4EKSA

T4 lysozyme l99a/m102h with isoxazole bound
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Engineering a model protein cavity to catalyze the Kemp elimination.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 64
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4eksA00
1QSQA 1P3NA 209LA 142LA 126LA 1CV6A 1QUDA 4LZMA 3CDTA 1OYUA 143LA 162LA 1SX2A 3NYAA 1ZYTA 1L0KA 1LI2A 3G3VA 1SSWA 3GUKA 1C6HA 237LA 2RBQA 1B6IA 4W52A 3SN6R 1PQMA 173LA 2RAYX 4YXCA 1LYIA 192LA 1L94A 2HULA 1L27A 213LA 4EKPA 4EJ4A 1CTWA 1L52A 1C6FA 1LWGA 262LA 1L34A 1L02A 1G07A 1L90A 3SBBC 1L23A 2Q9EA 1L17A 1KNIA 155LA 3HH5A 161LA 1L20A 4ARMA 1EPYA 1L53A 190LA 3C7YA 4GBRB 4I7TA 3CDVA 1L03A 3C82A 1L10A 1L97A 249LA 2RBSA 3HT7A 1L47A 233LA 1L24A 1L62A 3C8SA 3OE6A 1G0JA 4W57A 2RH1A 3HUKA 1L92A 3V2WA 1P46A 2RAZX 108LA 1C6AA 1L70A 2A4TA 3HH6A 2ANVA 6LZMA 1KY1A 3GUPA 1D3MA 166LA 2O7AA 3C8RA 3CDOA 1L86A 4W58A 1L63A 3HH4A 1L08A 1L82A 1LYEA 1JQUA 1P6YA 1L49A 3C8QA 3DN1A 1L83A 2B6XA 1C6IA 1L13A 2OTYX 3C83A 211LA 250LA 1G1VA 1TLAA 4W56A 196LA 1L18A 151LA 4ARLA 238LA 224LA 3DMXA 1PQJA 3PBLA 1PQIA 1G0KA 3HUAA 1P5CA 3HU9A 1L85A 1QS9A 2RBPA 2B72A 2O79A 1L45A 149LA 1L05A 4ARQA 1L29A 4DJHA 138LA 3HWLA 3DNAA 1LYGA 1G0QA 2CUUA 3SB9A 128LA 217LA 1QTBA 1C6LA 1L88A 2B70A 4W51A 177LA 104LA 1L95A 3HT9A 115LA 235LA 1L67A 1OWYA 1LYFA 1XEPA 2LC9A 1L57A 145LA 1L06A 1D3JA 1KW5A 2HUMA 206LA 184LA 1CU6A 2B73A 148LE 4EXMA 4PJZA 216LA 4I7PA 152LA 3HT8A 195LA 255LA 3SB5A 4W53A 3RZEA 3SB6A 1L66A 1SX7A 1LGXA 1C6EA 1L31A 7LZMA 1P64A 3DN0A 4I7SA 1L75A 1P37A 3C7ZA 197LA 1L15A 1L21A 1KY0A 1L69A 1SSYA 4ARPA 4EPFA 251LA 122LA 1C67A 3HDEA 3HTGA 245LA 189LA 260LA 1CU3A 1L22A 144LA 218LA 1C6BA 2F47A 3FADA 3F8VA 123LA 1QTDA 176LA 1DYFA 1LWKA 4I7QA 3DN8A 1P2LA 1P7SA 201LA 1G0MA 1L68A 1P36A 1LPYA 3GUOA 2RBRA 191LA 1SWZA 1JTNA 1I6SA 1XJUA 1L09A 1C62A 219LA 1CUPA 1L72A 1L16A 3C81A 1L74A 1L39A 2Z6BA 1LYHA 253LA 1QS5A 1L73A 127LA 1L48A 1CV4A 1L80A 1C6JA 1L61A 248LA 1QTVA 1G06A 4EPIA 1C61A 3OE0A 1QUHA 2RB0X 1DYBA 1CU2A 4ARJA 3CDRA 1ZWNA 3DMVA 1T8FA 241LA 214LA 3G3WA 170LA 1L79A 3GUNA 1L58A 1L43A 2L78A 3HU8A 1L93A 3L2XA 169LA 2HUKA 4LDEA 4W55A 1L38A 180LA 4DKLA 1QT8A 174LA 158LA 257LA 1C6KA 1QT4A 111LA 200LA 1L50A 4W59A 3C80A 4IAPA 1T97A 150LA 1CU0A 125LA 2NTGA 3DN3A 3GUMA 1QUOA 4I7JA 107LA 1L01A 1L07A 1QTHA 4E97A 3G3XA 1LLHA 261LA 160LA 2OEAX 1CUQA 1L00A 4GRVA 1L46A 167LA 1OV5A 1OVJA 185LA 3FA0A 2RBNA 3HT6A 3DKEX 2B6WA 3SBAA 239LA 2F2QA 2OU8A 3SB8A 231LA 178LA 2RB2X 102LA 199LA 3NY8A 1L33A 1PQDA 1L99A 3QAKA 1L41A 1WTHA 227LA 1PQKA 141LA 1C65A 4AQNA 3F9LA 1C6CA 3CDQA 1LI3A 2OTZX 1QT7A 3GUJA 1NHBA 3K2RA 3EMLA 156LA 1D2WA 1L71A 1C68A 1QUGA 1XJTA 114LA 1LYJA 2LZMA 2Q9DA 4LDOA 3DMZA 183LA 215LA 4I7RA 1QT5A 188LA 2OE7X 4OO9A 3V2YA 1L30A 3D4SA 3DN4A 3SB7A 1LI6A 1LGWA 1C64A 1L37A 2QB0B 1P56A 3VW7A 230LA 2O4WA 3HTDA 222LA 4S0WA 254LA 1D3FA 1DYCA 2OU0X 1DYDA 118LA 1OVHA 1DYEA 242LA 1C6PA 1DYGA 3JR6A 258LA 146LA 164LA 1L04A 1LW9A 4ARMB 1T8GA 210LA 1C69A 4DAJA 1G0GA 1D9WA 234LA 119LA 1CV3A 1L60A 130LA 3DN6A 1L40A 2B6ZA 2IGCA 4I7MA 1KS3A 1C6MA 243LA 181LA 1L89A 4K5YA 2RB1X 1L36A 2ANXA 3C7WA 1QTZA 1C6QA 172LA 226LA 1L42A 2QARC 3L64A 1L0JA 139LA 223LA 1L55A 1CU5A 1K28A 1D3NA 240LA 247LA 2OE4X 3ODUA 1L84A 1CV5A 1KW7A 1L56A 229LA 120LA 1T8AA 3NY9A 225LA 2B7XA 1T6HA 3DN2A 165LA 2B6TA 113LA 159LA 4EKQA 4I7NA 4YXAC 3HUQA 147LA 1L64A 1QT3A 1ZURA 2F32A 3HTFA 2NTHA 182LA 3PDSA 1C63A 1C6TA 2OE9X 212LA 1C60A 2OU9A 1OWZA 1L98A 228LA 1CX7A 1DYAA 5I14A 256LA 1L44A 4YX7C 1OVKA 220LA 137LA 4ARQB 140LA 1CV1A 221LA 1G1WA 1L81A 1L54A 1OV7A 4EKSA 4PK0A 1L19A 1JTMA 3OE8A 1CVKA 2RBOA 3FI5A 3GULA 103LA 1QTCA 3HTBA 246LA 129LA 1QSBA 4I7KA 168LA 2B6YA 1SWYA 1C66A 1L12A 5LZMA 1C6NA 1LYDA 110LA 259LA 175LA 1CV0A 1L32A 1L14A 1G0LA 1P2RA 109LA 252LA 3OE9A 244LA 1CX6A 1PQOA 3UONA 4EKRA 3HDFA 1QT6A 4ZPUA 1L51A 1G0PA 1L28A 205LA 157LA 1L87A 1L65A 2B75A 1C6DA 2B74A 3RUNA 4W54A 236LA 232LA 1L91A 1L25A 1LGUA 1L26A 198LA 187LA 1D2YA 163LA 3HH3A 1L11A 1L96A 1L35A 4I7OA 3LZMA 131LA 3GUIA 4I7LA 171LA 186LA 1L76A 2LCBA 112LA 1L77A 1C6GA 4LDLA 1L59A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QSQA 1P3NA 4NG8A 4WL7A 126LA 1CV6A 4NSHA 2YBHA 162LA 1J1OY 3NYAA 3A34A 237LA 1B6IA 4W52A 1PQMA 2RAYX 192LA 1GFJA 3CT1A 1JSFA 5C6IA 4WO9A 1YL0X 1GFKA 4H92A 6LYTA 4H94A 3SBBC 3N9AA 155LA 2H9KA 1L20A 5B1GA 190LA 3C7YA 4GBRB 153LA 4I7TA 1HEQA 1L03A 3IJVA 4NGZA 4BS7A 3HT7A 4RLNA 4HTQA 2W1LA 1MLCE 1AM7A 1GBWA 3HUKA 4NSGA 1P46A 3TXBA 2FYCA 1C6AA 1BWHA 1IP4A 2ANVA 5KXPA 1KY1A 166LA 3EXDA 2O7AA 3CSRA 1BB6A 4H8YA 1IWTA 1ALCA 1L82A 1E8LA 1JQUA 5HLLA 1L83A 4NHTA 1C6IA 250LA 1LMPA 196LA 4ARLA 2X0AA 3DMXA 3PBLA 1UIHA 4U3XB 3HUAA 1L85A 5HQ1A 2B72A 2YBLA 4NGLA 5LYTA 1IVMA 5C6LA 1UUZC 1DPWA 138LA 3DNAA 3SB9A 217LA 4OWCA 1C6LA 1GF4A 1LZRA 104LA 1LZDA 235LA 4YEOA 1OWYA 1LYFA 145LA 3AZ6A 1TBYA 206LA 3VWOA 2B73A 4EXMA 216LA 1WQPA 1GEVA 1C45A 1VATA 3SB5A 4W53A 2H5ZA 1LZ8A 1IP1A 1LGXA 1C6EA 5I53A 1P64A 2B5ZA 2LYOA 1P37A 5HMVA 1XEJA 197LA 1JTPL 1SSYA 1C67A 3HDEA 245LA 4NGOA 1WQQA 3W6EA 1GE0A 260LA 1LJNA 5B1FA 1C6BA 3FADA 123LA 4LT2A 4C5FA 1P2LA 4NHSA 2G4QA 4EOFA 3P66A 1UIEA 4XJIA 1G7MC 1LJGA 4IATA 3ULRA 1T6VL 3TMWA 5A3EA 1GE1A 1BWIA 5KKIA 3WU7A 1L39A 1B7PA 1FLQA 1LSMA 4M6DA 8LYZA 1L48A 3AW7A 1C6JA 4G4BA 1GD6A 1IP5A 2RB0X 3AZ5A 1HF4A 4J1BA 4TX7A 1LSPA 1ZWNA 1D0LA 214LA 4RW1A 1C08C 2L78A 1J1XY 1L93A 4LDEA 180LA 1QIOA 1HEOA 1LCNA 2ZNXY 1F6RA 3B72A 4XENA 3WMKA 150LA 4Z3MA 1CU0A 1L01A 1L07A 5HNCA 3HBHA 160LA 1CUQA 1LTMA 167LA 1B7SA 1OV5A 185LA 2RBNA 1FLWA 3HT6A 1LMNA 1WQOA 1NWGA 4UWNA 1YQVY 4QEQA 4PRUA 4ETAA 2FYDA 1W6ZA 2N5ZA 1YL1X 1L41A 1WTHA 1TAYA 1JKCA 3AGIA 1LZNA 2ZIJA 4WLYA 4H90A 2WARA 4AQNA 2ZIKA 4B49A 1BQLY 1GFTA 5D5CA 2D4IA 3GUJA 3K2RA 1D2WA 1XJTA 2LZMA 4N9RA 2ZQ3A 3DMZA 215LA 4I7RA 5E4PA 188LA 1L30A 2LZTA 4C3WA 1LI6A 4OWBA 4WM1A 3WUNA 1L37A 1HENA 254LA 4HJVA 2MEIA 1C6PA 5KXMA 1UC0A 3W6BA 3D9AC 4OOOA 3QNGA 4ARMB 3FE0A 1C69A 1G0GA 1LSZA 3AGGG 1XGRC 2W1YA 1L40A 1IWVA 1B5UA 4B4IA 2XBRA 4NSJA 2YBNA 1L36A 4XJFA 3LYOA 172LA 226LA 2QARC 1GF7A 4G4HA 4XJHA 1L55A 3TXEA 1CU5A 240LA 3ODUA 4GN4A 229LA 1RFPA 2BQDA 4G9SA 2DQIY 1T6HA 165LA 5T3FA 4X3BA 3W6AA 4YXAC 3HUQA 147LA 1QT3A 2F32A 154LA 2NTHA 4WMGA 1JTTL 2MEHA 1GHLA 1DKJA 1PZYA 1C60A 4L41A 1DYAA 1V7SA 1GB5A 1L44A 4YX7C 1OVKA 1QSWA 1OV7A 4EKSA 4CFPA 3ATNA 5FDJA 1V7TA 3GULA 5I54A 1HSWA 3HTBA 5F81A 1QSBA 4I7KA 1SWYA 1C66A 1L12A 3A8ZA 4RW2A 5LZMA 1CV0A 1L32A 4Z46A 1L14A 4HTKA 3OJPA 244LA 4XJDA 1CX6A 1LYZA 1BB5A 1QT6A 4ZPUA 5B59A 1L51A 1G0PA 205LA 1L87A 2B75A 1C6DA 1OUIA 4W54A 236LA 232LA 2YDGA 4LFPA 1LGUA 1LJ3A 3EO5A 187LA 1D2YA 3LYMA 1L96A 1QDTA 1XEKA 1OUEA 1OQMA 1OUHA 3LZMA 1LOZA 1UA6Y 3GUIA 4I7LA 1L76A 3CT0A 5KXLA 1BGIA 1T3PA 1L59A 2DQAA 142LA 1OYUA 1OUFA 4A7DA 5F9XA 4LGKA 1SX2A 1REMA 1ZYTA 1L0KA 3G3VA 1JKAA 1C6HA 4TWSA 3A94A 5ILCA 1B5WA 3RZ4A 1IP3A 1OUCA 1B5ZA 2HEEA 1GFEA 1LYIA 5HMJA 1JKBA 1L27A 1C6FA 5KXNA 5L9JA 1RI8B 1IO5A 2G4NA 1L90A 3TXIA 2XJWA 1EPYA 1L53A 3TXGA 1L10A 1L97A 249LA 4LFXA 1RE2A 4WLTA 3WW6A 1MELL 3WUMA 1A4VA 5HNLA 1LAAA 1SLYA 4N5RA 4NWHA 1G0JA 4WG1A 1AT6A 1L92A 1HFZA 3V2WA 1C7PA 1L70A 3WU9A 6LZMA 4NGWA 3GUPA 5APFA 4N1CC 5K7OA 3TXHA 3CDOA 5FCPA 1L63A 2HEAA 3HH4A 1P6YA 4KXIA 1L49A 2B6XA 2I26L 1NMMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1QSQ A;  1P3N A;  4NG8 A;  4WL7 A;  126L A;  1CV6 A;  4NSH A;  2YBH A;  162L A;  1J1O Y;  3NYA A;  3A34 A;  237L A;  1B6I A;  4W52 A;  1PQM A;  2RAY X;  192L A;  1GFJ A;  3CT1 A;  1JSF A;  5C6I A;  4WO9 A;  1YL0 X;  1GFK A;  4H92 A;  6LYT A;  4H94 A;  3SBB C;  3N9A A;  155L A;  2H9K A;  1L20 A;  5B1G A;  190L A;  3C7Y A;  4GBR B;  153L A;  4I7T A;  1HEQ A;  1L03 A;  3IJV A;  4NGZ A;  4BS7 A;  3HT7 A;  4RLN A;  4HTQ A;  2W1L A;  1MLC E;  1AM7 A;  1GBW A;  3HUK A;  4NSG A;  1P46 A;  3TXB A;  2FYC A;  1C6A A;  1BWH A;  1IP4 A;  2ANV A;  5KXP A;  1KY1 A;  166L A;  3EXD A;  2O7A A;  3CSR A;  1BB6 A;  4H8Y A;  1IWT A;  1ALC A;  1L82 A;  1E8L A;  1JQU A;  5HLL A;  1L83 A;  4NHT A;  1C6I A;  250L A;  1LMP A;  196L A;  4ARL A;  2X0A A;  3DMX A;  3PBL A;  1UIH A;  4U3X B;  3HUA A;  1L85 A;  5HQ1 A;  2B72 A;  2YBL A;  4NGL A;  5LYT A;  1IVM A;  5C6L A;  1UUZ C;  1DPW A;  138L A;  3DNA A;  3SB9 A;  217L A;  4OWC A;  1C6L A;  1GF4 A;  1LZR A;  104L A;  1LZD A;  235L A;  4YEO A;  1OWY A;  1LYF A;  145L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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