4F3PA

Crystal structure of a glutamine-binding periplasmic protein from burkholderia pseudomallei in complex with glutamine
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
226
structure length
223
Chain Sequence
KELVVGTDTSFMPFEFKQGDKYVGFDLDLWAEIAKGAGWTYKIQPMDFAGLIPALQTQNIDVALSGMTIKEERRKAIDFSDPYYDSGLAAMVQANNTTIKSIDDLNGKVIAAKTGTATIDWIKAHLKPKEIRQFPNIDQAYLALEAGRVDAAMHDTPNVLFFVNNEGKGRVKVAGAPVSGDKYGIGFPKGSPLVAKVNAELARMKADGRYAKIYKKWFGSEPQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a Glutamine-binding periplasmic protein from Burkholderia pseudomallei in complex with glutamine
rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Burkholderia pseudomallei
molecule keywords Glutamine-binding periplasmic protein
total genus 78
structure length 223
sequence length 226
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f3pA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4f3pA02
4C1UA 5H8SA 3EPEA 1EZOA 3PPNA 2AYSA 2F6PA 4OFLA 3VVDA 3U93A 4C1TA 3KGCA 1B7UA 2OCUA 5CMBA 1Y4CA 3G3FA 3MQ9A 3IOVA 2NUVA 4F3PA 3UGWA 1P1NA 2Z8EA 2Q2AA 4H6DA 1J1NA 3S9MC 3PUXE 1H45A 4OYVA 3MVXA 1US4A 2DS9A 4G8MA 1YTVA 4FORA 4G4PA 4ELQA 3QIMA 1XS5A 2R9JA 2O84X 2DWAA 4U4SA 2XXYA 3D4GA 2R6GE 4YKKA 5BWJA 3DP6A 1TFAA 1B0LA 2I0BA 4NF6B 4R75A 4G8NA 1LAHE 4G68C 2Z23A 3K01A 1Z7ME 3FV2A 4HCYA 3FATA 2XXQA 5I59B 3L6GA 5EHMA 3KN8A 4KD5A 4IO3A 4KI0E 2DVZA 2QS2A 3MVYA 3TTMA 1I6BA 1B52A 1URGA 3OD7A 5H8QB 3MPKA 3B6WA 4FAJA 3FASA 4F29A 4XKRA 3KN7A 4HS7A 3GLBA 1LAXA 1LAGE 2RINA 1JVYA 3C32A 1B3FA 5CC2A 3UK4A 5I57B 4XIGQ 4UA8A 1R9QA 3U72A 4MLVA 3B7DA 1B51A 3R26A 3CRBA 3PUYE 3U94A 5LOMA 3OEKA 4DXCA 4F3GA 1H3DA 1PB9A 3Q28A 1JVXA 1BTJA 1MM6A 4H1XA 1XVXA 4DCYA 1LSTA 3IOTA 5I2NB 3W9WA 3OXNA 4FEBA 1B40A 3VLUA 4DDDA 3S9NC 4JSDA 1FQAA 1B46A 2YLNA 5L9MA 2XXVA 1SW5A 2LAOA 5EHSA 4U21A 3U1OA 3SEWA 4DE8A 4RA1A 4PFTA 2DSFA 3LUYA 3TQLA 2I3WA 5KDTB 1D9YA 5KCJB 3M3FA 2G93A 1UTHB 4X1BA 2F7CA 2QL3A 4L17A 2O7IA 3PV0E 1AL3A 3IJXB 5AA4B 5DVFA 4E0WA 2XHDA 4TLLB 3M8UA 4JWXA 1S9TA 2I6EA 4GL0A 3G7WA 3O9PA 4ZS9A 4OVJA 3TTLA 1FQEA 3RT6B 2PT2A 2DE4A 2I49A 2OWSA 5FHNA 3THIA 3VLVA 1UTBA 2P1SA 4F18A 4G77A 2AIXA 1B4HA 1LFHA 3T66A 2PX1A 3A3CA 3MZ1A 4NWDA 3CG1A 1MY4A 5TP9A 4BDRA 3FXUA 4ISUA 4U22A 1VFEA 2G29A 3F11A 2B65A 2R71A 2E0SA 1B3EA 1KWHA 5TPAB 1PDAA 3W15C 1A40A 2YPNA 3C4MA 4RNSA 3N5LA 4MH5A 2RKMA 2GH9A 5FTIA 2QJEA 4BLAA 4F2QA 4DCXA 3IO6A 2V25A 3RGYA 4LZ8A 4BDOA 4FIMA 2XD3A 4OWDA 1YCJA 4F22A 1O64A 3RUMA 1FTLA 3TODA 3VV5A 5AA3A 1UIUA 3KJTA 3K1PA 2DWIA 4WEPA 3HPIA 4R9FA 5FTHA 4PQJA 1VFDA 4OEUA 3UP9A 5DVIA 1I6AA 4R74A 4R2FA 1RYOA 3TZAA 1XT8A 3KEIA 3PUVE 1OVTA 5FHMA 3TELA 1BIYA 1DPPA 2I3VA 3VFJA 2ONRA 1P99A 3GXAA 2F36A 3SERA 1UIVA 1VR5A 1LLSA 3IJOB 3IL1B 3Q27A 5H8NA 3SEXA 4GWOA 2Y7WA 1M5FA 3TTKA 1QKAA 3I3VA 3FJGA 5IKBA 4IO6A 4QFLA 3TMGA 5HBCA 3LSXA 1ZLQA 1SVXB 1DSNA 2B3BA 2A5TA 3FV1A 1SYHA 1D3KA 1P1OA 1MG1A 1MPDA 5ICQA 1Y4TA 3RT8A 1MY2A 1TT1A 3DP4A 5KZTA 1DOTA 3FXRA 3N6UA 4GQOA 4OETA 1MY1A 4LVQA 3H7MA 5A5XB 3TQWA 4H0WA 4KHZE 4POWA 3PMVA 2VOZA 4ZZEA 3V8XB 2DWJA 2XXIA 1N3WA 3PPRA 3H6UA 1MPCA 3CI8A 2HQ0A 1II5A 1MH4A 1SQYA 2IEEA 3CFLA 3E3KA 3V5AA 1AOVA 3HHFA 5DYHA 3E9XA 1JNFA 2IA4A 4P0GA 4F19A 3OELA 5CMMA 5JEIA 3KZGA 1GVCA 3C33A 4IO7A 4ONYA 2V3UA 5I58B 4G2ZA 3O97A 3FVKA 1XOCA 1Y20A 5I59A 1SW2A 2I4CA 1LFIA 3BFUA 4C0RA 1URSA 1B5IA 1MQGA 3R6UA 4Q8RA 2FYIA 4YKIA 1MY0A 5H8QA 1MS7A 4MBPA 2DOJA 2V3QA 3HV1A 3EF7A 4LQ2A 4O3BA 5B70A 3QXMA 5B7DA 1MY3A 3C34A 4RK9A 3B6TA 3HSTA 1B32A 3MP8A 1D9VA 1A54A 3OO6A 4QF9A 1MXZA 5CBRA 5F1QA 3VVFA 3K0VA 4WEDA 3KBRA 1NH8A 2HAUA 4F1YA 2V84A 2Y7IA 3CR9A 4F3SA 3PMWA 4HCWA 4U23A 3N94A 4GD5A 4DIGA 4I1DA 4YZZA 1POTA 2ZYNA 4PE5B 3FVOA 2PBWA 2NWJA 2V3TA 4IO2A 1FW0A 1M5CA 1PB8A 4XXUA 2CMOA 2H5YA 1MQIA 2Y7PA 3PPOA 4RJZA 2ZNSA 3H06B 1MXVA 3K4UA 3G3KA 4QFPA 4JB7A 4NF4B 4ZEDA 1PBPA 4IY5A 4ND9A 5KDTA 3UN6A 2D21A 5KCJA 4I62A 1UTHA 2ALUA 3SETA 4OXVA 4BDMA 3RLFE 4Q30B 2DXRA 2THIA 4U1OA 4RYAA 4EQ7A 3DM0A 4LQ5A 1SW4A 3C9HA 1H43A 4MF3A 1FQDA 1O63A 4ZEFA 4R6YA 2PT1A 4ELOA 1IXHA 2XXUA 4GIZA 4NF8A 3KN3A 3BFTA 4WXJA 1MXUA 3TYHA 3S2VA 3JZJA 4OTEA 3MP1A 4G68A 4OFOA 2GHBA 3LBSA 1QW0A 3QK6A 2Q2CA 1IXCA 3T93B 4O3CA 4QFKA 3H6VA 1AMFA 3W9VA 1MDP1 4GL8A 4ELPA 4RY1A 2DE3A 3A3UA 1CB6A 3DP8A 3O2AA 3RN8A 4NF5B 1ATGA 3RNNA 5AA2A 1FTKA 1GTKA 4U1ZA 3G3IA 3K6VA 4LA9A 2GFEA 3K1MA 1NNTA 2WKYA 4QSEA 4GF8A 3TFLA 2X7QA 2X26A 3QAXA 2D5WA 5I2KA 2ZYOA 3OO8A 1MXXA 3MPLA 4RK2A 3Q26A 4ZE8A 2Y84A 4KYEA 4EXKA 3ODBA 1A99A 3HN0A 1MQDA 4YKPA 2NXOA 3OO7A 1N04A 2OWTA 2Z22A 2ESNA 1WODA 2P0SA 1S7YA 4U4XA 3K6WA 4YB5A 2F7BA 3S4UA 3USDA 4LP2B 3T9HB 4H5GA 2PMSA 2VHAA 2XX9A 2VD3A 3H4ZA 1Y3PA 4H67A 4NTLA 5H8FA 5ITOA 1SDXA 3PPQA 4YMAA 1B3LA 3EHTA 5AA1A 3M3KA 1B7ZA 2ZMBA 3K1NA 4OFJA 1AIVA 3UIFA 3FVGA 4JDFA 1NL5A 4R72A 1B5HA 5JTYB 1LBCA 2Y7RA 1L5TA 5DEXB 1B1XA 3O6GA 4ZEKA 3MZ9A 1IZ1A 2RC9A 2O51A 3I6VA 3KJ7A 1F9BA 4POXA 4R6KA 3BBRA 4THIA 3O66A 2Y7KA 3TCHA 2O6AA 3T9UA 3HHGA 5ELVA 4JSOA 4FATA 4JWOA 1LCFA 3GBBA 2VD2A 3EHUA 3TUSA 3EQ1A 1Y3NA 3OSQA 5I56B 4IO5A 1H76A 1Q35A 1ZKBA 3V89B 2Q89A 2D3IA 3FZVA 2BJJX 1B3GA 1XVYA 1ELJA 4ESWA 2DQVA 1DMBA 5I58A 1TWYA 4K3FA 3VXCA 3L6HA 3PMXA 4R2BA 3ILUB 5EYFA 4DXUA 4F1UA 1ZJLA 3CSGA 2ZNTA 3G3JA 3I5OA 3C35A 1SI0A 2YJPA 1A8FA 2B3FA 1UQWA 2F7AA 4I8CA 1B0HA 4PFWA 3H3GA 1MQHA 4FEDA 3KOSA 2QS3A 3FXQA 3ECRA 2QMWA 3IB1A 4KCDA 3DLNA 4RPOA 4WKMA 4EF2A 3IB0A 4PFUA 3QUFA 2HAVA 3K6XA 1AH5A 4QFNA 4YKJA 3MVWA 3T9VA 1JW5A 3PPPA 3PD9A 4ZEBA 2RC8A 1MQJA 2HZKA 1B2HA 1UTBB 1Y1MA 4QFOA 4LZ7A 3OMBA 3KSJA 5TP9B 4TQUQ 1N7WA 1OVBA 4H8IA 3H6WA 1B3HA 3Q25A 1D4NA 4F31B 4OMBA 3IAZA 2FNCA 3GZGA 3VVEA 4NF4A 3OOAA 3CFXA 4IGTA 1YAEA 1B5JA 4F39A 1PEBA 1IITA 3Q29A 4M1VA 3C31A 5H8HB 5K2XA 1PB7A 1P1WA 1IUDA 1R6ZA 1XC1A 3C36A 1RYXA 4NF6A 5M2VA 2H4IA 4NE4A 3RTWB 1USYE 2HEUA 2QMXA 2ZYKA 2X7PA 3JYRA 3G3HA 4ZECA 1NNFA 3IB2A 1MPBA 4XTCQ 3QUJA 3IOUA 2F35A 4EDPA 4Q0CA 2Q9TA 1JW1A 2XXRA 1QUJA 3KG2A 4LONB 1B9JA 3GBAA 1CE2A 2ZNUA 3ZKLA 4JWYA 1TFDA 4LATA 2P2AA 1NNKA 4OEVA 1M5EA 3MJNA 2F6GA 1PBQA 3HCQA 4OERA 5H8NB 5I57A 4Z0IA 3K00A 4KQPA 1IEJA 1P1UA 5J1DA 1B58A 2ZYMA 5JK4A 2ZXTA 3TEPA 1OLAA 1SBPA 3MBPA 1LAFE 3RY3A 5CMCA 1HSJA 2A5TB 1Q1KA 1IXGA 3A09A 3KOTA 4YAHX 1GR2A 5I2NA 2ANJA 1ZMGA 3N6TA 3AXFA 1LGBC 1N84A 4IB2A 4EQBA 3LR1A 4QHQA 1EH3A 4ZZAA 1QUKA 4ELRA 2REGA 5DVJA 5I84A 1SYIA 2UYFA 2O68A 4DLDA 2F97A 4N6PA 4NWCA 2XX7A 1OIBA 4M4GA 5HPQA 2CZLA 3SEVA 4F2OA 1B7HA 2ONSA 3SEYA 4GOTA 3RQTA 1M5BA 1MH3A 1MXWA 1N0TA 4IY6A 4QSCA 3PU5A 1JQFA 5L8DA 3WAFA 5AA4A 3ZSFA 4BDQA 1ZU0A 3UA8A 1Y1ZA 1ZIUA 4E0XA 4F1VA 1MM7A 4O3AA 2XXWA 1A7LA 1LFGA 1VSOA 1WVJA 2QRYA 5FHOA 3OO9A 3WAEA 3LC8A 2DYXA 4KPTA 4XKPA 1QJMA 2RCAA 3IORA 2M8CA 4JXIA 1Y3QA 3ILTB 2W7YA 2I58A 3ZKKA 2GRVA 3EN3A 1NKXA 4LZ5A 5JTYA 4YMBA 2NOOA 5DEXA 2UVJA 2PYYA 3SEUA 1US5A 3RTFB 4GXAA 5TPAA 4IGRA 3BKIB 1ZTYA 3VXBA 3U92A 1N76A 5ISUA 2XD2A 3QSLA 4YICA 4F3BA 2DP8A 4RPNA 4X48A 1SW1A 2E1SA 3MP6A 1IIWA 1MXYA 1BP5A 2XXXA 4DZ1A 2UXAA 3TTRA 3CVGA 3DELB 1OMPA 3CIJA 5I56A 2DXYA 4OESA 4OQOA 5CRYA 4GVOA 1YPNA 4GRKA 3T96B 1LBBA 3CSBA 3S9EA 5BUUA 2QPQA 2GHAA 2VGQA 1LB8A 1OLCA 3LSWA 1IQ7A 2RF1A 1B6HA 3TTNA 2HXWA 3TDJA 4BDNA 3IO4A 3ZS6A 4ECFA 4BDLA 1SI1A 1DPEA 3G3GA 4I9DA 4AB5A 1ZBMA 2RC7A 1EZ9A 3O6HA 3E13X 3MWBA 1FTOA 1POY1 3EHSA 2HZLA 1I69A 4FJPA 1R9LA 1B4ZA 4NEDA 5AE4A 4EXLA 3U8QA 3M3LA 2OZZA 1GV8A 4YB7A 1EU8A 3PUZE 4RXLA 4XKNA 2PVUA 1Z7NE 2Q88A 3OSRA 4ZE9A 4ZEIA 4QSDA 1SD3A 2QS1A 3TAJA 4NF8B 3HO7A 3TPAA 1QUIA 2OK2A 1XHYA 3S9LC 1JEVA 3O29A 4AB6A 1N7XA 5ITPA 2AL5A 5A5XA 2A5SA 4G68B 4UACA 4GLIA 1QVSA 4OHNA 4R6HA 3P7IA 1OQHA 5CM6A 4LUBA 1N3XA 1P1QA 3JV9A 3ONMA 1S50A 2HFBA 1B1HA 1A8EA 1QKBA 4N07A 5L9OA 2Z8DA 1DTGA 2O69A 2O1MA 2V93A 2FA7A 1NMUA 3O28A 4GFRA 4X1DA 2DE2A 4EQ9A 3IR1A 4MLQA 2REJA 5AA2B 3FGSA 2XXHA 3FVNA 4ESXA 5H8HA 3UORA 5I2KB 3FD3A 1LCTA 4PFYA 1BKAA 3IOWA 3TCFA 1JW4A 4PP0A 3K6UA 2AL4A 4Q5TA 3PD8A 3PUWE 3FIRA 2F8DA 2OJTA 1HSLA 1FQFA 3MUQA 3VLWA 1GGGA 2DWHA 3TCGA 4TOZA 5AA2D 3SKPA 1NNPA 4NMYA 3LSLA 3IX1A 2Z8FA 1NFTA 3CFZA 2XX8A 3QYTA 1URDA 2RCBA 2OLBA 2I0CA 4HTGA 1PC3A 1MDQA 2H25A 4IO4A 3MVZA 2F34A 5H8FB 2ONKE 2I4BA 2F78A 5TU0A 4YU0A 1H44A 5CBSA 1M5DA 4OZ9A 1TXFA 4PETA 5K2YA 3TKDA 3T22A 1LB9A 3CG3A 2O7UA 1I6QA 1FCKA 3FJ7A 1B05A 3V83A 3O6IA 1R1NA 4R73A 5CI5A 2F5XA 4R9GA 2UVIA 2O1LA 2VP1A 3OENA 4XKQA 4DXBA 5DTBA 3KSXA 4X9TA 5DT6A 4MFIA 3K02A 1JEUA 1A55A 3SESA 5CMKA 1FQBA 5ICTA 1FQCA 4Z7EA 2H99A 4KYDA 3D4CA 1JETA 4KYSA 1USYH 1NH7A 5HM4B 2H98A 4H8JA 2UVGA 4YB6A 2H9BA 3T9XB 4KCCA 3H6TA 4FECA 4KFQA 2OBGA 4ZDMA 4P0IA 2UYEA 2XXTA 3PGFA 1OQGA 2DVCA 3R7XA 4U2RA 1HSEA 3B6QA 1Y9UA 2QSXA 3RPWA 4HW8A 5IAIA 1ANFA 3MW0A 4EF1A 3SDFA 3E4RA 4OENA 2UVHA 4AQ4A 1WDNA 4TLMB 4EUOA 2KLFA 4JBZA 3LSFB 3FUZA 2QS4A 3H03A 5L9SA 3K2DA 4QRZA 2XXPA 4KR5A 3MAMA 4H5FA 1BLFA 2ABHA 1O7TA 4NF5A 4P11A 1IXIA 2HCAA 3VDFA 4FE8A 2NVUB 4GXSB 1VE4A 3VE1B 1T0KA 2Q8JA 1DTZA 3IK6B 2I48A 1FTMA 1FTJA 1QULA 5F7VA 3FJMA 1RKMA 3KFMA 1MRPA 3OEMA 3MZBA 4H65A 3N26A 4N13A 4G8HA 1EZPA 3MC2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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