4EJ8A

Apo hiv protease (pr) dimer in closed form with fragment 1f1 in the outside/top of flap
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Small molecule regulation of protein conformation by binding in the Flap of HIV protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-04-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ej8A00
1WKRA 2WF0A 3O9IA 5P86A 2R8NA 4Y3NA 4B78A 4RRSA 3EKVA 5P7AA 3BXSA 4J0YA 5P39A 5P70A 3RTMA 3TH9A 5DGWA 1SGUA 5P3QA 4FRIA 5ENMA 5P0GA 1EBYA 1SMEA 3VCMA 1LYWB 2P3CA 3ZKMA 3OHFA 2O4NA 5IVSA 5P46A 4Y3HA 4D85A 5OZBA 4K4PA 1ZTZA 5P6VA 5OYRA 2ZHTA 7HVPA 1B6JA 3OUAA 3UDQA 5P5CA 6FIVA 1HPSA 3ZPSA 5P7RA 4Y38A 1SBGA 3OHHA 3MSJA 5P0IA 2O4PA 4RLDA 5P8CA 5OZ7A 4RVJA 1YTJA 2JJIA 1HVIA 3FNTA 1HVJA 4Z4XA 3IXKA 3QBFA 5DR1A 4HZTA 5EZXA 4CP7A 5P8BA 2I4DA 5COPA 3K5DA 2WEBA 1KJFA 2HPEA 3IXJA 1MTRA 5OZHA 5P0AA 4QJ6A 1HVCA 1IZEA 4LAPA 4I0GA 1TCXA 4OBZB 3UQWA 2OHQA 5P77A 5P5WA 4HDPA 2PYMA 4I0FA 1HXWA 2FS4A 4DFGA 1AAQA 3OTSA 2R43A 2R5PA 5P2GA 1HPOA 1T7JA 2I4UA 4ZEAA 5P4TA 2V13A 4J5JA 3UCBA 2Q64A 3TNEA 5P50A 5COOA 4Y44A 4PZWA 4I0ZA 5P62A 3D1XA 1QDMA 2A4FA 5AHBA 5P76A 5P4VA 5P2IA 3SFCA 1QS8A 4HDFA 1VIKA 4DVFA 3UDRA 3ZKNA 1PPLE 4YCYA 5P8VA 3N3IA 2PWRA 3VEUA 3WZ7A 2AOCA 2QNQA 3OAGA 4EYRA 1BAIA 5P02A 3CIDA 5P6ZA 5OZYA 1B5FB 5P29A 2P83A 2QD8A 2P4JA 5P27A 5P5JA 5OYVA 3OUDA 5P8LA 3K4VC 2MIPA 2O4KA 2ZJKA 1WBMA 3PLDA 5P1IA 3SA7A 4Y57A 3Q5HA 5P5SA 2F8GA 1K6PA 3UDMA 4KE0A 3K5FA 3KT2A 5P8OA 2OHTA 4HVPA 2H6SA 2JE4A 5P6FA 5ENKA 3OXWA 4JOOA 1XL2A 1VIJA 1AM5A 2B42A 2QI6A 2NXMA 4J1KA 5P6OA 4Y4XA 5P44A 2F81A 5HDVA 2XYFA 5P1GA 2PSGA 4JPCA 5P6CA 3O9FA 1EPNE 1G0VA 5P8DA 3ZKQA 5P36A 5P1WA 1EC3A 1CZIE 5P2RA 3INHA 5DR3A 2JXRA 4Y50A 3HZCA 5P6LA 1EC2A 3GW5A 3O99A 4QJ8A 1PSNA 1HXBA 2Q5KA 4Y5BA 5P7BA 3KFPA 5P59A 5HE5A 2FDPA 3VFAA 3VUCA 5P1RA 2PH6A 5P5TA 4EP3A 1BWBA 2VIYA 2RMPA 4J0ZA 3HVPA 1TQFA 2QU2A 1EC0A 4GJBA 3T3CA 1K1UA 4I0JA 4R5NA 4TVGA 5P54A 5BS4A 3GGXA 5DPZA 3NSHA 5E5KA 3L5CA 1XE5A 1GVVA 2ZJIA 2OHKA 2O4LA 2VA7A 5C9FA 4YD3A 5OZJA 2AOIA 3BUGA 5P1BA 1C70A 3G6ZA 1MPPA 1HIHA 3H0BA 3L38A 4Z22A 5P7DA 4U7QA 5P5QA 4NPTA 5HE7A 5P4XA 5P6SA 3S43A 5P58A 5P4SA 4L7HA 3VYFA 3BVAA 4EP2A 4HLAA 5P5RA 2ZDZA 1GNNA 2OHUA 5P4IA 1FGCC 4J1IA 5KQXA 4EXGA 5P2AA 3EBZA 5DGUA 4Y45A 5P14A 5P2MA 3OADB 4WTUA 2I4XA 1HPVA 5P2HA 1HVLA 3URJA 3OU1B 5IVRA 5OZDA 3ER3E 4B00A 4CPQA 5OZOA 2ZHRA 4Y4AA 5P74A 1MEUA 1RPIA 3CIBA 5P0WA 2HB4A 5P0FA 4RCDA 1LF3A 2WJOA 2IQGA 1GVUA 4J54A 1XN3A 5P3BA 5KQZA 4DJWA 4ZSMA 3QBHA 5P4CA 4I12A 3T7PA 3KMXA 5P1TA 2FNTA 4DQCA 4FSLA 5F00A 5F01A 4APRE 5P3PA 4OC6B 5P5AA 4J0VA 5DQ2A 5P03A 2QNNA 2Q11A 4OBKA 1HBVA 5P3EA 5P81A 3LZUA 4ACUA 2F80A 5C9BA 1YM4A 4FL8A 4XX3A 1BWAA 1T6EX 1UPJA 3Q3TA 3O9BA 2B7ZA 5P35A 5B18A 2R38A 5P8NA 4MC2A 4AMTA 3R0YA 5P8HA 4B70A 4Y39A 3EL1A 2IENA 2VS2A 3PHVA 1SGZA 3UDNA 4Q1WA 2VIJA 1GVXA 5P3RA 2V00A 5P7CA 2IGYA 5OZAA 3R0WA 2PQZA 3NDWA 5P0PA 3LIQA 5P5ZA 1FF0C 4QJ2A 2RKFA 3EMYA 2ASIA 1SIPA 4FCOA 4YE3A 2R9BA 5CLMA 4ER1E 1EPME 4ZPFA 4RGHA 1ER8E 2QI1A 2VIEA 5IS4A 3QS1A 4K9HA 5P7PA 5PEPA 2FLEA 3LIZA 4Y5NA 3OU1A 5P1VA 2QMDA 5OZ9A 5P5NA 1W5WA 2AZ8A 2CENA 3RVIA 4Y4BA 5P0LA 5P4OA 3LNKA 2JJJA 2PMAA 3O9EA 4F74A 5OZ2A 3PM4A 4RROA 4GB2A 2VJ7A 4FM8A 1ZPAA 3UHLA 4Y5LA 4HE9A 1M0BA 1LEEA 2QAKA 3OQDA 3U7SA 1SDTA 3PSUA 5P1HA 4DQBA 4Y6MA 1C6XA 5COKA 4JPEA 1ZPKA 5T4SA 5J25A 4Y3RA 2QHYA 1HRNA 3EKTA 4TRZA 1KJHA 5P3VA 5I3WA 4ZSQA 5P2ZA 5P87A 4M8XA 4A6CA 2OHRA 4DJOA 3ZMGA 3O9CA 3EKXA 3OY4A 4LXKA 4DJRA 3PCWA 4Y3DA 5P71A 3KN0A 2FDEA 4NKKA 5P5XA 4GJ8A 5KQYA 1EPLE 2PWCA 3QI1A 5P2DA 5UPJA 3IVIA 4U8WA 4Y4ZA 5P0OA 1B6PA 1EAGA 4RVXA 3IAWA 3T7XA 5P07A 5P37A 5P4RA 3K1WA 4E43A 3VYEA 3OQKA 3NU5A 1XE6A 1LYBB 5P13A 4Y4TA 2G1OA 4DJXA 2G1NA 3PI5A 4Y56A 3PCZA 1ME6A 3QVIA 2IDWA 5P5YA 5P2WA 3NDTA 4Q5MA 4TRYA 3FNUA 1PPME 1DAZC 3VV8A 5P6JA 5P0ZA 3UF3A 4DPIA 3QP0A 5P2EA 3L58A 4Y4DA 4Y5AA 5P7LA 5P2KA 4YHQA 4YD4A 5P88A 3PWMA 1W5YA 4DJYA 4JECA 3CKTA 4Q1YA 2AOEA 3Q70A 4Y4UA 4EWOA 5P8SA 4ZE6A 3QROA 4KUPA 2NNKA 4FAFA 5P3GA 5EZZA 5JFUA 3OWNA 4NJSA 5SXNA 2NXDA 2OHSA 3C9XA 1EBZA 3AIDA 5KAOA 2ZHUA 5P6RA 1W6HA 2AODA 5P7OA 3OXCA 2VKMA 4J0PA 1K1TA 1ODXA 4EQJA 3L5DA 4YOAA 5P7EA 1EPPE 5P8FA 2XFJA 4H3GA 4EJ8A 3LZSA 3T7QA 3KYRA 4EJDA 1HOSA 3OK9A 5P3IA 2QI0A 4HEGA 5P05A 3GGUA 5OZFA 1F7AA 5P16A 1XL5A 1IDAA 5P5PA 4H3JA 2FXEA 3VFBA 3OAGB 4MC6A 1ODWA 4Y3GA 2VNNA 5P6YA 2AOGA 4GZFA 1MRXA 5HDZA 5P3NA 3NXNA 3VV7A 3DV1A 4XX4A 3KDBA 5P1DA 1LZQA 4DQHA 4I11A 3OUDB 1OHRA 1LYBA 1U8GA 3INEA 3TLHA 1YT9A 4Y5EA 1QBRA 4EJLA 2R5QA 4FRKA 1MIQA 5OZ1A 4A4QA 5P5OA 1D4HA 4EHCA 3CYXA 5P2BA 3TOGA 3WSJA 1YTGA 3QRVA 3TPLA 2FGUA 5P0MA 5P7UA 4N00A 4HA5A 4FSEA 5P3AA 5DR4A 5P2VA 3UDJA 3GGAA 2R3TA 2ER0E 4H3FA 5OZRA 3UTLA 5OZ5A 3ER5E 4CKUA 3GI0A 2CEMA 2G26A 4NJVA 5P45A 3OUBA 3D3TA 5P6UA 4ER4E 3KFSA 1UH8A 3O9LB 3OU3A 4Y3AA 1BV7A 5P5EA 4GJAA 4CPWA 3HAWA 1MERA 5HCOA 1Z8CA 2I0DA 4A6BA 3L59A 1DP5A 1FEJC 1BDQA 2Q3KA 5P6BA 3PRSA 3VLBA 4QJ7A 4D83A 1AZ5A 3PLLA 1HTGA 2ZHSA 4QJ9A 1K6CA 4Y54A 5P3UA 5AHAA 5P7WA 3VF5A 7UPJA 2V11C 3LZVA 2G24A 2I4VA 1T7IA 3RSXA 2WHHA 3NU9A 1CMSA 4Y3TA 3S43B 5AHCA 3S54A 5P8EA 2IS0A 5SY3A 1OEXA 2P3DA 3BC4A 2FNSA 5OZ6A 4ZLSA 5P66A 4Y41A 5P0DA 3M9FA 3VLAA 4ER2E 1KZKA 3LIYA 3OQ7A 3OOTA 1D4IA 2WF2A 4IVTA 3IVHA 1HTEA 3K5GA 1HIIA 4Y3SA 5HE4A 4YDFA 4PZXA 4DQEA 1EEDP 4OBHA 2I1AA 2QI3A 1A8GA 3FIVA 5P65A 3ZKXA 3TL9A 5P0SA 3KA2A 5IVTA 4FRJA 4Y58A 5P5IA 3U71A 2BB9A 1PFZA 4AA8A 3U6AA 3EL4A 3EKPA 1MUIA 1MT9A 4NJUA 5P0UA 1T6GA 1IZHA 1HWRA 2AZCA 3O9LA 3OU4B 5OZVA 2PH8A 3HLOA 1BXQA 3LIXA 5P22A 4CPTA 4Y3XA 4J1FA 5P82A 4QJAA 4D89A 4PYVA 2ANLA 3VYDA 1ZLFA 1YTHA 1AJXA 3MWSA 3ZKGA 4DUSA 3UPJA 5P2NA 1BXOA 3DOXA 1IZDA 3EL5A 3GI5A 1NPWA 3I8WA 3UDKA 3NDUA 3OTYA 3Q6YA 5P1MA 1EC1A 2FMBA 3FX5A 5P0JA 1MSMA 4LP9A 4YA8A 4EJKA 5P4JA 3LZYA 5P1CA 5HCTA 5SZ9A 4Y48A 5DR0A 2PC0A 1SDUA 2IEOA 1RL8A 2ZJNA 3HDKA 1HHPA 2VA5A 1LF2A 5P3KA 5P5DA 4L1AA 4FS4A 3OXXA 3IN4A 1TZSA 4Y3QA 4Y5PA 2ZGAA 2ZHVA 5AH7A 4DJPA 4Y51A 2QZWA 3GI6A 3LPKA 1HEFE 3S53A 3L3AA 1IIQA 2HB3A 3TPJA 4B05A 5P7KA 2IRZA 4H1EA 1G6LA 5P1YA 1EPQE 3APPA 5P2LA 2UXZA 5P7QA 5P6IA 5P64A 2ZJHA 1ODYA 4DJVA 4QGIA 3URLA 3DM6A 5I3XA 2PK5A 5P73A 5P67A 1BVEA 5OYXA 5P8UA 5OZEA 1ZBGA 5OZTA 5P3SA 2B8LA 1G2KA 5P24A 2F3KA 5P49A 3IGBA 4KB9A 5P4QA 2QMPA 1B6LA 3EKQA 1N49A 4S1GA 2QZKA 5P8JA 5P48A 3OU4A 4K8SA 5P1AA 4LC7A 3SABA 2OHNA 2VNMA 5OZUA 3UQPA 3ZPUA 3TOHA 2AVQA 1ZP8A 5P7IA 2V10C 4FIVA 5P85A 3NUOA 4TRWA 1APTE 2UPJA 4YD7A 3IA9A 5P23A 1W6IA 4F76A 1LV1A 1W51A 5P1QA 4Y37A 4LXAA 1K2CA 3VSXA 2IKUA 1C6YA 5P2QA 3PBZA 5P06A 3PMYA 2F3FA 3CYWA 5P6GA 2SAMA 5OZSA 3FSMA 1B11A 4I0HA 2RSPA 4UPJA 1JLDA 3LINA 4GJDA 1CPIA 1MTBA 4XXSA 3BUFA 2BPVA 1FQ8A 4L7JA 3G70A 3KMYA 5P4GA 3BHEA 1DIFA 4I10A 2AOJA 4EQ0A 3HBOA 4OBJA 3UQXA 5P6DA 3NUJA 3KT5A 1FMXA 4Y36A 3SKGA 5OZLA 3OOZA 5P83A 3O9AA 2QNPA 3RSVA 5P0YA 3MXDA 4FE6A 4BELA 5P8TA 3B80A 5P4MA 4DJQA 2NNPA 5OZNA 1GVWA 3T6IA 5P3CA 1Q9PA 2AVMA 5P7NA 5P63A 5OZGA 4D88A 2AZBA 3ZOVA 5KR1A 8HVPA 1SIVA 1BV9A 5P3XA 3ZKSA 5CONA 2HPFA 1XDHA 1UH9A 4Y3JA 3QRSA 5P6TA 5P5HA 1PROA 2I4QA 1XN2A 3Q4BA 3IN3A 3PWWA 5P6MA 1FIVA 3L5EA 3EL9A 4Y4EA 3LITA 3QVCA 4Y3FA 3EKYA 5P3DA 1IZIA 3S45A 2A1EA 2CEJA 1AXAA 1AIDA 5P8AA 4ZPEA 5P7YA 5KR0A 3FKTA 3EM4A 5P6WA 5P4NA 4Y5GA 5OZCA 4OBDA 3SM1A 4Z50A 2Z4OA 1EBWA 4J1EA 4MC9A 3OGQA 4OBFA 3MXEA 5APRE 5P32A 4ACXA 5ISKA 3DV5A 4R92A 4DV9A 5HU1A 5OZKA 3TOFA 6UPJA 5P33A 5P3JA 5P53A 1PSAA 5P25A 1IBQA 4WY1A 1AVFA 1Z1RA 1QBUA 5P56A 5P4PA 1OD1A 5C9DA 5KR8A 4I0DA 2G1SA 5AH6A 2QD6A 2Q15A 4FLGA 3BGCA 4OD9A 4CPSA 2OHPA 3EM6A 2B8VA 5P0KA 2HAHA 1M43A 3NYGA 5BWYA 1HEGE 4Y4GA 4Y9WA 1HSIA 3S7LA 4YBFA 4K4QA 3D91A 1SMRA 5P7MA 5P7HA 5BRYA 5OZ8A 4Y47A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1WKR A;  2WF0 A;  3O9I A;  5P86 A;  2R8N A;  4Y3N A;  4B78 A;  4RRS A;  3EKV A;  5P7A A;  3BXS A;  4J0Y A;  5P39 A;  5P70 A;  3RTM A;  3TH9 A;  5DGW A;  1SGU A;  5P3Q A;  4FRI A;  5ENM A;  5P0G A;  1EBY A;  1SME A;  3VCM A;  1LYW B;  2P3C A;  3ZKM A;  3OHF A;  2O4N A;  5IVS A;  5P46 A;  4Y3H A;  4D85 A;  5OZB A;  4K4P A;  1ZTZ A;  5P6V A;  5OYR A;  2ZHT A;  7HVP A;  1B6J A;  3OUA A;  3UDQ A;  5P5C A;  6FIV A;  1HPS A;  3ZPS A;  5P7R A;  4Y38 A;  1SBG A;  3OHH A;  3MSJ A;  5P0I A;  2O4P A;  4RLD A;  5P8C A;  5OZ7 A;  4RVJ A;  1YTJ A;  2JJI A;  1HVI A;  3FNT A;  1HVJ A;  4Z4X A;  3IXK A;  3QBF A;  5DR1 A;  4HZT A;  5EZX A;  4CP7 A;  5P8B A;  2I4D A;  5COP A;  3K5D A;  2WEB A;  1KJF A;  2HPE A;  3IXJ A;  1MTR A;  5OZH A;  5P0A A;  4QJ6 A;  1HVC A;  1IZE A;  4LAP A;  4I0G A;  1TCX A;  4OBZ B;  3UQW A;  2OHQ A;  5P77 A;  5P5W A;  4HDP A;  2PYM A;  4I0F A;  1HXW A;  2FS4 A;  4DFG A;  1AAQ A;  3OTS A;  2R43 A;  2R5P A;  5P2G A;  1HPO A;  1T7J A;  2I4U A;  4ZEA A;  5P4T A;  2V13 A;  4J5J A;  3UCB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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