4ER1E

The active site of aspartic proteinases
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords ENDOTHIAPEPSIN
publication title The active site of aspartic proteinases
pubmed doi rcsb
source organism Cryphonectria parasitica
total genus 80
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 1990-10-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4er1E02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4er1E01
3UQPA 5P6PA 5P8BA 4WTUA 1LEEA 4Y51A 5P7YA 2UY0A 4QLHA 5P6IA 5P49A 3LZYA 1CPIA 5P5CA 3LPIA 2ZJIA 4RLDA 3KMXA 1DPJA 3HAWA 3OUBA 3ZPTA 5P7AA 3BUHA 5P03A 2AVMA 5P4RA 3ZKXA 5P3WA 3OUAA 3NLSA 4M8XA 1LYBA 4CPTA 2VIEA 4Y3EA 5P8QA 5HU1A 1GVVA 3D1YA 4YBIA 4Y6MA 4FSEA 5T4SA 1G0VA 2QZXA 1AXAA 3L3AA 1EBYA 4H1EA 4J1EA 5JFPA 5P2OA 5P2YA 1OEWA 5P0XA 3DCRA 4Y5BA 3UDJA 5F01A 5P3NA 4PEPA 5P8HA 1BXOA 4EPJA 5P55A 4Y3SA 2AIDA 5P2WA 2QD6A 3IN3A 3N4LA 4FM7A 1FKNA 1XN2A 4D85A 4I0HA 5P07A 4Y3GA 5J25A 1M43A 1BVEA 2I1AA 5P1YA 4Y5PA 1IDBA 1E80E 2I4DA 4RRNA 5P19A 5DR1A 3QI1A 5SXNA 4R92A 5P39A 5P77A 3ZKNA 5P41A 3EKTA 5P6BA 1BWAA 1FQ4A 4B05A 5P2JA 5P1SA 5P5OA 5OZXA 2QMGA 4OBZB 5OYTA 3BRAA 4MC1A 5P8DA 2VS2A 1APWE 3PCWA 5P48A 3TNEA 5P4LA 2RMPA 5P17A 2PQZA 5P50A 4GJ5A 2B7FA 1YTIA 1PSOE 5P7CA 3S53A 5HE5A 4YCYA 5P3FA 5DGWA 1APTE 5KQYA 5OZ2A 4LAPA 3VCMA 2JJIA 4F74A 4FM6A 1HBVA 3O9LB 1MRXA 5TOLA 5P4WA 3NWXA 5P2AA 2AOFA 4L1AA 1QDMA 5OZNA 5P7ZA 5P8IA 3SA3A 5P18A 4DJVA 4FL8A 5OZ8A 3WZ7A 5P8AA 5KQXA 5HD0A 1EPLE 4DJOA 5P2XA 2O4LA 3KN0A 4TVHA 5DR8A 4RROA 3O99A 3VSXA 1MVPA 1HPXA 3S43B 5P7EA 2CEMA 2R43A 4FE6A 3EL1A 3QROA 5P3TA 2QNPA 3MSLA 1MRWA 1HTGA 1GNOA 5OZFA 3ZPSA 3FNTA 5P1WA 1AM5A 5P4FA 4UPJA 4H3FA 2AOJA 1MTBA 2R5QA 2ZJHA 5P43A 5P0EA 2QHYA 1YT9A 3SO9A 3VF3A 1CZIE 5ENKA 3K5DA 3PSYA 4YBFA 5P4NA 5I3YA 4Y5LA 4TRYA 3IVHA 2R3TA 4U7VA 3SACA 2V13A 4BEKA 3RU1A 3BUFA 7UPJA 1ODYA 2Q5KA 5ENMA 2RKFA 5P5BA 4OBHA 4I8WA 7HVPA 4Y58A 4DJWA 2QMDA 1C70A 3UDRA 5P3MA 5P05A 3TOFA 1TCWA 4QJ2A 5AHAA 5P6MA 3B7VA 3SM2A 3OUDB 4Y5NA 4J17A 3PGIA 4OBFA 5UPJA 3PMYA 1K2CA 5P6NA 5OZWA 2V11C 1ZSRA 3U6AA 2PWRA 4M8YA 3S7LA 1D4SA 5P47A 5P4IA 5P8EA 2VA7A 5P12A 1SDVA 2OHSA 2QMPA 1T6EX 5P1RA 1IIQA 2P3CA 4B72A 1LF2A 1UH9A 3KFNA 1TQFA 4EXHA 4Z22A 4BFBA 3PB5A 5P0ZA 1C6YA 3GI4A 5P2IA 3VV8A 2FGUA 5OZTA 2WF3A 2BB9A 4Y47A 5P0OA 1BBSA 2QP8A 3VEUA 2XFJA 1IVQA 2VIJA 2V16C 2IKUA 1TCXA 4PPHA 3OAGB 5P67A 3PM4A 3EL0A 3HBOA 1LYBB 3TLHA 1MT7A 3ZPUA 3CIDA 4NJSA 3T11A 5P89A 4I8ZA 5P13A 3S85A 1KJ7A 3L58A 5P2BA 3EXOA 5P65A 4CPRA 3DV5A 4ZE6A 2ANLA 2PH6A 5P09A 6FIVA 4FGXA 4YOAA 5IS4A 5P52A 1XDHA 3QVCA 4ER2E 1KJ4A 2HPEA 5P8RA 4ACUA 3RVIA 2IL2A 3DV1A 4DJXA 1W5YA 3PJ6A 4Y50A 3OY4A 4Y57A 3L5DA 5I3XA 3BGBA 4LXMA 1HWRA 1W50A 5P6HA 4Y43A 3R0WA 5P1QA 1LYAA 4Y5CA 5P0TA 5P46A 3L5BA 2B42A 1SMEA 1NPWA 3BXRA 3OHFA 5P6AA 5OZHA 3ZL7A 2QI1A 5OZUA 5P7RA 5P8NA 5P3BA 1D4IA 1SIPA 4GJBA 1EPRE 3K5GA 5P4TA 2I4XA 4ZSMA 3TKGA 2FXDA 5DQ2A 4Y5KA 3D3TA 3R4BA 3LZVA 3S56A 3S8IA 5P6YA 3OU1A 3R0YA 4EJDA 2G27A 1HIIA 3PVKA 2AODA 4JECA 4J1FA 1ZPAA 4J1IA 3CICA 5P0WA 2P83A 4L1AB 3KDBA 4DI2A 1D4JA 1FG8C 5HVPA 5P1PA 5P4XA 1APVE 4LXKA 3IGBA 5P22A 5P3RA 3F9QA 3DUYA 1BV9A 2BPZA 5P27A 5P81A 4YD4A 2BKTA 4RVXA 1HXBA 2QD8A 3OOTA 3GI5A 1LZQA 3MSKA 5IVQA 5P53A 5OZSA 3SPKA 2R9BA 3L59A 3FSMA 5P4ZA 5P1BA 1T7IA 1IZDA 2HS2A 2VJ9A 3UQUA 5OZIA 2FIVA 5OYXA 5P30A 5P0HA 3R1GB 3S2OA 2NXDA 3BVAA 4LL3A 4B0QA 3LIQA 4YD6A 5P8JA 2QZLA 3BXSA 2BPXA 4Y3AA 5P5TA 1OHRA 4CMSA 2NTRA 5OZLA 1FQ8A 5P5EA 5OZGA 2AOHA 1APUE 3UQWA 3B80A 4DFGA 3O9AA 3OGQA 4EWOA 1G6LA 1MEUA 3URJA 5DR7A 1AJXA 5HDXA 3MSJA 1E81E 4Y45A 5IVRA 5C9BA 1FQXA 1ODWA 1RPIA 3APPA 1SBGA 5P8GA 5P3YA 3O9FA 1QBTA 1YTJA 3GGUA 5DR3A 5P5ZA 2ZJJA 3A2OA 5P2RA 5P5LA 2NXLA 5P8KA 4J0PA 3TPRA 4Z2ZA 1TSUA 4DUSA 1B6KA 4U7QA 1U8GA 4Y36A 4RYGA 1FG6C 5EZZA 2OHLA 1W51A 3TTPA 5KQFA 4ER1E 1LV1A 4X2LA 4Y4BA 5KR0A 1ZTZA 2ZHSA 4I0GA 4Y9WA 3I7EA 5P4GA 2IGXA 4K4QA 2G24A 2G1YA 1ZBGA 5P0BA 3SM1A 3FKTA 4PZWA 4B78A 1AZ5A 4L7GA 3MXDA 1EC1A 3KM4A 2AVQA 4Y4GA 4FRJA 3ZOVA 5I3WA 3T7XA 2PYMA 2IS0A 4FAEA 4Y3JA 4OBKA 5P3PA 1A30A 1HSHA 5OZ0A 2ZGAA 4YD3A 5P8SA 5P79A 5P7JA 3O9GA 4ZPEA 5P57A 4I0FA 5OZCA 1KJFA 4F76A 5P5AA 4K4PA 1A9MA 1HSGA 2G1OA 5P7HA 3NU6A 4J0YA 4HDPA 3VYDA 4J0TA 1XL2A 5P0NA 5P2UA 3KFSA 2PWCA 1DW6C 3LIVA 1HPOA 5P6SA 1LYAB 1BILA 2P4JA 1NPVA 1MESA 5P02A 3UDHA 5P69A 4Y35A 1K6TA 3KMYA 1FIVA 4MC9A 5P68A 5P00A 3KYRA 5P7UA 5P71A 4DJUA 4CPSA 1BAIA 1FFIC 5P08A 2HAHA 1LS5A 3ZKQA 2XYFA 1HIVA 1AIDA 3ZKMA 4MC2A 5P4BA 4B1EA 5P1DA 5P59A 1FFFC 2AZCA 2NPHA 5P3SA 5P4HA 3VF7A 5P4JA 3VLBA 2OHMA 5P1IA 1J71A 2QZWA 3KA2A 5P4PA 1FLHA 2O4NA 3BVBA 1B6LA 1MT9A 2NNPA 1SH9A 1UH7A 4AMTA 1SIVA 1HPVA 4RRSA 1LYWA 5P4EA 2ZE1A 2G1RA 3APRE 1FMUA 3G72A 5P5NA 1DP5A 1G2KA 1PPKE 4COEA 3KDDA 4FS4A 3PSUA 3T7QA 3CKTA 5AH8A 5P82A 3LPJA 1FF0C 1G35A 3IA9A 3TPPA 5P80A 3L5CA 5BWYA 5P3GA 5P14A 3OQAA 4DQCA 5P37A 4K9HA 4ZEAA 5P5PA 3KT2A 3LHGA 5OYRA 1E5OE 4Y3YA 5P6QA 2IQGA 3QBHA 3OXWA 2BPWA 4QJ8A 3UDKA 1EAGA 1W6IA 1F7AA 3DCKA 5P6KA 5P32A 4ZSQA 1HPSA 1D4YA 3SFCA 5P3HA 1ZSFA 2JE4A 1HEGE 5P1UA 4FRKA 5DQ5A 4ZPGA 3Q5HA 2QAKA 5P2EA 1D4HA 5P70A 1NH0A 2BJUA 5KR8A 3UDMA 3LPKA 3NYGA 3DOXA 4RVJA 3SABA 1XS7D 1TSQA 5P2KA 2RSPA 6UPJA 1ZP8A 2OF0A 4FSLA 3LIZA 4Y5GA 2I4UA 1HVSA 4Y3HA 1IBQA 5P5KA 4YOBA 3URIA 1T6GA 1N49A 4ZIPA 5P7NA 4F73A 3EKPA 5P6EA 3URLA 2QI3A 4XX3A 3NU4A 3R2FA 2J9KA 1K6CA 1TZSA 5E5KA 1SDUA 2I4QA 5P42A 5P66A 3TPLA 3SQFA 5OYWA 5P26A 4Y3WA 5P1JA 5P15A 1Z8CA 1IDAA 5P2ZA 4D83A 2V00A 4A4QA 5P84A 5P3ZA 3SA9A 1QBUA 2F3KA 1A8GA 4GJ9A 5P8UA 2VIZA 5P6XA 4HZTA 5OZ5A 5P2MA 5P6GA 3NU5A 2PSVA 3SKFA 3HVGA 3QRVA 3UDQA 3SA5A 4OBDA 4KE0A 4CP7A 5COOA 2O4SA 3FNSA 5CONA 1EC3A 5DGUA 3K4VC 2FS4A 2CENA 1BDQA 5P1TA 5P44A 4Y4AA 4Q1WA 5P83A 3RTNA 4Y53A 2F80A 3OXVA 2HB4A 4GJCA 5AGZA 3JVWA 4B77A 1YG9A 3INHA 3INFA 4K8SA 5IE1A 2BPVA 5P1MA 2I4VA 5C9FA 3NWQA 4OD9A 5COPA 2AZ9A 3HVPA 1PPLE 1AAQA 5P0QA 4Q5MA 5P2SA 1MUIA 2A1EA 4GJ6A 4J1HA 4Y5AA 5P6RA 4DJQA 5IVSA 2SAMA 5P2QA 4NPUA 1ZAPA 3QRMA 5P16A 5JODA 2QI7A 4HA5A 5P88A 4GMIA 2H6SA 3EBZA 3O9IA 2BKSA 3HLOA 5P3CA 4OBJA 4Y44A 3T7PA 2AQUA 5ISJA 4IVTA 5AH7A 2PH8A 3EKVA 5BRYA 3CYXA 4I0EA 5OZKA 4GJ7A 4I0ZA 1ZJ7A 4L7JA 3NU9A 3LIXA 5OZRA 5BS4A 5P4MA 5P3DA 4DQEA 1MT8A 5P0FA 2G1NA 3NDWA 2VJ6A 5HU0A 4D8CA 4HDFA 4EHCA 3Q6YA 5P1CA 3OHHA 5P75A 4DQGA 1ME6A 5DR0A 5OZDA 4HEGA 3TPJA 3UQRA 3BC4A 5P1GA 5COKA 2HB2A 3H5BA 5P7KA 4Y48A 5P1KA 4D88A 3LINA 3O9DA 3PEPA 1ENTE 1BDLA 2AZ8A 3WZ8A 1LF4A 3IXJA 5P34A 2Q55A 1BIMA 3PCZA 3OWNA 1HXWA 3CKRA 5OYSA 2BBBA 1HSIA 5OZ6A 1LYWB 4APEA 1PROA 1NPAA 2JJJA 3UFLA 2ZHRA 4B00A 1D4LA 4R8YA 1B6MA 2P3BA 3LIYA 1MSNA 2AOEA 5P4YA 2IKOA 3UPJA 3O9HA 3ZKGA 2PYNA 4YD7A 1HHPA 2O4PA 2ASIA 1HTRB 5OZBA 1HVLA 5P3IA 2O4KA 2WECA 1MERA 5P4CA 5P0PA 3I25A 5OZ9A 5P7TA 3DJKA 5P33A 5P4VA 4X7IA 5P5HA 2FNSA 5P3VA 4J1CA 4Y4ZA 5P3AA 1BWBA 3D20A 1MSMA 1YTHA 4QJ7A 5P6LA 3UDPA 1W5WA 5C9DA 5B18A 4ZSPA 4U8WA 2F81A 5P4DA 5CLMA 2RENA 5P1FA 3D1ZA 3D1XA 5OYQA 2IGYA 2AOIA 3UDYA 3OADA 5P06A 3RSVA 3G6ZA 4L6BA 5P45A 4DQBA 6APRE 3KDCA 2VA6A 4PYVA 2WEDA 5P0LA 2WF2A 2J9JA 2FLEA 5P3JA 3HAUA 2NMZA 4GZFA 4FIVA 1SGZA 5P7SA 3PWRA 2OHNA 5P6FA 2PC0A 3OU4A 4B70A 2Q11A 4QJ9A 4R95A 2CEJA 5P60A 4Y3TA 5P2FA 4NJUA 4CPWA 2B7ZA 4Y38A 5OZPA 1ZPKA 3PMUA 1FQ6A 4Y4JA 3QRSA 2A4FA 5P7XA 4LXAA 1EC0A 3K5FA 3OXCA 1UPJA 3ZKSA 5P1XA 4GJ8A 5P73A 4IVSA 5AH9A 2ZHUA 4YD5A 3EKYA 4DJRA 2HS1A 4Y4XA 3NU3A 5P6VA 3HDKA 5KQZA 5P5FA 1VIKA 2QHZA 4YCTA 1BDRA 1FB7A 4H3JA 2WF1A 5F00A 3I2LA 4DH6A 5P0CA 5JFUA 2QI0A 2IRZA 3NDUA 5P7FA 2OAHA 5OZVA 5P4OA 3NXEA 5OYUA 2HM1A 1HOSA 2VNMA 1IVPA 3GGVA 4J1KA 1QS8A 5DQ1A 5P3OA 5P4QA 4K4RA 1PFZA 5OZYA 3QN8A 5P0VA 1EPPE 3CKPA 4Y54A 4OD9B 3VYEA 4TRWA 5P8CA 5KOSA 5KR2A 2G1SA 4QJAA 2G21A 3QPJA 4QGIA 1FMXA 4EJ8A 3L5FA 4FCOA 2G94A 2FGVA 1KJGA 3S43A 4I10A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3UQP A;  5P6P A;  5P8B A;  4WTU A;  1LEE A;  4Y51 A;  5P7Y A;  2UY0 A;  4QLH A;  5P6I A;  5P49 A;  3LZY A;  1CPI A;  5P5C A;  3LPI A;  2ZJI A;  4RLD A;  3KMX A;  1DPJ A;  3HAW A;  3OUB A;  3ZPT A;  5P7A A;  3BUH A;  5P03 A;  2AVM A;  5P4R A;  3ZKX A;  5P3W A;  3OUA A;  3NLS A;  4M8X A;  1LYB A;  4CPT A;  2VIE A;  4Y3E A;  5P8Q A;  5HU1 A;  1GVV A;  3D1Y A;  4YBI A;  4Y6M A;  4FSE A;  5T4S A;  1G0V A;  2QZX A;  1AXA A;  3L3A A;  1EBY A;  4H1E A;  4J1E A;  5JFP A;  5P2O A;  5P2Y A;  1OEW A;  5P0X A;  3DCR A;  4Y5B A;  3UDJ A;  5F01 A;  5P3N A;  4PEP A;  5P8H A;  1BXO A;  4EPJ A;  5P55 A;  4Y3S A;  2AID A;  5P2W A;  2QD6 A;  3IN3 A;  3N4L A;  4FM7 A;  1FKN A;  1XN2 A;  4D85 A;  4I0H A;  5P07 A;  4Y3G A;  5J25 A;  1M43 A;  1BVE A;  2I1A A;  5P1Y A;  4Y5P A;  1IDB A;  1E80 E;  2I4D A;  4RRN A;  5P19 A;  5DR1 A;  3QI1 A;  5SXN A;  4R92 A;  5P39 A;  5P77 A;  3ZKN A;  5P41 A;  3EKT A;  5P6B A;  1BWA A;  1FQ4 A;  4B05 A;  5P2J A;  5P1S A;  5P5O A;  5OZX A;  2QMG A;  4OBZ B;  5OYT A;  3BRA A;  4MC1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2ZYE A;  4RCF A;  3FX5 A;  3VYF A;  1EED P;  9HVP A;  1K2B A;  3LIT A;  4EP2 A;  2P8H A;  2XFK A;  2QI4 A;  5P54 A;  3I8W A;  4Y41 A;  3UTL A;  5P5X A;  3INE A;  4FLG A;  1SDT A;  1XE6 A;  5P5J A;  4Y4E A;  2ER9 E;  5JG1 A;  4TVG A;  3EMY A;  5P1Z A;  2G26 A;  3VUC A;  2OHT A;  2Q54 A;  5P2L A;  2F8G A;  4YHQ A;  1HTE A;  4CPQ A;  1EPN E;  5SY2 A;  3ZKI A;  1EPQ E;  1E82 E;  5P29 A;  1WBK A;  5P1L A;  2QU3 A;  3HD8 A;  3OXX A;  5E5J A;  1YTG A;  5OZQ A;  4LP9 A;  5P24 A;  2PSG A;  1EBZ A;  4KUP A;  5AH6 A;  3PBZ A;  3OQD A;  5DPZ A;  4AZY A;  5P1H A;  3K1W A;  2BPY A;  1WKR A;  2PK6 A;  4Y4W A;  4B1D A;  4Y4T A;  5P0S A;  2ER7 E;  3KT5 A;  3SA8 A;  3O9E A;  4JPC A;  2FNT A;  2Q15 A;  3EL5 A;  3OTY A;  2Z4O A;  2ZJL A;  4AA9 A;  1HRN A;  3PBD A;  5P8P A;  5OYY A;  5OZA A;  1HVR A;  3NUJ A;  3VV6 A;  4GJD A;  1Q9P A;  1T3R A;  1M4H A;  2QMF A;  3PI0 A;  5P6W A;  3DK1 A;  3CYW A;  1A8K A;  3IN4 A;  5P2H A;  5ER2 E;  3ZLQ A;  5HTZ A;  1RL8 A;  5P2V A;  3VLA A;  2QU2 A;  1BVG A;  5P6T A;  5OZJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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