4F22A

Kainate bound to the k660a mutant of the ligand binding domain of glua3
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
RTIVVTTILESPYVMYKKNHEQLEGNERYEGYCVDLAYEIAKHVRIKYKLSIVGDGKYGARDPETKIWNGMVGELVYGRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLAKQTEIAYGTLDSGSTAEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTKTTADGVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALGTPVNLAVLKLSEQGILDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Glutamate receptor 3
publication title The loss of an electrostatic contact unique to AMPA receptor ligand binding domain 2 slows channel activation.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Transport protein/agonist
total genus 81
structure length 258
sequence length 258
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-07
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f22A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f22A02
2ZYNA 2REJA 2UVIA 4P11A 5CI5A 1PBPA 2HCAA 4RPNA 3C33A 1IEJA 2PT2A 4IO4A 1R9QA 2FNCA 3H6VA 4C1UA 4KYEA 1NNKA 1EH3A 4HTGA 4ZE9A 4WXJA 4RXLA 3MVYA 1LCFA 3OSQA 1MPCA 3VLVA 3FVOA 1B40A 1RYXA 1XHYA 1TT1A 2OJTA 2OZZA 1USYH 5K2XA 2V3UA 2F6GA 2P0SA 2DE2A 1N3XA 3E4RA 4ZS9A 4AQ4A 4LUBA 3M3FA 2O1LA 3RUMA 3ZSFA 3KGCA 4NF8A 4LONB 1P1OA 2O84X 3U72A 4F1YA 4NTLA 2PBWA 2PX1A 1AIVA 2XX8A 4OWDA 3W15C 3ZS6A 1II5A 3IO4A 4KYDA 1MM6A 3PD8A 2I48A 3TUSA 3D4CA 2GHBA 3JV9A 5IAIA 4QFPA 1JQFA 4QFNA 1F9BA 2HEUA 1XC1A 3Q28A 3K01A 2V93A 2H98A 3C9HA 1B4HA 3A3CA 3IOWA 3AXFA 2V25A 3UA8A 1N7XA 2R9JA 2XXUA 3T96B 2DS9A 2DVCA 4L17A 4YB6A 3H6TA 4PETA 4N13A 3T66A 1HSJA 1MRPA 3KEIA 1NNTA 3BBRA 2HFBA 3HO7A 3V5AA 4BDLA 3PD9A 3WAEA 3LSXA 1Y20A 1LGBC 4HS7A 4JWOA 4ESWA 1ELJA 4OFOA 3FZVA 5CMBA 2Q2CA 3Q27A 3FGSA 1B05A 5A5XA 3VLWA 3OD7A 3LUYA 1FQCA 5ICTA 4G68A 2CMOA 3TCFA 2I3WA 1IZ1A 3FV1A 1H76A 4K3FA 5B70A 4F2QA 2Y7IA 4POXA 2ANJA 5CRYA 1LB9A 1A99A 3B6TA 5I58A 4R9FA 3H3GA 3W9WA 3IORA 1LSTA 1IXIA 3L6GA 4FEBA 3SKPA 2QSXA 1A40A 2RF1A 4RYAA 5DEXB 1XS5A 2ZYKA 1XT8A 1B3EA 4JWYA 4F2OA 1B5JA 3RNNA 4KD5A 3OO8A 1QKBA 1MH3A 3VLUA 1PEBA 3E9XA 4U1ZA 2B3BA 1MXWA 4IO6A 2NWJA 4RPOA 4YICA 4XIGQ 1P99A 5CM6A 4JB7A 5HM4B 1M5CA 3S9MC 2XD3A 1B32A 3TFLA 4ELOA 1LAGE 2Q2AA 3CI8A 3U92A 4YAHX 2RC8A 3G3FA 3SEYA 2ZYMA 2I6EA 2Q89A 2OCUA 5H8SA 1B9JA 4ISUA 2B3FA 4U22A 3MPLA 2DVZA 2DE4A 2H5YA 3U94A 4PFTA 2D5WA 1EZPA 1OLAA 4PE5B 1YAEA 3L6HA 1LAXA 3MZ1A 4ZZEA 1OQHA 2ZXTA 5FTHA 4X1BA 5ELVA 2F8DA 1H43A 3MP8A 1ZTYA 2H4IA 1IXGA 1NNFA 4GVOA 3MAMA 1QUKA 3A3UA 3KBRA 5F1QA 3VVEA 2GFEA 3PUWE 1B4ZA 1Z7ME 1OLCA 3K00A 3PMWA 2DSFA 5EHSA 5ICQA 3FVNA 4JXIA 3KJTA 1N7WA 3CFLA 3G3IA 3OENA 2E0SA 3OOAA 3SEXA 5IKBA 2XXWA 3T9VA 3CRBA 4OETA 4P0IA 5J1DA 3IK6B 4MBPA 3PPRA 4G8NA 4NF4B 3LC8A 1DOTA 5JK4A 3MUQA 3MP1A 4GXAA 3N5LA 5DVIA 1UIVA 3C36A 1SBPA 2DP8A 4RK9A 2YJPA 2Y7WA 2A5TA 4XKPA 5DT6A 3I6VA 4YMBA 3PPPA 4FECA 3R7XA 2XXQA 4PP0A 4WEPA 4O3CA 5I2NB 3FXRA 2THIA 4FJPA 3U8QA 1BP5A 4X9TA 3CG3A 4OENA 1B7UA 4KR5A 1Y1MA 1I6BA 1DPPA 4G77A 1BKAA 1JNFA 3USDA 3FJMA 4LP2B 1LBCA 3OMBA 4OEUA 1A54A 2UVHA 1QW0A 3CG1A 5H8HA 3C34A 3B6QA 2LAOA 1B3GA 2VD2A 1B2HA 1ZJLA 3CIJA 2QS1A 3SEUA 4TQUQ 1NH7A 3O29A 2XXIA 3KJ7A 4MLVA 5AA4A 1N76A 2XX9A 3M3LA 3VV5A 4JSDA 4GRKA 3O28A 2F5XA 3PPOA 4NWDA 1YPNA 3MP6A 2OBGA 3ILUB 3S4UA 2NOOA 1POTA 4U23A 4GFRA 5I59A 1B1XA 2XXPA 1SI0A 2A5TB 3PV0E 2VHAA 4NEDA 3GBAA 3PUZE 4ZEKA 1MQHA 3PMVA 3DELB 1RYOA 3TDJA 4OFJA 4NF5B 2D21A 2VOZA 3OXNA 2F6PA 1IITA 3ECRA 1QULA 3OO7A 2XXRA 4IGTA 4R6YA 4F3SA 1ANFA 4H6DA 3QUJA 1Y4CA 3H6UA 3RPWA 3S9NC 3MW0A 3K0VA 1B1HA 1FCKA 3OO6A 2F7BA 4H1XA 3TQWA 3TODA 3VVDA 1SI1A 4ZEBA 2O1MA 2QS3A 2DXRA 5H8NA 4R74A 4IY5A 5H8QA 4GXSB 1FQFA 4ELPA 1UTBB 2O6AA 3B7DA 4H8IA 3VDFA 1B3HA 1TFAA 3DP4A 1B3LA 1LB8A 5TPAA 2UYFA 1Z7NE 4R9GA 3N6UA 3T9HB 5AA2B 2Q88A 4NF6A 4RNSA 4KQPA 1HSEA 1VSOA 3T22A 3SETA 4N07A 5DYHA 1US5A 3O9PA 4I62A 2WKYA 1M5EA 4ELRA 1P1QA 3QSLA 4LA9A 2DQVA 4DIGA 2FYIA 3MZBA 4PFUA 2Y7PA 4DXCA 1DPEA 3KN8A 1AL3A 4KCDA 4EXKA 2UYEA 1H3DA 4KFQA 4G8HA 3HCQA 2F78A 3KG2A 3EN3A 2Y7RA 4DXBA 4ZEIA 3THIA 4HCYA 5I2KA 5CMMA 1B0LA 3I5OA 2UVJA 5FTIA 2PT1A 2V84A 3KSJA 3FVGA 4QSCA 1A55A 1FTLA 1IUDA 2I0CA 3QAXA 1I6AA 4C1TA 1Y9UA 5HBCA 1NKXA 1BIYA 4GWOA 3LBSA 4C0RA 4MFIA 3PU5A 2FA7A 5DTBA 3K6WA 3Q25A 3QYTA 1PB8A 3DLNA 3RT8A 1NL5A 2Z8DA 1VFEA 2XXTA 2HZKA 1MPBA 3ILTB 3RLFE 3U1OA 4YKJA 3FATA 3LR1A 4GLIA 1N04A 2AL5A 4G2ZA 3RT6B 3S2VA 2ESNA 4PFWA 3LSWA 3MQ9A 1MH4A 3TCGA 3HHFA 4Q30B 4FORA 1JETA 2I58A 4F3GA 5L9SA 4DCXA 4R73A 1SQYA 3C35A 5HPQA 5KCJA 1IXCA 3O6HA 2DYXA 3K6VA 4YKIA 1MS7A 2O7UA 4TOZA 4NF8B 4X48A 3IB0A 4U4SA 3M8UA 4O3BA 5EYFA 4LVQA 3LSFB 5AA3A 3CSGA 3G7WA 1Q35A 3N6TA 1JVYA 3DM0A 4OXVA 4QRZA 1YTVA 4OFLA 3OELA 4E0WA 3K6UA 4MLQA 3GZGA 1IXHA 1FTMA 1MG1A 4KI0E 1LFIA 4TLLB 3PMXA 4OQOA 1UTHA 4I8CA 3RTFB 1MQIA 3SDFA 3UIFA 2X7QA 3PGFA 1SVXB 4Z7EA 1ZIUA 4BDMA 2I4CA 2UXAA 1FTOA 1SYIA 5AA2D 5L9MA 1GGGA 1R9LA 4XKRA 4I9DA 2B65A 5BWJA 1P1UA 1B52A 1DSNA 4EDPA 2AIXA 3PPQA 2QRYA 3IL1B 4XKNA 3MJNA 1PB7A 2Z23A 1ZMGA 4E0XA 3H7MA 4AB5A 1PBQA 1QUJA 2DXYA 3TEPA 5A5XB 4GD5A 2PVUA 2F7CA 2V3QA 5L9OA 3P7IA 2XXHA 2NVUB 2I0BA 1JVXA 1RKMA 2V3TA 3SERA 2ONSA 4BDQA 1DTGA 1Y3NA 5I56A 4G68B 3PUYE 1A8EA 4OZ9A 3QIMA 4LATA 2OWSA 1T0KA 2O68A 1B5IA 5FHMA 5FHNA 3IAZA 1NNPA 5ITOA 5H8FA 5I58B 1KWHA 4H5FA 3GBBA 1D3KA 1O64A 1B7HA 5JEIA 2DWAA 5JTYA 1IIWA 3H03A 2HZLA 1MY0A 4ZEFA 1ATGA 4YB7A 2HXWA 1AH5A 5TP9A 4KYSA 3CR9A 3TELA 1FTJA 1AOVA 3C31A 3O6GA 1N0TA 3A09A 3VXBA 4Q8RA 1MY3A 1URSA 4U1OA 4OEVA 5M2VA 3MC2A 4LZ5A 3K02A 3K1NA 4FIMA 2GHAA 2O51A 3IO6A 1B51A 1NMUA 1B0HA 1H44A 3TKDA 2I49A 4R2FA 3RN8A 2XHDA 1UQWA 1MXVA 4U2RA 3SEVA 4IY6A 1CB6A 3RGYA 3H4ZA 3K6XA 1LAFE 3E3KA 2QS2A 4YKKA 2QJEA 3QUFA 3TTNA 1POY1 3PUVE 5KDTA 3K4UA 1YCJA 1VE4A 3TCHA 2Z22A 3T9XB 2Y7KA 1UIUA 1US4A 3O2AA 3FVKA 1ZU0A 3OO9A 4G68C 4GL8A 4DXUA 3S9EA 3G3GA 4F29A 5DVFA 4BDNA 1MQJA 1SW1A 3LSLA 1TFDA 3EF7A 1WVJA 3O6IA 5LOMA 3EHTA 3SESA 2H99A 1EZ9A 4O3AA 2DWIA 4LQ2A 4ELQA 3HV1A 1LCTA 1S7YA 3I3VA 4YB5A 2QMXA 3KOTA 2OK2A 4RA1A 1J1NA 1SYHA 1JEUA 5CC2A 3TYHA 1WDNA 4IO2A 1MXXA 2XD2A 3MVWA 3FD3A 3MVXA 4F19A 1M5FA 1B3FA 1P1WA 1B7ZA 1MPDA 3MWBA 4JWXA 4AB6A 3OSRA 1LLSA 5K2YA 4THIA 2REGA 4WEDA 3JZJA 1XVYA 4EF1A 3EPEA 4Q5TA 3IJXB 3KOSA 4EXLA 4JSOA 3C32A 2VGQA 1DTZA 3QXMA 4G8MA 4IGRA 5ISUA 3KN3A 3QK6A 1VFDA 2Y84A 1WODA 4NWCA 3TTRA 5CMCA 1B58A 1TXFA 2PMSA 1TWYA 1AMFA 2P2AA 1MQDA 3TZAA 4F3BA 1MXZA 1GTKA 1XOCA 1NFTA 2ABHA 2ZYOA 4YU0A 4DLDA 1MY4A 4OERA 1JEVA 3K2DA 4R6KA 3MBPA 2XXXA 3JYRA 1GVCA 4YZZA 3RY3A 3W9VA 5H8HB 3F11A 4ZDMA 2IEEA 3G3JA 3V89B 1OVTA 5CBRA 3K1PA 4H0WA 4GIZA 4F39A 3IB1A 1ZBMA 4DDDA 4QFLA 5AA4B 2ZNUA 2KLFA 2E1SA 1MDQA 4IO5A 2HAUA 5EHMA 3ONMA 4ECFA 1R6ZA 4XKQA 1CE2A 1B46A 3IB2A 1D4NA 4F18A 1ZLQA 1Y1ZA 5AE4A 1SD3A 1USYE 2RCBA 5KZTA 3ODBA 3FUZA 3RQTA 5I59B 1NH8A 4G4PA 2UVGA 4BDRA 3VFJA 1OQGA 4MH5A 2DOJA 3BFTA 1FQBA 3HPIA 1DMBA 4F31B 1A7LA 1BTJA 1MXYA 4OHNA 2RINA 5I57A 3TQLA 3C4MA 1HSLA 4UA8A 4R72A 3EHSA 1FQDA 4H67A 4MF3A 1MY1A 5L8DA 5DEXA 5ITPA 3Q29A 4EQ9A 3TMGA 3IOUA 2Z8EA 5TU0A 2F34A 2Z8FA 1Y4TA 2RKMA 3UGWA 3CFXA 3Q26A 5F7VA 4RJZA 3FIRA 3T9UA 3FXUA 3UP9A 1EU8A 3MZ9A 5H8NB 3VXCA 3CFZA 3BFUA 5H8QB 4QFOA 2RCAA 2G93A 4OVJA 5I84A 3R6UA 2QPQA 3IOTA 3H6WA 4R6HA 3VVFA 3FASA 1IQ7A 1P1NA 4LZ7A 5TPAB 4EUOA 3D4GA 2QS4A 3V8XB 1SW5A 1S9TA 4NF6B 2XXVA 1QVSA 4BLAA 2CZLA 1JW1A 4H65A 2F7AA 3G3HA 4YMAA 1M5BA 2QL3A 3KZGA 4XTCQ 4F3PA 4RY1A 4M1VA 3SEWA 4HW8A 4GOTA 1SDXA 3PUXE 1GR2A 1PB9A 2G29A 5I57B 1MY2A 2F36A 4BDOA 2NUVA 5CBSA 1OMPA 1N3WA 2DE3A 4GF8A 4FEDA 5I2KB 2Q9TA 4ZEDA 3DP8A 4KCCA 2M8CA 1R1NA 3PPNA 2H9BA 3G3KA 4ESXA 4I1DA 4N6PA 4YKPA 3B6WA 3S9LC 1D9YA 1URGA 2OWTA 2ZMBA 4EF2A 1LFHA 3KSXA 2IA4A 4NF4A 2I3VA 2RC9A 4GL0A 4JBZA 4OYVA 3BKIB 1MQGA 4F22A 4JDFA 4R2BA 4OTEA 4OESA 4Q0CA 5B7DA 2OLBA 1OIBA 2F97A 4UACA 4OMBA 2BJJX 4FE8A 3KFMA 1GV8A 2D3IA 1LAHE 1O63A 5KCJB 4DE8A 4QF9A 2YPNA 4IB2A 2H25A 2X7PA 5I2NA 2O7IA 3N26A 3E13X 3OEKA 2P1SA 3TAJA 4ZE8A 1SW2A 3U93A 3N94A 2VD3A 3VE1B 1FQAA 2GH9A 3FJGA 2DWHA 3UN6A 1I6QA 5CMKA 1H45A 1SW4A 3ZKLA 3O97A 1ZKBA 5DVJA 4H5GA 1I69A 2ONKE 4M4GA 3IOVA 4EQ7A 3RTWB 1Y3PA 3V83A 1UTHB 1O7TA 1PC3A 4FATA 4U4XA 1FQEA 3IX1A 1XVXA 1QKAA 2A5SA 2ZNSA 3H06B 3UORA 2HAVA 4WKMA 1B6HA 4QSDA 1OVBA 1MDP1 4ZECA 2O69A 4XXUA 3UK4A 1FTKA 1QUIA 1JW5A 4DCYA 3GLBA 4ONYA 3IR1A 4KHZE 2F35A 2VP1A 3GXAA 3CVGA 4IO3A 4ZZAA 4EQBA 3T93B 1M5DA 4LZ8A 2R71A 4Z0IA 4U21A 4GQOA 2QMWA 2X26A 2DWJA 3KN7A 5I56B 4DZ1A 4NF5A 3R26A 4PQJA 2RC7A 3M3KA 1FW0A 1D9VA 3TPAA 3TTMA 1BLFA 4KPTA 1MM7A 1A8FA 5H8FB 1MXUA 3HSTA 2W7YA 4H8JA 4X1DA 4NE4A 3TTKA 5JTYB 3TTLA 1VR5A 3EQ1A 3ZKKA 1S50A 4POWA 5TP9B 3O66A 2YLNA 3MPKA 3DP6A 1JW4A 2I4BA 2PYYA 3IJOB 4FAJA 1UTBA 3K1MA 2ONRA 1QJMA 4TLMB 2GRVA 3FV2A 2Q8JA 1LBBA 1B5HA 2ZNTA 4PFYA 2NXOA 3OEMA 5AA1A 2AL4A 3EHUA 5AA2A 4QHQA 4HCWA 2XX7A 1L5TA 4LQ5A 3FXQA 1Q1KA 4QFKA 4IO7A 2ALUA 2AYSA 4ND9A 4QSEA 4NMYA 3HN0A 5KDTB 4F1VA 4P0GA 4RK2A 3HHGA 5FHOA 5BUUA 1LFGA 4R75A 1URDA 2HQ0A 2XXYA 1EZOA 1Y3QA 3FJ7A 1PDAA 3MVZA 4F1UA 2R6GE 3WAFA 1N84A 3CSBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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