4ER2E

The active site of aspartic proteinases
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords ENDOTHIAPEPSIN
publication title The active site of aspartic proteinases
pubmed doi rcsb
source organism Cryphonectria parasitica
total genus 81
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 1990-10-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4er2E02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4er2E01
4OBFA 3EKQA 5I3YA 4EJ8A 1BVEA 3SQFA 2BPVA 3GI5A 3OXXA 5P62A 5P7KA 2G69A 5P5XA 3NWQA 2OHKA 5P0RA 1MT8A 2UPJA 4DQEA 4M8YA 2QD7A 5P8RA 4Y35A 5OYQA 4BELA 5P5AA 5OZ8A 1XE5A 3BRAA 1BILA 3JVYA 4K4PA 4Y3DA 5P0JA 5HE7A 2AVOA 5P2OA 4N00A 1ZBGA 3ER3E 2HAHA 5P4XA 5DQ4A 5C9BA 1FB7A 4I0HA 1A8GA 5OZJA 2VKMA 3PEPA 4Y4AA 5AH7A 2R9BA 2BPWA 4ZSQA 3R0WA 3B7VA 4TRWA 2G22A 2VNNA 4KE0A 1EC3A 5P4NA 1PFZA 2I4QA 2H6SA 2I4XA 2FXDA 5P28A 4D85A 5P4ZA 4DQGA 5P5OA 1FQ4A 4YD3A 5OZOA 5P15A 4XX4A 1IVPA 3ZLQA 4EWOA 3OAGA 1HVSA 3IXJA 5OZTA 2FLEA 5DQ1A 3PSUA 4TRZA 1AM5A 1KJ7A 1YTIA 3PCWA 3QBHA 2OHQA 2G1SA 2AVVA 5P7PA 3QRMA 1ZPKA 4OBHA 2PWCA 2WEZA 4F76A 5I3VA 1LYBA 1HVHA 4Y48A 4Y5NA 4Y56A 3EKYA 3PWRA 5P8AA 5P1NA 5P6FA 3QROA 4RRSA 1HPSA 5P1HA 1EBYA 3RTNA 5P7JA 1AZ5A 2I0AA 4JOOA 5P1WA 2UY0A 3KDCA 3G70A 4Y5CA 3U7SA 1EC1A 3PMUA 3S8IA 5P80A 1HPOA 5IVQA 5P0YA 5P4AA 3SM2A 1FG8C 5P47A 1D4LA 1TSUA 5P64A 5P3UA 2OHRA 4QGIA 5KAOA 3OU3A 5P3WA 4RCFA 5P8UA 2HB2A 3UFNA 5P0QA 5P1FA 3L5FA 3EMYA 2IQGA 3WZ7A 1BVGA 1EPLE 3KDDA 2QI3A 1VIJA 2FNTA 4YHQA 4DQCA 3O9GA 2Q54A 1JLDA 4HA5A 1HEGE 3PWWA 2VIYA 1FEJC 3EM6A 2AOEA 2JE4A 1FQ6A 1GNOA 1Z8CA 5P2MA 2Q11A 5OZAA 2HIZA 3EBZA 5DR3A 4Y37A 5OYWA 1NPVA 4AA9A 1HTFA 1KJHA 1LF3A 5P6UA 4J1KA 3MWSA 3PM4A 1IZDA 3K5FA 5F01A 5COOA 5P1QA 3OQDA 4OBKA 5HDZA 5KQZA 5P19A 4FLGA 1ZAPA 3VFAA 5P3BA 4RZ1A 5P2YA 4YA8A 3D3TA 5P30A 1EC2A 5P8DA 5P5TA 5P7EA 5KR8A 4TVGA 3MXDA 5P4YA 3DK1A 3UQRA 2O4SA 2P4JA 2OHTA 4LXMA 3KFSA 1QDMA 5P36A 1K6VA 4L7JA 1LEEA 3S7LA 4DJXA 4M8XA 4ZSMA 3JVWA 5P68A 3R1GB 2Q64A 2ZJNA 5P0SA 1TCWA 4Z2ZA 1IDBA 3IAWA 4HDFA 2F3KA 5P4FA 2QMDA 1OEWA 5P2LA 5P1IA 4Y5BA 4KE1A 2SAMA 5P3AA 2FDDA 4Y44A 2CENA 1DP5A 1MESA 1GNNA 1M0BA 5P16A 2I4DA 3LIVA 4I0FA 4Y3RA 4Y54A 1HSHA 5P5QA 1YT9A 1GVWA 4IVSA 5OZIA 4L6BA 1RV7A 2HPEA 1TQFA 5OZQA 3TH9A 4DJPA 3MSLA 2AZBA 4FAEA 5C9DA 5AHAA 4HZTA 3IN4A 3IA9A 5P7OA 2QNNA 1T7JA 3NXNA 5P25A 5P7DA 1ENTE 2G21A 3QI1A 4LHHA 1NPAA 3BC4A 1AAQA 3TPJA 2HB3A 5HVPA 4J1FA 2WHHA 2IL2A 1W5WA 2ZHTA 5OZDA 5P4UA 1ER8E 1BXQA 1C6ZA 5ENMA 1WBMA 5P1CA 3H5BA 2H6TA 3D1YA 3L5EA 2Q5KA 2FMBA 3K1WA 5JG1A 1W5VA 3OU1A 1BBSA 4B70A 2ZHSA 1A30A 1HXWA 3Q5HA 5P3DA 2ZJHA 1KZKA 4A4QA 1FMBA 5P5WA 2AIDA 5OZ4A 3GW5A 1W5YA 5P2TA 3KF0A 5DR8A 5P2HA 4Y4JA 2VA7A 1EPME 4R93A 5SXNA 2WF3A 3BUGA 3OUBA 3TKGA 4GJ7A 2BBBA 4NJUA 1MUIA 1AIDA 1LZQA 5P1TA 2OF0A 5P63A 3NDWA 3QVIA 3IVIA 1CZIE 3T7XA 5I3WA 1K6PA 1G2KA 1EPQE 5P33A 5OYZA 5EZXA 3OUDA 5CONA 4Y4XA 2FIVA 1XN2A 4B72A 1IZEA 4QJ8A 5P7CA 5P5RA 3IXKA 5DR4A 2R38A 5P4CA 4H3IA 1XL5A 2OHMA 3Q6YA 5P2VA 5P5SA 2FDPA 4PZWA 2WKZA 2IKOA 3TPPA 5P7VA 4LL3A 3UDKA 5AH9A 5EZZA 5P5IA 3AIDA 3ZKXA 5OZYA 4ZLSA 5P17A 2PC0A 2VJ7A 5OZZA 1HVKA 5P5GA 5P7HA 1HTGA 4GJ8A 4JPEA 5P52A 5HU0A 1QRPE 2QNPA 3SO9A 5P8IA 3T3CA 4L7GA 5OZGA 2QZKA 2F3FA 5P6PA 4B78A 3KFNA 5P6LA 1B6JA 4PYVA 5P29A 5P1UA 1E5OE 5P7SA 1IVQA 3VF7A 5P4KA 3LZVA 4Y6MA 2R3TA 1G6LA 2ANLA 4U7VA 2ZJIA 5P7ZA 3ER5E 1B5FB 5OYYA 5P2IA 2NXDA 3K5GA 4HEGA 2BQVA 1EAGA 5P71A 3UQUA 3OUDB 1T7KA 2ER0E 5HDXA 1HVCA 2AOIA 2R3WA 3TTPA 1IIQA 3CMSA 4Y3XA 4Y57A 3OXWA 1ZPAA 3R0YA 4DJQA 4IVTA 5P8TA 5BS4A 4R91A 1J71A 2V0ZC 4Y4UA 5OZ1A 4B05A 1BDLA 2ZE1A 1HEFE 5P3PA 3QN8A 5P4GA 2V12C 4PZXA 3URLA 4J1HA 3KMXA 4ZPFA 1FQ8A 2XYFA 3HVPA 4Y4WA 4L1AB 2WJOA 3I6OA 3PSYA 1EPPE 5P38A 5P48A 1B11A 4J0PA 1SDTA 2ZHVA 3PCZA 2IS0A 3APRE 1HSGA 3R4BA 5HE5A 4H3FA 5OYSA 4HDBA 2F81A 2NMZA 4Y3ZA 3TOGA 5P5KA 4QJ9A 3ZKSA 4CPXA 5P3RA 4JP9A 2OHNA 5P2KA 1DMPA 5P45A 5OZLA 4FL8A 1T6GA 2PH8A 4OC6A 4Y50A 2VA6A 3ZL7A 2QHZA 5P0DA 5P7LA 5P58A 3NU6A 2G1OA 5P51A 2B8LA 2G1YA 4QLHA 3O9LA 4DV9A 2FNSA 2HM1A 2VIJA 4I8WA 5OZCA 3OADB 1YTJA 4RROA 3O9CA 1BAIA 4X7IA 5P8NA 5JODA 2MIPA 3OTYA 2ZJMA 5P7MA 2P3CA 4B1DA 3UDPA 4I1CA 1UH7A 1B6KA 4F74A 4Z22A 1FFIC 2WF1A 4Y3TA 4RVIA 5P0IA 2UXZA 5P66A 5P81A 1SGUA 1WKRA 3PLLA 2Q15A 5P3SA 5P3NA 5P2AA 4R8YA 4DI2A 3FX5A 3URIA 4YD6A 6FIVA 3SA9A 5P0KA 1HHPA 4K9HA 3M9FA 1K2BA 3OTSA 5P5UA 5BRYA 4Y3QA 3EL1A 3KFPA 2AVSA 2VNMA 4ZSPA 1MTRA 5IVTA 5P1JA 3ZKNA 1FKNA 3QAAA 4BFDA 5P0WA 1EPNE 4FCOA 4B00A 3NDXA 5IS4A 3FIVA 3EXOA 2JXRA 1AJVA 3O99A 5P1YA 2ZHUA 2O4KA 5P4QA 5I3XA 1MSNA 1ODXA 2BKTA 5P6BA 4B77A 1PSNA 2IRZA 4X2LA 4GJDA 5KQXA 5HE4A 5IE1A 5P2FA 1BDQA 5P88A 3O9LB 3LZYA 4J1EA 5P3HA 4OBZB 4Q1YA 1KJ4A 1LYAB 4GJBA 2XFJA 3GGUA 5P7AA 5P18A 3TOFA 5P1BA 4DJOA 2PWRA 1EC0A 3LIXA 1META 1YM4A 5P4WA 2B7FA 3S53A 4NJVA 3OU4A 4MC9A 3SA5A 5P86A 3O9FA 1D4KA 5OYXA 4DQFA 3CIBA 1BWBA 3K5DA 5P5FA 3EC0A 4AA8A 5P0AA 1K6TA 4R5NA 5P0CA 5OYUA 2QMGA 2G26A 4I0JA 5KOQA 3SM1A 4YBFA 5IVRA 8HVPA 5P6SA 5P4BA 3LIZA 4GJ9A 3DOXA 5T4SA 1APUE 3C9XA 4CMSA 1HPVA 4WTUA 5P0GA 2PSUA 5BWYA 5P1SA 2ZJKA 4J0TA 3G72A 4PPHA 4JECA 1KJGA 3NU9A 5P7NA 3SA7A 5P5DA 3SKGA 2NR6A 4APRE 3GGVA 4JPCA 4NJSA 2IEOA 2XFKA 2QZXA 4S1GA 2OHUA 5P4VA 5P3QA 5P8KA 4QJ2A 1T6EX 5P8BA 3LPIA 2NTRA 4RVJA 4DJUA 5OZ5A 3OAGB 3FV3A 2WEAA 4Y3NA 3S56A 1SDUA 3VSXA 4Y47A 4LXAA 2P3BA 1C70A 2IDWA 4Y3PA 2G20A 3S43A 4J55A 4EPJA 1W51A 3PI5A 5P7FA 1LYBB 3SA3A 3O9IA 3GGAA 5P05A 5P3OA 4Q1NA 1SH9A 3OUCA 4OD9A 5P4OA 4Y3AA 3WB4A 5ENKA 4EXGA 2QI1A 3HW1A 5P5PA 5P7TA 5P2WA 1QBUA 3OHHA 5P2DA 4YCTA 3VEUA 4NPUA 5P6TA 2NPHA 4ZPEA 2J9JA 3OXCA 2G94A 4MC2A 4GZFA 4FAFA 1HWRA 3FNSA 4ACUA 3PBDA 5P31A 4Y38A 5ER2E 5P1AA 2I4WA 2QD6A 3GI0A 4Y5AA 1E80E 3K4VC 1F34A 4DJWA 3VSWA 3O9BA 2P83A 4GMIA 5HCOA 1OEXA 2AVMA 2B60A 4Y3HA 4D88A 4Q5MA 5P4PA 2RKFA 1FMUA 4EYRA 4H1EA 1PPKE 1C6XA 7UPJA 1W5XA 1T3RA 1HOSA 3PLDA 3RSVA 2ZDZA 2P3BB 4D8CA 3D91A 3PB5A 5P40A 4AZYA 2HB4A 2BPZA 5P20A 5P8QA 5P0PA 5HTZA 2IGYA 5P8LA 4Y4EA 5P27A 4OD9B 3DCRA 5OZRA 3BXRA 2I4UA 4EXHA 4YBIA 3HAUA 1HRNA 5P6NA 4CPTA 4EJDA 1ODWA 4Y45A 1IBQA 3ZKGA 4MC1A 5P1ZA 2APRA 2J9JB 5P85A 5P78A 4F73A 4K4QA 4Y3GA 4DJRA 3LITA 1TW7A 3CKTA 5HDUA 5P39A 4DPFA 3IXOA 3BUFA 4GJ5A 5P0UA 2OAHA 4EHCA 1N49A 1SP5A 1MTBA 2F80A 1LV1A 1SMEA 5P4EA 1G0VA 5COKA 4Y53A 5P53A 3D1ZA 2R8NA 3IGBA 5OYTA 5P69A 4ZEAA 2AODA 4YD7A 5P3JA 3TL9A 3HBOA 2AQUA 5OZHA 5P67A 1YG9A 5P1DA 3T6IA 4I8ZA 4J0VA 1EBKC 3KDBA 5P8JA 3CICA 5OYVA 4ACXA 1MT7A 3BGCA 1HVLA 5DGWA 2PSGA 3Q70A 4RGHA 3PRSA 5P00A 1HSIA 5P6YA 2A1EA 1LYWA 4WY6A 5P2XA 5P84A 4XX3A 3F9QA 3SA6A 4MC6A 4DQBA 1XN3A 5P6QA 3QRVA 5P2NA 2RENA 4FM7A 1RPIA 3TLHA 5COPA 2QAKA 5P0FA 5AHBA 3CYXA 3DJKA 5P4MA 3SPKA 3WZ8A 3QPJA 5DR7A 1LS5A 3L38A 5P1OA 2QHCA 5P5LA 2I0DA 4Y3JA 1ME6A 5OZ2A 1HVJA 5P8GA 3NU3A 5KR2A 3S85A 5P08A 3UQXA 3UQPA 3GGXA 5P75A 4Y9WA 5DQ2A 5P5EA 1AXAA 4CPRA 1DW6C 3OU1B 3T7QA 5ISKA 3EKXA 3NYGA 5P60A 2Z54A 3LIQA 5P8MA 4YDFA 3LZSA 5P5HA 3VCMA 5P7GA 4ER4E 5JFPA 3R2FA 4YD4A 4FSLA 5P10A 4I0EA 4DFGA 4U8WA 1NPWA 2BB9A 2QI7A 1PSOE 5OZXA 5P44A 3H0BA 3IVHA 1LF2A 2F8GA 3SA4A 4J54A 5P3TA 3VG1A 1F7AA 1Q9PA 2ER9E 4ZIPA 1BDRA 5P24A 4J1CA 3OOTA 3KN0A 1BIMA 2VJ9A 2A4FA 3WB5A 3PVKA 5P7XA 4FM8A 4XKXA 3NLSA 3RU1A 2PQZA 4RCDA 1ODYA 3PBZA 2V16C 4Y3YA 5P7WA 3CKRA 1G35A 2G1NA 4LC7A 4D89A 4RVXA 2HPFA 2QZWA 2QU3A 3OHFA 5OZKA 2NXLA 4J0ZA 2AVQA 1PSAA 4UPJA 2P8HA 4I0DA 5P6OA 4Y4BA 3MXEA 5P06A 1K6CA 1RQ9A 5P13A 5P35A 5P4JA 5P72A 4CPUA 1OHRA 1HVRA 1B6LA 1W6HA 3ST5A 4DJYA 1ZTZA 5P1RA 3NDUA 5P5MA 2R43A 5P7IA 4FS4A 4LXKA 4CPQA 5P74A 3UQWA 4FRIA 4Y3SA 4XXSA 2FGVA 2Q55A 3ZKMA 1DPJA 5KQFA 6APRE 3Q4BA 3S2OA 5P6KA 3L3AA 3UDNA 3QP0A 5P3ZA 3EKWA 4FRSA 4Y58A 5OZEA 2FS4A 2RMPA 2PSVA 3VLBA 3RVIA 4F75A 5P34A 5P49A 5P89A 5P2ZA 4LBTA 3OOZA 3K5CA 1TZSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4OBF A;  3EKQ A;  5I3Y A;  4EJ8 A;  1BVE A;  3SQF A;  2BPV A;  3GI5 A;  3OXX A;  5P62 A;  5P7K A;  2G69 A;  5P5X A;  3NWQ A;  2OHK A;  5P0R A;  1MT8 A;  2UPJ A;  4DQE A;  4M8Y A;  2QD7 A;  5P8R A;  4Y35 A;  5OYQ A;  4BEL A;  5P5A A;  5OZ8 A;  1XE5 A;  3BRA A;  1BIL A;  3JVY A;  4K4P A;  4Y3D A;  5P0J A;  5HE7 A;  2AVO A;  5P2O A;  4N00 A;  1ZBG A;  3ER3 E;  2HAH A;  5P4X A;  5DQ4 A;  5C9B A;  1FB7 A;  4I0H A;  1A8G A;  5OZJ A;  2VKM A;  3PEP A;  4Y4A A;  5AH7 A;  2R9B A;  2BPW A;  4ZSQ A;  3R0W A;  3B7V A;  4TRW A;  2G22 A;  2VNN A;  4KE0 A;  1EC3 A;  5P4N A;  1PFZ A;  2I4Q A;  2H6S A;  2I4X A;  2FXD A;  5P28 A;  4D85 A;  5P4Z A;  4DQG A;  5P5O A;  1FQ4 A;  4YD3 A;  5OZO A;  5P15 A;  4XX4 A;  1IVP A;  3ZLQ A;  4EWO A;  3OAG A;  1HVS A;  3IXJ A;  5OZT A;  2FLE A;  5DQ1 A;  3PSU A;  4TRZ A;  1AM5 A;  1KJ7 A;  1YTI A;  3PCW A;  3QBH A;  2OHQ A;  2G1S A;  2AVV A;  5P7P A;  3QRM A;  1ZPK A;  4OBH A;  2PWC A;  2WEZ A;  4F76 A;  5I3V A;  1LYB A;  1HVH A;  4Y48 A;  4Y5N A;  4Y56 A;  3EKY A;  3PWR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5P41 A;  5P87 A;  5P09 A;  3NU5 A;  4NPT A;  4CP7 A;  3I8W A;  4ZPG A;  3L5B A;  2XYE A;  2WF4 A;  4AMT A;  5P3K A;  2OHS A;  2VJ6 A;  3UFL A;  5P4T A;  4Y5G A;  2ZHR A;  2J9K A;  1XE6 A;  5OZ6 A;  5P54 A;  5P5Z A;  2AZC A;  3NSH A;  2IKU A;  4Y3M A;  4DPI A;  1EED P;  3L5C A;  3CYW A;  5P46 A;  2P3D A;  5F00 A;  1HTR B;  3OK9 A;  1FFF C;  4J5J A;  4APE A;  1APT E;  2FGU A;  2QI5 A;  5OZP A;  1ZSR A;  3BGB A;  3VF3 A;  2WF0 A;  5P1P A;  3I25 A;  3L58 A;  5P59 A;  3VUC A;  1APV E;  5PEP A;  4GJC A;  2HS1 A;  3OGQ A;  5AHC A;  4OBD A;  3UF3 A;  5OZW A;  5P1L A;  1EPR E;  5P3G A;  5C9F A;  3ZPU A;  3D20 A;  1MEU A;  4YCY A;  1GKT A;  2PH6 A;  2WEC A;  2ZYE A;  5P50 A;  1B5F A;  2QU2 A;  1ZP8 A;  5P0Z A;  1LF4 A;  1GNM A;  5P6X A;  3O9H A;  1QBT A;  4QJ7 A;  3MSK A;  3HD8 A;  5E5J A;  3QVC A;  3ZPT A;  5P8S A;  3KFR A;  2G1R A;  1Z1H A;  3KT2 A;  4K8S A;  4QJA A;  2ER7 E;  4NKK A;  3N3I A;  1CMS A;  2WEB A;  5P57 A;  3UDR A;  4I11 A;  5P6R A;  2AOH A;  2F3E A;  2ASI A;  5HDV A;  4HLA A;  2Z4O A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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