4EKPA

T4 lysozyme l99a/m102h with nitrobenzene bound
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Engineering a model protein cavity to catalyze the Kemp elimination.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 64
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ekpA00
1KS3A 4AQNA 3CDTA 1LWGA 3DN3A 1C6AA 1L83A 3EMLA 1LGXA 1L09A 4W58A 3GUNA 1C6PA 4DAJA 156LA 1QT3A 1QUGA 1CV4A 1SWYA 1C6EA 222LA 2RAZX 1D3FA 3HTBA 1L14A 1KY1A 4LDEA 1L31A 1CU3A 2HUKA 2NTHA 1EPYA 3G3VA 1QTDA 1C6TA 218LA 148LE 169LA 3HH4A 1L67A 2RBPA 157LA 4DKLA 3C82A 250LA 4W57A 1C67A 1L81A 161LA 1P2LA 1L32A 1LYHA 1JQUA 2IGCA 192LA 2Q9DA 209LA 246LA 4I7QA 3G3WA 110LA 122LA 3RUNA 257LA 1L87A 108LA 1L06A 1WTHA 1C69A 1L02A 4W59A 1OVJA 3HH3A 5I14A 1L90A 2O7AA 1PQDA 3CDVA 173LA 1L73A 1CX7A 1L92A 2RBNA 163LA 3CDOA 2RBRA 1L07A 1XJUA 3NY9A 1C6KA 176LA 3G3XA 1KW5A 1C68A 2RBQA 1L97A 3UONA 1CU2A 3C8QA 1D3MA 2RAYX 3PBLA 224LA 1SSYA 3C8RA 1OVHA 120LA 115LA 184LA 210LA 1CV5A 3HT7A 1ZYTA 1L18A 1L23A 1L99A 160LA 4LZMA 4IAPA 1L25A 1L49A 1CV3A 4PJZA 4W54A 1L40A 3SB9A 1CVKA 1G1VA 3GULA 1L04A 130LA 3V2YA 187LA 1L95A 129LA 201LA 1QT4A 1L27A 2B6WA 1NHBA 2B75A 232LA 1P56A 1L86A 1QT8A 1L17A 1PQMA 1L0KA 1L22A 3C80A 3NYAA 1L52A 1C6HA 1L63A 181LA 4ZPUA 1L12A 1KW7A 1QTHA 4GBRB 1L75A 128LA 1LI6A 1D3JA 3SB7A 236LA 3HT6A 147LA 3HWLA 1K28A 1C6GA 1LYJA 180LA 1D3NA 1L37A 3LZMA 1L42A 146LA 1C60A 190LA 1P46A 186LA 119LA 1XEPA 1L13A 1CUPA 2LZMA 1L64A 1L69A 1L84A 141LA 188LA 1L50A 1L80A 1L82A 233LA 1L39A 212LA 1L57A 3VW7A 151LA 2B70A 240LA 2OTYX 3C7WA 3SB8A 1QTCA 126LA 149LA 2OE7X 1L20A 1D9WA 2OE4X 111LA 3DNAA 7LZMA 1C6BA 1QUDA 1OWYA 178LA 1LYEA 1D2WA 4S0WA 3PDSA 3C81A 1L11A 3C83A 1QTBA 1L33A 2B6XA 103LA 1PQJA 206LA 183LA 1P7SA 3C8SA 1L74A 174LA 221LA 2OU0X 3GUKA 2RB0X 3NY8A 2RH1A 2F2QA 2B6TA 1C62A 104LA 1P5CA 1CV0A 4YXCA 159LA 1P36A 1OV7A 239LA 1L60A 219LA 5LZMA 2B7XA 4OO9A 245LA 1QSBA 1LI2A 228LA 4EPFA 1LYIA 1QT5A 150LA 2OTZX 1QTVA 3K2RA 1ZURA 1C66A 172LA 118LA 1P37A 2QB0B 3HTDA 1L54A 4K5YA 3QAKA 145LA 248LA 191LA 1C6LA 1L56A 200LA 1C6DA 3HTGA 4E97A 1CUQA 1PQOA 217LA 4I7KA 109LA 3HUKA 1LGWA 3HU9A 2HULA 1C61A 1L00A 3SBAA 1DYEA 254LA 1L85A 1DYCA 211LA 143LA 216LA 4YX7C 2OU9A 1G0KA 243LA 3RZEA 1L24A 1LYGA 167LA 3HDFA 1L36A 4ARQA 1C6NA 165LA 3DKEX 4W55A 262LA 4I7TA 229LA 1G1WA 227LA 1L19A 4PK0A 256LA 260LA 2CUUA 251LA 1L77A 1QT6A 1P6YA 3OE0A 3HH5A 3SB6A 1KNIA 1L51A 226LA 155LA 2B6YA 1L89A 2LC9A 2RB2X 3OE6A 177LA 1DYFA 1T6HA 3GUIA 1SSWA 1T8FA 199LA 1CU0A 1CU6A 1L03A 1LPYA 3DMXA 3DMVA 3CDQA 3FA0A 1L58A 1LWKA 1L34A 1QT7A 4YXAC 1C6QA 4I7PA 2Z6BA 2Q9EA 3DN6A 1C63A 114LA 139LA 2F32A 171LA 1L96A 1L70A 1JTNA 1G0LA 4I7NA 3V2WA 1L43A 3HU8A 1L45A 3C7YA 3HDEA 1QS5A 1L62A 234LA 2O4WA 158LA 1L28A 1L88A 3HTFA 4I7RA 247LA 2F47A 1L91A 3L2XA 1L76A 140LA 2QARC 2RB1X 3FADA 1SX7A 241LA 253LA 2OE9X 1QS9A 4EXMA 1L08A 244LA 205LA 215LA 1L47A 1L10A 1L72A 4ARMA 1L55A 2RBOA 1G07A 3DN2A 123LA 1KY0A 249LA 3OE8A 213LA 144LA 1L29A 1LYFA 3CDRA 1L16A 112LA 4DJHA 238LA 1L65A 1PQKA 2A4TA 4ARLA 3FI5A 1C64A 137LA 162LA 252LA 4I7OA 4I7SA 1CV6A 259LA 3C7ZA 2NTGA 1TLAA 1L30A 4LDOA 1C6JA 2O79A 3HUAA 185LA 1CU5A 3HT9A 125LA 1L66A 142LA 4EKPA 1L46A 138LA 197LA 3DN0A 2B72A 3F8VA 1QUHA 3ODUA 1DYDA 1P2RA 4W56A 3DN4A 3OE9A 1QSQA 4EKQA 2OU8A 1SWZA 261LA 1C6IA 1OV5A 1L79A 2B73A 3DN8A 1T8AA 223LA 255LA 189LA 1L71A 170LA 1LLHA 4W52A 1L94A 1L38A 2ANXA 3HH6A 1L21A 220LA 1SX2A 1OWZA 4I7MA 6LZMA 1L53A 3JR6A 1L0JA 3GUOA 195LA 1L01A 4ARQB 231LA 1DYGA 1LW9A 3SN6R 2B6ZA 2L78A 1C6FA 4ARPA 1OYUA 1QTZA 4EKRA 1CV1A 1C65A 1L35A 2OEAX 3HT8A 258LA 1P3NA 1LGUA 113LA 1C6MA 3DMZA 2LCBA 3GUJA 4W51A 1D2YA 1DYBA 1G0GA 2RBSA 1XJTA 1P64A 2B74A 214LA 1T8GA 4W53A 1L44A 1B6IA 1G0QA 3SBBC 1L61A 3GUMA 196LA 1G06A 1JTMA 242LA 1L68A 168LA 1I6SA 1T97A 1C6CA 4LDLA 1G0MA 1CX6A 1L26A 1L59A 1L98A 175LA 1G0JA 4EKSA 225LA 166LA 4EJ4A 4GRVA 1L15A 1PQIA 152LA 235LA 1CTWA 3DN1A 3L64A 4ARJA 1OVKA 1L41A 1QUOA 1DYAA 1L93A 230LA 4I7LA 164LA 4EPIA 1G0PA 1ZWNA 3GUPA 1LYDA 237LA 3HUQA 3SB5A 198LA 2ANVA 4I7JA 131LA 3D4SA 107LA 4ARMB 1LI3A 127LA 3F9LA 102LA 1L48A 2HUMA 182LA 1L05A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KS3A 4M4OA 5B07A 4NEBA 5M1YA 1C6AA 3EMLA 4KXIA 1L09A 3EBAB 3A3QA 1QT3A 1CV4A 3W6CA 1C6EA 2RAZX 5DN4A 1GWDA 4TSCA 4LYMA 1L14A 1LZTA 1XGQC 5LVIA 2CGIA 2NTHA 3A8ZA 1HEQA 218LA 2F2NA 169LA 4G4BA 3QE8A 4CFOA 4ZIXA 1LZDA 3P65A 3AZ7A 1RFPA 1LYHA 192LA 2HECA 2LYZA 4H94A 4NGLA 3G3WA 5L3HA 1XEIA 1L87A 1V7SA 1IP2A 4DD3A 1C69A 4W59A 1NQIA 2PC2A 1BB7A 1LZCA 1GBYA 173LA 1L73A 4ETDA 1L92A 4TSBA 2RBNA 4WOAA 1KW5A 4QDNA 4TUNA 3TXGA 1L97A 3UONA 1IOCA 1GPQC 1B7MA 2BQOA 4CHXA 1IX0A 1SSYA 2FYDA 1OVHA 1B0DA 115LA 184LA 1IWTA 210LA 4N0JA 3TXJA 1OUIA 1B2KA 1L23A 4LT2A 1KXXA 3W6BA 1DQJC 4PGJB 4ML7A 1IY4A 3J4GA 2W1LA 3GULA 1ZV5L 3OJPA 1CKHA 3V2YA 1HERA 1WTMA 4HSFA 3A90A 1TAYA 3NYAA 2IFFY 2DQEY 5LIOA 3N9AA 1L63A 181LA 5FELA 1J1XY 3HWLA 180LA 3WVXA 1IWYA 190LA 4DD7A 1T6VL 5HMVA 1LKRA 2ZQ3A 5KKJA 4G4CA 1L69A 1L84A 4YEOA 3CQLA 2I6ZA 5KXXA 233LA 1LZBA 3P64A 1TCYA 1IC5Y 2CJLA 4HJZA 2OTYX 3C7WA 3P68A 4NHTA 3A94A 2H9KA 149LA 2OE7X 7LZMA 2DQHY 4NSGA 2Z39A 103LA 2FYCA 3SP3A 206LA 183LA 1OUBA 174LA 2RB0X 4H91A 2RH1A 1JKDA 4NGOA 1LJ3A 104LA 1UIDA 1JWRA 3WW6A 1OV7A 239LA 2MEDA 1L60A 1T3PA 1FDLY 2B7XA 245LA 1QSBA 5L3IA 1GF0A 2ZNXY 1QT5A 1GFAA 5AMYA 4BS7A 1EQEA 1GEZA 1DKKA 1LJNA 4M6DA 5J7CA 1TDYA 4IASA 3AZ6A 1PQOA 217LA 5KKIA 4I7KA 4NHIA 5APEA 1FN5A 2XBSA 1JTOL 1GE3A 1TBYA 1C61A 3A91A 5LVKA 4D9ZA 3RZEA 5FSTA 1LYGA 1IWUA 1GBXA 4E3UA 1C6NA 4W55A 3DKEX 3QNGA 229LA 227LA 4PK0A 4H9FA 260LA 4B4EA 4XN6A 251LA 1UIFA 1LMOA 5KXLA 3SB6A 4FJRA 1HEWA 2B6YA 1DYFA 1QDTA 1SSWA 193LA 1CU6A 4LGKA 4WO9A 1LPYA 1GE1A 4ETAA 1C63A 4H9CA 4AXTA 1IP1A 1G0LA 1NDMC 3RW8A 3HTFA 4I7RA 1L91A 5D5FA 1QS9A 4EXMA 4LYBA 1B5WA 4RDSA 3AGIA 4Z41A 1L72A 4B4IA 3N9CA 1L55A 3DN2A 1OQMA 1WQQA 1BB5A 1CJ7A 5B59A 1DI3A 4DJHA 4IATA 2FBBA 1GFTA 3A93A 1JSFA 1TLAA 1GFUA 2BLYA 1C6JA 2O79A 185LA 3HFMY 2YSSC 4EMNA 4NFVA 3AGHA 4LFXA 4EKPA 1HNLA 1XGTC 1NBYC 1BHZA 4RW1A 1HSWA 4GCDA 3ODUA 2EPEA 3DN4A 3OE9A 1LSMA 4EKQA 261LA 1C6IA 1L79A 223LA 3CSQA 255LA 1GFKA 2NWDX 1F6SA 4W52A 1VDSA 3M3UA 1SX2A 4I7MA 3JR6A 3TXKA 3IJUA 2ZNWY 195LA 1HC0A 4ARQB 231LA 1DYGA 3ATNA 3OK0A 1WQNA 2B6ZA 2L78A 1B7PA 1QTZA 2DQAA 5HMJA 4HPEA 258LA 1LHIA 5C6JA 1LJEA 2LCBA 4XYYA 2A7DA 3GXKA 3EXDA 1GB7A 3B6LA 1G0GA 4B1AA 3RZ4A 1DPWA 4W53A 1L44A 3SBBC 3T6UA 1C46A 1KIPC 1T97A 1C6CA 1SQ2L 4LDLA 1LJFA 2Q0MX 1GDXA 4XADA 1L59A 175LA 1PQIA 5DN5A 1CTWA 1OVKA 3MGWA 1L41A 1XGRC 4J0LA 4KL7A 164LA 3ZVQA 1G0PA 1FLQA 1B7SA 5B1FA 1TEWA 1OUDA 3HUQA 1I1ZA 4GCCA 3CT1A 4I7JA 9LYZA 107LA 127LA 1QQYA 1L48A 2HUMA 4OW1A 1GF4A 4YEMA 1EQ5A 1G7IC 3CDTA 1JKCA 3G3AB 1LZ1A 3WXTA 1C6PA 4HV2A 4DAJA 1QUGA 2BQDA 4WG1A 1H87A 3HTBA 1FLWA 1L31A 2H9JA 1UBZA 1EPYA 3G3VA 1LMTA 1GF9A 1L67A 2RBPA 4GLAA 157LA 4NGWA 4DKLA 1MLCE 250LA 3ATOA 4W57A 1L81A 4G4HA 1LJJA 1IORA 5I54A 1LTMA 4H8ZA 209LA 2GV0A 2DQJY 246LA 4P2EA 3WYHA 1HFYA 5LA5A 2EIZC 122LA 3RUNA 257LA 1L06A 3BKVA 1GAYA 3A3RX 2EQLA 1NMMA 1OUEA 3WW5A 1LYYA 132LA 5KXTA 1JSEA 1CX7A 5I53A 4Z98A 3CDOA 4GCEA 1L07A 3NY9A 3W6AA 1C6KA 1NWGA 3G3XA 5APCA 2RBQA 3CSZA 2YDGA 4WM6A 2RAYX 4H90A 3PBLA 224LA 3C8RA 3LN2A 1GB9A 1CV5A 1LZNA 3HT7A 4N5RA 3W6FA 1ZYTA 4NHQA 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4ETBA 1P6YA 4ZEEA 1KNIA 226LA 2LC9A 1L89A 1BQLY 2EKSC 4HTNA 2MEAA 1REYA 1QT7A 1C6QA 1IR8A 4I7PA 2Z6BA 3DN6A 139LA 1LZ6A 3TXFA 1P2CC 1GBOA 3A95A 1JTNA 1L43A 2XQOA 1G7HC 2BQKA 1B7RA 4WM5A 234LA 3HBHA 1L28A 1L88A 1JJ0A 5I4YA 247LA 3L2XA 3FADA 1SX7A 3AB6A 2MEFA 1UC0A 2ZILA 215LA 2DQGY 5HNLA 2CDSA 1KY0A 1E8LA 4N1EI 1L29A 1L16A 2MEHA 4ARLA 5JENB 5KXRA 1WTNA 1GE2A 4LYTA 137LA 252LA 1GAZA 4I7OA 4I7SA 1QSAA 4DWXA 2D4KA 2NTGA 1IP5A 1LJHA 5E9RA 1QUTA 2D6BA 2HTXA 4OOOA 2BLXA 1CU5A 1HMKA 1L46A 3P66A 4XJIA 3F8VA 2DQCY 1DYDA 5EBHA 3FE0A 2W1XA 4ETCA 1V7TA 2YBLA 1EL1A 4XJDA 3DN8A 1T8AA 4LT0A 5IHGA 170LA 1L94A 2BQGA 4LYOA 1GB8A 2MECA 220LA 1VATA 4WL7A 1OWZA 6LZMA 1L0JA 4AGAA 4KT3A 1GB6A 1L01A 1GB0A 1LW9A 3SN6R 4ARPA 4EKRA 1B9OA 1IWXA 3HT8A 3WXUA 1J1PY 3ZEKA 1ALCA 4W51A 4HTQA 5LVHA 1LJIA 1GB3A 1D2YA 1JIYA 2MEEA 5KY1A 1T8GA 5KXMA 1B6IA 1LKSA 1LSBA 1C45A 242LA 1L68A 5LXWA 1YROA 1L26A 225LA 4MCKA 4NGVA 1KXYA 152LA 235LA 1LZGA 1AT6A 1IP6A 4OWEA 5LINA 3GXRA 1GHLA 1IC4Y 1L93A 2DBTA 1HFXA 4EPIA 1ZWNA 4UWVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1KS3 A;  4M4O A;  5B07 A;  4NEB A;  5M1Y A;  1C6A A;  3EML A;  4KXI A;  1L09 A;  3EBA B;  3A3Q A;  1QT3 A;  1CV4 A;  3W6C A;  1C6E A;  2RAZ X;  5DN4 A;  1GWD A;  4TSC A;  4LYM A;  1L14 A;  1LZT A;  1XGQ C;  5LVI A;  2CGI A;  2NTH A;  3A8Z A;  1HEQ A;  218L A;  2F2N A;  169L A;  4G4B A;  3QE8 A;  4CFO A;  4ZIX A;  1LZD A;  3P65 A;  3AZ7 A;  1RFP A;  1LYH A;  192L A;  2HEC A;  2LYZ A;  4H94 A;  4NGL A;  3G3W A;  5L3H A;  1XEI A;  1L87 A;  1V7S A;  1IP2 A;  4DD3 A;  1C69 A;  4W59 A;  1NQI A;  2PC2 A;  1BB7 A;  1LZC A;  1GBY A;  173L A;  1L73 A;  4ETD A;  1L92 A;  4TSB A;  2RBN A;  4WOA A;  1KW5 A;  4QDN A;  4TUN A;  3TXG A;  1L97 A;  3UON A;  1IOC A;  1GPQ C;  1B7M A;  2BQO A;  4CHX A;  1IX0 A;  1SSY A;  2FYD A;  1OVH A;  1B0D A;  115L A;  184L A;  1IWT A;  210L A;  4N0J A;  3TXJ A;  1OUI A;  1B2K A;  1L23 A;  4LT2 A;  1KXX A;  3W6B A;  1DQJ C;  4PGJ B;  4ML7 A;  1IY4 A;  3J4G A;  2W1L A;  3GUL A;  1ZV5 L;  3OJP A;  1CKH A;  3V2Y A;  1HER A;  1WTM A;  4HSF A;  3A90 A;  1TAY A;  3NYA A;  2IFF Y; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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