The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
57
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structure length |
57
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Chain Sequence |
b'KELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVNDRQGFVPAAYVKKLD'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of the alpha spectrin SH3 domain at pH 5
rcsb |
| molecule keywords |
Spectrin alpha chain, brain
|
| source organism |
Gallus gallus
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| molecule tags |
Structural protein
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| total genus |
12
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| structure length |
57
|
| sequence length |
57
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-05-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2L3S A; 1QKW A; 2D8H A; 2LJ3 A; 2RMO A; 3TSW A; 2PNI A; 5IXB A; 4CC3 A; 1BB9 A; 1OPK A; 4HVV A; 2F2V A; 1RLQ C; 1PRL C; 2SRC A; 1AVZ C; 2FRW A; 1JXM A; 2EYZ A; 2EQI A; 5GJW B; 2JS2 A; 1UHF A; 2LZ6 B; 1NLO C; 2KNB B; 4OMQ A; 2SEM A; 2YT6 A; 3RNJ A; 3M0S A; 2KRM A; 1X27 A; 3ZL7 C; 4HCK A; 3EHQ A; 2KR3 A; 1WXU A; 2DRM A; 1CKA A; 1KJW A; 2GTO A; 3EG0 A; 4LUD A; 1UEC A; 2LMJ A; 2ENM A; 4LUE A; 4LNP A; 2W10 A; 2F2W A; 1K9A A; 3RBB B; 1JQQ A; 3KFV A; 2LJ0 A; 2CH4 W; 1ARK A; 2CH4 A; 2DL7 A; 3EGU A; 2FO0 A; 4F14 A; 2RQV A; 2LCS A; 4D8K A; 2V1R A; 4J9E A; 2X3W D; 4K11 A; 1WXB A; 2DF6 A; 2YDL A; 3PVL A; 3UA6 A; 2YSQ A; 4RTX A; 1WIE A; 3REA B; 1JEG A; 2DBK A; 2RQW A; 1YN8 A; 5L23 A; 1GCP A; 2RN8 A; 2KRO A; 3PVQ A; 1HD3 A; 4JZ3 A; 4KRT A; 2L2P A; 5ECA A; 2OI3 A; 1PWT A; 4AFU C; 2CT4 A; 1Y57 A; 4OMO A; 1UE9 A; 2CSQ A; 2I0N A; 2EYX A; 2AZS A; 2JT4 A; 2JM9 A; 1AWX A; 3O5Z A; 5FWC A; 1NEB A; 1UJY A; 1X6B A; 1Z9Z A; 2D0N A; 1SPK A; 2J6K A; 2KRN A; 1SHF A; 2HBW A; 1AWW A; 2DMO A; 2G6F X; 4Z88 A; 2YUO A; 2J6F A; 3A98 A; 2LQN A; 2C0T A; 1WFW A; 1YCS B; 1H3H A; 2BZY A; 1H8K A; 2BTT A; 1WI7 A; 1ZLM A; 5FWB A; 3VS5 A; 1T0H A; 2CT3 A; 1UTI A; 2MOX A; 4AG2 C; 1RI9 A; 4WCI A; 3M0P A; 1AZG B; 1ZUY A; 3NGP A; 2JTE A; 2DM1 A; 1PNJ A; 1UGV A; 1Z9Q A; 2KYB A; 1KSW A; 3FJ5 A; 2J7I A; 1T3L A; 1M3B A; 2C0O A; 3TVT A; 1M27 C; 3NMZ C; 4CC7 A; 2ESW A; 2CUB A; 4J9I A; 3VS1 A; 3GBQ A; 1K4U S; 1N5Z A; 4E6R A; 2CSI A; 2O88 A; 2O9V A; 4ORZ A; 2J05 A; 3REB B; 4Z8A A; 1AWO A; 5GJV B; 2FPF A; 5I22 A; 2J6O A; 2YUQ A; 4F17 A; 2HEQ A; 2KE9 A; 1X43 A; 2AK5 A; 2DLP A; 2RQR A; 4JZ4 A; 2V1Q A; 4JJC A; 2GTJ A; 4J9F A; 3VS0 A; 1QWE A; 2RPN A; 4RTW A; 1UUE A; 1MV3 A; 1SRM A; 4HVW A; 2O9S A; 1AZE A; 1VYU A; 3H0I A; 5IHN A; 1PKT A; 2EGE A; 2DRK A; 1UFF A; 5HCK A; 4EIK A; 2CUD A; 2H8H A; 2PTK A; 2B86 A; 3VRZ A; 2DVJ A; 4X1V A; 1JXO A; 1HJD A; 2K9G A; 1I07 A; 2MCN A; 3M0U A; 2EKH A; 2BZ8 A; 2HSP A; 4A63 B; 1WX6 A; 2NWM A; 2VWF A; 2K6D A; 4J9H A; 2AKK A; 1QLY A; 1CKB A; 1AEY A; 2DE0 X; 1LCK A; 2FRY A; 1K76 A; 2DL5 A; 1VYV A; 1T3S A; 2ROT A; 1ZX6 A; 2GQI A; 3ULR B; 1M3C A; 2RQT A; 3M0T A; 4HVU A; 2FEI A; 1BU1 A; 4GBQ A; 2W0Z A; 1NEG A; 1ABO A; 2A37 A; 1W6X A; 1X2K A; 3I9Q A; 2HDA A; 1B3Q A; 2L0A A; 2O2O A; 2LNH B; 1YWO A; 4J9D A; 3VS4 A; 1B07 A; 1EFN A; 2EGA A; 1UHC A; 1NYF A; 1J3T A; 2EW3 A; 3SEM A; 2A36 A; 1GBQ A; 3VS2 A; 2LX7 A; 2DIL A; 1ZUU A; 2KT8 A; 4HXJ A; 4FSS A; 2EPD A; 4ZNX A; 1MUZ A; 1TUD A; 1GFC A; 1QCF A; 5FW9 A; 1PKS A; 1ZSG A; 2CRE A; 2KYM A; 2KT1 A; 4OMM A; 2J06 A; 3VS6 A; 2EVR A; 2NUZ A; 1M8M A; 2D1X A; 1WYX A; 1I0C A; 2DNU A; 1WDX A; 2DL8 A; 1NYG A; 4Y92 A; 3VS7 A; 1M3A A; 3EG3 A; 3LH5 A; 4RTV A; 1UJ0 A; 2EGC A; 2LJ1 A; 3CQT A; 1X6G A; 2EYW A; 3I35 A; 1JO8 A; 4JPB W; 2EYY A; 1W70 A; 4M4Z A; 4CC4 B; 2YUN A; 1QWF A; 2K2M A; 2FPD A; 4JJB A; 2A08 A; 1OPL A; 2KBT A; 2K3B A; 2JM8 A; 2DYB A; 3M0R A; 1FMK A; 1E6H A; 1OV3 A; 2GBQ A; 2F2X A; 2MIO A; 2QDL A; 3UAT A; 2L3Q A; 1GL5 A; 2FPE A; 4GLM A; 4OMN A; 1A0N B; 1M30 A; 1XOV A; 4IIM A; 4RTT A; 3H0H A; 1SSH A; 2DL3 A; 3EHR A; 2L3P A; 3QWY A; 1K0X A; 1IO6 A; 5IH2 A; 4RTY A; 1X69 A; 1H92 A; 3JV3 A; 4DEY A; 1NG2 A; 2GGR A; 2ED1 A; 4AFZ C; 4J9B A; 2K7A A; 4OML A; 1TG0 A; 2BZX A; 1Y0M A; 2JS0 A; 5IHI A; 2XMF A; 2FG0 A; 2LQW A; 3NHN A; 1U5S A; 2YUP A; 2PZ1 A; 1FYN A; 2AKL A; 4R0K A; 3R6N A; 1I1J A; 1CSK A; 1UG1 A; 3EG1 A; 1OEB A; 2DJQ A; 2OAW A; 1NM7 A; 1PHT A; 2RNA A; 1GCQ A; 1NLP C; 1GRI A; 1SRL A; 2E5K A; 4F16 A; 2M0Y A; 1GFD A; 1U3O A; 1TUC A; 1SHG A; 1RUW A; 1WA7 A; 4LN2 A; 1KFZ A; 2JMC A; 1PRM C; 3H0F A; 1OOT A; 5IXF A; 2HCK A; 2M51 A; 1AWJ A; 1UDL A; 4RTU A; 2C0I A; 3VRY A; 2KEA A; 3THK A; 2VVK A; 1BK2 A; 1JU5 C; 2JXB A; 1U06 A; 4DEX A; 4D8D A; 5EC7 A; 1GBR A; 2A28 A; 2KXC A; 2CDT A; 4IIO A; 1G2B A; 2DX1 A; 2IIM A; 2EBP A; 1VYT A; 1MV0 B; 1WXT A; 1ZBJ A; 4OMP A; 4AG1 C; 1KIK A; 3M0Q A; 2DA9 A; 2O31 A; 2P4R A; 1YP5 A; 2KXD A; 4RTZ A; 2ROL A; 3VS3 A; 1W1F A; 2RQU A; 1YNZ A; 3UA7 A; 2VKN A; 2DBM A; 1WLP B; 3UF4 A; 5I11 A; 1VA7 A; 2OJ2 A; 1QKX A; 3EG2 A; 1GCQ C; 2JMA A; 1G83 A; 2GNC A; 1HSQ A; 1V1C A; 4AFQ C; 3QWX X; 5IHK A; 3IQL A; 4ESR A; 2ABL A; 3NPF A; 3H41 A; 4LE9 A; 2KGT A; 1X2Q A; 4J9G A; 2D8J A; 4J9C A; 2DL4 A; 3TSZ A; 4AFS C; 2ECZ A; 2JW4 A; 1T0J A; 1BBZ A; 4RUG A; 2LP5 A; 2K79 A; 1AD5 A; 1E7O A; 2X3X D; 3C0C A; 2ED0 A; 2KRS A; 1K0S A; 1K1Z A; 2AZV A; 3U23 A; 3SHW A; 4QT7 A; 1YWP A; 1SEM A; 3I5R A; 3PE0 A; 1ABQ A; 4CC2 A; 1AOJ A; 3I5S A; 1S1N A; 4Z89 A; 1RLP C; 4JJD A; 1ZUK A; 1E6G A; 2RF0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3BW1 A; 4FW2 A; 1OX9 A; 3TSW A; 5CQY A; 2PNI A; 5HK0 A; 3LH0 A; 1IHV A; 1RLQ C; 4B9X A; 1I4K 1; 3FEO A; 5KYU B; 2FRW A; 2EYZ A; 4PJO F; 2AHJ B; 3CME Q; 2Y4Y A; 3CC2 T; 2KAF A; 1UHF A; 3RNJ A; 3JCM g; 4PJO G; 1YIJ A; 3CD6 Q; 4HCK A; 3OYJ A; 3MHX A; 3MP1 A; 1WXU A; 2DRM A; 4CRI A; 4PJJ A; 1K8A R; 3EH1 A; 2M1H A; 5D6Y A; 2YHT A; 1X75 C; 4PFP A; 4LUD A; 5LJ3 d; 4F7U E; 5CKH A; 2GF7 A; 3JCM e; 3M54 A; 2NUT B; 2JOY A; 4LNP A; 2ZPB B; 1QP2 A; 3VU3 C; 2F69 A; 2LJ0 A; 3C4S A; 2HZY A; 1ZBX A; 3JB9 H; 2DL7 A; 1YBY A; 1MMG A; 3OBY A; 2LCS A; 1WHJ A; 2V1R A; 3S3O A; 1I5O B; 1VQ7 T; 4E47 A; 2XK0 A; 3JCM P; 2KI7 A; 1D1B A; 4C5H A; 1WXB A; 3PVL A; 3UA6 A; 2XDB A; 1SF9 A; 2DBK A; 2EJF A; 4BUG A; 2KRO A; 3OYM A; 1MNE A; 4KRT A; 5GAN h; 2L2P A; 3CMA Q; 2JNG A; 3CCQ T; 1PWT A; 4AFU C; 2OTL A; 1QW1 A; 2RHI A; 1M5Q 1; 4XU3 A; 4M75 B; 3TU4 K; 3O5Z A; 3P8H A; 4M78 B; 5DLQ E; 1X6B A; 1FX7 A; 2D0N A; 1SPK A; 1ZA2 B; 5C0M A; 2RI3 A; 2YLC A; 4M77 C; 1AWW A; 2DMO A; 4BE1 A; 1M90 U; 4MZP A; 1NBE B; 2LQN A; 4J6Y A; 2RH2 A; 4PL6 A; 4Z02 A; 1H8K A; 5I2M A; 2HQH A; 3VS5 A; 1R0C B; 2EQJ A; 1K73 R; 1Q86 C; 1OZ2 A; 1UTI A; 4AG2 C; 2EQK A; 1ZUY A; 1Q81 C; 2P0P A; 4FU6 A; 4HCB A; 2DD5 A; 2E65 A; 3FJ5 A; 5FRN A; 1M3B A; 1BI0 A; 2C0O A; 3EH2 A; 1M27 C; 4F7U G; 2ESW A; 3VS1 A; 2LCL A; 5GAN 5; 4EDU A; 1K4U S; 2XID A; 4C92 C; 3FJP A; 2K3Y A; 3VJP A; 3CCV Q; 2EYQ A; 1MMN A; 2J05 A; 1VQ6 Q; 1PC0 A; 3M58 A; 4LD9 K; 5GJV B; 4A53 A; 3HRT A; 3P8D A; 1IHW A; 3BDU A; 3QXE B; 3OYK A; 4RCC A; 4JZ4 A; 3TCJ A; 3VYG A; 3OYF A; 3CCL T; 2V1Q A; 2GTJ A; 2COW A; 1PD0 A; 3VS0 A; 2K5I A; 2F5T X; 2HL5 C; 1MV3 A; 4HVW A; 2O9S A; 3H0I A; 5IHN A; 1QVG P; 1YI2 A; 5HCK A; 1BIA A; 3OYA A; 2E6Z A; 3VRZ A; 2DVJ A; 3OYG A; 1HJD A; 1I07 A; 1WHM A; 2EKH A; 2HSP A; 2IVW A; 2NWM A; 4J9H A; 1U8R A; 2E70 A; 2DE0 X; 1VQ5 Q; 1PCX A; 4N4G A; 5CIU A; 4PJM A; 1VQ4 A; 3BE3 A; 1QQJ A; 1BI3 A; 4C8Q C; 4DA4 A; 1BU1 A; 2E41 A; 3EGD B; 3I56 A; 4A54 A; 3QBY A; 3CCM A; 1K8A C; 2DJZ A; 1FXX A; 1X2K A; 1B3Q A; 3VS4 A; 5GAN 2; 2BE7 D; 1G3S A; 5CK9 A; 5GMK h; 2GCX A; 4DBQ A; 2EW3 A; 3SEM A; 2A36 A; 3VKI A; 3VS2 A; 2LX7 A; 4RMO A; 2F5K A; 4OB0 B; 5FU7 B; 4ZNX A; 1NPP A; 1W4S A; 2YLB A; 1KG1 A; 2DXB A; 3L1A A; 2I2L A; 5KYU A; 1ZSG A; 2CRE A; 4OMM A; 5KE3 A; 3KUF A; 4A4F A; 4OB2 B; 3DKM A; 1K9M R; 2JZ2 A; 1WDX A; 2DL8 A; 1NYG A; 1ZQ1 A; 3EG3 A; 4N4H A; 8ATC B; 4RTV A; 1UJ0 A; 2EGC A; 2LJ1 A; 3CQT A; 4R56 A; 2HBP A; 2PU9 B; 1VQL A; 1M2O A; 1JO8 A; 3A8M B; 1KQ1 A; 2EYY A; 4C0G A; 5GAN 4; 3FB9 A; 2NUT A; 2YUN A; 2FPD A; 2O4X B; 2QEX A; 1YCY A; 1VQ8 T; 1Q7Y U; 4EMH A; 1K73 C; 2GBQ A; 2F2X A; 4IUT A; 1RAH B; 1H64 1; 2FPE A; 5LJ3 h; 4JRP A; 1M30 A; 4JRI A; 2BUD A; 3CCJ A; 1VQP A; 2WSC E; 5KE2 A; 3EHR A; 4FYX B; 3QDF A; 3HFO A; 5IH2 A; 4L6V 5; 5CAI A; 3EFS A; 1H92 A; 3JV3 A; 3SD4 A; 1YJN Q; 1QVG S; 4J9B A; 2Y90 A; 1X6O A; 2BZX A; 4M75 A; 1Y0M A; 2RHY A; 1RAI B; 2XMF A; 2FG0 A; 2MWP A; 3CC2 Q; 2YUP A; 2ZGW A; 4ZTJ A; 3UDC A; 1R8O B; 1G5V A; 4MDX A; 1UG1 A; 3EG1 A; 3LW5 E; 1KK7 A; 1NM7 A; 3OYD A; 2RNA A; 1NLP C; 2OTJ T; 2JTM A; 3NFC A; 1TUC A; 2FZG B; 4QVC A; 5I2S A; 2EQU A; 1NPR A; 4M7D C; 3EFR A; 5GAO q; 1UDL A; 3J7A F; 4KGV B; 1VQ7 Q; 2VVK A; 3HFN A; 1X01 A; 2KMT A; 1ZSZ B; 4WTO B; 2JXB A; 1QP3 A; 5LJ5 g; 1P92 A; 1RAD B; 2XKO C; 2A28 A; 4VUB A; 2EBP A; 1VYT A; 1WXT A; 3M56 A; 2HQE A; 4BI4 A; 3CCQ Q; 4AG1 C; 3CCU Q; 4ZN3 A; 3M0Q A; 2E3H A; 2DZC A; 3QZ9 B; 3JSC A; 3VS3 A; 1YNZ A; 1FMW A; 2VGM A; 4M75 E; 3HL8 A; 4M78 E; 4R55 A; 1YJW A; 1Y71 A; 1TH7 A; 4XQ3 A; 1NJI C; 1WLP B; 2OJ2 A; 1LVK A; 1GCQ C; 3G7Z A; 3WXM B; 2DO3 A; 3CCR A; 2GNC A; 2XDD A; 3JB9 G; 3NPF A; 4QW2 A; 4M7A F; 2E12 A; 2KGT A; 3LYI A; 1RAE B; 4KBM B; 4PNO A; 4V2S A; 4J9G A; 4ZGE B; 2DYI A; 4J83 A; 3TSZ A; 3CC4 Q; 1YIJ T; 3G1J A; 1Q82 U; 3OYC A; 3M57 A; 1T0J A; 1BBZ A; 3GPL A; 5A2Q E; 4RUG A; 3EGD A; 1AD5 A; 1E7O A; 1N8R U; 1SKU B; 2ED0 A; 2CZ0 B; 2LDM A; 2AZV A; 3G71 A; 3SHW A; 4QT7 A; 3GIB A; 4EMK C; 5GAN 6; 1BI2 A; 2OX7 A; 2XI9 A; 1ZUK A; 1OX8 A; 2VXE A; 4E7K A; 2LX9 A; 1QKW A; 2D8H A; 2RI5 A; 1G3W A; 3OS1 A; 2WAC A; 4L5G A; 3FC3 A; 2DK3 A; 1RAA B; 2F2V A; 3MO8 A; 1PRL C; 2D9T A; 1JXM A; 2RHZ A; 2L8D A; 2LVM A; 5GJW B; 1NLO C; 4M75 F; 4OMQ A; 4M77 A; 3I55 A; 3RMQ A; 2KRM A; 2OTL T; 2E10 A; 4M75 G; 4M78 G; 1PM3 A; 1QVP A; 3A8G B; 3OQ5 A; 1VOM A; 2GTO A; 3EG0 A; 2GFA A; 2FHD A; 3HTR A; 2ENM A; 3JB9 J; 4LUE A; 1RI0 A; 2W10 A; 2F2W A; 1K9A A; 2AT1 B; 1KHC A; 2KY9 A; 5IAY A; 2O4X A; 1D1A A; 1FWZ A; 7AT1 B; 2FO0 A; 2CP6 A; 2KDS A; 3FRN A; 4D8K A; 1QVG A; 4HKE A; 4MZT A; 2DTI A; 4K11 A; 5FU6 B; 2DF6 A; 2RJC A; 2YDL A; 1BIB A; 2YSQ A; 4RTX A; 4PK4 A; 1TSF A; 1TS9 A; 1HD3 A; 2XG8 D; 4M7A D; 2WSF E; 3CCS A; 3J80 E; 5ECA A; 3L2Q A; 4IKF A; 3GOX A; 1UE9 A; 1Q86 R; 2AZS A; 2H3J A; 4FL6 A; 5GAN f; 2XHC A; 4OGC A; 1Y07 A; 2CGH A; 2J6K A; 2HBW A; 3X20 B; 2G6F X; 2YUO A; 1TWB A; 2J6F A; 1D09 B; 1OU9 A; 9ATC B; 3CBP A; 3CC7 A; 1VQK A; 2PUO B; 2BZY A; 3M53 A; 3LWI A; 3QYG B; 1YI2 T; 4YTL A; 2VUB A; 3INZ A; 2MOX A; 5KYN A; 1RI9 A; 3EG9 B; 1AZG B; 5GAM h; 1PNJ A; 1Z9Q A; 2KYB A; 1JJ2 P; 5I21 A; 2COZ A; 2DZ9 A; 1VQ8 Q; 2YXY A; 2BIV A; 1TU0 B; 3TVT A; 3NMZ C; 3MEW A; 4BE2 A; 1ZSZ A; 4Z8A A; 3REB B; 1M1K C; 5GAN g; 1VQ4 T; 2DTO A; 4EMK B; 2HAX A; 2E5Q A; 2J6O A; 2KE9 A; 1X43 A; 2CYZ B; 2RHX A; 3LX7 A; 3OMG A; 3I56 T; 4C5I A; 3CCM T; 3ME9 A; 4PLL A; 3S6W A; 1YJN T; 1QWE A; 3HKS A; 4RTW A; 4N0A C; 5GAN e; 4DOW A; 1SRM A; 1VYU A; 4X9C A; 4HCZ A; 3L2W A; 2EGE A; 4M7A B; 1UFF A; 2FYK A; 2BZ8 A; 3JCM c; 4M77 F; 2VWF A; 2E64 A; 2OTJ Q; 2BE9 B; 2RA2 A; 1VQN Q; 4ATO A; 2QYZ A; 1K76 A; 1C0M A; 2LT1 A; 1IGU A; 1M3C A; 3UT1 A; 2FEI A; 4JRK A; 4GBQ A; 1RAC B; 1ABO A; 2QQ9 A; 3RES A; 1VQL T; 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