4F9DA

Structure of escherichia coli pgab 42-655 in complex with nickel
Total Genus 232
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
232
sequence length
604
structure length
592
Chain Sequence
PWPHNGFVAISWHNVEDEADQRFMSVRTSALREQFAWLRENGYQPVSIAQIREAHRGGKPLPEKAVVLTFDDGYQSFYTRVFPILQAFQWPAVWAPVGSWVDTPADKQVKFGDELVDREYFATWQQVREVARSRLVELASHTWNSHYGIQANATGSLLPVYVNRAYFTDHARYETAAEYRERIRLDAVKMTEYLRTKVEVNPHVFVWPYGEANGIAIEELKKLGYDMFFTLESGLANASQLDSIPRVLIANNPSLKEFAQQIITVQEKSPQRIMHIDLDYVYDENLQQMDRNIDVLIQRVKDMQISTVYLQAFADPDGDGLVKEVWFPNRLLPMKADIFSRVAWQLRTRSGVNIYAWMPVLSWDLDPTLTRVKYLPTGEKKAQIHPEQYHRLSPFDDRVRAQVGMLYEDLAGHAAFDGILFHDDALLSDYEDASAPAITAYQQAGFSGSLSEIRQNPEQFKQWARFKSRALTDFTLELSARVKAIRGPHIKTARNIFALPVIQPESEAWFAQNYADFLKSYDWTAIMAMPYLEGVAEKSADQWLIQLTNQIKNIPQAKDKSILELQAISSQQLAHWMSLLQLNGVKNYGYYP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The Structure and Metal Dependent Activity of Escherichia coli PgaB Provides Insight into the Partial De-N-acetylation of Poly-b-1,6-N-acetyl-D-glucosamine
pubmed doi rcsb
molecule keywords Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli
total genus 232
structure length 592
sequence length 604
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.5.1.-:
pdb deposition date 2012-05-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01522 Polysacc_deac_1 Polysaccharide deacetylase
A PF14883 GHL13 Hypothetical glycosyl hydrolase family 13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4f9dA02
3.20.20.370 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycoside hydrolase/deacetylase 4f9dA01
4D6EA 3CHCA 1QHZA 2FDMA 3CHEA 1QNOA 2BNJA 4AXNA 4A4AA 1JYXA 4MNLA 3CMGA 4D6GA 1C8XA 3SUTA 1BG4A 4QLKA 1PJ9A 1JXKA 3DYOA 3FAWA 4BZYA 1CXHA 2XSBA 3MMDA 3WNMA 1V3MA 2C1IA 4MADA 2YDRA 4EAMA 2WMIA 1XCXA 3ARTA 2QV5A 4TX8A 1LG1A 4WF7A 1VEPA 2XPKA 4IPLA 1LL7A 1V6WA 1CGWA 4KGJA 4GZIA 2QV4A 1IV8A 4MB4A 3ZR6A 4B9ZA 1WDQA 4JFUA 3AROA 4WSKA 3TOPA 4NYUA 1G01A 2CETA 5AC5A 1E4NA 2WC7A 2BXYA 3T09A 5I3DA 4OOZA 1LF1A 5BYWA 1TVPA 2GSJA 4BQ5A 4WCJA 1ZJBA 4Q7NA 4F9DA 2BV9A 4D72A 1G9HA 1BG9A 1CXKA 4J3VA 2PWHA 5IXEA 4JFWA 1BYAA 3WF4A 2J7DA 2QLYA 2GJPA 4AIOA 1B90A 3BSGA 2PF0A 1ZU8A 2VX5A 3IAPA 3MUAA 3ARSA 1V08A 4PEEA 4Z2LA 3VM7A 3N17A 2D23A 1DWFM 4FLQA 4ZXLA 3M46A 2W67A 2NSXA 3WD1A 3VGFA 3AMDA 2E67A 2DPEA 2WHLA 4TX6A 2RGMA 3L4XA 3QHMA 4H8HA 6CGTA 3VD4A 2OYLA 2G4FA 3FW6A 1UKPA 2DT1A 2WMFA 5A94A 3VGDA 2E8ZA 3S6TA 3THCA 4IM4A 1HP4A 2J7GA 1FFQA 1WZKA 2AOSA 1SR0A 1D7FA 1BAGA 2YA2A 1HX0A 1H09A 3AOFA 2VC9A 3RJXA 1VB9A 5GNZA 1G0CA 3VNYA 4DWSD 4JHOA 3VIJA 2ZUMA 3BAXA 1GNXA 1PX3A 4M82A 2WHKA 3WENA 1HN1A 3FNDA 1JYVA 1UWSA 4MDPA 1UWQA 1QI3A 4W8AA 2VZOA 5CGMA 1N82A 2VX6A 3WD0A 4MTVA 1WZLA 4A3YA 5A6LA 2BHYA 3SCRA 3MV01 1FH9A 1UD2A 1OCQA 2WVVB 2WZEA 2J8FA 4U10A 1V0NA 4AMCA 2VCCA 2ZX6A 3VU2A 4PYSA 4QCEA 1XGZA 1AQMA 1HVXA 1W9UA 3ARUA 3LMYA 4NYYA 3MSDA 3ZJ7A 3M07A 3CZJA 4UNIA 3IJ8A 1UA7A 3POHA 4OBSA 2CXGA 2J77A 2VJXA 1QOXA 2FGZA 3BAKA 1JZ7A 1KXTA 1BSIA 5CQ1A 3MANA 1VF8A 2F2HA 1FH7A 3DHUA 4D1JA 1H4PA 2XGBA 3KWXA 5JBEA 4H04A 1NARA 2CNCA 3SURA 1WAWA 5M03A 3AICA 1DWGM 1C92A 4QCFA 1H2JA 2UY4A 2ZXDA 5A95A 4PTWA 3RMEA 1C7SA 2CITA 1Q6DA 4PMNA 2O9RA 3VOCA 5BXSA 2A3HA 3WNNA 3BMWA 1FOBA 2WLZA 1E70M 4W89A 3PTMA 2DH3A 3VNZA 4KGLA 2V5DA 3CL8A 3HFTA 4QDMA 1B3YA 1UKTA 4ML4A 3RPMA 1KWGA 5TD4A 1KBKA 1QBAA 5CZKA 1V6YA 5JUVA 2ZXAA 4U31A 4B16A 3LPOA 3F5LA 1E71M 2ZXQA 3GH7A 2J78A 3CHDA 2XSAA 3EBVA 1ISXA 2E8YA 3AXIA 2DIEA 4U5KA 4U2YA 1E56A 2QPSA 3WSUA 1CXLA 1JAKA 3WD4A 1QHPA 1MXGA 4X0NA 5I24A 3GXMA 3NUKA 1HJSA 4Z2HA 1JI2A 4E8CA 2GJXA 4PMRA 1E1FA 5GPRA 3F5JA 1E0WA 4J3XA 1AQHA 1KQYA 1J9YA 4MB5A 1PZ3A 2EPNA 3ZJ8A 2WVSA 2UY2A 3OLEA 3T08A 2J62A 4GQRA 4AZ7A 3QHNA 3QGVA 1H41A 2XGIA 1HL9A 1Z32X 3VGGA 5EFFA 1J0ZA 3MUIA 4UFIA 2DDXA 4UQDA 5IFTA 2W5FA 1UR0A 4UQAA 2J13A 3UERA 3KL5A 5CGTA 4FLSA 4HPGA 1JZ2A 3NYDA 4F66A 1M01A 1OINA 4CVUA 4D6JA 1NP0A 2JALA 1EOKA 2EEXA 1UWRA 2Y24A 3ZM8A 3CHFA 4E8DA 1FP9A 2JIEA 1B31A 4PMQA 3CO4A 2G41A 1LJYA 1H3GA 1VFOA 4TVUA 3O6AA 2JFEX 2Z1KA 2VZTA 3U7VA 1XCWA 4LYRA 2D0GA 4U2ZA 3AYRA 2G8ZA 4AD4A 3GYCA 3WBAA 3HU7A 3PZ9A 2DSUA 3BAWA 1C7TA 1BLIA 1EOMA 1UD5A 3GNPA 3NJ3A 2NT1A 2GK1B 1J10A 2WZIA 2WC3A 3NSNA 1JI1A 5A3HA 3WDQA 5GNYA 3MUZ1 3CUJA 3OB8A 2HISA 1J0JA 3MUY1 2J8GA 1I1WA 1UA3A 4HOZA 3WF0A 3WNOA 5C70A 1PZ2A 4AD1A 5FCZA 3NDYA 3SCQA 3VDBA 1PEZA 5D9MA 2DIJA 1LG2A 4U33A 4PUDA 5IHSA 1JFHA 1NOWA 2CIPA 3WQ4A 3SCOA 3LPPA 1MXDA 4ACZA 3ZIZA 1KB3A 2WMJA 1XC6A 4GIAA 4TTGA 2J7EA 4AW7A 5A6KA 2W91A 5IFPA 3T2QA 4QLJA 3NDZA 1EXPA 1BPLB 1EIBA 4X0VA 3VIGA 4DWSA 5HOSA 1V3IA 4S3KA 2DGAA 2YA0A 1JYNA 2DT2A 4CU6A 2RGLA 4JHZA 3PHAA 4ZFMA 1OM0A 2Y2WA 2BVYA 3O9NA 3GH4A 3FHQA 2J25A 1KWKA 3OZPA 1E6QM 3WFLA 4M81A 1HXJA 3T2PA 4TOQA 5I5RA 4Z2JA 3HN3A 1B3XA 3AMLA 2X09A 1XD0A 3CH9A 3QBUA 3F4VA 1W9PA 2FH6A 1JD9A 1OIMA 1CIUA 3SCPA 1H11A 4PUEA 1RPKA 1VFUA 2VMFA 2VUYA 4UFKA 4P7RA 1B3VA 2GUYA 2WBKA 4CCDA 5CJ5A 1KXQA 2AMGA 3VVGA 1Q6GA 1XD1A 2V3FA 2GJXB 4AD2A 1JGIA 2VX7A 1W2PA 1EHNA 1ITXA 1QNRA 4E4PA 2BS9A 2EPMX 3CZGA 2ZUUA 4C7DA 5CG0A 1FA2A 3AMCA 5BCAA 1V3LA 1E72M 1OSEA 4QLLA 4NZ3A 2QMJA 2QMKA 3T0DA 2BVDA 4J7RA 1R7OA 1XYFA 3N11A 2J75A 3WF2A 3PZOA 3VPLA 3AXXA 1UG6A 1MFVA 4J28A 1UD8A 4LPCA 2CEQA 3ARWA 1EA9C 3EDFA 4MJ2A 4QAWA 3ECQA 1X6LA 4B3KA 3TA9A 2IW0A 4TXEA 4HPHA 3EDKA 3VD9A 2OWCA 4XX6A 4ATLA 3SCVA 3T0BA 4RL3A 4WK9A 5D8WA 3S2CA 2X2YA 2WB5A 1V0KA 4JL2A 4C7GA 1JIBA 1W32A 5BRQA 3T0AA 2WWDA 3AZSA 3DC0A 3AIRA 5C71A 2UY5A 2XVGA 2E9MA 2J79A 1GQLA 2FGLA 4M29A 3BLKA 4WKHA 3VX1A 4M1BA 3WMCA 3W37A 1WE5A 4RE2A 3APGA 4ACYA 1JD7A 4AC1X 1NWTA 2QF8A 1OIFA 3WF1A 2BXZA 1F4HA 4P7LA 2F61A 3WQWA 4B15A 2O9PA 3W24A 1V02A 3UR7A 5JBFA 2Q8XA 1BVZA 2NT0A 3AIWA 3MO4A 4HMEA 3DYMA 1RP8A 3W27A 1OD0A 4YN5A 1OT1A 2WCAA 1CDGA 2XVKA 1PBGA 2CC0A 2WVVA 3AIUA 4JFVA 3EDJA 1WDRA 4DUWA 4AEEA 3BH4A 3CL7A 4E2OA 3DYPA 3PBGA 1TA3A 1PX8A 1V6XA 4ACZB 5I6SA 3WMBA 1QI2A 1BYDA 2Y8UA 2VRQA 4W7UA 4W85A 3TP4A 4W5UA 4GINA 1W9XA 3RDKA 2V38A 1HNYA 4HOWA 3QR3A 2D24A 1J0YA 2VCAA 5E09A 4JAWA 2BHZA 2DFAA 1ZS2A 5I78A 1UR4A 4DWSB 4K68A 3QOKA 2ZE0A 4YHEA 4W7VA 3VMOA 1E3XA 1MW2A 1K6AA 1QPKA 3QOMA 3W82A 2E0PA 1JZ6A 3JUGA 4LGXA 4PTVA 4UZUA 1DWJM 1UWIA 2ESCA 1WZAA 3CUIA 1RD6A 3KL3A 4UFJA 3O2LA 4HZ6A 1LQ0A 3K1DA 2J7FA 1W17A 1HP5A 2YBTA 1B2YA 4D6HA 4JL1A 4AZBA 1JZ4A 4L1GA 3FAXA 3WDHA 1A3HA 1VEOA 1E6SM 2VL4A 4NZCA 4V2XA 5LA2A 4HD5A 3VILA 3WL1A 2V3EA 1US2A 4UQCA 3CZ8A 1V0LA 1J18A 1CYGA 2BHUA 2ZX8A 1QI5A 3CTTA 5IDIA 3SCSA 1U33A 1KCLA 2EJ1A 4J3WA 1L8NA 2YL6A 4BQ3A 3A3HA 4PRWA 2JEQA 3WD2A 3CUHA 3VGHA 1J0IA 1HIZA 3PN8A 1W1PA 4AZCB 1OT2A 2IXVA 4EKJA 2HVMA 4OBRA 2F8QA 1IZKA 1VJZA 3WUEA 1JDAA 3U7BA 1XSKA 1H0IA 1W1A1 3AIQA 2NW0A 1CGXA 5JBDA 3I3BA 4CU7A 2XIBA 3VD5A 3AQUA 3WQ5A 5DF0A 1HJWA 1GPFA 1QW8A 3GM8A 1W3JA 3VIFA 2CKRA 4ZE4A 1JAEA 1QBBA 1KCKA 2C1GA 1UZ4A 1CXIA 1PIGA 2A3EA 1VBRA 2XM1A 3ZOAA 2CERA 1GUVA 5ABEA 3VKKA 4W84A 4HU0A 5CPSA 1E43A 1LL6A 4N42A 3CZKA 4F79A 5F7UA 1W1VA 4D1IA 1JZ5A 5EMYA 3W25A 4H8VA 4UOJA 3MMWA 4L4OA 1O7AA 3VMNA 3L2LA 3GXFA 2XFRA 1OBAA 1XW8A 4HA1A 2PWGA 4CD7A 1OD8A 1V02E 4CVWA 1E1EA 5LA0A 3WNLA 2ZX5A 4TTUA 4GI6A 2DSZA 3PZMA 3AI0A 2ZICA 3WEZA 4BS0A 2G3JA 1HVQA 2ZWZA 3S6OA 3WNKA 3AZTA 3SEPA 1DHKA 1R87A 2ZX7A 2GK1A 5D8ZA 4IUGA 4TVCA 4XZBA 3A4WA 1ISVA 4XB3A 1TA3B 3RILA 3BMVA 2VRKA 3BAIA 2Z1SA 3ZQ9A 2FHCA 4PN2A 3WQVA 3CMJA 3WH5A 1J11A 3BAJA 2G3NA 1VRXA 4YHGA 1JDDA 3K4DA 4QP0A 1MQPA 2I5IA 3VIKA 2J7HA 4HA3A 4V33A 1OWQA 3I3EA 1EO7A 4CU8A 3WKZA 3UESA 1D2KA 2EPKX 2J4GA 4W93A 4JFSA 1HKIA 2WLYA 1BTCA 2EBNA 1SMDA 2ZUSA 1V0MA 2WAGA 4OUEA 5A8PA 5BXTA 4W8BA 3W38A 4LYPA 3GNRA 3L4TA 2PBOA 4AISA 1EGZA 2DT0A 1FH8A 4AWEA 1H0GA 1H49A 4JFTA 1B1YA 1GHSA 4M24A 2O9OA 4MJ4A 1KXHA 5A69A 1LWJA 3AYSA 5A2CA 1NH6A 2E9BA 1GONA 3CUFA 1ODUA 4HTYA 4DWSC 1ESWA 3TTYA 3KEHA 4LX4A 5AY7A 3CGTA 5M5DA 4P7NA 4R27A 1GVIA 3FY1A 3WIJA 2WKLA 2CKSA 4AD3A 5FL1A 1HKJA 3ALFA 2PWDA 1TE1A 4P8WA 4HMDA 1QNPA 3EMQA 4CCCA 2ZX9A 2J7CA 4WIWA 4YPJA 1JZ3A 4AZGA 2XJ7A 3WDJA 5A6JA 1QI4A 2ZWYA 1E5JA 1WDSA 2WCSA 1NP2A 1Q6CA 5E0CA 2NLYA 1KR0A 4LY4A 3BCDA 1ZB5A 1HJXA 3ZT5A 2WNWA 1ODZA 5ABFB 4DM1A 3ZT6A 4M80A 1GHRA 3AFBA 3MS8A 1K9EA 3OBAA 5IHRA 4DM2A 4URIA 4NF7A 3WD3A 3ARPA 3N13A 1TZ7A 2B31A 1OGGA 3OLGA 4W8LA 2CBUA 1JYWA 1LL4A 1FP8A 3WH9A 3UG4A 4M1RA 4TVDA 1R8LA 3RCNA 4CD8A 1JNEA 5D4YA 2DH2A 1NOUA 1CBGA 2GDUA 4CCEA 5A8OA 1M04A 2YKKA 4N0RA 3LPGA 3WDIA 1HKKA 1OB0A 5EB8A 5I2UA 1EH9A 2DT3A 3BSHA 2OYKA 1C3FA 4C7FA 1KFWA 4TUFA 3BAYA 4AIEA 5CPQA 3VTRA 1WZMA 1E4MM 3N1AA 3UG3A 3FN9A 1MVYA 1SYTA 5BU6A 2WPGA 3AHXA 3VM5A 3KL0A 5BWFA 3GBEA 1W1B1 1V6TA 3K46A 3RM4A 1V3JA 1J0HA 1PAMA 4HOXA 2YJQA 1WB0A 1C93A 2VZVA 1EDGA 2J7BA 1CGUA 5FL0A 2CCRA 1AVAA 4ZXOA 4J3UA 1UKOA 3PZIA 5A6AA 1C90A 1J01A 2O9TA 1B0IA 1HF6A 4PSPA 1XH0A 2XG9A 3ZSSA 4W5ZA 2Y5EA 4PCSA 4PBGA 4UQBA 2OWXA 2EXOA 1E9LA 4GKLA 2CBIA 3WQ8A 3DHPA 1W3KA 3TTOA 2C79A 1X1NA 8A3HA 4CN6A 1GJWA 1E0XA 5DO8A 1M53A 4WJXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4D6E A;  3CHC A;  1QHZ A;  2FDM A;  3CHE A;  1QNO A;  2BNJ A;  4AXN A;  4A4A A;  1JYX A;  4MNL A;  3CMG A;  4D6G A;  1C8X A;  3SUT A;  1BG4 A;  4QLK A;  1PJ9 A;  1JXK A;  3DYO A;  3FAW A;  4BZY A;  1CXH A;  2XSB A;  3MMD A;  3WNM A;  1V3M A;  2C1I A;  4MAD A;  2YDR A;  4EAM A;  2WMI A;  1XCX A;  3ART A;  2QV5 A;  4TX8 A;  1LG1 A;  4WF7 A;  1VEP A;  2XPK A;  4IPL A;  1LL7 A;  1V6W A;  1CGW A;  4KGJ A;  4GZI A;  2QV4 A;  1IV8 A;  4MB4 A;  3ZR6 A;  4B9Z A;  1WDQ A;  4JFU A;  3ARO A;  4WSK A;  3TOP A;  4NYU A;  1G01 A;  2CET A;  5AC5 A;  1E4N A;  2WC7 A;  2BXY A;  3T09 A;  5I3D A;  4OOZ A;  1LF1 A;  5BYW A;  1TVP A;  2GSJ A;  4BQ5 A;  4WCJ A;  1ZJB A;  4Q7N A;  4F9D A;  2BV9 A;  4D72 A;  1G9H A;  1BG9 A;  1CXK A;  4J3V A;  2PWH A;  5IXE A;  4JFW A;  1BYA A;  3WF4 A;  2J7D A;  2QLY A;  2GJP A;  4AIO A;  1B90 A;  3BSG A;  2PF0 A;  1ZU8 A;  2VX5 A;  3IAP A;  3MUA A;  3ARS A;  1V08 A;  4PEE A;  4Z2L A;  3VM7 A;  3N17 A;  2D23 A;  1DWF M;  4FLQ A;  4ZXL A;  3M46 A;  2W67 A;  2NSX A;  3WD1 A;  3VGF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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