4EOFA

Lysozyme in the presence of arginine
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Characterization of heat induced spherulites of lysozyme reveals new insight on amyloid initiation.
pubmed doi rcsb
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4eofA00
3QY4A 1GB7A 1ZVHL 4ZEEA 1AT6A 2EPEA 1GF9A 3IWRA 4ETEA 2YBMA 135LA 4LYCA 1IOSA 1DI5A 4GLAA 3CSRA 1LZ8A 2HU3A 1LYZA 1LTMA 1HMKA 1GFGA 4KT3A 1GF3A 1UIFA 4N5RA 4NHSA 3MGWA 1G7JC 5FEKA 3B0OA 5LIOA 1B9OA 1V7TA 2G4PA 4DD1A 3D3DA 1GHLA 4GN5C 1GB2A 2D6BA 5DLAA 1YAPA 3WU7A 1GBOA 1LZRA 1GAZA 1LZNA 3GXKA 208LA 1LSZA 5LVJA 1QSAA 3EXDA 1IWWA 2BQFA 2Y8PA 2ZQ3A 4PRQA 4U3XB 4LZTA 1LZ4A 5E4PA 1C10A 1C7PA 2BQLA 1LJHA 2XTHA 2A7FA 4WM4A 3W6EA 2MEDA 4G4BA 2VB1A 1J1PY 1BB7A 4UWVA 4HSFA 3GXRA 5FDJA 2DKVA 3TMXA 2HEFA 1IC7Y 4H90A 2F4AA 1FBIX 2BQGA 1JKCA 1YAQA 2BQKA 1C46A 1JSFA 3AW7A 5KXZA 1OQMA 1LMQA 1YIKA 3LN2A 1LZTA 3WVYA 4G4CA 3CQLA 3WH1A 2EQLA 4H9BA 2MEGA 5HMVA 4H1PA 4XJDA 1TAYA 3AGIA 1CJ9A 5KXRA 4R0FA 5DN4A 5I54A 4PHIA 4ETBA 3WU9A 1GWDA 4DD3A 1JWRA 3WUMA 1IP6A 4H92A 1WVVA 3A90A 1QTKA 3A67Y 3ZVQA 5B07A 2CDSA 4KL7A 1WTMA 1FLQA 1C45A 1REYA 3RNXA 3ULRA 1HHLA 3N9EA 5KXKA 4GLVA 5HMJA 1UIHA 1BWJA 1CNSA 1YKYX 4LT1A 4OWCA 3QNGA 3WPKA 4BADA 3WUNA 1GFTA 4G49A 2AUBA 3N9AA 4NGZA 5F9UA 1LHHA 1MLCE 4ETDA 1TDYA 5T3FA 1GBYA 5KXWA 5KKJA 4WLDA 2F2NA 2MEFA 5L3HA 4B4JA 1XSFA 4GCFA 1B7PA 2FYDA 3B0KA 4WM3A 5B1FA 3D9AC 4XJBA 1XEKA 2DQAA 4YEOA 2XJWA 5AMYA 4B1AA 4B4IA 134LA 2DQEY 4DD9A 1GDWA 4H91A 3WW5A 4NG8A 1O23A 1IOQA 4WG1A 1B5ZA 4H9EA 1B0DA 4HP0A 5I4XA 1LZYA 3LZ2A 4CHXA 2F30A 5KXYA 4B4EA 4HPEA 4II8A 4W94A 1UC0A 4DDAA 3B0IA 4FJRA 4R6CA 1QIOA 4WMGA 3FE0A 3CT5A 1LJNA 4NHIA 4TUNA 2LZTA 1GFJA 1B7MA 1JPOA 3F6ZA 5EBHA 1HELA 4XJIA 1CKGA 1WQRA 1CJ8A 5LYMA 1IP3A 2DBTA 5LVIA 4OWEA 2MECA 2ZYCA 4YEMA 6LYZA 1LJKA 1LZ5A 5LYTA 153LA 4ETAA 4MCKA 1H6MA 3A95A 5LXWA 2MEBA 3WW6A 1OUJA 1GBSA 1HEQA 1W6ZA 1ZMYL 2D91A 1XGUC 1G7LC 1LZ6A 1LMOA 2DQFC 1BB4A 1DXJA 1NKHA 1CJ6A 4H94A 2IFFY 4BS7A 5FELA 2DQCY 5LA5A 4NHQA 1OP9B 1VATA 3BKHA 3LYMA 4OOTA 5J7CA 2C8OA 4LYOA 1HEOA 1NF5A 1NWGA 5F14A 2WARA 9LYZA 5B1GA 3A6BY 1N4FA 1GEVA 2ZILA 1LCNA 1HF4A 1D0LA 3TXGA 5IHGA 1NHEA 1IWZA 1XEJA 1OUAA 3FI7A 4LYZA 3TMVA 1LJ3A 3M3UA 1GE0A 4NEBA 1LHKA 1JSEA 1LHMA 2XBSA 3J4GA 4XN6A 1B5XA 1GF6A 3B6LA 3WMKA 2ZIKA 4BAFA 1BHZA 3A8ZA 1IP4A 1JUGA 1WQPA 2B5ZA 2BQBA 1BB6A 1OUFA 4H9IA 1IP5A 4LFPA 1GB0A 1DKJA 1LHJA 4I0CA 1YL0X 1LYSA 2HECA 1FDLY 1JKAA 4J1AA 5KXXA 1JKBA 4N9RA 4FDYA 4Z98A 2I26L 1W08A 1LSBA 4HJVA 4WO9A 4DD7A 2YDGA 1UUZC 4Z41A 5KXNA 1KIPC 2Z38A 4N1CC 4DDBA 2Z2EA 8LYZA 4GCCA 1IP1A 1NDGC 5HNCA 5KKIA 5LVHA 4WG7A 2EIZC 1LMNA 1BVXA 1CKFA 4OWHA 1QSWA 4J7VA 2Q0MX 4EMNA 2Z19A 1GFUA 1OUCA 4N1EI 5HNLA 1QDTA 5I53A 1T3PA 1KXYA 1D9UA 4IJ4A 1LSGA 1IWVA 1EL1A 4ETCA 1HFYA 2YBJA 2I25L 1GF0A 5LAFA 1NBZC 4GN3A 5HQ1A 3AB6A 2ZNWY 5C6JA 4LT2A 1LSPA 1LJ4A 1VAUA 1GBZA 3CT0A 2XBRA 3G3AB 4NSJA 5IELA 2BQHA 4ET9A 1OUGA 3HBDA 1I56A 3P66A 2N5ZA 3IJUA 154LA 4HTKA 1LSNA 4P2EA 1JITA 1GF4A 4IATA 1VFBC 4WL6A 1JKDA 1A4VA 3WPJA 1I1ZA 3AJNA 2H9KA 2W1YA 3AGGG 3EBAB 1AT5A 2IHLA 3HBEX 3TXJA 4C5FA 1XGTC 1IY3A 2ZQ4A 1GF7A 5APDA 4RDSA 4WM5A 1YAMA 1CKDA 4XJHA 1D0MA 1F6SA 1BWIA 2YVBA 1LMCA 1NBYC 1IP2A 1AKIA 1GFEA 3QE8A 1HFZA 4KPMA 4NGOA 3W6BA 1GFAA 1FKVA 5KJ9A 1KXXA 3E3DA 5C6IA 1DQJC 3TMUA 1ALCA 1CKCA 3J6KA 1KIQC 3P64A 5LYZA 1GB6A 4NGWA 1HENA 1TEWA 4TTDA 3W6FA 194LA 3RT5X 4NWHA 1YKZX 1QUSA 5KXPA 3T6UA 3LYOA 3WUAA 1AM7A 1IOTA 4WLXA 1QTEA 4LYMA 2EKSC 2Z18A 4OOOA 6LYTA 3A91A 4D9ZA 4WLYA 1DPWA 1YANA 5ILCA 5JENB 1WQMA 1A2YC 5IDDA 2LYZA 2HEAA 4N8ZA 1YROA 1JTTL 3A34A 4NSHA 5FCPA 2HUBA 1GB3A 1JEFA 1E8LA 193LA 4LYTA 1IC5Y 5APCA 4ANRA 1JJ1A 1IX0A 1FN5A 1C08C 1LSEA 1WVUA 1PZYA 1IEEA 2HEDA 3BKVA 1FLYA 1IWTA 1J1OY 1GB9A 1OUEA 2A7DA 4AXTA 1IWYA 4QGZA 1RI8B 4NGKA 4BAPA 1JISA 1LAAA 3ZVQB 5C6LA 3CSZA 1WTNA 1JTOL 4QDNA 3ATNA 4HTNA 1UIDA 1REZA 5D5CA 5K7OA 1XGRC 2Z37A 3A3RX 1HERA 1YQVY 2G4NA 1NMMA 1XGQC 4HV2A 5A3EA 2W1XA 4OWAA 1H87A 1LSFA 1IVMA 1UBZA 2CGIA 1BQLY 1GE4A 5KXOA 1B5UA 4DC4A 1BB3A 2YBIA 3B72A 4EOFA 2DQGY 1LKRA 1I20A 4YOPA 1Z55A 2LYOA 1UIBA 5F81A 1SLYA 1IIZA 4MSTA 4DYGA 4PPOA 1B2KA 1D6QA 1YKXX 4H93A 4NY5A 4NWEA 4NGIA 3T36A 1F6RA 1NQIA 4YENA 1WQNA 2I6ZA 1IR7A 1LZAA 1UCOA 2HEBA 2H9JA 3WU8A 1SQ2L 5DN5A 1LMPA 4X3BA 5APEA 2ZIJA 1KXWA 1OUBA 4HPIA 1LHIA 1WQOA 5II3A 2D4KA 4WLTA 4HJZA 3P4ZA 4O34A 1J1XY 1LZDA 2YBLA 4H8XA 1LJJA 4NIJA 1LZCA 5D5FA 4DT3A 4DDCA 2BQCA 1TBYA 1G7HC 4UWUA 1GFHA 5ILFA 2BLXA 2X0AA 1VDPA 1LZ9A 2DQIY 2LHMA 1REMA 3A96A 3WULA 5LINA 5I5QA 3LYTA 3TMWA 4NSIA 2HU1A 3WYHA 4B0DA 4ZFPA 2BAAA 5FHWA 1IY4A 1PS5A 3K3TA 1GPQC 4HV1A 4LFXA 4M4OA 4RLNA 1HC0A 1LJFA 4RW2A 1LSDA 2PC2A 5L9JA 1VDTA 4WM2A 1B7QA 1B7RA 4G9SA 1B7OA 1FLWA 1B7LA 3WPLA 3AZ5A 3G3BB 4LT0A 4XJGA 4I8SA 1JJ0A 1LZEA 4LGKA 5A3ZA 2BQJA 5F9XA 1DI3A 1DKKA 3OK0A 1EQ4A 1GE2A 3ZEKA 1FLUA 1HSXA 1JIYA 1VEDA 4NSGA 132LA 3P65A 4NFVA 2ZWBA 5APFA 1GDXA 1IC4Y 4ML7A 133LA 1C43A 1UIAA 4G4HA 4TSBA 1D0KA 3RZ4A 1GE3A 1UICA 4CFPA 1LMAA 4GCBA 5B06A 1WQQA 4A7DA 1EQ5A 5DM9A 2Z2FA 207LA 2H5ZA 1AZFA 3ATOA 4H9CA 3A6CY 3CB7A 5B05A 4MR1A 3HFMY 1MELL 1UACY 1V7SA 2BQIA 1XFPL 1LOZA 4WM1A 4LT3A 1P2CC 3A94A 2W1MA 1DI4A 3WVXA 1YAOA 4NHTA 4Z46A 1G7MC 1LKSA 4OW1A 1LSYA 3N9CA 4J1BA 1LSMA 2YBNA 2BQEA 4HTQA 5LAGA 1JHLA 1NDMC 2C8PA 2W1LA 1GAYA 4XYYA 1T6VL 1UIGA 1VDSA 2CWIA 1B5YA 2GV0A 2ZNXY 4GCDA 5DL9A 3A92A 4NGJA 4NGVA 4UWNA 3RW8A 1HSWA 3VWOA 3WXUA 1GF5A 2LZ2A 4XENA 4QY9A 1GBXA 2ZYPA 1DZBX 3W3EA 2DQDY 2MEIA 2BQMA 1RJCB 1HEMA 2BPUA 1B5VA 2F4GA 4DWXA 4CJ2A 4GN4A 2Z12A 1LZBA 1QQYA 2RSCA 2BQDA 1IR8A 1JJ3A 4H8YA 4PJ2C 4WOAA 4L41A 4DD0A 2YBHA 2BLYA 3EO5A 1GF8A 4H8ZA 1LJEA 5L3IA 3M18B 1B5WA 1BVKC 1XGPC 3AZ4A 5LA8A 5M1YA 2HTXA 4ET8A 4TSCA 2MEEA 1IO5A 2Z39A 2CJLA 1KIRC 5KY1A 3AZ7A 1QDRA 1RCMA 4W96A 1GB5A 1G7IC 1IOCA 2FBDA 1HEPA 4HJYA 4IASA 1EQEA 3AYQA 4PRUA 5FSTA 1XEIA 3TXKA 1HMLA 3TXDA 1LJGA 1DPXA 3P68A 4H9HA 1LPIA 1LHLA 1GFVA 4N0JA 1LZ1A 1LZSA 5I4YA 3LYZA 4TX7A 3TXIA 1GE1A 2D4JA 2DQJY 4NG1A 4WL7A 1IWXA 1GEZA 2NWDX 1OUDA 1GXXA 5KXSA 2G4QA 4KXIA 3W6DA 1YILA 5KXLA 1INUA 1IR9A 1LYYA 4PGJB 1B7NA 2D4IA 5F16A 1LSCA 1JTPL 1TCYA 4WO6A 1BB5A 1F10A 1YL1X 4NHPA 4RW1A 3AGHA 4AGAA 3LZTA 5LVKA 1LSAA 3A93A 4NGYA 1GD6A 4OWBA 4M6DA 2MEAA 5HLLA 3TXFA 4E3UA 1CJ7A 1RE2A 1B7SA 1OUIA 2BQNA 2DQHY 3AZ6A 3LHMA 3WL2A 3RU5A 2BQOA 3CSQA 3SP3A 1LJIA 1LMTA 4Z3MA 5E9RA 3WXTA 3AW6A 1D6PA 4TWSA 1QUTA 1IP7A 3KAMA 3TXHA 4XADA 1GFRA 1FKQA 5LVGA 1VDQA 2HEEA 1F0WA 4DD2A 4QEQA 1GBWA 1LYOA 3EMSA 3OJPA 4CFOA 1OUHA 1BGIA 3TXBA 1IORA 4YM8A 7LYZA 4J0LA 3IJVA 3W6CA 1REXA 2YSSC 4RLMA 5KXMA 1ZVYB 3A3QA 4NGLA 4B49A 2MEHA 4H9AA 1HFXA 3HBHA 4H9FA 1RFPA 4XJFA 3TXEA 1UA6Y 3W6AA 5I4WA 1IWUA 1ZV5L 1UIEA 5KXTA 4WM6A 1HNLA 1CKHA 1GXV2 1HEWA 3CT1A 4YF2A 2BQAA 4CGEA 1GFKA 5B59A 1BWHA 1LZGA 2FYCA 2LYMA 4LYBA 4GCEA 2FBBA 4ZIXA 4C3WA 1GB8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OE0A 1IOSA 1DI5A 3DN8A 3CSRA 1L33A 1PQOA 1LYZA 229LA 111LA 148LE 1CUPA 1UIFA 3MGWA 1L77A 1V7TA 3HDEA 1GHLA 2D6BA 5DLAA 1C6FA 1G0GA 1L63A 1LSZA 5LVJA 1QSAA 3OE6A 143LA 2BQFA 2ZQ3A 4PRQA 110LA 113LA 1C10A 1C7PA 139LA 2A7FA 1QTZA 162LA 4G4BA 2VB1A 2RBNA 5FDJA 4H90A 1IC7Y 1FBIX 2BQGA 1L94A 1OQMA 1LMQA 2ANXA 3K2RA 131LA 3HT8A 1OYUA 215LA 4H9BA 4H1PA 4PHIA 183LA 3WU9A 170LA 4DD3A 3WUMA 1WVVA 1WTMA 1REYA 1C45A 1HHLA 5HMJA 1CV5A 3QNGA 3WPKA 4LT1A 1YKYX 1GFTA 2F2QA 2F2NA 2MEFA 1DYDA 4ARLA 3HH4A 3HUAA 3WW5A 4NG8A 2B73A 4WG1A 2LC9A 1D3MA 1L35A 5KXYA 4HPEA 3V2WA 1CX7A 4FJRA 4R6CA 1B7MA 1PQKA 2RB2X 1CJ8A 2MECA 2ZYCA 1LJKA 5LYTA 1QT3A 3CDOA 118LA 1H6MA 3A95A 1C6KA 2IGCA 1LMOA 1DXJA 1CJ6A 176LA 2O79A 2IFFY 4H94A 161LA 5J7CA 1G1VA 233LA 1HEOA 1NF5A 145LA 1QT5A 9LYZA 5B1GA 1GEVA 2ZILA 4BAFA 2OU8A 1C6QA 3GUMA 2B5ZA 2BQBA 3HU8A 3G3WA 1LHJA 1YL0X 1LYSA 2HECA 230LA 1LWKA 1C6GA 4N9RA 199LA 2I26L 4OO9A 4DD7A 4LDEA 3PBLA 1L36A 4DDBA 1NDGC 238LA 5HNCA 5KKIA 197LA 1LMNA 2Z19A 2HUKA 241LA 1QS5A 1LSGA 3DNAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3QY4 A;  1GB7 A;  1ZVH L;  4ZEE A;  1AT6 A;  2EPE A;  1GF9 A;  3IWR A;  4ETE A;  2YBM A;  135L A;  4LYC A;  1IOS A;  1DI5 A;  4GLA A;  3CSR A;  1LZ8 A;  2HU3 A;  1LYZ A;  1LTM A;  1HMK A;  1GFG A;  4KT3 A;  1GF3 A;  1UIF A;  4N5R A;  4NHS A;  3MGW A;  1G7J C;  5FEK A;  3B0O A;  5LIO A;  1B9O A;  1V7T A;  2G4P A;  4DD1 A;  3D3D A;  1GHL A;  4GN5 C;  1GB2 A;  2D6B A;  5DLA A;  1YAP A;  3WU7 A;  1GBO A;  1LZR A;  1GAZ A;  1LZN A;  3GXK A;  208L A;  1LSZ A;  5LVJ A;  1QSA A;  3EXD A;  1IWW A;  2BQF A;  2Y8P A;  2ZQ3 A;  4PRQ A;  4U3X B;  4LZT A;  1LZ4 A;  5E4P A;  1C10 A;  1C7P A;  2BQL A;  1LJH A;  2XTH A;  2A7F A;  4WM4 A;  3W6E A;  2MED A;  4G4B A;  2VB1 A;  1J1P Y;  1BB7 A;  4UWV A;  4HSF A;  3GXR A;  5FDJ A;  2DKV A;  3TMX A;  2HEF A;  1IC7 Y;  4H90 A;  2F4A A;  1FBI X;  2BQG A;  1JKC A;  1YAQ A;  2BQK A;  1C46 A;  1JSF A;  3AW7 A;  5KXZ A;  1OQM A;  1LMQ A;  1YIK A;  3LN2 A;  1LZT A;  3WVY A;  4G4C A;  3CQL A;  3WH1 A;  2EQL A;  4H9B A;  2MEG A;  5HMV A;  4H1P A;  4XJD A;  1TAY A;  3AGI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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