4EDZA

Crystal structure of hh-pgds with water displacing inhibitor
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
198
structure length
198
Chain Sequence
PNYKLTYFNMRGRAEIIRYIFAYLDIQYEDHRIEQADWPEIKSTLPFGKIPILEVDGLTLHQSLAIARYLTKNTDLAGNTEMEQCHVDAIVDTLDDFMSCFPWAEKKQDVKEQMFNELLTYNAPHLMQDLDTYLGGREWLIGNSVTWADFYWEICSTTLLVFKPDLLDNHPRLVTLRKKVQAIPAVANWIKRRPQTKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Hematopoietic prostaglandin D synthase
publication title Investigation of the binding pocket of human hematopoietic prostaglandin (PG) D2 synthase (hH-PGDS): a tale of two waters.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Isomerase/isomerase inhibitor
total genus 70
structure length 198
sequence length 198
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.18: Glutathione transferase.
pdb deposition date 2012-03-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02798 GST_N Glutathione S-transferase, N-terminal domain
A PF14497 GST_C_3 Glutathione S-transferase, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1050.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 4edzA02
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4edzA01
5J41A 4IELA 3KJYA 3L4NA 4MPFA 2NDOA 5G30A 4MF7A 3H79A 2B5XA 2H1DA 1M99A 3CSJA 1Z3EA 4DVCA 3BOAA 3DVXA 5IQYA 1GSQA 3GNJA 2P5QA 4HEA2 4GWRA 2GSRA 2H74A 4AGSA 3GN3A 1BJXA 4OFTA 4HQSA 1EEMA 1K3YA 5IOXA 1TKDB 1TP9A 2CZ2A 3IBHA 3H4KA 1F9MA 1DSBA 5EL8A 1QUWA 2OADA 3ED3A 1ZGNA 1VRSD 4F03A 4IHUA 3WYWA 2M72A 2HZEB 1FW1A 3HA9A 4F2IA 2L57A 2F9SA 1XWAA 3DYRA 2JZRA 2XBQA 3DD3A 3QPMA 2HZEA 1H75A 5B8AA 1QFNA 4GSSA 2EIOA 2VL2A 3TJBA 4PQHA 1YF0A 1FVKA 2F3MA 2IMDA 2LRCA 4L5OA 3MSZA 2I4AA 1G6WA 3FRCA 4USSA 1E6BA 9GSSA 3CTFA 1YZXA 2L6CA 4IP1A 2I3YA 2GZPA 4JRRA 3K8NA 4OO5A 2HSHA 4LMVA 2LNTA 1GUHA 2WCIA 3LSZA 1SKRB 1EGRA 4OCEA 5JCGA 4KX4A 4TKYA 1X5DA 4Q5RA 2NPBA 2B5EA 4MK3A 2GSQA 2E2GA 1I9DA 3SWLA 3TDGA 2GLRA 3JCML 1WIKA 1T7PB 5AGYA 4EDYA 2H0GA 5HR0A 5AN1A 2VCXA 4BVYB 3FR6A 1I5GA 2HI7A 2C8UA 2M80A 1VF3A 2B1LA 4V2LA 4PQIA 3RHBA 4CDOA 2E0QA 5JWOB 3D0ZA 2P5RA 4XRDA 3IHQA 3P7XA 4BVYA 1WPIA 1F2EA 3DMLA 4O32A 3ME7A 5GAND 4TXOB 5J9CA 6GSSA 1J08A 5AIXA 4FYBA 3VI5A 4N11A 3F9UA 3Q19A 4GTUA 5DQYA 2ZNMA 1T3BA 2XBIA 5JWRB 3EWLA 2OBIA 3H8QA 4TXOA 2ES7A 1SK2A 4ULXA 2NTOA 4G19A 2OACA 5D73A 1OC9B 4OD7A 4NWYA 1GH2A 3CSHA 4ACSA 1ZYQB 4DSSA 1EGOA 4XCSA 4IJ3A 3UAPA 3U5RE 3RPPA 4FO5A 2DMLA 1OC9A 1THXA 5ECHB 1YEXA 2B3SA 3EU3A 3D21A 3GH9A 1JZWA 1K0OA 2H0HA 3FZ5A 4PX1A 1IYHA 2WZ9A 1O6JA 1AQWA 4HJMA 4RI6A 4POBA 5IO2A 1OKDA 3EMXA 1GUKA 4BWSA 2H8LA 2RM6A 3WGDA 3NIVA 3APQA 1PL2A 4KSMA 3ZVJA 4I97A 2C4JA 4GSNA 1MTCA 3F0IA 1EV4A 1JFUA 1DBYA 3EYTA 2JZTA 2YWMA 2AYTA 1JLWA 1OC8A 5AISA 3C1SA 2N5BA 3OR5A 5ECNB 5ENUA 2LUSA 1SL0B 3F6FA 1M9BA 1M0UA 1E2YA 6GSUA 4WBJA 1ZL9A 4EF0A 4HUAA 2VD0A 2KLXA 5LNKe 5DJLA 4V1Ap 1O8WA 5ECOB 2AAWA 2MZCA 3HVVA 1WOUA 4H86A 2H6XA 1T1VA 4K7NA 2GQMA 4KB3A 3GRXA 1O73A 1YEPA 2H73A 4IP6A 5DQSA 2H66A 2X8GA 6GSYA 3KMOA 1GL8A 1K0CA 1SD9A 2K8VA 2ALBA 2V6KA 3DGQA 4NPBA 2FWEA 1GRXA 1V98A 5JWQB 1X5CA 4WF5A 4ZB8A 1ON4A 2ON5A 2R5GA 2DJ0A 2L59A 3GKKA 3ZTLA 1HNBA 4KCEA 4GSTA 4IN0A 3FR3A 4L8EA 3IOSA 1MDIA 5FT3A 2LKUA 3EC3A 2H1BA 1NM3A 1X0RA 3IXRA 2L4QA 3BCKA 3F4TA 4IQAA 3A2XA 3HHVA 1O81A 3RPNA 2QSIA 5COHA 3EE2A 1C72A 5AIVA 1UN2A 3EINA 3ZFLA 3FZ4A 1PQNA 1F3AA 4F82A 1XVQA 2VCQA 1Z6MA 3FKFA 2VLTA 3NOFA 2VM1A 5A4UA 3BJ5A 2XPEA 2FWFA 3LORA 2HRNA 3C73A 1XZOA 3TJFA 2HYXA 5CNWA 1V58A 1N2AA 5D9XA 4Q5FA 1JZOA 1JLVA 3ISOA 2I9HA 4TVEA 3TB2A 3NZNA 1Q98A 4L5LA 5BMUA 3A3TA 3ZYWA 3GURA 1PD21 3C8EA 2DMMA 1GTIA 5LD0A 3Q74A 2CX4A 20GSA 1AIUA 3KTBA 1QMVA 3TKSE 2PPTA 5D93A 2MMNA 4KCAA 5IMFA 2IL3A 5EY6A 11GSA 4JE1A 1EZKA 3J7Yb 3ZREA 2X64A 1AQVA 3MWHA 2MYGA 4JR6A 4EUYA 1V9WA 3IRAA 1NW2A 2VCVA 5ECMB 2C1YA 2VUPA 1OAZA 5J3RA 3UL3A 3ERFA 4WETA 4F0CA 1G7EA 2FGXA 4XIHA 3LEFA 2B6MA 1X5EA 3WGXA 4YQUA 2GT5A 5D9TA 5FWGA 3F4SA 4ZL9A 1GTAA 3M3MA 1K0BA 1IYIA 4EDZA 3KD0A 3TOUA 2TRCP 1QGVA 4ZBAA 3IC4A 2H01A 1A8YA 2FWHA 3TCOA 1TK8B 1VF1A 3QDNA 2C0GA 1Z7PA 1XBSA 2ON7A 1Y6EA 1FHEA 2IMFA 2DC5A 4ZB6A 3RBTA 3TRPA 10GSA 2H76A 1OC3A 3GKXA 1GLQA 4KE3A 1AC1A 3FZAA 3GSTA 4MH2A 3P8WA 4OMVA 4MMMA 5G31A 3D5JA 1DUGA 3QD9A 3F4RA 5ID2B 1FOVA 4WKWA 4WBRD 3M1GA 5G1KA 2R6KA 1TI1A 2QGVA 1SKWB 5ID2A 2JADA 2WJUA 1OVNA 4MF6A 2RIIA 4QL7A 3UVTA 3PPUA 3P2AA 2E2MA 3WGEA 1U6TA 2FUG2 4MZWA 2HSMB 2IMKA 2YP6A 5IPGA 2R4VA 4MZBA 2YWNA 1T00A 3TUEA 4I8BA 1AUCA 1XVWA 1U3IA 4FYUA 2H71A 1ZYEA 2HSMA 4XRAA 5ECRB 3KCMA 3HCZA 2YJ7A 2IPAA 2HRKB 2LJKA 3ZMKA 4J57E 4GCIA 2O87A 4J2FA 3LXZA 4V2MA 2LQQA 1V2AA 4CHSA 2HRKA 3J7Yk 4EVMA 2KOKA 3G7YA 1B4PA 4KGIA 2RLIA 4MCUA 4POKA 1WJKA 4G0KA 4X43A 2PMTA 1YKCA 2LRNA 4PXOA 4EE0A 3CRTA 2FCHA 2YZUA 2PUKC 4MABA 1MDKA 2JACA 3LG6A 2EIRA 1FAAA 5ECPB 1S3AA 4IJIA 4KDXA 1VF4A 4K0GA 2J23A 2O89A 2H6ZA 2YV9A 1KNGA 3ZLPA 1VF2A 2DJ1A 2LS5A 3EVIA 5DALA 3N5OA 1LBKA 1WMJA 5E59A 4X1UA 2GVPA 1YQ1A 3US3A 1KBNA 1THOA 2V6OA 1R7HA 1ZOFA 2R2JA 2GQKA 5B6MA 4MJEA 4JU5A 3W6GA 3BD2A 3IDVA 5ELGA 2KHPA 2YWIA 2J9HA 4X0XA 1A23A 4NHWA 2RUFA 4KUNA 5ABRA 3QR6A 2DJ2A 1SYXA 1PA3A 2CT6A 3E0UA 3SBCA 4CW9A 3M9JA 4RQXA 5DCHA 4QQ7A 2CVDA 3TRQA 4PUFC 2H1GA 1XCCA 1RQMA 3QFAC 2IJYA 5HR3A 2O7KA 1U87A 4O5RA 3IR4A 3A2VA 1KTEA 1Z9HA 4HDEA 2HT9A 5D9VA 1PMTA 3WT2A 1SJZA 2WFCA 3TKRA 3IAS2 1SENA 2H70A 2B5YA 3W8JA 2WDUA 1M2DA 6GSWA 3A2WA 4G9HA 4ZBBA 5KN0A 3QAGA 2C0FA 2VL3A 4TW5A 2O8VB 3LJRA 2OKAA 4BA7A 3VPQA 3APOA 2DSAA 1SYRA 1ACVA 3F63A 1YY7A 1TRVA 2XHFA 2C0EA 1YKAA 3M9KA 1QK8A 1W89A 3HD5A 1UC7A 1HNAA 1K0AA 2A2SA 3HJMA 4YAPA 5G5EA 3DXBA 2QC7A 1FO5A 2VD1A 3D4TA 2G2QA 5F05A 6GSXA 2DJKA 2HXKA 3BCIA 1B48A 7GSSA 4WXTA 4IVFA 3LGCA 2FHEA 1TRUA 3L9VA 4LL1B 4GLTA 4DSSB 1F6MC 2GSTA 2OE1A 4Q5NA 4G0LA 5A5KA 1ZZYA 1BG5A 2OE3A 1AXDA 3VWVA 1A2LA 4HI7A 4ZBDA 1WP0A 3IK7A 1XWGA 5G2ZA 3IA1A 1VGLA 5CO3A 4GXZA 5GZZB 1PX7A 3HZ8A 3HVSA 1DE1A 4IGJA 2CAIA 3A5WA 1TK0B 1Q4JA 1A2JA 3KIJA 4O92A 2GT6A 4EL1A 4I5QA 3LWAA 2LTKA 3KEBA 19GSA 5LCZA 4TR0A 1SU9A 3UMAA 2VIMA 3KM6A 1GSSA 4MZCA 4I2TA 5JCWA 3GUSA 4NAXA 3DRNA 3U6VA 3VK9A 2WGRA 2VCTA 2H75A 2B7JA 5ECLB 14GSA 2JSZA 3M0FA 2TIRA 4G2EA 5ECSA 3UARA 3MNGA 4NHZA 1G7OA 5J9BA 3L9UA 4KNDA 1V40A 1CQHA 4YQMA 3HKRA 4PQ1A 5IMZA 2C80A 4E8HA 3TJJA 1B4QA 3R3EA 1PKZA 2BMXA 1KEBA 4GRFA 3F6DA 3HZ4A 5F8BA 1ERVA 5D9WA 4YAVA 4MJAA 4KDUA 3RAZA 4D73B 3IAM2 5GSTA 1ERTA 2N5AA 4GQFA 4ECIA 5IMAA 4D73A 4HOJA 4OO4A 4POLA 3C1RA 1EP8A 4AF2A 5DJMA 4WR5A 4BVXB 4LLRA 3FYGA 1F3BA 1XWCA 2GZYA 1TW9A 1A8LA 3C7MA 3EU4A 2I1UA 1R26A 4ISDA 4K8MA 4BVXA 1UVZA 3CYNA 1YF1A 3ZIVA 2EIQA 2IN3A 1Z5YE 3QAWA 3D22A 1GSEA 4LMWA 2BJXA 4G0IA 4HU9A 4IKHA 1V57A 3RHCA 3FW2A 4IQ1A 4OFNA 2VCWA 5HFGA 3KGKA 4XHMA 4BPYA 4EC0A 1ZCPA 2HE3A 2H19A 3UJ1A 5H5RA 2FWGA 1G0TA 1XW5A 1AQXA 3VWUA 1YDKA 2VL9A 1BAYA 3LXTA 2YJHA 5DCGA 1EV9A 2HSYA 4BWQA 1FB6A 1LJRA 1CQGA 4OCFA 1B9YC 3L78A 4DSQA 4ILFA 4TR1B 4ML6A 4OWYA 2FD3A 3PGTA 3QOUA 2GS3A 2PN8A 2FY6A 2L5OA 3FEUA 1T4YA 2HZFA 4TR1A 1EEJA 5IOWA 1GUMA 3ZVJD 5INYA 3I9V2 3DEXA 2MBSA 2YNXA 2X99A 2IIYA 4NV2A 2IMIA 1Z6NA 2KP1A 5DBQA 3EMPA 3VFIA 2CQ9A 2E7PA 2PERA 1PRXA 2VLVA 5F06A 1EWXA 5HFIA 1O85A 3KP8A 3TKPA 3FK8A 4HU7A 1USBA 3HJOA 2PBJA 2X8HA 1K3LA 3KZQA 5IPHA 3RDWA 1SJ6A 2DLXA 1TRSA 4J56E 2GZZA 2K8SA 5GSSA 3D6IA 5CREA 2B1KA 1M2BA 3VLNA 1JZRA 1ML6A 3GMFA 4JEDA 2LRTA 4XTSA 2DJJA 4ZL7A 4ZILA 2MMAA 2YZHA 4K9ZA 3HXSA 4PUAA 2V1MA 2CA8A 5G5FA 4BL7B 3FHKA 2F51A 2H30A 4RUVA 2FA4A 4BL7A 3UEMA 4PNFA 1TK5B 3KH7A 5ECQB 1AAZA 4DSRA 3GX0A 5CP1A 3UVHA 3G7IA 5IMCA 18GSA 5CAXA 2LJRA 3ZMLA 3GA4A 2HRFA 2O85A 3GSSA 4PTSA 1GSFA 4ECBA 4LA1A 4KDYA 4MP4A 1TOFA 1X9WB 1SL1B 4PNGA 1MD4A 3TKSC 4MA9A 1J0FA 5E4WA 4TOPA 2HRAA 3GYKA 4HQZA 6GSVA 2R3XA 2LEGA 1XWBA 1Y25A 3O76A 4RQRA 1BEDA 1R5AA 5J5NA 4N10A 5KN2A 2WS2A 4AJ7A 1YJ6A 3F8UA 3PR8A 1B9XC 3I43A 1K0MA 3CBUA 5A4WA 2V32A 3HY2A 1WWJA 2ZCTA 2PGTA 1F37A 1M2AA 4FIWA 1MEKA 2JSYA 4K6XA 5DALB 3E3EA 4KH7A 2NVLA 1A0RP 3DWVA 2HLSA 1BYEA 4KF9A 2DBCA 2IFQB 1NHOA 3ZIJA 3GL5A 3AY8A 4Q5QA 1SD8A 3ZITA 1OKTA 4NMUA 3R2QA 1A0FA 2IFQA 1EOGA 3HYPA 1Z7RA 3DIEA 4MPGA 4PGTA 2L6DA 3C71A 3TGZA 1RW1A 1A2MA 2RUEA 5F0GA 3TOTA 4EXJA 2HNLA 4V2NA 3IK9A 4JZQA 3MAKA 4IBPA 2L5LA 2BTOT 2YN1A 2G0FA 4XS1A 3VI7A 3F3QA 1B8XA 3IC8A 4NV5A 3KMNA 2OJLA 2WB9A 2C3QA 2X8CA 2IWTA 2H1AA 2UZ8A 2CVKA 1ABAA 3V1WA 2HQTA 4O7HA 4ECJA 3CXGA 2DJ3A 5KN3A 2WRTA 3APSA 4WF4A 3H93A 2FNOA 1T8EB 1U3AA 1K3OA 5C00A 4JBBA 1ST9A 3FY7A 2LNSA 1GTBA 3TJKA 4G10A 1SK0A 2CVBA 2OE0A 3TRXA 3FR9A 2YPMA 3O6TA 3G7JA 6GSTA 4K1FA 2HSNB 2KUCA 1XXUA 2DIYA 2YWOA 8GSSA 1T4ZA 2LJAA 4YQVA 3TKSA 5H5SA 1H4OA 3VPTA 3FZ9A 4ML1A 4FQUA 2YV7A 1N8JA 3N9JA 4MLYA 3LYKA 1DE2A 1EP7A 1TU8A 3GKMA 4K0NA 1SKSB 3GX8A 2M46A 1ZMAA 2V2GA 2H0IA 1PSQA 3TJGA 5ECKB 3UBKA 1HQOA 22GSA 1TDIA 2FA8A 3GIXA 1GTUA 3QMXA 2YCDA 4HJ2A 2C0DA 3VWXA 5B8BA 4ZIJA 5GAPD 3G9BA 2D2ZA 4F9ZA 1ILOA 3UIWA 2NBSA 3HJPA 1ERWA 3EURA 4F0BA 2N5FA 1HYUA 2FLSA 5IMDA 3MDKA 1TTZA 2P0GA 1TRWA 2VOCA 2KP2A 4TR4A 2Z9SA 1OE7A 4TN8A 5CRWA 3L0HA 1O7UA 5EVOA 4KW6A 1J9BA 4N30A 2RM5A 5A4VA 3PINA 4WEYA 5DDLA 4MF5A 1SK1A 1LU4A 5IO0A 1A24A 1GULA 3GFKA 2F8AA 2K6VA 3KXOA 3O3TA 2LSTA 5B6NA 5FHIA 5HR2A 3GHAA 1NHYA 5CRDA 2A2RA 1K0NA 5HFKA 2I81A 1MDJA 3KTLA 2V41A 5CRGA 2R37A 4Z7XA 5EPFA 4EO3A 2JZSA 3H1NA 2WULA 5D96A 2GDRA 4MDCA 2XC2A 1TI3A 1PX6A 2TRXA 4KA0A 1QXHA 2K18A 4RI7A 1OYJA 1HD2A 3WT1A 1WE0A 2GGTA 12GSA 3ERGA 3HVXA 3LYPA 1ERUA 4HZ4A 4ECCA 2AHEA 1PGTA 1R4WA 3I69A 3QFBC 2VCZA 2LQOA 4GF0A 2MMOA 3KP9A 1MD3A 1NSWA 1TJDA 2AUVA 1SJIA 3GKNA 5H5QA 3LFLA 2CX3A 4K7IA 1EOHA 3ZZXA 1K0DA 2MMZA 5IM9A 2YOIA 2PU9C 2OBKA 3L9SA 13GSA 2CV4A 3GL3A 4KAEA 3QAVA 4FH8A 3VURA 3D4MA 2IMEA 1U88A 5HR1A 3GV1A 4AJ8A 2CZ3A 1XOAA 1M7TA 4POMA 1FG4A 3QCPA 4E8EA 4QL9A 3DVWA 16GSA 1GWCA 4K7OA 4PURA 3Q6OA 4TXVA 4MJBA 3TKQA 17GSA 4V1Ag 5KEJA 1BX9A 3ZL5A 1GLPA 4XS4B 4N0ZA 2EC4A 3HDCA 1AW9A 5C04A 1R5PA 1XPVA 3F3RA 1WRYA 3PH9A 1GSYA 4NXIA 1JHBA 4XS4A 5CYYA 4DEJA 2JU5A 5DVBA 1GP1A 3CRUA 2PVQA 3ZFBA 1PN9A 4ZL8A 3LQ7A 2OA7A 2GTUA 5B7CA 3W8SA 1G6YA 1HNCA 4TR3A 3IPZA 1SL2B 1GNEA 4N0VA 2QKEA 4HZ2A 2B7KA 3CSIA 4L0WA 5G1LA 2ZUPA 4AJ6A 1S3DA 4MJCA 1GSUA 3Q18A 4TRXA 2JL4A 3ME8A 2VM2A 2AV4A 4WR4A 3P90A 2DIZA 5DAKB 2LV3A 3ZRDA 2VO4A 2PVOC 5ELAA 1XWKA 4I6XA 4MH3A 3IV4A 5DAKA 1FB0A 4ID0A 1TXXA 4JR4A 3UOMA 1TU7A 3BBYA 5JCUA 1X9MB 4I2UA 3E9JB 1W4VA 1XW6A 2H6YA 5D8IA 3WD6A 2CAQA 4IW9A 3DKSA 4GQCA 2VL2C 4L0UA 4YH2A 1PL1A 4OFMA 2C3NA 5F07A 5IIZA 5CRHA 1O8XA 5HQPA 3GH6A 4K2DA 5L71A 2REMA 2AJQB 5J4UA 5ECIB 2XPDA 1XOBA 1FVJA 3S9FA 4P3YB 2A4VA 1PKWA 2L4CA 1JZDA 2YANA 2VLUA 5KN1A 1GSDA 1QQ2A 2F8FA 2HFDA 3ERWA 1RK4A 4LL4B 1UA5A 2AB6A 4EKZA 2PWJA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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