4EP4A

Thermus thermophilus ruvc structure
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
166
structure length
166
Chain Sequence
MVVAGIDPGITHLGLGVVAVEGKGALKARLLHGEVVKTSPQEPAKERVGRIHARVLEVLHRFRPEAVAVEEQFFYRQNELAYKVGWALGAVLVAAFEAGVPVYAYGPMQVKQALAGHGHAAKEEVALMVRGILGLKEAPRPSHLADALAIALTHAFYARMGTAKPL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC
publication title Structural asymmetry in the Thermus thermophilus RuvC dimer suggests a basis for sequential strand cleavages during Holliday junction resolution.
pubmed doi rcsb
source organism Thermus thermophilus
total genus 54
structure length 166
sequence length 166
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.22.4: Crossover junction endodeoxyribonuclease.
pdb deposition date 2012-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02075 RuvC Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ep4A00
4C8MA 2VWKA 4PQUA 5E41A 1WAJA 4M3RA 1J53A 4HHTA 2G8FA 4J2EA 2F8SA 1Y97A 4CEFA 3IAYA 4DSLA 1VSKA 3QNNA 4FK0A 4CGDA 4F3TA 4LSLA 4JS5A 3D0PA 3V4IA 2OPPA 3V81A 3SQ1A 1JLAA 3C6TA 3QETA 1LAWA 3V9WA 3QESA 2OZMA 4OPKA 3BGRA 4CK2A 3QLHA 4B9TA 2OZSA 2DTUA 1NOYA 4DSJA 1IKXA 3ZSVA 3L3VA 1W0HA 2RN2A 3AVHA 1U49A 1SL0A 1QTMA 3AA3A 1TAQA 3DOKA 3H08A 4M41A 4NCBA 2PY5A 3CG7A 1KVCA 1UAXA 2X6SA 3VQDA 4XIUA 3OYHA 4CCHA 2QXFA 1S1VA 3WNFA 3MEDA 3SJJA 3NE6A 4PUOA 2YNGA 3CQ8A 2JLEA 4IG3A 3EY1A 4OKJA 3M8QA 4CGIA 3V1OA 4I2QA 2B5JA 1KLNA 3SPYA 2JGUA 1LW2A 4CHQA 1R0AA 4DTJA 1KVAA 4CF9A 2IOCA 3V6DA 4JRPA 1VRUA 4PY5A 3KLIA 4M45A 3AO4A 4B9SA 1RBUA 4F2RA 3AVFA 4B9MA 1NKEA 3S3MA 1SUQA 4DMNA 1WAFA 3K2PA 5T7BA 1NJZA 4M3WA 4I7FA 3VQ7A 4OLBA 5D3GA 3WNGA 4DS5A 1QSLA 4CEAA 4HUFA 4E7IA 4BDZA 4KI6A 3QEVA 3QIPA 1LW0A 4KFBA 3NHGA 2G8IA 3O3GA 3VQ5A 3E01A 5CYMA 3ZCMA 1ZBFA 1IKWA 3DLHA 1SV5A 1VSLA 2XY7A 1Q9XA 1ASVA 5KGWA 4CJQA 3OYGA 2BGGA 4DFJA 4FJIA 3K58A 3ISNC 1ZBHA 3VQ4A 2GV9A 3NH1A 3KK2A 2Z1HA 3M8SA 1ZBLA 1XI1A 4N47A 1KSPA 5FRNA 3K5OA 2HNYA 4AHUA 2HHUA 3IS9A 3DLGA 1GOBA 1VK0A 5HROA 3TANA 3AVLA 2YKMA 3S3NA 1RT6A 4CHZA 3NGIA 1X1PA 1QSYA 3P5JA 3CM5A 2FBXA 4DQSA 4DF4A 2X74A 1NK4A 3NCIA 3V1RA 4N41A 4B9UA 4OKKA 1QHTA 1RBRA 4O4GA 2Y1IA 2ZQBA 4GW6A 5K14A 5JS2A 2DFHA 1TVRA 3SUPA 3OS2A 3L2WA 1REVA 1SL1A 2E6LA 4ID5A 1IKYA 4B9NA 1Q9YA 3VA3A 3TWHA 1Z25A 3NFAA 2P5OA 1C0UA 2HNZA 3P1GA 4LD0A 3KK3A 1D8YA 4F8RA 1YTAA 4OPJA 4LH5A 3RRGA 4IG0A 2KFNA 2F96A 2QK9A 3QEIA 4ZTFA 4ICLA 1KRPA 4DQPA 3LP0A 1NJXA 1UA1A 5FDLA 1YVUA 3O4NA 3ZT2A 5J2NA 4B9LA 1TAUA 1LV5A 1JL1A 2O4IA 4FLYA 1N5YA 1L5UA 3HT3A 1XC9A 1D9DA 1ZBIA 2RKIA 2YHAA 4DU4A 2BDPA 2OA8A 3HO1A 3ALYA 3DLRA 4GVMA 4KPYA 1EP4A 1B92A 3SPZA 1W9HA 3ITHA 4K8ZA 3LP3A 5KI6A 1IKVA 1RTIA 3SV4A 4EZ9A 2RF2A 4CERA 1NK6A 3LPUA 1N6QA 4E0DA 5SZTA 2Z1GA 2W42A 3KKSA 3SNNA 4DQIA 4Q0BA 3EYZA 3HPHA 1Z26A 1X9WA 4DTSA 3KIOA 4CIGA 4W5RA 3SCXA 3MAQA 2LSNA 2YNIA 3ZSYA 3QNOA 4FLTA 3AVGA 3S3OA 1EXQA 3SUOA 4Z0UA 1JXEA 3VA0A 1HJRA 1S6QA 1I39A 1TL3A 3O3FA 3KLEA 1NK7A 3I8DA 4CJVA 3CM6A 4IKFA 1U4BA 1UOCA 3AVNA 4AHCA 2QKKA 3PY8A 3OYMA 5I42A 2ZE2A 3OYCA 4FLZA 4M3UA 4NCAA 2IS3A 4BE1A 4L8RB 4JS4A 1BL3A 3AVMA 3TI0A 4O0JA 3ZT1A 4J2DA 4CJUA 4CF1A 4CIFA 3NH0A 3QEPA 1B9FA 4OKEA 1JL2A 4F4KA 3ZSOA 4E7HA 4I9QA 2GBZA 4JLHA 4RW7A 3VQ9A 4E1MA 1WSJA 5KGXA 4FM2A 2G8UA 2BANA 1NOZA 1T05A 2OPQA 4W5TA 3NF8A 3C6UA 1DTTA 4PWDA 3QO9A 4FJ7A 4BE2A 4KHUA 4CJWA 1C0TA 1FK9A 4AHTA 3MEEA 4H8KA 5I3UA 2VG6A 3HYFA 3PX6A 4FJMA 4W5OA 4M42A 2XY6A 2G8KA 2E4LA 1C6VA 3F9KA 1WSGA 4NYNA 4IFVA 4DF8A 4E89A 1J9AA 1C1BA 2G8WA 2D0CA 4PA1A 3DOLA 4DFPA 2YKNA 2QKBA 3G0ZA 1C1CA 4J2BA 1HYZA 4OGEA 4Q5VA 1WNSA 1ZYQA 1NKBA 3M8PA 4G1QA 1L3TA 2HVIA 2KTQA 3VQPA 1QSSA 4W5NA 3AO2A 4F3OA 3AVBA 4DU1A 3OJSA 5HP1A 1BI4A 4NYFA 1QS4A 2D0AA 4KTZA 3T1AA 4ZHRA 1SKWA 1S9EA 1NKCA 1HYSA 4RW9A 1WSIA 4I2PA 3LP1A 1RT5A 1MU2A 3DM2A 3HVTA 5HLFA 4CE9A 4HUGA 4HVJA 1IO2A 1L3VA 3I0SA 2XO7A 4OLAA 1A5XA 4CEEA 1GOAA 4DTRA 1TK8A 1TV6A 3LDSA 1RBVA 3DLEA 1BQNA 3RTVA 5J2PA 1NJYA 1IG9A 4CEZA 3VQAA 3CFPA 1SKSA 3AO3A 3WNEA 2HHQA 4RW8A 1ASUA 4IFYA 4DSEA 2Y1JA 4C8OA 4ELUA 3NAEA 5CZ1A 1Q8IA 5HRPA 1VSIA 1LAVA 1KCFA 4DU3A 1HQEA 5FROA 1TGOA 1CXQA 4AHVA 4DWIA 1JLFA 4CJ4A 1LWFA 1XWLA 1NK5A 1NK9A 1CXUA 2D0BA 1CZBA 3TR8A 4B8AB 1F21A 4CJKA 3L3UA 3OYJA 3KJVA 1NK0A 4CJ3A 4CHYA 4C8NA 4CJEA 4CJTA 2G8VA 2AJQA 4E7JA 4ZTJA 3BDPA 1RDAA 1SL2A 3OYBA 3ASMA 3OJUA 1ITGA 1XHZA 4FJ5A 3SUQA 1TL1A 3PV8A 3HM9A 4FZYA 4WE1A 5JS1A 5SWMA 4CECA 4OJRA 1S9GA 4E3SA 4YFUA 1RT7A 2ZD1A 4FLVA 3QEXA 1C0MA 4QCLA 4FK2A 3ULDA 3V9SA 1L3UA 4B9VA 2EHGA 4DS4A 2VWJA 4FLXA 4CGHA 4DFMA 1T03A 3HL8A 5C42A 3AVJA 3RR8A 1XHXA 4K8XA 4FJ8A 3L2QA 4AH9A 4UQGA 3TAGA 3LZIA 4DLGA 4FYDA 3IRXA 4Z4CA 1VSJA 4DSFA 3OY9A 4M3TA 3HSTB 3AA4A 3ZT3A 3U6FA 1VSFA 2ATQA 3LWLA 1KFSA 1BISA 3QERA 4CEQA 3OYEA 1RT1A 3C95A 3AA5X 3LALA 4DTMA 1VSMA 4FVMA 3HVRA 3B6OA 2HHXA 3T3FA 3KTQA 3QIOA 4M3YA 3C94A 1BI4B 1KTQA 4YNQA 3KK1A 3SYZA 2F8TA 1S1TA 3TAMA 1IH7A 3UIQA 1S6PA 4KHWA 2FBVA 2PYLA 4FK4A 3NF9A 4HCBA 4KV8A 2I5JA 3VQBA 3AV9A 3OYFA 4FJNA 2WONA 4E7LA 4KB1A 5CYQA 1JLGA 1WLJA 2HVHA 5HRSA 4MFBA 4N76A 3OYIA 3JSMA 1JLBA 1KFDA 1S1WA 3U3GA 3L2RA 1WSFA 3DRPA 4CGFA 4BDYA 4DTPA 4O44A 3AVKA 4CJRA 5J2MA 2O4GA 1D9FA 3KLFA 2IDOA 4AHSA 1QQCA 3AA2A 4DTXA 4FJ9A 3AVIA 3RMCA 4GMJB 4F2SA 3ZSZA 5KRSA 3V9UA 4FJLA 1S5JA 4CEDA 4CEBA 1RDBA 4Z4EA 1T8EA 3LAMA 3NF7A 2YV0X 1BCOA 2D5RA 3K5LA 2XY8A 4CHNA 1RT2A 3SQ0A 4C8KA 3PX4A 3RRHA 1RTHA 4ELTA 2HHVA 3D45A 4KHNA 3ZSRA 3L2VA 1CLQA 1DTQA 1RNHA 1FXXA 3DRSA 3HPGA 4IDKA 1TK0A 4O0IA 3VQ8A 3VQQA 2GUIA 1JKHA 3PO5A 2FBTA 3ZSXA 5C25A 1RTDA 3AVCA 3OVNA 4E19A 4CF2A 1NK8A 3NGYA 3LPTA 3DYAA 3VQCA 4DG1A 3RMAA 4Z4GA 3U3YA 1TKXA 1ZBUA 2Z1IA 1B9DA 1RT3A 2Z1JA 4CFDA 4CFBA 1I3AA 2IC3A 3HPOA 3NBPA 4KI4A 4CJSA 3KD1E 1GOCA 4KRFA 3KD5E 2XY5A 1RCHA 1G15A 4FW2A 3RR7A 4CFCA 3MEGA 4DSIA 4FZZA 4CJPA 3AVAA 1RBTA 3CFRA 3ZT0A 4O55A 1LWCA 2PZSA 4DTUA 3JYTA 4AILC 4HCCA 5DK5A 1FKPA 4CHPA 4H4OA 4FJJA 1FKOA 3IG1A 3V1QA 2DFFA 3AO5A 3K57A 4KHYA 4FZXC 4CGGA 4DLEA 3V9XA 4KHSA 1HMVA 3AO1A 4EP5A 4DTOA 2PYJA 4MQ3A 4FM1A 1BIUA 2A1SA 4KAZA 3OYNA 5HRRA 1K6YA 4KTWA 3NDKA 1RDDA 2IGIA 1JLQA 2IAJA 3PUFA 2HW3A 3TAQA 2OYQA 1JXBA 1CZ9A 1VSDA 3L8BA 1X9MA 4CGJA 3OYDA 3RMDA 4OVLA 5C24A 4FLWA 3OS1A 1C1AA 4CJFA 1J54A 3LZJA 2HHSA 3G10A 4BWMA 2X6NA 2P5GA 1TKZA 1S1XA 2DFEA 3VQ6A 1O1WA 3VQEA 2EX3A 4OGCA 2BE2A 2KQ2A 3DMJA 4KB0A 1HPZA 3DI6A 3HP9A 3VN5A 4CF0A 4QAGA 3ZSWA 1T7PA 3OYKA 1RDCA 1EKEA 4Z4IA 2RPIA 1RT4A 3CYMA 3QINA 3KLHA 3MXIA 3O3HA 5EU7A 3K59A 1D5AA 1BQMA 4DSKA 1J5OA 4FJGA 4R5PA 1JLCA 2B4JA 1RILA 1BGXT 3HP6A 2KZMA 4NCGA 3HXMA 4B08A 4CHOA 2XHBA 4JRQA 1ASWA 4KKOA 2ITGA 3I0RA 3OYLA 1UA0A 3ZSQA 2YNFA 3LP2A 2DY4A 4EZ6A 4CJ5A 3TARA 3SQ4A 3HK2A 3V9ZA 4N56A 2KW4A 4DQRA 2HMIA 4EP4A 1S1UA 1VRTA 3K5MA 1U48A 3L2UA 4FJHA 5KTQA 3SI6A 4CK3A 3T19A 1HNIA 4M3XA 1RBSA 2VG5A 4RW4A 4ID1A 3SQ2A 4CJLA 3OYAA 3TAFA 5J1EA 4BE0A 4ELVA 4TSXA 3PO4A 3CFOA 3K5NA 2NUBA 3O4QA 4DTNA 4FXDA 3DLKA 5CY4A 2HNDA 4FM0A 1WN7A 1HRHA 3LWMA 1SKRA 3SV3A 2HHTA 4DQQA 2HB5A 3MXJA 4C8LA 1HQUA 2OPSA 4HTUA 1BHLA 4IBNA 1YT3A 2XRIA 3DLBA 3M8RA 3P83D 4KO0A 2ETJA 3ZT4A 3QEWA 4RW6A 4CESA 4CF8A 3TAEA 1WSHA 3PX0A 1UWBA 4CIEA 3NGZA 3THVA 3KKRA 4RG8A 5DMRA 2KZZA 1EX4A 1U04A 3B6PA 3MECA 4BWJA 3MXMA 1U45A 2X78A 1VSHA 1BIZA 1JLEA 4BACA 3S9HA 3NH2A 4KTQA 3A2FA 4DFKA 3RWUA 2VG7A 3SZ2A 1EETA 2R7YA 4LY7A 5FRMA 3F73A 3SUNA 1TKTA 3WNHA 5J2QA 1L3SA 5KRTA 4QOZB 4Z4FA 1KLMA 4N5SA 4HUEA 3RMBA 1HYVA 2E6MA 4AHRA 1TKDA 4FW1A 4E1NA 1VSEA 2P1JA 3LANA 4Y1CA 4FLUA 4BDPA 4Y1DA 4FJXA 4CFAA 1NJWA 1HNVA 4B3OA 3OS0A 2P51A 1BCMA 1KVBA 2G8HA 2WOMA 4J2AA 1DLOA 2B6AA 2YHBA 1RTJA 4CK1A 4Z4HA 5HRNA 2HHWA 1QE1A 4E7KA 2A1RA 1U47A 4M3ZA 3HJFA 2YNHA 1A5VA 1LWEA 4LSNA 2OPRA 4I9LA 4W5QA 3EZ5A 3TAPA 5HBMA 4FJKA 3FFIA 2FBYA 1TK5A 2KFZA 3TABA 3LAKA 4KHQA 1A5WA 2FC0A 3NF6A 5CZ2A 4H4MA 3KLGA 4O5BA 4FCYA 1YTUA 1WSEA 4B8CA 4KREA 2Q3SA 4CEOA 3DRRA 1X9SA 4LH4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4C8MA 4J2EA 3Q7CA 4CEFA 3IAYA 3CI5A 5EX5A 4CGDA 3TU5A 3SQ1A 3C6TA 4CZEA 4JYAK 5GINA 3SLCA 1IKXA 2ZJRL 3ZLJA 4JI0K 1W0HA 4HTLA 1SL0A 1N33K 4M41A 2UU9K 4CCHA 3VQDA 1S1VA 1W2BM 3WNFA 2OTJN 1J6ZA 4IG3A 4BGBA 4AQYK 4OPHA 4I2QA 1KLNA 3SPYA 2JGUA 1KVAA 4CF9A 1VRUA 4PY5A 4M45A 4BRGA 4B9MA 1NKEA 4DMNA 4M3WA 1WAFA 5T7BA 2YI1A 5D3GA 2A40A 3WNGA 4DS5A 1OH5A 1QSLA 2NRHA 3D2EB 3WQUA 3CCEN 5BREA 1LW0A 3G25A 3NHGA 1XMQK 3VQ5A 4HWIA 3DLHA 4BC4A 1W7AA 1GLFO 3OYGA 1EWQA 4DFJA 5AQXA 1M90O 1Z6RA 3K58A 5LMNK 2Q2RA 3KK2A 1KSPA 1QVGM 4N47A 3K5OA 2HNYA 4AHUA 5A2QO 3TANA 2NRTA 4NXNK 3NGIA 4CHZA 2UUAK 4CBWA 4K41A 4DQSA 3NCIA 2P9IA 4B9UA 3EEQA 2Y1IA 5JS2A 4B9QA 2ASPA 3L2WA 2E6LA 2VWBA 5C12A 4B9NA 1Q9YA 3VA3A 3P1GA 1NBWA 4OPJA 1QQOA 4LH5A 4GY2B 5M1OA 2KFNA 5FLXO 2J4RA 4ICLA 4DV0K 2O4IA 4CD3A 1L5UA 2O8FA 2RKIA 3VEOA 4BRIA 2BDPA 4B3SK 3DLRA 3SPZA 3D2FB 5AQOA 4BY9C 4H0OA 4NB4A 1NK6A 3KKSA 4DQIA 1X9WA 2O8CB 4H0TB 3ZSYA 4FLTA 3DJCA 3DXKA 1JXEA 3E66A 1S6QA 3ULEA 3GBTA 4IKFA 3CM6A 2UXDK 1U4BA 1UOCA 4AHCA 2CH6A 3PY8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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