4EXGA

Design and synthesis of potent hydroxyethylamine (hea) bace-1 inhibitors
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
386
structure length
377
Chain Sequence
VEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Design and synthesis of potent hydroxyethylamine (HEA) BACE-1 inhibitors carrying prime side 4,5,6,7-tetrahydrobenzazole and 4,5,6,7-tetrahydropyridinoazole templates.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 99
structure length 377
sequence length 386
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4exgA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4exgA02
3VFAA 4D89A 3KT2A 2O4LA 5P0YA 4YDGA 4M8YA 2G21A 4NPUA 5P15A 6APRE 1D4IA 3KFPA 3FV3A 4K9HA 5P4KA 5P3PA 3HBOA 1KZKA 1B6LA 5P19A 3CIDA 4ZPEA 1SDVA 1K6CA 3SA7A 3AIDA 2F3KA 4R93A 4B05A 4KE0A 5BRYA 3WZ6A 2NXLA 5P8SA 3PGIA 3EKWA 3BC4A 4IVSA 5P58A 5SY2A 1FQ8A 5P6MA 1EBKC 3SKGA 5P45A 3OOZA 3PM4A 4EXHA 5KQZA 2NMZA 3H5BA 3S45A 3TL9A 3NUOA 3GGUA 2V10C 1HVKA 3VYEA 5P29A 2ANLA 3S43B 3O9LA 2I4DA 4Y58A 1GKTA 5P3KA 3PHVA 5P3RA 1ODXA 4Y5PA 4L7JA 4Y54A 2AOGA 3JW2A 1BILA 5P8FA 3LPKA 5P2HA 2FS4A 5P37A 5KR0A 3H0BA 4ER4E 5P57A 3GI5A 2F81A 2IRZA 4J1HA 1W5YA 5HDVA 4QJAA 3NXEA 4I0FA 5OZEA 3VG1A 1SIVA 3RTNA 5P8QA 5P55A 1SDUA 4Y5MA 5OYXA 4AZYA 3UQXA 4S1GA 4RYGA 1YG9A 5P23A 3OUDB 5P3ZA 5P05A 4LHHA 5P2JA 2WF2A 1HEGE 5AGZA 1ODWA 5P03A 5P5KA 5P85A 4PEPA 1MSMA 5FIVA 5P7BA 3B7VA 3NXNA 1GVTA 4L7GA 2QD8A 1APVE 1T7JA 4NJVA 3BUGA 2CEMA 5P0SA 5P6IA 2VNNA 4UPJA 4FSEA 4Y5CA 4Y3RA 5ER1E 5P44A 1BDLA 5P07A 5P61A 4ZPGA 5P8UA 5P14A 1B5FA 4NKKA 3NR6A 4XXSA 3TPJA 2ZJKA 2AQUA 5P2SA 2ZJMA 5P11A 5P83A 2NXMA 3RSXA 4GZFA 5SXNA 4DPFA 1D4LA 3U71A 5P88A 4GJ6A 2OHUA 5OYYA 4A4QA 2AVSA 3T6IA 1EPRE 5P7PA 3UFNA 1RV7A 5OZZA 4Y4GA 4Y4JA 4GJBA 5P3GA 3ER3E 5P8HA 4CPWA 4FAFA 3I25A 3OTYA 3L5CA 1FKNA 3EC0A 3HVPA 3F9QA 3HW1A 4CP7A 4DVFA 3KA2A 4RCDA 3UPJA 4Y4WA 5P1TA 1AXAA 5P4VA 5P7SA 3PMYA 4ZSPA 1DPJA 5P6UA 3TLHA 4EJLA 4HA5A 5DPZA 4JP9A 3EM3A 2OAHA 5P02A 4OC6B 3UQWA 5OZNA 2J9KA 4GJ8A 4EXGA 5HU0A 3PI5A 5P2BA 3I6OA 4QGIA 2WEDA 1BBSA 2HAHA 3OADB 1Z1RA 4LC7A 5DGUA 2Q64A 2P3DA 4CKUA 1TSQA 4FS4A 2AOIA 4Y4TA 1HPSA 1MERA 1WBKA 1BV7A 5P5CA 4DQBA 5P0TA 3S43A 3I7EA 4H3FA 4TRZA 2O4NA 3TPLA 1FF0C 5P1JA 1K2CA 5P4CA 3WSJA 3TNEA 3SABA 4I0IA 3VLAA 3BGCA 3OU1B 5C9DA 4J1EA 1G35A 3S53A 4EWOA 3IXJA 4DQGA 3KT5A 5OZMA 4J1FA 1LZQA 3T11A 1AIDA 3UDNA 3ZPTA 1PSNA 4OBJA 4ZEAA 2QZWA 2FNSA 5DR3A 3FIVA 2VJ7A 3UDYA 5SY3A 5P4BA 2VA7A 2QMPA 3OUDA 2Q11A 4APRE 3JVYA 3ZKXA 4B78A 4EJDA 2BKSA 1D4KA 5P13A 1FQ5A 2OHKA 5P1BA 1K2BA 3DM6A 5P31A 4MC9A 1ZLFA 1GNNA 2RKFA 1MIQA 5KR8A 1M43A 1W5VA 2I4WA 4GJDA 5OZ0A 4Y4ZA 3NUJA 1HTFA 3A2OA 4AMTA 2Q63A 4R5NA 3MXEA 3D1ZA 1DMPA 3WB5A 5P64A 5P7WA 2RMPA 5P3JA 4DQFA 3HLOA 2QHCA 1IZIA 4GMIA 3INFA 3K4VC 2PMAA 4LBTA 2BKTA 2FXEA 2JYSA 1EC0A 2ER6E 5P5DA 1KJGA 4Y50A 4AUCA 5P48A 4I0HA 2WKZA 5P3BA 1D4YA 3KFSA 1XDHA 1FGCC 2RSPA 4DJUA 1M4HA 4Y48A 5P35A 5OZPA 4XKXA 5P6JA 1MUIA 3D20A 1B11A 4OC6A 3VF3A 5AHAA 5DR1A 5P3YA 3S8IA 4L7HA 1QRPE 1HSIA 1GVWA 2AVMA 2JJJA 4U7QA 5P0JA 5UPJA 5P7JA 3GGVA 3OADA 2ZHSA 2HS1A 2WF0A 3UDJA 5P5HA 3QVIA 2G1OA 5P30A 3S56A 3OK9A 1BAIA 6UPJA 5P4HA 3ZKIA 2QK5A 5P71A 1GNOA 5P01A 1EBWA 4D88A 2FGUA 3QBHA 1HWRA 4DI2A 1OD1A 3OU1A 2QZKA 4YCKA 5P1GA 4FGXA 1FB7A 3NDUA 2BPWA 1SGUA 3GGAA 4ZSMA 2RENA 3CYXA 1ME6A 5ISKA 3IAWA 2G22A 3APPA 5COKA 4YOAA 4Z2ZA 5P6CA 3MWSA 1Q9PA 3LPIA 1MESA 2B7ZA 1YTGA 5P50A 1TQFA 5P5JA 5P36A 7UPJA 1WKRA 3BRAA 3NDWA 5KR1A 4I0DA 2AOFA 4YDFA 1GVVA 5P75A 5IVQA 3O9GA 4RROA 1DP5A 2FGVA 4FRSA 3QAAA 5F00A 5P42A 5AHBA 5P4JA 3VV6A 2WEAA 4Y44A 5P51A 5P74A 4J17A 3L5FA 2VJ6A 5OZIA 1QDMA 1EEDP 1FQ6A 4K4QA 1EPQE 3BVAA 5F01A 2FDPA 3MSLA 3K1WA 4PYVA 1YM2A 1RPIA 5P2MA 1EPPE 5OZ3A 3ZPSA 4Y3NA 3OXCA 4BEKA 1PPLE 1W6HA 5P1QA 5P5QA 2VNMA 1QBTA 5P2TA 5KOSA 2O4PA 4D8CA 4K4PA 3K5GA 1K1TA 4A6BA 2P83A 4Y3EA 2R3TA 3UQRA 2V13A 1MPPA 5P0FA 1KJ7A 2RKGA 3L5DA 4TVGA 5P38A 3OGQA 2JXRA 5P12A 5TOLA 2QD7A 2PYMA 3SM1A 5P00A 3KMYA 4DJOA 1PPKE 3QIHA 5P39A 5P6VA 1EPLE 3CMSA 4DQHA 2UXZA 2SAMA 3L38A 3DV5A 4FE6A 2OHLA 3CKPA 3IXKA 2PQZA 4RRSA 5P60A 5P1XA 2QMFA 5J25A 5OZWA 4R92A 3LNKA 4OBHA 3SLZA 3NDXA 2G26A 5JFUA 2HM1A 5P0GA 4J0VA 4F76A 1QBSA 3DJKA 4LP9A 3VEUA 5P18A 5P70A 3LHGA 1MSNA 1K6VA 2WHHA 2BQVA 1E80E 3OAGB 2AZ8A 1FIVA 4I0EA 5P3LA 5P53A 3QPJA 2QU2A 3UQPA 1XN2A 4COEA 1HSGA 3ZL7A 3DCKA 4Y56A 4GJCA 5HDZA 1UH9A 1OEXA 3TKGA 4H1EA 5P27A 3PSGA 9HVPA 2OHRA 4APEA 4RGHA 3KN0A 4NJTA 2JJIA 3SO9A 4Y35A 1NPWA 5P5RA 1UH8A 1META 4GYEA 4YD4A 1VIKA 3PWRA 4RRNA 2PC0A 5ER2E 2QI6A 1OHRA 2QI0A 4DFGA 5P34A 3O9FA 1B6MA 2AZBA 5OZFA 1KJ4A 1EC2A 3SA9A 5P3DA 3NLSA 1LF3A 4I11A 3NWXA 4ZSQA 1LEEA 5P2RA 1B6JA 5P3NA 1GNMA 4Y3YA 1D4JA 5P76A 5P82A 1A94A 5HDXA 5P1UA 5OZGA 5P8RA 5P49A 3TPRA 3PVKA 4HVPA 4JPCA 4KE1A 2IS0A 3OU3A 4Y3HA 5KQYA 1E5OE 4XX4A 5P7MA 4TVHA 5P7XA 3PI0A 3ZOVA 1LYWA 3EKPA 2R3WA 2F8GA 3OUAA 4Y3LA 4Y5NA 1SIPA 1HVIA 1FEJC 4CPQA 1C70A 2VJ9A 3NSHA 5HE4A 1CMSA 3SKFA 5PEPA 2WF1A 4Y3MA 5P7NA 2HC0A 5P25A 1BWAA 3TH9A 5P67A 1ZBGA 5P0MA 3IN4A 5P68A 2ER9E 5P8NA 3EKQA 1HXBA 5P0ZA 1PPME 5P22A 2Z4OA 4Y6MA 3FKTA 2QZXA 4HDFA 4ZLSA 2O4KA 4Y47A 1D4SA 3VV7A 1E81E 4Z50A 1MTBA 3UFLA 3OQAA 5P8DA 2QU3A 3OQKA 4HZTA 2O40A 2IEOA 4X2LA 5P2UA 5I3VA 3OAGA 1DW6C 4CMSA 5OYRA 3SM2A 3VSWA 4YBFA 4YCTA 1E82E 2ZDZA 5P20A 3S85A 5HVPA 1B6PA 1FMUA 2P3AA 5P8MA 5P1IA 5P0HA 4YOBA 3NU9A 5P0PA 5P7ZA 3NWQA 4DJXA 4E43A 3PSYA 3LZSA 3FSMA 4ER1E 3SA8A 2OHNA 1APWE 5P62A 3LPJA 5P5ZA 3FNUA 1Z1HA 2I4VA 4Y41A 5OZYA 4B1EA 4D83A 5DGWA 3D1YA 5P5TA 5KR2A 2XYEA 5P79A 2G20A 2AVOA 3DOXA 1HIVA 5P6SA 3VCMA 5P6WA 5P5WA 4ZSRA 5P0WA 3EKTA 4GB2A 2R9BA 5KQXA 5P77A 5P09A 2AZ9A 5P89A 5P4RA 5P5MA 2AOEA 4FRIA 4J0PA 2WF3A 5P7QA 4B77A 5P3CA 4GJ5A 3EMYA 5P4NA 3QI1A 3I8WA 2I0DA 5P2VA 3ZPUA 5P80A 1ZSRA 3KYRA 4TRWA 4Y38A 5P4IA 5P1YA 5P73A 3INEA 5P8KA 2HB2A 5ENKA 4PZXA 3QS1A 3O9DA 4OBFA 5P69A 3VUCA 4H3JA 1FMBA 3URIA 1LF4A 1BWBA 3ST5A 3PWMA 1SMEA 3K5DA 5BWYA 1A9MA 3EKYA 4I0GA 1MVPA 4I10A 4CPUA 1ENTE 3WZ8A 1XE5A 5P3HA 1ZP8A 5B18A 5P8GA 5OZKA 2VA6A 1YTHA 3MSJA 3HAUA 2AIDA 3PEPA 5HU1A 5P2GA 1EBYA 3L5BA 2R5PA 5P86A 5P0IA 3UDMA 2UY0A 1G0VA 4QLHA 3KDBA 3SAAA 4LL3A 1EPOE 5P4UA 4Y51A 2O4SA 3FNTA 2QNPA 1TSUA 2Q15A 5P7UA 5DR0A 3OWNA 4RZ1A 1A8KA 2ZHUA 2F80A 2NMYA 2R8NA 2ZYEA 1HTRB 4YCYA 1UPJA 3SA3A 5P7AA 3AUPA 5P2OA 5P32A 5P6EA 3LZYA 3PMUA 5OZ8A 2QHYA 5P7OA 1SMRA 3LIYA 1IZDA 3TKWA 2OHSA 4DJVA 3KMXA 3BUFA 5P8VA 2ZHVA 4MC6A 2V12C 4NJSA 3HVGA 1IZEA 4FAEA 2I4UA 4BELA 3PBDA 2Z54A 5OZ9A 1B6KA 4A6CA 3QRSA 1YM4A 3GW5A 1FFFC 2AVQA 2I1AA 4JPEA 1SBGA 1TW7A 5C9BA 1EPME 3OQFA 4Q1YA 1DAZC 2Q5KA 4EQJA 4Y3FA 3CKRA 1BVEA 2ER7E 4RCEA 1ODYA 5OZ7A 5OZVA 5P7IA 2PWCA 5OYUA 2XFIA 1IVPA 5OYWA 2I4XA 1HSHA 5P5OA 4FM7A 2VIYA 2XYFA 3ER5E 2JE4A 3SA4A 2FNTA 4F73A 5OZAA 4ZPFA 4H3GA 1WBMA 4PZWA 1FG6C 3K5FA 5OZTA 1EC1A 3SQFA 5P6RA 2V0ZC 3O9AA 3QN8A 4OBZB 1HTGA 5I3YA 4Y5KA 3HD8A 5OZDA 5OZ5A 1PSOE 1VIJA 3SA5A 1FQXA 2AOHA 2QD6A 4GJ7A 2WL0A 1NPVA 1SH9A 3QRMA 1TCXA 4RLDA 2QP8A 3CYWA 4Y3XA 4Y5BA 3ZKSA 4WY6A 2PYNA 2FXDA 5P1MA 4F74A 3VYDA 5OZHA 5OZLA 1YX9A 1BV9A 4F75A 3L3AA 5P6HA 5KQFA 2AOCA 3G70A 3KFRA 3TOFA 3DUYA 1T6EX 5HTZA 1XL2A 5P6KA 1APTE 2QMDA 1EPNE 2VA5A 3EL9A 2NR6A 3EL1A 5I70A 3VSXA 5P0XA 5P3UA 5P4TA 3OUBA 5P84A 5P46A 5P6AA 3ECGA 5OZOA 5KAOA 5P0BA 3KF0A 4QJ8A 5COPA 5P5EA 4CPRA 3O9HA 5P6TA 4Y3TA 3KDDA 5DR4A 5P0VA 1LYAB 2PH6A 3L58A 5P7CA 2VIEA 4FIVA 5P3AA 2WECA 3CIBA 3OHFA 5OZXA 2MIPA 1MT9A 4BFDA 2HB4A 5P2ZA 1N49A 1EAGA 4Q5MA 3MXDA 4JECA 2IKOA 4OBGA 2B8LA 3JVWA 5P0RA 5P3SA 5E5JA 1HRNA 4H3IA 1HVLA 4Y5AA 3BUHA 5P3VA 3K4VA 4LXKA 5P1ZA 5AH8A 1LYBB 1HOSA 4HE9A 3GGXA 5P3WA 3ZMGA 3IVIA 5AH7A 1AZ5A 3BGBA 3D1XA 4I8ZA 5P2DA 2VS2A 3S2OA 3UDKA 5P8AA 5P6PA 2VIJA 3O9LB 5P0LA 3O9EA 2A4FA 2QI1A 1F34A 4YD6A 3G72A 2NNKA 2QZLA 4DQCA 4EP3A 4B1DA 2BPYA 1AJVA 1Z8CA 2EWYA 4OBZA 5P3XA 3CICA 4R95A 4N00A 2FIVA 5P3TA 1HXWA 3OUCA 3SFCA 3UDRA 1HIHA 5HDUA 5P6FA 1FMXA 5P4AA 3GI0A 3VV8A 3N4LA 4Y4EA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3VFA A;  4D89 A;  3KT2 A;  2O4L A;  5P0Y A;  4YDG A;  4M8Y A;  2G21 A;  4NPU A;  5P15 A;  6APR E;  1D4I A;  3KFP A;  3FV3 A;  4K9H A;  5P4K A;  5P3P A;  3HBO A;  1KZK A;  1B6L A;  5P19 A;  3CID A;  4ZPE A;  1SDV A;  1K6C A;  3SA7 A;  3AID A;  2F3K A;  4R93 A;  4B05 A;  4KE0 A;  5BRY A;  3WZ6 A;  2NXL A;  5P8S A;  3PGI A;  3EKW A;  3BC4 A;  4IVS A;  5P58 A;  5SY2 A;  1FQ8 A;  5P6M A;  1EBK C;  3SKG A;  5P45 A;  3OOZ A;  3PM4 A;  4EXH A;  5KQZ A;  2NMZ A;  3H5B A;  3S45 A;  3TL9 A;  3NUO A;  3GGU A;  2V10 C;  1HVK A;  3VYE A;  5P29 A;  2ANL A;  3S43 B;  3O9L A;  2I4D A;  4Y58 A;  1GKT A;  5P3K A;  3PHV A;  5P3R A;  1ODX A;  4Y5P A;  4L7J A;  4Y54 A;  2AOG A;  3JW2 A;  1BIL A;  5P8F A;  3LPK A;  5P2H A;  2FS4 A;  5P37 A;  5KR0 A;  3H0B A;  4ER4 E;  5P57 A;  3GI5 A;  2F81 A;  2IRZ A;  4J1H A;  1W5Y A;  5HDV A;  4QJA A;  3NXE A;  4I0F A;  5OZE A;  3VG1 A;  1SIV A;  3RTN A;  5P8Q A;  5P55 A;  1SDU A;  4Y5M A;  5OYX A;  4AZY A;  3UQX A;  4S1G A;  4RYG A;  1YG9 A;  5P23 A;  3OUD B;  5P3Z A;  5P05 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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