4EQ7A

Structure of atu4243-gaba receptor
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
320
structure length
320
Chain Sequence
NDLVFSSWGGTTQDAQKAAWAEKFMVETGINVLQDGPTDYGKLKAMVEANGVTWDVVDVEGDYAAQAGPKGLLEKLDFSVIDKTKLDPRFVTDYSVGSFYYSFVIGCNVDSVSACPKSWADLFDTAKFPGKRTFYKWSAPGVIEAALLADGVTADKLYPLDLDRAFKKLDTIKSDIIWWSGGAQSQQLIASAEAPFGSVWNGRMTALEQSGVKVETSWAQNITAADSLVVPKGTKNKDAAMKFIALATSAQAQADMATATGYAPVNIESAKLMDPKIAKSLPDQQTESQVNADMNYWAQHRDEIGERWYAWQAKHHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for selective GABA binding in bacterial pathogens.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium tumefaciens
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Polyamine)
total genus 98
structure length 320
sequence length 320
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4eq7A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4eq7A01
1A40A 2Y7PA 1SYIA 3WAEA 4QSDA 2XXRA 2RC9A 1A8FA 4UACA 3TCHA 5H8FB 3U72A 3T93B 3EQ1A 2Q2AA 5KCJA 5ICQA 3ZKKA 4IO3A 2QMWA 2I3WA 3K6WA 4NWDA 4IO2A 5I2NA 3CRBA 3MP8A 2ESNA 2B65A 3C36A 1MQHA 1O63A 1J1NA 3MQ9A 1LAXA 2HZKA 4F31B 4Q0CA 1D9YA 1M5DA 2QMXA 4YB7A 4R9FA 4WKMA 1Y4CA 2PX1A 2CZLA 3R6UA 3Q28A 3V5AA 2RCBA 3JYRA 1OLCA 3LSXA 3PPRA 2DSFA 1ZKBA 3PUWE 4KYDA 3MPLA 4NEDA 5DVJA 3SEXA 2D5WA 4N13A 4EQ9A 1B5HA 3MP1A 2FA7A 2PMSA 2I0CA 2DWAA 3DP6A 3OO6A 5FHNA 3U92A 2QSXA 2Y7RA 4MLVA 3SERA 4GL0A 2DXYA 3MW0A 1GGGA 5I59A 4DIGA 4PFYA 2PBWA 4JXIA 1LAGE 4I8CA 1B1HA 1Y1ZA 4LZ5A 4MBPA 1HSLA 5KDTB 3V83A 1NNKA 4F1YA 4LZ7A 4K3FA 4OQOA 3VVEA 1DTZA 4YKIA 4OETA 5TP9B 4GIZA 5H8QB 2QS2A 1FTOA 4G2ZA 1SQYA 3OO7A 1QJMA 1A55A 4O3BA 3EF7A 1S9TA 1N04A 2NVUB 3TQWA 2Z8DA 1OMPA 4ONYA 1B5JA 3MZBA 3W15C 2P2AA 4KCDA 3TCGA 2O7IA 3BFUA 1BKAA 1FTKA 2YJPA 3IB1A 3KJ7A 4WEDA 3O97A 4U1OA 4G4PA 5H8NA 3TTMA 4OFJA 4YB5A 2ONRA 4OESA 4YB6A 1Y4TA 3RNNA 5L9OA 2I4CA 2F97A 3UN6A 4ZEIA 3RT8A 4Q30B 4H5GA 1H3DA 1Z7ME 3QUJA 2DQVA 4MH5A 4F3SA 4FEBA 1R9QA 4MFIA 3A3UA 1OLAA 1VFEA 4EUOA 5AA2A 3L6GA 4GOTA 1MDQA 1IIWA 5FTIA 4RK2A 1NL5A 2F6PA 3SEYA 3LR1A 4H5FA 4HTGA 1VSOA 5EHSA 5HPQA 4XKRA 2F7CA 4ZDMA 1LFHA 3JV9A 1ZLQA 4GXAA 4AQ4A 3GLBA 3FVKA 1JVYA 1AH5A 3PUZE 4R74A 4G8NA 1B2HA 3QUFA 4P0IA 4ZS9A 3MPKA 4NF8A 3N94A 2R9JA 1POTA 4NTLA 1FCKA 3I5OA 3S9MC 4H8JA 4EXLA 3P7IA 1A54A 5B70A 1GV8A 3TMGA 1MXUA 2F35A 3M3LA 3MVXA 5I2KA 1FTLA 4JBZA 1XVYA 2A5TB 3TKDA 1O64A 3H6UA 4ND9A 2RF1A 1H76A 5I84A 3TTLA 2UVHA 4ZZEA 4NF5B 4PP0A 3U94A 4YKKA 3O66A 1ANFA 2E1SA 3C32A 1I6QA 1Q35A 1UTHB 4GQOA 2HZLA 1ZMGA 4QHQA 1PBPA 3PUYE 1PB9A 3M3FA 3R26A 4H65A 3Q27A 3T9HB 3PPQA 4BLAA 2OZZA 3O6GA 1B5IA 2OBGA 1MH4A 3PMXA 4QFNA 2O7UA 4QSEA 1JW5A 4NF4A 3S9NC 3V8XB 1QUKA 3ODBA 2QL3A 4QRZA 1DTGA 3OXNA 1UIUA 3N6UA 1MY1A 3TFLA 3PU5A 3FV1A 3O29A 5CBSA 3G3GA 2AL5A 2QS4A 2AL4A 1H43A 5JTYA 4NF6A 4MLQA 4HCYA 2YLNA 5I56B 3C35A 4XXUA 1MQIA 5CC2A 5H8HB 4HS7A 3VXBA 2REJA 1POY1 1SW5A 2Q8JA 3HV1A 3LSLA 4EF2A 1S7YA 5I57B 5J1DA 2AYSA 4ELOA 2H9BA 3KSJA 1WDNA 3H03A 4PE5B 4KD5A 3L6HA 1VFDA 4C1UA 4F3BA 2DWHA 1B3HA 3SEUA 1BTJA 2H99A 5ITOA 1B3EA 3LC8A 4P0GA 4THIA 2DXRA 4RNSA 4U2RA 4ELQA 4G8HA 2NWJA 4I9DA 3PMVA 3C9HA 3C4MA 1H45A 4N07A 1BIYA 1PDAA 4OWDA 1Q1KA 5JEIA 4KFQA 1B1XA 3HN0A 2AIXA 2X26A 4XKPA 1R6ZA 3FVOA 2HXWA 3CSBA 3OSRA 1JETA 1OVTA 4RK9A 2XXXA 5DTBA 1SVXB 1RKMA 1MRPA 1N7XA 2ZYOA 4GLIA 4QFOA 5CRYA 4YMBA 4JSDA 4OHNA 4BDRA 3CVGA 3USDA 1FQCA 3UK4A 4GL8A 3IL1B 3KN7A 3KN3A 3IO4A 1PEBA 3OMBA 3G3IA 3MP6A 4Q5TA 1FQFA 1WODA 4GF8A 3B6TA 5KDTA 3KN8A 3UORA 2UXAA 2OJTA 4QSCA 1MPBA 4POXA 4E0XA 3K1PA 3IJXB 2XD2A 4ZZAA 3IORA 5AE4A 3TDJA 1DOTA 4IO4A 5I58A 4IO5A 4NMYA 4EXKA 1UIVA 3TODA 3DP4A 3VVFA 4OEVA 4XKQA 1MY4A 3HHGA 1A99A 2B3BA 3N5LA 2I0BA 5FTHA 2RC7A 3T22A 2M8CA 1EZOA 3K02A 4F29A 2Z23A 2XXIA 1LLSA 3TELA 1P1NA 1MPDA 1JEVA 1B3FA 3O6IA 4H6DA 2O51A 4RXLA 1SYHA 4DCYA 3K6XA 3TUSA 4FECA 1IXHA 2E0SA 1RYOA 2NUVA 2F34A 2XXTA 4ZEBA 2DVZA 1EU8A 3H7MA 4R72A 4OZ9A 1YCJA 4KHZE 1LFGA 3KEIA 5F1QA 3A3CA 3MVWA 1B32A 2P1SA 4IY5A 3PPNA 3ZKLA 3FIRA 1MY0A 3MVZA 5A5XB 1USYH 1PC3A 2H25A 2V3TA 4WXJA 5LOMA 5DYHA 3PV0E 2XXPA 3T9XB 1MM6A 1DSNA 1LFIA 3VXCA 1UQWA 4ZE9A 3OO8A 1OIBA 2VD3A 3KSXA 5EYFA 1B40A 4OENA 3A09A 4XIGQ 4PETA 3O6HA 1Y3QA 2RKMA 3RTWB 2O68A 3GZGA 3T96B 2Y7WA 2DWJA 3G3JA 3U93A 3DP8A 4EQBA 4G68C 1URGA 1ZIUA 2VP1A 5JK4A 3RQTA 3K0VA 1RYXA 4OVJA 5DT6A 5ELVA 4GVOA 1B7ZA 4DLDA 5ICTA 2A5TA 2H5YA 1YAEA 1N84A 3B6QA 1HSJA 3TAJA 1XS5A 2ANJA 4NF5A 1UTBB 1AIVA 1B05A 1Y3NA 4R2BA 3AXFA 2V93A 5CM6A 1USYE 3Q29A 3TYHA 5AA4B 1B52A 4BDMA 5IAIA 1MY3A 1B0LA 1LCFA 4XKNA 3EHUA 1TXFA 2PT1A 3VLVA 4QFLA 2HEUA 3Q26A 3CR9A 4H1XA 3TPAA 4QFPA 1MXWA 5AA3A 1B0HA 2Z8EA 3ILUB 1JEUA 3HSTA 1MDP1 4LZ8A 4YKJA 3D4CA 3RGYA 4M1VA 3QXMA 2PYYA 4FAJA 2PT2A 4KPTA 2ZMBA 4R2FA 3K1NA 1N7WA 3G3HA 4BDNA 2P0SA 1LCTA 4YKPA 2OWSA 1VE4A 5H8HA 1IXGA 4DXCA 5L9MA 3F11A 2IA4A 4ZEDA 4FORA 2O6AA 5I57A 1SBPA 3KG2A 3T9VA 1I6AA 3H3GA 2DS9A 3IJOB 4GWOA 1M5EA 2NXOA 3I3VA 5TU0A 4YMAA 1NNPA 3IOTA 4G68A 3GXAA 1Z7NE 3K1MA 1M5BA 1IUDA 4WEPA 1B6HA 2XX8A 1BLFA 3UIFA 5DVFA 3SESA 2ZXTA 1M5CA 3K2DA 5I59B 3HHFA 1AL3A 3RN8A 2ZYKA 3IAZA 2UYFA 4L17A 2GHBA 3T9UA 1MG1A 2R71A 4N6PA 5AA2D 2RINA 4F1UA 1B4ZA 4U4XA 3W9WA 5H8SA 3UP9A 4FJPA 5DEXA 3QYTA 1PB7A 3CFXA 3OENA 3G3FA 2UVJA 1QUIA 2VHAA 1M5FA 3Q25A 4AB6A 4JWYA 1MH3A 5DVIA 2Y7KA 4ESXA 2V25A 1IITA 3MUQA 2HCAA 3T66A 3QIMA 5M2VA 1A8EA 4O3AA 1L5TA 3JZJA 4DDDA 4BDOA 3FJGA 1XHYA 3H4ZA 3OOAA 1SD3A 1PB8A 4DXUA 3I6VA 5K2XA 3SETA 1B4HA 1GR2A 4U1ZA 1YPNA 5TPAB 3MZ1A 2ZNUA 4IGTA 5HM4B 2DVCA 4EDPA 5KZTA 1Y1MA 4F2QA 1I69A 1LB9A 2I48A 4ECFA 3H6TA 1ELJA 4KYSA 5H8FA 3E4RA 4U4SA 3LUYA 3SKPA 2G29A 3H06B 4C1TA 4U23A 3MAMA 2QS1A 5CMBA 2UYEA 2Z8FA 2GRVA 3TEPA 3OEMA 2HFBA 4FE8A 1I6BA 5CMCA 1NKXA 1Y3PA 1LAFE 4X48A 1IXIA 3FZVA 3E3KA 4RPOA 3MWBA 4NF8B 2RC8A 3IOWA 4LP2B 1CB6A 1FQAA 4PQJA 1OVBA 2FYIA 3FXQA 4LATA 3FUZA 3S2VA 2F5XA 1JW4A 4RA1A 5I2KB 3PGFA 1HSEA 1MXXA 3O28A 4AB5A 4OXVA 3VFJA 1SW1A 4F3PA 4H67A 2QJEA 1IXCA 3N26A 5K2YA 2I3VA 1DMBA 4OTEA 3M8UA 1EH3A 3RT6B 2PVUA 1MM7A 2XX9A 1NFTA 3KFMA 2HAUA 1JNFA 3MBPA 1B3GA 1MXYA 1URSA 3CFLA 1ZU0A 3IOVA 3FV2A 3MJNA 3O2AA 3TTRA 4YICA 1TFDA 5ITPA 4R6YA 2XXVA 3TZAA 4X1BA 1IEJA 3QSLA 2UVGA 5TP9A 3IX1A 3FXUA 1ZJLA 5H8QA 4OFLA 3LSWA 1XC1A 2ZNSA 2DOJA 1US5A 1UTBA 1F9BA 3BKIB 1FW0A 4ZEKA 5JTYB 4NF6B 5CMKA 3K00A 2F8DA 1AMFA 4X9TA 3SEVA 3OO9A 3C34A 1N3WA 1QVSA 2Q2CA 4HCWA 4IY6A 4IB2A 1S50A 4LUBA 2XD3A 1B46A 3RTFB 4KR5A 3DM0A 4UA8A 4F1VA 2FNCA 4TOZA 2D3IA 3K01A 1LGBC 1R1NA 4FATA 1GTKA 2DWIA 1B58A 1NH7A 4ZE8A 3PD8A 2GHAA 3CFZA 3IO6A 5FHMA 4RY1A 3DELB 3TTNA 3LSFB 2VD2A 4TQUQ 3CI8A 4R6KA 3S9EA 1T0KA 1LB8A 3ONMA 4G77A 2F6GA 2Q9TA 4G8MA 2DE4A 1MQJA 4JDFA 4IO7A 4OEUA 3SEWA 1QW0A 2WKYA 1QKBA 3DLNA 1URDA 4KYEA 2UVIA 2REGA 3ECRA 1PBQA 1BP5A 1LBBA 3PUVE 3W9VA 1OQGA 3FXRA 4U22A 4LONB 3S9LC 1EZ9A 4KQPA 4GD5A 3UA8A 4TLLB 1SI1A 2OCUA 3EHTA 1FQDA 1EZPA 2F78A 2Y7IA 4Q8RA 4GXSB 1N3XA 2I6EA 3KOSA 5BWJA 3VDFA 3HPIA 4I62A 3MVYA 5BUUA 2G93A 4RJZA 4PFTA 3KGCA 4KI0E 4R75A 3E9XA 4ZEFA 2ALUA 3IB0A 4OFOA 5CMMA 1UTHA 3OSQA 3PD9A 1AOVA 2A5SA 2F36A 1SW2A 1CE2A 3BFTA 2KLFA 4IGRA 2V84A 5I58B 3PMWA 1SDXA 5L9SA 5ISUA 1LSTA 1P99A 1LBCA 2I4BA 4ISUA 2QPQA 5KCJB 4F39A 3RUMA 1P1QA 1D3KA 2R6GE 3S4UA 2VOZA 3MZ9A 3RPWA 2THIA 2ABHA 5I2NB 2XXQA 5TPAA 1MS7A 3G7WA 2DE3A 3FATA 1TT1A 4E0WA 4YU0A 3RY3A 3HCQA 5FHOA 4ELPA 1MY2A 3D4GA 5I56A 4BDLA 5CBRA 1N76A 1SW4A 5B7DA 2HQ0A 2XXUA 3VV5A 3WAFA 3E13X 4H8IA 3UGWA 2ZYNA 4F3GA 1MPCA 5CI5A 3FD3A 3H6WA 3PPPA 4LVQA 3B6WA 1ZBMA 1SI0A 3TQLA 3FASA 1II5A 4XTCQ 2ONSA 3M3KA 1ZTYA 4H0WA 3MC2A 2IEEA 2O1MA 4PFUA 1P1WA 4LQ5A 1IQ7A 1N0TA 1B3LA 1OQHA 5AA1A 3VE1B 3K6UA 3RLFE 3FJMA 3CG1A 4U21A 4P11A 4MF3A 2VGQA 2GFEA 1TFAA 1ATGA 1B7HA 2OWTA 4EQ7A 4FEDA 4F18A 2QS3A 3IOUA 3CG3A 3K4UA 4DCXA 2LAOA 1DPEA 3C31A 3VVDA 1MQGA 4FIMA 2H4IA 1IZ1A 2V3UA 3KOTA 1O7TA 2OLBA 1VR5A 1JW1A 3KZGA 3FVNA 4Z0IA 2F7AA 1WVJA 4NE4A 3OD7A 2V3QA 3EHSA 2NOOA 4DXBA 1LAHE 2O69A 2D21A 1MXVA 2YPNA 1P1OA 4QF9A 4F22A 3BBRA 4ESWA 3U1OA 5HBCA 4BDQA 4ELRA 2CMOA 4TLMB 1H44A 3LBSA 3KJTA 1A7LA 3ZSFA 4Z7EA 1GVCA 2XXHA 1US4A 1QULA 1B9JA 2DE2A 5H8NB 3ILTB 3EN3A 4POWA 1FTMA 4GFRA 5F7VA 1DPPA 1QKAA 2RCAA 4R9GA 4GRKA 4RYAA 2ZNTA 4I1DA 4OMBA 4JB7A 2I49A 4PFWA 1Y20A 1NH8A 1XVXA 1KWHA 2W7YA 1JVXA 2X7QA 3TCFA 5AA2B 2O1LA 2Y84A 4JWXA 3THIA 5EHMA 1TWYA 3FVGA 3G3KA 3R7XA 1QUJA 4O3CA 3EPEA 1NMUA 3IB2A 3B7DA 2BJJX 2X7PA 3N6TA 1B51A 2O84X 4R73A 3SDFA 4QFKA 4NWCA 1D9VA 2OK2A 4F2OA 4IO6A 2XX7A 1P1UA 4F19A 2ONKE 2HAVA 3CIJA 4YAHX 4HW8A 3PUXE 2QRYA 4G68B 2Q89A 4X1DA 2B3FA 1FQEA 1JQFA 3QK6A 1D4NA 3FGSA 1MXZA 3O9PA 4JWOA 3ZS6A 2F7BA 4DZ1A 3C33A 4JSOA 4KCCA 4C0RA 1NNTA 3VLWA 5A5XA 3FJ7A 4LA9A 3GBBA 4EF1A 5IKBA 2I58A 5DEXB 4ZECA 3IR1A 4OYVA 3K6VA 1YTVA 3CSGA 1FQBA 4M4GA 4DE8A 2DYXA 1Y9UA 1NNFA 2XHDA 3V89B 2ZYMA 3IK6B 4R6HA 2GH9A 1XT8A 3HO7A 3PPOA 2XXWA 3U8QA 4NF4B 3OELA 2Z22A 2DP8A 3GBAA 3QAXA 2Q88A 3TTKA 4YZZA 1FTJA 3OEKA 2XXYA 5L8DA 1B7UA 3KBRA 4LQ2A 1MQDA 4OERA 1R9LA 3H6VA 3VLUA 1XOCA 4RPNA 5AA4A 2H98A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1A40A 2Y7PA 1SYIA 3WAEA 4QSDA 2XXRA 2RC9A 1A8FA 4PAKA 4UACA 3TCHA 5H8FB 3U72A 3T93B 3EQ1A 2Q2AA 5KCJA 5ICQA 1FBFA 3ZKKA 4IO3A 2QMWA 2I3WA 3K6WA 4NWDA 4IO2A 5I2NA 3CRBA 5ET8A 3MP8A 2ESNA 2Q74A 1FBGA 2B65A 3C36A 1IMEA 1MQHA 1O63A 1J1NA 2ZZXA 3MQ9A 1LAXA 2HZKA 4F31B 4MAGA 4Q0CA 1D9YA 1M5DA 2QMXA 4YB7A 4R9FA 4WKMA 1Y4CA 2PX1A 2WYKA 2CZLA 2Q8MA 3R6UA 5IZ3B 3Q28A 3V5AA 2RCBA 3JYRA 1OLCA 3LSXA 3PPRA 2DSFA 1ZKBA 3PUWE 4OVTA 4KYDA 3MPLA 5A5LA 4NEDA 5DVJA 3SEXA 2D5WA 4N13A 4EQ9A 4P47A 1B5HA 3MP1A 2FA7A 2PMSA 2I0CA 2DWAA 1NV4A 3DP6A 3OO6A 5FHNA 3U92A 2QSXA 2Y7RA 4MLVA 2B4MA 4GL0A 4GWUA 3SERA 2DXYA 1K9ZA 3MW0A 4MJOA 1GGGA 2VPOA 5I59A 4DIGA 4PFYA 2PBWA 4JXIA 1LAGE 4I8CA 1B1HA 1Y1ZA 4LZ5A 4MBPA 1HSLA 5KDTB 3V83A 1NNKA 4F1YA 2F3BA 1DCUA 4LZ7A 4K3FA 4OQOA 3VVEA 1DTZA 4YKIA 4OETA 5TP9B 4GIZA 5H8QB 2QS2A 1FTOA 4G2ZA 1SQYA 3OO7A 1QJMA 5DW8A 1A55A 2HHMA 4O3BA 1FPJA 3EF7A 1S9TA 1N04A 2NVUB 3TQWA 2Z8DA 1OMPA 4ONYA 1B5JA 4NHBA 3MZBA 4N17A 3W15C 2P2AA 4KCDA 3TCGA 2O7IA 3BFUA 1BKAA 1FTKA 2YJPA 3IB1A 4G61A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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