The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
64
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sequence length |
175
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structure length |
175
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Chain Sequence |
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Enterobacteria phage t4
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| publication title |
Engineering a model protein cavity to catalyze the Kemp elimination.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Lysozyme
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| total genus |
64
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| structure length |
175
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| sequence length |
175
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
3.2.1.17: Lysozyme. |
| pdb deposition date | 2012-04-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00959 | Phage_lysozyme | Phage lysozyme |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Lysozyme | Lysozyme |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2HUK A; 142L A; 2B72 A; 1KW7 A; 3C8Q A; 1L18 A; 1CTW A; 1L12 A; 1QSQ A; 4DAJ A; 3G3W A; 1C6P A; 170L A; 3GUP A; 160L A; 1OV7 A; 181L A; 1DYC A; 1L27 A; 4IAP A; 2RBR A; 3QAK A; 1C6K A; 157L A; 4EPF A; 1KS3 A; 129L A; 1CX7 A; 1L64 A; 1CV5 A; 1OWY A; 2ANX A; 1I6S A; 171L A; 1L79 A; 2B6X A; 4LDL A; 3HTB A; 1L37 A; 4GRV A; 1L87 A; 138L A; 4I7T A; 3HH6 A; 1L44 A; 1SWZ A; 3HU8 A; 1LI2 A; 1L92 A; 1L56 A; 1LYH A; 1C6F A; 197L A; 1CU3 A; 3G3V A; 1OVJ A; 1PQJ A; 261L A; 4EPI A; 3DNA A; 1T97 A; 167L A; 243L A; 246L A; 1G0P A; 1L32 A; 1L49 A; 191L A; 2B6Z A; 4E97 A; 3L64 A; 1L81 A; 1ZWN A; 1C68 A; 3C7Y A; 1LW9 A; 1TLA A; 1L72 A; 3CDV A; 2RAY X; 1G06 A; 3JR6 A; 3DN2 A; 1QT3 A; 2RBO A; 130L A; 1L42 A; 118L A; 3OE6 A; 2LZM A; 162L A; 149L A; 1L58 A; 233L A; 1L22 A; 4S0W A; 2L78 A; 2RB2 X; 3ODU A; 1PQM A; 3CDT A; 108L A; 103L A; 3DN3 A; 2ANV A; 1G0Q A; 137L A; 1L02 A; 1L89 A; 3GUO A; 196L A; 145L A; 1QT8 A; 230L A; 4W57 A; 172L A; 229L A; 4I7R A; 4DKL A; 1P56 A; 152L A; 2O7A A; 1QT4 A; 241L A; 240L A; 3HH3 A; 3GUN A; 1L84 A; 3DMZ A; 1L67 A; 3PDS A; 1L0J A; 2F32 A; 120L A; 1T8A A; 3HTG A; 3SB9 A; 1L96 A; 3HDF A; 183L A; 1L10 A; 3NY8 A; 1L21 A; 250L A; 4EXM A; 4LZM A; 3SBB C; 1CVK A; 3RZE A; 3GUI A; 1L62 A; 223L A; 2LCB A; 1LGX A; 102L A; 4W55 A; 3LZM A; 4OO9 A; 1P3N A; 1G1V A; 3K2R A; 219L A; 201L A; 249L A; 3EML A; 1L13 A; 1L59 A; 128L A; 1L53 A; 212L A; 1PQD A; 1SX2 A; 1L25 A; 4I7M A; 1L15 A; 1L85 A; 4YXC A; 3HDE A; 1L63 A; 211L A; 192L A; 1L88 A; 165L A; 3OE0 A; 2QB0 B; 4I7L A; 221L A; 217L A; 242L A; 1KW5 A; 1D2W A; 2OU9 A; 1L71 A; 150L A; 228L A; 1T8F A; 1L19 A; 168L A; 1T6H A; 1SX7 A; 1D3M A; 1P6Y A; 1L66 A; 235L A; 199L A; 231L A; 2F2Q A; 1L30 A; 1LGW A; 257L A; 3FA0 A; 3DKE X; 218L A; 1CV4 A; 1L16 A; 3HUQ A; 3DN1 A; 4I7N A; 1L51 A; 262L A; 2OE9 X; 107L A; 3DN4 A; 112L A; 1D3N A; 1L50 A; 253L A; 147L A; 1SSW A; 174L A; 1C6A A; 1PQI A; 1L97 A; 1QSB A; 1L26 A; 210L A; 3L2X A; 2IGC A; 4EJ4 A; 1QTB A; 4I7Q A; 1L80 A; 3GUK A; 232L A; 1QTD A; 1OVH A; 1L95 A; 141L A; 1XEP A; 1C6C A; 139L A; 251L A; 3DN0 A; 1L48 A; 1C66 A; 2F47 A; 4GBR B; 1OWZ A; 2LC9 A; 3GUJ A; 1P2R A; 1QUD A; 1L90 A; 2RB0 X; 1L93 A; 3HH5 A; 3DMX A; 4ARQ B; 1DYF A; 2NTH A; 1L86 A; 2O4W A; 4YXA C; 4W52 A; 1L04 A; 190L A; 3RUN A; 209L A; 1L98 A; 1LWG A; 6LZM A; 1PQO A; 1QTZ A; 1C6H A; 1CU6 A; 1P36 A; 1L43 A; 1L06 A; 254L A; 1CV3 A; 3HUA A; 4PK0 A; 1LYI A; 4W53 A; 1JQU A; 113L A; 1C6T A; 3GUL A; 236L A; 1L73 A; 151L A; 1L65 A; 3CDQ A; 127L A; 260L A; 2Q9D A; 214L A; 3SB8 A; 175L A; 1L38 A; 1P64 A; 3HT8 A; 3C7Z A; 1G0K A; 206L A; 1LYJ A; 2RBS A; 1QS9 A; 1CV1 A; 119L A; 2Q9E A; 4W54 A; 189L A; 7LZM A; 1DYA A; 185L A; 4I7J A; 140L A; 1C6G A; 4ARQ A; 237L A; 1L0K A; 3DMV A; 225L A; 3NYA A; 177L A; 1CUQ A; 1CX6 A; 2HUL A; 1ZYT A; 1P2L A; 1L08 A; 1LWK A; 1L77 A; 2B6W A; 4I7P A; 111L A; 4EKQ A; 1C6M A; 155L A; 1B6I A; 180L A; 1L45 A; 1QTH A; 2RH1 A; 3SN6 R; 2NTG A; 1C62 A; 1QUG A; 4ARL A; 1L46 A; 255L A; 3HT7 A; 1OV5 A; 2OEA X; 245L A; 3VW7 A; 1DYD A; 4I7S A; 3SBA A; 4ARJ A; 114L A; 146L A; 1EPY A; 3HH4 A; 1XJU A; 1CU2 A; 3CDO A; 1QTV A; 247L A; 1C60 A; 1CU5 A; 1L47 A; 4YX7 C; 3C7W A; 3HWL A; 1L74 A; 252L A; 1LLH A; 187L A; 248L A; 239L A; 1C61 A; 1LYF A; 1C65 A; 1L39 A; 4W51 A; 2RB1 X; 1G0G A; 220L A; 1L76 A; 1L40 A; 3OE9 A; 1L68 A; 161L A; 1JTN A; 1QT7 A; 200L A; 3V2W A; 1L94 A; 1L75 A; 3OE8 A; 178L A; 1C67 A; 1KY1 A; 115L A; 1L60 A; 1KNI A; 1L91 A; 2OE7 X; 2B6T A; 143L A; 215L A; 1QT6 A; 4EKP A; 222L A; 1C6B A; 1D3J A; 1G0M A; 1L14 A; 1L69 A; 1L31 A; 148L E; 1CV6 A; 123L A; 4I7K A; 1G0J A; 3C82 A; 126L A; 1L23 A; 1L54 A; 4EKS A; 3G3X A; 3FI5 A; 1LI6 A; 1L01 A; 259L A; 1ZUR A; 2RAZ X; 163L A; 1L03 A; 1OVK A; 1L55 A; 159L A; 3HTF A; 2B75 A; 3GUM A; 3SB6 A; 3CDR A; 1L61 A; 3SB7 A; 198L A; 188L A; 3C83 A; 1P7S A; 1JTM A; 1WTH A; 216L A; 1L05 A; 213L A; 1C6N A; 1L07 A; 125L A; 1C6J A; 4LDO A; 2B73 A; 195L A; 104L A; 1G1W A; 4K5Y A; 1P5C A; 238L A; 1L20 A; 169L A; 2B7X A; 4ZPU A; 1D2Y A; 1P37 A; 1LYE A; 1L00 A; 1C6L A; 1L24 A; 3HUK A; 2B74 A; 144L A; 4LDE A; 1L41 A; 2OU8 A; 227L A; 1L29 A; 122L A; 1G07 A; 2RBP A; 1D9W A; 2HUM A; 1T8G A; 2B6Y A; 4PJZ A; 110L A; 173L A; 3DN6 A; 1SSY A; 3DN8 A; 131L A; 1PQK A; 109L A; 1QUO A; 1L70 A; 5LZM A; 156L A; 176L A; 4DJH A; 5I14 A; 1KY0 A; 244L A; 3HT6 A; 1D3F A; 2OU0 X; 4W59 A; 3F8V A; 1L52 A; 3C80 A; 4ARM B; 1G0L A; 2Z6B A; 1L33 A; 1SWY A; 3FAD A; 1L57 A; 1K28 A; 3HU9 A; 182L A; 2O79 A; 1L99 A; 4W56 A; 1LI3 A; 256L A; 3V2Y A; 3SB5 A; 184L A; 1L17 A; 3NY9 A; 3C8R A; 1CU0 A; 1CUP A; 1C6Q A; 186L A; 1DYE A; 4I7O A; 1C69 A; 1LGU A; 1QTC A; 2A4T A; 3HTD A; 258L A; 3PBL A; 166L A; 205L A; 1CV0 A; 3D4S A; 1L11 A; 4ARP A; 4EKR A; 1C63 A; 3HT9 A; 2RBQ A; 3UON A; 2OTZ X; 1LYD A; 1L83 A; 224L A; 1QS5 A; 2CUU A; 1L35 A; 1QT5 A; 1C6E A; 158L A; 1C64 A; 3F9L A; 3C8S A; 1L34 A; 1C6D A; 4ARM A; 1QUH A; 1L82 A; 2OTY X; 3C81 A; 1L09 A; 1P46 A; 2B70 A; 1C6I A; 1XJT A; 4W58 A; 2OE4 X; 2QAR C; 226L A; 4AQN A; 1DYB A; 164L A; 234L A; 1L28 A; 1DYG A; 1LYG A; 1NHB A; 1OYU A; 2RBN A; 1LPY A; 1L36 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1LSD A; 2HUK A; 1GAY A; 2ZQ3 A; 1QDT A; 1L18 A; 1CTW A; 1OUI A; 3KAM A; 4ZFP A; 3A90 A; 1A2Y C; 1RFP A; 1UBZ A; 3GUP A; 4NWE A; 1BGI A; 181L A; 3N9E A; 3WU8 A; 4IAP A; 4D9Z A; 2Z18 A; 1IC7 Y; 2BQN A; 2CGI A; 1L64 A; 2ANX A; 208L A; 171L A; 1B7P A; 2B6X A; 4LYZ A; 3HTB A; 5B06 A; 1MLC E; 4GRV A; 4OOO A; 138L A; 4I7T A; 4NGW A; 3HH6 A; 1L44 A; 1SWZ A; 4W94 A; 2FYC A; 1GB2 A; 261L A; 2MEC A; 1GDW A; 1LMQ A; 1T97 A; 243L A; 246L A; 1L49 A; 191L A; 1LPI A; 1H87 A; 3C7Y A; 1GF9 A; 1HML A; 3JR6 A; 4TSB A; 1QT3 A; 4H9F A; 1HFY A; 4N5R A; 2ZNW Y; 149L A; 1L58 A; 4G9S A; 3CDT A; 5KXN A; 103L A; 1F10 A; 5C6I A; 2ANV A; 137L A; 4GCF A; 1JTO L; 1DPX A; 1UC0 A; 1XSF A; 5LYZ A; 3TXG A; 4G4H A; 1GXV 2; 4H9C A; 1BB6 A; 1LSM A; 4CFO A; 1GBO A; 1L67 A; 1B7L A; 1LKR A; 5KXR A; 1BWI A; 1T8A A; 2W1Y A; 3EBA B; 183L A; 4LZM A; 3SBB C; 1CVK A; 1LGX A; 4NY5 A; 102L A; 1LZ9 A; 4DT3 A; 5HNL A; 3K2R A; 4IJ4 A; 219L A; 1L13 A; 212L A; 1JJ0 A; 5IEL A; 1GB8 A; 1RI8 B; 1L85 A; 2YBM A; 2YBN A; 211L A; 1JKC A; 3OE0 A; 4NSG A; 1OP9 B; 3WW6 A; 1FKQ A; 2OU9 A; 1EQ4 A; 228L A; 1L19 A; 168L A; 1HEQ A; 1SX7 A; 4J0L A; 1NQI A; 3LHM A; 2MEB A; 4KT3 A; 1B5X A; 1GFH A; 3QY4 A; 1IY4 A; 1LGW A; 3FA0 A; 1LSA A; 3W3E A; 1HEM A; 218L A; 3HUQ A; 4XJF A; 4HTN A; 2X0A A; 262L A; 1LMN A; 1IWT A; 112L A; 1GBX A; 1L50 A; 147L A; 1IP1 A; 2MEG A; 3L2X A; 4NGV A; 1IWV A; 1B7Q A; 4I7Q A; 1C45 A; 4QGZ A; 1QTD A; 1L95 A; 1GEZ A; 5FCP A; 5KXK A; 1JUG A; 1XGR C; 1IR8 A; 3DN0 A; 1L48 A; 1GF7 A; 1YAM A; 1G7J C; 2D91 A; 2I26 L; 2RSC A; 1PZY A; 1HF4 A; 3BKV A; 3HBH A; 4ARQ B; 4BAP A; 1L86 A; 4GCC A; 1L04 A; 3IWR A; 4B49 A; 1L98 A; 2BQM A; 6LZM A; 3A34 A; 1PQO A; 2LHM A; 1P36 A; 4AGA A; 1UIH A; 1D6P A; 3HUA A; 5KXX A; 1QTE A; 4GLV A; 1IOQ A; 4MCK A; 5HLL A; 5LAG A; 1D9U A; 2DQD Y; 3T6U A; 1XFP L; 4B4E A; 3CDQ A; 127L A; 4OWH A; 4XJG A; 1NBZ C; 3HT8 A; 3C7Z A; 4GLA A; 5FDJ A; 4NG1 A; 7LYZ A; 5KJ9 A; 1QS9 A; 4WL6 A; 4NGL A; 4DYG A; 7LZM A; 1TEW A; 1DYA A; 185L A; 1CKD A; 177L A; 1HEL A; 5F16 A; 5FEL A; 1LZT A; 1L77 A; 4I7P A; 2DQE Y; 1C6M A; 4NGK A; 155L A; 4OW1 A; 1QTH A; 2RH1 A; 4ARL A; 1L46 A; 1OV5 A; 4TWS A; 5HQ1 A; 5M1Y A; 4ARJ A; 1CKC A; 5HMV A; 1GB7 A; 4DDA A; 1CU2 A; 3CDO A; 4XJD A; 247L A; 3C7W A; 2PC2 A; 1L74 A; 4NGZ A; 2DQJ Y; 4WOA A; 3M3U A; 1LYF A; 1YIK A; 4DD2 A; 220L A; 2H9K A; 1L68 A; 1REY A; 1L75 A; 2YSS C; 3P68 A; 4J1B A; 4PGJ B; 5D5F A; 1C6B A; 1B7O A; 4NWH A; 2BQE A; 1D3J A; 2DQG Y; 1G0M A; 5A3Z A; 1L31 A; 3HBD A; 6LYZ A; 148L E; 2W1X A; 4I7K A; 3A96 A; 5E4P A; 2YBJ A; 3WU9 A; 4EKS A; 4WLX A; 5J7C A; 2W1L A; 1B7N A; 1GE4 A; 2VB1 A; 1L61 A; 198L A; 1TAY A; 3C83 A; 1DKK A; 3RT5 X; 1JTM A; 1TCY A; 2ZIL A; 1A4V A; 1YL1 X; 213L A; 4HPE A; 1C6N A; 4LYO A; 1VDT A; 1GBY A; 104L A; 2FYD A; 3A3R X; 4CFP A; 2IFF Y; 4ETB A; 1LYE A; 1L00 A; 1L24 A; 4NSH A; 2BLX A; 1L41 A; 2OU8 A; 5KXO A; 4EOF A; 2Z2F A; 1LZC A; 2DKV A; 2HUM A; 5KXZ A; 4H92 A; 3B0K A; 110L A; 1UA6 Y; 4KL7 A; 4RDS A; 1QUO A; 1L70 A; 5LZM A; 1JKB A; 3LYT A; 5I14 A; 2OU0 X; 1XGT C; 4W59 A; 4ARM B; 1GE0 A; 1GXX A; 1SWY A; 1K28 A; 3HU9 A; 5KXM A; 2LYO A; 2Y8P A; 4H8Y A; 1WVU A; 166L A; 4ARP A; 4NGO A; 3HT9 A; 1YKZ X; 4H93 A; 1LSN A; 3W6A A; 1LYD A; 1IP2 A; 5E9R A; 2CUU A; 1FDL Y; 1QT5 A; 5I4W A; 1GB5 A; 1C6E A; 158L A; 2MED A; 3F9L A; 3C8S A; 2LYM A; 2B5Z A; 4H1P A; 1AT6 A; 2F4G A; 1IWY A; 1GFT A; 1P46 A; 2B70 A; 1C6I A; 1XJT A; 1RJC B; 2QAR C; 226L A; 4AQN A; 1DQJ C; 4N8Z A; 1DYG A; 4YEM A; 1OUJ A; 3SP3 A; 2B72 A; 1LZ8 A; 1XGQ C; 4DAJ A; 1H6M A; 4LT2 A; 2F30 A; 1GB6 A; 1OV7 A; 1GD6 A; 1LYY A; 1IWX A; 4CJ2 A; 2RBR A; 1GF0 A; 3ZVQ A; 1LJ3 A; 4EPF A; 5B1F A; 3AGG G; 4LDL A; 1E8L A; 1L37 A; 1IOT A; 4WLY A; 4R0F A; 5KXY A; 1LI2 A; 1L92 A; 1LYH A; 1CU3 A; 1LMC A; 3ZEK A; 2LYZ A; 1BQL Y; 1LZA A; 2XJW A; 4QEQ A; 1G0P A; 1L32 A; 4KPM A; 4HP0 A; 4E97 A; 3L64 A; 1ZWN A; 1JHL A; 1L72 A; 3A6B Y; 1DXJ A; 4G4B A; 3DN2 A; 3TMU A; 1L42 A; 118L A; 3OE6 A; 4PRQ A; 1GFE A; 162L A; 4TSC A; 4HV1 A; 1L22 A; 4UWN A; 4S0W A; 3WPJ A; 2L78 A; 3B72 A; 2RB2 X; 3N9C A; 3ODU A; 108L A; 3WPK A; 4NHI A; 4WM1 A; 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