4EDPA

1.85 angstrom resolution crystal structure of an abc transporter from clostridium perfringens atcc 13124
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
316
structure length
316
Chain Sequence
KLVVSTWGLNEDVLKETVFEPFAKEHGVEIVLDIGNNSERLTKMKNNPNSQIDITYLAESFAEQGVEAGIFDKLDYSKIPNASEMNEKAKSTVEAGYGPAYTLNSIGIVVDPSAGIEINSWEDLWKPELKNKIAIPDITTTNGPAMVEIAAEKAGVDVKTDNGEAAFKELEALKPNVVKTYSKSSDLANMFSNGEIVAAVASDFAFGTISKAKPEVINVIPESGTYLNFNTININKNSKNKDLAYEFINYALSKEVQEKTAKALNESPVNKEVKLSEEETKNLTYGPVVDNAKVIDFKFVNSVMDQWVNNWNRIMN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title 1.85 Angstrom resolution crystal structure of an ABC transporter from Clostridium perfringens ATCC 13124
rcsb
molecule keywords ABC transporter, substrate-binding protein
molecule tags Transport protein
source organism Clostridium perfringens
total genus 116
structure length 316
sequence length 316
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-03-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4edpA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4edpA01
1MH4A 4G8MA 4NF4B 4O3BA 3GBAA 2QS2A 2G93A 4RK2A 3HN0A 1LBCA 4OXVA 4TOZA 3VVFA 1SW2A 1CB6A 5CBSA 4POWA 2O7UA 2LAOA 1N04A 4XKPA 3N26A 1A40A 2RF1A 3LSXA 2XX8A 2D21A 3KZGA 2QS3A 5I59A 3ECRA 2HAUA 4E0WA 1JVYA 3T9HB 1A8FA 1LCFA 1IXHA 3WAEA 4LZ7A 1QUKA 2XXHA 4IO3A 1GVCA 1Q35A 3RPWA 1N3WA 4FEBA 3BKIB 5I84A 4NWDA 2A5TB 3CVGA 4G68B 1AH5A 1ZLQA 2Z8FA 5ITOA 3H6TA 5I57B 3TDJA 3TTMA 3C35A 2QL3A 4DCXA 1IITA 3PUZE 3KSJA 1IUDA 3IORA 1R1NA 4UA8A 2HQ0A 2X26A 4P11A 3PV0E 1FCKA 1SYHA 1M5EA 4MH5A 4X1DA 1QUJA 1NNKA 3KOTA 3OEMA 3O29A 1RYOA 2BJJX 2PMSA 1LAGE 4EDPA 4DXCA 3O2AA 1UTHA 3K02A 3FVKA 3FXRA 4RXLA 2H5YA 1HSJA 2ZYKA 2NXOA 4K3FA 3PPOA 4YKKA 3TUSA 3TKDA 2UVGA 1RYXA 3FJ7A 1P1WA 4OTEA 3KN7A 1M5BA 2F35A 3MC2A 3FV1A 2QSXA 4GVOA 2HZKA 2REGA 3DELB 1B2HA 2VP1A 3FXUA 3QIMA 2QRYA 5K2XA 1HSLA 3CG3A 3O9PA 2DE3A 2GH9A 4FEDA 4GL0A 3G3JA 5I2NA 2ZYMA 2HAVA 3A09A 1SW1A 5I56B 3B6QA 3EHTA 1NL5A 4DE8A 5DT6A 4NWCA 3TYHA 1SDXA 4P0IA 1Y1MA 3H6WA 3H4ZA 5BUUA 3DLNA 1US5A 2GHBA 2O6AA 1TT1A 5TPAA 5CMBA 3KJ7A 4XKRA 4OFOA 1FQCA 1XS5A 3FGSA 4Q8RA 3B7DA 2OK2A 2YPNA 3LUYA 2X7QA 5BWJA 1Y20A 3FATA 3PUXE 3G3FA 5KCJA 1A8EA 1P1NA 1RKMA 3U94A 4RPOA 2F78A 1WVJA 3PUVE 1DOTA 4GOTA 3SDFA 1F9BA 2ONKE 2HCAA 4MLVA 4OETA 3SEUA 3RN8A 3ZS6A 4LATA 4HS7A 3PPQA 1DTGA 2Y7KA 4GD5A 5LOMA 4MBPA 2GFEA 1SI0A 2RCAA 2DXYA 3C4MA 1ZIUA 4JXIA 4WEPA 1LLSA 2B3FA 1AL3A 3LSFB 1LGBC 3TAJA 1BKAA 1B05A 4N07A 1D9VA 3MUQA 5F1QA 3K1PA 3U1OA 1M5FA 5K2YA 2DSFA 3MP6A 4O3AA 4F18A 4GLIA 3HPIA 3MZ9A 4OENA 3PU5A 2F7AA 3MPLA 2QMXA 1OVBA 1EH3A 1MPBA 5IKBA 3G7WA 5H8QA 3TCHA 4QFOA 5DVIA 1XVYA 5AA2B 2O1MA 4F1UA 4OWDA 5AA3A 2Q2AA 4R9GA 1MQIA 1NMUA 1FTKA 1GR2A 1LBBA 3T9VA 3E3KA 4NF4A 4NE4A 1SBPA 1B32A 3E4RA 3MVXA 1AOVA 1B4ZA 3KEIA 4GQOA 4R9FA 1VSOA 3GBBA 4AQ4A 4FJPA 4G2ZA 4KQPA 5ELVA 2H98A 1H44A 1VE4A 3VVDA 4PFWA 3DM0A 1P1QA 1H76A 3FASA 1TXFA 2A5TA 3VFJA 1EU8A 2PYYA 4IGTA 5HBCA 2P0SA 3IO6A 2DS9A 4G68A 5KDTB 2A5SA 4F3SA 2Z22A 3TPAA 5HPQA 3EHSA 1YCJA 3H3GA 5I57A 3O97A 5M2VA 1LB8A 3P7IA 2E0SA 4Z7EA 3S9MC 2XXIA 3U8QA 3OSQA 4R73A 2HXWA 3K2DA 2OZZA 3ZKLA 4WKMA 1QKAA 4ZE8A 4BDRA 3CR9A 3C34A 4ZECA 4G77A 1N3XA 2FNCA 3FVOA 3VLWA 3VXBA 2Q88A 3HHGA 2VD2A 3SEVA 4DZ1A 1IXIA 1R9LA 4F2QA 5FTIA 3SETA 1II5A 4RNSA 3VXCA 1N7WA 4LQ5A 1O63A 1UTBB 2XXWA 3JV9A 5AA4B 1UIUA 5JK4A 1IXCA 2YJPA 1S7YA 1MY4A 1JEUA 5H8FA 4RYAA 4DCYA 1MXXA 3HO7A 4BDLA 1JQFA 1B3LA 1XT8A 1M5DA 2V93A 3TQWA 1QJMA 4G8NA 2B3BA 4ZEFA 2XXQA 3IJXB 1MY3A 2DOJA 3ODBA 1GV8A 4H65A 1MM6A 3T9XB 2ONRA 1D9YA 4I1DA 3GXAA 4QSCA 3OO8A 1URDA 2AL4A 3TCGA 1ATGA 4G4PA 5AE4A 2ZYNA 2PT1A 1ELJA 4DDDA 1MQDA 5ICQA 1L5TA 2RC7A 2ZNTA 1QVSA 4FORA 3EHUA 1Y3NA 1POY1 1TFAA 1MY2A 4THIA 3SESA 1OQHA 4NF8B 2F34A 4NF5B 3O28A 3KBRA 3R6UA 2Y7RA 4XKNA 4ZZAA 2WKYA 3O66A 1FQAA 3A3CA 1NNPA 1I69A 3MWBA 2P2AA 3V83A 2DP8A 4N6PA 4GXSB 2G29A 1WDNA 4OEVA 3IB0A 2VGQA 4F2OA 3TFLA 3DP4A 3TMGA 1MXWA 2DYXA 4L17A 4KPTA 4QRZA 4RJZA 5AA2D 1LAHE 3CFXA 1JVXA 5B7DA 4H5GA 1D4NA 4OFLA 1ZU0A 5I2KB 3W9VA 4OFJA 1US4A 3AXFA 3CRBA 1B7UA 2UVIA 3M3FA 5CM6A 1I6QA 4FATA 4I62A 2Y7IA 2QS1A 3PUYE 1FW0A 3PPPA 4YB7A 4I9DA 1QW0A 2THIA 1H3DA 2D3IA 3UN6A 5L9OA 3TTNA 4ZEKA 4IGRA 1XC1A 2I48A 4TLLB 3UGWA 4G8HA 2OWTA 4I8CA 1FQDA 1Y1ZA 3N94A 3PGFA 4ELOA 1B5IA 5ITPA 5AA2A 2AL5A 1N76A 3KGCA 1Y4TA 2V3QA 4H6DA 4LUBA 4OEUA 3K6XA 3S4UA 1GTKA 1SQYA 3WAFA 3M3LA 2GHAA 4IO2A 1QKBA 2DQVA 4KR5A 1AMFA 4WEDA 2Q8JA 2B65A 2OBGA 4XKQA 1ANFA 3IX1A 4OYVA 1TFDA 2DVZA 4R6KA 1FQBA 2UYEA 2XXYA 3PPRA 2Y7WA 4JDFA 1NH7A 4QSEA 1JNFA 3UA8A 2XXTA 3SERA 1NNTA 4HW8A 4QHQA 3UIFA 4BLAA 4QSDA 1OLAA 1B1XA 3UP9A 3LC8A 3IL1B 3D4GA 2W7YA 3IOVA 4QF9A 3C31A 1MDQA 2H99A 3H6UA 5AA1A 5JEIA 5KDTA 3F11A 4JWOA 3U93A 4U2RA 1JW5A 1MQHA 2XX9A 4TLMB 3I5OA 4ZEDA 2Z8EA 2V3TA 4ND9A 3RT8A 5TU0A 4JSDA 2V84A 4H1XA 5TP9B 5A5XB 1JEVA 3JZJA 3QAXA 1B6HA 3TODA 4PETA 3DP6A 3G3IA 1S50A 1N0TA 4OHNA 1QUIA 1B5HA 3S2VA 3RT6B 4EF1A 2I4CA 1LSTA 3QUJA 1JW4A 2O1LA 1Z7NE 5L9SA 1Y3QA 3SEYA 1UTBA 2XX7A 4U23A 1LCTA 3C33A 4XTCQ 1MXZA 5H8HB 4BDMA 1NFTA 5AA4A 2DWAA 2X7PA 5FHMA 2AYSA 1PBPA 4N13A 4MF3A 4LQ2A 3GZGA 3MP1A 4GWOA 1MQJA 3K6WA 3TEPA 3B6TA 4M1VA 2NVUB 4FECA 4X9TA 5KZTA 1Y4CA 1EZPA 3ILTB 1ZJLA 2IA4A 4F22A 1WODA 3RY3A 3FZVA 1BIYA 1VFEA 4YMAA 5B70A 4F31B 4PFUA 2QMWA 3DP8A 4YICA 3MVZA 4YB6A 1IEJA 3OO7A 2O7IA 4PP0A 4U1ZA 2I0BA 1PDAA 3USDA 4KYEA 5DTBA 4NEDA 4LVQA 3K1NA 4Q30B 1NH8A 2HZLA 3H7MA 4MLQA 1QULA 3IOWA 4ZEBA 2XD3A 3KJTA 3JYRA 4NF8A 4KFQA 2RC8A 2XXRA 4FE8A 5L9MA 4YKIA 3TELA 4E0XA 1ZMGA 3N5LA 1I6BA 3TTRA 4LP2B 3T22A 5FHOA 2V3UA 3M8UA 4F39A 3MW0A 3HCQA 2FA7A 1B5JA 4YMBA 5CMMA 3FVGA 1IQ7A 2CMOA 4LA9A 1P1OA 2Z23A 4ELRA 3MZ1A 3T96B 5I2NB 3MP8A 3VLVA 1MY0A 5EHSA 2XHDA 3CI8A 1J1NA 3KG2A 2DWHA 4EF2A 1YTVA 4EUOA 5L8DA 3FVNA 1O7TA 2O68A 3RTFB 1B4HA 4P0GA 3KN3A 2UVHA 4LZ5A 3TQLA 1PB8A 4DIGA 1ZTYA 4AB6A 2HEUA 4H8IA 3GLBA 3E9XA 1B3GA 2VOZA 2NOOA 3CFLA 1LAXA 5CI5A 3PD8A 1NKXA 3IOTA 3OSRA 2CZLA 1B0HA 1FQEA 1POTA 3IJOB 1DMBA 2E1SA 3CSGA 2UXAA 4XIGQ 1OIBA 4ZZEA 3MJNA 2I3WA 2ZNUA 3MZBA 4EXKA 4YU0A 1H43A 1LFHA 1SVXB 5H8NB 4ZS9A 1MH3A 4OVJA 5F7VA 4PFTA 4ELQA 2RC9A 3FIRA 1N84A 1FTMA 1MY1A 1SYIA 1B40A 4GRKA 2REJA 5I58B 3ONMA 3W9WA 3LSWA 4KCCA 5I56A 3H6VA 1NNFA 3PMVA 3MVYA 4R72A 4R2FA 2I49A 1MRPA 4YKJA 2OCUA 1R9QA 2DXRA 3FJGA 1N7XA 2QJEA 3OD7A 1B9JA 3C36A 3BFUA 1B1HA 2Y7PA 4GF8A 5DVJA 4WXJA 1SW4A 4C0RA 1DSNA 3PUWE 2ZXTA 3K1MA 4BDNA 2YLNA 3G3KA 3T93B 2ANJA 1BLFA 4GIZA 5TP9A 5A5XA 2V25A 3U92A 4ZEIA 5ICTA 4TQUQ 1DPEA 3LR1A 4EXLA 1PEBA 1MM7A 3R7XA 3CFZA 1B3HA 3VVEA 3LSLA 1MXYA 4LZ8A 2QPQA 2VD3A 1B3FA 2HFBA 2UYFA 5H8HA 4U21A 2QS4A 4KD5A 2ZNSA 4KYDA 4JWYA 4DLDA 1B3EA 1CE2A 1I6AA 4F19A 1VR5A 1GGGA 3ZSFA 3V5AA 3VV5A 3D4CA 1MXUA 5DEXB 1BP5A 4ONYA 4NF6B 3IOUA 1HSEA 3EF7A 4OZ9A 3U72A 3IO4A 2PX1A 1URSA 3OELA 5CC2A 4PQJA 4F3BA 4FAJA 1R6ZA 2DE4A 3H03A 4GL8A 5ISUA 3TCFA 4LONB 4QFNA 4JB7A 2OLBA 2PVUA 4ISUA 1YPNA 3KN8A 2I0CA 5DYHA 3W15C 2P1SA 3VLUA 2Q89A 3CIJA 2M8CA 1TWYA 3PD9A 1FTOA 4HCWA 1LAFE 4IB2A 4BDQA 3PMXA 1ZBMA 3RNNA 3RUMA 4PE5B 4Z0IA 3EPEA 2NWJA 2R6GE 3QUFA 1KWHA 4OMBA 3R26A 3G3GA 3IAZA 3M3KA 2XXUA 3TZAA 5H8FB 3K4UA 1Q1KA 1MPDA 1UQWA 2UVJA 3K01A 4KHZE 2R9JA 1LFIA 3RTWB 3K0VA 4QFKA 1ZKBA 1JW1A 3BFTA 3CSBA 5H8SA 4PFYA 4F3GA 4QFPA 3FV2A 5CMKA 4G68C 3MAMA 1PB7A 1USYH 4H0WA 1FQFA 2OJTA 2I58A 3V89B 4YAHX 5JTYB 4OERA 2XXPA 1DTZA 3OXNA 5FTHA 2ALUA 4JSOA 2XXVA 1MQGA 2F6GA 2ONSA 2XXXA 3L6GA 1Z7ME 3HV1A 2Y84A 1PC3A 3MBPA 3MPKA 3G3HA 3T9UA 3H06B 3EN3A 3L6HA 3RGYA 4H5FA 1FTJA 4DXBA 3RLFE 3PMWA 5DVFA 3C32A 2I4BA 1LB9A 4GFRA 2IEEA 4MFIA 5I59B 1MG1A 2RCBA 4ELPA 2F6PA 1Y9UA 2PT2A 4NTLA 5IAIA 3QXMA 2Q9TA 4GXAA 3KFMA 4M4GA 1O64A 4BDOA 5H8NA 2Z8DA 3O6GA 5CRYA 4C1UA 3SEXA 4JWXA 1B7HA 3IB1A 5CMCA 3Q29A 4IO6A 3V8XB 5I58A 3S9LC 4YZZA 3FD3A 4HTGA 1MS7A 3CG1A 3IK6B 4XXUA 4AB5A 3K6UA 2O69A 3OMBA 4KI0E 4U1OA 1SI1A 1MDP1 3LBSA 4F29A 4R2BA 4FIMA 2F97A 5FHNA 2I3VA 3BBRA 4DXUA 3FJMA 3S9EA 1Y3PA 4H8JA 1XHYA 4ESWA 1PB9A 1IXGA 1H45A 3K6VA 4EQ7A 5CBRA 1UTHB 4NF5A 4H67A 2DWJA 3TTLA 4POXA 3VE1B 1P1UA 3ILUB 4RY1A 1XOCA 2ABHA 2R71A 2Q2CA 2D5WA 4NMYA 2DVCA 1MPCA 1URGA 1MXVA 2H9BA 3HHFA 3I3VA 3Q28A 2F8DA 1JETA 5HM4B 4JBZA 1FTLA 2DWIA 4U4SA 2XD2A 1PBQA 3I6VA 4ECFA 1SW5A 2H25A 4KYSA 4R75A 3OOAA 3MQ9A 2VHAA 4IY5A 3FUZA 5I2KA 2O51A 1A54A 3O6HA 3C9HA 3FXQA 3TTKA 4F1YA 3T66A 4KCDA 4HCYA 5DEXA 4U22A 4NF6A 4X1BA 2F36A 2F7BA 1DPPA 2O84X 1AIVA 5EYFA 3MVWA 1A55A 1VFDA 1IZ1A 5TPAB 1P99A 3ZKKA 2AIXA 4OESA 4RA1A 4C1TA 1EZOA 1A7LA 4ESXA 3N6TA 1UIVA 1OQGA 4IO4A 2KLFA 3E13X 1BTJA 3N6UA 1B46A 2ESNA 3QSLA 3QK6A 5EHMA 3B6WA 3S9NC 1LFGA 3IR1A 1USYE 2GRVA 4F1VA 2ZYOA 4R6YA 5KCJB 1M5CA 3Q27A 3UK4A 1B52A 4UACA 3HSTA 3Q25A 3UORA 1B0LA 4RPNA 4ZDMA 4R6HA 2F7CA 3IB2A 1EZ9A 4Q0CA 2RKMA 3K00A 3RQTA 2FYIA 3A3UA 4OQOA 2OWSA 3OENA 4O3CA 4R74A 2F5XA 1OLCA 4EQ9A 2NUVA 1SD3A 3O6IA 4Q5TA 2ZMBA 3QYTA 4RK9A 4U4XA 4X48A 2DE2A 3SEWA 1S9TA 1XVXA 3Q26A 1YAEA 2I6EA 1B7ZA 4QFLA 1D3KA 3OEKA 3OO9A 5J1DA 2PBWA 4YB5A 3PPNA 1IIWA 1OMPA 4EQBA 5H8QB 5JTYA 4YKPA 2H4IA 3EQ1A 3KOSA 4ZE9A 1T0KA 3KSXA 2RINA 3SKPA 1B51A 4IO7A 4F3PA 1B58A 1OVTA 3OO6A 3VDFA 4IO5A 4IY6A 3THIA 1A99A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1MH4A 4G8MA 4PC9A 2F3BA 4NF4B 4O3BA 3GBAA 2QS2A 2G93A 4RK2A 3HN0A 1LBCA 4OXVA 4TOZA 3VVFA 4GWUA 1SW2A 1CB6A 5CBSA 4POWA 2O7UA 2LAOA 1N04A 4XKPA 3N26A 1A40A 2RF1A 3LSXA 2XX8A 2D21A 3KZGA 2QS3A 5I59A 3ECRA 2HAUA 4E0WA 1JVYA 3T9HB 1A8FA 1LCFA 4P56A 1IXHA 3WAEA 4LZ7A 1QUKA 2XXHA 4IO3A 1GVCA 1Q35A 3RPWA 4GWSA 1N3WA 4FEBA 3BKIB 4OVSA 5I84A 4NWDA 2A5TB 3CVGA 1IMCA 1FBDA 4G68B 1AH5A 1LBVA 1ZLQA 2Z8FA 5ITOA 3H6TA 5I57B 4GWYA 3TDJA 3TTMA 3C35A 2QL3A 4DCXA 1IITA 3PUZE 3KSJA 2XWVA 1IUDA 5LTCA 3IORA 1R1NA 4UA8A 3A29A 4GBWA 2HQ0A 2X26A 4P11A 3PV0E 1FCKA 1SYHA 1M5EA 4MH5A 4X1DA 1QUJA 5IZ1A 3E79A 3IFAA 1NNKA 3KOTA 3OEMA 3O29A 1RYOA 4KXPA 2BJJX 2PMSA 1LAGE 4EDPA 4DXCA 3O2AA 1UTHA 3K02A 3FVKA 1LBYA 2XA5A 3FXRA 4RXLA 2H5YA 4DI3D 1HSJA 5T3JA 2ZYKA 2NXOA 1FBEA 4K3FA 3PPOA 4YKKA 3TUSA 3TKDA 2UVGA 2FIEA 1NUWA 1RYXA 3FJ7A 1P1WA 4OTEA 3KN7A 1M5BA 2JJKA 2F35A 3MC2A 3FV1A 2QSXA 4GVOA 2HZKA 2REGA 4MIJA 3DELB 1B2HA 2VP1A 3FXUA 3QIMA 2HPGA 2QRYA 5K2XA 1HSLA 3CG3A 3O9PA 2DE3A 2GH9A 4GL0A 4FEDA 3G3JA 5I2NA 2ZYMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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