4EPIA

The crystal structure of pesticin-t4 lysozyme hybrid stabilized by engineered disulfide bonds
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
330
structure length
329
Chain Sequence
SMSDTMVVNGSGGVPAFLFSGSTLSSYRPNFENSITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVSYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVCFEMLRCDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Toxin, hydrolase
molecule keywords Pesticin, Lysozyme Chimera
publication title Structural engineering of a phage lysin that targets Gram-negative pathogens.
pubmed doi rcsb
source organism Yersinia pestis
total genus 108
structure length 329
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4epiA02
3OE9A 157LA 166LA 162LA 1L28A 186LA 1L90A 237LA 2LCBA 2RAYX 1L01A 1L72A 1XJTA 123LA 248LA 1LGUA 4S0WA 115LA 4W55A 4W57A 1C6IA 170LA 2O4WA 241LA 199LA 1L69A 1QUGA 175LA 1L20A 1L48A 1T8GA 2NTGA 1CV0A 1OYUA 3HUAA 2CUUA 258LA 226LA 4IAPA 3C8RA 2LZMA 3C8QA 256LA 2A4TA 225LA 1L23A 155LA 1DYGA 192LA 2RB2X 144LA 2Q9EA 1PQJA 1C6FA 3PDSA 1QTDA 4EKSA 1L77A 1L31A 2RBQA 1L87A 1L71A 1T97A 1L80A 185LA 2B75A 1L82A 3SB9A 1L24A 4AQNA 4DKLA 1G1WA 1DYEA 2B6TA 3HT7A 3DN0A 1XJUA 214LA 3NYAA 1L03A 3EMLA 167LA 3SB6A 1C69A 161LA 2RB1X 1LLHA 2OU9A 1L10A 1G1VA 1CVKA 1C6NA 3UONA 245LA 1CX6A 1L37A 172LA 1QT6A 1C66A 164LA 2B70A 1L00A 3RUNA 1L65A 1OWZA 4YX7C 1L64A 236LA 1L91A 4PK0A 177LA 1G0QA 2B6WA 232LA 2F32A 1DYBA 1G0MA 1ZYTA 3DMXA 184LA 3GUNA 1CU0A 209LA 1C6QA 3VW7A 114LA 1L46A 246LA 130LA 1CV4A 1D2YA 119LA 1QT7A 1L21A 1L60A 3FA0A 1L63A 3RZEA 3SBBC 1SX2A 1ZWNA 205LA 1L13A 1C6BA 4EJ4A 4ARPA 224LA 2RB0X 147LA 3OE8A 1L95A 1L74A 1B6IA 201LA 3GUIA 107LA 1PQIA 4PJZA 2RBPA 1L88A 1C6DA 1CV3A 3C7YA 215LA 2L78A 188LA 4I7RA 1SSYA 1EPYA 1L32A 3C8SA 1CV1A 3HUKA 5I14A 3HH6A 3HT6A 1OVHA 255LA 3GUPA 4LDOA 219LA 1CU2A 3OE0A 1L09A 3SB8A 3FADA 1NHBA 4DAJA 1PQMA 3C7ZA 2B6ZA 1G0GA 3SB7A 254LA 1C62A 1L19A 2OE4X 3G3VA 1L67A 1L35A 1L49A 3HDFA 1CV5A 1L27A 3HT9A 223LA 3L2XA 156LA 2B73A 1L05A 1L43A 1LGXA 1SWZA 1QUHA 169LA 1D3MA 213LA 2OE7X 1L85A 222LA 3C81A 189LA 4YXAC 1D3FA 1QSBA 1L76A 127LA 195LA 1G0KA 1L75A 1QTBA 239LA 1L40A 1L52A 1L07A 1L26A 234LA 1L81A 2B6XA 148LE 1D3NA 2IGCA 1L53A 138LA 1L98A 1C6LA 4ARQB 2OU8A 1PQDA 3K2RA 3LZMA 120LA 242LA 1L02A 4EKRA 1SX7A 216LA 149LA 4YXCA 1QTCA 229LA 3JR6A 3OE6A 1L36A 4I7NA 181LA 1L12A 1L62A 1JTNA 2ANVA 1C6PA 1K28A 3CDQA 3HT8A 2RAZX 218LA 1QT8A 228LA 3DN4A 129LA 227LA 173LA 4EPIA 1L73A 2OEAX 1L42A 231LA 4EKPA 118LA 180LA 250LA 1D9WA 3HTDA 3ODUA 1L41A 1L79A 2B74A 1L45A 3HH5A 3NY9A 1KY0A 3HDEA 4GRVA 260LA 1CU5A 1OWYA 4LDEA 2HUMA 1G06A 212LA 152LA 1ZURA 2B6YA 1LYEA 1KW5A 1PQOA 1L33A 1L51A 4W59A 1L66A 1C67A 1T8FA 1P6YA 145LA 4W53A 4ZPUA 4EPFA 1L11A 1L54A 4DJHA 174LA 1LYGA 1C6MA 1P5CA 176LA 159LA 1L57A 1LI6A 1C6HA 1P36A 1P2LA 3PBLA 1L83A 1QT4A 1L08A 1L39A 150LA 187LA 4I7PA 2O7AA 1L84A 139LA 4W54A 4E97A 2F47A 1CUQA 190LA 142LA 4ARLA 3SBAA 3DN3A 1L94A 243LA 1L29A 3SB5A 6LZMA 1L04A 2HULA 1LI3A 160LA 4K5YA 217LA 2OU0X 122LA 1L14A 1L99A 1KS3A 1SSWA 3C83A 1DYDA 3GUKA 1L56A 7LZMA 200LA 1L06A 104LA 4EXMA 1C64A 1L93A 1P3NA 1L34A 197LA 1L68A 1C61A 2ANXA 182LA 1CV6A 158LA 1OV7A 1PQKA 2OTZX 1KW7A 1JQUA 1SWYA 2NTHA 210LA 109LA 1L38A 1D2WA 1G0PA 1G0LA 3QAKA 4GBRB 1T6HA 1G0JA 1T8AA 4I7OA 3DNAA 108LA 1LPYA 110LA 198LA 3C82A 1CTWA 1P7SA 3GUMA 4I7KA 1L0KA 3HU8A 2O79A 1LI2A 220LA 128LA 4I7MA 247LA 1P64A 1L70A 3DKEX 1LYJA 1LWKA 3F8VA 3V2YA 2RBNA 4W52A 112LA 1L25A 3DN1A 1C6AA 1LYFA 3C80A 1L17A 3D4SA 253LA 3GUOA 1C60A 3CDVA 1CU6A 1QTVA 1C6JA 163LA 2HUKA 2Q9DA 3GUJA 1L96A 3G3XA 1OVJA 3CDRA 141LA 2QB0B 1TLAA 4ARMA 191LA 196LA 244LA 3G3WA 3GULA 1C6GA 1L58A 1L97A 146LA 1KNIA 1L50A 2RBSA 1XEPA 178LA 140LA 1L15A 3HUQA 126LA 1C68A 1QT3A 1QSQA 3DMZA 1C6EA 1L18A 257LA 1LYDA 3HWLA 1L92A 4OO9A 3V2WA 3NY8A 1LWGA 1DYFA 2RBRA 1KY1A 1OV5A 261LA 1L47A 143LA 235LA 4W58A 3HU9A 1C63A 1OVKA 1QS9A 3DN6A 1D3JA 4LZMA 1L44A 171LA 249LA 1WTHA 1C6CA 1QS5A 1L89A 1P37A 1QTZA 3CDTA 2F2QA 3SN6R 2B7XA 3C7WA 3CDOA 1C65A 1P56A 3HTFA 1JTMA 4I7SA 1L55A 2B72A 3FI5A 252LA 3L64A 2QARC 111LA 1P46A 4I7QA 1CX7A 1QT5A 1P2RA 238LA 183LA 1CU3A 4I7TA 4LDLA 4ARJA 113LA 221LA 1L16A 3F9LA 4W56A 1L61A 262LA 1L30A 3HH4A 1L22A 1L86A 3DN8A 4ARMB 1DYCA 165LA 1LYHA 1LGWA 4ARQA 3HH3A 2OTYX 233LA 125LA 1L59A 3DMVA 3HTBA 137LA 3HTGA 1I6SA 1QTHA 206LA 259LA 1QUOA 1DYAA 4I7LA 2LC9A 1LW9A 5LZMA 211LA 168LA 3DN2A 2RH1A 4EKQA 131LA 1L0JA 151LA 103LA 2Z6BA 102LA 230LA 251LA 1C6TA 2RBOA 4I7JA 2OE9X 1G07A 1QUDA 1C6KA 1LYIA 1CUPA 240LA 4W51A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IR7A 3OE9A 157LA 9LYZA 1KXXA 237LA 208LA 2DQDY 1NKHA 4RDSA 115LA 4W57A 5KY1A 2O4WA 199LA 3HBHA 1L48A 2NTGA 3RZ4A 1CNSA 2CUUA 4KT3A 226LA 3C8RA 2LZMA 6LYTA 5FELA 3WXTA 4WM6A 1VDQA 256LA 3WU9A 4ET8A 5C6IA 2Z38A 1WQRA 2DQEY 2RB2X 2Q9EA 1IEEA 3SB9A 4AQNA 4DKLA 5FHWA 2HEAA 4KPMA 3DN0A 4H9BA 3NYAA 1L03A 3EMLA 5KKIA 3SB6A 1OQMA 4GLAA 1LZDA 2RB1X 1L10A 3AZ7A 1C6NA 3UONA 3RUNA 1VFBC 236LA 1IOSA 2VB1A 2BQJA 2C8OA 2B6WA 232LA 1DYBA 4ANRA 1O23A 1CU0A 209LA 2EPEA 3ZEKA 114LA 3AYQA 3WXUA 1LJ3A 7LYZA 4G9SA 1L21A 3RZEA 3LYOA 3SBBC 1ZMYL 205LA 1RCMA 224LA 2BAAA 1B9OA 147LA 1EQ5A 1TAYA 3AJNA 1HEMA 1WVVA 4CFOA 1LHLA 1B6IA 201LA 3GUIA 1QIOA 1L88A 2PC2A 4DD7A 5L9JA 1C46A 1G7IC 3WU7A 1JJ1A 1IWYA 2L78A 4PHIA 3P66A 1JJ0A 3C8SA 1QUTA 3HH6A 1OVHA 3GUPA 3CQLA 1GB9A 2HEDA 219LA 1CU2A 1L09A 3FADA 5LAFA 1IP7A 4GCCA 1W6ZA 2B6ZA 1C62A 1L19A 2OE4X 1FKVA 1YKZX 3P4ZA 1L35A 1HHLA 4QY9A 4NGYA 2HU1A 223LA 1GF9A 2BQMA 213LA 5KKJA 222LA 127LA 4YF2A 3TXHA 3W6AA 4N9RA 1L52A 1IR9A 234LA 1HMLA 2DQAA 1CKGA 4LFXA 1LCNA 5LYMA 1C6LA 1LYOA 4XADA 4GN3A 2MECA 3E3DA 229LA 4FDYA 1L36A 4WM3A 3ULRA 1L12A 3HT8A 3B0KA 3DN4A 4TTDA 4PGJB 4TUNA 1L73A 5F81A 3WPLA 1IC5Y 4NHQA 4LT1A 4HP0A 1L45A 3HH5A 1GE2A 1CU5A 1JKAA 1G06A 1ZURA 5FSTA 4IJ4A 1L51A 5E4PA 1T8FA 4ZPUA 1OUIA 1LYGA 159LA 1L57A 4LYOA 1LI6A 4CHXA 1P2LA 3FI7A 1GWDA 5B59A 4E97A 1LKRA 4NG1A 3DN3A 4NY5A 1T3PA 1BVKC 5FEKA 1L29A 1LI3A 4K5YA 1L99A 4CFPA 1INUA 1PS5A 4G49A 7LZMA 200LA 1QSWA 1LMAA 1L06A 3B0IA 104LA 4EXMA 1C64A 3CSRA 1L34A 5I4WA 197LA 1L68A 1GXXA 2W1MA 1LJ4A 1JQUA 1OUFA 1B0DA 210LA 4PPOA 1L38A 1J1OY 4WLXA 2ZIKA 1LMPA 5LVHA 1T6HA 1T8AA 4HJYA 2F2NA 4W96A 1GFGA 4I7KA 4FJRA 2FBBA 1L0KA 2O79A 1LYJA 1B7SA 1LWKA 2D4IA 3V2YA 2RBNA 1L25A 1C6AA 1G7HC 4X3BA 1L17A 3D4SA 5I4XA 2HUKA 3KAMA 1GFJA 1VEDA 3G3XA 4GN5C 1OVJA 1UIFA 5LA5A 2D91A 191LA 3G3WA 4RW2A 1GBWA 2BPUA 3J4GA 4NWHA 2FYDA 4XJGA 5LVIA 4UWNA 4A7DA 4LT0A 4WLYA 4ET9A 178LA 1DPXA 3CT0A 5LXWA 2HEFA 1GFTA 2Z37A 4H1PA 2Z19A 1C6EA 4RW1A 1LJJA 2RBRA 1OV5A 4GCEA 261LA 4DQJA 143LA 1WQPA 1C10A 1YKYX 1W08A 1DPWA 171LA 249LA 3N9AA 1C6CA 1QTZA 1L89A 1QTEA 2A7DA 3W3EA 4RLNA 3A93A 2B7XA 3CDOA 2ZQ4A 1HFXA 2B72A 252LA 3M3UA 1P46A 1REXA 1CX7A 1QT5A 1BWJA 4B4EA 1P2RA 1UUZC 4I7TA 221LA 1L16A 3A34A 1HF4A 1L30A 1GFVA 1L22A 1L86A 4ARMB 3WW6A 3CT5A 3HH3A 2OTYX 233LA 1IWZA 1YQVY 4KXIA 2F4GA 259LA 2H5ZA 1DYAA 5LA8A 5LZMA 1LW9A 4WO9A 1IORA 1FLYA 1LHKA 1L0JA 2Z6BA 1XEKA 3TMVA 2RBOA 4NGVA 2H9JA 2A7FA 3HFMY 1LYIA 1CUPA 4XJFA 2YBJA 1GF0A 2EIZC 2LCBA 1JSEA 123LA 5KXTA 1JISA 1NHEA 1QUGA 1BB7A 1IWWA 1HFYA 4IAPA 3C8QA 5E9RA 4DWXA 2A4TA 1GBYA 4O34A 155LA 192LA 144LA 1PQJA 1D0LA 3P68A 1GFRA 4OWHA 1QTDA 4GCFA 1L77A 4EKSA 4I0CA 4EOFA 2RBQA 4DC4A 1L87A 185LA 4ETBA 1JTTL 1YAOA 3HT7A 5B07A 167LA 3AGIA 161LA 1LZNA 4DDCA 4OOOA 1G1VA 4LGKA 1L37A 1QT6A 4H9AA 1L65A 4GLVA 1HELA 4YX7C 1L64A 207LA 1LZGA 177LA 4MCKA 3EO5A 1G0QA 3WH1A 1RI8B 4WO6A 4DD3A 3WUMA 184LA 1CKHA 3WUAA 1L46A 246LA 1V7SA 1CV4A 119LA 1UIBA 1BQLY 1GE0A 1SX2A 1OUBA 1B7PA 4ARPA 1CKCA 1I20A 1BHZA 1NMMA 4CGEA 2ZYPA 4WLTA 1L95A 1L74A 1D9UA 2ZNXY 107LA 4PJZA 4LZTA 2Q0MX 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1IR7 A;  3OE9 A;  157L A;  9LYZ A;  1KXX A;  237L A;  208L A;  2DQD Y;  1NKH A;  4RDS A;  115L A;  4W57 A;  5KY1 A;  2O4W A;  199L A;  3HBH A;  1L48 A;  2NTG A;  3RZ4 A;  1CNS A;  2CUU A;  4KT3 A;  226L A;  3C8R A;  2LZM A;  6LYT A;  5FEL A;  3WXT A;  4WM6 A;  1VDQ A;  256L A;  3WU9 A;  4ET8 A;  5C6I A;  2Z38 A;  1WQR A;  2DQE Y;  2RB2 X;  2Q9E A;  1IEE A;  3SB9 A;  4AQN A;  4DKL A;  5FHW A;  2HEA A;  4KPM A;  3DN0 A;  4H9B A;  3NYA A;  1L03 A;  3EML A;  5KKI A;  3SB6 A;  1OQM A;  4GLA A;  1LZD A;  2RB1 X;  1L10 A;  3AZ7 A;  1C6N A;  3UON A;  3RUN A;  1VFB C;  236L A;  1IOS A;  2VB1 A;  2BQJ A;  2C8O A;  2B6W A;  232L A;  1DYB A;  4ANR A;  1O23 A;  1CU0 A;  209L A;  2EPE A;  3ZEK A;  114L A;  3AYQ A;  3WXU A;  1LJ3 A;  7LYZ A;  4G9S A;  1L21 A;  3RZE A;  3LYO A;  3SBB C;  1ZMY L;  205L A;  1RCM A;  224L A;  2BAA A;  1B9O A;  147L A;  1EQ5 A;  1TAY A;  3AJN A;  1HEM A;  1WVV A;  4CFO A;  1LHL A;  1B6I A;  201L A;  3GUI A;  1QIO A;  1L88 A;  2PC2 A;  4DD7 A;  5L9J A;  1C46 A;  1G7I C;  3WU7 A; 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