The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
114
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sequence length |
349
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structure length |
349
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Chain Sequence |
TVTLKQHERPAASRIVAVGAYRPANLVPNEDLIGPIDSSDEWIRQRTGIVTRQRATAEETVPVMAVGAAREALERAGLQGSDLDAVIVSTVTFPHATPSAAALVAHEIGATPAPAYDVSAACAGYCYGVAQADALVRSGTARHVLVVGVERLSDVVDPTDRSISFLLGDGAGAVIVAASDEPGISPSVWGSDGERWSTISMTHSQLELRDAVEHARTTGDASAITGAEGMLWPTLRQDGPSVFRWAVWSMAKVAREALDAAGVEPEDLAAFIPHQANMRIIDEFAKQLKLPESVVVARDIADAGNTSAASIPLAMHRLLEENPELSGGLALQIGFGAGLVYGAQVVRLP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transferase
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| source organism |
Micrococcus luteus nctc 2665
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| publication title |
Structure of FabH and factors affecting the distribution of branched fatty acids in Micrococcus luteus.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
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| total genus |
114
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| structure length |
349
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| sequence length |
349
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature |
ec
2.3.1.180: Beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III. |
| pdb deposition date | 2012-04-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08541 | ACP_syn_III_C | 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C terminal |
| A | PF08545 | ACP_syn_III | 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 | Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 | Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1M4T A; 2GFW A; 1D6I A; 2HG4 A; 1M1T A; 2ALM A; 1CHW A; 3H77 A; 1XPM A; 2WUA A; 1G5X A; 1I89 A; 4NHD A; 5AB6 A; 1ZOW A; 1I8B A; 1M3Z A; 1U0W A; 4JAP A; 4LS6 A; 3ZBK A; 3IL6 A; 4YUF A; 1TXT A; 2BYX A; 4XL3 A; 2D3M A; 2WGF A; 3LED A; 3LRF A; 2QNX A; 3EUQ A; 4OPF A; 2IX4 A; 3T8E A; 1B3N A; 4B3H C; 1WDL C; 1HNK A; 1E5M A; 2GFY A; 5KP2 A; 4WZU A; 1KAS A; 3V4N A; 4C6U A; 5HWO A; 4KTI A; 2BZ4 A; 3LEH A; 3SQZ A; 4X0O D; 1FJ4 A; 4EGV A; 1DLU A; 5HWQ A; 5AB4 A; 4RYB A; 1WDM C; 2IBW A; 2BUH A; 4NA2 A; 3KZU A; 4B7V A; 1YSL A; 3ZBG A; 2X3E A; 4X9K A; 4C2J A; 4N44 A; 1HZP A; 3SVK A; 3OV2 A; 2VB9 A; 3EUT A; 2BUI A; 4YXQ A; 1U6S A; 4KU3 A; 3VS8 A; 4EWP A; 4LS5 A; 1DLV A; 2QNZ A; 3G11 A; 4WKY A; 4LS8 A; 4B0N A; 2AQB A; 1OX0 A; 4C6W A; 3A5Q A; 3FK5 A; 4B3I C; 4X0O A; 3E1H A; 5SXO A; 5BYV A; 3G0Y A; 5HWP A; 2WKV A; 4XOX A; 4YLT A; 4Z37 A; 2GFX A; 1HNJ A; 2VZ8 A; 2H84 A; 2GYO A; 5E5N A; 2QO0 A; 3T5Y B; 1AFW A; 1OXH A; 4KU2 A; 1CGZ A; 4U4E A; 1QLV A; 4ZRC A; 1CML A; 4JGA A; 2VBA A; 1QFL A; 3VS9 A; 3ROW A; 3IL3 A; 3T6S A; 4B3J C; 5F0V A; 2EBD A; 4NA3 A; 3V4X A; 1U0U A; 3IL9 A; 3GOA A; 2WL4 C; 2VU0 A; 2C7Y A; 1X9E A; 4C70 A; 1DD8 A; 4C6X A; 2FA3 A; 2WL4 A; 4XL4 A; 2WGE A; 2AQ7 A; 4WUM A; 5F38 D; 4DDO A; 4UBW A; 2WU9 A; 4Z19 A; 4DFE A; 5KP8 A; 2QNY A; 4C72 A; 2AJ9 A; 1JWX A; 4EWG A; 2QO3 A; 1U0V A; 3HNZ A; 3ZBN A; 4WYS A; 3GWA A; 2QO1 A; 2RJT A; 4JAR A; 2D51 A; 3MQD A; 4DD5 A; 4JV3 A; 4UBT A; 3WD7 A; 3AWJ A; 5BNM A; 5BNS A; 5LOT A; 1Z1F A; 3H78 A; 4C6V A; 4W61 A; 5F38 C; 1UB7 A; 2P0U A; 2FA0 A; 5CBQ A; 3A5R A; 5KP7 A; 5HWR A; 4R8E A; 4O9A A; 1BQ6 A; 5F38 A; 4O9C A; 4KTM A; 2D3T C; 4UBU A; 2IB9 A; 1TED A; 1MZS A; 2C7Z A; 1XET A; 1M3K A; 2VU1 A; 2BYY A; 1TQY A; 1WDK C; 3OIT A; 2VU2 A; 2F2S A; 2WKU A; 4C2K A; 1F91 A; 3T6S B; 4QAV A; 1MZJ A; 2IB8 A; 4JRM A; 2IWZ A; 3WXZ A; 4XL2 A; 4YXV A; 2GQD A; 4YZO A; 2C9H A; 2WGG A; 4BIA A; 2WL4 D; 4N45 A; 4JAT A; 5KP5 A; 2F82 A; 4Z8D A; 1EBL A; 3WD8 A; 3HO9 A; 4OQJ A; 4XSB A; 3S1Z A; 2QX1 A; 3S21 A; 3U0F A; 5KP6 A; 4EFI A; 1ULQ A; 5TT4 A; 1J3N A; 2IWY A; 2F9A A; 3E60 A; 1M1O A; 1DM3 A; 2D52 A; 1NL7 A; 4QYR A; 3GWE A; 3S20 A; 4V2P A; 3H76 A; 3A5S A; 5BQS A; 2BYZ A; 2IIK A; 5LP7 A; 2IB7 A; 3IL5 A; 4C73 A; 4JB6 A; 4NA1 A; 4YJY A; 3OYT A; 4WYR A; 3AWK A; 1YSL B; 5BNR A; 4NZS A; 5F38 B; 2WGD A; 1BI5 A; 3T5Y A; 2WKT C; 4C71 A; 2GFV A; 2WL6 A; 4XS9 A; 2VTZ A; 2GP6 A; 1H4F A; 4YUC A; 2AHB A; 4E1L A; 1TQY B; 2WKT A; 4JAQ A; 4XS7 A; 1CGK A; 3ZBL A; 1I86 A; 2IBY A; 5BZ4 A; 1U6E A; 2WYA A; 1W0I A; 4JRH A; 1XPL A; 3WY0 A; 1M1M A; 3HO2 A; 5LNQ A; 1HND A; 3HHD A; 3S3L A; 2VB8 A; 3I8P A; 1FJ8 A; 3S23 A; 1HNH A; 1XPK C; 1EK4 A; 1OU6 A; 2EFT A; 4UBV A; 1EE0 A; 1TVZ A; 1U0M A; 5LD8 A; 3OV3 A; 1XPK A; 2VZ9 A; 2IBU A; 1WL5 A; 4C6Z A; 4LS7 A; 2BZ3 A; 4JPF A; 1XES A; 2HDB A; 4OPE A; 1I88 A; 5BY7 A; 2BYW A; 4KC5 A; 1Z1E A; 3WXY A; 2VB7 C; 1M4S A; 3V7I A; 4XSA A; 1D6H A; 4TKT A; 3TSY A; 4YXT A; 4BI9 A; 5C1J A; 2VB7 A; 3U0E A; 2WL4 B; 4ZDN A; 5DWZ C; 2UV8 A; 5AB7 A; 1HN9 A; 5AB5 A; 1PXT A; 4KU5 A; 2P8U A; 1WL4 A; 1D6F A; 3EUO A; 4JD3 A; 3SS6 A; 3IL7 A; 3IL4 A; 2WL5 C; 3ALE A; 4JAO A; 4O99 A; 4F32 A; 3O04 A; 2WL5 A; 1TEE A; 4X9O A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1M4T A; 2GFW A; 1D6I A; 2HG4 A; 1M1T A; 2ALM A; 1CHW A; 3H77 A; 1XPM A; 2WUA A; 1G5X A; 1I89 A; 4NHD A; 5AB6 A; 1ZOW A; 1I8B A; 1M3Z A; 1U0W A; 4JAP A; 4LS6 A; 3ZBK A; 3IL6 A; 4YUF A; 1TXT A; 2BYX A; 4XL3 A; 2D3M A; 2WGF A; 3LED A; 3LRF A; 2QNX A; 3EUQ A; 4OPF A; 2IX4 A; 3T8E A; 1B3N A; 4B3H C; 1WDL C; 1HNK A; 1E5M A; 2GFY A; 5KP2 A; 4WZU A; 1KAS A; 3V4N A; 4C6U A; 5HWO A; 4KTI A; 2BZ4 A; 3LEH A; 3SQZ A; 4X0O D; 1FJ4 A; 4EGV A; 1DLU A; 5HWQ A; 5AB4 A; 4RYB A; 1WDM C; 2IBW A; 2BUH A; 4NA2 A; 3KZU A; 4B7V A; 1YSL A; 3ZBG A; 2X3E A; 4X9K A; 4C2J A; 4N44 A; 1HZP A; 3SVK A; 3OV2 A; 2VB9 A; 3EUT A; 2BUI A; 4YXQ A; 1U6S A; 4KU3 A; 3VS8 A; 4EWP A; 4LS5 A; 1DLV A; 2QNZ A; 3G11 A; 4WKY A; 4LS8 A; 4B0N A; 2AQB A; 1OX0 A; 4C6W A; 3A5Q A; 3FK5 A; 4B3I C; 4X0O A; 3E1H A; 5SXO A; 5BYV A; 3G0Y A; 5HWP A; 2WKV A; 4XOX A; 4YLT A; 4Z37 A; 2GFX A; 1HNJ A; 2VZ8 A; 2H84 A; 2GYO A; 5E5N A; 2QO0 A; 3T5Y B; 1AFW A; 1OXH A; 4KU2 A; 1CGZ A; 4U4E A; 1QLV A; 4ZRC A; 1CML A; 4JGA A; 2VBA A; 1QFL A; 3VS9 A; 3ROW A; 3IL3 A; 3T6S A; 4B3J C; 5F0V A; 2EBD A; 4NA3 A; 3V4X A; 1U0U A; 3IL9 A; 3GOA A; 2WL4 C; 2VU0 A; 2C7Y A; 1X9E A; 4C70 A; 1DD8 A; 4C6X A; 2FA3 A; 2WL4 A; 4XL4 A; 2WGE A; 2AQ7 A; 4WUM A; 5F38 D; 4DDO A; 4UBW A; 2WU9 A; 4Z19 A; 4DFE A; 5KP8 A; 2QNY A; 4C72 A; 2AJ9 A; 1JWX A; 4EWG A; 2QO3 A; 1U0V A; 3HNZ A; 3ZBN A; 4WYS A; 3GWA A; 2QO1 A; 2RJT A; 4JAR A; 2D51 A; 3MQD A; 4DD5 A; 4JV3 A; 4UBT A; 3WD7 A; 3AWJ A; 5BNM A; 5BNS A; 5LOT A; 1Z1F A; 3H78 A; 4C6V A; 4W61 A; 5F38 C; 1UB7 A; 2P0U A; 2FA0 A; 5CBQ A; 3A5R A; 5KP7 A; 5HWR A; 4R8E A; 4O9A A; 1BQ6 A; 5F38 A; 4O9C A; 4KTM A; 2D3T C; 4UBU A; 2IB9 A; 1TED A; 1MZS A; 2C7Z A; 1XET A; 1M3K A; 2VU1 A; 2BYY A; 1TQY A; 1WDK C; 3OIT A; 2VU2 A; 2F2S A; 2WKU A; 4C2K A; 1F91 A; 3T6S B; 4QAV A; 1MZJ A; 2IB8 A; 4JRM A; 2IWZ A; 3WXZ A; 4XL2 A; 4YXV A; 2GQD A; 4YZO A; 2C9H A; 2WGG A; 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4TKT A; 3TSY A; 4YXT A; 4BI9 A; 5C1J A; 2VB7 A; 3U0E A; 2WL4 B; 4ZDN A; 5DWZ C; 2UV8 A; 5AB7 A; 1HN9 A; 5AB5 A; 1PXT A; 4KU5 A; 2P8U A; 1WL4 A; 1D6F A; 3EUO A; 4JD3 A; 3SS6 A; 3IL7 A; 3IL4 A; 2WL5 C; 3ALE A; 4JAO A; 4O99 A; 4F32 A; 3O04 A; 2WL5 A; 1TEE A; 4X9O A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1M4T A; 2GFW A; 1D6I A; 2HG4 A; 1M1T A; 2ALM A; 1CHW A; 3H77 A; 1XPM A; 2WUA A; 1G5X A; 1I89 A; 4NHD A; 5AB6 A; 1ZOW A; 1I8B A; 1M3Z A; 1U0W A; 4JAP A; 4LS6 A; 3ZBK A; 3IL6 A; 4YUF A; 1TXT A; 2BYX A; 4XL3 A; 2D3M A; 2WGF A; 3LED A; 3LRF A; 2QNX A; 3EUQ A; 4OPF A; 2IX4 A; 3T8E A; 1B3N A; 4B3H C; 1WDL C; 1HNK A; 1E5M A; 2GFY A; 5KP2 A; 4WZU A; 1KAS A; 3V4N A; 4C6U A; 5HWO A; 4KTI A; 2BZ4 A; 3LEH A; 3SQZ A; 4X0O D; 1FJ4 A; 4EGV A; 1DLU A; 5HWQ A; 5AB4 A; 4RYB A; 1WDM C; 2IBW A; 2BUH A; 4NA2 A; 3KZU A; 4B7V A; 1YSL A; 3ZBG A; 2X3E A; 4X9K A; 4C2J A; 4N44 A; 1HZP A; 3SVK A; 3OV2 A; 2VB9 A; 3EUT A; 2BUI A; 4YXQ A; 1U6S A; 4KU3 A; 3VS8 A; 4EWP A; 4LS5 A; 1DLV A; 2QNZ A; 3G11 A; 4WKY A; 4LS8 A; 4B0N A; 2AQB A; 1OX0 A; 4C6W A; 3A5Q A; 3FK5 A; 4B3I C; 4X0O A; 3E1H A; 5SXO A; 5BYV A; 3G0Y A; 5HWP A; 2WKV A; 4XOX A; 4YLT A; 4Z37 A; 2GFX A; 1HNJ A; 2VZ8 A; 2H84 A; 2GYO A; 5E5N A; 2QO0 A; 3T5Y B; 1AFW A; 1OXH A; 4KU2 A; 1CGZ A; 4U4E A; 1QLV A; 4ZRC A; 1CML A; 4JGA A; 2VBA A; 1QFL A; 3VS9 A; 3ROW A; 3IL3 A; 3T6S A; 4B3J C; 5F0V A; 2EBD A; 4NA3 A; 3V4X A; 1U0U A; 3IL9 A; 3GOA A; 2WL4 C; 2VU0 A; 2C7Y A; 1X9E A; 4C70 A; 1DD8 A; 4C6X A; 2FA3 A; 2WL4 A; 4XL4 A; 2WGE A; 2AQ7 A; 4WUM A; 5F38 D; 4DDO A; 4UBW A; 2WU9 A; 4Z19 A; 4DFE A; 5KP8 A; 2QNY A; 4C72 A; 2AJ9 A; 1JWX A; 4EWG A; 2QO3 A; 1U0V A; 3HNZ A; 3ZBN A; 4WYS A; 3GWA A; 2QO1 A; 2RJT A; 4JAR A; 2D51 A; 3MQD A; 4DD5 A; 4JV3 A; 4UBT A; 3WD7 A; 3AWJ A; 5BNM A; 5BNS A; 5LOT A; 1Z1F A; 3H78 A; 4C6V A; 4W61 A; 5F38 C; 1UB7 A; 2P0U A; 2FA0 A; 5CBQ A; 3A5R A; 5KP7 A; 5HWR A; 4R8E A; 4O9A A; 1BQ6 A; 5F38 A; 4O9C A; 4KTM A; 2D3T C; 4UBU A; 2IB9 A; 1TED A; 1MZS A; 2C7Z A; 1XET A; 1M3K A; 2VU1 A; 2BYY A; 1TQY A; 1WDK C; 3OIT A; 2VU2 A; 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4LS7 A; 2BZ3 A; 4JPF A; 1XES A; 2HDB A; 4OPE A; 1I88 A; 5BY7 A; 2BYW A; 4KC5 A; 1Z1E A; 3WXY A; 2VB7 C; 1M4S A; 3V7I A; 4XSA A; 1D6H A; 4TKT A; 3TSY A; 4YXT A; 4BI9 A; 5C1J A; 2VB7 A; 3U0E A; 2WL4 B; 4ZDN A; 5DWZ C; 2UV8 A; 5AB7 A; 1HN9 A; 5AB5 A; 1PXT A; 4KU5 A; 2P8U A; 1WL4 A; 1D6F A; 3EUO A; 4JD3 A; 3SS6 A; 3IL7 A; 3IL4 A; 2WL5 C; 3ALE A; 4JAO A; 4O99 A; 4F32 A; 3O04 A; 2WL5 A; 1TEE A; 4X9O A;
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