4FEBA

Crystal structure of htt36q3h-ex1-x1-c2(beta)
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
402
structure length
402
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAAMATLEKLMKAFESLKSFQQQQQQQHQHQHQQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Beta conformation of polyglutamine track revealed by a crystal structure of Huntingtin N-terminal region with insertion of three histidine residues.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein,Huntingtin
molecule tags Signaling protein
source organism Escherichia coli o157:h7
total genus 124
structure length 402
sequence length 402
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-05-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4febA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4febA02
1MM6A 2VGQA 1NFTA 2O6AA 5I2KA 3FJGA 3FJ7A 4F3SA 5H8HA 1Y3NA 4THIA 1D9YA 1IIWA 1Y3QA 1MPBA 4YKIA 4TLMB 2ONSA 1EZOA 2ZYMA 1R1NA 1LAFE 2ZYNA 3PPQA 3TQWA 2V3UA 3FGSA 3MZ1A 2R6GE 3OSQA 2F7BA 2H9BA 3DLNA 1FCKA 3ZKLA 4JWYA 1MRPA 5JEIA 2GFEA 3CFLA 3FXRA 3G3KA 3OO8A 2Y7WA 2I48A 1JW5A 4R6YA 4YAHX 2QRYA 1FQEA 1MXZA 3T93B 3C31A 2QL3A 4NF8B 2B65A 3TTMA 4YB6A 4F1UA 3RT8A 2M8CA 2UXAA 5KDTB 4NTLA 1BTJA 3DP6A 1USYE 4ZE9A 1LBBA 3A09A 5DYHA 4BDOA 1SBPA 1UQWA 4F19A 3I3VA 1N7WA 4NF6B 3IOTA 1NNTA 1GVCA 4X1BA 4NF8A 2F97A 5HM4B 3L6HA 2XXWA 3N6UA 1JVYA 3MC2A 5KDTA 1ELJA 4OHNA 1AMFA 1TWYA 3BFTA 1ZTYA 1WODA 4Z7EA 3G3IA 3VDFA 4P11A 1LCTA 4IB2A 3S4UA 4F39A 3C36A 1POY1 1R6ZA 5FTHA 3ILUB 2A5TA 4ZS9A 5DVFA 1O64A 2OCUA 5L9MA 1MH4A 3LSXA 4ELOA 3HHFA 1IXGA 3MVXA 3S9NC 1B7HA 2XXHA 3KN8A 3EHTA 1H44A 2FA7A 1B1HA 1A40A 4QF9A 5BWJA 2OZZA 1A8FA 4X48A 4OENA 3FVKA 2NWJA 3DP8A 3O6IA 3M3KA 4R74A 3S9MC 2I4CA 3FJMA 3O2AA 4IGRA 4RYAA 4RPOA 2VD2A 1OLAA 4WEDA 4KI0E 4YICA 4RK9A 4ELRA 1Z7NE 3IO6A 3ONMA 5H8QB 1N84A 2QPQA 2XXVA 4I62A 4GXAA 1IITA 4RNSA 3ILTB 4EQ9A 1YAEA 4BDLA 4YKKA 5CM6A 3CG1A 4DZ1A 3V83A 4Q30B 3GBAA 5I2NA 2RF1A 3Q26A 3QYTA 4FAJA 2DOJA 1OIBA 4G8NA 2O69A 1NNPA 1XC1A 1P1QA 2QMWA 4H5FA 5EYFA 1JW1A 4YKPA 1QKAA 1LFHA 2F6PA 3B6TA 4LZ8A 2H4IA 1F9BA 3TQLA 1D3KA 4U22A 1L5TA 4HS7A 2Q8JA 2ZNSA 1FTOA 1USYH 1H3DA 2DQVA 1SYIA 3EHUA 3SETA 3E13X 4LATA 1PB8A 4EQBA 1NNFA 4GLIA 2RCBA 3TMGA 2W7YA 3I5OA 3IAZA 3HSTA 4NEDA 1H43A 1B6HA 1ANFA 3M3LA 4K3FA 3KFMA 1MQGA 4NF4A 3C33A 2F36A 1O63A 3RPWA 1LFGA 4IY6A 4YU0A 1QW0A 4HTGA 3OENA 3PMXA 2F7AA 2I49A 4FATA 1OQGA 3OELA 1US5A 3LSFB 4X9TA 4FE8A 3D4GA 5DT6A 2O51A 3KN3A 3CSBA 3RGYA 1WDNA 5CMKA 3U8QA 2QSXA 3CSGA 3DELB 3TCFA 1M5EA 4QFLA 1SQYA 1EU8A 2XD2A 3Q25A 3MZ9A 5K2XA 1NH7A 2OJTA 4IGTA 5F7VA 4C1TA 5K2YA 1MY1A 2HZKA 2UVIA 1OQHA 4QFKA 2PX1A 1M5BA 3MVYA 1H45A 2V25A 4OZ9A 3C34A 4XKPA 3KEIA 3QUFA 3VVDA 4LQ5A 3N5LA 1SW1A 4UA8A 4JWXA 1MY0A 3JYRA 5KZTA 4FORA 4R2FA 3UK4A 1POTA 3IO4A 4QHQA 3OMBA 4QRZA 1A55A 1QUIA 3IB0A 4H8IA 3U93A 1IEJA 2ANJA 1ZBMA 3IX1A 1FTLA 4MH5A 3DP4A 2CZLA 4ESWA 4R75A 1OLCA 3Q29A 1EZ9A 3SDFA 1GTKA 2H25A 2E1SA 4DCYA 4R6KA 4WKMA 2P0SA 1MQDA 1MXXA 3B6WA 1EZPA 5TPAB 4LUBA 2V84A 1NMUA 4PFTA 1Q35A 4H6DA 3FV1A 1FQAA 2ALUA 2REJA 1B9JA 1KWHA 5DTBA 3H7MA 2O7UA 2GHBA 1VR5A 1VE4A 4Q5TA 3O97A 1Y4TA 3GBBA 4ZZEA 5I58B 1QUKA 1MM7A 3RY3A 3H6VA 1GGGA 3G7WA 2O1MA 2DXYA 1B3GA 5DVIA 3MVZA 3H6UA 4ZDMA 3OO9A 5H8HB 4DCXA 1Y4CA 3RNNA 3GZGA 4R2BA 2PMSA 4IO6A 1JNFA 1UTBA 5B70A 5I58A 3TZAA 4F22A 4JSDA 1IXCA 1LGBC 4U4SA 2B3BA 2RINA 4FJPA 3T9VA 3U1OA 4OMBA 4F1VA 4KR5A 3IJXB 1LCFA 3T22A 2HCAA 1AH5A 4G68A 2I6EA 2H5YA 1N7XA 1SD3A 2PT1A 2OK2A 3IR1A 4H0WA 2H98A 5IKBA 4OTEA 1LB8A 3MP1A 3THIA 4GL0A 3KZGA 3H6WA 3OSRA 4Q0CA 4KYSA 4MFIA 3M8UA 1CB6A 1DSNA 2XX9A 1CE2A 3K6UA 3QXMA 2XX7A 1FW0A 2F78A 3KOTA 1FQBA 2VP1A 2XX8A 1XOCA 5JTYA 2NOOA 5HPQA 3FATA 1M5DA 2DXRA 4DXBA 4MLQA 2DWIA 2Y84A 1B52A 1B0HA 3KJ7A 1SI0A 4JDFA 4HCYA 1ATGA 3ECRA 4YMBA 1UIVA 4JWOA 4IY5A 4PE5B 2DWHA 3VFJA 4IO4A 1BLFA 1XS5A 2A5SA 4ZEIA 2Y7RA 1DTGA 3WAEA 3FZVA 2THIA 4QFNA 1B58A 4TOZA 3KSJA 2O7IA 4ONYA 1IQ7A 4NF5A 3KN7A 3M3FA 1NH8A 2A5TB 1LFIA 2R71A 3OOAA 1SVXB 2I0CA 2RCAA 3KOSA 5L9OA 3CRBA 2G93A 1OMPA 3RLFE 2I4BA 1MXVA 3R26A 4ESXA 2PBWA 4U1ZA 4GOTA 2Y7IA 3MUQA 2ZYKA 1H76A 4JB7A 4GFRA 2DS9A 3EF7A 1B0LA 1B1XA 2HXWA 3OEKA 2FYIA 1MQJA 4O3AA 2UYEA 5F1QA 4LONB 3VXBA 4PFYA 4ZEDA 1YTVA 4RJZA 1JW4A 1MS7A 3IOVA 4EXKA 2LAOA 5ITPA 4MF3A 2KLFA 2HEUA 1B7ZA 1A54A 2V3TA 5KCJB 1GV8A 1P1OA 3C9HA 3SEXA 4Q8RA 1N0TA 2GHAA 1QUJA 2YPNA 4DE8A 3Q27A 1JETA 2QS2A 5CC2A 3TPAA 3EN3A 3OO6A 1FQDA 5TU0A 1LAGE 3N6TA 1B7UA 4KYDA 4F1YA 1I6AA 4FIMA 3V5AA 1SW2A 3FVNA 3MP6A 5KCJA 1PB7A 4GIZA 2O1LA 4JBZA 4DXCA 3O6HA 1M5FA 1R9QA 2UYFA 1XT8A 3CIJA 5I2NB 1MXWA 1D4NA 3C35A 1MH3A 4XTCQ 2ZYOA 4OXVA 3E4RA 3PPOA 4OWDA 3BBRA 1OVTA 1URGA 3VLVA 2D21A 5FHMA 2Q88A 4PFUA 4IO5A 1P99A 4I9DA 2UVGA 3HV1A 4H65A 1B4ZA 3C32A 5AA1A 2QS1A 2HFBA 4PQJA 3T9HB 2DE4A 4XIGQ 3W15C 4NWCA 1UTHB 3TTRA 1RYXA 4AB6A 1DOTA 4F3BA 4NMYA 3OEMA 3TEPA 2NUVA 4H5GA 2HAVA 1B3FA 2G29A 4GXSB 4ZEFA 1D9VA 4G77A 3VV5A 5DVJA 3Q28A 4NF4B 1UTHA 4TQUQ 3D4CA 4BDMA 3L6GA 2D5WA 2DSFA 5BUUA 1P1WA 5I59B 1BP5A 1US4A 3ZS6A 3B6QA 1SYHA 2DYXA 4GD5A 1LBCA 1DPEA 2XXYA 3KJTA 1B2HA 1A8EA 3MPKA 4I1DA 3LUYA 5EHSA 4EDPA 2I3VA 2Q89A 3ZSFA 1B5IA 5ICTA 1MY3A 4FEDA 2UVHA 3TODA 3HN0A 4XXUA 1MQHA 5I59A 4GL8A 1B46A 4H67A 4DDDA 2ZNTA 4MLVA 2IEEA 3A3UA 3CR9A 3VLWA 5I57A 4ELQA 1N3WA 3G3JA 2VHAA 2XD3A 1VSOA 3R6UA 2QJEA 3VLUA 1HSEA 2Z8DA 3T66A 1Q1KA 5LOMA 3MP8A 4X1DA 4OERA 2QS3A 3PD9A 1ZKBA 3MAMA 3TKDA 3RT6B 3T96B 3O29A 3UORA 2VD3A 4WXJA 2Q2AA 5EHMA 2D3IA 1M5CA 3OO7A 3TAJA 4R9GA 4F18A 4R9FA 1MXUA 4O3CA 1AL3A 3K2DA 4YMAA 2NVUB 3USDA 3N26A 3EPEA 3PPRA 4EF2A 1MY4A 3H3GA 4Z0IA 4LZ5A 4IO7A 1FTJA 4FECA 1B40A 4ISUA 5L8DA 1LAXA 2FNCA 4F3GA 2HQ0A 4KHZE 3UN6A 1ZJLA 2I0BA 4WEPA 3PV0E 3KSXA 3UA8A 4N07A 4R72A 4ELPA 2Y7KA 1PC3A 2OBGA 3SEVA 4YZZA 2GH9A 1S50A 3TTNA 3LBSA 1R9LA 2QS4A 5HBCA 1B51A 1B3LA 4OVJA 3E3KA 3RN8A 5CBSA 2PT2A 4P0IA 2DVCA 2XHDA 3WAFA 5FHOA 2XXPA 3VXCA 5ELVA 4AQ4A 2F8DA 4GQOA 5A5XB 4G2ZA 1DTZA 1B3EA 1YCJA 5I56A 1UTBB 2VOZA 4IO3A 1HSJA 3U92A 2ABHA 3HCQA 3FD3A 4NWDA 4KPTA 2V93A 5IAIA 1MDP1 4G68B 3TFLA 3SEYA 4M4GA 5A5XA 4U23A 4BDQA 3I6VA 3PUVE 5H8NB 4ZECA 2HAUA 5I84A 2RC9A 1MDQA 4OESA 4QFOA 3H4ZA 4M1VA 2CMOA 4ZEKA 2R9JA 1SI1A 3MPLA 3SESA 3AXFA 4G4PA 3SEUA 4YB7A 4U1OA 3BKIB 3IB2A 2AL4A 4F2OA 3IORA 3FVOA 2O68A 2DE3A 5ISUA 5JTYB 4E0WA 3RQTA 2Z22A 1VFEA 5H8NA 3K1NA 4RA1A 5H8FA 1SW4A 1SW5A 3K6XA 2DP8A 3JZJA 4IO2A 5AE4A 3PUZE 1MQIA 2F6GA 1FQCA 5DEXA 1Y3PA 3SEWA 4H1XA 3TELA 2WKYA 3PUWE 2E0SA 5AA3A 3PPPA 4R73A 4ZZAA 3BFUA 4MBPA 5AA2A 3PU5A 3K0VA 2HZLA 4LZ7A 4DXUA 2ZMBA 4DIGA 4NF5B 3PMWA 1JQFA 2Y7PA 4OFJA 2Z23A 3KG2A 4O3BA 3OD7A 4BDRA 1PBQA 4OYVA 1ZU0A 3IOWA 3F11A 2XXQA 3PPNA 3KBRA 2UVJA 3G3FA 3TCGA 3IL1B 3S9EA 1MPCA 1II5A 3HO7A 1PBPA 1NNKA 3QUJA 1S7YA 1IXHA 4OETA 3SKPA 3ODBA 3K1PA 4XKQA 2B3FA 1B5JA 1ZIUA 3S9LC 2XXUA 2PYYA 3EQ1A 2XXIA 1I6QA 4PETA 4OFLA 4U2RA 1JEVA 1QKBA 4ND9A 3H06B 1MPDA 1B3HA 3QIMA 1I6BA 5FTIA 4ECFA 1NL5A 4EF1A 1P1UA 3OXNA 5ICQA 2F7CA 1Y1ZA 2OLBA 4OFOA 3S2VA 4JSOA 3JV9A 3K6VA 3PUYE 3PMVA 1TT1A 3QAXA 2OWSA 4G8MA 3PGFA 4NF6A 4YKJA 4LP2B 3FXUA 3LSLA 3QSLA 2Q2CA 4GRKA 1BKAA 1Y20A 1A7LA 3LC8A 1P1NA 3RUMA 3FUZA 3K00A 2DE2A 1T0KA 4F31B 1FTKA 3CVGA 1AOVA 5TP9B 1Z7ME 2Z8EA 4YB5A 2I3WA 1PB9A 4DLDA 5CMMA 1MXYA 1RKMA 4POXA 1MG1A 2H99A 1DPPA 3DM0A 3VVFA 4N6PA 1B4HA 1DMBA 3G3HA 3O28A 2Z8FA 3FASA 1S9TA 1Y9UA 5M2VA 5TP9A 1PEBA 2F34A 3ZKKA 3FVGA 4LVQA 1N3XA 1I69A 3MBPA 4RPNA 5B7DA 4XKRA 2ZXTA 4HW8A 3KGCA 1O7TA 4L17A 4BDNA 2QMXA 4EQ7A 4P0GA 4H8JA 5FHNA 4I8CA 2XXRA 1XVXA 4OEUA 1VFDA 3IK6B 2XXXA 3B7DA 3IOUA 3MQ9A 4KQPA 1TXFA 5H8QA 3O9PA 2AYSA 1IUDA 1XVYA 4PFWA 4KYEA 1QJMA 4XKNA 3K01A 1AIVA 4OQOA 4F2QA 1B32A 1OVBA 3EHSA 3CFXA 1NKXA 3U72A 4FEBA 5I57B 4OEVA 5CRYA 3H03A 3TTKA 2GRVA 4TLLB 5CMCA 1TFDA 1PDAA 3V8XB 1BIYA 3CFZA 1YPNA 1LSTA 3R7XA 4LA9A 3TYHA 1ZLQA 4KFQA 1QULA 3TDJA 5CMBA 1UIUA 1N76A 2F35A 3MVWA 1Y1MA 3CI8A 3W9VA 2YJPA 1IZ1A 3UIFA 4F29A 5CBRA 3K6WA 2RC7A 3CG3A 4G8HA 3TTLA 3V89B 1HSLA 1SDXA 2ZNUA 3PD8A 1FQFA 4ZEBA 1IXIA 2IA4A 4BLAA 3H6TA 3PUXE 4POWA 3IJOB 4RXLA 2X26A 4E0XA 2DVZA 2RC8A 5AA4B 2DWAA 2O84X 2P2AA 4KCCA 2I58A 1XHYA 1LB9A 3HHGA 3LSWA 4KCDA 3E9XA 5AA2D 1QVSA 1EH3A 5L9SA 3N94A 4KD5A 2RKMA 2X7PA 4F3PA 3SERA 4C0RA 1URSA 2ONKE 3FXQA 1MY2A 2F5XA 4QFPA 5AA4A 1WVJA 3FIRA 2V3QA 4HCWA 3HPIA 2OWTA 3W9WA 1LLSA 2AL5A 5I56B 4QSDA 1FTMA 4RK2A 4LQ2A 1ZMGA 4R6HA 1B5HA 4GF8A 1JVXA 3FV2A 3GXAA 3LR1A 3G3GA 2YLNA 3K02A 3T9UA 2PVUA 3O6GA 3U94A 3MWBA 3UGWA 1URDA 4GVOA 4UACA 3GLBA 3O66A 2AIXA 4EUOA 2P1SA 1B05A 4JXIA 2ESNA 3MJNA 2XXTA 4C1UA 3RTFB 4U21A 1RYOA 3UP9A 1A99A 4GWOA 3VVEA 2DWJA 2X7QA 4PP0A 1LAHE 4G68C 2Q9TA 5JK4A 3K1MA 1N04A 4N13A 1TFAA 3A3CA 5ITOA 5TPAA 3K4UA 3T9XB 4AB5A 1GR2A 3VE1B 5H8FB 4QSCA 3TUSA 5I2KB 4NE4A 3C4MA 5J1DA 1J1NA 4RY1A 3RTWB 1JEUA 3MW0A 5DEXB 3IB1A 3MZBA 5CI5A 2BJJX 3P7IA 5H8SA 3TCHA 4EXLA 2ONRA 4U4XA 2NXOA 5AA2B 2REGA 3QK6A 4ZE8A 4QSEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1MM6A 2VGQA 1NFTA 2O6AA 5I2KA 3FJGA 3FJ7A 4F3SA 5H8HA 1Y3NA 5EYHA 4THIA 1D9YA 4JVDA 1IIWA 1Y3QA 1MPBA 4YKIA 1RDZA 4TLMB 2ONSA 1EZOA 4JVCA 2ZYMA 1R1NA 1LAFE 2ZYNA 3PPQA 3TQWA 2V3UA 3FGSA 3MZ1A 4OVPA 2R6GE 3OSQA 2F7BA 2H9BA 3DLNA 1FCKA 3ZKLA 4JWYA 1MRPA 5JEIA 2GFEA 3CFLA 3FXRA 3G3KA 3OO8A 2Y7WA 2I48A 1JW5A 4R6YA 4YAHX 2QRYA 2XA5A 1FQEA 1MXZA 3T93B 3C31A 2QL3A 4NF8B 2B65A 3TTMA 4YB6A 1NUXA 4F1UA 3RT8A 2M8CA 2UXAA 5KDTB 4NTLA 4NHBA 1BTJA 3DP6A 1USYE 4ZE9A 4LN5A 1LBBA 2BJIA 3A09A 5DYHA 4BDOA 1SBPA 1UQWA 4F19A 4MNCA 3I3VA 1N7WA 4NF6B 3IOTA 1NNTA 1GVCA 4X1BA 4NF8A 2F97A 5HM4B 3L6HA 2XXWA 1AWBA 3N6UA 1JVYA 3MC2A 4G61A 5KDTA 1ELJA 4OHNA 1AMFA 1TWYA 3BFTA 1ZTYA 1WODA 3NOHA 4Z7EA 3G3IA 3VDFA 4P11A 1LCTA 4IB2A 2FVZA 3FBPA 4PF6A 3S4UA 4F39A 3C36A 1POY1 1R6ZA 5FTHA 3ILUB 4X8RA 2A5TA 4ZS9A 5DVFA 1O64A 1YYZA 2OCUA 5L9MA 4GX6A 1MH4A 3LSXA 4ELOA 4XF5A 3HHFA 2V4CA 1IXGA 3MVXA 3S9NC 1B7HA 2XXHA 3KN8A 3EHTA 1H44A 2FA7A 1B1HA 1A40A 4QF9A 4NG7A 5BWJA 2OZZA 4OVRA 1A8FA 4X48A 4OENA 3FVKA 2NWJA 3DP8A 4NX1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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