4EXHA

The crystal structure of xmrv protease complexed with acetyl-pepstatin
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
114
structure length
114
Chain Sequence
EPPPEPRITLKVGGQPVTFLVDTGAQHSVLTQNPGPLSDKSAWVQGATGGKRYRWTTDRKVHLATGKVTHSFLHVPDCPYPLLGRDLLTKLKAQIHFEGSGAQVVGPMGQPLQV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Putative gag-pro-pol polyprotein
publication title Inhibition of XMRV and HIV-1 proteases by pepstatin A and acetyl-pepstatin.
pubmed doi rcsb
source organism Dg-75 murine leukemia virus
total genus 20
structure length 114
sequence length 114
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4exhA00
1Z1HA 5P1PA 5OYSA 3SACA 5P4XA 3MSKA 1EPME 5FIVA 4ZSRA 2NPHA 3OU1A 5OZNA 1AIDA 3PMYA 3HAWA 4AA9A 4Y5PA 3HW1A 5P1AA 5P3CA 3ZPTA 5SY2A 2R3TA 1LYAA 2P3BA 5P8SA 2O4NA 4Y3WA 1K6TA 2AZBA 5OYQA 2ER7E 3HD8A 4GJ7A 5P5AA 2QMDA 3UQRA 4Y5CA 4RVJA 1MTRA 4LC7A 5IVSA 5P7WA 2CENA 1PPME 1FEJC 1FQ8A 3R1GB 3VSWA 5P1VA 5SY3A 2WF4A 3O9AA 1BVEA 2FXDA 2ZJIA 5P45A 3I8WA 3CKRA 4Y4XA 4COEA 3QRSA 5I3VA 5AH9A 5P6SA 3MXDA 1MVPA 4DUSA 2QU3A 4RCDA 3NDXA 3QVCA 5P3AA 1SP5A 2P8HA 5P7ZA 4S1GA 4H3GA 5P42A 1MSNA 2G26A 1MEUA 3WZ6A 4EXGA 3HLOA 2PH6A 4FRIA 2VA5A 3EM4A 5P3YA 5P40A 3NU3A 5P2LA 3UDPA 4PZXA 5CLMA 5P0IA 5P26A 2ER9E 5P0AA 1W5XA 1Q9PA 5P05A 1EAGA 5P7CA 2XYEA 1W5WA 4Y4EA 5P69A 4Y3RA 5P1NA 1DMPA 4AZYA 4L7JA 4Y3PA 5P4LA 4ZEAA 4Y57A 3OY4A 2Q3KA 2ER0E 5HDUA 4F74A 1HVSA 3TNEA 4ACXA 4J1KA 5E5KA 5P13A 5P6EA 5P00A 1BXOA 4X2LA 4Y54A 2O4SA 2Z4OA 5P03A 2B60A 2P83A 1RV7A 5P4YA 2IQGA 3OHHA 4K4PA 3EL5A 5COOA 5F01A 5P1YA 1ZAPA 4JPCA 1SDVA 4YBFA 5OZ7A 3ZKQA 3OADA 5P70A 5P79A 4KE0A 1DP5A 1IDBA 1T3RA 3VSXA 5P0OA 1D4HA 5DQ4A 1LEEA 3L5FA 2VIEA 3WB4A 3FNUA 1A9MA 2BKSA 3OQ7A 4EJKA 1B6MA 4Y47A 3K4VC 1EPPE 5P5NA 1HVIA 3SA6A 2WEBA 3K5FA 5BRYA 3EBZA 6UPJA 4TRYA 5P2XA 1DAZC 1NPAA 2OHQA 2OHKA 5OZ1A 4XKXA 2F80A 2VNNA 4OBHA 4YD5A 2NMYA 3INFA 5KR8A 3T7QA 2NTRA 2F8GA 1BAIA 2V0ZC 2ZJHA 5P8VA 1SMRA 5P4TA 4Y3SA 4ER1E 4BFDA 4PYVA 4J5JA 4Y36A 5P8PA 5P33A 1WKRA 4U8WA 1SBGA 3NR6A 3KYRA 4RRNA 3RTNA 4EPJA 3KN0A 4FM7A 2RKGA 2ZE1A 3D1YA 3INDA 3FIVA 3QAAA 5P6YA 5P39A 1CZIE 3TPPA 4GJCA 3CICA 5P46A 3PCWA 5OZWA 3R0WA 5P3ZA 4R91A 1UH8A 2ER6E 1UH7A 3APPA 4I0JA 4WTUA 4QJAA 4Y4DA 4LP9A 1K2CA 1DIFA 1XN3A 5P2OA 3U71A 5ER1E 4HDBA 3EXOA 2B7ZA 2IDWA 3OU1B 2HM1A 1VIJA 3TL9A 2BPXA 5AH6A 2ZJMA 5OZFA 1YX9A 3BRAA 3BHEA 5P3GA 1LYAB 5HE4A 3IXOA 2P3BB 2V13A 4R93A 5HVPA 5P1BA 3OXXA 3TPRA 5P04A 5P2TA 1K1TA 3VG1A 3PM4A 3UFLA 3ZLQA 3EL9A 2QI6A 2B8LA 5P77A 5P7PA 3UQPA 5DR3A 1XN2A 5P72A 1ZJ7A 5P3PA 4J1FA 2A4FA 2QMGA 2FGUA 3NU4A 2AVQA 3UQXA 2G94A 3LPIA 4GZFA 4Y4TA 5P2CA 1FGCC 2UY0A 1LYBA 5P1RA 5P68A 2VJ6A 3PLLA 4EWOA 5P1TA 5P2AA 5P10A 5P5EA 4ZPGA 4Y4BA 2F3FA 4K4QA 4FRKA 5P0CA 4EHCA 3BC4A 4CPSA 5P7VA 4FM6A 3O9EA 3OTSA 4RYGA 4I8ZA 4Y3AA 2G24A 4B77A 3MWSA 4Y5KA 3S43A 2JJIA 5P0JA 2PK5A 1RL8A 4UPJA 1META 2FDPA 5OZMA 4FS4A 5P19A 1IDAA 4HA5A 3UDJA 3NLSA 1LYWB 1W6HA 2I4UA 5P88A 5P0PA 2F81A 5P43A 3VUCA 5P8IA 1FIVA 1HIHA 3T6IA 5P8NA 1N49A 1HPVA 4YDFA 2NNPA 2QI7A 5DR1A 3O9HA 4L1AB 4Y4ZA 3OADB 1RQ9A 4BFBA 1UPJA 2AOHA 5P0RA 2HB3A 3LIZA 3SA9A 3KFRA 1BV7A 3OXCA 4OBGA 3UDHA 5P4EA 5P71A 4DQEA 4Y44A 1GVXA 3QRMA 3UTLA 5OZTA 4AMTA 5KOSA 4Y3LA 1BDQA 5P6GA 1M0BA 9HVPA 5P8BA 4Y3GA 4A6CA 2EWYA 2Q55A 3S2OA 4B70A 2AOEA 4Q5MA 5P6PA 3DOXA 3DV1A 5P2MA 1XDHA 4GJ5A 5AHBA 1HRNA 4XXSA 1GVWA 4Q1XA 1BDLA 2MIPA 3RU1A 3ER3E 4DJWA 5P2DA 4Y3ZA 4Y4AA 5P5MA 5OZPA 4OC6A 1IVPA 4H3JA 5P7GA 1B5FA 3UDYA 5HD0A 2WHHA 5E5JA 2O4LA 4Y35A 3N3IA 4DQCA 5HU0A 3LPJA 2XFIA 4LXAA 5ENMA 3HZCA 1YTHA 3OU3A 5P49A 4LAPA 5P3BA 3FKTA 3LZYA 4DJOA 5P2EA 8HVPA 3OXVA 1YTGA 5P4JA 5P14A 4R95A 4YE3A 5OZUA 1MTBA 5P4ZA 4J17A 2FDEA 4ZPFA 4FIVA 5HCOA 3LIXA 5P3UA 5P2WA 5P8TA 5UPJA 1HSHA 3NDUA 5P6BA 4CPTA 3LHGA 4TVHA 4YHQA 1E5OE 3VLBA 5P8QA 2G69A 3ZKXA 5P8FA 2VS2A 5P3JA 5HU1A 3DV5A 3INEA 2OHTA 5P51A 1B11A 2RSPA 4LXKA 1J71A 5P27A 4CPUA 2RMPA 5P1MA 1B6LA 2QCIA 5P0UA 4H3FA 1KJGA 2F3KA 3CYWA 5C9DA 4GJBA 3C9XA 1FFFC 5IVTA 5P0BA 5P75A 1ZP8A 5DR4A 5KQXA 5KQZA 3EC0A 4JOOA 2VIJA 4IVSA 3PVKA 2AOGA 3L38A 2V10C 3IAWA 4Y3FA 5P74A 4Z50A 3UF3A 2VIZA 3L58A 3Q5HA 4MC2A 5ISKA 4YCKA 4YDGA 3EKQA 5P41A 5HCTA 5OZ4A 4AUCA 1ER8E 3S43B 5P5TA 4NPUA 4K9HA 5P3RA 5P3VA 3R2FA 1E81E 5P3DA 1ODYA 2BPYA 5P6IA 2UXZA 5P6XA 5P2UA 3K4VA 3HDKA 3KM4A 1D4IA 5P8RA 1D4LA 2RKFA 3ZPSA 5OZ2A 5P48A 5P0GA 4Y58A 5OYWA 4F73A 2QI5A 5P01A 1BVGA 3MXEA 5P0HA 3UDNA 3CMSA 3ZOVA 2Q5KA 4YA8A 1M4HA 3PLDA 3L5DA 5C9BA 5P35A 3DK1A 4Q1WA 1ZSFA 3QBFA 2ZGAA 5ENKA 1MRXA 5P7DA 4PZWA 3VYEA 5P0XA 3NWQA 3UPJA 2QNPA 1MERA 2G21A 2PC0A 1YG9A 3GI5A 3PWWA 2G1SA 3OQKA 2IENA 5P4RA 1CPIA 5P3TA 2JYSA 1BIMA 5P07A 5P7LA 2Q64A 2AODA 1GVVA 5P57A 5P37A 1HVJA 3JVWA 5P12A 4DJQA 1LZQA 5P5JA 4DJVA 1HHPA 5P08A 2PK6A 5DQ1A 4Y5LA 4RCEA 2NR6A 3TTPA 3OGPA 3BGBA 5P5BA 2AZCA 5OZCA 1K1UA 3S7LA 1TCXA 3IVHA 5P34A 3G72A 2OHUA 4OC6B 4LHHA 3VV8A 3BXRA 3NU9A 4Y5EA 4DQFA 1B5FB 3K5GA 4Y6MA 1MRWA 1C6YA 5OZAA 5P5PA 4D88A 4Y3QA 1D4KA 3L5CA 4FL8A 5KQYA 5P58A 4DQBA 3CKTA 5P84A 1W50A 1HEGE 5P5UA 1C6ZA 3QS1A 2QI1A 4D85A 4D8CA 3SLZA 4FSEA 3H5BA 3PWMA 5ISJA 4Y5BA 2VA6A 3S7MA 1FG8C 5P50A 4GMIA 5P2SA 2ZJKA 5P0QA 1T7JA 2FXEA 5IS4A 5AGZA 5P25A 3O9DA 3QN8A 5P8LA 2O40A 4WY1A 3F9QA 5OYXA 4FAEA 5P0LA 5P8CA 4APRE 1IZEA 1LYWA 5P76A 5P2GA 4FAFA 5P4VA 3O9BA 5P3NA 1SDUA 4LXMA 1F7AA 4J0PA 4L6BA 2V16C 5I3WA 3MSLA 2NMZA 2HS2A 4L1AA 5P5LA 4Y4JA 2G1RA 3ZKNA 1PFZA 2PSUA 5P52A 3PSUA 2Q15A 2QMFA 3O9IA 4NJVA 4I10A 5P6FA 4Y50A 1FKNA 1IIQA 4LBTA 3OQFA 1EC2A 5P55A 1AAQA 4B1DA 4HZTA 5P6TA 1G6LA 3G6ZA 5P0FA 3CIBA 5P63A 3PRSA 1T6EX 2BJUA 3LZVA 5OYRA 3A2OA 6FIVA 2APRA 3VFBA 1HPOA 2JXRA 2HPEA 5P1QA 5P3FA 2F3EA 3HVPA 4I0GA 4DI2A 5P6MA 4GJ8A 4MC1A 1FF0C 2Z54A 2Q54A 3IGBA 3L5EA 5P2JA 5P5HA 3KMXA 3KDCA 4RLDA 2OHPA 5P5SA 2QMPA 3SM2A 1HXBA 3BUGA 1T7KA 4LL3A 1YM4A 5I70A 1KJ4A 2R8NA 3EMYA 5JFUA 2R5PA 1IZIA 1IVQA 5P2FA 5P7HA 2XFJA 5DR0A 5P4GA 5ER2E 3BUFA 5P82A 5P2VA 5P8OA 5P4QA 4J54A 1EPNE 3EKPA 4Y41A 3EKTA 1FQXA 3KF0A 3LINA 4J0ZA 5P8DA 3TOFA 3I25A 5P7AA 5P0YA 1MUIA 1IZDA 3QIHA 1KJ7A 4F76A 5J25A 2AOCA 3OHFA 5P85A 4QLHA 1C70A 4Z4XA 3PI5A 2HPFA 5P0WA 5P06A 5P6JA 4NPTA 2HC0A 3D1ZA 4DPIA 5P6WA 2Q63A 4OBKA 1D4SA 4OD9A 5P1OA 2AZ8A 5P65A 5P5VA 3HVGA 4PEPA 5JG1A 5OZ8A 2ZHTA 5P1ZA 5EZXA 3TKGA 4YD7A 2OHNA 4QJ7A 5OYVA 5P1IA 3TH9A 5SXNA 4RROA 4I0HA 1PSAA 1FFIC 4RRSA 4DH6A 2G27A 2WEDA 5P0DA 5P4MA 3G70A 5COPA 4NJUA 2BPZA 3K1WA 3L3AA 2FGVA 4CPRA 1FQ5A 1SH9A 3GGAA 5P18A 4Y38A 4CPQA 5P0KA 1D4JA 1BWBA 4I8WA 5P23A 1HTGA 1A94A 4Y4GA 5P64A 5P87A 3ZPUA 5CONA 3EKVA 4Q1YA 4YOBA 4I0FA 3T11A 3BGCA 5P09A 5OYZA 5P80A 1BDRA 3EM3A 4KB9A 2FIVA 5P2HA 3NU6A 3TLHA 4EXHA 1MESA 3I6OA 5P4PA 5P0VA 1C6XA 1SIVA 1TW7A 5P4FA 2HS1A 1HSIA 5P59A 4Y3NA 4FGXA 4Y4WA 1FMBA 5P8KA 5P38A 4ZSPA 5T4SA 2QNNA 4YD4A 4XX3A 4ZPEA 2ANLA 1F34A 2FDDA 3SPKA 1DW6C 5P60A 3SA7A 4K8SA 4J0TA 2ZJJA 2ZHRA 3LPKA 5P66A 3O9LA 5P2NA 5P2YA 3PEPA 5P0MA 3INHA 4YD3A 2QHCA 1YM2A 1HXWA 5P1CA 5P2QA 1W5VA 3GW5A 4Y3YA 1Z1RA 4YCTA 5DPZA 2AVMA 5P4UA 3B7VA 5P7JA 1AJXA 4QGIA 4FRJA 3RTHA 2G22A 2PYNA 3DJKA 5P0NA 3O9CA 5P54A 1RPIA 4FSLA 5P15A 1EBKC 2QK5A 2V11C 4Y39A 5OZHA 3Q4BA 5P1HA 5P6HA 1ME6A 3SKGA 2H6SA 5P5GA 2QZLA 1W51A 2QZKA 4OBZA 3IN3A 3U7SA 4PPHA 1SMEA 5OYTA 4Y3HA 3D20A 3WB5A 1LS5A 1EPOE 5DQ2A 4RVXA 3UDKA 1MT8A 2R43A 1BILA 5P3MA 6APRE 3LNKA 3L5BA 2PYMA 5P4HA 5P30A 3FV3A 4B1CA 5P7YA 3VLAA 2WF3A 5DQCA 1NPVA 5P7OA 1EEDP 2WKZA 3PBDA 2JJJA 5P2IA 2IRZA 5P53A 2ASIA 2I0DA 1LF4A 1K6VA 2BPWA 3AIDA 4Y9WA 2FNTA 5P4WA 3SABA 5OZXA 2R3WA 1HEFE 3IXKA 5P83A 4EYRA 3U6AA 2O4PA 3NXEA 3GI4A 4OD9B 4JP9A 2OHRA 2VJ7A 5P16A 5P2RA 1ODXA 5OZYA 5P86A 4I0ZA 3ZKMA 2BBBA 1LF2A 4XX4A 5P5KA 3OUCA 1AM5A 3O99A 5P4SA 5OZRA 1W5YA 4J1HA 5P0TA 1GNMA 4B1EA 4APEA 3TOGA 3KFPA 2ZDZA 2FMBA 1MPPA 4GIDA 1HPSA 3IA9A 5P6CA 2QD6A 3K5DA 5P3OA 4L7HA 3UDQA 1A8GA 5P3HA 1UH9A 3K5CA 2AVSA 1TCWA 5P5YA 4AA8A 1NPWA 3UCBA 3VV6A 5P81A 5P8MA 3KA2A 5P78A 3URLA 5IVQA 2V00A 1WBKA 1EPLE 3LZUA 4U7VA 4HLAA 1HTRB 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1Z1H A;  5P1P A;  5OYS A;  3SAC A;  5P4X A;  3MSK A;  1EPM E;  5FIV A;  4ZSR A;  2NPH A;  3OU1 A;  5OZN A;  1AID A;  3PMY A;  3HAW A;  4AA9 A;  4Y5P A;  3HW1 A;  5P1A A;  5P3C A;  3ZPT A;  5SY2 A;  2R3T A;  1LYA A;  2P3B A;  5P8S A;  2O4N A;  4Y3W A;  1K6T A;  2AZB A;  5OYQ A;  2ER7 E;  3HD8 A;  4GJ7 A;  5P5A A;  2QMD A;  3UQR A;  4Y5C A;  4RVJ A;  1MTR A;  4LC7 A;  5IVS A;  5P7W A;  2CEN A;  1PPM E;  1FEJ C;  1FQ8 A;  3R1G B;  3VSW A;  5P1V A;  5SY3 A;  2WF4 A;  3O9A A;  1BVE A;  2FXD A;  2ZJI A;  5P45 A;  3I8W A;  3CKR A;  4Y4X A;  4COE A;  3QRS A;  5I3V A;  5AH9 A;  5P6S A;  3MXD A;  1MVP A;  4DUS A;  2QU3 A;  4RCD A;  3NDX A;  3QVC A;  5P3A A;  1SP5 A;  2P8H A;  5P7Z A;  4S1G A;  4H3G A;  5P42 A;  1MSN A;  2G26 A;  1MEU A;  3WZ6 A;  4EXG A;  3HLO A;  2PH6 A;  4FRI A;  2VA5 A;  3EM4 A;  5P3Y A;  5P40 A;  3NU3 A;  5P2L A;  3UDP A;  4PZX A;  5CLM A;  5P0I A;  5P26 A;  2ER9 E;  5P0A A;  1W5X A;  1Q9P A;  5P05 A;  1EAG A;  5P7C A;  2XYE A;  1W5W A;  4Y4E A;  5P69 A;  4Y3R A;  5P1N A;  1DMP A; 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 3RTN A;  4EPJ A;  3KN0 A;  4FM7 A;  2RKG A;  2ZE1 A;  3D1Y A;  3IND A;  3FIV A;  3QAA A;  5P6Y A;  5P39 A;  1CZI E;  3TPP A;  4GJC A;  3CIC A;  5P46 A;  3PCW A;  5OZW A;  3R0W A;  5P3Z A;  4R91 A;  1UH8 A;  2ER6 E;  1UH7 A;  3APP A;  4I0J A;  4WTU A;  4QJA A;  4Y4D A;  4LP9 A;  1K2C A;  1DIF A;  1XN3 A;  5P2O A;  3U71 A;  5ER1 E;  4HDB A;  3EXO A;  2B7Z A;  2IDW A;  3OU1 B;  2HM1 A;  1VIJ A;  3TL9 A;  2BPX A;  5AH6 A;  2ZJM A;  5OZF A;  1YX9 A;  3BRA A;  3BHE A;  5P3G A;  1LYA B;  5HE4 A;  3IXO A;  2P3B B;  2V13 A;  4R93 A;  5HVP A;  5P1B A;  3OXX A;  3TPR A;  5P04 A;  5P2T A;  1K1T A;  3VG1 A;  3PM4 A;  3UFL A;  3ZLQ A;  3EL9 A;  2QI6 A;  2B8L A;  5P77 A;  5P7P A;  3UQP A;  5DR3 A;  1XN2 A;  5P72 A;  1ZJ7 A;  5P3P A;  4J1F A;  2A4F A;  2QMG A;  2FGU A;  3NU4 A;  2AVQ A;  3UQX A;  2G94 A;  3LPI A;  4GZF A;  4Y4T A;  5P2C A;  1FGC C;  2UY0 A;  1LYB A;  5P1R A;  5P68 A;  2VJ6 A;  3PLL A;  4EWO A;  5P1T A;  5P2A A;  5P10 A;  5P5E A;  4ZPG A;  4Y4B A;  2F3F A;  4K4Q A;  4FRK A;  5P0C A;  4EHC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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