4EKSA

T4 lysozyme l99a/m102h with isoxazole bound
Total Genus 64
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
64
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Engineering a model protein cavity to catalyze the Kemp elimination.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 64
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4eksA00
2ANVA 1L18A 1LI6A 1CX6A 1L11A 2RB0X 3LZMA 1QUOA 4I7OA 3C8QA 3EMLA 1SSYA 1L96A 4ARQB 130LA 4EXMA 1QUDA 1L42A 223LA 1KNIA 1C6HA 1TLAA 1G06A 1L87A 2RAZX 1L25A 1L21A 1L46A 1LI2A 2O7AA 171LA 2OE9X 3C7ZA 1L10A 1L38A 234LA 2RH1A 1LI3A 2LC9A 3DMZA 4ZPUA 253LA 158LA 4EKSA 110LA 1C67A 120LA 2Q9DA 119LA 2B7XA 1C6NA 1L48A 184LA 258LA 3GUPA 205LA 3SB8A 1C63A 4I7TA 255LA 4PK0A 4W58A 1LWGA 1CV3A 2Q9EA 2OU8A 3CDTA 232LA 1CU5A 1L97A 2HULA 3HT9A 159LA 2Z6BA 1L43A 162LA 1L00A 1PQKA 4DAJA 145LA 4EKRA 166LA 3OE9A 1CU6A 1CV0A 222LA 1LYDA 165LA 1L31A 163LA 1KW7A 164LA 1C62A 1C65A 123LA 1G0LA 212LA 1C6TA 187LA 1C61A 1P7SA 1LPYA 3L64A 1L41A 1L64A 1L66A 1L05A 1C6QA 150LA 174LA 1D3JA 1PQIA 3HUAA 1EPYA 4I7SA 4I7RA 1L69A 1L37A 1OVJA 1KY1A 4W54A 152LA 3GUJA 4I7MA 2B6XA 3DN4A 1L80A 1C68A 1L02A 3NY8A 3DN3A 1CV6A 2IGCA 1CV4A 1L89A 173LA 125LA 197LA 128LA 3DN0A 1C6DA 131LA 2OTYX 1K28A 5I14A 1L99A 2RBQA 1C6GA 1L76A 2NTHA 244LA 4PJZA 3V2YA 1L74A 1G0KA 1CU0A 1DYAA 1C6AA 1L20A 1L58A 1OWYA 4W55A 1P37A 4ARMB 4W53A 1L04A 142LA 238LA 151LA 3C7YA 112LA 1G1WA 1L34A 2OU0X 1L84A 3GULA 103LA 1OV7A 2B72A 126LA 200LA 1L0KA 129LA 192LA 235LA 2A4TA 3SBBC 2O4WA 1QT6A 3HDFA 3HTDA 3DMVA 1L29A 1OV5A 1XJTA 177LA 3CDQA 1L67A 170LA 3HT7A 1L16A 1G0QA 1DYFA 1L32A 1LGWA 1L28A 1NHBA 3HT6A 1L15A 3FA0A 3V2WA 1P56A 175LA 1L12A 260LA 3FADA 1L06A 4IAPA 3GUKA 2F2QA 4YX7C 1PQOA 1LYJA 3SB5A 226LA 4LDEA 1P36A 3HTBA 4YXCA 1L81A 1L08A 157LA 1KY0A 127LA 242LA 250LA 1L51A 139LA 1L73A 141LA 3HTGA 3GUMA 4I7QA 2HUKA 1L82A 1L88A 3HUKA 7LZMA 1L01A 1SX7A 1PQMA 4EPIA 149LA 1P5CA 1JTMA 2QB0B 214LA 1QT5A 2O79A 3C83A 1L24A 178LA 1L27A 1L03A 2B6YA 3SN6R 147LA 1L60A 1CU2A 1CUPA 1QT8A 2B6ZA 167LA 1CV1A 1L54A 180LA 3C7WA 1L17A 176LA 1G0PA 3NY9A 3HU9A 261LA 1L53A 1SSWA 1L72A 1L40A 245LA 1OYUA 221LA 2F47A 3HWLA 4LDLA 1L19A 2RBPA 1L62A 4W51A 1QSQA 262LA 1L61A 172LA 199LA 1L44A 118LA 1ZURA 4ARMA 237LA 2F32A 1C6IA 1C6EA 4EJ4A 2B70A 1QS5A 3GUNA 3C80A 2CUUA 259LA 1P2LA 1P3NA 1L83A 144LA 3RUNA 2B75A 219LA 183LA 249LA 1L47A 217LA 2LCBA 3HT8A 1LW9A 3HTFA 1C6FA 3VW7A 4EKQA 225LA 1L26A 1G0GA 6LZMA 4EPFA 1CU3A 168LA 1L30A 1D3MA 4AQNA 1OVKA 1L98A 2OE7X 4W56A 1DYCA 1QT3A 1L94A 4K5YA 137LA 1LYIA 2OE4X 156LA 1L92A 1QTDA 3PBLA 1C6KA 213LA 3G3XA 4GRVA 3DMXA 1JQUA 1L09A 4I7PA 2B6TA 4W57A 216LA 1JTNA 1CV5A 3DKEX 1C69A 3DN1A 1C66A 3ODUA 3HUQA 3SBAA 3QAKA 3HH5A 1L95A 1L71A 3L2XA 1P2RA 1L52A 3G3WA 1L86A 220LA 243LA 1QT4A 1LYEA 1QTZA 102LA 1L14A 239LA 1OWZA 1XJUA 1L63A 1G0JA 1L35A 1DYDA 209LA 4ARPA 1C64A 1T6HA 1KS3A 1L90A 1P6YA 1QTCA 1CX7A 206LA 1L0JA 4GBRB 181LA 4I7JA 3K2RA 252LA 4S0WA 256LA 1C6BA 4EKPA 1PQJA 3F8VA 1KW5A 3PDSA 2NTGA 161LA 3OE0A 113LA 190LA 1L59A 230LA 2OU9A 189LA 1QUGA 2B73A 1G0MA 1P64A 3RZEA 2RB2X 1ZYTA 4YXAC 1L68A 2ANXA 1PQDA 140LA 4W59A 4ARLA 2RB1X 3CDVA 188LA 218LA 1C6MA 2B74A 3OE8A 109LA 1L22A 2RBNA 3HH3A 1L23A 148LE 1L77A 231LA 2RBOA 1QTVA 3SB6A 2RBRA 211LA 198LA 1L85A 228LA 224LA 246LA 3C8SA 1L49A 3DN2A 201LA 215LA 1LWKA 196LA 233LA 3GUOA 1DYEA 3CDRA 3UONA 1CUQA 4LDOA 3DNAA 1D3NA 3HH6A 195LA 1L07A 4W52A 111LA 3GUIA 1QTBA 186LA 1B6IA 2RAYX 1QUHA 185LA 1L56A 1QSBA 1T97A 1CTWA 1QTHA 104LA 1D3FA 114LA 3C8RA 1L57A 4E97A 1WTHA 241LA 4I7KA 1C60A 1LLHA 3C81A 3SB9A 191LA 251LA 1G07A 1LGXA 1CVKA 1LYGA 1OVHA 2OEAX 3OE6A 1L91A 1SX2A 1T8AA 182LA 107LA 1T8GA 240LA 2LZMA 4LZMA 1L13A 3F9LA 1LYFA 1DYBA 1SWZA 1D2WA 1L65A 4DKLA 4ARQA 1LGUA 2QARC 1I6SA 3CDOA 108LA 169LA 2HUMA 248LA 3G3VA 3HU8A 3DN8A 210LA 3JR6A 146LA 2B6WA 5LZMA 1L39A 1G1VA 143LA 2OTZX 4I7NA 1C6CA 247LA 1C6JA 3FI5A 4DJHA 1L93A 1C6PA 2RBSA 3D4SA 1ZWNA 229LA 4ARJA 1DYGA 115LA 1QS9A 155LA 227LA 3DN6A 3HDEA 138LA 3SB7A 1L33A 236LA 1L45A 257LA 122LA 160LA 4OO9A 1L55A 1D9WA 3HH4A 1D2YA 1T8FA 1L50A 1QT7A 1L75A 3C82A 1LYHA 2L78A 1C6LA 4I7LA 1P46A 254LA 1XEPA 1L36A 1L79A 1L70A 3NYAA 1SWYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H1PA 4LT2A 1SSYA 4GCEA 1QUDA 4B4IA 223LA 1TLAA 1G06A 1D0MA 4WG7A 2VB1A 1L21A 4J1BA 1L10A 2Z38A 5K7OA 120LA 5KXXA 1IP3A 4DQ7A 205LA 4H9IA 4PK0A 4W94A 3B0KA 1DI5A 1VDTA 1L97A 3HT9A 2Z12A 3AYQA 4NFVA 163LA 1GFJA 1KW7A 1IC4Y 1LSDA 1YAOA 4ETAA 4NGYA 1C6TA 1DI4A 3TXJA 1LYSA 1LPYA 1L66A 1BWJA 1C6QA 1FLQA 174LA 1D3JA 3TXDA 3HUAA 3WVYA 1EPYA 4I7RA 2YBNA 1OVJA 1KIQC 3LYZA 4I7MA 1LCNA 4NGKA 1WTNA 5JENB 1LSBA 3NY8A 5AMYA 4DD2A 2IGCA 173LA 4H90A 3SP3A 2NWDX 128LA 2BQEA 3DN0A 2AUBA 1K28A 1YL0X 1FBIX 2RBQA 1G7MC 1L74A 1OUFA 1DYAA 1C6AA 2YBIA 1GF3A 142LA 1HMLA 4LYCA 3C7YA 1HF4A 2OU0X 1LZ5A 4HV1A 129LA 2A4TA 235LA 4OWAA 2O4WA 4B4EA 3HDFA 3GXKA 1GB7A 5KY1A 2DQEY 1L67A 1UIGA 1LZ9A 170LA 2HUBA 1L16A 1QQYA 1L15A 3FA0A 260LA 1QUSA 4H9CA 4NSIA 1WQMA 4H91A 1PQOA 5II3A 3SB5A 226LA 3HTBA 157LA 1KY0A 2Z19A 4C5FA 139LA 2DQFC 3ATOA 1LJ3A 141LA 2HUKA 3HUKA 3AJNA 1SX7A 1WQQA 3AGHA 4TSBA 4NG8A 1QT5A 2O79A 3C83A 1OUGA 1L27A 1L03A 4ZIXA 147LA 2LYOA 1W6ZA 6LYTA 167LA 176LA 1UIBA 1VFBC 1L53A 1SSWA 245LA 1OYUA 4DD1A 1L19A 262LA 4NGWA 237LA 2FYCA 5LYTA 1B7PA 1QS5A 1AT5A 2Z37A 1IWYA 1NWGA 5KXWA 1B5WA 1C6FA 4EKQA 1HFYA 225LA 1L26A 1CU3A 168LA 1OVKA 3G3BB 5KKIA 1L98A 2OE7X 7LYZA 1DYCA 4XJGA 1L94A 4K5YA 137LA 4DDBA 4HTQA 4XENA 2OE4X 3AZ7A 213LA 3G3XA 1GDXA 4GRVA 4NGJA 3TMUA 3LYTA 1LJHA 1JQUA 5HNCA 153LA 2B6TA 3N9AA 1CV5A 1C69A 3WVXA 1GBWA 1C66A 3ODUA 4GN5C 1UIFA 2FBBA 4DQJA 3P68A 1LHKA 5B1FA 1OQMA 1GE3A 220LA 1QT4A 1B2KA 1LYEA 102LA 3AW6A 1REYA 3EBAB 1DYDA 1GFHA 2DKVA 1QUTA 4G4BA 1CKDA 1KS3A 4TTDA 1QTCA 5FELA 4I7JA 3WU7A 4NIJA 3FI7A 252LA 5DL9A 256LA 1C6BA 1XGQC 1DKJA 3OE0A 1L59A 4GLVA 5APDA 5FHWA 1BWHA 1IR7A 1YKYX 4ML7A 1P64A 4LYOA 2DBTA 1B7LA 2I25L 3CB7A 4YXAC 5LAFA 1V7TA 3WYHA 1PQDA 1LJNA 1IX0A 4II8A 1LHHA 3M3UA 1GBXA 1XGTC 2DQHY 218LA 5I4WA 1L22A 1LSEA 1OP9B 211LA 2RBRA 1JKAA 4HJVA 246LA 2CJLA 1LZ8A 4WL6A 2CDSA 3WXUA 1LZAA 1XEKA 3OK0A 2BAAA 3N9CA 1IOTA 3TMWA 2BQMA 3RZ4A 5FSTA 5LVGA 1LHJA 5I4XA 1IWWA 1CUQA 5HLLA 1JTOL 195LA 2MEBA 111LA 3GUIA 1BVKC 4LFPA 1B6IA 4IJ4A 1UA6Y 1LZ6A 5B59A 1QUHA 1D3FA 3C8RA 1L57A 4W96A 1B0DA 4YM8A 3SB9A 2WARA 3ZVQA 1CVKA 2BQHA 1SX2A 1YL1X 4G49A 107LA 3CT1A 240LA 4XJFA 2LZMA 1IWTA 4G9SA 1DYBA 1JIYA 1O23A 2Z2FA 1LJJA 2QARC 1I6SA 3CSRA 2BQAA 3CDOA 2HUMA 3DN8A 3D3DA 4MR1A 1LYZA 4XYYA 5LZMA 2ZIKA 2HEAA 3E3DA 1GFUA 1L93A 2RBSA 4LYZA 4ARJA 4WLDA 1DYGA 4HTNA 2Z39A 155LA 3HBHA 138LA 1G7JC 5KXZA 3W3EA 1KIPC 1L45A 122LA 160LA 4OO9A 1D9WA 3QE8A 5T3FA 1L75A 3C82A 4NSHA 1ZMYL 1L70A 2D6BA 3HU8A 1OUJA 2ANVA 4B4JA 1E8LA 1CX6A 1L11A 1REZA 1GFKA 4QY9A 1L96A 4ARQB 1N4FA 1GD6A 3TXIA 2YBMA 1JEFA 4BAFA 4RLMA 2OE9X 1QTEA 1CKHA 1HEMA 1P2CC 253LA 158LA 4EKSA 110LA 1PZYA 2Q9DA 4WMGA 1C6NA 1D6PA 3GUPA 1LSAA 4H8YA 3AZ6A 1C63A 1NF5A 255LA 4AGAA 2Q9EA 4G4CA 2HULA 2MEEA 5HNLA 1L43A 1VEDA 4CFPA 1GE2A 4EKRA 1IR8A 1CU6A 1AT6A 1CV0A 4ET8A 1LYDA 1LSGA 5LINA 165LA 3WPJA 4RW1A 2BQFA 1F0WA 164LA 1F6RA 4Z41A 2BQGA 5DLAA 1G0LA 4WL7A 1J1PY 187LA 4GN4A 1L41A 4OWHA 1GB9A 4CHXA 1UBZA 150LA 1AZFA 1SQ2L 4WO9A 1KY1A 4W54A 152LA 1GFAA 2LYZA 2XQOA 4DD9A 4I0CA 2B6XA 2CWIA 3DN4A 3CSQA 3LYOA 5F14A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4H1P A;  4LT2 A;  1SSY A;  4GCE A;  1QUD A;  4B4I A;  223L A;  1TLA A;  1G06 A;  1D0M A;  4WG7 A;  2VB1 A;  1L21 A;  4J1B A;  1L10 A;  2Z38 A;  5K7O A;  120L A;  5KXX A;  1IP3 A;  4DQ7 A;  205L A;  4H9I A;  4PK0 A;  4W94 A;  3B0K A;  1DI5 A;  1VDT A;  1L97 A;  3HT9 A;  2Z12 A;  3AYQ A;  4NFV A;  163L A;  1GFJ A;  1KW7 A;  1IC4 Y;  1LSD A;  1YAO A;  4ETA A;  4NGY A;  1C6T A;  1DI4 A;  3TXJ A;  1LYS A;  1LPY A;  1L66 A;  1BWJ A;  1C6Q A;  1FLQ A;  174L A;  1D3J A;  3TXD A;  3HUA A;  3WVY A;  1EPY A;  4I7R A;  2YBN A;  1OVJ A;  1KIQ C;  3LYZ A;  4I7M A;  1LCN A;  4NGK A;  1WTN A;  5JEN B;  1LSB A;  3NY8 A;  5AMY A;  4DD2 A;  2IGC A;  173L A;  4H90 A;  3SP3 A;  2NWD X;  128L A;  2BQE A;  3DN0 A;  2AUB A;  1K28 A;  1YL0 X;  1FBI X;  2RBQ A;  1G7M C;  1L74 A;  1OUF A;  1DYA A;  1C6A A;  2YBI A;  1GF3 A;  142L A;  1HML A;  4LYC A;  3C7Y A;  1HF4 A;  2OU0 X;  1LZ5 A;  4HV1 A;  129L A;  2A4T A;  235L A;  4OWA A;  2O4W A;  4B4E A;  3HDF A;  3GXK A;  1GB7 A;  5KY1 A;  2DQE Y;  1L67 A;  1UIG A;  1LZ9 A; 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