4EP4A

Thermus thermophilus ruvc structure
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
166
structure length
166
Chain Sequence
MVVAGIDPGITHLGLGVVAVEGKGALKARLLHGEVVKTSPQEPAKERVGRIHARVLEVLHRFRPEAVAVEEQFFYRQNELAYKVGWALGAVLVAAFEAGVPVYAYGPMQVKQALAGHGHAAKEEVALMVRGILGLKEAPRPSHLADALAIALTHAFYARMGTAKPL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural asymmetry in the Thermus thermophilus RuvC dimer suggests a basis for sequential strand cleavages during Holliday junction resolution.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Thermus thermophilus
molecule keywords Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC
total genus 54
structure length 166
sequence length 166
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.22.4: Crossover junction endodeoxyribonuclease.
pdb deposition date 2012-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02075 RuvC Crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ep4A00
1NK7A 1WN7A 2ITGA 4OKKA 5CYMA 3E01A 2X74A 3NF8A 4ID5A 4RG8A 4KB0A 4DFKA 1JL1A 4FJ5A 3M8RA 4DQPA 4CCHA 4L8RB 4HCCA 1XC9A 4E7LA 4KI4A 1JLCA 3DOLA 4H8KA 1BI4A 5C42A 2X78A 1SUQA 4O5BA 2PY5A 2XY7A 2OA8A 1JL2A 4FLUA 2GBZA 4BWMA 1NOZA 1BQMA 3M8QA 4CEEA 1TKDA 4BE1A 4FK2A 1TK8A 3VQCA 4CJEA 2XO7A 3NH1A 4DG1A 1EETA 4HUFA 2XY6A 1SV5A 1RDDA 1VSFA 4CHOA 4ID1A 4KKOA 4FJMA 4ZTFA 1EX4A 4KFBA 2JGUA 3D45A 3P1GA 1RDBA 3LZIA 3ZT3A 3MAQA 2IS3A 4FCYA 3TAFA 1S1TA 4JLHA 1NK5A 2HHUA 5KTQA 3OS1A 1CZ9A 3TAGA 4B9SA 4KI6A 1NK9A 4CJUA 1RT2A 3KLEA 3RMAA 1D9DA 3LANA 4BDZA 4KHUA 2HHVA 4CGGA 2HHXA 3ZSQA 4CIEA 3QETA 3RMCA 1L5UA 1Q9XA 4CHPA 1KCFA 3IS9A 2HB5A 5SWMA 4FZXC 4Z4GA 4DSKA 2VWKA 4OPKA 4CEFA 3AVKA 3ISNC 4CJQA 1CLQA 3MEGA 1A5XA 1BQNA 3HK2A 4PQUA 3JSMA 5FDLA 1KSPA 1VSHA 2KFNA 4LD0A 3K59A 1LWEA 1D5AA 3JYTA 1TL1A 2FBYA 4FZYA 3KK3A 2GV9A 3QEIA 1GOCA 3CYMA 3O4NA 1HMVA 4CJVA 2DTUA 3G0ZA 4B8CA 2PZSA 4IG0A 3O3FA 4DF4A 3NAEA 3HJFA 1R0AA 1ZBLA 2BDPA 4I2QA 4KHYA 3HO1A 3O3HA 2XHBA 4JRPA 2PYJA 4KV8A 5HP1A 4BE2A 4M42A 4K8XA 1X1PA 2Z1JA 4FM0A 2BE2A 4DTJA 2D0BA 2OZMA 3AO4A 4H4MA 4FJNA 1JXBA 4Q5VA 3T3FA 3LAKA 3DYAA 3HM9A 4FM1A 4KTQA 3NF6A 4Q0BA 3PV8A 3O4QA 2B5JA 4N41A 3D0PA 5HRSA 3AVAA 1LAVA 3VQQA 3RRHA 1WNSA 2XY8A 3DLRA 4KHNA 3LP1A 4AH9A 5C24A 1GOAA 4EP4A 1I39A 4RW8A 4QCLA 2P51A 4AHVA 1YTUA 4Z0UA 1HQUA 1UA1A 1C6VA 2GUIA 4CJ5A 4B8AB 5J2QA 1QQCA 3HVTA 1JXEA 2OZSA 2HHQA 2D0AA 3AVHA 4F3TA 3AVFA 4OGEA 3L2VA 1X9SA 2PYLA 1S1WA 5HRRA 1MU2A 3A2FA 2ZE2A 4OLBA 1TKTA 1VK0A 3DRRA 1QHTA 1XWLA 4NYFA 3VQ5A 3NGIA 1UA0A 1C0TA 1X9WA 4KHSA 4QOZB 2I5JA 4ELVA 4N5SA 3VQBA 3L3UA 4DSFA 3T1AA 3QLHA 5KGXA 3KLGA 4F4KA 4FJJA 1RT7A 3OYLA 5CZ2A 1CZBA 1U04A 1N5YA 1RT3A 3AO5A 4W5TA 4DTPA 4DTNA 2HW3A 4N47A 4O4GA 2HNDA 2X6NA 4GMJB 3DM2A 2XRIA 4OKJA 1F21A 3K5OA 3VQPA 2ATQA 4CGHA 4EP5A 4Z4EA 3SYZA 2F8SA 4CHQA 4CJSA 4LSNA 1GOBA 4KB1A 2OPPA 4PUOA 4AHRA 2G8UA 1QSLA 5J2NA 1NK0A 3F9KA 2IC3A 3L2RA 3AA3A 1S5JA 3KKRA 4CEQA 3K5NA 4DTRA 1ASVA 5SZTA 4E19A 3TARA 1B9FA 1NJWA 3SNNA 2IAJA 2ZQBA 2RF2A 4CJPA 1WLJA 3CFRA 4GW6A 4GVMA 1KLNA 1IKVA 2HMIA 1VSJA 1WSIA 2E4LA 3SJJA 3SI6A 3WNHA 1KTQA 1HPZA 1ZBFA 2OPSA 2G8FA 3BGRA 3IAYA 4N76A 1VSDA 1S1UA 3ZSVA 4E3SA 4WE1A 2Z1HA 1FKOA 2FBTA 4DS5A 2G8HA 4E7KA 5J2PA 3DLEA 3LDSA 1C1BA 1KFDA 3KIOA 2OPQA 3ITHA 4Y1DA 3MXMA 1S1XA 3ALYA 4CEOA 4LSLA 3IG1A 2VG6A 4CJKA 5D3GA 4JS4A 4DQRA 1WSGA 3QNNA 3OYNA 2IDOA 3SUPA 1ZBHA 4M3YA 4B9UA 4CHZA 5J1EA 1TL3A 4J2BA 3NDKA 3AVLA 4Y1CA 4DTOA 2G8VA 3HPHA 4B08A 4FJIA 4CIFA 3S3MA 1ZYQA 1JLBA 4KHWA 1Y97A 2O4IA 4E1MA 4FLTA 4IFYA 3DMJA 5KRSA 1NK4A 1XI1A 1UOCA 1NJXA 4OJRA 2OPRA 1KVAA 1RTJA 2FC0A 3KD1E 4F8RA 4DQIA 1RT6A 2DFFA 2YKNA 4FJHA 4FLWA 4CK2A 2HNZA 1G15A 2G8KA 3M8SA 3OYEA 4TSXA 1LWFA 3AO1A 4DSJA 2E6LA 1EP4A 1YT3A 3VQDA 4M3TA 1IKWA 1IG9A 1SKWA 3PX4A 2RKIA 4FVMA 1ITGA 4AILC 5CZ1A 1BI4B 1WSFA 4CGIA 1S6QA 4FLZA 4DU1A 1TGOA 3B6OA 3HVRA 3SQ1A 3F73A 4IFVA 1T03A 4CGJA 3P83D 1B92A 1BCOA 5KI6A 3SUNA 3S3NA 4DQQA 2YHBA 3C6UA 4NCAA 1LAWA 1NKEA 4E0DA 4Z4CA 4KTWA 4FJ8A 4W5QA 1S6PA 3AVCA 3L2QA 5I42A 4CERA 1Q9YA 4Z4FA 3HP9A 4E89A 1WSHA 1IH7A 4CEDA 2Z1GA 3DOKA 3DLBA 2HHWA 2FBXA 4ELTA 2D0CA 3ZSYA 3EZ5A 3HL8A 2BGGA 2KZZA 3M8PA 2YNHA 3OYFA 4AHTA 3ZSOA 3HYFA 3ASMA 4MFBA 4LY7A 4I9QA 2AJQA 3G10A 4CJTA 1HNVA 1BIZA 3QO9A 4YFUA 4FLVA 1YVUA 4UQGA 2VG5A 1IO2A 4CFDA 3SUQA 1J53A 3AO2A 3NBPA 3PUFA 4CEZA 2R7YA 3OJSA 3SCXA 3LPUA 2VG7A 1KVBA 1KVCA 1SL0A 3QEWA 1S1VA 5KGWA 4NCGA 4YNQA 1T8EA 1SL2A 1BL3A 1DLOA 4KO0A 3TABA 2Q3SA 3SQ2A 4C8OA 4KREA 2HHSA 3U3GA 4CHNA 3TANA 3QEVA 3AVMA 3HPOA 3DRSA 1HNIA 1VRTA 1FXXA 1J9AA 4KTZA 5HBMA 3LZJA 4ELUA 1BGXT 4RW6A 2KW4A 4J2EA 2G8IA 5FRMA 3V81A 1IKYA 3H08A 1QE1A 3LP3A 3I0SA 2YKMA 3KK2A 1VSIA 1Q8IA 4OKEA 5DMRA 4HUGA 2VWJA 3VA3A 3RWUA 1T7PA 1RDAA 4FJ9A 1C1CA 3ZSRA 1IKXA 3ZSWA 3OYAA 1KFSA 4DF8A 1KRPA 1BHLA 4CJLA 4OVLA 4DSLA 3NH2A 4FJGA 1DTTA 3S3OA 4DU3A 3ZCMA 3OYKA 3VQ4A 3VN5A 3EYZA 4FZZA 1C0MA 3VQ7A 3CFOA 4CK1A 4E1NA 4CGDA 4DWIA 5HRPA 4CECA 4AHCA 1RTHA 2O4GA 4J2AA 1I3AA 1O1WA 1EXQA 2RN2A 4DQSA 5CYQA 5FRNA 1TV6A 4CJFA 3CQ8A 3OYJA 3MXJA 1U48A 3HP6A 2BANA 3CM6A 1CXQA 4HVJA 3NHGA 2G8WA 2HVHA 2WONA 4B9TA 4CJWA 3QIPA 3OYCA 1SKSA 3ZT0A 3RR7A 3OS0A 4LH4A 5HROA 5HRNA 1YTAA 4HUEA 3AVIA 1WAFA 1RILA 1T05A 4FW1A 4RW9A 3ZSXA 4JRQA 1EKEA 3U6FA 1QSSA 3MEEA 2HNYA 2IGIA 5JS2A 4BACA 4K8ZA 3V1RA 1VSKA 4CF9A 1SL1A 1NKBA 4CFCA 3WNFA 1N6QA 4CFAA 4QAGA 1HYVA 2YNGA 2IOCA 4RW7A 3NFAA 1NJYA 5I3UA 2QK9A 2KQ2A 3V1OA 1U47A 3AVBA 4M3ZA 4OLAA 1HYSA 4HCBA 3C95A 4E7HA 4OGCA 4FLXA 4N56A 5HLFA 3L2WA 3ULDA 4M41A 4H4OA 3NGZA 3QERA 1KLMA 1WSJA 3HT3A 3SV4A 3HSTB 2EX3A 1X9MA 1TVRA 4C8KA 4M3XA 2HVIA 3KD5E 3C6TA 3CFPA 1VSMA 3AA5X 3SQ4A 4B9MA 3SQ0A 3LPTA 1VRUA 2A1RA 1B9DA 1TKZA 3V1QA 4CGFA 2A1SA 2DY4A 3RRGA 4BDPA 1C0UA 3DRPA 5T7BA 2W42A 1RBVA 3HXMA 3NCIA 4DLEA 1REVA 3RMDA 1RTDA 1WAJA 1XHZA 1QSYA 3KKSA 4F3OA 4PY5A 3SUOA 4BE0A 4JS5A 1U45A 4DFMA 3K2PA 5KRTA 3CG7A 4FLYA 3K5LA 4M45A 4B9VA 2YV0X 3O3GA 3RMBA 4NCBA 1ZBIA 1JLQA 3MEDA 3TR8A 1L3UA 1RDCA 3I8DA 4FJXA 2KTQA 4FM2A 3PY8A 1ASWA 1Z26A 3BDPA 1NK6A 2YNIA 4I7FA 2P5OA 4CF1A 3V9WA 1FKPA 4EZ6A 4RW4A 4KHQA 3L3VA 3AVGA 4W5OA 4HTUA 3AA4A 1RCHA 4CEBA 1BIUA 3TWHA 3TAQA 3KK1A 3DLGA 1UWBA 3LP0A 1RBRA 2F96A 5EU7A 4M3WA 3K57A 4DTXA 4FJKA 1LV5A 3OY9A 4AHSA 3MXIA 3THVA 3LWMA 4DU4A 1S9EA 1NOYA 3P5JA 3OYMA 2RPIA 1RBSA 1UAXA 3LAMA 3KJVA 2XY5A 4CF0A 3S9HA 3OVNA 5K14A 2YNFA 1TKXA 3T19A 3IRXA 3ZT1A 3VQ6A 4E7IA 2QXFA 1U49A 4Z4IA 3L2UA 1QS4A 1W9HA 5C25A 4XIUA 3SV3A 3B6PA 4DSEA 2P5GA 1ASUA 1TAUA 1TK5A 4IBNA 1FK9A 3UIQA 1D9FA 1A5WA 3I0RA 4FJLA 1K6YA 1LW2A 3MECA 4CF2A 3OYIA 3CM5A 3V9SA 3AO3A 3EY1A 4FYDA 4KAZA 4FXDA 2KFZA 4CJRA 1SKRA 1JKHA 3RR8A 1RT5A 3AA2A 4O0JA 4DTSA 3QEXA 4DLGA 4FK0A 3VQEA 3TI0A 4DFJA 4AHUA 4ZTJA 2ZD1A 2B6AA 3V4IA 3K58A 4F2SA 4G1QA 3U3YA 4I9LA 4R5PA 1Z25A 2HHTA 3DLKA 3NF9A 4MQ3A 4KRFA 3RTVA 1JLGA 3WNGA 1NJZA 3PO4A 4O44A 4DTMA 1HYZA 3QIOA 5J2MA 3NGYA 4M3RA 1D8YA 3KLFA 4W5RA 3PX6A 3LALA 5DK5A 3TAMA 2LSNA 1VSLA 4PA1A 3VQ9A 2DFHA 3KLIA 3L8BA 3K5MA 4DMNA 4CEAA 4CK3A 3PX0A 1L3TA 3TAEA 4ZHRA 1LW0A 1U4BA 2QKBA 4W5NA 1JLFA 3HPGA 2WOMA 3OYBA 4B9LA 4CHYA 1NKCA 4M3UA 3VQ8A 5JS1A 3LP2A 3PO5A 2KZMA 1J54A 4EZ9A 4O55A 1CXUA 3DI6A 1L3SA 1RTIA 4C8NA 4IG3A 3NE6A 2OYQA 1TAQA 3SPYA 4C8MA 4IDKA 2FBVA 3OYHA 1HJRA 3FFIA 3AV9A 3ZT2A 3OJUA 4CFBA 1BISA 3OYDA 4I2PA 1C1AA 1QTMA 3VQAA 3SPZA 2QKKA 3NF7A 3KLHA 1LWCA 4DS4A 2DFEA 3QINA 4NYNA 4DTUA 4DSIA 3V9ZA 3OYGA 4IKFA 2ETJA 1RT1A 1J5OA 4O0IA 5E41A 4HHTA 1W0HA 4KPYA 3OS2A 4Z4HA 1JLAA 5CY4A 3ZSZA 2EHGA 1JLEA 3LWLA 3QESA 1TK0A 3C94A 4BDYA 1XHXA 1RT4A 3AVJA 4B3OA 4CESA 1HQEA 3ZT4A 3V9XA 2E6MA 4B9NA 4CJ3A 1RBTA 4FJ7A 2JLEA 1DTQA 4C8LA 1WSEA 4CE9A 2B4JA 2YHAA 4J2DA 4FW2A 3DLHA 1S9GA 1ZBUA 2X6SA 3WNEA 3V9UA 1NK8A 3KTQA 4BWJA 3V6DA 4F2RA 4CF8A 2Y1JA 3QEPA 1L3VA 3AVNA 1VSEA 2Z1IA 3QNOA 1BCMA 1HRHA 4E7JA 2P1JA 3NH0A 3TAPA 4DFPA 1RNHA 3VA0A 2Y1IA 2NUBA 4LH5A 4CIGA 4FK4A 4ICLA 3SZ2A 4PWDA 4OPJA 2F8TA 2D5RA 5FROA 1A5VA 4CJ4A 1RBUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1WN7A 4RG8A 4FJ5A 4DQPA 4DR6K 4BR5A 4E7LA 3VEYA 4O5BA 2XY7A 1NOZA 1TKDA 3M8QA 3TPQA 4A2AA 4FK2A 2F7TA 2CGLA 1OH6A 3VQCA 4IO8A 2O8DB 2XY6A 1DEJA 4B1WB 1QVFM 2I7PA 3HM8A 4FJMA 4KFBA 1RDBA 2QTDA 3LZIA 3MAQA 4LF5K 4AF1A 4FCYA 5KTQA 4DV2K 1CZ9A 2Q0RA 3TAGA 4B9SA 4CJUA 1RT2A 1SS6A 3RMAA 1KC8O 4CIEA 3QETA 4CHPA 5SWMA 4WFAL 4Z4GA 5AQWA 2VWKA 4CEFA 1CLQA 1A5XA 4EHUA 3WXIA 2A40A 1VQKN 4GY2B 3QEIA 2QWMA 1GOCA 3O4NA 1HMVA 4CJVA 2DTUA 3WEEA 4IG0A 3O3FA 4DV5K 4BRMA 5CHIA 4CZFA 2NRXA 1M90O 4BVPA 3O3HA 2XHBA 4JRPA 3ZYYX 1U6ZA 1QQNA 5ADXA 3CJAA 1X1PA 5C10A 4PL8A 2OZMA 4FJNA 1JXBA 4Q5VA 3UKUB 3LAKA 5C12A 3HM9A 2W6KA 2NRHA 3JS6A 4KTQA 4FWPA 1X9JA 3D2EB 3P4IA 5LY3A 1VAZA 4H5NA 2XY8A 1C0GA 4DV0K 2ZM6K 4WQ4C 2Q31A 4JKGA 2W40A 1NMDA 2OZSA 2D0AA 1NM1A 3AVFA 3L2VA 1YI2N 3CI5A 3BY5A 2PYLA 3K0SA 3A2FA 2ZE2A 3VEXA 1VK0A 3DRRA 3ATVA 4K43A 4NYFA 4N5SA 3L3UA 5MLCQ 3JAMO 4MLHA 3QFUA 5CZ2A 4DTPA 4GMJB 3DM2A 3R6MA 3VQPA 4JHDA 4FWMA 2W41A 4DR2K 4Z4EA 3SYZA 4B9QA 2F8SA 4CJSA 4LSNA 1GOBA 4PUOA 4M7YA 2G8UA 5FPEA 1QSLA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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