4EDPA

1.85 angstrom resolution crystal structure of an abc transporter from clostridium perfringens atcc 13124
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
316
structure length
316
Chain Sequence
KLVVSTWGLNEDVLKETVFEPFAKEHGVEIVLDIGNNSERLTKMKNNPNSQIDITYLAESFAEQGVEAGIFDKLDYSKIPNASEMNEKAKSTVEAGYGPAYTLNSIGIVVDPSAGIEINSWEDLWKPELKNKIAIPDITTTNGPAMVEIAAEKAGVDVKTDNGEAAFKELEALKPNVVKTYSKSSDLANMFSNGEIVAAVASDFAFGTISKAKPEVINVIPESGTYLNFNTININKNSKNKDLAYEFINYALSKEVQEKTAKALNESPVNKEVKLSEEETKNLTYGPVVDNAKVIDFKFVNSVMDQWVNNWNRIMN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
source organism Clostridium perfringens
publication title 1.85 Angstrom resolution crystal structure of an ABC transporter from Clostridium perfringens ATCC 13124
rcsb
molecule keywords ABC transporter, substrate-binding protein
total genus 116
structure length 316
sequence length 316
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4edpA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4edpA01
1USYE 3H6WA 5ITOA 3RTFB 2UVGA 5L8DA 2Q2AA 3PU5A 2R71A 5TP9B 5I84A 2VHAA 3CSGA 1B7UA 3ZKKA 1VR5A 4PE5B 1PBPA 3O29A 1FTLA 1LFIA 1FTKA 1MPDA 3LBSA 1MY0A 3OEKA 2Q8JA 4R6YA 1XVXA 1MM6A 3B6TA 1XOCA 3RGYA 3C4MA 3Q29A 5BUUA 4RPNA 1MPCA 3UIFA 1US5A 3OEMA 2O7UA 1B3LA 3U92A 3JZJA 3U93A 3PPNA 5CMKA 4THIA 2WKYA 3W15C 5H8FB 1B3EA 4R9FA 2F5XA 5FTHA 2HFBA 2GFEA 1LLSA 3TEPA 4TQUQ 5AA3A 3V83A 4L17A 3C33A 3V89B 1QUKA 5JTYA 4Q8RA 2G93A 4GVOA 4OYVA 3LC8A 1XC1A 1O63A 3O9PA 4RYAA 2F7BA 2QMWA 3P7IA 3KOSA 4I62A 4IB2A 1B2HA 1M5CA 3HPIA 1JVYA 1B0LA 1MQDA 3PD8A 4GF8A 3LUYA 4FE8A 3MVYA 2NUVA 4R2BA 2A5TB 4NTLA 1YTVA 3EHSA 3KJTA 3SEXA 2X26A 4LVQA 3UN6A 4YB7A 1P1NA 5CRYA 1A55A 3MAMA 3O97A 3PGFA 3FD3A 1FTJA 3HHGA 1WODA 4PFUA 1CE2A 1JVXA 4FJPA 4OFLA 4POWA 2E1SA 5H8QB 1NH7A 1N84A 2DVZA 4X1DA 4LZ5A 1QKAA 2D5WA 1PB8A 1AOVA 4HS7A 3CRBA 1JQFA 4NF4B 3M8UA 3PMXA 2DVCA 2O51A 4G8HA 3TFLA 2QPQA 2XX7A 2I3VA 2HCAA 2PVUA 4IO3A 1AL3A 2UVHA 3OELA 1M5FA 4LZ8A 5AA2A 3I3VA 1FCKA 3OSQA 1MY4A 3UK4A 3K1PA 4NF6A 4GD5A 2DE3A 4U1OA 3IB2A 4G68B 4C1UA 1GVCA 3C35A 1BIYA 3CG3A 2V84A 4ESXA 3KSXA 1PC3A 4ZZAA 4KCCA 3O66A 5DEXB 1SW4A 1R9LA 3QK6A 1LGBC 3A3CA 2RINA 2OCUA 4NMYA 3ONMA 1PEBA 2ESNA 3C36A 2F78A 4N6PA 4DIGA 4MLVA 1R1NA 2OWSA 3CR9A 5CM6A 4F3BA 4HCWA 1Y3QA 3SEUA 2I4BA 3R7XA 4NWDA 1I6BA 3FGSA 1B0HA 4RNSA 2DQVA 3VLWA 3MZBA 1FW0A 5AA4A 2GHAA 2DE2A 2AL5A 1JW1A 3C9HA 1N7XA 1B4HA 3KN7A 2RC9A 1NMUA 4X48A 3TTKA 3UP9A 2AL4A 3K6UA 3IO6A 1UIVA 3HN0A 3GLBA 1TXFA 2I0CA 3CG1A 5F1QA 5CMMA 1FQEA 2UYFA 3N26A 4YB6A 2VGQA 1HSJA 1B40A 3FJGA 2O69A 2F7AA 4YU0A 2D21A 2QSXA 3TDJA 4G2ZA 5AE4A 3MW0A 2H25A 2ZYOA 2Y7RA 2I48A 3MQ9A 3G3KA 3GZGA 3V8XB 4KQPA 2XXUA 1IEJA 1BLFA 4NE4A 4KCDA 4TLLB 2OWTA 5CI5A 1B46A 2I3WA 4OEVA 1URGA 4NEDA 3QYTA 4FECA 2ZNTA 3T96B 3IOVA 1GTKA 1HSEA 1II5A 4EQBA 3SESA 2Z23A 1AIVA 1URSA 1POTA 4DDDA 3K6VA 4NF8B 3S9MC 1LAFE 2O7IA 2RCAA 4R74A 3JYRA 4U4SA 1I6QA 1D9VA 2Y7WA 4I1DA 2V3TA 2THIA 1B6HA 4EQ9A 1D9YA 3VV5A 1Y20A 3S9LC 2XX9A 1SDXA 3PPPA 2QRYA 3TTLA 1FQCA 3OO6A 1H3DA 2FA7A 4GWOA 3KBRA 4ND9A 3OOAA 3TMGA 1IZ1A 4ZEFA 1MH3A 5I2NB 3MBPA 2ZMBA 1QJMA 3RY3A 5DVIA 1SW2A 5H8NA 2I0BA 3K6XA 1B32A 5I59B 1YCJA 3OO9A 3HO7A 3FXRA 2Y7PA 4AQ4A 2OLBA 4OHNA 4U23A 3RNNA 3QUFA 3PUVE 5ITPA 4KYEA 1SD3A 1Y9UA 1LAXA 1B9JA 5H8HA 1NFTA 1MQGA 2XXYA 3T9VA 4DLDA 3MVZA 2Q9TA 5L9SA 3O28A 3G7WA 1MM7A 3IK6B 2XXQA 5FHMA 5I57B 5J1DA 4EDPA 5DT6A 3K01A 3OSRA 4QFKA 4FATA 4JWOA 1MXYA 3ILTB 4G68C 3KG2A 4H8JA 3H7MA 1GV8A 1OVTA 1P1OA 4OEUA 3VLVA 3H03A 4H6DA 3O6GA 3K02A 2ONSA 1SW1A 3E9XA 1O7TA 4HCYA 1AH5A 1LCTA 1MS7A 1OLCA 1URDA 2F8DA 2RKMA 3MP8A 1B5HA 2XXTA 4YMBA 2QL3A 3E13X 3S2VA 1Z7NE 1NL5A 3VVFA 4NF5B 5HM4B 1B5IA 1MH4A 3S9EA 2DWHA 4OMBA 2REGA 2X7QA 1NH8A 4LZ7A 4F19A 4GQOA 3EHTA 3TQLA 1UIUA 3N6UA 1DTZA 4P0IA 3UA8A 1UTHB 1R6ZA 4EXLA 5KDTA 4PETA 3VFJA 3HV1A 3HSTA 2ZYNA 1B05A 5CBSA 1FQBA 4FEDA 4QFPA 1BKAA 1D4NA 1N7WA 4OERA 1NNKA 4BDMA 1H45A 3RUMA 2YJPA 3RPWA 4GFRA 1Q35A 1B7HA 1MQHA 5KCJB 4LQ2A 1SQYA 4H8IA 5HPQA 4IO2A 4YKIA 2XX8A 2RCBA 2HQ0A 3EHUA 3G3JA 2B3FA 3LSXA 1MQJA 2PX1A 1FQAA 3TCFA 4ELOA 2G29A 3FJMA 4KD5A 1L5TA 4H0WA 3USDA 1MY2A 3JV9A 4IO4A 1LFHA 1UQWA 2ALUA 2I6EA 1JEUA 4RK2A 4OZ9A 2DXRA 4LP2B 2HZLA 3TELA 4DCXA 3T9HB 4R9GA 4ZE9A 4KYSA 4MH5A 5FHNA 4ONYA 4IY5A 4FORA 4MLQA 4IY6A 4BDRA 1CB6A 3PMWA 4MF3A 5ICTA 5CBRA 2VOZA 2HZKA 1LB8A 1FQFA 3C32A 2PT2A 3MWBA 4KPTA 1NKXA 3ZSFA 3CFZA 4KFQA 3H3GA 4JSDA 3GXAA 4X1BA 2XD3A 2FYIA 3TPAA 3TTNA 3WAFA 4DE8A 4Z0IA 4BDQA 3VXBA 1TFAA 4OVJA 3RT6B 3C34A 4PP0A 1SVXB 1ZIUA 2DSFA 4OENA 1N76A 2IA4A 5TPAB 3O6HA 5I56B 1A54A 4ZEIA 5I58A 4MBPA 3RTWB 4F18A 1XS5A 3N94A 3ILUB 3CI8A 2CZLA 2HAUA 4N13A 5A5XB 2DOJA 4DCYA 1LSTA 1MY1A 1SI1A 3H6VA 2XXRA 3DP8A 3HCQA 4KHZE 5K2XA 1JEVA 2NXOA 2AIXA 5FHOA 4R6HA 4U2RA 1ZU0A 1M5BA 4ZEDA 4F3PA 3CIJA 3MP6A 2XXWA 3FVKA 1MXXA 1ELJA 2H9BA 4GL0A 3SERA 3TCHA 2M8CA 1H76A 1VFEA 1QVSA 1M5DA 3RT8A 3W9VA 2QS1A 4R72A 1QUJA 1MRPA 3I5OA 4YZZA 3HHFA 1NNPA 5ICQA 1N3XA 1O64A 2Q88A 1AMFA 3G3FA 4WEPA 4GL8A 4H5GA 3IX1A 4QFLA 3FXUA 3Q26A 2YLNA 4F3SA 1MY3A 2ZYKA 1RYOA 4H5FA 2BJJX 5JTYB 1LB9A 4G4PA 2ZNSA 2B65A 1IITA 3KN8A 3QUJA 2KLFA 2QS3A 1MXZA 4C0RA 1JNFA 1HSLA 3ECRA 1OMPA 3L6GA 4AB5A 2E0SA 4TLMB 2X7PA 2PT1A 5DYHA 2V25A 1MDQA 3TQWA 1EZPA 2GRVA 4H67A 5JK4A 3OO8A 1A40A 1YAEA 1QW0A 2PMSA 1LFGA 4F1UA 2XD2A 5IKBA 1NNTA 4GOTA 5I2KA 1B3HA 4BDNA 1DMBA 2DXYA 2DE4A 2Z8DA 1R9QA 1N0TA 4LUBA 4U22A 3H4ZA 3TUSA 2R6GE 1IIWA 3FV1A 2Z8FA 3OENA 3G3IA 4EF1A 4DXCA 5HBCA 2ANJA 4IO7A 3EQ1A 2UXAA 5B70A 4EQ7A 4LONB 3W9WA 1S7YA 1B7ZA 4I8CA 1UTBA 5AA2B 3K1NA 1GGGA 1Y1MA 5ISUA 1A99A 2F6GA 3AXFA 4ZECA 1EU8A 3MP1A 3FJ7A 1MDP1 5TP9A 4NF6B 4ESWA 3BBRA 4YAHX 3QSLA 3DM0A 4ZE8A 4RA1A 3CFLA 2I4CA 1Z7ME 4G8MA 1D3KA 1Y3PA 4HTGA 5B7DA 1Y3NA 3K1MA 3T93B 3SKPA 3G3HA 4RXLA 3Q25A 3ODBA 1MPBA 1RKMA 1DTGA 2GHBA 1OQGA 4Q30B 1B52A 5FTIA 1JW5A 1MXUA 2Q89A 1Q1KA 5H8FA 1PB7A 1TFDA 4OXVA 1SW5A 2H98A 3MVWA 4WXJA 5EHMA 3ZS6A 4E0XA 5AA4B 2Y84A 4YKJA 1S50A 2RF1A 3ZKLA 3Q28A 3IB1A 5L9MA 2ONKE 4H1XA 2F36A 4G77A 1LCFA 3PV0E 4RPOA 2Y7KA 2DP8A 1OLAA 2VP1A 2QJEA 4H65A 1Y1ZA 2P1SA 3KGCA 2H5YA 3SEYA 3PUZE 5CC2A 2A5TA 4POXA 3T22A 5ELVA 5EYFA 3KN3A 4M1VA 3U72A 2V3UA 1SI0A 3SEWA 2OK2A 3N6TA 3V5AA 1F9BA 1VFDA 3PUXE 3FATA 4KI0E 3T9XB 1YPNA 5M2VA 4KYDA 2DYXA 4O3CA 2XXPA 4QF9A 5JEIA 2DS9A 3VE1B 3RN8A 3S4UA 3DELB 2P2AA 3MJNA 4NF4A 4HW8A 2F34A 1B1XA 4F2OA 3LSFB 3S9NC 1Y4CA 3CFXA 4F3GA 2GH9A 3KSJA 3KOTA 5TU0A 1OQHA 3RLFE 1LBCA 3R26A 4BLAA 1ZMGA 3IJOB 4XXUA 4YICA 2YPNA 3FASA 1ZLQA 2O1LA 2F6PA 5DTBA 4XKNA 4OFOA 4ZS9A 4BDLA 4KR5A 3IJXB 5H8SA 4LATA 4DXUA 1XVYA 3G3GA 3D4CA 4GXAA 3OXNA 2R9JA 4G68A 4GIZA 3VVEA 5IAIA 4FAJA 3MVXA 5H8NB 4ELQA 3U8QA 5DEXA 1Y4TA 2QS2A 2HXWA 4E0WA 3K6WA 4F29A 4F22A 5H8HB 4QSDA 4JWYA 1PBQA 1B51A 3EN3A 3WAEA 1IXIA 4GRKA 4ECFA 4P11A 2UVJA 1IXHA 4OESA 3UGWA 1TT1A 3FIRA 4JB7A 3FXQA 2HEUA 4OWDA 2XHDA 3L6HA 1MG1A 3PMVA 1EZOA 3FVGA 4ZEBA 2DWJA 4XKRA 2VD3A 1B4ZA 4JSOA 2RC7A 4FIMA 4ZEKA 1KWHA 5L9OA 3FUZA 2VD2A 1USYH 2PBWA 3DLNA 4O3AA 4XKPA 4UACA 1QUIA 1XHYA 2QMXA 4P0GA 4IGRA 4ZDMA 3EF7A 4Q0CA 1ANFA 1EH3A 3MUQA 3PD9A 3DP6A 1VE4A 4Z7EA 4R73A 4F2QA 3IR1A 2ZNUA 1B58A 2DWAA 2D3IA 4Q5TA 4R2FA 1LBBA 3OD7A 4XTCQ 4GXSB 3PPQA 2REJA 1NNFA 4C1TA 2CMOA 3LR1A 3U94A 3QIMA 3KFMA 4YKKA 4PFTA 1P99A 1MXVA 4NF8A 2OBGA 4JXIA 4OFJA 3IOWA 3A3UA 3FV2A 2W7YA 3Q27A 3FZVA 4QSCA 3IOUA 3THIA 4EXKA 1WDNA 4ZZEA 3QXMA 4RJZA 1B3GA 1LAHE 5KDTB 3RQTA 3MC2A 1IUDA 3H06B 1OVBA 3CSBA 4OETA 3IORA 2O84X 3MZ9A 4K3FA 3M3LA 1N04A 5F7VA 2P0SA 4IO6A 4R6KA 4GLIA 3E4RA 4QFOA 3T66A 2IEEA 1B1HA 1M5EA 2UVIA 4MFIA 3TYHA 2HAVA 1XT8A 5I2NA 1DSNA 3TKDA 4DZ1A 3K2DA 1JETA 3H6UA 1B5JA 5I59A 1DPEA 2XXHA 4QRZA 4UA8A 3T9UA 3K00A 1LAGE 3M3KA 2Z22A 1I69A 1H43A 5DVJA 3PUWE 1PDAA 1N3WA 2RC8A 1OIBA 4RK9A 3K4UA 2PYYA 4ELPA 1RYXA 1SBPA 2F7CA 1FTMA 2O68A 4QSEA 4EF2A 2ABHA 4RY1A 4JWXA 1BP5A 3VVDA 4JDFA 4I9DA 2H99A 3D4GA 3BFUA 5I57A 3MPKA 4PQJA 1EZ9A 3TAJA 3M3FA 5CMBA 3VDFA 4JBZA 4YB5A 3LSLA 3TCGA 3MZ1A 4QHQA 2ONRA 4XKQA 3EPEA 1T0KA 1S9TA 5AA2D 5I58B 1A7LA 5AA1A 3VXCA 2V3QA 3I6VA 3UORA 1PB9A 1WVJA 4WKMA 3TTRA 1SYHA 3PPOA 2ZYMA 3O6IA 4XIGQ 3A09A 1A8EA 2Q2CA 2Z8EA 3DP4A 1GR2A 2LAOA 4NF5A 1IXCA 3IB0A 1ZJLA 4U4XA 3E3KA 4FEBA 2B3BA 4WEDA 3SDFA 3H6TA 3SETA 2O1MA 4BDOA 2V93A 3GBAA 3OMBA 3QAXA 1B3FA 1MXWA 1UTHA 2XXIA 2AYSA 5DVFA 3B6WA 2ZXTA 4YMAA 5BWJA 1DPPA 1FQDA 5LOMA 4LQ5A 4ELRA 4M4GA 2QS4A 3CVGA 3TODA 2XXXA 3BFTA 1IQ7A 4F1VA 5K2YA 3IAZA 3MPLA 3C31A 2I49A 5KCJA 4ISUA 2DWIA 4U1ZA 1ATGA 3KEIA 3GBBA 2FNCA 3SEVA 4IGTA 3TTMA 3K0VA 1I6AA 3KZGA 3PUYE 4PFWA 4OTEA 2A5SA 1J1NA 1SYIA 4N07A 1POY1 1ZBMA 5EHSA 3LSWA 2UYEA 1ZKBA 1MQIA 3OO7A 1A8FA 3F11A 1JW4A 4IO5A 3O2AA 4PFYA 2XXVA 2NOOA 1DOTA 4F1YA 5KZTA 4YKPA 1P1UA 4EUOA 1FTOA 4F31B 4R75A 1ZTYA 4AB6A 1VSOA 5I2KB 1US4A 1QKBA 1H44A 1P1QA 3IO4A 3VLUA 2OJTA 3KJ7A 3N5LA 2NWJA 3U1OA 3B6QA 1BTJA 2F35A 2OZZA 5H8QA 4OQOA 4O3BA 3TZAA 3FVOA 4QFNA 3PPRA 2H4IA 4F39A 4DXBA 1QULA 3IL1B 4NWCA 1P1WA 3R6UA 5TPAA 5I56A 4U21A 1IXGA 2NVUB 3IOTA 4X9TA 5CMCA 4G8NA 1TWYA 1UTBB 2I58A 2Y7IA 3B7DA 4TOZA 2O6AA 2F97A 4LA9A 3BKIB 5A5XA 3FVNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1USYE 3H6WA 4GX3A 5ITOA 4GWXA 3RTFB 2UVGA 4OVSA 5L8DA 2Q2AA 3PU5A 2R71A 5TP9B 5I84A 2VHAA 3CSGA 4IR8A 1DBZA 4MNCA 1B7UA 3ZKKA 1VR5A 4PE5B 1PBPA 3O29A 1FTLA 1LFIA 1FTKA 1MPDA 3IFAA 3LBSA 1MY0A 2B4MA 3OEKA 2Q8JA 4R6YA 1XVXA 1MM6A 3B6TA 1XOCA 3RGYA 3C4MA 3Q29A 5BUUA 4RPNA 1MPCA 3UIFA 1US5A 3OEMA 2O7UA 1B3LA 3U92A 3JZJA 3U93A 3PPNA 5CMKA 4GWWA 4THIA 2WKYA 3W15C 5H8FB 2OWZA 1FPDA 3A29A 1B3EA 4MCOA 4R9FA 2F5XA 5FTHA 2HFBA 2GFEA 1LLSA 2WX9A 3MYUA 3GYYA 3TEPA 4TQUQ 2XWVA 5AA3A 3V83A 4L17A 3C33A 3V89B 1QUKA 5JTYA 4Q8RA 2G93A 4GVOA 4OYVA 5IZ3B 3LC8A 1INPA 1XC1A 1O63A 3O9PA 4RYAA 2F7BA 2QMWA 3P7IA 3KOSA 4I62A 4IB2A 1B2HA 1M5CA 3HPIA 1JVYA 1B0LA 1MQDA 4PE3A 1FBCA 3PD8A 4PDHA 4GF8A 3LUYA 4FE8A 3MVYA 2NUVA 4R2BA 2A5TB 4NTLA 1YTVA 3EHSA 3KJTA 3SEXA 2X26A 4LVQA 3UN6A 4MAGA 4YB7A 1P1NA 5CRYA 2P3VA 1A55A 3MAMA 3O97A 3PGFA 1YZ0A 3FD3A 1FTJA 3HHGA 1WODA 4PFUA 1CE2A 1JVXA 4PAKA 4FJPA 4OFLA 4POWA 2E1SA 5H8QB 1NH7A 1N84A 2DVZA 4X1DA 4LZ5A 1QKAA 2D5WA 1PB8A 2VPOA 1AOVA 4HS7A 3CRBA 1JQFA 4NF4B 3M8UA 3PMXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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