4ETAA

Lysozyme, room temperature, 400 kgy dose
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title High-resolution protein structure determination by serial femtosecond crystallography.
pubmed doi rcsb
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4etaA00
2XBSA 4DD1A 1YROA 1CJ8A 1IWVA 4XJDA 4OWAA 5DM9A 2BQGA 4H8XA 1D0LA 2RSCA 1TBYA 1GE2A 3A92A 1QQYA 3VWOA 1JISA 1LYSA 1HFYA 1TDYA 1J1PY 4DD3A 4H93A 4WLXA 5B59A 1OUAA 2DQIY 3T6UA 3HFMY 2MEGA 3K3TA 2FBBA 3GXKA 4LFPA 4NHIA 5F16A 3WU8A 2FYCA 3WU7A 1LMQA 3MGWA 194LA 3P4ZA 3P66A 6LYTA 1DPXA 4J0LA 1KIPC 3AGIA 4OOTA 5A3EA 1IC5Y 1RI8B 5JENB 2Z37A 5KXKA 1YANA 5KXNA 4M4OA 1LZ6A 1VAUA 4QDNA 3SP3A 3WULA 3WPJA 1G7JC 3LYMA 3IJVA 3G3BB 1HFZA 3AJNA 3IJUA 2BLXA 4QGZA 1ZVHL 4ZEEA 1JKCA 1F6SA 4H9AA 4G49A 5C6IA 3RZ4A 5L9JA 1JIYA 1YL1X 2A7DA 4LYOA 1BB6A 1GAZA 1V7TA 3A8ZA 1REZA 3HBEX 3QY4A 5L3HA 4DYGA 1GFRA 2HEBA 4HPEA 1LZEA 4PJ2C 4GN3A 2ZYCA 1PZYA 3AW6A 1GFEA 4J1BA 2PC2A 154LA 3W3EA 5B07A 5LVGA 1MLCE 4ET9A 1VDSA 1B5YA 1F10A 1HEWA 4RW2A 4L41A 3CSZA 4B0DA 1IOCA 5KXRA 5I5QA 1GFUA 4RDSA 1OP9B 2ZNXY 1LMNA 1UIFA 4MSTA 4NG1A 3J4GA 2H9JA 5I4XA 1OUEA 3N9AA 3B0KA 4WG7A 1DI5A 1GAYA 5I54A 5I4WA 1O23A 1RE2A 2F4AA 1QTKA 1JKDA 1GBWA 4XJBA 3WL2A 2ZYPA 5LA8A 3TXGA 3A67Y 1LZ5A 135LA 1IOTA 3N9EA 4NSGA 1IOSA 1B7NA 1DQJC 3EMSA 3AZ4A 1UICA 4MR1A 1WQNA 153LA 1EQ5A 1NF5A 3B0OA 4ETCA 2LYZA 3P64A 4WMGA 4LYCA 1LSAA 1GF8A 1NHEA 1LMPA 2BQNA 4WL6A 3W6AA 1GDXA 1MELL 3B0IA 1D9UA 2Z18A 1C46A 1GDWA 3CT5A 1LMAA 4NGOA 1GEVA 4GCBA 2BQCA 4HSFA 2W1YA 2DQDY 2NWDX 2Y8PA 4GCCA 5HMJA 3B72A 4N8ZA 1OUIA 1INUA 1IWZA 2HU3A 4BADA 1LZCA 1AT6A 4GCDA 1UIDA 4LGKA 4E3UA 2HUBA 4PHIA 5KXZA 4XJIA 4ETAA 4DWXA 4LYTA 3LN2A 2EQLA 1IOQA 1DPWA 4J1AA 5IDDA 4XJHA 3RNXA 4YF2A 3ZEKA 5KY1A 1F0WA 1H6MA 1OUGA 2F30A 5L3IA 1LJEA 3AGGG 1XGRC 4XYYA 1QUSA 5KXSA 1IY4A 2XJWA 2BQIA 5KXXA 4DC4A 1OUHA 1XEKA 1HELA 2EIZC 1IP1A 1JTPL 1B5VA 1HC0A 1B5UA 1LYZA 1CKCA 2C8OA 3TXKA 1LZYA 1LJKA 4NGJA 1LSMA 4NHSA 1GB6A 2YBHA 1YQVY 4Z46A 2FBDA 1LCNA 2Z12A 5LINA 1CNSA 1UIGA 4UWNA 3WPKA 1B7LA 3TMWA 3CT1A 4NY5A 3WH1A 1HEMA 4HTQA 1FN5A 1LSFA 5LVJA 4NWEA 1GB5A 1LHLA 2YBNA 4OWBA 1IIZA 4B49A 2W1MA 4GLVA 2ZQ4A 4H90A 4KT3A 1KXYA 2CDSA 3OK0A 3AW7A 4N5RA 3EO5A 1I56A 2LZTA 7LYZA 1GFAA 5C6JA 2MEAA 4J7VA 1SQ2L 1VEDA 5LAFA 3WXTA 3A94A 1V7SA 4WG1A 1CJ7A 1DKJA 1QDTA 5I53A 2LYOA 1XGQC 4H9FA 1CKHA 2A7FA 3AB6A 4HPIA 4NEBA 3AZ7A 1VATA 2ZQ3A 4CJ2A 1REXA 4XADA 3EXDA 1CJ6A 5F14A 1T3PA 1GEZA 5KKJA 3TXBA 3D9AC 2BQKA 4LYBA 5F9UA 4O34A 4LZTA 6LYZA 4C3WA 3HBDA 1GF5A 1D0KA 1FLQA 2X0AA 5IELA 5LYZA 1NBZC 1GBYA 1IR7A 4RW1A 5LVIA 4LT3A 4NGKA 5LIOA 1YL0X 3AGHA 1IWUA 1IWWA 1EQEA 1FDLY 1WQQA 2D6BA 1B7OA 1WTNA 1XGTC 2HECA 1OUBA 2WARA 1LMOA 1FLWA 1DKKA 193LA 1D6QA 2CJLA 1JITA 1IC7Y 4GLAA 4I0CA 2H5ZA 4OWCA 1LOZA 1GE4A 1CJ9A 5FEKA 3WMKA 1DXJA 4B4JA 1BHZA 1YAPA 5KXMA 3A34A 5ILCA 2YSSC 1BB3A 1CKGA 1BWHA 1JHLA 1LZ4A 5DL9A 4WM6A 5HNCA 2D4KA 1GB0A 1HMKA 1FLYA 4XENA 5J7CA 2LHMA 4NGYA 4DDCA 2HEDA 4EMNA 1LJJA 4KPMA 3ULRA 4LYMA 4D9ZA 3LZTA 1IR8A 1I20A 3J6KA 1HENA 2G4NA 4NGLA 3F6ZA 3A90A 3WPLA 5FDJA 4YM8A 2D4IA 4HJVA 1LSZA 1HF4A 4H9HA 8LYZA 4H9IA 1YAOA 2I26L 3WXUA 1OUJA 5B1FA 2B5ZA 5A3ZA 1G7LC 1HHLA 3TXEA 3QNGA 2I6ZA 5HMVA 1IY3A 4N0JA 1WTMA 1UACY 1IX0A 2XBRA 4X3BA 1OUFA 5IHGA 2BQBA 1W6ZA 4HP0A 1B5WA 4PRUA 2MEBA 1B5ZA 2BQEA 4YEMA 4Z98A 1C43A 1IO5A 1GWDA 2CWIA 1IP4A 5KXLA 3BKVA 3CT0A 1LZBA 1HMLA 1LZDA 1REMA 1GFTA 1B7RA 2BQJA 5FELA 4LT1A 1JUGA 1HEPA 4NSIA 4DD7A 5LYMA 1LHMA 4IATA 2BQHA 1B7PA 2IHLA 4MCKA 1TCYA 1GFHA 3TXHA 4I8SA 1KXWA 4YOPA 3W6CA 3A95A 2ZNWY 1JSEA 1GB7A 1LKRA 1G7HC 3TXDA 1JTTL 3W6FA 2YDGA 4W94A 1WVUA 2DBTA 4WO6A 1LPIA 2W1XA 2ZWBA 1BB4A 4ETDA 2HEFA 2BQOA 1GBOA 4GCFA 5F81A 2Z2EA 3TXIA 4U3XB 4TWSA 4CGEA 3WUMA 1UC0A 1LZNA 1FBIX 1GPQC 4N1EI 1BWJA 1LJHA 1AKIA 4GCEA 2CGIA 5APDA 1GF3A 2DQEY 2G4QA 3CQLA 3KAMA 1JTOL 4LT2A 1JJ0A 4N9RA 1WQRA 1AT5A 1F6RA 1LSDA 2BQAA 5AMYA 4AXTA 2VB1A 5KJ9A 1LSGA 4DD2A 2FYDA 132LA 2XTHA 2W1LA 1N4FA 5B06A 5FSTA 4P2EA 4DT3A 5KXWA 5EBHA 2C8PA 2ZIJA 1LSPA 1RJCB 3WVYA 1IP7A 1LSYA 1YILA 1IVMA 3IWRA 134LA 1XEJA 4NGWA 1UUZC 4DDAA 3WW6A 3WUNA 3WU9A 1GD6A 1IC4Y 3AZ6A 1LJIA 5T3FA 1YKYX 1VFBC 1QIOA 1BWIA 3T36A 2Z19A 4TTDA 1P2CC 5KXYA 4NIJA 1A4VA 4HJZA 4N1CC 5E4PA 1RFPA 4B4IA 5DN4A 1UA6Y 2MEEA 1PS5A 2BQFA 2DQGY 5LA5A 4PPOA 1UBZA 4XJGA 3GXRA 5ILFA 2DQHY 4H8YA 3FE0A 1LJNA 1HEOA 3P65A 4HTNA 2N5ZA 2Z39A 4HV2A 4NGVA 3N9CA 5LVHA 4XN6A 1JKAA 4QEQA 1BGIA 4ZIXA 1B7SA 2BLYA 4DD9A 4WM1A 5B1GA 3WYHA 1BQLY 1B9OA 4WM5A 1DI4A 5APFA 1ZVYB 1NMMA 1LSEA 4CHXA 1CKDA 2Z2FA 3LZ2A 4NHQA 1KIQC 1GF7A 4H9CA 1LJ3A 3TXFA 1LHIA 1G7IC 4G4HA 1GE0A 1YKZX 2G4PA 1D0MA 3CSRA 1UIAA 4W96A 2DQAA 4EOFA 2YVBA 3A96A 3A6CY 1IEEA 1LZTA 4KXIA 1FKQA 3W6EA 1E8LA 1B7MA 4UWVA 4G4CA 4Z41A 1GHLA 4NG8A 4H9EA 2ZILA 3P68A 5APCA 1XSFA 1DI3A 1HERA 4YENA 1J1XY 4BAFA 1KIRC 3RT5X 5I4YA 2IFFY 4UWUA 4NSHA 1C08C 1WQOA 3QE8A 1GB2A 1KXXA 2DKVA 2F2NA 2ZIKA 5K7OA 1YAMA 2Q0MX 4GN5C 1LZGA 1HSXA 1C45A 1JSFA 3D3DA 2MEDA 4NHTA 1LZ8A 1B7QA 4H94A 3RW8A 2GV0A 4DDBA 5FCPA 5HQ1A 4II8A 4PGJB 1IORA 4ML7A 2HEAA 3ATNA 4B4EA 4TSCA 1GFKA 4OWHA 1J1OY 1B2KA 4KL7A 1VDQA 4YEOA 4AGAA 2MEIA 2BQDA 1JKBA 1AM7A 4NSJA 3FI7A 5DLAA 5LYTA 4H92A 1GB8A 4RLMA 4H1PA 1NWGA 2F4GA 4OW1A 3ZVQB 1UIEA 1UIHA 3WW5A 3E3DA 4CFPA 1GFJA 4HTKA 1W08A 1XEIA 1BB7A 3LYTA 3W6DA 4LYZA 1QSWA 1LZSA 1VDPA 1GE1A 1BVKC 5DN5A 4C5FA 3CSQA 3ATOA 1IR9A 2HU1A 1YAQA 1ZV5L 3A6BY 4ETEA 1LHKA 2YBJA 5D5CA 2I25L 2LZ2A 2MEFA 3OJPA 3A91A 1T6VL 1WVVA 1JPOA 1C7PA 1EL1A 1LJ4A 1LHHA 1LZAA 1IWYA 4QY9A 1IP5A 1LZ9A 1XGUC 2HTXA 5HLLA 4TUNA 5HNLA 1LSNA 3RU5A 1REYA 1IWXA 1QTEA 4A7DA 1BVXA 1A2YC 1JJ3A 2DQJY 4PRQA 3AZ5A 4WLDA 5LAGA 1GBXA 1LJFA 3TMVA 5D5FA 4B1AA 1BB5A 207LA 5FHWA 1NBYC 1YIKA 3M18B 4FJRA 1IP6A 3AYQA 1I1ZA 1JJ1A 1LMTA 2BPUA 1NDGC 2AUBA 3EBAB 3M3UA 4HJYA 1QUTA 4ZFPA 1GB3A 4NGZA 1UCOA 1GBSA 1WQPA 4WLTA 3TXJA 9LYZA 4Z3MA 3LYZA 1Z55A 3TMUA 1D6PA 3TMXA 4CFOA 1LYYA 4WL7A 1LYOA 133LA 1G7MC 2BQMA 1NKHA 208LA 1LJGA 1XGPC 1ALCA 1SLYA 1OUCA 3G3AB 4IJ4A 4M6DA 4GN4A 1GBZA 4H9BA 1HEQA 1GFVA 1OUDA 1LHJA 2YBLA 2Z38A 1TAYA 1OQMA 1IWTA 2LYMA 3LYOA 1LMCA 4H91A 4RLNA 4TSBA 3W6BA 5II3A 1LTMA 1LAAA 4BS7A 5APEA 1AZFA 1XFPL 2DQFC 3BKHA 3ZVQA 1LSBA 2EKSC 1VDTA 4G9SA 2HEEA 1HFXA 2D91A 4HV1A 4R0FA 4ETBA 4WM3A 1B5XA 5KXPA 5KKIA 1NDMC 2DQCY 3HBHA 2YBIA 2MEHA 1FLUA 2BAAA 3CB7A 1H87A 1QDRA 4H8ZA 1QSAA 4DD0A 3LHMA 2YBMA 1B0DA 1CKFA 1GXV2 1LZ1A 1GF9A 4LT0A 4WM2A 5E9RA 4ET8A 1TEWA 1LSCA 1JEFA 1GF0A 1HSWA 4G4BA 4OOOA 1WQMA 1LZRA 4WOAA 4R6CA 1GF6A 4XJFA 1UIBA 2H9KA 1FKVA 1EQ4A 4NWHA 3A3QA 1C10A 1GB9A 4NHPA 5LVKA 1DZBX 2D4JA 4ANRA 4WO9A 1GXXA 5C6LA 5M1YA 1RCMA 1JWRA 1HNLA 1GE3A 4IASA 4OWEA 3WVXA 5KXOA 5LXWA 5B05A 1GF4A 1GFGA 1LKSA 1ZMYL 2BQLA 4WM4A 4TX7A 5KXTA 1IP3A 4FDYA 4BAPA 3WUAA 3A93A 1YKXX 4NFVA 4LFXA 4WLYA 2EPEA 4NGIA 5F9XA 3B6LA 1NQIA 3A3RX 2MECA 1IP2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XBSA 1SX2A 1D0LA 1P56A 1GE2A 3A92A 3HWLA 3VWOA 1JISA 3VW7A 4EPIA 2OU8A 4H93A 4WLXA 183LA 2DQIY 4PJZA 3K3TA 2FBBA 3HH6A 2FYCA 3WU7A 1QUOA 1ZWNA 201LA 4M4OA 1LZ6A 1VAUA 4QDNA 3WPJA 1G7JC 1C6JA 3G3BB 3AJNA 4QGZA 4ZEEA 231LA 110LA 1JKCA 4G49A 5L9JA 4LYOA 1GAZA 4DYGA 1V7TA 3HBEX 1REZA 3EMLA 5L3HA 4PJ2C 4GN3A 1LPYA 1GFEA 234LA 1G0QA 5B07A 5LVGA 1F10A 3LZMA 262LA 3CSZA 5I5QA 1GFUA 3GUNA 2ZNXY 1LMNA 1UIFA 1L88A 4MSTA 3J4GA 1DI5A 1GAYA 1D9WA 1L42A 2LCBA 2F4AA 1QTKA 1JKDA 4LZMA 4XJBA 3WL2A 1LZ5A 1IOTA 3C8SA 206LA 1DQJC 210LA 1L73A 4MR1A 2LYZA 4WMGA 218LA 2BQNA 3W6AA 1XJTA 1GDXA 3B0IA 3CT5A 1D9UA 4NGOA 2RBRA 1GDWA 1LMAA 4GCBA 2W1YA 4N8ZA 4LGKA 4E3UA 3DNAA 4EPFA 4XJIA 4DWXA 3LN2A 1DPWA 4J1AA 3RNXA 3ZEKA 3HUKA 1L99A 1L45A 4ARPA 5KXSA 5KXXA 1OUHA 1IP1A 1JTPL 1HC0A 3TXKA 1LZYA 2YBHA 1L18A 1YQVY 2FBDA 1L12A 1HEMA 258LA 5LZMA 2B6WA 4B49A 1L54A 4H90A 4KT3A 1L55A 3V2WA 1CV1A 1L98A 225LA 3C81A 173LA 5C6JA 1L75A 2MEAA 3WXTA 5LAFA 4WG1A 1QDTA 217LA 4EKQA 3AB6A 4NEBA 142LA 1VATA 2ZQ3A 4CJ2A 4XADA 3EXDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2XBS A;  4DD1 A;  1YRO A;  1CJ8 A;  1IWV A;  4XJD A;  4OWA A;  5DM9 A;  2BQG A;  4H8X A;  1D0L A;  2RSC A;  1TBY A;  1GE2 A;  3A92 A;  1QQY A;  3VWO A;  1JIS A;  1LYS A;  1HFY A;  1TDY A;  1J1P Y;  4DD3 A;  4H93 A;  4WLX A;  5B59 A;  1OUA A;  2DQI Y;  3T6U A;  3HFM Y;  2MEG A;  3K3T A;  2FBB A;  3GXK A;  4LFP A;  4NHI A;  5F16 A;  3WU8 A;  2FYC A;  3WU7 A;  1LMQ A;  3MGW A;  194L A;  3P4Z A;  3P66 A;  6LYT A;  1DPX A;  4J0L A;  1KIP C;  3AGI A;  4OOT A;  5A3E A;  1IC5 Y;  1RI8 B;  5JEN B;  2Z37 A;  5KXK A;  1YAN A;  5KXN A;  4M4O A;  1LZ6 A;  1VAU A;  4QDN A;  3SP3 A;  3WUL A;  3WPJ A;  1G7J C;  3LYM A;  3IJV A;  3G3B B;  1HFZ A;  3AJN A;  3IJU A;  2BLX A;  4QGZ A;  1ZVH L;  4ZEE A;  1JKC A;  1F6S A;  4H9A A;  4G49 A;  5C6I A;  3RZ4 A;  5L9J A;  1JIY A;  1YL1 X;  2A7D A;  4LYO A;  1BB6 A;  1GAZ A;  1V7T A;  3A8Z A;  1REZ A;  3HBE X;  3QY4 A;  5L3H A;  4DYG A;  1GFR A;  2HEB A;  4HPE A;  1LZE A;  4PJ2 C;  4GN3 A;  2ZYC A;  1PZY A;  3AW6 A;  1GFE A;  4J1B A;  2PC2 A;  154L A;  3W3E A;  5B07 A; 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 1LYY A;  4WL7 A;  1LYO A;  133L A;  1G7M C;  2BQM A;  1NKH A;  208L A;  1LJG A;  1XGP C;  1ALC A;  1SLY A;  1OUC A;  3G3A B;  4IJ4 A;  4M6D A;  4GN4 A;  1GBZ A;  4H9B A;  1HEQ A;  1GFV A;  1OUD A;  1LHJ A;  2YBL A;  2Z38 A;  1TAY A;  1OQM A;  1IWT A;  2LYM A;  3LYO A;  1LMC A;  4H91 A;  4RLN A;  4TSB A;  3W6B A;  5II3 A;  1LTM A;  1LAA A;  4BS7 A;  5APE A;  1AZF A;  1XFP L;  2DQF C;  3BKH A;  3ZVQ A;  1LSB A;  2EKS C;  1VDT A;  4G9S A;  2HEE A;  1HFX A;  2D91 A;  4HV1 A;  4R0F A;  4ETB A;  4WM3 A;  1B5X A;  5KXP A;  5KKI A;  1NDM C;  2DQC Y;  3HBH A;  2YBI A;  2MEH A;  1FLU A;  2BAA A;  3CB7 A;  1H87 A;  1QDR A;  4H8Z A;  1QSA A;  4DD0 A;  3LHM A;  2YBM A;  1B0D A;  1CKF A;  1GXV 2;  1LZ1 A;  1GF9 A;  4LT0 A;  4WM2 A;  5E9R A;  4ET8 A;  1TEW A;  1LSC A;  1JEF A;  1GF0 A;  1HSW A;  4G4B A;  4OOO A;  1WQM A;  1LZR A;  4WOA A;  4R6C A;  1GF6 A;  4XJF A;  1UIB A;  2H9K A;  1FKV A;  1EQ4 A;  4NWH A;  3A3Q A;  1C10 A;  1GB9 A;  4NHP A;  5LVK A;  1DZB X;  2D4J A;  4ANR A;  4WO9 A;  1GXX A;  5C6L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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