4EKRA

T4 lysozyme l99a/m102h with 2-cyanophenol bound
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Engineering a model protein cavity to catalyze the Kemp elimination.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 63
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ekrA00
3FA0A 108LA 1PQJA 1C6CA 1G0GA 3RUNA 3SB5A 1L37A 224LA 1WTHA 3D4SA 3HH3A 3C83A 1OV7A 2Z6BA 2RBRA 5I14A 4LDOA 113LA 1L61A 1LWKA 4W59A 184LA 183LA 3K2RA 2F2QA 1L42A 1L22A 1I6SA 7LZMA 1LYGA 181LA 2B6YA 4DJHA 1L93A 1QT5A 177LA 1L15A 169LA 1L95A 2B7XA 1CV1A 1CV4A 1L70A 1OVJA 217LA 1L66A 122LA 1L04A 1KW5A 257LA 1QUOA 3HU8A 3C8QA 1L88A 1L92A 252LA 1P6YA 1XJTA 3V2WA 128LA 2L78A 1L39A 3HH6A 1QTCA 3DNAA 143LA 1CUQA 2NTHA 4I7TA 2QARC 1LYEA 3HDFA 171LA 4W54A 1L28A 1LGXA 1P56A 110LA 1T97A 1L97A 4I7OA 1OV5A 4EKRA 1C68A 1CV6A 198LA 127LA 114LA 189LA 1ZYTA 1CU0A 2O4WA 1QTHA 234LA 1B6IA 1G06A 1C6NA 162LA 4E97A 2OE7X 112LA 3F8VA 2OU9A 4OO9A 150LA 1C6BA 1C6IA 185LA 2OU0X 3VW7A 1L24A 245LA 1L69A 2B70A 3DN8A 3ODUA 1C6TA 212LA 255LA 1L68A 1XEPA 3GUIA 4W52A 1CU6A 1K28A 4LDEA 2B72A 138LA 1SX2A 3FADA 3C7ZA 2HULA 209LA 4ARJA 3DMVA 1LW9A 3C81A 1G0KA 4I7PA 1P3NA 1L53A 1ZWNA 1L45A 247LA 4W58A 200LA 3GUKA 141LA 1L13A 192LA 4ARQA 256LA 1C69A 155LA 1PQMA 1L02A 2O7AA 175LA 4EJ4A 1L43A 3C80A 2HUKA 1LGWA 2F47A 3HTDA 146LA 210LA 142LA 3FI5A 1L08A 222LA 226LA 1L18A 4W55A 249LA 1L03A 4PJZA 163LA 1L64A 1QUGA 237LA 1L96A 2RBOA 115LA 1DYEA 246LA 4I7KA 1G1WA 1L51A 4ARLA 1SSYA 3SBBC 228LA 123LA 199LA 3GUNA 4IAPA 1P64A 215LA 1DYFA 1QT8A 243LA 1D3FA 261LA 2B75A 1JTMA 1L67A 4I7NA 235LA 1L80A 1DYGA 1L73A 3G3WA 2O79A 196LA 1C6FA 3HT7A 6LZMA 186LA 1QTZA 3HTFA 1CTWA 3DN3A 1SSWA 3G3VA 148LE 2QB0B 1L56A 1L76A 118LA 3SBAA 147LA 1ZURA 1LPYA 1L71A 236LA 1C6GA 1L26A 2A4TA 1L44A 139LA 1QUHA 3G3XA 1QTBA 1L65A 1C66A 213LA 1CU2A 166LA 1C65A 1DYBA 1CV3A 3CDTA 1PQKA 1L99A 1L47A 3HUQA 3NYAA 125LA 1CVKA 3DN2A 119LA 260LA 1L06A 173LA 1CV5A 1L74A 3C7WA 1C62A 1KS3A 1CUPA 1L52A 1LGUA 188LA 2B6TA 3OE8A 4I7JA 4ARPA 251LA 1L57A 238LA 1L29A 1OVHA 1L94A 1QT6A 1C6DA 220LA 2B6ZA 1LI2A 4EPIA 1L11A 1KNIA 137LA 4I7MA 1L60A 3HT9A 1L46A 219LA 1L36A 3OE0A 195LA 1L59A 4ARQB 1D3NA 159LA 1L19A 1XJUA 205LA 4LZMA 1L30A 4W51A 1L84A 1LYDA 3HTGA 2CUUA 1L05A 1C61A 130LA 242LA 2RBSA 1LYJA 1G0PA 1LWGA 231LA 3LZMA 1L20A 2RAYX 1L77A 1JQUA 1L35A 2OTYX 120LA 3SB8A 1G1VA 1L50A 1QSBA 1QT7A 3JR6A 230LA 197LA 1L34A 2RB0X 2RH1A 3GUOA 1OYUA 1L72A 1P36A 1DYAA 4I7QA 1L41A 1QUDA 3F9LA 1L00A 109LA 1D2YA 2RB2X 1L87A 1L01A 2OEAX 3DN6A 1C6AA 1C60A 229LA 1LYHA 2B6WA 218LA 1L14A 1L0KA 258LA 1L90A 103LA 227LA 1L58A 129LA 1QS9A 2B73A 180LA 1SWYA 4ARMA 1KY0A 1G0QA 1PQIA 1TLAA 3L64A 1L25A 240LA 1L21A 1L38A 2HUMA 1SX7A 1QSQA 2OE4X 131LA 1LLHA 4GRVA 1L31A 165LA 102LA 1NHBA 1C6QA 1L07A 254LA 1L17A 111LA 1C6EA 4EKSA 1G0LA 1LI6A 2RBPA 4W57A 3SB9A 2Q9EA 1CX7A 233LA 3CDOA 3C82A 3L2XA 1EPYA 1L40A 4PK0A 1QT4A 4DAJA 3CDRA 1CV0A 3C7YA 2ANXA 1P2LA 1L82A 3OE6A 156LA 1PQOA 250LA 241LA 4YXCA 1L16A 1C6LA 1L89A 1D3JA 1QTDA 4AQNA 140LA 1C6KA 1L91A 126LA 104LA 164LA 262LA 4I7LA 1L48A 3V2YA 1L10A 214LA 5LZMA 1T8GA 172LA 168LA 3HH5A 2RBNA 1P37A 3PDSA 4I7RA 1G0JA 3C8SA 1C6MA 4GBRB 1D3MA 4DKLA 1PQDA 2B6XA 3SB7A 107LA 4W56A 2B74A 2RAZX 160LA 1C67A 3EMLA 1L85A 253LA 3UONA 1L86A 145LA 3CDQA 3GUMA 259LA 1L63A 1D9WA 4EKPA 144LA 1L23A 1OWZA 1L79A 2OU8A 2NTGA 3HT8A 3GUPA 1C63A 4YXAC 1CX6A 149LA 1L49A 2IGCA 3QAKA 1KY1A 216LA 244LA 1T6HA 1G07A 4EXMA 1OWYA 4YX7C 1OVKA 3HDEA 4ZPUA 174LA 3DMXA 1DYCA 157LA 2OE9X 221LA 3SN6R 1L75A 190LA 1G0MA 1L12A 3DN1A 4ARMB 170LA 232LA 1L54A 4EPFA 1L09A 3NY8A 3NY9A 1D2WA 3PBLA 1P5CA 2LCBA 3HT6A 1C64A 1L62A 1LI3A 3HH4A 223LA 2RBQA 2LZMA 1QTVA 1T8AA 1C6PA 1CU3A 1LYIA 201LA 3HUAA 1T8FA 167LA 3HWLA 248LA 1L32A 191LA 158LA 1CU5A 3DKEX 1L83A 3CDVA 4EKQA 3HU9A 1QT3A 1L0JA 178LA 3OE9A 3C8RA 1P2RA 3SB6A 2ANVA 4K5YA 1QS5A 3DN4A 1L55A 3DMZA 211LA 2Q9DA 3HTBA 1L98A 1C6JA 4LDLA 206LA 187LA 4I7SA 225LA 2RB1X 1L33A 1LYFA 161LA 1C6HA 1P46A 1DYDA 1SWZA 1KW7A 3RZEA 1JTNA 176LA 2F32A 3HUKA 2LC9A 151LA 182LA 3DN0A 3GUJA 1L81A 1P7SA 4W53A 1L27A 2OTZX 239LA 4S0WA 3GULA 152LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
108LA 1IC5Y 3AGIA 1L37A 1XEKA 4ANRA 1REMA 2Z6BA 1L61A 1SQ2L 1LWKA 3AYQA 183LA 2BQAA 4DD7A 3CT1A 1L22A 5KKJA 1IX0A 1TBYA 4HSFA 2B6YA 181LA 2RSCA 4UWUA 3B6LA 1LYSA 2ZWBA 4NGJA 2MEAA 1L70A 1OVJA 1L66A 1ZVYB 1QUOA 1OP9B 1B7SA 5EBHA 3HH6A 143LA 4I7TA 4OOOA 4XENA 1L28A 1P56A 1XFPL 1T97A 1QQYA 4EKRA 5HQ1A 1C68A 5L9JA 1JTOL 1HFZA 1WTMA 1HMLA 1QTHA 2MECA 1C6NA 1GBXA 1CJ7A 5LYTA 4OO9A 1IOTA 1VDTA 2Z2EA 5DN5A 2Z2FA 4NHQA 4DDAA 3ODUA 1G7LC 4LFPA 1IC4Y 1XEPA 1K28A 1GWDA 2DQEY 1AM7A 4TWSA 3A6BY 3FADA 3C7ZA 2HULA 1CKHA 3WU8A 4B0DA 3C81A 4M6DA 3ZVQA 3IWRA 1ZWNA 1JKAA 1EQEA 1LSMA 4W58A 3GXRA 1I56A 4XJBA 4ARQA 155LA 1C7PA 175LA 4NFVA 1B5ZA 4B4EA 1LYYA 3TMVA 3B72A 3IJVA 2BLYA 1WQOA 1D0MA 2YBNA 4DWXA 1L18A 5KXKA 1GE3A 3TXEA 2CWIA 3WW5A 1QSWA 1L64A 237LA 2YBHA 1L96A 3HFMY 3J6KA 193LA 1IP4A 1B2KA 3TMXA 1IR7A 1G1WA 1L51A 2BQOA 123LA 4WL7A 1HEMA 1BGIA 1P64A 4BS7A 5DN4A 2CJLA 1BB5A 1IOQA 215LA 1VDQA 4H9CA 261LA 5T3FA 2B75A 5DLAA 1JTMA 1GB8A 1JSFA 1L67A 1LSDA 4HPIA 1C6FA 2DQAA 4HJZA 1L76A 118LA 3SBAA 1ZURA 1LPYA 2EIZC 236LA 1PZYA 2FYDA 4CFPA 4DQJA 1L26A 135LA 139LA 1L44A 1QTBA 4OWBA 3AGGG 1LSFA 1C66A 1GXXA 1LKRA 4ET9A 5FCPA 3CDTA 1XGTC 1L99A 5A3ZA 1UCOA 1L06A 4N1EI 173LA 1L74A 3AB6A 2B6TA 1LGUA 4LT1A 2MEHA 2YSSC 1GF5A 4OWCA 4TX7A 1C6DA 2LZTA 4WM1A 5J7CA 1GE0A 1IVMA 4ETAA 1IP3A 4B4IA 3OE0A 195LA 4GN4A 2W1MA 4LFXA 4BADA 5KXOA 1L30A 2N5ZA 4W51A 4Z41A 231LA 1LWGA 3LZMA 5AMYA 1H87A 1TDYA 3A34A 2OTYX 4LYMA 1A2YC 3JR6A 230LA 2Z19A 3WPKA 1G7HC 1L41A 1D2YA 1C6AA 1C60A 2BPUA 1EQ4A 2B6WA 1C45A 1GFAA 218LA 103LA 1QS9A 3ATOA 1KY0A 4RDSA 1JUGA 1L25A 2WARA 1L38A 131LA 3AW6A 1BWJA 1L31A 165LA 2LZ2A 102LA 1LZ5A 1L07A 1IORA 2RBPA 5KXYA 1CX7A 4PK0A 1LSYA 4DAJA 1CV0A 1P2LA 1L82A 134LA 4NGKA 250LA 4ETBA 1L16A 1QTDA 3TXGA 1C6KA 2EQLA 164LA 3V2YA 168LA 2Z38A 2F30A 1KXYA 4PPOA 2RBNA 3P68A 1LZRA 1G0JA 1C6MA 4GCEA 4NSJA 1IY3A 3A8ZA 2A7DA 2B74A 1GB2A 1C67A 1LSAA 3RNXA 3UONA 4WG1A 1NBZC 2XTHA 1IR8A 3A6CY 1LZCA 1OUDA 1DPWA 1OWZA 194LA 4QDNA 2ZNXY 3HT8A 5I54A 5FSTA 5F16A 1J1OY 4YXAC 3F6ZA 3N9CA 5F9XA 1B7LA 1CKGA 2LYMA 1HMKA 1HC0A 1T6HA 1G07A 4EXMA 2MEEA 1W6ZA 4ZPUA 4GLAA 1GBWA 4YEOA 1J1XY 4ARMB 5KXSA 170LA 1L54A 4PGJB 1D2WA 1HEOA 2ZYPA 1LMPA 1V7TA 1HENA 2Z12A 1NHEA 3HT6A 2DBTA 2ZNWY 1JKBA 2LZMA 1FKVA 1T8AA 4WL6A 4UWNA 1CU3A 1LYIA 1P2CC 5L3IA 1LZYA 3W6DA 3DKEX 1D0LA 3HU9A 1E8LA 5KXRA 1UA6Y 3OE9A 1P2RA 3WMKA 2ANVA 2EKSC 4NIJA 1QS5A 3FI7A 1L55A 1LSPA 1GF0A 3HTBA 1L98A 1GE2A 1LCNA 3K3TA 2BQGA 161LA 1P46A 1DYDA 1KW7A 1JTNA 3HBHA 4WM3A 4TSCA 1LSGA 2I25L 1L81A 1P7SA 1RJCB 1L27A 4ZIXA 4XN6A 152LA 1PQJA 1KIRC 2VB1A 4U3XB 3N9AA 3AGHA 3HH3A 1GAYA 2RBRA 5I14A 3CT5A 1NWGA 4H1PA 4WM2A 4NGWA 3RT5X 2FBBA 1GF7A 2F2QA 3CQLA 2XBRA 4XJIA 2HECA 4XJHA 1L93A 169LA 2B7XA 3WU7A 1CV4A 1GF6A 5LYMA 1L04A 1REYA 1KW5A 257LA 1YIKA 1HEWA 252LA 1P6YA 1XJTA 3V2WA 5LINA 1B7NA 1B5UA 1CUQA 5B1FA 4NWHA 4KT3A 1Z55A 1LZGA 1CNSA 3SP3A 1B7PA 1L97A 1OV5A 1YROA 127LA 1GBSA 1WQNA 4LYBA 114LA 189LA 1IWYA 1G06A 1GF8A 4E97A 4N9RA 3F8VA 2FBDA 2Y8PA 3TXJA 1GFTA 5HNLA 5KXXA 255LA 1YL1X 1OUJA 1CU6A 2B72A 138LA 1INUA 4Z3MA 4J7VA 5B07A 1IP2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 108L A;  1IC5 Y;  3AGI A;  1L37 A;  1XEK A;  4ANR A;  1REM A;  2Z6B A;  1L61 A;  1SQ2 L;  1LWK A;  3AYQ A;  183L A;  2BQA A;  4DD7 A;  3CT1 A;  1L22 A;  5KKJ A;  1IX0 A;  1TBY A;  4HSF A;  2B6Y A;  181L A;  2RSC A;  4UWU A;  3B6L A;  1LYS A;  2ZWB A;  4NGJ A;  2MEA A;  1L70 A;  1OVJ A;  1L66 A;  1ZVY B;  1QUO A;  1OP9 B;  1B7S A;  5EBH A;  3HH6 A;  143L A;  4I7T A;  4OOO A;  4XEN A;  1L28 A;  1P56 A;  1XFP L;  1T97 A;  1QQY A;  4EKR A;  5HQ1 A;  1C68 A;  5L9J A;  1JTO L;  1HFZ A;  1WTM A;  1HML A;  1QTH A;  2MEC A;  1C6N A;  1GBX A;  1CJ7 A;  5LYT A;  4OO9 A;  1IOT A;  1VDT A;  2Z2E A;  5DN5 A;  2Z2F A;  4NHQ A;  4DDA A;  3ODU A;  1G7L C;  4LFP A;  1IC4 Y;  1XEP A;  1K28 A;  1GWD A;  2DQE Y;  1AM7 A;  4TWS A;  3A6B Y;  3FAD A;  3C7Z A;  2HUL A;  1CKH A;  3WU8 A;  4B0D A;  3C81 A;  4M6D A;  3ZVQ A;  3IWR A;  1ZWN A;  1JKA A;  1EQE A;  1LSM A;  4W58 A;  3GXR A;  1I56 A;  4XJB A;  4ARQ A;  155L A;  1C7P A;  175L A;  4NFV A;  1B5Z A;  4B4E A;  1LYY A;  3TMV A;  3B72 A;  3IJV A;  2BLY A;  1WQO A; 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