4FAJA

Structure and mode of peptide binding of pheromone receptor prgz
Total Genus 174
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
174
sequence length
507
structure length
507
Chain Sequence
VEQVATLTAGTPVQSLDPATAVDQTSITLLANVMEGLYRLDEKNQPQPAIAAGQPKVSNNGKTYTIVIRDGAKWSDGTQITASDFVAAWQRVVDPKTVSPNVELFSAIKNAKEIASGKQAKDTLAVKSIGEKTLEIELVEPTPYFTDLLSLTAYYPVQQKAIKEYGKDYGVSQKAIVTNGAFNLTNLEGVGTSDKWTISKNKEYWDQKDVSMDKINFQVVKEINTGINLYNDGQLDEAPLAGEYAKQYKKDKEYSTTLMANTMFLEMNQTGENKLLQNKNVRKAINYAIDRESLVKKLLDNGSVASVGVVPKEMAFNPVNKKDFANEKLVEFNKKQAEEYWDKAKKEIDLSKNTSLDLLVSDGEFEKKAGEFLQGQLQDSLEGLKVTVTPIPANVFMERLTKKDFTLSLSGWQADYADPISFLANFETNSPMNHGGYSNKNYDELLKDSSSKRWQELKKAEKLLINDMGVVPIFQVGTAKLEKSKIKNVLMHSIGAKYDYKKMRIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure and Mode of Peptide Binding of Pheromone Receptor PrgZ.
pubmed doi rcsb
source organism Enterococcus faecalis
molecule tags Peptide binding protein
molecule keywords PrgZ
total genus 174
structure length 507
sequence length 507
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4fajA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4fajA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4fajA02
4LP2B 1IUDA 3PPNA 3EQ1A 5CMCA 5FHOA 4ELRA 1B3FA 1MQHA 4BDMA 1JNFA 3E13X 2BJJX 2UVHA 2YJPA 4YB6A 3K2DA 3TQWA 2RC9A 4X9TA 5FTHA 3JZJA 5B7DA 1P1OA 1S7YA 1N04A 3FV1A 1XHYA 4IO3A 3V8XB 3O66A 2Q9TA 3OO9A 3CFLA 3RY3A 1XVXA 3TFLA 1YAEA 3RGYA 1ATGA 3UIFA 1LCTA 1LLSA 4NF8A 1IZ1A 1TWYA 5CMMA 1RKMA 1Z7NE 4IB2A 1M5FA 3BFTA 5I2KB 3RNNA 3TKDA 3HCQA 3S9NC 5B70A 3OO6A 3QXMA 1YCJA 2ANJA 4LQ5A 3IO6A 4FORA 3DRKA 1N84A 2O1MA 3ONMA 4GLIA 1UQWA 3I3VA 4JWYA 1O7TA 2HZLA 2PT1A 4KYEA 1B5IA 4MBPA 5HBCA 2Z23A 4POWA 2QPQA 1MDQA 3MC2A 1IEJA 1P99A 4RYAA 3FUZA 3FJMA 3U92A 3LC8A 4BDQA 5KCJA 3LVUA 3VLWA 3MPKA 1DPPA 2B4MA 1FQBA 1R9QA 1I69A 2F35A 2XXVA 2O68A 2UVIA 3HHFA 3UK4A 4XKRA 4QFKA 3MUQA 4ZEDA 4ZEIA 1PDAA 1YPNA 2F5XA 3A3UA 4OEUA 3M3FA 1CB6A 2PBWA 4XKQA 4F39A 3TODA 2RCAA 3VFJA 4DIGA 4H0WA 2AYSA 2XD3A 1DOTA 1P1UA 4U2RA 1MQGA 4OERA 1MH4A 1XVYA 2UVJA 3T9XB 1P1QA 4MH5A 3ZSFA 1TT1A 4UA8A 3IOVA 3KN8A 3M3LA 3PAMA 4F31B 1UTBA 3PPQA 1ZLQA 1D9YA 2O1LA 1MQDA 3IB1A 4I9DA 1EZPA 4YAHX 5J1DA 1LCFA 2X26A 1UTHA 1FQFA 1OLCA 3H4ZA 3MVXA 2DVZA 2VD3A 1S50A 3H6TA 2DP8A 2XX9A 1GR2A 2RCBA 2V3QA 4GQOA 4F3SA 2RC7A 1LFHA 1JW5A 4GWOA 1O63A 1B3GA 4H8JA 4YZZA 4N13A 1ZKBA 4OMBA 2Y7IA 3K01A 4OXVA 3M3KA 4ZE8A 1FTMA 1MG1A 4IO5A 1T0KA 3IOWA 1A8FA 1Q1KA 4OETA 3PUZE 2E1SA 4NF5A 4R6KA 3VXCA 4ONYA 4KCCA 1ZJLA 1SI1A 3KSJA 2ESNA 4AQ4A 5IKBA 3SEYA 1MS7A 2I49A 3A09A 3T96B 1FQAA 1M5CA 1POTA 2ZNSA 1H76A 2M8CA 3GBBA 3FV2A 3SEUA 5F7VA 1JEUA 4IGTA 2IA4A 3C34A 3K4UA 4O3AA 3KN3A 2I4BA 4WEDA 4LZ5A 3IR1A 1B2HA 3K00A 5H8QB 3TTLA 3USDA 2R9JA 3HO7A 4BDRA 2G93A 3ILTB 4U1OA 2GFEA 3D4CA 4WXJA 2QS4A 1MQIA 5HPQA 1IXGA 4R73A 3V89B 2ZYMA 2XXWA 3S9MC 2CZLA 3MP8A 2KLFA 3B6QA 4UACA 5AA3A 1NNFA 3MWBA 4KFQA 4NTLA 2W7YA 3K6VA 1FTOA 1LB8A 2OWSA 3C33A 4OVJA 3Q26A 4OESA 2I6EA 3ZS6A 4F18A 2VGQA 3GLBA 2NUVA 3DRHA 3HSTA 4AB6A 1LSTA 3TELA 4OFOA 3E3KA 4QSCA 2OZZA 3CG3A 3U93A 3OSRA 4BDLA 1B1XA 1NMUA 2XHDA 5AE4A 4ECFA 5BUUA 4NE4A 3GXAA 4NWCA 2DYXA 3BFUA 2F34A 3UORA 1SW4A 1NL5A 4G68A 4TLMB 4RK2A 1B0LA 2ZYKA 3N5LA 1D4NA 1A8EA 3SEXA 4HW8A 3O2AA 3FJGA 1R9LA 3R6UA 2OBGA 3MP6A 3DRIA 5DVJA 2QRYA 5KZTA 1LAXA 2DE3A 4OZ9A 1YTVA 1MRPA 1N3XA 1CE2A 3MVYA 3IL1B 4G68B 1QW0A 4ISUA 4Q0CA 3LR1A 4F1UA 3LSLA 1OLAA 4N07A 4YB7A 3VVDA 4BDNA 3PD8A 4R9FA 3OEMA 2WKYA 2UYEA 3B6TA 3MVZA 1Y3QA 1N7WA 2HQ0A 1PB7A 2DE2A 4TOZA 1IIWA 1D9VA 3Q28A 4JSOA 4G8NA 3QYTA 4RXLA 1NNPA 1MXVA 2RF1A 3K6UA 3K6WA 3N6UA 3QAXA 4I62A 5FHNA 4QSDA 3U94A 2Q2AA 4RY1A 1VFEA 4NWDA 5A5XB 3PUWE 2F7AA 5KDTB 5CBSA 1QVSA 4XTCQ 3DRFA 5H8NA 3RT8A 1MPCA 1Y4CA 4ZS9A 1ZMGA 4IO2A 5DTBA 1NH7A 2D21A 2THIA 3MQ9A 1B05A 4H1XA 1EU8A 4HCYA 2ZYOA 5ELVA 2IEEA 5L8DA 3T22A 3O9PA 5DVFA 4G8HA 4EUOA 5JK4A 2V84A 1AOVA 4LVQA 1ANFA 1N3WA 4H5GA 5CMKA 3FXUA 5H8FB 4ZE9A 4XKPA 2P2AA 3R7XA 3SEVA 3SEWA 3M8UA 5ICQA 4DE8A 5AA2A 5HM4B 4F29A 1MQJA 2F7BA 1JW1A 4ELOA 4F1VA 2V93A 3K1NA 1NNTA 2ONRA 4HTGA 5I2NB 3TEPA 3PV0E 3OENA 4F3PA 3S2VA 4X48A 2Z8FA 3VLVA 1ELJA 4PFWA 1N7XA 4DXCA 1M5BA 5IAIA 3FGSA 3U8QA 1BLFA 3CG1A 3RN8A 2F6PA 2Y84A 1OQGA 2Q2CA 3PUXE 3DP6A 1IQ7A 2VD2A 3V83A 4GD5A 4EQBA 1QUKA 3OELA 3MW0A 4OFLA 4R74A 2XX7A 2WOPA 4MFIA 3RQTA 1MM6A 4Q30B 1QULA 3HN0A 1SQYA 3TDJA 4DLDA 1LAFE 2ONKE 2HCAA 1TFAA 1H45A 5K2XA 4PETA 3VVFA 4YMBA 3FXQA 3ZKKA 1DPEA 1UIUA 4GRKA 3MZ1A 2F78A 3QK6A 2FNCA 4F3BA 1JVYA 1I6AA 2V3TA 1LB9A 3LUYA 2Y7RA 3O6GA 1XOCA 1Y20A 4FAJA 2QS2A 2OCUA 1USYH 1QJMA 3FVGA 1B51A 2OLBA 4GF8A 1BKAA 1S9TA 3DP4A 1DSNA 2VHAA 3IX1A 2RINA 3PPPA 3E4RA 3PUVE 1QKBA 5L9OA 3WAFA 1B3EA 5L9MA 1L5TA 2AL5A 1M5EA 3OSQA 1LGBC 3BKIB 2F7CA 2O51A 4ZECA 1MY3A 2HZKA 2Q89A 3KOSA 3P7IA 4KI0E 4C1TA 2A5TA 4PFUA 1QUIA 3N6TA 4H6DA 1O64A 4GVOA 2I48A 2O69A 4R9GA 3T9HB 3FIRA 5L9SA 5F1QA 1PC3A 2I0BA 3BBRA 1FQEA 4AB5A 4K3FA 5KDTA 3SESA 4BDOA 2QS3A 3U72A 3PGFA 4RA1A 4LZ8A 1LFIA 3KSXA 2DQVA 4G4PA 5I58B 3AXFA 1B46A 4I8CA 2DWAA 2HXWA 2OJTA 4FECA 5CI5A 3WAEA 2I0CA 1QKAA 1A7LA 3A3CA 4GIZA 3IK6B 4IY5A 4NF8B 1IXCA 1B1HA 4QHQA 1EH3A 4PE5B 3PPOA 3CVGA 5K2YA 2P1SA 3OOAA 4O3BA 3K1MA 1II5A 4RPNA 5CRYA 2XXYA 4XKNA 3R26A 3RTFB 2Z8DA 4BLAA 1BIYA 1B4HA 1I6BA 3CFZA 2Y7KA 3LBSA 5TPAB 4OHNA 3S9LC 5FTIA 2A5TB 4ZEFA 3ILUB 1BTJA 1QUJA 1FQCA 1FQDA 1FTLA 2Y7PA 3MBPA 1OQHA 5I2KA 5ITPA 1B52A 2LAOA 3EPEA 4R6HA 2UVGA 3C31A 4DDDA 5I84A 2XX8A 4OYVA 4QRZA 3RT6B 4PP0A 3O28A 4YMAA 5H8FA 2F8DA 4WEPA 3RLFE 2O7IA 4JWOA 1SVXB 2E0SA 1MM7A 1SW5A 2H5YA 1HSJA 2PMSA 1AL3A 3H03A 3OXNA 2H99A 3DELB 2F36A 4NF4B 4KCDA 1MXXA 2AL4A 3VE1B 3VXBA 4EQ9A 4JDFA 2A5SA 3PUYE 1POY1 1JETA 3TAJA 2ABHA 3EHTA 4U21A 1B7ZA 3CIJA 1H3DA 3N94A 5AA2D 4DCXA 3GBAA 4YB5A 3KG2A 4Z7EA 5AA1A 2FYIA 2H9BA 3QUJA 2V25A 3DRJA 2DVCA 4MF3A 2ZYNA 2VP1A 1PBPA 4PQJA 1IXHA 1LAGE 4IO6A 2ZNUA 3G3HA 3G3GA 1RYXA 3EHUA 2B3FA 3IB0A 4OENA 2NVUB 3CI8A 1B0HA 2QSXA 1P1WA 4DCYA 4I1DA 3B7DA 3MP1A 3MZ9A 1AH5A 1MY0A 1SYIA 4QSEA 5EHMA 1IITA 3TZAA 3LSWA 1FCKA 2X7QA 5LOMA 2FA7A 3E9XA 3TMGA 5BWJA 1N0TA 3THIA 3IO4A 4ESWA 1D3KA 2B4LA 2DS9A 1URGA 3CHGA 2AIXA 2GHAA 2UYFA 4QFLA 5M2VA 4EF1A 5JTYA 1NFTA 4GOTA 4QFOA 1OVBA 3KJTA 1B6HA 4LUBA 4XXUA 3T9UA 4E0XA 4XIGQ 1VFDA 3MAMA 4IY6A 4MLVA 2REGA 3SERA 3G7WA 4TLLB 1J1NA 1Y1ZA 2I4CA 2OK2A 2R71A 3KGCA 3KOTA 4FIMA 4EXKA 3CSGA 1M5DA 5JEIA 3PMWA 2GHBA 1PB9A 3PMXA 4JWXA 2XXTA 1B9JA 3CRBA 2ZXTA 3O29A 2O6AA 1ZIUA 2Y7WA 3QSLA 4WKMA 5I57B 4JB7A 1A40A 3EHSA 4R72A 3VDFA 4YKJA 1BP5A 2ALUA 1Y4TA 2NXOA 4NF5B 2NWJA 3TTRA 3VVEA 4EF2A 3FVOA 3I6VA 4ZZAA 3TQLA 2Q88A 1HSEA 3TTKA 4L17A 4F22A 4GFRA 3K1PA 3H3GA 3JV9A 2Z8EA 4TQUQ 2QS1A 1JQFA 4E0WA 3PD9A 3KEIA 3UN6A 1B3LA 3MJNA 4KQPA 1B58A 1XT8A 2DWJA 4PFTA 1B7UA 3CFXA 5DT6A 4FATA 2DWIA 3RUMA 3HPIA 4YU0A 3B6WA 4LATA 1SW1A 2D3IA 3OO7A 4H65A 4GL8A 4N6PA 3H6WA 2QMWA 3EF7A 2ONSA 3SDFA 1LFGA 2REJA 2XXUA 1VSOA 2PVUA 4NEDA 3L6HA 1P1NA 3FXRA 3SETA 4Q8RA 2DSFA 2YPNA 4C1UA 2HEUA 1LBBA 4PFYA 4QFNA 1UTBB 3C36A 3FD3A 3DP8A 3IORA 3KFMA 3O97A 4G77A 1OIBA 4KYDA 4RNSA 3TCGA 3RTWB 4F19A 1GV8A 5EHSA 2WOLA 3RYAA 4GXAA 4ZDMA 3FVNA 5KCJB 5I2NA 3O6PA 1MXZA 3MZBA 3PPRA 4JBZA 1N76A 3UP9A 4IO4A 4KD5A 4RJZA 1GTKA 1HSLA 4FEBA 4P11A 4R75A 4U22A 3RYBA 4G8MA 1Y3PA 5TP9B 3T93B 1FW0A 3ODBA 1WODA 3OMBA 2DE4A 3H06B 1URDA 1WDNA 3W9WA 5I57A 2RKMA 3OEKA 3TCHA 4YICA 4NF4A 5ISUA 2VOZA 1B5HA 2B65A 4U4XA 3UGWA 4EXLA 3T66A 4G68C 2XXRA 5TP9A 4LZ7A 4HS7A 1DTZA 2GH9A 1EZOA 5I56A 2B3BA 4LA9A 4IO7A 4LQ2A 3U1OA 3VLUA 4F2OA 2ZMBA 2Q8JA 3TUSA 4X1BA 1VR5A 2ZNTA 4H67A 1H43A 2XXIA 1SW2A 2QL3A 3G3FA 1MXUA 1XC1A 2CMOA 2XD2A 4KYSA 4LONB 4EQ7A 2PT2A 2QMXA 4U4SA 4KR5A 4X1DA 5EYFA 3TTNA 4ELQA 1MPBA 4ELPA 5CBRA 3H6VA 3C4MA 1LAHE 2DXYA 1ZU0A 3DLNA 3DRGA 2V3UA 1NH8A 1A55A 1OMPA 4DXUA 3C35A 5I59B 5TU0A 2O84X 1Y3NA 4DZ1A 3KBRA 2F97A 1FTJA 2P0SA 1SI0A 1B40A 4ND9A 3G3KA 2I58A 3OD7A 4GL0A 1B32A 2I3WA 1I6QA 3H7MA 4FJPA 5I56B 4OWDA 4OQOA 4U1ZA 5CM6A 4HCWA 4R2FA 5I59A 2QJEA 3KZGA 1FTKA 4H8IA 3K0VA 3IJXB 4M1VA 1NNKA 3UA8A 1LBCA 3OO8A 1PBQA 1SYHA 4GXSB 3QUFA 4FE8A 1MXWA 1RYOA 2H98A 3IAZA 3L6GA 4FEDA 4C0RA 1H44A 1AMFA 5I58A 3TTMA 3W9VA 1A99A 4JSDA 2HAUA 1OVTA 2H25A 4G2ZA 3KJ7A 5ICTA 3S4UA 2PYYA 1PEBA 3QIMA 3DM0A 1JW4A 1XS5A 4F2QA 3K02A 3Q25A 4ZEBA 1Y9UA 1ZBMA 4OFJA 3K6XA 2XXPA 4IGRA 2NOOA 1A54A 5DEXB 2R6GE 2H4IA 5H8NB 3RPWA 3N26A 4NF6B 5AA4B 3PMVA 3CR9A 2UXAA 4KHZE 3Q27A 4M4GA 2F6GA 3FASA 3V5AA 3H6UA 5DYHA 3LSFB 4R2BA 2RC8A 3W15C 4OTEA 3T9VA 3KN7A 2GRVA 3I5OA 3IJOB 2O7UA 3O6HA 1USYE 1EZ9A 1NKXA 3F11A 3GZGA 3PU5A 5H8SA 4NF6A 1DMBA 2PX1A 3LSXA 4H5FA 4MLQA 4QF9A 4DXBA 1B5JA 2YLNA 4U23A 2D5WA 1R6ZA 1Y1MA 1US4A 3TYHA 1DTGA 2DOJA 1GVCA 4OEVA 4RK9A 3SKPA 2HAVA 1US5A 3D4GA 3MPLA 4ZZEA 5A5XA 1R1NA 1PB8A 1MY2A 4F1YA 3MVWA 3O6IA 4YKKA 4F3GA 5H8HA 3IOUA 2DWHA 5CMBA 1KWHA 3FTOA 1MY4A 1JVXA 5AA2B 4NMYA 3C32A 2DXRA 1JEVA 2OWTA 5H8QA 3HV1A 5AA4A 2XXQA 1WVJA 4EDPA 4QFPA 3FVKA 5H8HB 4O3CA 4POXA 4ZEKA 1TXFA 1SD3A 1F9BA 2XXXA 4JXIA 5ITOA 2WOKA 1B7HA 2X7PA 4RPOA 4ESXA 1TFDA 3G3IA 1Q35A 1MDP1 3CSBA 1URSA 1B4ZA 4YKIA 5JTYB 5TPAA 2I3VA 3FZVA 3FATA 1SDXA 3ECRA 4KPTA 4THIA 3ZKLA 4Q5TA 1Z7ME 1UIVA 4P0IA 4Z0IA 1VE4A 4YKPA 5FHMA 3VV5A 3G3JA 2HFBA 3Q29A 1MH3A 2XXHA 4P0GA 3TPAA 3TCFA 1ZTYA 2Z22A 1GGGA 3FJ7A 1SBPA 5CC2A 1MPDA 1AIVA 3S9EA 5DVIA 3IB2A 1UTHB 1MY1A 1MXYA 3HHGA 1IXIA 3IOTA 3JYRA 3C9HA 3EN3A 1B3HA 4R6YA 5DEXA 2G29A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PPNA 4BDMA 2UVHA 3TQWA 4X9TA 5B7DA 4MAGA 2BJIA 3O66A 2Q9TA 3CFLA 3TFLA 3UIFA 1IZ1A 5FBPA 3BFTA 5I2KB 3RNNA 4HE2A 4KYEA 5HBCA 2Z23A 4BDQA 1P99A 3FJMA 2B4MA 1R9QA 2F35A 2XXVA 3UK4A 4QFKA 3M3FA 2PBWA 3TODA 2AYSA 4IR8A 2F3DA 1XVYA 1FSAA 3IOVA 3PAMA 4F31B 1UTBA 2O1LA 1MQDA 3IB1A 4YAHX 2X26A 4GQOA 3IOWA 4N6DA 1FPLA 3PUZE 4ONYA 3KSJA 1MS7A 3A09A 2P3VA 3SEUA 1H76A 2IA4A 5H8QB 4LZ5A 3USDA 2Q8MA 3HO7A 2GQ1A 4WXJA 2XXWA 3S9MC 4UACA 4NTLA 3K6VA 3C33A 4OESA 3DRHA 3ISPA 3HSTA 4OFOA 3U93A 3CG3A 5AE4A 1B1XA 4ECFA 3GXAA 2DYXA 3BFUA 3UORA 1FTAA 4RK2A 4HW8A 4LN5A 1AWBA 2OBGA 1BK4A 5EQ7A 1OLAA 4N07A 3PD8A 2WKYA 3MVZA 4OVPA 4U2RA 4G8NA 4RXLA 3U94A 4RY1A 5A5XB 4NG7A 4GWSA 2XWKA 2THIA 2ZYOA 5ELVA 2IEEA 3O9PA 4G8HA 4EUOA 5JK4A 2V84A 4LVQA 1ANFA 4H5GA 5CMKA 3PTYA 3R7XA 5AA2A 2F7BA 1JW1A 4ELOA 4F1VA 3TEPA 3S2VA 1ELJA 3U8QA 1BLFA 3CG1A 1NV2A 1FPKA 5DW8A 3V83A 2VD2A 2WYPA 2WEFA 1QUKA 5A5LA 4OFLA 2XX7A 2WOPA 1MM6A 4Q30B 1SQYA 4OVTA 2MKZA 4PETA 3ZKKA 4GRKA 2F78A 2V3TA 3O6GA 4GX4A 4FAJA 2VHAA 2AL5A 1M5EA 2QVVA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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