4EPIA

The crystal structure of pesticin-t4 lysozyme hybrid stabilized by engineered disulfide bonds
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
330
structure length
329
Chain Sequence
SMSDTMVVNGSGGVPAFLFSGSTLSSYRPNFENSITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVSYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVCFEMLRCDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Toxin, hydrolase
source organism Yersinia pestis
publication title Structural engineering of a phage lysin that targets Gram-negative pathogens.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pesticin, Lysozyme Chimera
total genus 108
structure length 329
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4epiA02
1PQKA 2RBQA 3HTGA 2RAYX 1L11A 2HUKA 3OE8A 246LA 1L47A 141LA 1L74A 2RBPA 3GULA 126LA 1L03A 231LA 4W56A 1L0KA 158LA 1C69A 1L68A 1QT8A 164LA 1DYBA 234LA 1EPYA 1L39A 108LA 109LA 2OE9X 2RB2X 1L06A 3C7YA 3NY9A 1L52A 1OV5A 1L89A 220LA 2O7AA 159LA 3C82A 1T97A 3SB8A 4EKQA 122LA 4I7RA 4EJ4A 2OEAX 1P36A 228LA 1LI3A 1PQIA 1L27A 3GUKA 1KNIA 1PQMA 216LA 3FADA 3C8RA 2OU0X 221LA 1QTBA 262LA 1L61A 1SX2A 2Q9DA 1LYGA 160LA 226LA 245LA 178LA 3HH5A 3OE9A 1L36A 1P46A 1QTCA 1L63A 218LA 2B6WA 3HH3A 3SB9A 1L80A 1L12A 3HUAA 1D2WA 3ODUA 1CU2A 1L13A 110LA 146LA 140LA 4ARMA 1L37A 225LA 3C8QA 1CV3A 1D2YA 1L60A 1L84A 1LWKA 2B6YA 1G0PA 1D3NA 223LA 120LA 2O4WA 1L79A 1L53A 1L41A 1L40A 1DYAA 113LA 1L16A 253LA 3SBAA 3LZMA 168LA 1L04A 1L15A 138LA 1L18A 2B72A 2RAZX 1LI6A 1C6NA 2A4TA 4K5YA 1QTZA 1CU3A 1L0JA 227LA 1TLAA 1L70A 2QARC 1QUHA 1L91A 1C68A 181LA 1C6JA 1JQUA 1QSQA 3CDOA 1CV1A 1QUDA 4AQNA 2B75A 256LA 3CDQA 3HU8A 1P56A 196LA 2OTZX 236LA 1SWYA 213LA 4YX7C 3SN6R 130LA 1L99A 170LA 1L23A 4W55A 1SX7A 2B7XA 3HTFA 205LA 2RBSA 2B6TA 1P5CA 1CV5A 2ANXA 2L78A 151LA 3HTDA 190LA 201LA 1OWZA 1L31A 215LA 1CU6A 1L21A 2LCBA 1CX7A 1C6QA 1L42A 150LA 1P64A 1PQJA 2O79A 3DN0A 3PDSA 4DAJA 1OVHA 2RBNA 2OTYX 4ARJA 3F8VA 3GUPA 209LA 118LA 1QTHA 4I7MA 242LA 1L65A 1L69A 4I7OA 169LA 1L96A 191LA 3HWLA 3DKEX 3GUJA 2HUMA 2OE7X 156LA 1D3MA 1L54A 139LA 3GUMA 3V2WA 104LA 241LA 131LA 1OVKA 2B74A 199LA 3G3WA 3C8SA 4W52A 174LA 1P7SA 1L83A 3HTBA 4DJHA 1LYEA 4GRVA 1PQDA 3DMVA 2IGCA 248LA 258LA 4LDOA 192LA 1L35A 1K28A 3RZEA 4ARQA 200LA 214LA 3SB5A 3DN3A 1LYHA 3OE6A 4LZMA 3UONA 1C64A 1JTNA 1L64A 4S0WA 3DMZA 1P2RA 1QS5A 237LA 4EPFA 148LE 4YXAC 1P2LA 3HT8A 2F32A 7LZMA 1C6GA 1QT5A 1QUOA 3HDEA 4W53A 3K2RA 255LA 161LA 1D3JA 1L73A 183LA 3FI5A 125LA 4DKLA 1G0GA 1KY0A 1L34A 1LPYA 4LDLA 2Z6BA 1L94A 1OWYA 1L17A 1LYJA 147LA 137LA 1L97A 1JTMA 4EPIA 144LA 1L07A 2B73A 3JR6A 127LA 1C6EA 1L43A 1LLHA 4YXCA 5I14A 1LYDA 157LA 1C6DA 2ANVA 1QS9A 129LA 1PQOA 1L87A 3RUNA 3HDFA 1CV6A 187LA 4GBRB 115LA 4W57A 1G07A 177LA 1QT3A 1T6HA 1P3NA 1ZYTA 239LA 2B70A 2LC9A 4E97A 4ZPUA 167LA 3C7WA 4ARPA 1L24A 1L66A 3CDTA 3NY8A 1KY1A 2CUUA 2NTGA 5LZMA 4W54A 1CV4A 1G06A 3DN6A 184LA 3GUOA 4OO9A 1KS3A 195LA 1L88A 152LA 3C80A 1DYFA 1QT7A 1OV7A 4LDEA 1CX6A 1G0KA 1L20A 2LZMA 114LA 4I7JA 107LA 3HUQA 102LA 1G0QA 188LA 1G1WA 1KW7A 2QB0B 1C62A 145LA 233LA 1L14A 1SWZA 1L19A 2F2QA 176LA 1LYIA 250LA 1B6IA 172LA 1L93A 1WTHA 1QUGA 3C83A 1P37A 1CUQA 1CV0A 1G0LA 1L56A 3F9LA 1L00A 247LA 2Q9EA 1QSBA 1QTVA 257LA 3G3VA 1DYEA 1L77A 1ZURA 1L25A 3SB7A 173LA 1D9WA 1XEPA 1L32A 4I7TA 2B6XA 1L28A 4EXMA 185LA 3C81A 1C6HA 1L90A 3G3XA 1L55A 1L45A 1C65A 1CU0A 211LA 1QTDA 2NTHA 3HH6A 261LA 197LA 142LA 2F47A 1L58A 1L95A 244LA 252LA 163LA 1L71A 165LA 1C6FA 1C67A 210LA 143LA 3HUKA 217LA 4W58A 1L49A 1DYDA 1L92A 1DYCA 1L75A 3GUNA 4ARLA 182LA 3HT9A 1C6MA 198LA 1L05A 1L57A 1LI2A 1C66A 2RBRA 3GUIA 2RH1A 1L67A 128LA 1C6TA 1L72A 123LA 1DYGA 4EKRA 3NYAA 2OU9A 4I7KA 119LA 3DN8A 3DMXA 243LA 2RBOA 1G0JA 1T8FA 1XJTA 235LA 260LA 259LA 3DN4A 3SB6A 166LA 1L85A 222LA 1C63A 4PK0A 1QT6A 155LA 175LA 2OE4X 1L86A 230LA 1CTWA 3DNAA 2RB0X 6LZMA 162LA 4W59A 1L50A 4ARQB 219LA 1L38A 229LA 1L44A 4EKPA 251LA 3PBLA 3L64A 1CUPA 103LA 238LA 1L08A 1L33A 3HU9A 1C6PA 1SSYA 4I7PA 1LGXA 1QT4A 1LGWA 149LA 3L2XA 1L81A 1G0MA 1L22A 1L48A 4W51A 2RB1X 3SBBC 1C61A 1LGUA 3HT7A 186LA 1C6KA 1C6IA 1I6SA 4ARMB 1L76A 111LA 224LA 3C7ZA 1CVKA 1C6BA 3VW7A 1L51A 3FA0A 1OYUA 2B6ZA 3CDVA 3HT6A 1XJUA 4IAPA 1L59A 1L26A 1L10A 1LW9A 1L29A 4EKSA 1KW5A 1C6CA 4I7LA 1L98A 2OU8A 249LA 3OE0A 3DN2A 3DN1A 1T8GA 206LA 1P6YA 2HULA 3D4SA 3QAKA 4I7SA 1SSWA 1CU5A 4I7NA 1C6LA 3HH4A 1C60A 1L30A 3V2YA 1T8AA 240LA 232LA 4I7QA 112LA 254LA 180LA 1NHBA 4PJZA 1L82A 1D3FA 171LA 1L46A 3CDRA 1C6AA 189LA 1L09A 1L62A 212LA 1L01A 1LYFA 3EMLA 1L02A 1OVJA 1LWGA 1ZWNA 1G1VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3A96A 4CFPA 5ILFA 3HTGA 1L47A 1QQYA 1L03A 3P4ZA 4W56A 5LVKA 1EQ5A 1QT8A 1NHEA 4Z46A 1EPYA 108LA 1V7SA 2BQHA 3NY9A 2W1XA 1OV5A 4GCEA 220LA 5C6JA 2O7AA 3C82A 1W08A 4HTKA 2MEDA 1LI3A 1PQIA 2C8OA 3GUKA 4LFXA 1IR9A 1PQMA 216LA 1HFZA 5I4XA 221LA 262LA 2Q9DA 4WL7A 1C46A 3A95A 1TBYA 3HH5A 1L63A 3SB9A 1L12A 2I26L 1LZ6A 4WM2A 4H9AA 5KXLA 1D0LA 5LAFA 4BS7A 153LA 1L13A 146LA 4AXTA 1HEPA 3AZ5A 4ARMA 1L37A 3CSQA 1L84A 120LA 1L79A 1B2KA 1L16A 1FKQA 253LA 3SBAA 3WU8A 1IY4A 4QEQA 3LZMA 1IWXA 4HSFA 5AMYA 1QTKA 2RAZX 1JPOA 4H8YA 4XJBA 1CU3A 3P68A 227LA 3A3RX 5LYTA 2QARC 3T6UA 1LJFA 1NKHA 4H92A 1GEVA 1JTPL 4WG7A 1C68A 181LA 1BWIA 3LYZA 3LZ2A 3A92A 1BVKC 4D9ZA 1CV1A 1LZSA 2BQFA 1GWDA 1LMAA 2LYZA 1P56A 1IWTA 196LA 4DD7A 3HBHA 1HENA 5LYMA 1REMA 1SWYA 3A6BY 1GB5A 3RNXA 1YIKA 5HQ1A 1GXXA 2BLYA 4W55A 1SX7A 2B7XA 4ETBA 3TXIA 4RLNA 1GB3A 1OWZA 4UWUA 2LCBA 2O79A 4RW2A 3PDSA 3A3QA 3P64A 3LZTA 2OTYX 1CJ7A 4GCBA 4ARJA 3J4GA 1MELL 1QTHA 209LA 2BQJA 4P2EA 1L69A 2YSSC 1UUZC 191LA 3DKEX 1ZV5L 1XGRC 156LA 4DC4A 4Z41A 139LA 1OQMA 241LA 1B7PA 1OVKA 199LA 1RFPA 2I6ZA 3WW5A 4DJHA 4NEBA 1PQDA 3DMVA 1GD6A 4LDOA 5DL9A 1K28A 3W6EA 4ARQA 3AGIA 3M18B 200LA 5DM9A 214LA 3SB5A 3AGHA 1LZ1A 3AZ4A 5LXWA 4LZMA 4B0DA 2Y8PA 1QS5A 2BQDA 4HJYA 4EPFA 1JJ0A 1LSBA 1HEOA 1C6GA 1GE0A 2D4JA 3D3DA 1B5YA 2FBDA 4B4JA 125LA 4OOOA 1KY0A 1L34A 4ET9A 2Z6BA 3M3UA 1OWYA 2ZNWY 1DKJA 3JR6A 1PS5A 2DQIY 3TXEA 1SQ2L 1QDTA 4YXCA 5I14A 5KXWA 1UIAA 1BWJA 1B5UA 2N5ZA 1L87A 5DLAA 1BHZA 187LA 3W6BA 1LMQA 1LZBA 1WQPA 4H90A 1GXV2 1RE2A 1LJIA 3BKVA 1QT3A 1YILA 3A8ZA 1LSCA 2B70A 1IWUA 4UWNA 1L24A 3NY8A 1F10A 1KY1A 2CUUA 1HHLA 4J1AA 4MR1A 1CV4A 1I56A 1YROA 4ANRA 184LA 4TTDA 1KS3A 1L88A 4UWVA 152LA 1LMPA 1LZCA 1OV7A 4H9CA 5I5QA 2LZMA 1GAZA 114LA 188LA 1GF9A 1J1XY 1G7LC 1G1WA 2QB0B 1C62A 145LA 5KKJA 4II8A 1L14A 1OUHA 1IC7Y 2FYDA 1D9UA 135LA 2H9JA 250LA 172LA 5APEA 1QTEA 2XBRA 1CV0A 4XJHA 4C5FA 1G0LA 1JUGA 1LSZA 247LA 5KXKA 1QSBA 3WULA 5HNCA 1J1PY 4NWHA 4TSBA 1IR7A 4H93A 4PHIA 1C6HA 3G3XA 3CSZA 1NBZC 1OUDA 3ZEKA 1GEZA 1L55A 1LKSA 1QTDA 2NTHA 197LA 4GCFA 163LA 1OUIA 210LA 217LA 1B5WA 4W58A 1L49A 1W6ZA 1L92A 1XGUC 2DQGY 182LA 1C6MA 1LMNA 1LCNA 2HECA 1IP7A 2HEBA 1L72A 123LA 4EKRA 3NYAA 1XJTA 1J1OY 5EBHA 1LJGA 3ATNA 4NGIA 175LA 4KXIA 2RB0X 3KAMA 2DQJY 1L50A 1G7IC 1IWVA 219LA 4LGKA 4G4CA 4DQJA 5KXMA 1VDPA 1LSAA 238LA 1GFKA 4XADA 1L33A 4LYMA 1BGIA 1SSYA 4CGEA 1LGWA 1GFTA 4ZEEA 4YENA 3HT7A 2YBNA 4ARMB 1GB6A 1C10A 1LZ4A 1UIGA 1L51A 1LZAA 1LYYA 2W1LA 2EKSC 9LYZA 1E8LA 4OWHA 1LW9A 1KW5A 1OUGA 1LSDA 1L98A 1VDTA 249LA 1ZMYL 3OE0A 2YVBA 1P6YA 3D4SA 4I7SA 1IC5Y 5HMVA 1JISA 5KXZA 5LA8A 3V2YA 4I7QA 240LA 1JEFA 180LA 4PJZA 1L82A 189LA 1GB9A 5F16A 3TXJA 1L01A 1LYFA 2HU1A 1G1VA 2HUKA 1RJCB 1WVVA 141LA 5I4WA 126LA 2BQAA 5APCA 1DYBA 2BQOA 1VDSA 1GFJA 109LA 2RB2X 1L52A 4WOAA 1YKXX 134LA 1T97A 3CT1A 3AYQA 4EJ4A 1NWGA 4GLAA 1CNSA 2CWIA 1QTBA 1L61A 1DPWA 1LHMA 1FLYA 1LYGA 160LA 1FN5A 1LMTA 226LA 178LA 3ODUA 1I20A 1C45A 1GFRA 1LHIA 1XEIA 1LHHA 225LA 2B6YA 223LA 3ULRA 5II3A 2O4WA 3LHMA 8LYZA 1I1ZA 1DYAA 1OUBA 1HNLA 1LI6A 4A7DA 1DZBX 1NBYC 1JWRA 3IJVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3A96 A;  4CFP A;  5ILF A;  3HTG A;  1L47 A;  1QQY A;  1L03 A;  3P4Z A;  4W56 A;  5LVK A;  1EQ5 A;  1QT8 A;  1NHE A;  4Z46 A;  1EPY A;  108L A;  1V7S A;  2BQH A;  3NY9 A;  2W1X A;  1OV5 A;  4GCE A;  220L A;  5C6J A;  2O7A A;  3C82 A;  1W08 A;  4HTK A;  2MED A;  1LI3 A;  1PQI A;  2C8O A;  3GUK A;  4LFX A;  1IR9 A;  1PQM A;  216L A;  1HFZ A;  5I4X A;  221L A;  262L A;  2Q9D A;  4WL7 A;  1C46 A;  3A95 A;  1TBY A;  3HH5 A;  1L63 A;  3SB9 A;  1L12 A;  2I26 L;  1LZ6 A;  4WM2 A;  4H9A A;  5KXL A;  1D0L A;  5LAF A;  4BS7 A;  153L A;  1L13 A;  146L A;  4AXT A;  1HEP A;  3AZ5 A;  4ARM A;  1L37 A;  3CSQ A;  1L84 A;  120L A;  1L79 A;  1B2K A;  1L16 A;  1FKQ A;  253L A;  3SBA A;  3WU8 A;  1IY4 A;  4QEQ A;  3LZM A;  1IWX A;  4HSF A;  5AMY A;  1QTK A;  2RAZ X;  1JPO A;  4H8Y A;  4XJB A;  1CU3 A;  3P68 A;  227L A;  3A3R X;  5LYT A;  2QAR C;  3T6U A;  1LJF A;  1NKH A;  4H92 A;  1GEV A;  1JTP L;  4WG7 A;  1C68 A;  181L A;  1BWI A;  3LYZ A;  3LZ2 A;  3A92 A;  1BVK C;  4D9Z A;  1CV1 A;  1LZS A;  2BQF A;  1GWD A; 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