4ETBA

Lysozyme, room temperature, 200 kgy dose
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title High-resolution protein structure determination by serial femtosecond crystallography.
pubmed doi rcsb
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4etbA00
4C3WA 1CKDA 6LYZA 1LJ4A 2BQBA 2BQEA 3A34A 1YIKA 2A7FA 4N8ZA 4CFOA 5I4XA 4LFXA 1INUA 1MELL 4N1EI 7LYZA 4WM6A 1O23A 4H91A 1C46A 3CSRA 4WM4A 3VWOA 4LYZA 1HFXA 3MGWA 1C7PA 2DQHY 4RW1A 5I54A 3BKVA 1LJFA 2C8OA 1DQJC 2MEGA 1LSPA 3WUAA 1YQVY 1GE2A 2XTHA 4HTKA 3T6UA 1F6RA 4H8XA 4J7VA 3IWRA 2BQNA 2CDSA 2ZILA 4H9FA 5LA5A 1LJEA 1G7LC 1LHHA 1UBZA 2B5ZA 2DKVA 2LZTA 3RW8A 4DDBA 1IOQA 4DT3A 4LT2A 3FE0A 1IP5A 5DN4A 2DQJY 4PGJB 1B5ZA 4Z46A 1IWVA 2Z38A 3TXIA 5LAFA 4BS7A 5APFA 4XYYA 5KKIA 4ETAA 3A91A 4B4EA 2F4AA 3WU7A 1BGIA 1XGUC 3A6BY 1B7OA 1OQMA 1IVMA 5LINA 5HNLA 2DQGY 1KIRC 2G4QA 2XBRA 207LA 4H93A 4QEQA 1HEQA 1AM7A 3P68A 3P4ZA 4UWVA 3ZVQB 3J6KA 4XJIA 4CJ2A 1CJ8A 1LSFA 1LZ8A 1JISA 5KXPA 1LJHA 4II8A 1OUBA 2Y8PA 1CKFA 2DQAA 5LYTA 2LZ2A 1GE4A 1UIDA 2HEBA 5HMVA 1JWRA 3TMXA 3W6BA 2Z2FA 3IJUA 1D0KA 4NG1A 4G4CA 2XJWA 4GN3A 1JJ1A 4NY5A 1WQOA 1JTTL 3J4GA 4HV2A 5B1FA 1GFHA 3WVXA 2DQIY 4WM3A 1VATA 4XN6A 1IC4Y 1JSEA 1WQQA 2XBSA 1CJ7A 5LYZA 3TXFA 5LVJA 1F0WA 1LZBA 1B7PA 1LZTA 2BAAA 2C8PA 3QNGA 1OUGA 1LHIA 1B7SA 1GF3A 3A67Y 4TUNA 1D9UA 1QDRA 2D91A 1LZNA 4LT1A 3WH1A 4RDSA 4WLDA 1B5YA 1I20A 4HPIA 2BLYA 4HJYA 2BPUA 3ATOA 1BWIA 1C45A 5D5FA 135LA 4TX7A 4DWXA 1LZDA 4BAPA 4NFVA 5B1GA 3WXUA 4HTNA 5F16A 1NDGC 2BQMA 3TMUA 2DQCY 1LPIA 1OUCA 5IDDA 1KIPC 4YENA 3A92A 1GFJA 1WQNA 4J1AA 4WOAA 1FN5A 4GCEA 1UACY 1FDLY 2BQAA 5I5QA 1C43A 4HSFA 4DC4A 3A94A 3WXTA 3AJNA 4NSHA 4NG8A 5DN5A 1RI8B 4IATA 4NGLA 4ETBA 1LSNA 1GBOA 3W6CA 1LSDA 4W94A 5KXOA 4WM5A 3CT5A 3WU8A 1LMOA 5LA8A 1J1XY 3HBHA 2Z37A 2W1LA 1YILA 4WG1A 1V7TA 3N9EA 1QSWA 1ZV5L 5A3EA 5KXLA 2EQLA 1MLCE 3WW6A 1IR9A 2EKSC 4RLNA 3GXRA 2Z12A 1DI3A 4G4HA 2BQDA 3WMKA 3WPLA 4ANRA 1GWDA 1GDWA 4XJGA 1EL1A 1ZVHL 5B07A 4HPEA 4O34A 1GFAA 2Z19A 4TSCA 4PRUA 5K7OA 3P65A 2ZQ4A 3B0OA 3P64A 3TXHA 1LZ6A 5C6JA 1Z55A 1HC0A 2MEEA 5IHGA 2ZIKA 5LVGA 2BQIA 3KAMA 1LHJA 4MR1A 4M6DA 1N4FA 1FLQA 2YVBA 1VDPA 4LYOA 5HNCA 2I25L 1JSFA 2X0AA 2D4JA 1ALCA 4DD7A 1EQEA 1TAYA 1LZ9A 1PZYA 4H9HA 3WUMA 2HU1A 1D6QA 4OWBA 4GCFA 2FYDA 2FBDA 1GFGA 1NBZC 3A90A 2D4KA 4WLTA 1GE3A 1UIFA 1GF6A 5KXWA 3AZ6A 5IELA 3TXEA 2MECA 4R6CA 2CGIA 4CFPA 3EO5A 4DD3A 1LZ4A 1OUAA 4GCBA 5C6LA 3CT1A 2CWIA 4H90A 4NHIA 1G7JC 1H6MA 2Q0MX 2W1XA 3CT0A 1CJ9A 1TDYA 1DXJA 4KXIA 5F81A 5LVIA 1GB5A 1JKAA 5EBHA 4WMGA 2RSCA 1IWTA 1VDSA 1LSMA 4XENA 1LSYA 3AW6A 5LVHA 3CB7A 1QTEA 3LHMA 1LYYA 1IWXA 2DBTA 5DL9A 1FKQA 4B1AA 1REYA 4WO6A 4LT0A 1BB3A 1OUJA 4BAFA 2IFFY 1IORA 1KXYA 4H9CA 3WVYA 4NGJA 4ZEEA 1JUGA 134LA 5AMYA 1HNLA 1B5VA 1V7SA 1OUIA 194LA 1GF5A 1QUSA 4G49A 3WW5A 1BWHA 3A95A 1SLYA 1IWUA 2I26L 3TXJA 1LJGA 4NEBA 2F4GA 4GLAA 5A3ZA 3OK0A 1IP7A 1LYOA 1LJIA 1QQYA 2DQDY 4AXTA 4FJRA 2IHLA 1REMA 1B5WA 3K3TA 1EQ5A 1P2CC 4XJHA 5LXWA 5LYMA 4PRQA 1B7RA 1DI4A 3LYZA 1RFPA 208LA 4LYBA 1GPQC 1LMCA 1LYSA 4LFPA 2HUBA 4NWEA 4X3BA 1HSXA 4H92A 1B9OA 3AZ7A 1BB7A 1LMNA 1NQIA 1PS5A 5KXKA 3ATNA 2LHMA 1BVKC 4GCDA 2ZNWY 2F2NA 1NWGA 3HBEX 1IOTA 1IWZA 1GB3A 1F6SA 1REXA 3RT5X 4A7DA 1WVVA 5FHWA 2BQHA 2YBMA 2Z18A 3AGGG 4NHTA 4DD9A 2BQFA 5M1YA 3LYTA 4OWAA 2MEAA 3B72A 5KJ9A 1B5XA 4I0CA 4UWNA 1GFVA 3RU5A 4OW1A 1XGQC 3A3RX 1HEMA 1WQRA 3TXBA 1KIQC 1BVXA 2DQEY 4B0DA 1WQMA 1GXV2 4H9BA 4NHSA 4YEOA 2W1YA 1LHMA 1LHKA 4WL7A 5HQ1A 1TBYA 5HLLA 1IP6A 1QSAA 4ETEA 1GFRA 4HP0A 4G9SA 3G3AB 3A93A 1ZMYL 1H87A 1HFZA 1XGTC 2YBLA 1NDMC 1HELA 1FLWA 1LSBA 4P2EA 5DLAA 1IY3A 5APDA 4E3UA 3LYMA 1AT5A 1GF9A 5ILFA 3TMVA 4B49A 5KY1A 2G4NA 3W6DA 5HMJA 4FDYA 1DKKA 1RJCB 4OOOA 1ZVYB 2PC2A 4OWCA 2EIZC 5APEA 1YAMA 4OOTA 4XJFA 1A4VA 1AKIA 1LZCA 3RZ4A 1WQPA 4N9RA 1BWJA 1GB8A 1IWWA 2H9KA 1LJNA 1IOCA 3IJVA 4ML7A 1YKYX 1D6PA 4H8ZA 1TCYA 4CHXA 1J1OY 4N5RA 5B06A 2NWDX 1CJ6A 1B7MA 4GLVA 5KKJA 4HV1A 2YBIA 2ZYCA 4H8YA 4J0LA 193LA 1OP9B 1GBYA 1XFPL 3T36A 4Z41A 133LA 1LSGA 1WVUA 4XJBA 4ET9A 2BQLA 5II3A 3AGIA 4XADA 132LA 4ETCA 1IC5Y 3WUNA 4H1PA 1RE2A 3FI7A 4YOPA 1J1PY 1LMAA 1B2KA 1UCOA 2MEBA 5JENB 1LZRA 4KPMA 5L3IA 4WM2A 3A6CY 6LYTA 1NHEA 9LYZA 3W6EA 1GFUA 1AZFA 2YBNA 4W96A 2WARA 5E4PA 3SP3A 3TXGA 1OUHA 4TTDA 1QUTA 1DKJA 5FEKA 1C10A 2ZNXY 1JTPL 1YAPA 2LYOA 1LCNA 4NIJA 154LA 1RCMA 2H5ZA 1HHLA 4CGEA 1UIAA 1NMMA 2HEFA 1DZBX 2HECA 3EBAB 1HEPA 1G7HC 1LTMA 4H9IA 4UWUA 1HENA 1SQ2L 3CSQA 5DM9A 1DPWA 1OUEA 3N9AA 5KXZA 2I6ZA 1LHLA 5KXXA 1BB4A 4H9EA 4NGZA 3W6FA 1F10A 1LZAA 3HFMY 3WPKA 1GDXA 1GHLA 1BB6A 1GB6A 1GXXA 2H9JA 4MCKA 4WO9A 1HEOA 2BQKA 1YL1X 4M4OA 3ULRA 3LZTA 4QY9A 1B7LA 1GBXA 3E3DA 1A2YC 4NSIA 3AZ5A 1UUZC 1XSFA 1QIOA 1JJ0A 3TXKA 1LMTA 3QE8A 2FYCA 4GCCA 2D4IA 1JKCA 1G7MC 2YDGA 5L3HA 1IR7A 2HTXA 3A3QA 4EOFA 5KXTA 1LJJA 1VDQA 1YROA 2Z2EA 3AGHA 5KXSA 1BB5A 1I1ZA 1IP3A 4EMNA 1E8LA 4N1CC 4LYCA 5KXYA 5LAGA 5I4WA 3AB6A 2ZYPA 1LJ3A 3N9CA 2W1MA 4H94A 4DD1A 1YKXX 3M18B 4ZIXA 1UIBA 3CSZA 1JKDA 1HEWA 1UIHA 4HJVA 4B4IA 8LYZA 1UICA 1LSZA 4HJZA 1GB2A 5FDJA 3B0IA 3WPJA 4WM1A 1B0DA 1JTOL 1LJKA 4DDCA 5KXMA 3A8ZA 1QTKA 4ETDA 4KT3A 2ZWBA 5D5CA 1LKSA 3WU9A 1W08A 1GF8A 3B0KA 4L41A 4NSGA 4PJ2C 1T6VL 3BKHA 1GD6A 1LSEA 1JITA 1LZGA 3D9AC 1CKHA 1REZA 2GV0A 5T3FA 3TMWA 3ZVQA 2ZQ3A 2YSSC 1GFTA 1KXWA 3LN2A 1GB7A 1OUDA 4NWHA 3WULA 1UIGA 4AGAA 1NKHA 1D0MA 4U3XB 4KL7A 1YANA 1UIEA 1LMQA 1XEJA 2BLXA 3P66A 1GE0A 1B7NA 3WL2A 1OUFA 2DQFC 1JHLA 1JPOA 153LA 5F9UA 4Z3MA 4G4BA 1IY4A 1GB9A 1YAOA 2AUBA 4GN4A 4RW2A 5I53A 4XJDA 3RNXA 1GB0A 1BQLY 1LZ1A 2YBJA 1GBSA 2MEFA 2YBHA 1VEDA 1W6ZA 4PHIA 4TSBA 5L9JA 5LVKA 4YM8A 1JEFA 1IEEA 4WL6A 1YL0X 4OWEA 1GBWA 1LSCA 3WYHA 3A96A 1C08C 3LZ2A 1JKBA 1I56A 1GBZA 2CJLA 2MEHA 1HMKA 5B05A 1QDTA 2Z39A 4BADA 3QY4A 1IR8A 4MSTA 3ZEKA 5KXRA 5FELA 4NGIA 1KXXA 4NGYA 4NGKA 1LKRA 2D6BA 1HERA 4LT3A 1VFBC 2EPEA 5C6IA 1LZEA 2HEAA 1IC7Y 4J1BA 1GEVA 1HFYA 2HEDA 4D9ZA 4GN5C 1HMLA 1VAUA 4N0JA 4C5FA 2BQJA 5KXNA 1G7IC 2BQGA 3CQLA 2BQCA 2LYMA 4LGKA 1FKVA 2MEDA 1IO5A 4NHQA 2VB1A 1IP4A 4OWHA 4LZTA 4DD2A 4ET8A 1UA6Y 2N5ZA 1NBYC 4WLXA 1GF7A 4DDAA 1JIYA 4WG7A 1XGRC 4RLMA 5LIOA 4YF2A 1LZ5A 1LAAA 3AYQA 3OJPA 3HBDA 4LYMA 1AT6A 1GFKA 5FSTA 3AZ4A 1IIZA 5FCPA 1D0LA 4H9AA 2BQOA 1YKZX 2LYZA 3W6AA 2HEEA 4IASA 1T3PA 1LZYA 2G4PA 5F9XA 1LMPA 1LZSA 1FBIX 3TXDA 1IOSA 1CKCA 1GF4A 3W3EA 2F30A 2MEIA 4ZFPA 2HU3A 3EXDA 1LSAA 1JJ3A 1FLYA 4QDNA 1HF4A 1IP1A 1VDTA 4WLYA 5B59A 1GF0A 1IP2A 1HSWA 1XEKA 1XGPC 1YAQA 4PPOA 5APCA 1FLUA 2FBBA 1B7QA 1BHZA 3D3DA 1DI5A 3F6ZA 1LYZA 4I8SA 2A7DA 4TWSA 3LYOA 1IX0A 4HTQA 1UC0A 1WTNA 4QGZA 1CKGA 1GFEA 2ZIJA 5E9RA 1GE1A 5I4YA 4YEMA 4NHPA 4IJ4A 3GXKA 4R0FA 4Z98A 1LOZA 4NSJA 4B4JA 1B5UA 4NGWA 5J7CA 1NF5A 4DD0A 3B6LA 4NGOA 5F14A 1EQ4A 3M3UA 4LYTA 1GAYA 4NGVA 1TEWA 1IWYA 1GEZA 5ILCA 1DPXA 1XEIA 3G3BB 4DYGA 1WTMA 1GAZA 3AW7A 1CNSA 3EMSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CKDA 6LYZA 1SWZA 3A34A 2A7FA 4N8ZA 4CFOA 4LFXA 1MELL 4H91A 1HFXA 234LA 2C8OA 1DQJC 1L15A 1YQVY 2XTHA 4HTKA 1F6RA 228LA 2B74A 3EMLA 4PGJB 4OO9A 5KKIA 4ETAA 244LA 3A6BY 1ZURA 201LA 1L37A 191LA 2XBRA 5FELA 4QEQA 252LA 1B6IA 1L46A 5KXPA 1OUBA 2O7AA 2Q9DA 2HEBA 1JWRA 3TMXA 164LA 3HTGA 2QB0B 2Z2FA 1GFHA 1QS9A 1VATA 1JSEA 3TXFA 1F0WA 2C8PA 1OUGA 1GF3A 1D9UA 4LT1A 1L55A 3WH1A 2BLYA 4DWXA 2BQMA 3TMUA 2DQCY 140LA 1OUCA 1CVKA 4J1AA 2BQAA 2O79A 4HSFA 3A94A 3WXTA 4NSHA 4IATA 4NGLA 4W94A 4WM5A 2W1LA 1YILA 1MLCE 3WW6A 4G4HA 256LA 4EXMA 2F32A 1QTZA 1GDWA 1SWYA 2NTHA 2Z19A 1C6AA 3P65A 2ZIKA 5LVGA 1C6PA 1N4FA 3HUAA 1JSFA 2X0AA 2D4JA 3HU8A 2RBPA 2ANXA 1PZYA 1D6QA 4GCFA 1NBZC 1GE3A 4DQ5A 3AZ6A 181LA 4I7KA 4R6CA 4GCBA 5C6LA 2CWIA 4I7LA 4H90A 1G7JC 192LA 3CT0A 1CJ9A 1DXJA 1JKAA 2F2QA 2RSCA 246LA 5LVHA 3AW6A 5DL9A 1FKQA 4LT0A 1BB3A 4ZEEA 1L34A 5AMYA 2LCBA 1V7SA 1OUIA 1CU2A 1BWHA 2I26L 107LA 2F4GA 4GLAA 1CU5A 1QQYA 2DQDY 2OTYX 4ARPA 5LXWA 211LA 4LYBA 1P36A 2XQOA 3DMZA 1LMCA 1G0MA 1B9OA 254LA 111LA 1BB7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4C3W A;  1CKD A;  6LYZ A;  1LJ4 A;  2BQB A;  2BQE A;  3A34 A;  1YIK A;  2A7F A;  4N8Z A;  4CFO A;  5I4X A;  4LFX A;  1INU A;  1MEL L;  4N1E I;  7LYZ A;  4WM6 A;  1O23 A;  4H91 A;  1C46 A;  3CSR A;  4WM4 A;  3VWO A;  4LYZ A;  1HFX A;  3MGW A;  1C7P A;  2DQH Y;  4RW1 A;  5I54 A;  3BKV A;  1LJF A;  2C8O A;  1DQJ C;  2MEG A;  1LSP A;  3WUA A;  1YQV Y;  1GE2 A;  2XTH A;  4HTK A;  3T6U A;  1F6R A;  4H8X A;  4J7V A;  3IWR A;  2BQN A;  2CDS A;  2ZIL A;  4H9F A;  5LA5 A;  1LJE A;  1G7L C;  1LHH A;  1UBZ A;  2B5Z A;  2DKV A;  2LZT A;  3RW8 A;  4DDB A;  1IOQ A;  4DT3 A;  4LT2 A;  3FE0 A;  1IP5 A;  5DN4 A;  2DQJ Y;  4PGJ B;  1B5Z A;  4Z46 A;  1IWV A;  2Z38 A;  3TXI A;  5LAF A;  4BS7 A;  5APF A;  4XYY A;  5KKI A;  4ETA A;  3A91 A;  4B4E A;  2F4A A;  3WU7 A;  1BGI A;  1XGU C;  3A6B Y;  1B7O A;  1OQM A;  1IVM A;  5LIN A;  5HNL A;  2DQG Y;  1KIR C;  2G4Q A;  2XBR A;  207L A;  4H93 A;  4QEQ A;  1HEQ A;  1AM7 A;  3P68 A;  3P4Z A;  4UWV A;  3ZVQ B;  3J6K A;  4XJI A;  4CJ2 A;  1CJ8 A;  1LSF A;  1LZ8 A;  1JIS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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