4F74A

Crystal structure of active hiv-1 protease in complex with the n terminal product of the substrate ma-ca.
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase product
molecule keywords Protease
publication title Crystal Structure of active HIV-1 Protease in Complex with the N terminal product of the substrate MA-CA.
rcsb
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-05-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4f74A00
1YT9A 3VLBA 2H6TA 4YCKA 4Y4ZA 4YE3A 1XE5A 4DJXA 3Q6YA 4Y3ZA 3EMYA 4QJ6A 2NTRA 4A4QA 2P3CA 2P3DA 4MC1A 5P09A 5P5FA 2ZJJA 3UDYA 5B18A 5P0ZA 2XYFA 5P0JA 5P3YA 5P6KA 5DR7A 5DR3A 3M9FA 5P5HA 3NDXA 3NUOA 1YTGA 4H1EA 5P0SA 3FX5A 2VA6A 4NPUA 3K5DA 5KQXA 3G70A 2G1RA 2VIZA 2A4FA 3OY4A 5OZPA 5KR8A 5P7SA 3VV7A 5P8SA 3BC4A 4Y3TA 2NXDA 3NUJA 3O99A 4CPQA 2AOEA 5P0DA 2QHZA 1A94A 1BWAA 2IENA 4D8CA 1MTBA 5P6BA 1NPWA 5P81A 2V11C 2AVMA 4FE6A 1TSQA 1AIDA 1TW7A 4XKXA 3Q4BA 1FFIC 2OHUA 4HLAA 1ZLFA 2F81A 1ZPKA 5I3VA 4I8WA 1W50A 5P5NA 5P2IA 1SDUA 2G1OA 2IDWA 5HU0A 1F7AA 1B5FB 1A30A 2I4QA 5P6LA 3UF3A 5P37A 2A1EA 1TCXA 3NU4A 4YBFA 4KE0A 5OYQA 5P22A 3ZPUA 4Y3AA 3HBOA 5P0HA 5P3KA 1GVUA 2AOJA 5P5AA 3PGIA 4CPXA 1VIKA 5OZ1A 3RVIA 2QI0A 1UH8A 1BXQA 1Z8CA 4L6BA 3ER3E 3DM6A 4TRZA 2HB3A 2XFIA 5OZVA 1UPJA 5P1YA 5P4ZA 3EXOA 4Y3XA 3ZKGA 3QS1A 1MERA 2G1SA 2VA5A 3OUDA 2AZ9A 3PWRA 4HDFA 4TRWA 5P7RA 4YD6A 1HIHA 3PSGA 3ZPSA 5P44A 4LBTA 2QD6A 2VS2A 1B11A 2WKZA 2FNSA 2QU3A 4Y50A 1GVVA 5P0FA 2IS0A 5P2JA 3VCMA 3VFAA 4R91A 5P0GA 3OAGA 1NPAA 5SY2A 2PMAA 1HWRA 5P8NA 2QMPA 4IVTA 5OZ0A 3HVGA 4Y6MA 1TCWA 2V00A 3EKXA 5P8DA 3OQDA 5HDVA 3PMUA 1MSNA 3FNUA 5P4GA 1A9MA 3S43B 5P58A 3TKWA 3EC0A 5ISJA 3DCKA 3WB5A 5P7FA 1SBGA 1G2KA 1SP5A 3QVIA 4LC7A 1C6YA 2NXLA 3HDKA 3KFSA 4ZE6A 2R8NA 3MSJA 3T7XA 2NMYA 1IDBA 1W5XA 1ZTZA 1YM2A 5OZ8A 1DP5A 4QLHA 1HVLA 4AMTA 2Q11A 2CENA 3L5CA 5P3SA 3IVIA 4I0ZA 4DV9A 5HCTA 4D83A 1HTGA 1MEUA 5P51A 2WECA 1APUE 4RZ1A 5P02A 3PB5A 1G35A 5AHAA 5P05A 2Q15A 4YD5A 5JFUA 1K2BA 3T3CA 5P1CA 3VYFA 3OUAA 5P7KA 3SM2A 3SKGA 2AOHA 4HE9A 4R5NA 3IVHA 3INHA 2ER7E 5P5JA 2ZJLA 4YOAA 3KN0A 1FMBA 3PBZA 4WY6A 3FNSA 4XXSA 4OBHA 2NMZA 1FG6C 5OZHA 5P6VA 3VF5A 3DV5A 3URLA 4CPTA 3ZKQA 4LXKA 4Q1WA 5P4AA 4FIVA 5P85A 4Z4XA 5P0PA 1APVE 4RGHA 1EPRE 5P68A 4BFDA 1FKNA 5ENMA 3FV3A 5P4KA 3OQKA 5P7GA 1QBTA 1MPPA 2QNNA 6UPJA 4LHHA 5IVTA 5P4HA 3U6AA 1PPME 2VJ7A 3ER5E 5IVRA 4Y4WA 5JFPA 2V16C 2B7ZA 1T6EX 4CPWA 1YTJA 2FXDA 3O9CA 3QPJA 1APTE 1HTFA 3FNTA 3KDBA 3NWQA 3HD8A 4I8ZA 5OZRA 5P53A 1DIFA 3LHGA 1K1UA 2HM1A 1FEJC 4TRYA 5P2KA 5P6QA 5OZWA 1B6JA 1C70A 3INFA 1PSNA 1BV7A 4CP7A 4PEPA 5P17A 5P1VA 5DQ2A 1LYBB 4DJYA 1RQ9A 3S7LA 5P61A 2I1AA 2NPHA 3H0BA 1T7JA 5P5VA 5P88A 3DJKA 3QP0A 3L38A 4L1AB 2VA7A 5P2DA 5P66A 2AOFA 5P8AA 4DH6A 5P40A 3EL9A 5AHCA 2BKTA 2PSUA 2AOIA 5P5KA 2PYMA 1HEGE 5P34A 4M8YA 5OZLA 1AM5A 5P8TA 4EWOA 1HVRA 4OD9A 4TVHA 5EZXA 1QBUA 2O4SA 3UDRA 1K6TA 3SACA 2QI4A 5OZAA 4FCOA 5P16A 4YBIA 5P0NA 2BBBA 3TL9A 4DJQA 3DK1A 5OYXA 3EKYA 5P2AA 5P04A 5P2TA 4GB2A 5P7TA 3ZMGA 2VIEA 2QD8A 3S7MA 5P6GA 5P4MA 2HAHA 4NJSA 4B72A 1ENTE 4J54A 4D88A 3LPIA 5P0QA 1IZIA 1RNEA 3SA4A 3BVBA 2OF0A 5P3LA 1HBVA 2BPWA 3TPLA 4HVPA 3VF7A 1GVWA 3T11A 3PJ6A 5AH8A 5P4CA 1PSAA 2XYEA 5P6UA 2O4NA 1A8GA 1YG9A 4RCEA 1FQ4A 1N49A 1TSUA 3DV1A 4H3IA 3QRVA 5IE1A 4AA8A 3UDNA 3B7VA 5HE5A 1DPJA 1EPOE 2RSPA 2J9JA 3BGCA 2OHLA 5P8GA 3L58A 4DQGA 5P45A 2ASIA 5P3IA 3PRSA 2HPEA 2ZHUA 1LF4A 1BDQA 3NDUA 2ZHRA 3EKQA 3ZKNA 3QIHA 4RYCA 3QN8A 2Q3KA 1HTEA 3OHHA 3UDMA 3GGXA 2ZHSA 3NYGA 3ECGA 3TPRA 7HVPA 2I4UA 1D4LA 5P69A 5P1OA 1AJXA 5P00A 1WKRA 5P2UA 1FIVA 3OUDB 1ER8E 1XN2A 1EC1A 3URJA 4K8SA 5P07A 3G6ZA 3TKGA 4GJ7A 2G22A 3PHVA 5P1RA 3GGUA 5HDUA 1D4JA 1VIJA 2JXRA 1MVPA 4FRIA 3OAGB 5P1ZA 2FDPA 5C9FA 1HSHA 3R0WA 4LXAA 4Y3DA 2OAHA 5P19A 4J1IA 3EKTA 1HOSA 5OYUA 2R3WA 5OYYA 5P6IA 3HAUA 4DQBA 5SXNA 3NU3A 4J1FA 4RVIA 1ODWA 5IS4A 3DOXA 2V12C 3O9GA 2AZBA 3TOGA 5IVQA 3ZKXA 3KA2A 1B6PA 4U7QA 4I11A 5ER1E 5P86A 4RLDA 1KJFA 3PSYA 3SKFA 3NXEA 1ZJ7A 2I0AA 4GZFA 5P0WA 5OYSA 5P5MA 5AH7A 3BUGA 5JODA 2FIVA 1SIVA 1DW6C 4ACXA 4PHVA 5ISKA 2G1YA 5P6AA 5P4FA 5P7IA 5P2XA 2XFJA 1D4HA 3PM4A 1LYWA 4A6BA 4Y36A 4Z22A 5P8QA 2I4DA 2F3KA 1IVPA 2PK6A 3NDTA 4DFGA 4EJLA 4H3JA 1UH7A 5P70A 4RVJA 2QCIA 3IXJA 3L5FA 5P0UA 1PSOE 5OZSA 4OBJA 1WBKA 1LF3A 1K1TA 5P1DA 3D1ZA 2B42A 5P65A 3MSLA 2QI3A 1NH0A 2PWCA 1GKTA 4ZSMA 5OZGA 2G26A 1SDTA 1SMEA 1ODYA 3OXWA 2QZXA 5HE4A 1K6VA 1LS5A 5P1LA 2WF1A 5P8VA 3L5DA 3VYDA 4Y3JA 3WZ7A 1IVQA 4R93A 3ZKSA 2HS1A 5P7HA 5P6JA 1D4YA 4Y35A 5P72A 1HEFE 2I4WA 5P2EA 1NSOA 5P0RA 4J0TA 3CMSA 3IA9A 1CZIE 3O9AA 5P1HA 3UDQA 1HVIA 2R3TA 4Q1YA 4Y3GA 3G72A 1QRPE 3IGBA 5P7LA 5OZQA 5COOA 5P3TA 3NU6A 3QBHA 2RMPA 5P2YA 4FL8A 3BXRA 4Y5AA 3LIYA 5P6EA 5P63A 1EPNE 3LIXA 5P74A 2P83A 3I6OA 3TOFA 2ZHTA 4QGIA 1M4HA 3TLHA 5P89A 3UDJA 5P4TA 3I8WA 2JJIA 2HPFA 4B1EA 4BFBA 2O4LA 3NDWA 4Y4AA 2FNTA 5P46A 4BEKA 3OHFA 4GMIA 3KDCA 4Y39A 1HVCA 1D4IA 3RTNA 2HIZA 2R38A 5P3UA 3HW1A 4KB9A 4D89A 1B6LA 5P8BA 5P0BA 3LIQA 5DGUA 3O9LA 3Q70A 4OD9B 5P36A 2BPXA 1KJHA 1HSIA 2IEOA 2NR6A 5P82A 5P2CA 3LZUA 1W51A 2IKOA 1CPIA 1FMXA 4AUCA 5P8LA 3GGVA 5P6HA 5P7ZA 1D4KA 4DUSA 1PROA 4XX3A 3RSVA 1FFFC 3OQFA 2ZDZA 5P4WA 3IAWA 4DQHA 5P5XA 1GNNA 4F74A 4L7JA 5OZTA 5DR1A 4EPJA 5DQ5A 5P7WA 4DJOA 5P0MA 2PWRA 4YDGA 3OADA 4K4PA 2VNNA 4YD3A 4Y5GA 3SA8A 5P3DA 2NNKA 3CKPA 3CKTA 5P4DA 5P78A 1SDVA 2PSGA 1EBKC 3QAAA 2G20A 1EC2A 2QZLA 5CLMA 5OZMA 1SIPA 3R1GB 2G24A 3VSWA 5OZ7A 4F76A 5P5DA 5P62A 3PBDA 5P14A 3VV6A 2FGVA 2G94A 3TH9A 3SABA 4GIDA 2IRZA 2ZE1A 3PMYA 1T6GA 1KJ4A 4L7HA 4Y5CA 2J9JB 5I3WA 5OZYA 3T7PA 2PH8A 5P2MA 2QAKA 5P6DA 1B6KA 3QVCA 3B80A 3TTPA 5P83A 1Z1HA 4Y57A 4Y5BA 4J1HA 4QJ8A 4Y3SA 1OEWA 5P47A 5AGZA 3KYRA 3O9IA 1MRWA 1OD1A 2R5PA 5AHBA 3S8IA 3LPJA 5OZUA 5P8EA 1RV7A 5P2OA 1MT8A 3UHLA 3U71A 1EBYA 2QK5A 3APRE 4Y43A 4Y3FA 5P1BA 1BXOA 9HVPA 4EJDA 2H6SA 5DQCA 4HDPA 8HVPA 4HZTA 4MC2A 3UDPA 1IBQA 1EPPE 4DPIA 4B77A 3WSJA 3OWNA 4GJ6A 5AH9A 4EXHA 4ER1E 4PZXA 3EM4A 5P3PA 5P8MA 3IXKA 3HLOA 4OBKA 4COEA 1ZSRA 2WHHA 2BPYA 5P55A 3PLLA 3WZ6A 2AVVA 5P18A 1D4SA 5P06A 3SA9A 5P27A 1FMUA 4QJ9A 4U8WA 5P7DA 5OZIA 5P5QA 5P6WA 3PI5A 5DR0A 2WF3A 3S53A 1WBMA 5P5OA 3KF0A 4ZSRA 4NJTA 3CKRA 1XS7D 5F00A 3RTMA 4NJUA 5I70A 2IL2A 1W5WA 4YA8A 4R92A 4XX4A 3RTHA 5P42A 3K4VC 4I10A 5KR2A 2QMFA 3S85A 4TVGA 2ER6E 4Y5PA 2F80A 4U7VA 4JP9A 5P0CA 3L5EA 5P4UA 3L3AA 5P5YA 4DJRA 4ZLSA 4OC6A 2Q63A 3UQPA 4J0PA 4X2LA 5P43A 4OBGA 4DJWA 1M43A 1MTRA 3DCRA 5P87A 4B78A 1LYWB 3VEUA 3PCZA 3KMXA 4DQFA 2AVSA 4JOOA 4I0GA 5P2RA 2V10C 4WY1A 4Y4DA 4N00A 5P33A 1FGCC 5P7YA 3BHEA 4WTUA 4EJ8A 3PWMA 2QNQA 1SGZA 1FQ5A 5P1WA 4DQCA 5SY3A 1HTRB 4Y3LA 5P4VA 1FQXA 4H3GA 3LZVA 1E81E 5P2WA 2AOCA 1UH9A 1DMPA 2ZGAA 2QI7A 5P67A 2BPZA 4ACUA 3HZCA 5P7EA 3DUYA 1RPIA 5P4RA 4YCYA 3AIDA 4J0VA 3IN3A 3TPPA 1HIIA 5P0OA 2BB9A 3KT5A 3L59A 3LNKA 5P2FA 1HPOA 1META 5KQZA 5P8IA 5P4QA 5KR0A 5FIVA 1ZSFA 4LP9A 5P6YA 5P7AA 4FM7A 5P0YA 5P50A 4J5JA 1IDAA 5P1QA 5P6RA 2NNPA 5P8RA 5P6NA 4QJ2A 5P12A 2FLEA 3K5CA 1SH9A 5P1IA 3S45A 1HPXA 5P1EA 4CKUA 4APEA 4HA5A 4JPCA 3AUPA 5OZ5A 5P3EA 4YDFA 4Y4XA 3KFPA 4FGXA 1KJ7A 5HDXA 2O40A 5P5UA 3PWWA 1AXAA 3RSXA 1G0VA 4Y3RA 5ER2E 1EPLE 5AH6A 5P2GA 1YTIA 3MSKA 5P7XA 4RRSA 5P3VA 2P3AA 5P7MA 5UPJA 2I0DA 3VG1A 1IIQA 3TNEA 3ZLQA 1FF0C 5DPZA 4ZEAA 4IVSA 2OHRA 4Y5EA 2RKGA 3KDDA 5OZFA 1EPQE 3UQXA 4LL3A 1K6CA 4YD7A 4FAEA 4DVFA 3O9LB 5OZ2A 4CPSA 2WJOA 5SZ9A 5HD0A 3NU9A 1MT7A 1FQ6A 3D1XA 2O4PA 2QMDA 1M0BA 2QHYA 1BBSA 3GGAA 1FQ8A 2QP8A 1KZKA 5OZKA 4LXMA 4ZPFA 3EKWA 2HC0A 5DR4A 2UXZA 5P5IA 5P7OA 3O9FA 4APRE 2OHPA 1RL8A 4I0HA 1KJGA 1U8GA 3QRMA 3UTLA 5P0AA 4HEGA 5P2NA 3OADB 3QROA 4Y47A 3OU4A 1MESA 3SA6A 5OZBA 4A6CA 2ER0E 5P7QA 3OU1A 4I0FA 4PYVA 4Y9WA 1EC3A 3TOHA 2HB4A 3N4LA 1HXWA 5P0KA 1LEEA 4EP3A 3PEPA 4FRKA 4ZPEA 3CIBA 3LIZA 2OHQA 2WL0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YT9 A;  3VLB A;  2H6T A;  4YCK A;  4Y4Z A;  4YE3 A;  1XE5 A;  4DJX A;  3Q6Y A;  4Y3Z A;  3EMY A;  4QJ6 A;  2NTR A;  4A4Q A;  2P3C A;  2P3D A;  4MC1 A;  5P09 A;  5P5F A;  2ZJJ A;  3UDY A;  5B18 A;  5P0Z A;  2XYF A;  5P0J A;  5P3Y A;  5P6K A;  5DR7 A;  5DR3 A;  3M9F A;  5P5H A;  3NDX A;  3NUO A;  1YTG A;  4H1E A;  5P0S A;  3FX5 A;  2VA6 A;  4NPU A;  3K5D A;  5KQX A;  3G70 A;  2G1R A;  2VIZ A;  2A4F A;  3OY4 A;  5OZP A;  5KR8 A;  5P7S A;  3VV7 A;  5P8S A;  3BC4 A;  4Y3T A;  2NXD A;  3NUJ A;  3O99 A;  4CPQ A;  2AOE A;  5P0D A;  2QHZ A;  1A94 A;  1BWA A;  2IEN A;  4D8C A;  1MTB A;  5P6B A;  1NPW A;  5P81 A;  2V11 C;  2AVM A;  4FE6 A;  1TSQ A;  1AID A;  1TW7 A;  4XKX A;  3Q4B A;  1FFI C;  2OHU A;  4HLA A;  1ZLF A;  2F81 A;  1ZPK A;  5I3V A;  4I8W A;  1W50 A;  5P5N A;  5P2I A;  1SDU A;  2G1O A;  2IDW A;  5HU0 A;  1F7A A;  1B5F B;  1A30 A;  2I4Q A;  5P6L A;  3UF3 A;  5P37 A;  2A1E A;  1TCX A;  3NU4 A;  4YBF A;  4KE0 A;  5OYQ A;  5P22 A;  3ZPU A;  4Y3A A;  3HBO A;  5P0H A;  5P3K A;  1GVU A;  2AOJ A;  5P5A A;  3PGI A;  4CPX A;  1VIK A;  5OZ1 A;  3RVI A;  2QI0 A;  1UH8 A;  1BXQ A;  1Z8C A;  4L6B A;  3ER3 E;  3DM6 A;  4TRZ A;  2HB3 A;  2XFI A;  5OZV A;  1UPJ A;  5P1Y A;  5P4Z A;  3EXO A;  4Y3X A;  3ZKG A;  3QS1 A;  1MER A;  2G1S A;  2VA5 A;  3OUD A;  2AZ9 A;  3PWR A;  4HDF A;  4TRW A;  5P7R A;  4YD6 A;  1HIH A;  3PSG A;  3ZPS A;  5P44 A;  4LBT A;  2QD6 A;  2VS2 A;  1B11 A;  2WKZ A;  2FNS A;  2QU3 A;  4Y50 A;  1GVV A;  5P0F A;  2IS0 A;  5P2J A;  3VCM A;  3VFA A;  4R91 A;  5P0G A;  3OAG A;  1NPA A;  5SY2 A;  2PMA A;  1HWR A;  5P8N A;  2QMP A;  4IVT A;  5OZ0 A;  3HVG A;  4Y6M A;  1TCW A;  2V00 A;  3EKX A;  5P8D A;  3OQD A;  5HDV A;  3PMU A;  1MSN A;  3FNU A;  5P4G A;  1A9M A;  3S43 B;  5P58 A;  3TKW A;  3EC0 A;  5ISJ A;  3DCK A;  3WB5 A;  5P7F A;  1SBG A;  1G2K A;  1SP5 A;  3QVI A;  4LC7 A;  1C6Y A;  2NXL A;  3HDK A;  3KFS A;  4ZE6 A;  2R8N A;  3MSJ A;  3T7X A;  2NMY A;  1IDB A;  1W5X A;  1ZTZ A;  1YM2 A;  5OZ8 A;  1DP5 A;  4QLH A;  1HVL A;  4AMT A;  2Q11 A;  2CEN A;  3L5C A;  5P3S A;  3IVI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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