BVXA 1F6RA 1LMAA 1L85A 4M6DA 1G7IC 3SP3A 3WW6A 1KIRC 6LYZA 1QT8A 4NY5A 1QUTA 1HSWA 4DWXA 2Z39A 4ARJA 4N9RA 1QTDA 1ZWNA 1LYHA 4ZFPA 1FLUA 2RB1X 5LA8A 3CDTA 4WM2A 5F16A 4LDEA 2YBIA 4NGWA 4U3XB 3NY9A 3HT9A 3GUKA 2RB2X 1REYA 1SX2A 1QT5A 1OUCA 1HEOA 4R0FA 1LGUA 1L45A 1D0KA 2CGIA 2HUMA 3LN2A 3AZ5A 4PRUA 2B75A 7LYZA 1VATA 2RSCA 1C62A 4OO9A 3CDOA 1DYCA 5LYTA 4RW2A 1L18A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1BWH A;  2BQA A;  1KS3 A;  4OWH A;  181L A;  4LDL A;  1L48 A;  1D6Q A;  1LSF A;  3WXU A;  1C6J A;  2B6Y A;  4BS7 A;  186L A;  1QT7 A;  1HEP A;  4NGZ A;  1CV5 A;  5D5C A;  4I7Q A;  5LYZ A;  4MR1 A;  1GAZ A;  120L A;  1B9O A;  2HED A;  4ARM B;  1B7N A;  1L03 A;  3DN1 A;  1PQO A;  2RBR A;  1GEV A;  3AW7 A;  1JKA A;  1ZVH L;  4I7N A;  1KY1 A;  2BQC A;  1L77 A;  3GUJ A;  1AM7 A;  5AMY A;  4EPI A;  4W54 A;  1C6G A;  1OVJ A;  1VDT A;  2LYZ A;  1PQM A;  2L78 A;  1VFB C;  1CU3 A;  1GPQ C;  158L A;  1DKK A;  1L57 A;  1T6H A;  189L A;  3WUA A;  160L A;  1GF3 A;  3C83 A;  1L66 A;  3A6B Y;  1TLA A;  115L A;  2H9K A;  2IGC A;  4IAS A;  4N8Z A;  5B05 A;  167L A;  1HEW A;  1L87 A;  1L64 A;  1LZN A;  3A93 A;  256L A;  1UCO A;  1IOS A;  229L A;  4J1B A;  4M4O A;  112L A;  156L A;  1JQU A;  1LHI A;  1IWZ A;  5LYM A;  1LZE A;  4WM1 A;  1CV1 A;  1HEQ A;  2LHM A;  1L30 A;  1GF0 A;  4WL7 A;  1L86 A;  1L98 A;  2Z2F A;  4WMG A;  5APD A;  4DDB A;  1L46 A;  1GXV 2;  1OUB A;  3C81 A;  3EBA B;  1P7S A;  1L37 A;  1QTC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1BWH A;  2BQA A;  1KS3 A;  4OWH A;  181L A;  4LDL A;  1L48 A;  1D6Q A;  1LSF A;  3WXU A;  1C6J A;  2B6Y A;  4BS7 A;  186L A;  1QT7 A;  1HEP A;  4NGZ A;  1CV5 A;  5D5C A;  4I7Q A;  5LYZ A;  4MR1 A;  1GAZ A;  120L A;  1B9O A;  2HED A;  4ARM B;  1B7N A;  1L03 A;  3DN1 A;  1PQO A;  2RBR A;  1GEV A;  3AW7 A;  1JKA A;  1ZVH L;  4I7N A;  1KY1 A;  2BQC A;  1L77 A;  3GUJ A;  1AM7 A;  5AMY A;  4EPI A;  4W54 A;  1C6G A;  1OVJ A;  1VDT A;  2LYZ A;  1PQM A;  2L78 A;  1VFB C;  1CU3 A;  1GPQ C;  158L A;  1DKK A;  1L57 A;  1T6H A;  189L A;  3WUA A;  160L A;  1GF3 A;  3C83 A;  1L66 A;  3A6B Y;  1TLA A;  115L A;  2H9K A;  2IGC A;  4IAS A;  4N8Z A;  5B05 A;  167L A;  1HEW A;  1L87 A;  1L64 A;  1LZN A;  3A93 A;  256L A;  1UCO A;  1IOS A;  229L A;  4J1B A;  4M4O A;  112L A;  156L A;  1JQU A;  1LHI A;  1IWZ A;  5LYM A;  1LZE A;  4WM1 A;  1CV1 A;  1HEQ A;  2LHM A;  1L30 A;  1GF0 A;  4WL7 A;  1L86 A;  1L98 A;  2Z2F A;  4WMG A;  5APD A;  4DDB A;  1L46 A;  1GXV 2;  1OUB A;  3C81 A;  3EBA B;  1P7S A;  1L37 A;  1QTC A; 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