4EP3A

Crystal structure of inactive single chain wild-type hiv-1 protease in complex with the substrate ca-p2
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
203
structure length
198
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEILGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGMTLNFPQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEILGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGMTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase substrate
molecule keywords protease, tethered dimer
publication title Structural, kinetic, and thermodynamic studies of specificity designed HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 44
structure length 198
sequence length 203
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-04-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ep3A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4ep3A02
2WL0A 3DK1A 5JODA 4J0ZA 4F73A 3B80A 5C9FA 3OY4A 4I11A 5P41A 2OHUA 1F34A 3QVIA 2PK5A 1SGZA 5P3EA 1HPVA 1SMEA 5P59A 5P8SA 4DUSA 3I8WA 3OU1B 5P5XA 5OZBA 2P8HA 1SP5A 5P2NA 5P8IA 5P0DA 1Q9PA 4I8ZA 5P6RA 4ZLSA 3INDA 1WBMA 3OUAA 5P36A 2OHRA 3TPJA 5HDXA 5P5SA 5P6YA 1QBUA 5OZAA 1TCXA 3QRVA 4Y3LA 2P83A 5P65A 4LC7A 4I0IA 1Z1RA 4J55A 1LYAA 2WF1A 3UHLA 1MSNA 3D3TA 2QZLA 3O9DA 3L5BA 5OZ8A 3Q6YA 4LXKA 5P35A 3T7PA 4JOOA 4Y5PA 4FM7A 3S8IA 3JW2A 4DQFA 3TPPA 4EYRA 1QBSA 2QAKA 5P3FA 1TW7A 5P1MA 2FS4A 5KQXA 3TNEA 2I4UA 4NJSA 5P0OA 5P2OA 4FSEA 4Y3HA 2Q11A 1G0VA 5P5EA 5P0KA 4CPTA 4CPWA 2HC0A 5P03A 1E81E 5P2LA 3LNKA 1HTRB 4B1CA 5P2HA 3TTPA 2PSVA 5P1GA 1GVXA 2O4KA 1DMPA 2ASIA 4COEA 4DJYA 4A6CA 5P08A 2QMPA 4I10A 4EQ0A 1APUE 2QZKA 1HVKA 1T7IA 3EBZA 5P60A 3URLA 4I0GA 5P63A 1HTFA 1MUIA 5P3PA 2VJ6A 5KQZA 2QZXA 3WSJA 1WBKA 1YTIA 3JVYA 3UDJA 1SDUA 3KFSA 5P6JA 2QU3A 5OZCA 3DUYA 4QJ6A 5P5RA 1EC0A 1MPPA 2NPHA 5P86A 1ZSRA 3TOGA 1A94A 3BC4A 5OZZA 5P7BA 1HVSA 2OHNA 5P25A 3URJA 3BGBA 5P69A 4NJVA 3Q5HA 2FDEA 5ER1E 4BFBA 1GKTA 4R91A 1PROA 1FG8C 3IN4A 1BV9A 5OZWA 1A9MA 5AH6A 3HBOA 4J5JA 5P6WA 3K5CA 2AOEA 5P7GA 4MC2A 1U8GA 3L59A 4ZE6A 1JLDA 1ZPAA 2AVMA 5P70A 1AAQA 4Y54A 4AZYA 5P0QA 1ODYA 3NSHA 5P0HA 5HU1A 5AH7A 1FQ7A 3NU9A 3SKGA 2Q63A 4DVFA 4KUPA 3S43B 3S2OA 4Y3TA 2EWYA 5P78A 5P0PA 1B5FA 3KMXA 1RPIA 3QAAA 2VNNA 1EPPE 5P33A 4FRJA 1LYWA 3GW5A 2NR6A 5HCOA 2HB3A 4B77A 1GVWA 3OXVA 3BHEA 4D83A 5P1XA 5P5CA 5P62A 4Y45A 3UQUA 3OU1A 3OXCA 4I12A 1FFFC 4B05A 4Q5MA 3HVPA 1APVE 5P05A 5P27A 4J1KA 2NXDA 3LIVA 4KB9A 5P8CA 5DGWA 2QI3A 5P2XA 5P4KA 4EP2A 3VYFA 4APEA 1PPME 3I25A 1EPLE 5P5OA 5BRYA 4DQHA 4Z4XA 3UQXA 5P7IA 3SA3A 5OZXA 1QS8A 4HEGA 4Y37A 2A1EA 5JFPA 3IXKA 5P89A 2NTRA 3S53A 1HVCA 5P4OA 1LV1A 2WF0A 5OYWA 5ISJA 4FAFA 2ZJJA 3HDKA 3OHFA 2B8LA 2G1OA 4R95A 4AMTA 5P74A 1XL5A 5P3OA 2IGXA 4X7IA 3K1WA 5P3UA 3CYXA 4WY1A 1ZAPA 4Y5EA 4Y3PA 1FQ5A 4RCEA 5P2JA 2VA7A 5P13A 3ZKMA 4UPJA 3PWMA 5P1UA 1FIVA 5P4RA 2VS2A 3ZMGA 5P0VA 1C70A 3UCBA 2AZ8A 1FQXA 5P2AA 3PSYA 3OGPA 5P6PA 5P5NA 5P1YA 5SZ9A 3FIVA 4Y5NA 5P4BA 1HVRA 3EL0A 5IVTA 1D4SA 5P0CA 1Z1HA 1B6JA 3DV5A 5P8TA 2AZBA 5P6NA 6UPJA 3DM6A 1UH9A 1MEUA 4Y57A 4Y4AA 1LYBB 4OC6A 4TRYA 1HPSA 5P23A 2QI7A 2G1NA 1BILA 5P1KA 5P45A 1LS5A 2BKTA 5P8DA 3NDXA 1B6LA 2VIZA 3EMYA 4DFGA 5P7YA 2WEAA 3TL9A 3VCMA 1MT9A 4R5NA 5ENMA 5P7SA 3OUBA 3NDWA 5P87A 3LIQA 4HE9A 5P7ZA 1YT9A 4YDFA 3R4BA 5P18A 4Y9WA 1HPOA 4J0PA 4CPRA 3LIYA 4Y3GA 5HDUA 4Y6MA 4Z22A 3Q4BA 5P8LA 3BUGA 1MIQA 2ZHTA 1B11A 3K5DA 5I3XA 5P1EA 1G6LA 4IVSA 5F01A 5T4SA 4Y3YA 3O9BA 3SACA 4DJPA 3PI0A 1FFIC 2B7FA 8HVPA 5BWYA 4TRWA 2QI4A 5P80A 3UQWA 5P57A 1MESA 3R0YA 5P2YA 2RSPA 4R92A 4RVXA 5OYQA 4IVTA 4TVHA 3T11A 5COKA 5P02A 3SFCA 2P3CA 5P4JA 4DV9A 4YD6A 2UXZA 4DJQA 3S43A 5P6TA 5P0XA 1OEXA 5P84A 3S45A 4J0YA 4R8YA 4CPUA 5P5DA 3OADB 4BELA 5P4MA 3MSLA 3EL4A 1TSUA 2NXMA 2QHZA 3JVWA 5P50A 3KF0A 5F00A 3NU6A 1W6HA 5P1ZA 3SPKA 3BGCA 5P72A 2Q15A 2ZHRA 4DQGA 5P2SA 2IGYA 1LEEA 4F75A 4Z2ZA 1HHPA 2WKZA 4LXAA 1K6PA 4EJKA 3LZSA 5P3GA 1SH9A 3PLDA 5OZVA 3CKPA 3PJ6A 3GI4A 2G1YA 4WTUA 5P49A 5KR8A 3FSMA 5P7WA 4GJ7A 2G22A 4Y3ZA 1QRPE 1RV7A 4Y4EA 3RTMA 1HVHA 3KMYA 2AOJA 3CYWA 4B1EA 2F3EA 2OHQA 2V10C 3EM3A 5BS4A 2HPFA 5P15A 3PSUA 4AUCA 4J1EA 5P64A 5P46A 4YOAA 5P6AA 5P7KA 1APWE 4LL3A 3H0BA 2WF3A 5DQCA 4YD7A 3QROA 6FIVA 5OZ7A 3AIDA 1LF3A 5P4IA 5SY2A 3UTLA 4EPJA 2O40A 3PHVA 1NSOA 1D4KA 2HAHA 3WZ8A 5P31A 5P7TA 4A4QA 4Y3QA 2IKUA 1G2KA 5P5VA 3OHHA 1EPQE 5DR4A 2BBBA 3NXEA 5P61A 2I0AA 3VYEA 5P55A 4B00A 4YD3A 4KE0A 5DR0A 5DR3A 3HZCA 4YD4A 5P8HA 4YD5A 2Q5KA 4FL8A 3I6OA 3EKTA 2G26A 5P5AA 5P0GA 4FE6A 2QD8A 2XFIA 4Y4TA 4Y56A 5P3XA 2PC0A 1KJ4A 4Q1YA 1HSGA 5P8VA 5P04A 2I4VA 5HD0A 1EPME 1GNOA 1SBGA 3KT5A 2I0DA 5KAOA 4Y5MA 2B42A 5P07A 4YE3A 1APTE 3IVHA 1EBZA 5P2EA 2I4QA 5AHAA 3RTHA 3VSXA 2QMGA 5P5WA 2QHYA 3L58A 2ER7E 2CEJA 2WHHA 5P7MA 1YX9A 3MSJA 3PWWA 4K9HA 4K4QA 3EKPA 4Y3XA 3OAGB 5P0EA 3SA6A 5OZ3A 4ACXA 3OQKA 3ZKGA 3OXWA 3T7XA 5P1PA 1PSNA 4Y3AA 1B6MA 3L3AA 2AZCA 3UFNA 2R3WA 3TPRA 5P0BA 4Y5BA 3QBFA 2WECA 1KJHA 2HIZA 4EJLA 4Y4DA 5P7EA 2QI0A 3OOZA 4Y3NA 3VV7A 3MWSA 2Q55A 3CIBA 5HU0A 2B8VA 2QMFA 3QS1A 1M0BA 4Y4JA 5APRE 2FIVA 1MSMA 2QZWA 5P4TA 1TSQA 2NNKA 4Y3RA 4WY6A 1NPAA 5P7HA 3TKGA 5P4DA 1AZ5A 3OADA 4Y44A 4F76A 5P8OA 2FDDA 4H3FA 2JJJA 4Y48A 2IDWA 4DJXA 5P16A 1ZPKA 3MXEA 1IZEA 4Q1WA 5P3VA 5P5UA 5P4EA 3LPIA 5P48A 3O9LA 4DJRA 5P3IA 5KQYA 5P3YA 1FQ4A 1ZTZA 3SM1A 3PBDA 1IZHA 4GB2A 1K6TA 5P1HA 1SMRA 2IKOA 2NMZA 2XYEA 4RRSA 2ZJMA 5KR2A 4OBKA 4K8SA 3IAWA 4OBZB 5P7LA 4J54A 3O9IA 5P58A 2ZYEA 1N49A 1AVFA 2O4PA 3OUCA 4Y3DA 5OZ4A 5P0IA 3NU5A 3OQAA 5P5FA 1AJXA 2I4DA 4GMIA 1HXBA 4QJ7A 4FS4A 1SDTA 1E82E 2UY0A 3T7QA 5P2MA 4S1GA 1GVTA 4JECA 3U6AA 5P2GA 2R43A 4FM8A 3BXSA 2ZJNA 3LZVA 5P0NA 4I0EA 1CPIA 5P8JA 5HE4A 3KFRA 1FGCC 1HIHA 3PCZA 3TH9A 1BWBA 4Y4XA 1EBYA 1HRNA 3DV1A 4CPSA 2V00A 3QPJA 4Y4WA 5P10A 2UPJA 3OOTA 1YM4A 5P5YA 5JG1A 2IS0A 3D91A 4XKXA 3UF3A 4ZPGA 3TOHA 5P4QA 3HD8A 3SQFA 4RZ1A 3O9CA 4NPUA 4RYCA 1EC1A 1FKNA 5P4LA 4AA9A 1FG6C 3NXNA 5P6VA 5P37A 3CMSA 3OUDB 5P75A 4GJAA 5P42A 4ZIPA 2FGUA 5OYTA 2IQGA 5OZKA 3R1GB 5P2WA 4I0DA 3ZPTA 2PYNA 4YBIA 4PYVA 4ZEAA 4B1DA 4OBFA 4L7JA 3G70A 4GJCA 5C9BA 4M8YA 2AOIA 1A30A 5P0SA 7UPJA 4DJWA 5P4NA 1VIKA 2F80A 5P3AA 5P82A 4FRKA 3T3CA 4HLAA 2BPWA 1CZIE 4LBTA 3SKFA 3QI1A 1TCWA 2HB2A 1FLHA 4Y51A 5P88A 2AZ9A 2V0ZC 2R5PA 4B78A 5P4SA 5KOQA 3EKWA 4Y36A 5P7DA 5P2DA 5P0LA 1A8KA 5P0ZA 5P8BA 1RQ9A 2ZJHA 4Y5LA 4JPEA 2QNQA 5P7CA 3OK9A 5UPJA 5P8RA 1K1UA 3ZKIA 5P51A 5P44A 4L7HA 1W51A 5P3MA 5DR7A 2QNPA 2G21A 1BBSA 1LZQA 2I1AA 3LPJA 4RRNA 3O99A 4PPHA 2WEDA 3S7MA 5I3VA 2F3FA 2OHPA 2PSGA 4Y35A 4FAEA 5P39A 4J1FA 3F9QA 5P6BA 4Y38A 5P3RA 5P5HA 3O9EA 5P3ZA 4I0ZA 5P1LA 3NU3A 4I0JA 3EKVA 2FNSA 4L7GA 4QJAA 5P2RA 1HSHA 4FCOA 3L5DA 4ZPEA 1BVGA 3RSXA 3N4LA 3PLLA 1GNNA 2BQVA 1META 2CENA 2QD7A 2ZHUA 5P3CA 1ZP8A 3UDKA 2PWRA 2PSUA 3NUJA 1W5VA 3VV6A 5P4AA 5EZXA 3EKQA 1SIVA 2BPVA 3GGVA 3EKXA 5P0TA 5P8AA 3CICA 3G6ZA 1UH8A 5P3NA 5HTZA 3EL1A 5P8EA 3MXDA 4EXHA 5P3LA 3SLZA 1XL2A 3NWXA 2AVVA 1EC3A 4GJBA 3VLBA 1EAGA 1NH0A 5P3TA 5P5IA 4Y5CA 5C9DA 5DGUA 2APRA 1OHRA 2ER0E 5P5KA 4PZWA 5DQ1A 7HVPA 3K5FA 1K6CA 2RKFA 4J17A 5P1QA 4QJ8A 2AQUA 2P3DA 2OHMA 5OZUA 3HW1A 5P0YA 4Y4BA 3S54A 1W5XA 3EM6A 3A2OA 3IN3A 1D4JA 1E80E 2IRZA 2PH6A 3UDNA 1OEWA 4YHQA 4Y3JA 3ECGA 2R8NA 5P8GA 4RGHA 1C6YA 5OZQA 5P6CA 3I7EA 3SA9A 2Q54A 3UDYA 1FMBA 1HOSA 1C6ZA 5P2QA 3WZ7A 4MC9A 1K6VA 4L6BA 4Y4UA 5P1RA 2FNTA 4J1HA 1EBWA 3FNUA 3L5EA 3OUDA 4D88A 4FRIA 5OZMA 1HTGA 2A4FA 4CPQA 5P30A 5P14A 5P6GA 1F7AA 5P1FA 5P5GA 4K4RA 2B7ZA 3ZKXA 5OZGA 3DCRA 3O9GA 2FXEA 2AOHA 5EZZA 3OXXA 2ZJKA 2G1RA 4YDGA 2FGVA 5P09A 1IDAA 3EC0A 4DH6A 2HS1A 3OQFA 5COOA 4EQJA 3UDRA 5OZLA 4FGXA 5P32A 2ER6E 4ZSQA 5P2ZA 3VEUA 2B60A 3ZL7A 2JYSA 4GJ8A 2F81A 1IVPA 2OHKA 1BV7A 2G20A 3IXOA 5P5LA 3LPKA 3M9FA 5P73A 5P4PA 3PBZA 4Z50A 5P0FA 1KJGA 2I4WA 3QN8A 1QDMA 4MC1A 5IVRA 1UH7A 1D4YA 5P1VA 5AGZA 4FM6A 2HPEA 4U7QA 3ER3E 4Y4GA 3PEPA 1BDRA 4Y50A 2WF2A 5IVQA 2G94A 3NUOA 4FSLA 4DPIA 5P6LA 1D4LA 2MIPA 4EHCA 4YCTA 5J25A 4HDPA 3OTSA 3RU1A 5OZ9A 2OHSA 2R38A 2F8GA 2V12C 4GYEA 4EWOA 3B7VA 4OBJA 2WJOA 1FEJC 3SABA 4RLDA 5P17A 3IXJA 3IVIA 3PRSA 3RSVA 5P0AA 5P4CA 4GJ9A 3IGBA 5DR1A 5P4VA 4GIDA 2R5QA 4NKKA 4H3GA 3FKTA 3PI5A 1MERA 4BFDA 2I4XA 4Y5GA 3AUPA 5OYXA 4I0HA 2ZGAA 3EM4A 4APRE 5P8NA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2WL0 A;  3DK1 A;  5JOD A;  4J0Z A;  4F73 A;  3B80 A;  5C9F A;  3OY4 A;  4I11 A;  5P41 A;  2OHU A;  1F34 A;  3QVI A;  2PK5 A;  1SGZ A;  5P3E A;  1HPV A;  1SME A;  5P59 A;  5P8S A;  4DUS A;  3I8W A;  3OU1 B;  5P5X A;  5OZB A;  2P8H A;  1SP5 A;  5P2N A;  5P8I A;  5P0D A;  1Q9P A;  4I8Z A;  5P6R A;  4ZLS A;  3IND A;  1WBM A;  3OUA A;  5P36 A;  2OHR A;  3TPJ A;  5HDX A;  5P5S A;  5P6Y A;  1QBU A;  5OZA A;  1TCX A;  3QRV A;  4Y3L A;  2P83 A;  5P65 A;  4LC7 A;  4I0I A;  1Z1R A;  4J55 A;  1LYA A;  2WF1 A;  3UHL A;  1MSN A;  3D3T A;  2QZL A;  3O9D A;  3L5B A;  5OZ8 A;  3Q6Y A;  4LXK A;  5P35 A;  3T7P A;  4JOO A;  4Y5P A;  4FM7 A;  3S8I A;  3JW2 A;  4DQF A;  3TPP A;  4EYR A;  1QBS A;  2QAK A;  5P3F A;  1TW7 A;  5P1M A;  2FS4 A;  5KQX A;  3TNE A;  2I4U A;  4NJS A;  5P0O A;  5P2O A;  4FSE A;  4Y3H A;  2Q11 A;  1G0V A;  5P5E A;  5P0K A;  4CPT A;  4CPW A;  2HC0 A;  5P03 A;  1E81 E;  5P2L A;  3LNK A;  1HTR B;  4B1C A;  5P2H A;  3TTP A;  2PSV A;  5P1G A;  1GVX A;  2O4K A;  1DMP A;  2ASI A;  4COE A;  4DJY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4CMS A;  4Y4Z A;  2HS2 A;  4EJ8 A;  1LYA B;  3OU4 A;  1FQ6 A;  5P6Q A;  5P11 A;  4L1A A;  5P34 A;  3ZLQ A;  3PCW A;  5I3W A;  1BAI A;  3SA5 A;  3NDU A;  3GI6 A;  2RKG A;  4B70 A;  5TOL A;  5OZP A;  3C9X A;  5IS4 A;  3OQD A;  1M4H A;  3UQP A;  3BUF A;  4Y3E A;  4Y47 A;  3O9L B;  5HCT A;  5P81 A;  5P7Q A;  5P8M A;  5DQ2 A;  5P6K A;  3INE A;  3QBH A;  3INF A;  2VNM A;  1BWA A;  3APR E;  1OD1 A;  3VUC A;  4JP9 A;  5P0U A;  1BDL A;  4CKU A;  5OYZ A;  4I0F A;  2HB4 A;  1SIP A;  3L38 A;  1T6G A;  3D1Z A;  2PWC A;  2V13 A;  1XDH A;  5DR8 A;  3RTN A;  2FXD A;  5OYV A;  3OQ7 A;  1MTB A;  3SAA A;  1XE5 A;  2P3B A;  3PMY A;  3PMU A;  4JPC A;  3GGA A;  2BKS A;  2V11 C;  5OYU A;  3D20 A;  5P2C A;  4QJ9 A;  3APP A;  3GI5 A;  4HA5 A;  3D1Y A;  4Q1X A;  1IDB A;  1HII A;  3EXO A;  2VIY A;  1ODX A;  4H1E A;  3S7L A;  5P40 A;  5P6D A;  2WEZ A;  3Q3T A;  5I70 A;  1IBQ A;  5P3B A;  3EL9 A;  4R93 A;  5OZH A;  3Q70 A;  5P67 A;  5P3S A;  5P0W A;  5P1C A;  5P2B A;  1DIF A;  4Y43 A;  2AVS A;  2OHT A;  2Q3K A;  4M8X A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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