4EXMA

The crystal structure of an engineered phage lysin containing the binding domain of pesticin and the killing domain of t4-lysozyme
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
315
structure length
291
Chain Sequence
PAFLFSGSTLSSYRPNFEANSITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVSYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVIFEMLRIDERLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSIWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural engineering of a phage lysin that targets Gram-negative pathogens.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pesticin, Lysozyme Chimera
molecule tags Toxin, hydrolase
source organism Yersinia pestis
total genus 83
structure length 291
sequence length 315
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4exmA02
1QT3A 2O79A 3GUNA 254LA 1L13A 4DAJA 157LA 223LA 1L02A 1P56A 1L69A 1L66A 3K2RA 155LA 1PQMA 3HT9A 5LZMA 2ANXA 2O7AA 1L11A 4I7RA 1QSQA 1CU5A 4ARJA 159LA 2F32A 2RBRA 229LA 1L44A 1QTDA 160LA 3DKEX 170LA 253LA 3DN2A 2L78A 206LA 1SX2A 4EKPA 2RAYX 4W58A 1C6HA 1G0QA 2RBPA 152LA 107LA 137LA 3HTBA 3DN3A 183LA 1L71A 1G0JA 3PBLA 1CV5A 2F2QA 1L32A 2OE7X 1C6LA 140LA 2LC9A 3HH6A 4DJHA 2O4WA 1L75A 4EPFA 3DN1A 3V2YA 129LA 1L91A 1P3NA 1T8GA 4I7LA 244LA 1QTCA 4YX7C 1C6NA 1L33A 1LLHA 1K28A 1CTWA 1CV4A 233LA 178LA 2OU9A 1KS3A 3FADA 114LA 197LA 1L84A 1L55A 1L04A 1L29A 3HTGA 1QTHA 1L76A 1L45A 228LA 1LGWA 3GUMA 3C7YA 4PJZA 1JTMA 4W56A 4LZMA 211LA 2RBSA 167LA 1C6MA 1T97A 2HUMA 1LWGA 3HH4A 217LA 221LA 1TLAA 1QS9A 2RBQA 144LA 3CDRA 215LA 1L42A 231LA 1P6YA 4W52A 1ZWNA 3HT7A 4ARMA 1DYDA 1KW7A 259LA 3CDQA 3SB9A 1P2LA 1C68A 3NY9A 184LA 2B6ZA 4LDLA 1QUHA 1L87A 1CX7A 1L06A 1L10A 257LA 148LE 1LYEA 1SSWA 248LA 1P36A 1LI6A 3HT8A 163LA 1L03A 1L40A 243LA 1D3FA 201LA 149LA 1C69A 3GUIA 255LA 213LA 1OVHA 1C6KA 1QT6A 2B72A 186LA 1LI2A 222LA 1L73A 2RAZX 1PQIA 1C61A 4LDOA 176LA 1G0PA 1L49A 1L56A 3HUKA 4EKSA 3HUQA 2OU8A 1D3JA 1C6TA 240LA 3C7ZA 3V2WA 3HT6A 1L97A 174LA 1I6SA 3C81A 138LA 1L35A 1L21A 5I14A 2RBOA 1L79A 4E97A 1C64A 4YXCA 4PK0A 238LA 158LA 3RZEA 1L22A 4AQNA 1L61A 4W57A 1C6AA 3F8VA 3HDEA 4I7NA 3SB6A 225LA 2CUUA 1QUDA 1L88A 195LA 7LZMA 146LA 3FA0A 1L62A 2NTGA 1L43A 1L34A 246LA 104LA 3HH5A 1L90A 3NYAA 3OE0A 2NTHA 250LA 3SB5A 1CU0A 1P37A 4W54A 3HU8A 1L08A 227LA 2B70A 4W53A 256LA 190LA 235LA 1KW5A 2LZMA 3C80A 3JR6A 2RB1X 4ARQA 1L80A 1L28A 1OWYA 3DNAA 3G3VA 3PDSA 2RH1A 3C7WA 169LA 3HUAA 4ARQB 1L70A 1L82A 2QARC 2RB0X 1C6CA 3CDVA 3HDFA 1L60A 1ZYTA 3C83A 205LA 2Q9DA 3DN6A 102LA 2OE9X 1C62A 1CU2A 2Z6BA 3RUNA 1C6PA 2LCBA 1OV5A 252LA 3CDTA 1LGUA 1LWKA 4ARPA 1L77A 3SB7A 4I7TA 1OVJA 1P2RA 4LDEA 1C60A 1T8AA 1L58A 3GUJA 210LA 1L16A 1G1WA 4ZPUA 4I7OA 196LA 1DYFA 119LA 180LA 1LW9A 173LA 3OE8A 1LI3A 4OO9A 112LA 1L09A 1XJTA 3SN6R 1SX7A 3C8SA 147LA 1QT4A 261LA 3C8QA 1OV7A 226LA 1DYBA 3HH3A 3VW7A 1XJUA 3F9LA 1L59A 2B6YA 123LA 3SBAA 224LA 192LA 1L46A 214LA 1L54A 3HWLA 1L64A 1L83A 2OU0X 161LA 1DYEA 4I7KA 1G0MA 1L17A 111LA 1L48A 1L99A 1C6IA 1SWZA 1T6HA 1C67A 1D3NA 2HUKA 1L19A 2OTYX 232LA 1EPYA 3DMXA 1L51A 3OE9A 237LA 189LA 1L93A 3QAKA 2B73A 3NY8A 1L24A 3CDOA 1OWZA 1G0GA 1C6FA 2RB2X 4EXMA 168LA 3G3XA 4EKQA 131LA 4GRVA 209LA 191LA 1XEPA 1CV0A 1L00A 4IAPA 4W55A 1L12A 2QB0B 249LA 2B7XA 1KNIA 3HTFA 239LA 113LA 1L74A 6LZMA 3EMLA 3GUPA 3GULA 1L15A 150LA 3LZMA 165LA 145LA 1L23A 122LA 1KY0A 156LA 251LA 1D2WA 2B6WA 1CUPA 1L0JA 247LA 2Q9EA 1DYGA 1L94A 181LA 1L36A 219LA 118LA 3HTDA 2F47A 125LA 1L38A 1QTZA 1L37A 4EKRA 4W51A 1C6EA 1QT7A 2B6TA 1C6GA 1LPYA 2IGCA 2OE4X 1PQDA 1D9WA 220LA 1DYAA 1L26A 1L05A 1L18A 1D2YA 1QS5A 103LA 1JQUA 1LGXA 3OE6A 1P7SA 1P64A 1CV3A 2HULA 3L64A 2RBNA 1ZURA 3DMZA 1QUGA 3SB8A 1L81A 1LYDA 234LA 2OTZX 143LA 198LA 141LA 1G1VA 1G07A 1QT8A 1QTBA 4I7SA 3UONA 3DN4A 1T8FA 164LA 4EJ4A 1L89A 258LA 1LYJA 151LA 242LA 1CU6A 1G06A 1L0KA 1CV1A 1KY1A 3C82A 3SBBC 2ANVA 1LYFA 109LA 212LA 162LA 166LA 3ODUA 1LYHA 3FI5A 1L14A 1CUQA 1L67A 4S0WA 1C6DA 1G0KA 262LA 1C65A 188LA 1L25A 1QUOA 108LA 130LA 1L68A 4YXAC 1LYIA 4I7MA 1CVKA 1SSYA 1LYGA 1PQKA 2B6XA 1L96A 4W59A 182LA 1L53A 2A4TA 1P5CA 1L41A 1DYCA 199LA 1C63A 1L85A 2B74A 236LA 126LA 200LA 1L95A 4DKLA 1JTNA 3G3WA 3DMVA 1CV6A 3C8RA 1OYUA 1L01A 1L31A 1C66A 1L30A 216LA 1L47A 1L57A 4K5YA 1L92A 4I7PA 1L07A 3GUOA 185LA 1SWYA 230LA 1OVKA 1C6QA 1L63A 1D3MA 1PQOA 4ARLA 127LA 3L2XA 4I7JA 1L50A 1L86A 128LA 4ARMB 1B6IA 1L52A 3HU9A 1NHBA 171LA 4GBRB 218LA 110LA 1QTVA 3GUKA 177LA 4I7QA 1C6BA 1L72A 1L98A 1QSBA 1L27A 1QT5A 1L20A 1PQJA 1L39A 115LA 1P46A 2B75A 1CX6A 120LA 1L65A 175LA 139LA 142LA 3DN8A 3D4SA 1G0LA 187LA 172LA 260LA 1C6JA 245LA 4EPIA 3DN0A 241LA 2OEAX 1WTHA 1CU3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QT3A 1HERA 3GUNA 4ET8A 3TMWA 4NIJA 3WW6A 1LZBA 254LA 2Z2FA 4DAJA 1QTEA 3WU9A 1L02A 2F4AA 1VDPA 1C10A 4NGYA 5LZMA 1B5VA 7LYZA 1NF5A 1OUJA 4ARJA 4Z46A 1WQOA 2L78A 1PS5A 1B7LA 206LA 4I0CA 4NSHA 3WYHA 1BB5A 2HEAA 2RAYX 152LA 3B0KA 1IY4A 2I25L 107LA 3DN3A 1XGTC 1FLQA 3N9AA 1HNLA 5I4YA 1CV5A 3TXGA 2F2QA 4GCFA 1C6LA 4DJHA 1LZSA 5E4PA 2O4WA 1L75A 2I26L 4XJHA 3EMSA 129LA 1L91A 1FKVA 1LSYA 2BQNA 1UA6Y 1QSWA 114LA 1FBIX 3HTGA 1L76A 228LA 1LGWA 1IC5Y 3A3QA 3CQLA 1B2KA 1JTOL 4P2EA 211LA 1LMNA 167LA 2HUMA 5LIOA 3HH4A 1FDLY 1QS9A 5KKIA 1D6QA 3CDRA 2DQEY 2BQHA 1P6YA 1LSCA 1ZWNA 1TCYA 4W52A 1LTMA 1DYDA 1KW7A 3OK0A 1IOQA 4PGJB 2D4IA 1P2LA 2YBHA 3NY9A 3GXKA 4ET9A 1QSAA 3N9EA 1IY3A 4OWHA 5HQ1A 5KKJA 2H9JA 1AZFA 1L03A 1L40A 2F30A 201LA 1LHKA 1LKRA 1C69A 1LYZA 4H9AA 3GUIA 5FEKA 213LA 4NG8A 1OVHA 1JTPL 1GF9A 3G3BB 186LA 1ZMYL 4LDOA 176LA 1G0PA 3HUKA 4EKSA 240LA 3C7ZA 3CT1A 4NGZA 1L97A 174LA 138LA 1IOTA 1JKCA 5DN4A 5I14A 4OWAA 4Z98A 3LYTA 158LA 1L22A 4WO6A 1L61A 1YROA 1LZYA 2YBIA 3SB6A 1CKHA 2MEDA 3FA0A 3A90A 4QDNA 2CJLA 4NY5A 1L90A 3SB5A 1CU0A 2DKVA 1E8LA 1L08A 4G4HA 5FDJA 235LA 4XJGA 1IP3A 4NWHA 1GB5A 169LA 3HUAA 4WO9A 1OUCA 3WPJA 1GF7A 5APDA 1FLUA 1JUGA 1MLCE 2Q9DA 102LA 4H93A 1DPWA 1CU2A 4ZIXA 4NGIA 1C6PA 1WQRA 1IWYA 1IX0A 4ARPA 3TXHA 1DI3A 1L77A 4LZTA 3SB7A 3CB7A 1OVJA 1P2RA 3GUJA 210LA 1L16A 3AGGG 1LZRA 1G1WA 3J6KA 4DDCA 1JKBA 1HEMA 4I7OA 196LA 2A7DA 1IWVA 3WW5A 119LA 1LI3A 1OUFA 1TDYA 1XJTA 1QT4A 1WVVA 4OW1A 1DYBA 1IP2A 1XJUA 1RCMA 1LYSA 1XGRC 4CGEA 3AGHA 3SBAA 192LA 1B7MA 2CDSA 1L83A 2OU0X 4NHTA 2ZIKA 4I7KA 1G0MA 2AUBA 3B72A 5FSTA 2MEHA 3ATOA 1KXYA 1EQ5A 1GDXA 1SWZA 2BPUA 1C67A 2HUKA 3W6BA 1AT5A 1L93A 3QAKA 3NY8A 4NGWA 1GEZA 3IWRA 168LA 4GCBA 1UACY 1GE3A 4IAPA 4PJ2C 2QB0B 2B7XA 3EMLA 3GUPA 5LYMA 1L15A 150LA 5FHWA 156LA 2B6WA 1HHLA 2Q9EA 1DYGA 1BB3A 181LA 1L36A 1L94A 219LA 1GFJA 4IATA 1G7JC 3TXKA 4KPMA 1C6EA 2B6TA 1GFEA 4IJ4A 1OUHA 4UWNA 1QS5A 4H92A 5DM9A 4GN3A 3OE6A 1BB4A 3J4GA 1ZURA 2DQAA 2Z2EA 2OTZX 143LA 198LA 1G07A 4I7SA 4N5RA 3A91A 1LZDA 3DN4A 1FN5A 1YL1X 164LA 2D4KA 1L89A 3N9CA 1LYJA 151LA 4LYCA 1CV1A 1BWJA 4WLDA 3A67Y 4N8ZA 109LA 1GF0A 3FE0A 1LZCA 162LA 3P65A 1FLWA 3ODUA 1LYHA 1QUTA 1CUQA 1C6DA 2F4GA 3MGWA 1L25A 1QUOA 5F9UA 1LHMA 1LYIA 5IDDA 1B5UA 1L96A 5DLAA 5HLLA 1TAYA 1L53A 5A3ZA 3OJPA 2W1XA 1REZA 3A34A 2B74A 4WG7A 126LA 200LA 1OYUA 1L01A 1BVKC 1C66A 4NSGA 3SP3A 3CSRA 4K5YA 3AJNA 1L07A 1UIHA 4U3XB 3LYOA 4D9ZA 230LA 1XGPC 4MSTA 1D3MA 1Z55A 5M1YA 1PQOA 5KXMA 4WL6A 1LSMA 1LSNA 1LPIA 2EPEA 1RFPA 2XTHA 1QTVA 177LA 4DDAA 1IIZA 1JHLA 1L72A 5KXPA 1LZNA 1QSBA 1L27A 1LYYA 2BLXA 115LA 1PZYA 1J1XY 1JWRA 1GFUA 1L65A 2BLYA 3LHMA 3DN8A 4H9IA 245LA 4DD0A 1B7RA 1F10A 1LHIA 1NBZC 2O79A 1IWWA 1GBSA 4WLTA 1OUDA 2A7FA 223LA 2VB1A 4NSIA 1P56A 2YDGA 1UIEA 5LA5A 133LA 1L11A 2O7AA 1LMQA 2ZQ3A 4W94A 5LAFA 3W3EA 3QY4A 2RBRA 3DKEX 253LA 1W08A 1IWTA 4GLAA 2W1LA 5F14A 1LJIA 3AB6A 3B6LA 1IP4A 3HTBA 183LA 1L71A 2OE7X 140LA 5B07A 3HH6A 1LSDA 1YKXX 4EPFA 2ZIJA 4WLXA 6LYTA 3DN1A 4I7LA 1T8GA 4TUNA 244LA 1JKDA 1YAQA 1NDGC 3P66A 178LA 3TXFA 5KY1A 3TXJA 1KS3A 1YAMA 1CJ9A 1H6MA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1QT3 A;  1HER A;  3GUN A;  4ET8 A;  3TMW A;  4NIJ A;  3WW6 A;  1LZB A;  254L A;  2Z2F A;  4DAJ A;  1QTE A;  3WU9 A;  1L02 A;  2F4A A;  1VDP A;  1C10 A;  4NGY A;  5LZM A;  1B5V A;  7LYZ A;  1NF5 A;  1OUJ A;  4ARJ A;  4Z46 A;  1WQO A;  2L78 A;  1PS5 A;  1B7L A;  206L A;  4I0C A;  4NSH A;  3WYH A;  1BB5 A;  2HEA A;  2RAY X;  152L A;  3B0K A;  1IY4 A;  2I25 L;  107L A;  3DN3 A;  1XGT C;  1FLQ A;  3N9A A;  1HNL A;  5I4Y A;  1CV5 A;  3TXG A;  2F2Q A;  4GCF A;  1C6L A;  4DJH A;  1LZS A;  5E4P A;  2O4W A;  1L75 A;  2I26 L;  4XJH A;  3EMS A;  129L A;  1L91 A;  1FKV A;  1LSY A;  2BQN A;  1UA6 Y;  1QSW A;  114L A;  1FBI X;  3HTG A;  1L76 A;  228L A;  1LGW A;  1IC5 Y;  3A3Q A;  3CQL A;  1B2K A;  1JTO L;  4P2E A;  211L A;  1LMN A;  167L A;  2HUM A;  5LIO A;  3HH4 A;  1FDL Y;  1QS9 A;  5KKI A;  1D6Q A;  3CDR A;  2DQE Y;  2BQH A;  1P6Y A;  1LSC A;  1ZWN A;  1TCY A;  4W52 A;  1LTM A;  1DYD A;  1KW7 A;  3OK0 A;  1IOQ A;  4PGJ B;  2D4I A;  1P2L A;  2YBH A;  3NY9 A;  3GXK A;  4ET9 A;  1QSA A;  3N9E A;  1IY3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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