4FAJA

Structure and mode of peptide binding of pheromone receptor prgz
Total Genus 174
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
174
sequence length
507
structure length
507
Chain Sequence
VEQVATLTAGTPVQSLDPATAVDQTSITLLANVMEGLYRLDEKNQPQPAIAAGQPKVSNNGKTYTIVIRDGAKWSDGTQITASDFVAAWQRVVDPKTVSPNVELFSAIKNAKEIASGKQAKDTLAVKSIGEKTLEIELVEPTPYFTDLLSLTAYYPVQQKAIKEYGKDYGVSQKAIVTNGAFNLTNLEGVGTSDKWTISKNKEYWDQKDVSMDKINFQVVKEINTGINLYNDGQLDEAPLAGEYAKQYKKDKEYSTTLMANTMFLEMNQTGENKLLQNKNVRKAINYAIDRESLVKKLLDNGSVASVGVVPKEMAFNPVNKKDFANEKLVEFNKKQAEEYWDKAKKEIDLSKNTSLDLLVSDGEFEKKAGEFLQGQLQDSLEGLKVTVTPIPANVFMERLTKKDFTLSLSGWQADYADPISFLANFETNSPMNHGGYSNKNYDELLKDSSSKRWQELKKAEKLLINDMGVVPIFQVGTAKLEKSKIKNVLMHSIGAKYDYKKMRIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure and Mode of Peptide Binding of Pheromone Receptor PrgZ.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PrgZ
source organism Enterococcus faecalis
molecule tags Peptide binding protein
total genus 174
structure length 507
sequence length 507
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4fajA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4fajA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4fajA02
4G2ZA 4PFWA 2F6PA 3PUVE 2E0SA 1A40A 4O3AA 2XX7A 2XX9A 3DP4A 3HCQA 3RNNA 3L6GA 1AH5A 5AA3A 1R6ZA 1BTJA 2PBWA 3DM0A 1XC1A 2XXTA 3EHTA 4DXCA 3S4UA 5AA4B 4GFRA 3CI8A 2P1SA 4Q30B 4KYEA 1P99A 1MQDA 2A5TB 2DE4A 5KDTB 4IO7A 3LVUA 2O7UA 4G8HA 5B7DA 3QXMA 3M3KA 3TKDA 2R9JA 1OQGA 4P11A 1QKBA 4EQBA 4QFLA 4YU0A 2ZYKA 4IB2A 3CSBA 3O97A 3C33A 2QS2A 4EF2A 3MJNA 2RC9A 1H44A 1ZU0A 5CM6A 3SEVA 1I69A 2RKMA 4QF9A 3S9NC 1YTVA 4L17A 3WAEA 5H8FA 1P1WA 3E9XA 5CMBA 1I6BA 5EYFA 3M8UA 1US4A 4LZ8A 2Y7KA 4FIMA 1FQFA 1LFIA 4QRZA 3N6UA 3K4UA 5I84A 1LAXA 1A55A 5I58A 3M3FA 1B3HA 5ICQA 3G3FA 1D3KA 3FASA 3TAJA 4GD5A 5TPAA 3Q25A 5AA2A 4EQ7A 2V3TA 2QS1A 2XXWA 3K02A 2H4IA 4RJZA 5FHOA 2XHDA 3TZAA 3FVOA 4G8MA 1H43A 3MZ1A 4LONB 2F8DA 1MXUA 4Z7EA 1URGA 1MY3A 1NNFA 3SDFA 4BDLA 1AIVA 3TEPA 3HV1A 3RY3A 1VFDA 3PPPA 3W9VA 4KCDA 3IJOB 4IO3A 3QAXA 1FTLA 1MPCA 2Y7WA 3T9UA 1N7XA 1Y9UA 1FCKA 5FHMA 2ZYNA 4N13A 4OWDA 2H9BA 3U92A 3LBSA 3TODA 5KCJB 4HCWA 4IO5A 2F7AA 1JW4A 3V83A 4IGTA 3AXFA 4QFPA 1IQ7A 5H8NA 1FQDA 4ZS9A 1MS7A 4NF5A 4DZ1A 1DMBA 1MQGA 4ELRA 3KGCA 3MC2A 2Z8DA 5H8QA 4BLAA 3FXUA 2FA7A 1M5BA 2WOPA 1B5HA 3KSJA 4YMBA 1B46A 1A8FA 2VHAA 1NH7A 4I8CA 2RC8A 4PFUA 3Q27A 1FTKA 3MW0A 3U72A 3TQWA 3EPEA 4KPTA 1S50A 1Y3PA 3IB1A 1URDA 4ECFA 1PBQA 3FV2A 1MDQA 4KI0E 3TCHA 4C0RA 4RNSA 5FHNA 1B7UA 4KQPA 1H76A 3T9XB 4GF8A 4UA8A 4LZ5A 2DQVA 2X26A 4TLMB 3C9HA 1OVTA 3MVZA 4ZZEA 4R2BA 2DS9A 1P1UA 1S7YA 1L5TA 1LAFE 1CB6A 4H5GA 3PUZE 3CSGA 4YZZA 1SYIA 2ESNA 3E4RA 4NMYA 5AA2D 3MPKA 3QSLA 3CR9A 3OXNA 4G8NA 2PT1A 1P1NA 2NVUB 1O63A 4EF1A 4G77A 4ZE8A 4F3PA 1B7HA 3C31A 4MBPA 3FVKA 5I2NA 3A3CA 4NF4A 3BBRA 4XKPA 2YJPA 3JZJA 2G29A 3PUYE 5ELVA 2O6AA 3RPWA 4H65A 3N6TA 4F39A 1JQFA 2HAVA 1NNTA 2P2AA 1BIYA 2Z8EA 4NEDA 2I48A 4ZE9A 1H3DA 2B3BA 3R26A 1N76A 1ZIUA 1NNKA 1IZ1A 3DRGA 1UTHA 2DWJA 2AL4A 3C35A 4OZ9A 4U4SA 1Q35A 4MLVA 5B70A 1B1XA 1IXIA 1FTOA 3OEKA 1GGGA 1IITA 3T96B 4R74A 2I0CA 2ZNTA 3B6WA 1Y4TA 4Q5TA 3VLUA 1B6HA 3MPLA 5FTHA 3RQTA 3PUWE 5I2KA 4RY1A 3K0VA 3R7XA 5K2XA 1EZOA 2NUVA 1B4ZA 4LQ2A 4YKPA 3RUMA 3CRBA 1PEBA 1O64A 3PMXA 3OEMA 3IOTA 1M5CA 3B6QA 1LAHE 3Q26A 4E0WA 3EHUA 2DVCA 2ZYOA 2RCBA 3TTKA 2V3UA 3BFUA 2CZLA 2DE3A 2V93A 4IY5A 4JSDA 1MXYA 1ZJLA 3TTRA 3WAFA 4BDMA 5H8SA 3UIFA 3SETA 1VSOA 4ONYA 3IX1A 1MH4A 3QUJA 3DP8A 4RPOA 1LFGA 1NFTA 1BP5A 2XXHA 4XIGQ 4LUBA 4ESWA 4R73A 4TOZA 3ZKLA 1LB8A 1MY2A 3MZBA 2XXYA 2OJTA 1QUIA 3OOAA 1N3XA 2HFBA 3H6TA 5H8FB 1LCFA 2XXUA 3LUYA 5DEXA 4I62A 4FEBA 3VDFA 2H25A 3KBRA 4NE4A 3OENA 1DPEA 4R6YA 2H98A 4JDFA 4YMAA 1SD3A 4O3BA 5CMMA 5IAIA 3VLWA 3ZS6A 4OERA 4OESA 3VVEA 2QL3A 4OEUA 4PETA 4JWOA 2QMXA 4MF3A 2ZYMA 3JV9A 5I58B 3O29A 1B3EA 3OO7A 2I3WA 4TLLB 5TPAB 5AA2B 2RINA 1Y3QA 4Q0CA 1B9JA 3CHGA 3SEWA 3QIMA 3K6XA 3ONMA 4N07A 4YB6A 4QHQA 5I59A 4OEVA 4FAJA 4F1YA 4QFNA 4NF6A 4OVJA 4ZEIA 5TU0A 2YLNA 1LBBA 2YPNA 4XXUA 5DTBA 1LAGE 1OIBA 2WOKA 1H45A 4I9DA 3CFZA 4ESXA 4WKMA 2Y7RA 4R9FA 4H67A 4RPNA 3SEUA 4YICA 5H8NB 4NF5B 4R6HA 4PP0A 2PVUA 3D4CA 1RYOA 5H8QB 3OO6A 1II5A 4X48A 1SBPA 3DP6A 1GV8A 1N7WA 2WKYA 3V8XB 4OTEA 4FE8A 3H3GA 4P0IA 4KFQA 4AQ4A 1TXFA 2QS3A 4GXAA 3MVXA 3DRIA 1DPPA 1JW5A 1FQAA 3PAMA 1ANFA 5M2VA 3UORA 3CG3A 1FQEA 3VV5A 4KYDA 4LVQA 4OENA 2DXYA 5TP9A 4EXLA 4G68C 3SEYA 1TFDA 3P7IA 2QJEA 3IOVA 4MH5A 2PMSA 1IXCA 5DVJA 4JXIA 3DRHA 3N26A 4QFOA 1HSJA 4RK2A 4X1BA 2XXIA 5I2NB 4NF4B 4EDPA 3O6IA 4R9GA 3H6VA 2ZMBA 4H8IA 3K6VA 3HHFA 3VE1B 2Q2AA 5HPQA 2FNCA 5ITOA 5AE4A 3PPRA 4H8JA 2DP8A 1QW0A 1B4HA 1NKXA 1YAEA 4F1UA 1ATGA 1UTHB 4GRKA 1QKAA 1XVXA 3THIA 3PU5A 3KN7A 3BFTA 1PDAA 3IO4A 3FTOA 2VGQA 3Q29A 4KCCA 4ND9A 1SI1A 4DDDA 3K6UA 1NH8A 1SYHA 3O2AA 1B0HA 2M8CA 4GL0A 4ELQA 4U2RA 2PYYA 1XHYA 4RA1A 3ZSFA 3H03A 1HSEA 3G3IA 2HCAA 5FTIA 2V3QA 1LBCA 2XD2A 3FATA 4GLIA 3T9VA 5CI5A 4NWCA 4U21A 3DRFA 5I2KB 2HXWA 1GR2A 1GTKA 2GHBA 3I6VA 3KOTA 4N6PA 4X1DA 1UQWA 2Q89A 3GLBA 4R2FA 4QSDA 2VOZA 3TCGA 1Z7ME 3K6WA 3PV0E 3FZVA 2ANJA 1AL3A 2R6GE 3I5OA 1MXZA 2V25A 3K1PA 1NL5A 4M1VA 3ZKKA 1SW2A 4JWXA 3G3GA 4H1XA 5JK4A 4BDQA 1CE2A 2OWSA 4LATA 4KHZE 3H4ZA 2REJA 3K00A 3IOUA 4IO6A 3K2DA 5I57A 3KZGA 2O7IA 1SVXB 3DELB 2X7PA 2Z22A 3C36A 2PT2A 4R6KA 3PD9A 3HN0A 2DWIA 2VP1A 4JB7A 3A3UA 1FTJA 1MXWA 3RGYA 3TMGA 3F11A 3UP9A 5K2YA 5H8HA 1O7TA 5DEXB 4YKKA 3T66A 1B3FA 1FQCA 4G68A 3A09A 4H0WA 4YB7A 4U22A 1R9LA 3OMBA 4Q8RA 4U1ZA 2QPQA 3E13X 5L8DA 3Q28A 3IOWA 5I56B 5HM4B 4OETA 1XT8A 4DE8A 2Q8JA 3U93A 1MM6A 1PBPA 2X7QA 3MVYA 1Y1ZA 3SERA 1NNPA 4MFIA 1B52A 1B05A 1FW0A 3RTFB 4AB5A 1B7ZA 4GWOA 1US5A 3VXBA 5I59B 4K3FA 1B58A 1B3LA 3KG2A 1OQHA 4ZEFA 2GFEA 2Y7IA 2LAOA 3ECRA 2UVGA 3KJTA 4NF6B 4F18A 3GBBA 1MG1A 3U8QA 2Q88A 1QULA 4F3BA 3FVNA 1FQBA 1MQJA 3MBPA 1ZMGA 4DXBA 1MQIA 1POTA 2F34A 4H5FA 3KFMA 3FGSA 4WEDA 4XTCQ 5HBCA 5IKBA 4THIA 3IAZA 3TTNA 2I0BA 3T93B 1XS5A 2B4MA 1GVCA 2ONSA 4ZEDA 1IXGA 1B5JA 2H99A 2Z23A 2ONKE 3MVWA 4POXA 3OD7A 4OHNA 2PX1A 1UIVA 1JETA 4U4XA 1IEJA 2Q9TA 3JYRA 2OLBA 5BUUA 1UTBA 4RXLA 1LSTA 3H6UA 3S9MC 4EXKA 4GIZA 4GVOA 2KLFA 2HZLA 3MUQA 2V84A 4ISUA 4NWDA 3IB0A 3OELA 2F7CA 2ONRA 3FD3A 3QUFA 1NMUA 2ZNUA 4F3GA 1TWYA 5A5XA 2NOOA 1AMFA 2VD2A 3L6HA 4C1TA 2HAUA 3OO9A 2D5WA 5ICTA 2O68A 4QSEA 2AIXA 2DE2A 3H7MA 5DVIA 2B3FA 3FJGA 3G3JA 5BWJA 4NTLA 5TP9B 1IUDA 1MXVA 2XD3A 1B40A 5JTYA 3IO6A 1I6QA 3O6GA 4OXVA 2IA4A 1N0TA 4DCYA 3FV1A 2UXAA 1I6AA 1M5FA 4MLQA 2ABHA 4R75A 4KR5A 1WVJA 2OZZA 1MDP1 1LLSA 1SDXA 2QMWA 3DRJA 4BDOA 2I58A 1JEUA 1N3WA 3ILUB 3DLNA 1M5DA 2GHAA 5F7VA 3VXCA 1POY1 2I6EA 3QK6A 1DOTA 3RLFE 3PGFA 4POWA 4NF8A 3RT8A 2B65A 3LR1A 1A8EA 3ODBA 3RYAA 1XVYA 2UYFA 2UVHA 3FJMA 5CBRA 1D9YA 4EUOA 1LGBC 3IR1A 2FYIA 4LA9A 1HSLA 4HW8A 3W9WA 1VR5A 4QFKA 3U94A 3PMWA 1Y20A 3V5AA 1B32A 1IIWA 3HO7A 3R6UA 4GXSB 3VVDA 1Y3NA 4OFLA 3CFXA 3QYTA 4ZDMA 4P0GA 3IK6B 2DVZA 1MY4A 3TDJA 2W7YA 1LCTA 1SQYA 3O9PA 1PC3A 1SW1A 2F35A 2REGA 3TCFA 3G3KA 2XXRA 1USYH 2IEEA 2F5XA 3EF7A 4YKJA 1QJMA 1SW5A 1D9VA 2DSFA 3CVGA 1Y4CA 3CFLA 4PFTA 3KSXA 4Z0IA 3RT6B 2RC7A 3VVFA 3FVGA 4F22A 4ZEKA 2QSXA 2THIA 4BDRA 2F6GA 3MP8A 3TPAA 2QS4A 5DYHA 1B1HA 1SI0A 2ALUA 3G7WA 3N5LA 5J1DA 1BKAA 2OBGA 3E3KA 1JVXA 4EQ9A 5I57B 4E0XA 1DTGA 3C34A 1EH3A 3IJXB 2I4CA 1R9QA 1PB7A 1VFEA 1YCJA 3RTWB 1Y1MA 1EZPA 4KD5A 3IORA 4U1OA 2H5YA 1JNFA 2UVJA 4F1VA 4IO4A 3HPIA 1RYXA 5CMCA 4FJPA 2WOLA 2UVIA 1M5EA 3LC8A 3TTLA 4OFOA 4HS7A 5AA4A 5L9OA 4WEPA 3KN3A 5H8HB 1ZLQA 1A99A 2A5TA 5KDTA 2Y84A 5CBSA 1QUJA 2OWTA 4G68B 3IL1B 4IY6A 1QUKA 1F9BA 2O69A 2GRVA 1P1OA 4O3CA 2Q2CA 2HZKA 3UGWA 3OO8A 2HEUA 2ZXTA 1EU8A 4FECA 1DTZA 2O1LA 4OYVA 3U1OA 4YKIA 1WDNA 1P1QA 3S2VA 1PB9A 4JWYA 2F36A 3MWBA 4FORA 1JW1A 2Y7PA 3UN6A 2AL5A 4LQ5A 3KOSA 1USYE 1LFHA 2NWJA 5DVFA 3K1MA 4PE5B 4F31B 3HSTA 3VFJA 1PB8A 4R72A 2OK2A 1B51A 2HQ0A 3EHSA 2R71A 2XXPA 3KN8A 3FUZA 4RYAA 1VE4A 4G4PA 4DIGA 2CMOA 3V89B 1A54A 1Z7NE 5KZTA 4H6DA 3MQ9A 5L9MA 2E1SA 1SW4A 1TT1A 3PMVA 2G93A 1JVYA 4YAHX 2D21A 2DYXA 3O28A 3W15C 3H6WA 2I4BA 4DCXA 4OFJA 3VLVA 3PPNA 3UK4A 3LSWA 4JBZA 5CC2A 1URSA 1N84A 3ILTB 3M3LA 1MY0A 3LSFB 1B3GA 1UTBB 4BDNA 2AYSA 2OCUA 3S9LC 3EN3A 3FXRA 3K1NA 2D3IA 2XX8A 5KCJA 3LSXA 1RKMA 4XKRA 1B2HA 1OLAA 3BKIB 3O6HA 1MXXA 3KEIA 4GQOA 5A5XB 4ZZAA 4XKQA 1B0LA 2BJJX 1ELJA 3H06B 3PD8A 4I1DA 1ZKBA 3KJ7A 5JEIA 1MH3A 3TFLA 2O51A 1MM7A 4FATA 1YPNA 3FJ7A 3S9EA 1R1NA 1EZ9A 1N04A 1A7LA 5ITPA 4HTGA 4KYSA 3D4GA 3TTMA 2XXQA 2RCAA 5JTYB 3K01A 3USDA 1MRPA 3TELA 4HCYA 3N94A 4PQJA 2GH9A 3SEXA 3FXQA 3C32A 2F97A 5EHMA 2ZNSA 3B7DA 4M4GA 4ZEBA 1UIUA 3SKPA 2DWAA 4GOTA 3RYBA 4ZECA 2I3VA 5CMKA 2UYEA 2F78A 3PUXE 4UACA 4PFYA 1QVSA 2XXXA 4GL8A 1J1NA 3SESA 4ELPA 4NF8B 3O6PA 4IGRA 2DOJA 1JEVA 4JSOA 2RF1A 5CRYA 1KWHA 1AOVA 1BLFA 1MPDA 4TQUQ 3TYHA 4U23A 3O66A 5EHSA 4F3SA 1ZTYA 4F29A 2F7BA 1XOCA 1IXHA 5F1QA 3MP6A 1LB9A 2A5SA 3CIJA 4AB6A 3FIRA 3GZGA 5ISUA 3T9HB 4XKNA 2VD3A 1OMPA 2Z8FA 4WXJA 4C1UA 4LP2B 3LSLA 1WODA 1MY1A 3RN8A 3C4MA 3OSRA 4X9TA 4RK9A 2O1MA 4OQOA 4FEDA 3GXAA 3PPQA 3TQLA 1B5IA 3EQ1A 4F19A 1FTMA 1D4NA 3TUSA 2B4LA 1Q1KA 1S9TA 3G3HA 1OLCA 4DLDA 4OMBA 1ZBMA 4F2QA 2QRYA 4DXUA 1MPBA 3B6TA 1OVBA 5L9SA 5AA1A 2P0SA 5I56A 3IB2A 1DSNA 5LOMA 3DRKA 3CG1A 4ELOA 3T22A 5DT6A 2DWHA 4QSCA 3HHGA 1T0KA 1TFAA 1MQHA 3MP1A 2O84X 4LZ7A 3PPOA 2XXVA 3OSQA 3GBAA 3MZ9A 3I3VA 3UA8A 2I49A 4YB5A 2DXRA 3MAMA 2NXOA 4IO2A 4F2OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4G2ZA 4O7IA 4PFWA 2F6PA 3PUVE 2E0SA 1A40A 1KA0A 4O3AA 2XX7A 2XX9A 3DP4A 3HCQA 3RNNA 3L6GA 1AH5A 5AA3A 1R6ZA 1BTJA 2PBWA 4P8BA 3DM0A 1VDWA 1XC1A 4PAKA 5IM2A 2XXTA 3EHTA 4DXCA 3S4UA 3SZPA 5AA4B 1CNQA 4GFRA 2FVZA 3CI8A 2P1SA 4Q30B 4KYEA 1P99A 5I3SA 1MQDA 2A5TB 2DE4A 5KDTB 4IO7A 3LVUA 2O7UA 4G8HA 5B7DA 3QXMA 3M3KA 5EQAA 3TKDA 2XWVA 2R9JA 1OQGA 4P11A 1QKBA 4EQBA 4P3LA 4QFLA 2CEYA 4YU0A 2ZYKA 4IB2A 3CSBA 3O97A 3C33A 2QS2A 4EF2A 3MJNA 2RC9A 1H44A 1ZU0A 5CM6A 3SEVA 1I69A 2RKMA 4QF9A 3S9NC 1YTVA 4NQ8A 4L17A 3WAEA 5H8FA 1P1WA 3E9XA 5CMBA 1I6BA 2FHYA 3IFAA 5EYFA 3M8UA 1US4A 4LZ8A 2Y7KA 4FIMA 1FPEA 1FQFA 4GWXA 1LFIA 3U65A 4QRZA 3N6UA 3K4UA 2F3DA 2VPOA 5I84A 1LAXA 1YZ0A 1A55A 5I58A 3M3FA 1B3HA 5ICQA 3G3FA 1D3KA 3FASA 3TAJA 4GD5A 2XXKA 5TPAA 3Q25A 5AA2A 4EQ7A 2V3TA 2QS1A 2XXWA 3K02A 5FBPA 2H4IA 3B8BA 4RJZA 5FHOA 2XHDA 3TZAA 3FVOA 4G8MA 1H43A 1XI6A 3MZ1A 4LONB 2F8DA 5LDZA 1MXUA 4N6KA 4Z7EA 1URGA 1MY3A 1NNFA 3SDFA 2P3VA 4BDLA 1AIVA 3TEPA 3HV1A 3RY3A 1VFDA 3PPPA 4X8RA 3W9VA 4KCDA 3IJOB 4IO3A 3QAXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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