4F3GA

Kainate bound to the ligand binding domain of glua3i
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
RTIVVTTILESPYVMYKKNHEQLEGNERYEGYCVDLAYEIAKHVRIKYKLSIVGDGKYGARDPETKIWNGMVGELVYGRADIAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLAKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVYEKMWSYMKSAEPSVFTKTTADGVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSALGTPVNLAVLKLSEQGILDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The loss of an electrostatic contact unique to AMPA receptor ligand binding domain 2 slows channel activation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor 3
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Transport protein/agonist
total genus 79
structure length 258
sequence length 258
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f3gA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f3gA02
2DVZA 4O3AA 2QS2A 4XKQA 1A7LA 2VD3A 5CBRA 3UP9A 1TT1A 4BDMA 3KOTA 3PD8A 3CSGA 4OESA 1YTVA 5AA3A 4FEDA 2XXQA 4YKKA 3Q26A 4OTEA 4ZE9A 3RT6B 3TMGA 1IUDA 2CZLA 4R73A 4OQOA 3M3KA 5EHMA 5K2XA 3U8QA 4MLQA 5J1DA 3C36A 5HPQA 3HV1A 5H8SA 3CFZA 1R9QA 2R6GE 3TZAA 1PBPA 2A5TA 1J1NA 4G8MA 2DXRA 3MBPA 2OWSA 4POXA 1DPPA 2VOZA 3VV5A 1MY3A 2DP8A 5CI5A 4EQ9A 3DLNA 3ILTB 4C1UA 4QSDA 3CI8A 4U22A 5EHSA 2CMOA 4XKNA 4BDNA 1NNKA 4OFJA 4ZEFA 1FQEA 4GL8A 1A99A 3A09A 2V84A 1IQ7A 1UIUA 2XX9A 2AIXA 3B7DA 5FHNA 2R9JA 3FD3A 5K2YA 3QYTA 1MRPA 1IXIA 2Q9TA 3MUQA 3KFMA 1MM6A 2X7PA 4F2QA 1M5DA 5ITPA 4EXKA 1QKBA 2O1MA 3TQLA 1FTOA 3QIMA 1B6HA 3Q25A 3DP6A 2DQVA 5TP9A 1MPBA 4BDRA 4HW8A 5IAIA 3IO6A 1Z7ME 3S2VA 4ZECA 3U1OA 2Y7KA 1SQYA 4ZS9A 1LGBC 2O6AA 4LQ5A 1M5FA 3MP1A 4OXVA 4R6YA 4GFRA 2DXYA 3OO8A 3SDFA 3H7MA 3LSFB 3N6TA 1B7UA 2HZLA 4LONB 4GWOA 3MC2A 2ZNTA 3IK6B 2D5WA 1DMBA 3TQWA 1SW2A 3OO9A 3FATA 4R9FA 1IZ1A 5FTHA 3CG1A 3QK6A 4NF8A 4OZ9A 3IX1A 2ONKE 1F9BA 3QAXA 3GLBA 2YPNA 4ESXA 3N5LA 2ONRA 3FJMA 2Q2CA 1SBPA 4IB2A 3IB2A 4HTGA 3T96B 1A40A 5TU0A 2XXXA 3BFUA 1B58A 5I59B 3GXAA 5KCJB 3PUYE 1Y4CA 4HS7A 4KPTA 3L6HA 2DYXA 5AA4B 2O7IA 5CBSA 3GBAA 4OETA 4YICA 4QRZA 4F3SA 1NH7A 3K1PA 3U72A 1LFHA 2ESNA 3C34A 4PFTA 2I3VA 3M3LA 3P7IA 4NWCA 4JXIA 3TELA 1BKAA 1EH3A 3QUJA 2GHAA 3KJ7A 1UTBB 2X26A 2XD2A 5A5XA 5AA2D 4NTLA 1GVCA 1FQBA 2NUVA 2PT1A 1FW0A 5FTIA 2H9BA 4JSDA 4G68C 1SI0A 3IAZA 3IORA 3PD9A 1N3WA 4KD5A 4O3BA 2RKMA 3PUVE 4BDLA 2QL3A 1DOTA 1N84A 2F78A 4F29A 4YMBA 5H8HB 3D4GA 4BLAA 3RLFE 1R1NA 4PP0A 3H3GA 4R72A 1ZIUA 4M1VA 4PQJA 1BLFA 4DXBA 1B5HA 1ZLQA 3E9XA 2ALUA 4QFNA 2I4BA 4ZZEA 2M8CA 2KLFA 3FVKA 1P1WA 2GRVA 5JEIA 4YKPA 3LSLA 3OSRA 4MF3A 3SEWA 4KI0E 4R6HA 4R75A 4I8CA 1BP5A 1R9LA 4EUOA 2Z8EA 3KN3A 3USDA 2QS1A 4NMYA 2ZMBA 4H6DA 4JB7A 3BFTA 3G3KA 3MWBA 5CM6A 4ZDMA 3K1NA 4MBPA 2UVGA 5AA1A 2A5TB 3KOSA 4POWA 2HXWA 3EHSA 3O66A 3TPAA 4RPOA 3T9VA 5BWJA 1FQFA 5JTYB 3T22A 4YB6A 2O84X 4GXSB 3MVXA 4IY5A 1B2HA 3VXCA 5F1QA 4Z7EA 1I6BA 5KDTA 2HAUA 3CG3A 1AOVA 2I4CA 4FEBA 2I6EA 3I6VA 3TCGA 1OLCA 3S9EA 4H8JA 1QUKA 4DE8A 2QJEA 1MY2A 1B7ZA 3M8UA 4F1UA 1JNFA 5AE4A 1QVSA 2Q89A 1B3HA 4H65A 4DLDA 3PPOA 1QKAA 2PBWA 5ELVA 3IOTA 3KSJA 3U93A 1DSNA 2I0BA 3H6WA 5I2NA 2O7UA 4GQOA 4THIA 4WKMA 4PE5B 4OWDA 1OVBA 3IOVA 3HHGA 1ZTYA 3PUWE 4GRKA 2RINA 4ZEIA 2QRYA 2QS3A 1Y3NA 5ICQA 3W9WA 3KJTA 4AB5A 5L9OA 2P2AA 3MVWA 1VE4A 5BUUA 3I5OA 5H8NA 3B6TA 1Y1MA 2RCBA 4NF8B 4F39A 1YPNA 3CVGA 2DWHA 4U2RA 4H1XA 4JBZA 1LBBA 4QSEA 2Z23A 3RTFB 3THIA 2OJTA 5I2KB 1PDAA 1GTKA 3TTMA 5AA2A 4EXLA 1LAFE 4P0IA 3GZGA 3O2AA 2V3QA 4Q5TA 1US4A 2NOOA 2H99A 3H6VA 2YJPA 4XTCQ 1H76A 3KZGA 2PX1A 3OOAA 5HBCA 4NF5A 3PUZE 3V8XB 1L5TA 4NF6A 5H8FA 4RA1A 4GVOA 1USYH 3O6HA 2Q8JA 5I58B 3CFLA 3HCQA 1EU8A 4ONYA 1FTKA 3OO7A 3WAFA 4AB6A 4ZEDA 2NWJA 4U1ZA 4G68A 3Q29A 4ECFA 3KG2A 4KYEA 1SYIA 3FV2A 2DS9A 5H8QA 3C9HA 4RJZA 1Y1ZA 3SESA 4ESWA 4NEDA 5TPAB 3S9MC 2XXVA 3LBSA 3S9NC 3KBRA 3D4CA 1BIYA 4OVJA 4LZ7A 2F7CA 1M5EA 5L9SA 1QUIA 1P1OA 2ONSA 1P99A 3PMWA 4PETA 3I3VA 2DE2A 4PFUA 3MQ9A 3K6VA 2OZZA 1MXYA 3EN3A 1NFTA 1ZKBA 3VLWA 3C33A 2O1LA 4IY6A 3IO4A 1PB7A 3RN8A 3U92A 3TTKA 4X48A 3S9LC 4WXJA 4G8NA 3K6UA 3R6UA 1RYXA 2PT2A 1VFDA 3FIRA 4FORA 3KN7A 3E4RA 1HSLA 1P1NA 2F35A 3TTLA 2QPQA 4RK9A 1B0LA 2XXRA 2F7BA 2GFEA 1B46A 4LZ5A 4FJPA 3KGCA 3OSQA 4IGTA 3O29A 3UGWA 2XXYA 3RTWB 1LAHE 2FYIA 1LB9A 4X9TA 4FECA 1NKXA 4QF9A 3TTNA 4DZ1A 2E1SA 5HM4B 2HCAA 3OEMA 2QSXA 4ELOA 1CE2A 2I48A 3FV1A 3PU5A 1SVXB 2QMWA 4R9GA 3UIFA 1B52A 3VE1B 1JW5A 2DWAA 1OQGA 3ZKKA 4FE8A 2D21A 2OBGA 4F3GA 5KDTB 3H6UA 3K0VA 2D3IA 1HSEA 1US5A 1AIVA 4R2FA 2BJJX 3T9XB 3K6XA 5I56A 3G3FA 5DVJA 1A8EA 3FVOA 2B3BA 4QSCA 1MY0A 3IOWA 4N13A 4C0RA 4ZEBA 3R7XA 2F6GA 4F1YA 1AMFA 1A8FA 1URDA 3MVZA 3MJNA 2GHBA 1LBCA 2HQ0A 3TAJA 2ZNSA 4MFIA 3OO6A 5I2NB 2GH9A 2XXPA 4DCXA 3Q28A 2VHAA 5F7VA 3N26A 2DVCA 3SEYA 1Y3PA 4KR5A 4YB5A 1M5BA 3MPLA 3ZKLA 4IO5A 4JDFA 1O64A 1WVJA 3IOUA 2Y7WA 1PBQA 1MY4A 1MQJA 4BDQA 2XXUA 2XD3A 4Q8RA 1B7HA 1GV8A 3PMVA 4RY1A 1ZJLA 3UORA 3VLUA 4TOZA 1RYOA 2THIA 4X1BA 2V25A 4NF4B 3EQ1A 4ZE8A 5B7DA 3PPQA 4BDOA 3VVDA 1POTA 5DEXA 1UTHA 2I49A 3QXMA 3K1MA 5I57A 4PFWA 3RUMA 1S9TA 5IKBA 1B40A 4NE4A 2VD2A 1XVYA 3JZJA 1A55A 3O9PA 1B1XA 5AA2B 3MZ9A 3JV9A 2NVUB 3FGSA 1AH5A 5CMMA 4F3BA 5DVIA 3CRBA 5L9MA 3ILUB 2XXIA 2UVHA 4FATA 3W9VA 3PPNA 2XXHA 4G2ZA 3TCFA 2FNCA 1FCKA 3MAMA 4H67A 4E0XA 5ICTA 3KEIA 1MG1A 1H44A 3WAEA 4ZEKA 1AL3A 2DSFA 1B3FA 1N0TA 2VP1A 3PV0E 1PC3A 2REJA 1LSTA 4K3FA 2O68A 4QHQA 1MQIA 1QJMA 1B32A 5DT6A 1JW1A 2ANJA 5I84A 3JYRA 1D3KA 4H5GA 1DPEA 4P11A 2X7QA 3LSWA 1WDNA 1MXUA 2DOJA 1B05A 4KCDA 2B65A 3G3GA 4R2BA 1R6ZA 2DE4A 1XS5A 1Z7NE 1NH8A 1P1UA 1JVXA 3H6TA 1B9JA 5L8DA 3MP8A 4F1VA 3HN0A 3LC8A 3TFLA 3CSBA 2W7YA 1LCTA 1M5CA 1LAGE 3OENA 2Y7IA 1KWHA 1S50A 1SYHA 3EF7A 4RPNA 3T66A 4MH5A 3TTRA 5I59A 3CIJA 2F8DA 4F18A 2F97A 4G77A 3MVYA 3MW0A 2HAVA 1MQDA 5AA4A 1MH4A 5TP9B 3LR1A 3PMXA 2A5SA 3O97A 4KYDA 5CRYA 1MXZA 4ND9A 1XT8A 3IB1A 3GBBA 3G3IA 5CMCA 3B6QA 2F36A 2Z8DA 1JEUA 1LLSA 1MXXA 3TYHA 2F6PA 1II5A 2Z22A 4M4GA 4JSOA 3MZBA 3FJGA 5DVFA 5CC2A 3VXBA 4LATA 1A54A 1UTBA 4OENA 2DWIA 2P0SA 3SEXA 3SERA 1UIVA 4I62A 4OERA 4IO2A 1MXVA 4YAHX 1JETA 3OEKA 3B6WA 1URSA 3TEPA 3DM0A 2UVIA 2UYFA 3Q27A 3O28A 1BTJA 4XXUA 2V3UA 5H8HA 4LUBA 4OMBA 1SDXA 2LAOA 4DXUA 1NNTA 3K4UA 1UQWA 3UN6A 3E13X 4ISUA 1IXCA 3KSXA 1GGGA 4KQPA 4GL0A 5DTBA 3K01A 3IB0A 2I3WA 3F11A 2H4IA 4HCYA 2Y7RA 3LSXA 1N7XA 3UK4A 3IL1B 3O6IA 3G7WA 3A3UA 4DIGA 4QFPA 4ELRA 3G3JA 1OMPA 1LAXA 4YKJA 3T9UA 3H06B 3DELB 1D4NA 3TKDA 3OMBA 3L6GA 5ITOA 3SETA 3FXQA 5A5XB 3R26A 1LFIA 2Q88A 2F7AA 1MPDA 2HFBA 5LOMA 5FHOA 4H0WA 1MDP1 1ELJA 3TDJA 2VGQA 1OLAA 2WKYA 4R74A 1B4ZA 3C32A 2UVJA 3RT8A 2I58A 1B3LA 1N76A 3N6UA 3H4ZA 5JTYA 1EZ9A 4KYSA 1QW0A 4EQ7A 3SKPA 2RC7A 1MS7A 1VR5A 1JW4A 3H03A 5DEXB 1NMUA 1UTHB 2ZYOA 3CR9A 1ZU0A 3SEVA 5I57B 3BBRA 4RK2A 1ZMGA 2V3TA 3HO7A 1Y4TA 4HCWA 4DCYA 3FASA 4U4XA 3KN8A 4N07A 3M3FA 4OFOA 4LQ2A 4RXLA 1PEBA 1QULA 3S4UA 4O3CA 2UYEA 4H8IA 4H5FA 4TLLB 1DTGA 1LCFA 1LB8A 4KFQA 2Z8FA 2XX8A 1MM7A 4NWDA 1DTZA 1JVYA 2QMXA 1URGA 4EF2A 2UXAA 4U4SA 2YLNA 3UA8A 1ANFA 3PGFA 1NNPA 2Y7PA 3W15C 1B3EA 1N04A 3DP4A 2IEEA 1O63A 4U23A 2OCUA 4G4PA 1IXGA 4EDPA 2ABHA 1Q1KA 1PB9A 3VVEA 3SEUA 2AL5A 4QFKA 1I6QA 1OQHA 1SI1A 1T0KA 1RKMA 3RNNA 2R71A 3FJ7A 1ZBMA 3C31A 5I2KA 3FZVA 3E3KA 4Q0CA 1Q35A 4IO6A 1S7YA 4RYAA 1XVXA 4LP2B 4GLIA 3RPWA 1D9VA 1QUJA 2IA4A 2NXOA 4FAJA 1FTLA 4YU0A 4JWXA 1HSJA 4IO3A 4YMAA 2AL4A 4I9DA 1B51A 1MDQA 1USYE 3ZSFA 1H43A 4I1DA 3MZ1A 5FHMA 2HEUA 5JK4A 5I58A 1H45A 4F19A 4XKRA 1FQDA 1PB8A 1MQHA 3EPEA 1MY1A 2B3FA 3ONMA 3A3CA 4U21A 3C4MA 3FVNA 2ZNUA 2ZYMA 4KCCA 3K6WA 2XXTA 2V93A 2PYYA 1YAEA 2O51A 1NL5A 3FUZA 1JQFA 2RF1A 2XXWA 5CMKA 3RGYA 4LVQA 5H8NB 1MPCA 1ATGA 2E0SA 5TPAA 3OXNA 4IGRA 2QS4A 3FXUA 4F22A 4AQ4A 4JWYA 5CMBA 1IIWA 4GIZA 2OWTA 1B4HA 4L17A 3AXFA 4N6PA 1TWYA 1O7TA 4LZ8A 4IO7A 3HHFA 4ZZAA 2FA7A 4P0GA 4Z0IA 1YCJA 3PPPA 4XIGQ 3TCHA 3C35A 4PFYA 4WEPA 4R6KA 4JWOA 3RQTA 3OELA 1B3GA 1POY1 4E0WA 3T9HB 4ELPA 4NF5B 1I69A 1IEJA 3ZS6A 2RCAA 1SD3A 3HPIA 4NF6B 5H8FB 1TFAA 5DYHA 2XHDA 1Y3QA 3T93B 4OYVA 2OLBA 4OFLA 3N94A 4GOTA 2H98A 4YKIA 2HZKA 4QFLA 3MPKA 3QSLA 2XX7A 4OEVA 1XHYA 4G68B 5M2VA 2RC8A 5H8QB 3EHUA 2Y84A 3TODA 4FIMA 3U94A 1JEVA 4X1DA 1IXHA 1MH3A 3CFXA 3G3HA 1MXWA 3IR1A 4YZZA 4KHZE 1B1HA 3K02A 3K2DA 3O6GA 3TUSA 4YB7A 1B5IA 3V5AA 2G93A 4OHNA 2PMSA 3PUXE 1FTMA 1N3XA 2AYSA 5KZTA 2I0CA 4DXCA 1FQCA 3OD7A 4GXAA 1D9YA 2RC9A 1OIBA 1SW4A 3IJOB 1CB6A 4DDDA 3RY3A 2DE3A 2REGA 1B0HA 1SW1A 5KCJA 4Q30B 1EZPA 1MQGA 4TQUQ 2F34A 3VFJA 3HSTA 3V89B 2F5XA 3IJXB 4UA8A 4UACA 4F2OA 3FVGA 4G8HA 1IITA 4TLMB 1Y20A 3PPRA 4F31B 3EHTA 3VVFA 4GD5A 1P1QA 3K00A 3BKIB 4ELQA 3VDFA 1FQAA 3LUYA 2H25A 4OEUA 1FTJA 2ZYNA 4LA9A 5B70A 1I6AA 2OK2A 2PVUA 4GF8A 3V83A 1TXFA 1B5JA 2Q2AA 1OVTA 4XKPA 5EYFA 1NNFA 1TFDA 1XC1A 2DWJA 4QFOA 4MLVA 1EZOA 1XOCA 2ZYKA 4RNSA 1VSOA 2G29A 2ZXTA 4C1TA 2O69A 1N7WA 1GR2A 3DP8A 4WEDA 2H5YA 4NF4A 1Y9UA 2P1SA 1LFGA 1VFEA 3FXRA 1H3DA 1SW5A 4IO4A 1WODA 3ECRA 5I56B 4EQBA 4U1OA 3QUFA 3ODBA 5ISUA 3VLVA 3MP6A 4EF1A 4F3PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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