4E97A

T4 lysozyme l99a/m102h with 2-mercaptoethanol bound
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Engineering a model protein cavity to catalyze the Kemp elimination.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 64
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-03-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4e97A00
1P2RA 1C6AA 212LA 1PQKA 251LA 258LA 1CU5A 1L18A 1L95A 1D9WA 2A4TA 2OE9X 1CUQA 2B6ZA 1C6GA 113LA 2OTZX 4I7PA 3NY8A 1QT7A 1LYDA 1D2WA 1C66A 180LA 1CU2A 1C6JA 1LYHA 3C8QA 1L40A 3HUAA 1XJUA 3F8VA 1PQIA 1DYDA 1LGXA 3HDEA 2B72A 1OV7A 2L78A 3C7WA 1L90A 131LA 1G0KA 1L36A 1L60A 3G3VA 3C82A 1L05A 1CX6A 111LA 1T8AA 1L91A 3FADA 1C65A 2OE7X 149LA 122LA 1EPYA 1SWZA 1G0MA 1C6EA 1QUDA 239LA 234LA 1C6LA 1QT6A 3HTDA 192LA 3DN3A 4LDEA 4W53A 1L10A 2B75A 144LA 1C67A 1JQUA 215LA 1L79A 3F9LA 185LA 1L63A 1L27A 1LW9A 3OE6A 4W59A 1L53A 115LA 3C80A 1CTWA 1DYFA 1L15A 3HUQA 3SB6A 3HT9A 1L97A 1L47A 4YXAC 1L46A 163LA 4I7OA 3C8RA 197LA 184LA 147LA 1D3NA 1C6KA 3SB7A 1SX2A 140LA 161LA 1LGUA 167LA 2LZMA 4GBRB 4LZMA 1L01A 3ODUA 1C6IA 2CUUA 1XJTA 1L0KA 1QTHA 1L93A 238LA 3OE9A 1KY0A 5LZMA 3K2RA 4EXMA 189LA 1OWYA 181LA 1LI3A 2HUMA 3HH3A 1L70A 1G0GA 1T8GA 3HH6A 1SSWA 255LA 2F47A 3CDQA 118LA 1QUOA 1QTCA 176LA 1L74A 4YXCA 1L85A 1L19A 3HWLA 1L94A 3GUKA 123LA 171LA 1P36A 236LA 7LZMA 107LA 2OU0X 1P2LA 110LA 182LA 1L96A 177LA 1KNIA 148LE 4I7QA 1L16A 1L33A 226LA 243LA 1DYAA 139LA 3DN4A 224LA 3DMZA 2B7XA 4LDLA 1CV1A 1DYCA 2RB1X 2RH1A 169LA 3FA0A 1L43A 3SBBC 3HTBA 1C6NA 3GUNA 1L21A 1OWZA 2B6TA 1C62A 261LA 3SBAA 1KW7A 3CDVA 127LA 1CU6A 1LYJA 220LA 1QTVA 1L55A 1D3MA 3G3XA 1PQMA 1D3FA 227LA 1L02A 2RBQA 2B6WA 2NTGA 4E97A 4EKQA 104LA 3C81A 3CDOA 3L64A 1L52A 1D3JA 2RBRA 145LA 172LA 1L12A 1L48A 2Q9DA 120LA 259LA 1L64A 1L89A 3UONA 205LA 1G06A 199LA 1C6BA 1L17A 3DKEX 1L44A 1P64A 229LA 1K28A 1L20A 1G0PA 1L45A 2ANVA 3HH5A 186LA 1L67A 221LA 232LA 3VW7A 128LA 3OE0A 1L82A 157LA 1QT4A 1QS9A 137LA 1ZWNA 1OVHA 4W55A 4ZPUA 218LA 3RUNA 223LA 3HTGA 3HTFA 2O4WA 262LA 1L92A 160LA 4YX7C 4I7KA 4AQNA 1C68A 125LA 191LA 1CU3A 3JR6A 1SX7A 1G1VA 219LA 2B73A 4W51A 4W58A 1L03A 1DYGA 1L11A 1L23A 4PK0A 1CU0A 1C63A 119LA 3GUJA 1L07A 1L88A 249LA 2OEAX 126LA 4ARPA 2B6XA 3NY9A 4EKSA 4W52A 1I6SA 5I14A 1L83A 112LA 257LA 237LA 222LA 3DN8A 3HDFA 1SSYA 1PQOA 1C6CA 1QTBA 228LA 187LA 3SB8A 1KY1A 1C60A 1L61A 2O79A 254LA 2QARC 4EPIA 1G0LA 2HUKA 3HT8A 6LZMA 1ZURA 260LA 3GULA 245LA 1L76A 1C64A 1L31A 4I7TA 1L13A 1L54A 217LA 3L2XA 3V2WA 1L37A 3DMXA 2OU8A 4EPFA 3OE8A 4ARLA 3C8SA 1L08A 1L42A 1OYUA 3HU8A 3GUIA 216LA 1L71A 248LA 1QTDA 1LLHA 2ANXA 129LA 1CV0A 1L99A 108LA 2LC9A 1P46A 1L73A 3HT7A 4PJZA 1L68A 3DN6A 3RZEA 1L66A 201LA 253LA 3FI5A 142LA 1QSBA 1CVKA 183LA 4ARQA 2RBNA 150LA 1C6HA 165LA 1L14A 4EKRA 141LA 1LGWA 4W54A 1L04A 2OU9A 155LA 2RBPA 3SB9A 1LI6A 1L38A 174LA 109LA 2RBSA 158LA 1L06A 2RB0X 1L29A 1LPYA 2NTHA 178LA 1L49A 3C7YA 1L00A 244LA 3HUKA 3C7ZA 1L26A 1L51A 1L87A 4OO9A 1G0QA 211LA 195LA 1CV6A 1LWGA 1L72A 2OE4X 1G07A 2IGCA 1KW5A 4ARQB 206LA 1L69A 3HT6A 1L24A 159LA 1L28A 1QSQA 3C83A 1PQDA 130LA 3HH4A 256LA 1L41A 1P3NA 1OVKA 3DN1A 210LA 3HU9A 138LA 1T97A 1L59A 3SB5A 4LDOA 4ARMB 1LYIA 1T6HA 1DYBA 198LA 1L86A 2OTYX 166LA 3V2YA 1C6QA 114LA 1KS3A 1C6PA 233LA 4I7NA 1CUPA 1DYEA 1C6MA 1L65A 1OVJA 3LZMA 1G0JA 2B70A 1LI2A 2LCBA 209LA 1L98A 213LA 1CX7A 1OV5A 3CDTA 4I7LA 4K5YA 3DMVA 4I7JA 1QT8A 1CV5A 2O7AA 1D2YA 2Q9EA 2B74A 240LA 3DN0A 3CDRA 1L25A 1P37A 1L56A 1LYGA 4IAPA 162LA 143LA 4DJHA 3D4SA 3NYAA 1T8FA 3QAKA 156LA 4EJ4A 1L75A 1P5CA 241LA 3DNAA 200LA 4EKPA 1L34A 188LA 1L50A 1LYFA 2Z6BA 1L58A 3GUMA 230LA 1JTMA 4ARJA 2B6YA 1P56A 1L30A 1L39A 252LA 2RAYX 4DAJA 103LA 3EMLA 190LA 1C6DA 1L80A 242LA 4GRVA 1L09A 2RBOA 4I7MA 1L57A 2RAZX 4W56A 3PBLA 173LA 214LA 1L0JA 235LA 170LA 102LA 3GUPA 247LA 1TLAA 1PQJA 2F2QA 2QB0B 1LYEA 1LWKA 4W57A 231LA 175LA 1L77A 3PDSA 250LA 1C6TA 1QT5A 225LA 196LA 1QTZA 4S0WA 152LA 3SN6R 2RB2X 1G1WA 3GUOA 246LA 1QUGA 146LA 1L84A 1L81A 1QS5A 3G3WA 4ARMA 1L22A 151LA 1L62A 1QT3A 1L35A 1C6FA 1QUHA 2F32A 1CV3A 1NHBA 1P7SA 1XEPA 4DKLA 164LA 1B6IA 1SWYA 1P6YA 1L32A 3DN2A 1C69A 1C61A 168LA 1WTHA 1ZYTA 1CV4A 4I7SA 4I7RA 1JTNA 2HULA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DQAA 1JKCA 4XENA 251LA 1JKBA 258LA 1IY3A 4NY5A 1VDPA 2YDGA 1D9WA 4H8ZA 5KKJA 4RLNA 4DT3A 1SLYA 2B6ZA 113LA 2F4GA 1QT7A 1D2WA 180LA 1C6JA 1LZTA 2HTXA 1XJUA 1H6MA 1HMLA 1BGIA 4IJ4A 2HEDA 4NFVA 3C7WA 1FN5A 3G3VA 1ZVHL 1I1ZA 3C82A 4DDAA 111LA 2XJWA 3FADA 4RLMA 1RCMA 1QDTA 3AGHA 1QUDA 5C6LA 3HTDA 192LA 1JTTL 4LYZA 2BQDA 2Z38A 144LA 1C67A 215LA 1GFGA 1LW9A 5KXXA 4W59A 1L53A 1L15A 1IOCA 3HUQA 1F6SA 4TTDA 3WYHA 163LA 4NIJA 147LA 4H92A 161LA 1LGUA 1LKRA 1C6IA 2YSSC 4LFPA 4WM2A 1QTHA 4H93A 193LA 1KY0A 3W6EA 4EXMA 1NHEA 1OWYA 2D4KA 5E9RA 2H5ZA 1BB5A 3HH6A 3CT0A 2HUBA 1GHLA 3ULRA 1GFAA 255LA 2F47A 3CDQA 118LA 5LIOA 1B7PA 1JIYA 4YXCA 2EIZC 1GBWA 4NSGA 1L85A 4B49A 2ZWBA 1T6VL 1O23A 1UIAA 3HWLA 4WL7A 1WTNA 1FKQA 3A96A 9LYZA 1LJ4A 1B7NA 1LMCA 1G7IC 1FLUA 3T36A 1YILA 1NBZC 5LVHA 2HECA 2CWIA 3AW6A 3CB7A 226LA 1LSAA 169LA 3FA0A 4ETCA 3HTBA 4N1EI 1C6NA 1UIFA 4NHPA 1IWZA 1C62A 5B59A 1A2YC 3WW6A 3SBAA 1JJ1A 1G7LC 1MLCE 1LYJA 2N5ZA 5JENB 2C8PA 4RW2A 1L55A 1D3MA 4GN3A 2C8OA 3G3XA 4YOPA 4YM8A 2B6WA 1C43A 4EKQA 3C81A 1D3JA 1LZYA 2RBRA 145LA 2F2NA 5AMYA 172LA 1XGPC 4H9EA 1GFVA 3TXGA 1HEPA 3LHMA 4EOFA 1L44A 1K28A 4XN6A 1LZAA 3CT5A 3AB6A 4WG1A 1LZRA 1OUDA 128LA 3OE0A 1ZWNA 4NGLA 1IC4Y 1FKVA 1OUAA 4TSBA 1UICA 3P66A 2FBBA 1W6ZA 262LA 3TXHA 1HHLA 4AQNA 191LA 2EKSC 1LZ9A 2DQDY 4W58A 4H9HA 2DBTA 1IC7Y 4PK0A 119LA 2ZQ3A 4PRQA 1L07A 1AT6A 1LZ8A 5I14A 2D91A 1GF9A 112LA 1C6CA 1QTBA 4OWCA 2QARC 4WLXA 1G0LA 3HT8A 1RI8B 1V7TA 4CHXA 1C64A 4I7TA 1L13A 4XJFA 1L37A 2OU8A 3HFMY 3C8SA 216LA 2YBIA 1CV0A 108LA 2LC9A 3LYZA 1L66A 1GF6A 253LA 3W6DA 7LYZA 150LA 3TXIA 1AKIA 4IATA 1L14A 4EKRA 1YKXX 4W54A 4GCFA 1GFJA 4RDSA 155LA 3WPJA 1XGTC 1HMKA 4NGYA 174LA 4YEMA 4HV1A 2RB0X 1L49A 3HUKA 1L26A 4L41A 1L51A 1IP6A 195LA 1CV6A 3G3BB 2XQOA 4ARQB 1L24A 5LINA 3C83A 1PQDA 130LA 3HH4A 1TBYA 4WG7A 3OJPA 1OVKA 1UACY 4XJDA 5LA5A 5DLAA 4EMNA 1LYIA 4LYTA 198LA 1CKHA 1L86A 4TUNA 1LJ3A 3LN2A 1KXWA 132LA 2BQEA 1CJ7A 4H90A 1GB9A 1DYEA 1HFXA 1LJFA 4B4JA 1G0JA 1LI2A 1HFZA 1GWDA 2FYCA 209LA 2CJLA 1H87A 4WO9A 4NGIA 1QIOA 3DMVA 4I7JA 1CV5A 3DN0A 1DPXA 4II8A 3WL2A 1LYGA 4IAPA 2FYDA 4DD3A 1AT5A 143LA 1REZA 3D4SA 4DJHA 1T8FA 3QAKA 134LA 1LZBA 3IJVA 4NSJA 3QY4A 4N1CC 2Z12A 1L58A 2G4NA 230LA 2HEAA 1GE4A 5FDJA 4DAJA 1LZCA 103LA 4A7DA 4KXIA 4LYMA 1D0KA 2Y8PA 1CNSA 4GRVA 1CKCA 2RAZX 4P2EA 4H8YA 1G7JC 4TWSA 4DD0A 102LA 1LJGA 2F2QA 2QB0B 5ILCA 1LYEA 1LWKA 4W57A 2B5ZA 225LA 1KIRC 1QTZA 1C08C 4NGVA 1L84A 1REYA 1DI3A 5EBHA 2G4QA 1QS5A 151LA 4J0LA 1QQYA 1ZV5L 1G7HC 3ZEKA 4ZFPA 3GXKA 2HU3A 4GCBA 1YL0X 1DQJC 1C61A 4B4IA 4XJHA 4I7SA 1JTNA 2HULA 1CKFA 1LYZA 3BKVA 2MEDA 3FI7A 3RNXA 1JTOL 5I5QA 3EMSA 4FDYA 1CU5A 4ETAA 1L18A 1C7PA 1HEWA 1JKAA 2OE9X 1CUQA 1C6GA 1C45A 1C66A 1LYHA 3C8QA 1EL1A 1AZFA 1PQIA 3WH1A 2B72A 4YENA 4ANRA 1GFTA 1L90A 1LMAA 5KXRA 4GN4A 1IWYA 3TXJA 1BWHA 5DN5A 1JSFA 1BVKC 1GB8A 5APCA 122LA 1SWZA 1G0MA 1QT6A 1QTEA 4H9BA 4LDEA 4DC4A 4NG8A 1F6RA 4KT3A 1DZBX 3OE6A 115LA 4NHIA 3C80A 1CTWA 4BAPA 4HPIA 3EO5A 194LA 4UWUA 4WM4A 197LA 184LA 1IP2A 1D3NA 3SB7A 3P4ZA 140LA 2DQHY 2LZMA 4LZMA 4YEOA 2MEEA 2CUUA 1L0KA 2MEBA 3WMKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2DQA A;  1JKC A;  4XEN A;  251L A;  1JKB A;  258L A;  1IY3 A;  4NY5 A;  1VDP A;  2YDG A;  1D9W A;  4H8Z A;  5KKJ A;  4RLN A;  4DT3 A;  1SLY A;  2B6Z A;  113L A;  2F4G A;  1QT7 A;  1D2W A;  180L A;  1C6J A;  1LZT A;  2HTX A;  1XJU A;  1H6M A;  1HML A;  1BGI A;  4IJ4 A;  2HED A;  4NFV A;  3C7W A;  1FN5 A;  3G3V A;  1ZVH L;  1I1Z A;  3C82 A;  4DDA A;  111L A;  2XJW A;  3FAD A;  4RLM A;  1RCM A;  1QDT A;  3AGH A;  1QUD A;  5C6L A;  3HTD A;  192L A;  1JTT L;  4LYZ A;  2BQD A;  2Z38 A;  144L A;  1C67 A;  215L A;  1GFG A;  1LW9 A;  5KXX A;  4W59 A;  1L53 A;  1L15 A;  1IOC A;  3HUQ A;  1F6S A;  4TTD A;  3WYH A;  163L A;  4NIJ A;  147L A;  4H92 A;  161L A;  1LGU A;  1LKR A;  1C6I A;  2YSS C;  4LFP A;  4WM2 A;  1QTH A;  4H93 A;  193L A;  1KY0 A;  3W6E A;  4EXM A;  1NHE A;  1OWY A;  2D4K A;  5E9R A;  2H5Z A;  1BB5 A;  3HH6 A;  3CT0 A;  2HUB A;  1GHL A;  3ULR A;  1GFA A;  255L A;  2F47 A;  3CDQ A;  118L A;  5LIO A;  1B7P A;  1JIY A;  4YXC A;  2EIZ C;  1GBW A;  4NSG A;  1L85 A;  4B49 A;  2ZWB A;  1T6V L; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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