The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
104
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structure length |
104
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Chain Sequence |
SQFTLYKNKDKSSAKTYPYFVDVQSDLLDNLNTRLVIPLTPIELLDKKAPSHLCPTIHIDEGDFIMLTQQMTSVPVKILSEPVNELSTFRNEIIAAIDFLITGI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
DNA gyrase subunit A
|
| publication title |
Alternative interactions define gyrase specificity in the CcdB family.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Vibrio fischeri
|
| molecule tags |
Toxin/isomerase
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| total genus |
25
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| structure length |
104
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| sequence length |
104
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| chains with identical sequence |
D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-04-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| C | PF01845 | CcdB | CcdB protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3JSC A; 1NE8 A; 1X75 C; 3HPW A; 5HK0 A; 3TCJ A; 5CK9 A; 2MF2 A; 2C06 A; 4HKE A; 5CCA A; 3G7Z A; 4MDX A; 5CR2 A; 3NFC A; 4OF1 A; 5CKH A; 5CO7 A; 3VUB A; 5CKD A; 5CKE A; 1VUB A; 5CQX A; 4MZM A; 2KMT A; 5HKC A; 4ELZ C; 4ELY C; 5HK3 A; 3JRZ A; 4MZP A; 1M1F A; 4MZT A; 1UB4 A; 4VUB A; 5CKF A; 5CKB A; 4ME7 A; 5DLO A; 5CQY A; 2VUB A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4C8Q F; 3H6Z A; 4C5I A; 3I56 A; 2EQM A; 2ZGW A; 4M7A G; 4M7D E; 1HYO A; 2C0I A; 2DO3 A; 2VGN A; 5GMK e; 2L3R A; 2B86 A; 2JZ2 A; 2CDT A; 4M75 E; 2FG0 A; 1NZ9 A; 2M0O A; 1Q81 U; 2BZ8 A; 2QQB A; 3E1S A; 4F16 A; 4RCB A; 3CCS T; 1C6V X; 3L2W A; 3CPW P; 1SEM A; 4M7A F; 1G8X A; 1U3O A; 1X27 A; 4UC4 A; 4C0D B; 4OB0 B; 1Y96 A; 4ZGE B; 3G4S Q; 3RKW A; 4BY6 B; 2RI2 A; 5CQX A; 3CCQ A; 1Q86 U; 1BI2 A; 2OTL Q; 2JN0 A; 3OW2 S; 5J26 A; 1OZ3 A; 4MZT A; 4ESR A; 3CCR A; 4BAC A; 2K3B A; 3UA7 A; 5FRN A; 2XD0 A; 3P8H A; 3EG9 B; 3RMS A; 2FPE A; 1VQ4 T; 3OSV A; 2HBP A; 4IUP A; 3M0Q A; 3QDR B; 2QA4 T; 3GPL A; 2ABL A; 2KR3 A; 1FXX A; 4EMK A; 2LQW A; 1RUW A; 2JOY A; 1ZSZ A; 4BDY A; 2X3W D; 3PE0 A; 5CKH A; 4CI0 C; 1M3C A; 1N27 A; 2DBK A; 4JZ3 A; 2SRC A; 1OPL A; 4Q5W A; 3V8L A; 2GF7 A; 1YJ9 Q; 5HY6 A; 1YWO A; 3L2V A; 4Y92 A; 4M78 G; 4PJM A; 2HEQ A; 2EGE A; 1KQ1 A; 1D1B A; 3QII A; 2LQ8 A; 3M4G A; 3CXC P; 1VQ5 Q; 3CC7 Q; 4L6V 5; 4IUU A; 1LJO A; 1K9M C; 3RMQ A; 1X69 A; 2DTO A; 2JJ9 A; 1TXQ A; 3VS6 A; 4RMO A; 1I1J A; 4LUD A; 3KBG A; 2L5Q A; 4X9D A; 4XU2 A; 1MND A; 2EJ9 A; 2P0Q A; 2DRM A; 5CKD A; 1GCP A; 4JLG A; 1IHW A; 1YWP A; 2KGT A; 4XTV A; 4M78 F; 1BKB A; 4N4I A; 4GLK A; 5I2M A; 4FCY A; 2LNH B; 5GAM g; 5KYU B; 2DIG A; 2IVW A; 2C0O A; 1K76 A; 3OS2 A; 1AEY A; 1QCF A; 1KHC A; 3JCM Q; 2VXF A; 3T9N A; 3VRY A; 2VC8 A; 1N8R C; 4JUV A; 3CQT A; 3RDV A; 4RTX A; 3H8Z A; 3OBY A; 5KCH A; 4IUT A; 2QGF B; 2RHZ A; 3FC3 A; 2E3H A; 4XQ3 A; 3KUF A; 3CCV A; 2EQJ A; 1YHQ A; 2BE9 B; 1J3T A; 1K73 C; 4NOY A; 3QUI A; 3VU3 C; 3CCL A; 3OS5 A; 4LDU A; 1HSQ A; 4M7D D; 2VB6 A; 3TRE A; 2M1H A; 4DBQ A; 4X34 A; 1SRL A; 1T0J A; 2OJ2 A; 2KT1 A; 3THK A; 2MYS A; 4E47 A; 4F14 A; 1GFD A; 4M75 D; 2M02 A; 1WJR A; 3CCU T; 3A98 A; 2ED0 A; 1E6H A; 2QAS A; 1Q7Y U; 2LJ3 A; 5GAO p; 1R0C B; 1SHF A; 4EIK A; 3LLR A; 2NWM A; 3VS3 A; 1IGU A; 1TUC A; 2K5L A; 3G6E T; 2H3E B; 4NL3 A; 5LJ5 g; 3MEA A; 3MKD A; 2NYS A; 3G4S A; 2JTF A; 5CIU A; 5IHK A; 3PNW C; 3GF5 A; 5C6S A; 1NJI C; 4FYW B; 2PVG B; 2QTX A; 2DD4 A; 2QQ9 A; 1K8A R; 4ZTJ A; 4AFU C; 1QWF A; 1NBE B; 5CQY A; 1BB9 A; 1XTD A; 4M7D G; 4FU6 A; 2CUD A; 1G3W A; 3QWX X; 4J9H A; 1WHM A; 2DET A; 3M58 A; 4LUE A; 2C0T A; 1RAE B; 4M75 G; 2FPD A; 1YJ9 A; 3CXC S; 2CT3 A; 1W4S A; 2DFU A; 5FW9 A; 2XIC A; 2BIV A; 3DKM A; 2COW A; 4X1V A; 3CC7 A; 4PFP A; 3GBQ A; 1KHI A; 3TVT A; 4C92 B; 2MWP A; 3EGX A; 4PJO B; 3OYM A; 4XTY A; 1IXD A; 2ATC B; 2YRV A; 2R5M A; 1ZSZ C; 5DY9 A; 5D7U A; 4BUG A; 3OS0 A; 4PLL A; 4JRQ A; 1H8K A; 1IB8 A; 4AG1 C; 3NTK A; 3LGF A; 1WHG A; 2CP5 A; 3FIF A; 2JM9 A; 1T3S A; 1VQ9 A; 1PNJ A; 3OA6 A; 4AFZ C; 4RKU E; 3A1P A; 4GLM A; 4M77 D; 5GMK l; 2CZ1 B; 1ZA2 B; 4RTY A; 1PD1 A; 2DF6 A; 3MHX A; 2XDP A; 3H0F A; 2B8A A; 2LJ0 A; 2CH4 A; 1OEB A; 2DRK A; 3NTI A; 3ZBD A; 1S1N A; 1VQK T; 1W2B P; 2W0Z A; 3PGG A; 4QT7 A; 3HFN A; 3ER0 A; 3RUX A; 1H3H A; 2GTO A; 8AT1 B; 1Q81 C; 2ZPE B; 3RIR A; 1KD1 U; 1UUE A; 4EDU A; 2CYZ B; 1RLQ C; 2AZS A; 4KUI A; 3EFO B; 1JO8 A; 1MV0 B; 2HMA A; 1M27 C; 1ZUY A; 1KK7 A; 1M4Z A; 2M0Y A; 3TCJ A; 1HD3 A; 3JB9 F; 3JCM f; 1YJN A; 1TWB A; 5DLQ E; 4FSS A; 5GAN g; 2DVJ A; 1Q86 C; 2RJD A; 1JU5 C; 3LYI A; 3EFS A; 4MMK A; 3CBO A; 1IHV A; 3C0C A; 3CD6 T; 2O9V A; 3R6O A; 4M77 G; 5GAO n; 1JQQ A; 5FU7 C; 3CMA T; 1Y7X A; 3EH1 A; 2EBP A; 1RAH B; 2YLB A; 4OMP A; 4E7Z A; 4N0A C; 2XDD A; 1RAD B; 1VQM Q; 4R55 A; 5KYX A; 5FWB A; 1VQP T; 4DOV A; 2KYB A; 2F2W A; 4F17 A; 3OQ5 A; 2CP7 A; 2J05 A; 1U06 A; 3C95 A; 1OU8 A; 5GAM j; 3CCS A; 3UPU A; 2J06 A; 2LT4 A; 1NPR A; 1NLO C; 4F7U B; 2PNI A; 4M4Z A; 1ZBX A; 2FZK B; 1NYG A; 4LN2 A; 2RA2 A; 3JCM J; 3QG1 A; 5I11 A; 3LGL A; 2ZPH B; 1X43 A; 4C0Z A; 4JPB W; 3RER A; 3M4Y A; 5HKC A; 1YBY A; 4HCB A; 2FO0 A; 3BDL A; 2R57 A; 3QPH A; 2QA4 A; 4DBH A; 4C8Q B; 1PC0 A; 4OMN A; 4FW1 A; 5IT9 E; 4XU0 A; 4MML A; 2K3Y A; 1WNL A; 3M5A A; 2O31 A; 2GCX A; 2YUP A; 1N5Z A; 2KSS A; 3HRU A; 2JT4 A; 2F69 A; 4HVU A; 2A08 A; 2NUP B; 1NPP A; 2V1Q A; 3UA6 A; 1G83 A; 3X25 B; 2ZPI B; 1WQW A; 2E6Z A; 1W2B S; 4M7A B; 5LJ5 j; 2KYM A; 1GRI A; 3M54 A; 3QYH B; 4HKE A; 4QQG A; 2E1H A; 1Q7Y C; 1UEC A; 1M1K U; 3A8O B; 2XI9 A; 2K79 A; 2P0P A; 2QQS A; 1KJW A; 2JW4 A; 3M0U A; 3M55 A; 3KFV A; 2YUO A; 5CVI A; 4GBQ A; 5KYU A; 3PMI A; 3CCJ Q; 2O4X B; 1Z9Z A; 3I56 Q; 2V8J A; 1TOV A; 4A4G A; 5LJ3 j; 2DE0 X; 1OU9 A; 4R56 A; 4QW2 A; 3V7S A; 3HTR A; 2X51 A; 2HD0 A; 2JM8 A; 3CBM A; 1H92 A; 2CKK A; 1UHC A; 3QDF A; 2RMO A; 3OW2 A; 3A5Z B; 4J6W A; 1VQM A; 1VQ8 T; 4F04 B; 1I81 A; 3X20 B; 1YCY A; 1UDL A; 1VQK Q; 4KBM B; 1KC8 R; 2E5Q A; 2F1L A; 4OP0 A; 3VJP A; 1MNE A; 5CR2 A; 4AFS C; 3S3M A; 3L2Q A; 2A37 A; 2RB6 A; 4M78 B; 2P0K A; 1VUB A; 1EFN A; 3S3O A; 3EG3 A; 5GAO q; 1WXU A; 2DA9 A; 3CCQ Q; 1D0Y A; 2PQW A; 5FRO A; 3FEO A; 1R8O B; 2ZPG B; 2ECZ A; 1NLP C; 1UGV A; 3FB9 A; 2DTH A; 3WVD B; 2OX7 A; 5FU6 B; 2JXB A; 2KRM A; 2YUQ A; 2ZAE A; 1GL5 A; 2HQE A; 3CMA Q; 4JLI A; 4OMO A; 2KT8 A; 4RG8 A; 1HXD A; 3I55 T; 3VS0 A; 2LNV A; 1WX6 A; 2PVD B; 3PFS A; 1YN8 A; 4LD6 A; 2LCC A; 2D6F A; 3MO8 A; 4IIO A; 2LTO A; 2WSF E; 1AWW A; 4HT8 A; 4IUR A; 2RHI A; 1PHT A; 1WQ7 A; 5KYW A; 4RTT A; 3F70 A; 3BY7 A; 3QSU A; 4E7K A; 2KMT A; 3M0S A; 2DX1 A; 4C0D C; 7AT1 B; 3QXE B; 2ESW A; 4BY6 C; 2CP3 A; 2K2V A; 1ZHI A; 3EGD A; 3JCM b; 2FVU A; 3V8J A; 4F7U F; 5GAN j; 2K9G A; 4BE2 A; 3HKS A; 2HQH A; 3PIO A; 4PJO A; 1JXM A; 2K7A A; 1PG5 B; 3OYJ A; 3J81 E; 3CPW A; 2CSQ A; 1KD1 C; 1YHQ Q; 2NUZ A; 2DXU A; 3QZ5 B; 4FYV B; 3M53 A; 4PJL A; 2AKK A; 4OB2 B; 1TUG B; 1CKA A; 4QQ6 A; 1YI2 Q; 2YRC A; 1JJ2 P; 1ZSG A; 1IO6 A; 3MP8 A; 2F2V A; 2O88 A; 2DL8 A; 1VOM A; 3AT1 B; 3OYB A; 1PSE A; 4KGV B; 2EQU A; 1D09 B; 3CEY A; 1WHH A; 1NEG A; 4XU3 A; 1AD5 A; 3HP9 A; 2H3J A; 1VQK A; 2JS0 A; 2DMO A; 2CZ6 B; 1OI1 A; 2AZV A; 4M75 B; 5M9O A; 2LQN A; 5GMK j; 3PIP A; 3EGU A; 2GBQ A; 4OGC A; 2L3P A; 1M2V B; 2WSE E; 3H9N A; 1MMN A; 5GAM f; 2EVR A; 5CKE A; 2FEI A; 2DEQ A; 1KG1 A; 1QKW A; 4II1 A; 1VQN T; 5CKF A; 6AT1 B; 5DLO A; 1XJW B; 2AHJ B; 1YJW T; 3QKJ A; 3MP6 A; 2RJF A; 1M8V A; 2HDA A; 3HFO A; 4XTZ A; 2KXD A; 1QMC A; 2EWN A; 3ULR B; 2KEA A; 1TG0 A; 4FYY B; 1QCN A; 3CMA A; 4ELZ C; 3A8M B; 1AWX A; 3P8B B; 2LZ6 B; 1N9R A; 1PKS A; 2WAC A; 3CME T; 1VQ8 Q; 3V7R A; 2Y90 A; 3JCM h; 1X6G A; 4L5G A; 3ME9 A; 2DM1 A; 3JCM d; 4PFZ A; 2BKD N; 4BI4 A; 4Z02 A; 2EQK A; 4OF1 A; 3LH5 A; 4PNO A; 3OMG A; 4BI3 A; 2EKO A; 2GFU A; 4AG2 C; 1I07 A; 2QI2 A; 3JAM E; 5LJ5 f; 3G1J A; 2KRS A; 2PUK B; 1IGQ A; 3X28 B; 2XID A; 3EFR A; 1M90 C; 2MPX C; 4JRK A; 4J6Y A; 1W70 A; 4XTW A; 4PJN A; 1B3Q A; 5A0L A; 2QXF A; 1QVP A; 2GQV A; 1M1K C; 1VQ9 Q; 5EC7 A; 1U8R A; 4BE1 A; 5HK3 A; 1MMA A; 5KE3 A; 2K2M A; 3I55 Q; 1JJ2 S; 3X24 B; 1ZA1 B; 3G71 T; 3GNF B; 2DPP B; 4C8Q A; 1YI2 A; 4A4H A; 1NE8 A; 5LJ3 f; 3M0R A; 1K8A U; 4JRI A; 1NEB A; 3O8V A; 2RK2 A; 2EYX A; 2A7Y A; 2RHX A; 4M77 B; 1PKT A; 2KDS A; 5KH6 A; 3HRT A; 3VS5 A; 4C92 C; 2VAS A; 1SSF A; 2HBW A; 3OYL A; 4PJO C; 3CCM T; 2BTT A; 4EPC A; 1P92 A; 2AIR B; 1JRI A; 2HSE B; 2BZX A; 2NUP A; 4N0A A; 2YLC A; 4CC3 A; 2YUN A; 2QGG A; 1VQ7 T; 1X01 A; 4RUG A; 1AVZ C; 2XDB A; 1UE9 A; 3U23 A; 1WXB A; 3OYA A; 1YJN Q; 1TU0 B; 3REA B; 1RAB B; 3BW1 A; 1C1A A; 3OB9 A; 4D8K A; 3RKY A; 1UB4 A; 4IKF A; 4J9C A; 3TQ7 P; 3CCJ A; 3TSZ A; 3M0T A; 1QWE A; 3EHR A; 5EG2 A; 2CGH A; 3A8H B; 1ABO A; 2RQR A; 3LX7 A; 4NS5 A; 1UFF A; 3QJY A; 2A0F B; 1YCS B; 2KRO A; 3QHS A; 2X4X A; 1JXO A; 2MK5 A; 1BI3 A; 1AWJ A; 2DEU A; 2RO0 A; 1K4U S; 1VQ8 A; 1M1F A; 3A8L B; 3CCS Q; 4KUD K; 1HJD A; 1VIE A; 4JDS A; 4M7D F; 5GAN 8; 4BI8 B; 3JSC A; 2YSQ A; 2K4Y A; 1M2O A; 1JB0 E; 5CAI A; 4ATO A; 2DNU A; 3SDZ A; 1WA7 A; 3ZEH A; 3PVQ A; 4M75 F; 4JZ4 A; 3BDU A; 3C12 A; 1AZE A; 2LVM A; 2E4H A; 4J9I A; 4HA8 A; 1VQL T; 3DLL A; 2XHC A; 4BD3 A; 4C92 E; 4M78 A; 2D8J A; 4PJO E; 3BFM A; 1AOJ A; 3CC4 T; 1VQ4 Q; 3EG2 A; 2QA4 Q; 1D3B B; 3RBB B; 1GCQ C; 5GAN f; 2GTJ A; 3LH0 A; 2XG8 D; 3JB9 I; 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2M9U A; 2R58 A; 1JBM A; 4PJO D; 4C5E A; 5KCO A; 1Y71 A; 1WXT A; 3RKX A; 1M2V A; 2HKQ B; 4F7U E; 2L2P A; 2JTE A; 1VQ4 A; 2E70 A; 2PVO B; 1FMK A; 4ZTF A; 2WSC E; 3VUZ A; 1YIT T; 1UTI A; 3OYH A; 2GQI A; 2EYZ A; 2DXC A; 3EG9 A; 2C06 A; 5GAM d; 4HCC A; 4C8Q E; 3URG A; 1JEG A; 1SF9 A; 5GAN 7; 2MI6 A; 1YIJ T; 1ABQ A; 2LMJ A; 1K1Z A; 1TSF A; 1AT1 B; 3CCV T; 1KQS A; 4M78 C; 1EX4 A; 1QVG A; 2M16 A; 4CC2 A; 2E5K A; 1K8A C; 4Y28 E; 1G3Y A; 2ZCF B; 1K9M U; 1KIK A; 1UGQ B; 2G6F X; 1U1S A; 5FU7 B; 1K9A A; 3MEU A; 2NUT B; 3VUB A; 4M7A E; 2DK3 A; 2X4J A; 5KYY B; 2EGC A; 3FRN A; 5KE2 A; 2J6K A; 2RHU A; 2RNA A; 3MET A; 2KY9 A; 1KC8 U; 4XK8 E; 5FU6 C; 4RCC A; 3UWN A; 4MDW A; 3E9G A; 3L2R A; 3UAT A; 1FX7 A; 1N8R U; 5LJ5 h; 1QQJ A; 3RR6 A; 4CRI A; 2L89 A; 2A3L A; 1V1C A; 4LD9 K; 5LJ5 d; 2HL3 A; 4E7L A; 4IIM A; 2OTL T; 1K9M R; 3HSB A; 4QKU A; 3SWN C; 2EYW A; 3HPW A; 4J9G A; 3WXM B; 2BZY A; 1WHK A; 2YRD A; 3NHN A; 2QTV A; 2HZY A; 3CCU A; 4X9C A; 3LW5 E; 2LT1 A; 3CCM A; 4ZN1 A; 2HQX A; 5LJ3 h; 1BI0 A; 2CUB A; 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