4FAJA

Structure and mode of peptide binding of pheromone receptor prgz
Total Genus 174
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
174
sequence length
507
structure length
507
Chain Sequence
VEQVATLTAGTPVQSLDPATAVDQTSITLLANVMEGLYRLDEKNQPQPAIAAGQPKVSNNGKTYTIVIRDGAKWSDGTQITASDFVAAWQRVVDPKTVSPNVELFSAIKNAKEIASGKQAKDTLAVKSIGEKTLEIELVEPTPYFTDLLSLTAYYPVQQKAIKEYGKDYGVSQKAIVTNGAFNLTNLEGVGTSDKWTISKNKEYWDQKDVSMDKINFQVVKEINTGINLYNDGQLDEAPLAGEYAKQYKKDKEYSTTLMANTMFLEMNQTGENKLLQNKNVRKAINYAIDRESLVKKLLDNGSVASVGVVPKEMAFNPVNKKDFANEKLVEFNKKQAEEYWDKAKKEIDLSKNTSLDLLVSDGEFEKKAGEFLQGQLQDSLEGLKVTVTPIPANVFMERLTKKDFTLSLSGWQADYADPISFLANFETNSPMNHGGYSNKNYDELLKDSSSKRWQELKKAEKLLINDMGVVPIFQVGTAKLEKSKIKNVLMHSIGAKYDYKKMRIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure and Mode of Peptide Binding of Pheromone Receptor PrgZ.
pubmed doi rcsb
molecule tags Peptide binding protein
source organism Enterococcus faecalis
molecule keywords PrgZ
total genus 174
structure length 507
sequence length 507
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4fajA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4fajA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4fajA02
2VOZA 2G93A 2X26A 3K6VA 3K1NA 4OWDA 4U4SA 1M5EA 1UTBA 2O1LA 3B7DA 3BKIB 1EZOA 3FZVA 2UYFA 3IOTA 3O9PA 2XXVA 3N6TA 5JTYA 3FVKA 3PUWE 2ZMBA 4ZS9A 3TTKA 3QXMA 4WEDA 3MVWA 1MY3A 4M1VA 4G4PA 2ALUA 2YLNA 1Q35A 2RC7A 1DPPA 1MH4A 4R6KA 3MVYA 2V3TA 3T9HB 1MY0A 4OTEA 4GF8A 2QS3A 4X1BA 3RUMA 5DVFA 5FHMA 1JNFA 5EHMA 3ONMA 3MW0A 4ZZAA 2DXYA 3G3KA 1TFDA 4QHQA 2ANJA 3HN0A 3IL1B 3RNNA 2B4MA 1Y4CA 1Y9UA 3LSWA 1LFHA 5TP9A 2E1SA 4H6DA 2RCAA 1US5A 3HSTA 4U2RA 3PGFA 2ONSA 1R9LA 2XX8A 4JWYA 1B5HA 4NF6A 3VLWA 4R72A 1MDP1 4JXIA 5I56A 3H6VA 1Z7NE 4BDLA 4XKRA 1GTKA 2IA4A 4NWDA 3RGYA 1O63A 1I6QA 1SYHA 3KFMA 1EZPA 3OD7A 4YICA 3KOSA 1SW1A 4I1DA 4OEUA 2UXAA 4FEDA 2O7IA 1FQEA 3M3LA 1ATGA 1KWHA 2DWHA 5ICQA 1PB9A 2XHDA 1LLSA 2ZNSA 1FTKA 2HAUA 3OO7A 2NOOA 4DXUA 3G3JA 3RTFB 4R9GA 4ZEBA 3B6WA 2VD2A 2O84X 1USYE 2DE2A 4IB2A 3CG3A 3G3GA 2XXYA 4LONB 3IK6B 3VVDA 2HZLA 2IEEA 1MH3A 3H6TA 4GQOA 5FTHA 4ONYA 1XOCA 1N3XA 3SERA 4P0IA 3PV0E 2F6GA 3U8QA 3S9EA 4H8JA 3E4RA 3KJTA 1WODA 5IKBA 1WVJA 1MQIA 1M5FA 2P1SA 1B58A 5B7DA 2Y7KA 3W15C 4FAJA 1S50A 1N3WA 3QYTA 4U1ZA 4EXKA 2Y7WA 3R26A 2ZNUA 5DVJA 2GHBA 3S4UA 2VHAA 1B52A 1B7ZA 1JETA 3GBBA 4NF5B 5M2VA 4OHNA 2V3QA 3FGSA 3CIJA 1A8EA 2P2AA 1P1NA 3ILTB 4YZZA 5AA3A 1CB6A 4GOTA 2F8DA 3OO6A 5JK4A 2H4IA 3MP6A 1JVYA 1PDAA 2QPQA 4OERA 1GR2A 4F1UA 3LR1A 2X7PA 5JEIA 3S9NC 4GRKA 4JB7A 2BJJX 4K3FA 1VSOA 3TTNA 3N94A 4YMAA 4X9TA 3KN8A 3DLNA 4NWCA 3MZBA 4OETA 4C1UA 3DP4A 1ZKBA 5KCJB 1XVYA 1M5DA 1R6ZA 1MG1A 1MXUA 1B51A 4N6PA 4QFNA 4O3AA 3K00A 1TWYA 4ELRA 5HM4B 3MBPA 4F31B 4R6HA 2FYIA 4Z0IA 3MQ9A 5K2YA 1UIVA 2QS4A 4F3PA 5ICTA 4NF4B 1N76A 4N07A 3G3FA 3G3IA 1IZ1A 1LCTA 1B9JA 1HSLA 2VP1A 2Z8FA 1O64A 1P1OA 3N5LA 1B3GA 4U4XA 1N04A 3LSXA 4BLAA 4DLDA 4H8IA 1AIVA 5AE4A 3KJ7A 4DIGA 3UP9A 2XXWA 1QUIA 3LSFB 2Q2CA 3F11A 1FTMA 4C0RA 3PMVA 3R7XA 1JW1A 4XKQA 1USYH 3U92A 4R6YA 2HFBA 1QKAA 2F36A 3UORA 1ZIUA 1LSTA 3IR1A 3U1OA 2ZYMA 5CMKA 1B1XA 2AL5A 4EQ7A 5AA2B 1IITA 4DCXA 4ZDMA 3TCFA 3ZKKA 4THIA 2XXHA 3I5OA 5IAIA 2I3VA 4RPNA 4FECA 3MPKA 3IJXB 4LZ7A 5H8QA 4H5FA 1MXWA 5BUUA 1MQGA 5ITPA 3K4UA 1B7HA 5I57B 3MZ9A 1Y1ZA 4LA9A 1AL3A 3C31A 1SD3A 4X1DA 1XT8A 2I4BA 3FXUA 4R9FA 1QKBA 4M4GA 3O29A 1MPCA 3MAMA 4G68C 4R74A 1A7LA 4QFPA 2XXTA 2M8CA 4RK2A 2H25A 2PT1A 3PPQA 3V83A 1QUKA 4R2FA 5L9MA 2F6PA 5FTIA 3E9XA 3PUXE 1IXHA 3RYAA 4YB7A 4MBPA 1CE2A 3ECRA 5L9OA 4KI0E 1JQFA 2ZYKA 3RPWA 3PPPA 1SYIA 3TKDA 4I62A 3K6WA 5DYHA 4F3GA 2F5XA 3TZAA 3VVEA 1HSEA 2D21A 3THIA 1DPEA 3PAMA 1SI0A 3GZGA 4OFJA 2ONRA 1TXFA 5DVIA 1FQAA 3O6IA 1MS7A 4XXUA 2Q8JA 4G8NA 1Y1MA 2O6AA 1MXXA 3V8XB 3FIRA 3H7MA 5AA2D 4RK9A 4RYAA 3TTLA 3HHFA 2Q9TA 2X7QA 3TQLA 4F19A 5BWJA 3FXQA 2O68A 2UVGA 5H8NB 3KZGA 1LFIA 4IGTA 4ZECA 2XXIA 1H3DA 2DSFA 1TT1A 4F29A 3GXAA 4U22A 1D3KA 2I48A 4E0XA 3CHGA 2OCUA 4EDPA 2I49A 3G3HA 4G2ZA 4N13A 3EPEA 2I0CA 2F35A 1B2HA 1S9TA 3CSGA 1H44A 5I2NB 2PMSA 1ZJLA 3OOAA 3PD8A 3UGWA 2GRVA 4PP0A 3C32A 1ELJA 3T96B 1ZMGA 3CFLA 3VDFA 4EQBA 4KCCA 5CRYA 2XXXA 1B0LA 3T9VA 2Z8EA 5H8FB 1PEBA 2V25A 1IXCA 1PBQA 2Z22A 4F39A 4OESA 2R71A 3K0VA 2XXPA 3S9MC 4X48A 3EQ1A 2I58A 2F7AA 1MQJA 3ZSFA 1JEVA 2B4LA 2G29A 4QSDA 3IOWA 1I6BA 3LUYA 4ELOA 3IORA 1MRPA 2A5TB 3SEWA 3TTMA 5TPAB 4MF3A 1SBPA 3Q26A 3SEXA 2DQVA 1RKMA 3CRBA 3IX1A 3QAXA 4UACA 3MJNA 4O3BA 1VFEA 3AXFA 3I6VA 4GXAA 4ZEIA 1S7YA 2ONKE 1N7XA 3A09A 4NF8B 1LAFE 4FJPA 2ESNA 3E13X 4Q0CA 1FQBA 2FA7A 2QMXA 1A55A 2QL3A 3ZKLA 5AA4B 3IJOB 2AIXA 3O6HA 4F1VA 1MM6A 3C9HA 4MFIA 4LQ5A 2DWIA 2F7CA 2Y7PA 1P99A 1T0KA 1POTA 1SI1A 2F97A 4DE8A 1B5JA 1L5TA 3T93B 1NL5A 1MXYA 1B3FA 4ZEKA 1QVSA 1P1QA 3CFZA 5CMCA 5I2KB 3S2VA 1NH7A 4PFUA 4F3SA 3U94A 1MY2A 3MPLA 4F18A 2O1MA 3CR9A 5CBSA 4NMYA 3CI8A 1TFAA 4IO6A 1A54A 1R1NA 4G68B 1EZ9A 4NF5A 2UVHA 1MQDA 3MVXA 4FORA 1PBPA 4IO5A 3QUFA 3W9WA 4QSCA 3FTOA 2A5SA 4BDQA 1BLFA 4POWA 4F22A 3TUSA 3CG1A 3A3UA 1LFGA 1B1HA 5CMBA 1OQGA 3Q27A 3RTWB 1MPDA 2B65A 3P7IA 3JYRA 4WXJA 4L17A 4QFLA 1POY1 1LB8A 3TFLA 2Z23A 3Q25A 3OO8A 4KYSA 1R9QA 2YJPA 5KDTB 4I8CA 3FVOA 4F3BA 5KCJA 3U93A 2PX1A 3SEUA 2FNCA 4AB6A 4TOZA 3SETA 1LBBA 3PU5A 4JWXA 4QFOA 1B0HA 2REJA 4NF4A 1J1NA 5J1DA 2D3IA 3O28A 4Q30B 2DE3A 1PC3A 4TLLB 3HV1A 1GGGA 1YCJA 3EN3A 5I59B 1A8FA 2R9JA 1N84A 1ZBMA 2I0BA 3CSBA 3KSXA 4EUOA 3RT8A 3T9UA 4BDMA 3IB1A 4OZ9A 1B3EA 2NWJA 4R2BA 3K01A 3TCGA 1N7WA 5AA2A 2HAVA 3FJMA 5DEXB 2Q2AA 1DTZA 2GFEA 1QULA 4YAHX 3PUYE 1B05A 4GL8A 3WAEA 4QSEA 1B4ZA 3O6PA 5I57A 3K1MA 3PMWA 2DS9A 1NMUA 4OMBA 4OVJA 3VXCA 1Z7ME 2DP8A 4LZ8A 4OENA 4JSOA 4P11A 2DOJA 4FEBA 3MP1A 3MUQA 1EH3A 1BKAA 4OQOA 1DTGA 1B6HA 4ZEDA 4RY1A 4RXLA 3USDA 4QFKA 4ZE8A 3RT6B 2LAOA 1SW5A 3OENA 3L6HA 1JW4A 4YKPA 4WEPA 4BDRA 2Q88A 2W7YA 1OIBA 2H98A 3Q28A 3GLBA 3B6TA 4XKPA 2I3WA 1FW0A 4GIZA 2ZXTA 3U72A 2VGQA 4JSDA 3T66A 4NE4A 3LVUA 3UIFA 1Y3PA 4ND9A 3FVNA 5B70A 4LVQA 2DVCA 1NNPA 1RYXA 4DXCA 3VE1B 4PFTA 1Y20A 1YTVA 1OLCA 1NFTA 3EHUA 3TYHA 1NNTA 4MLQA 1NKXA 4Q8RA 4U1OA 5LOMA 2O7UA 3TCHA 3EHSA 4DDDA 2VD3A 4YKJA 3MZ1A 5H8NA 4YB5A 2I6EA 1DSNA 3PPNA 3H03A 4PFWA 3IO6A 3K6XA 4AQ4A 1H43A 3C35A 4WKMA 3SKPA 4U23A 3RY3A 1URSA 1FTOA 2GHAA 1H76A 1D9VA 3C34A 1BP5A 4H65A 1OMPA 5I2NA 4OXVA 2DWAA 1I69A 4RJZA 4YKKA 2PT2A 3KEIA 2RCBA 4ESXA 1NH8A 1FCKA 4NTLA 4PETA 3KG2A 2H9BA 3ILUB 2PYYA 3FV1A 4XTCQ 1FQCA 1GVCA 2WKYA 3FXRA 5H8FA 1II5A 3V89B 1IEJA 2OWTA 3T9XB 2OJTA 5L8DA 2THIA 1MQHA 3PPRA 3C4MA 4P0GA 3OO9A 3DP6A 1JVXA 2D5WA 3SEVA 2ZYNA 2XXRA 2QRYA 1QJMA 2Y84A 2XX9A 3C36A 4Z7EA 2GH9A 2A5TA 3VLUA 4JWOA 4OEVA 5DTBA 1VFDA 5I58B 3W9VA 3Q29A 5TPAA 3MWBA 1Y3QA 4DZ1A 2NVUB 3DRHA 4KHZE 5A5XB 2QSXA 3VLVA 4OFOA 4IO2A 4PFYA 3DM0A 3IOUA 2O51A 4HCWA 4KPTA 1I6AA 4HW8A 3TQWA 3WAFA 4U21A 5I84A 5EHSA 4NF8A 4YMBA 2QMWA 3LC8A 2OZZA 4OFLA 2DXRA 3LBSA 4OYVA 3GBAA 4TLMB 1XVXA 3BBRA 4HCYA 3QIMA 2UVJA 4IO3A 5AA4A 1MDQA 1B40A 1UTHB 2QS1A 2AL4A 1B3LA 4KFQA 4ELPA 2OK2A 4R73A 3BFTA 4FIMA 3FUZA 4HTGA 5H8SA 2ZYOA 1US4A 1UQWA 5H8HB 3DRFA 4LP2B 3JZJA 3KOTA 3FV2A 3D4GA 1LGBC 5K2XA 4IO4A 2Q89A 1B4HA 3UK4A 1RYOA 1UTBB 2HEUA 4KCDA 5L9SA 5I2KA 4G8MA 3QUJA 3K02A 1H45A 3KN3A 4DCYA 4KYDA 4EQ9A 5JTYB 4DXBA 3V5AA 4BDNA 1B32A 2P0SA 3TDJA 1FQDA 3PPOA 4IY6A 1B7UA 4G68A 3E3KA 2R6GE 1B5IA 5AA1A 1ZTYA 1EU8A 1QUJA 3RYBA 3VVFA 2XD3A 3DRGA 3PD9A 3ZS6A 2CMOA 2DE4A 3TEPA 3SDFA 3CVGA 3D4CA 1O7TA 3H6WA 5F7VA 1OVTA 1XS5A 2O69A 3HCQA 2XXQA 5TP9B 3SESA 1IQ7A 2Y7RA 3BFUA 4NEDA 4LZ5A 4MLVA 4Q5TA 5KDTA 2XX7A 4NF6B 3HHGA 2PVUA 5I56B 3IB2A 1P1UA 4JDFA 1NNKA 4LATA 4O3CA 4I9DA 3B6QA 3RLFE 5TU0A 4QF9A 1BTJA 3IAZA 2OWSA 3IOVA 1OQHA 4H0WA 2NUVA 3TELA 3TPAA 2RC9A 5HBCA 3OEKA 2YPNA 4ZEFA 1WDNA 1D9YA 5CMMA 5I59A 4IO7A 3T22A 1A99A 2H99A 4POXA 1LBCA 4KQPA 1SW2A 3KN7A 4ZE9A 1SVXB 1QW0A 4G8HA 1M5BA 1Y3NA 2DVZA 1IIWA 4ESWA 5DEXA 3M3KA 3OSRA 3IB0A 2CZLA 2B3FA 1JW5A 2OLBA 1FQFA 1PB8A 3H4ZA 3H3GA 4FE8A 2REGA 5ITOA 2QJEA 1FTLA 3H06B 2B3BA 5HPQA 3ODBA 5ELVA 3OSQA 1MXZA 1XHYA 4H5GA 1IXIA 3MC2A 3R6UA 3VFJA 2WOPA 4ISUA 4ECFA 3OXNA 2V93A 1Y4TA 5ISUA 3DP8A 4AB5A 2UVIA 1IUDA 1B3HA 4JBZA 2PBWA 4RPOA 2H5YA 2F34A 3G7WA 3OELA 4ELQA 1DMBA 4PE5B 4FATA 3LSLA 2RKMA 3M8UA 4KD5A 2V3UA 2OBGA 3OEMA 1B46A 1MY4A 4YKIA 2WOLA 1ZU0A 3HPIA 2HZKA 5F1QA 4LUBA 3O97A 1JEUA 3PMXA 1LB9A 3UA8A 3DRJA 2ZNTA 2RF1A 3QK6A 4G77A 1VE4A 3HO7A 3O6GA 2AYSA 3EHTA 4GFRA 1LAXA 5CC2A 1AH5A 3N26A 3RQTA 4YB6A 3L6GA 1PB7A 1AOVA 2DYXA 1F9BA 4H67A 2RC8A 3KSJA 3H6UA 4RA1A 3VXBA 2WOKA 4MH5A 1P1WA 5CM6A 2ABHA 4HS7A 4YU0A 4KYEA 3PUZE 4F1YA 3DRKA 2E0SA 5DT6A 3C33A 2I4CA 1AMFA 1OVBA 4XKNA 3TODA 5CI5A 1NNFA 5CBRA 2XXUA 2QS2A 3RN8A 4PQJA 3A3CA 3JV9A 1D4NA 1MPBA 3M3FA 3DELB 5FHOA 2KLFA 1MM7A 4ZZEA 3K1PA 3N6UA 5H8QB 3FJGA 5KZTA 3MP8A 1IXGA 1ZLQA 4GWOA 4GL0A 1SW4A 4F2QA 4KR5A 2F78A 3TAJA 4EXLA 4GLIA 4IY5A 1BIYA 1MXVA 3KBRA 1HSJA 2RINA 3TTRA 1XC1A 2DWJA 4E0WA 3FASA 1GV8A 4C1TA 1A40A 3FVGA 3MVZA 4GD5A 5I58A 3QSLA 1Q1KA 4H1XA 1YAEA 2HQ0A 1SDXA 2UYEA 5A5XA 1MY1A 1UIUA 3EF7A 5FHNA 3K2DA 4RNSA 3KGCA 2XD2A 3TMGA 3FJ7A 2NXOA 3PUVE 3SEYA 4EF1A 3FATA 4BDOA 1YPNA 1M5CA 1OLAA 4IGRA 4F2OA 2V84A 5EYFA 1SQYA 1LAGE 1FTJA 2Z8DA 4XIGQ 4QRZA 1URDA 1URGA 2HXWA 1LAHE 1VR5A 1N0TA 3I3VA 3K6UA 1UTHA 3CFXA 4TQUQ 3IO4A 3VV5A 3FD3A 3O66A 2F7BA 4R75A 4EF2A 3OMBA 1LCFA 2HCAA 5H8HA 4LQ2A 4GVOA 3UN6A 3S9LC 4UA8A 1DOTA 4GXSB 2Y7IA 1ANFA 3DRIA 3O2AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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